不登校児の場合、学籍簿の欠席理由はどう書かれている

現職の教員です。

学校や地域によって対応は異なります。

私の経験として
「体調不良」として出席簿に記入します。
学籍及び指導の記録を記入する際には，

指導要録の作成者は、「学校長」（学校教育法施行規則第１２条の３）。
「指導要録の様式や記入は、公立学校の場合、所管の教育委員会が、
指導要録の様式や記入上の注意の決定並びに記入について一定の定めをするものである。」
と示されています。

文部科学省としては、
「記入の仕方等については言及できないが、指導要録が、
「学籍並びに指導の過程及び結果の要約を記録し、指導及び外部に対する証明等に
役立たせるための原簿である」という基本的な性格を有しているので、記入するこ
とを前提としている。」
と示されています。

また、「今後の不登校への対応の在り方について（報告）」の第４章 学校の取組
２ きめ細かく柔軟な個別・具体的な取組においても、「家庭訪問等を通じて、生活
や学習の状況を把握すること」「学校が把握した学習の評価を適切に行い指導要録に
記入したり、また、評価の結果を通知表その他の方法により積極的に伝えたりする
ことは、意義が大きい」とされています。

不登校の理由には様々なケースがありますので
一概には言えませんが，「事故欠（故ある事：理由があっての欠席）」
として記録し，その内容を「指導の記録」として残すことが多いようです。

参考までに。