Dyskusja:GFAJ-1

Astrobiologia

Rozumiem potencjalne znaczenie tego ekstremofila dla astrobiologii i dlatego dodawałem sekcje /zobacz też/ z linkiem do artykułu astrobiologia. Jednak dodanie kategorii chyba jest nieco na wyrost - wielu ekstremofilom trzeba by chyba dodać. Sagi2007 (dyskusja) 17:21, 3 gru 2010 (CET)

• stad ja wlasnie usunalem ZT, bo jakos nie lubie siania POVem w tej sekcji (rownie dobrze moznaby dodac SETI, bo czemu by nie). Kategoria racja - na wyrost. Usuwam. Link do samego pojecia "atsrobiologia" postaram sie wplesc w tekst, jakos wkrotce, jako ze wlasnie program z tej dziedziny obejmowal te badania, co wszystko fundowala NASA. Masur juhu? 17:27, 3 gru 2010 (CET)

Sugestia modyfikacji

Nie chcę edytować sam hasła o GFAJ-1, bo nie mam doświadczenia z Wikipedią. Proponuję, aby autor hasła lub ktoś kompetentny zapoznał się z Tabelą S2, dostępną w danych dodatkowych do artykułu na stronie Science. Jest tam wyraźnie napisane, że pomiary wykazały, iż arsenu w DNA bakterii rosnących na pożywce bogatej w arsen, a ubogiej w fosfor, było 3,7%. Oznacza to, że 96% szkieletu DNA składało się z fosforu. Przynajmniej ja tak interpretuję te dane. Jest to fakt przeoczony przez większość komentatorów. Zmienia to zupełnie obraz pokazany przez "media codzienne".

• no nie bardzo. Zreszta polecam: http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html Masur juhu? 14:12, 7 gru 2010 (CET)
• z całym szacunkiem do Pana/Pani Masur: "no nie bardzo" nie jest odpowiedzią konstruktywną. Przedstawione dane na blogu (tuż pod drugą ilustracją) są jeszcze bardziej restrykcyjne (1 atom arsenu na 10000 fosforu). Te dane są zresztą pochodną danych z Tabeli S2 (trzecia kolumna od prawej 75As/12C). Proszę spojrzeć na kolumnę "As/P atom/atom": wartość dla pożywki As+/P- to 0.03738, dla As-/P+ 0.00562. Czyli 3,7% arsenu w DNA As+/P- i 0,5% w As-/P+. Chyba żeby brać pod uwagę ostatnią kolumnę. Wtedy stosunek arsenu do fosforu był 0.0531 w As+/P- i 0.008 w As-/P+. Wartości pierwsze są bezpośrednio zmierzone, wartości drugie pochodzą z obliczeń ze stosunków As/C i P/C. Przepraszam jeśli nie używam składni Wikipedii.

• Uważam, że to jest dobra "sugestia". Zaczynając od linku [1], który przedstawił kolega Masur można w nim znaleźć jednoznaczne stwierdzenie:
  Normal DNA has one phosphorus atom for each ten carbons (P:C = 10^-1), so the arsenate-grown ratio is only about one arsenic atom per 10,000 phosphorus atoms (i.e. one per 5 kb of double-stranded DNA). A 2x10^6 bp genome would contain 4x10^6 atoms of phosphorus, so if all this arsenate was really covalently in the DNA, each genome would only contain about 400 atoms of arsenic. And a phosphate-grown genome would contain 200!
  Natomiast jeśli chodzi o tabelę S2 (suplementary material do artykułu) to wynika z niej, że dla hodowli +As/-P DNA zawiera 299 ppb fosforu i tylko 27 ppb arsenu, w hodowli bez arsenu - jeszcze o wiele mniej.
  Uważam, że powinien się wypowiedzieć jeszcze ktoś abyśmy znaleźli konsensus. --Danielchemik (dyskusja) 19:30, 7 gru 2010 (CET)
  • Moje "nie bardzo" dotyczylo Oznacza to, że 96% szkieletu DNA składało się z fosforu., a nie ogolnego sensu krytyki. Co do tej, to mamy maly akapicik poswiecowny calosci krytyce. Jak narazie krytyka przedstawiona na blogu wylacznie (mowie o tym linku) nie jest "wyzej" niz publikacja w Science, a my nie mamy za zadanie bawic sie w samodzielne wazenie argumentow. Takze nie mozemy sie tu bawic w interpretacje danych, czy wyciaganie swoich wnioskow. Samo haslo wyraznie podkresla juz w pierwszych zdaniach, ze otrzymane wyniki to "byc moze". Obecnie nalezy sledzic rozwoj dyskusji nad tymi danymi i bazowac wylacznie na opublikowanej rzetelnej krytyce, ktora wlaczy sie wtedy do hasla. Masur juhu? 20:20, 7 gru 2010 (CET) ps. zeby bylo jasne, ja sie calkowicie zgadzam z krytyka publikacji. Samemu dyskuujac o niej z kolegami uznalismy, ze zdecydowanie brakuje prostych, acz jednoznacznych kontroli, a calosc roi wrazenie skleconej w pospiechu historii. I zgadza sie, ze krytyczny odbior tych wynikow wykracza poza kompetencje wiekszosci komentatorow i wspomnianych "mediow codziennych" (o co zreszta nietrudno). Jednak nie jest nasza rola poprawiac to. O zaistnialej krytyce nalezy, i zrobimy to, wspomniec, gdy bedzie ona ogloszona w rzetelny sposob w rzetelnym zrodle. Moze za miesiac Science opublikuje listy i komentarze, a moze wyda swoje oswiadczenie? Wtedy sie zobaczy. A moze do tego czasu te same media codzienne, zajma sie wlasnie ogloszeniem przez kogos krytyki? Obecnie haslo bazuje na opublikowanym w czasopismie arrtykule, wspomina o jego odbiorze w tym krytycznym. I taka jest rola encyklopedii. Masur juhu? 20:26, 7 gru 2010 (CET)
    • Całkowicie zgadzam się, że nie należy do nas ocenianie poprawności czy wiarygodności tych badań a już tym bardziej uleganie medialnej propagandzie. Uważam jednak, że w artykuł może wprowadzać czytelnika w błąd sugerujący, że w tych bakteriach wszystkie grupy fosforanowe nici DNA są zastąpione arsenianami dlatego proponuję zdanie w stylu: "Badania wykazały, że zawartość fosforu i arsenu we frakcji zawierającej DNA wynoszą odpowiednio P=299 ppb i As=27 ppb. Oznacza to, że najprawdopodobniej arsen zastępuje tylko pewną, niewielką część fosforu w strukturze DNA." Co wy na to? --Danielchemik (dyskusja) 23:37, 7 gru 2010 (CET)
      • Wartosci ppb podaje zrodlo, a czy interpretacja tego wyniku: Oznacza to, że najprawdopodobniej arsen zastępuje tylko pewną, niewielką część fosforu w strukturze DNA. jest podana za jakims zrodlem? Masur juhu? 06:54, 8 gru 2010 (CET)
        • Cytat z samej publikacji:[2]
          "NanoSIMS analysis of the DNA showed that the As:P ratio (oznacza już, że jest stosunek a nie pełne zastąpienie) on an atom per atom basis was significantly higher in the +As/-P versus -As/+P grown cells (Fig. 2A, 11¸table S2). Whether expressed as an ion ratio relative to C, (75As-:12C-, Fig. 2A) or 31P-:12C- (11) (table S2) or normalized by relative ion yield and expressed as a concentration in parts per billion (11) (table S2), we saw a similarly consistent trend, with significantly higher As in the +As/-P DNA, and higher P in the -As/+P DNA. In both cases, the non-amended element concentration was equal or less than background levels." --Danielchemik (dyskusja) 13:35, 8 gru 2010 (CET)
          • Wplotlem cos do tekstu o odkryciu (procz tego rozbudowalem sekcje krytyka). Zgodnie z oczekiwaniami zbiera sie coraz wiecej glosow krytycznych, jednak nie mozna mieszac ich i ich interpretacji z wynikami. Ale sadze, ze obecna sekcja "odkrycie" opisuje co dokladnie opisano w papierze, natomiast watpliwosci sa w sekcji "krytyka". Masur juhu? 10:08, 10 gru 2010 (CET)
            • Dokładnie o taką informację mi chodziło. Dziękuję. Przy okazji jeśli mogę tu wyrazić swoją opinię - jest to ciekawe odkrycie i ciekawe jakie będą ostateczne wyniki co do składu poszczególnych cząsteczek :) --Danielchemik (dyskusja) 01:32, 11 gru 2010 (CET)
              • No ja staram sie sledzic prase naukowa - przynajmniej ta z gornych polek i bede dopisywac, jak sie beda pojawiac nowe rzeczy. A miedzy nami - papier powinien zostac wycofany :) Masur juhu? 10:58, 11 gru 2010 (CET)
                • Przeczytałem większość tego artykułu i dyskusji ale nie jestem w stanie przeczytać całego, bo jest dużo danych i trochę mnie to nuży a nie znalazłem tego czego szukałem. A szukałem informacji o tym, że te bakterie normalnie żyją na fosforze, potrafią to i chętnie to robią ale jak mają go mniej a jest arsen to potrafią i jego wbudować (zamiast fosforu). Czytałem o GFAJach jeden artykuł, raz w życiu i oprócz całej historii odkrycia i innych informacji to też tam było napisane... Było to albo we Świecie Nauki albo w Gazecie Wyborczej w dziale Nauka, bo tylko to czytuję. ~~ Vinne2 [czyt. "winetu"] ✉! 23:39, 12 cze 2011 (CEST)
• Czy ma ktoś pomysł, jak sprytnie w samym wstępie zaznaczyć, że inni naukowcy mają wątpliwości? Bo obecnie rozwinięcie tychże znajduje się w sekcji krytyka, ale sam fakt tak ogromnych wątpliwości niewątpliwie winien znaleźć się we wstępie. Masur juhu? 16:20, 19 lip 2011 (CEST)

Praca Rosie Redfield "Absence of detectable arsenate in DNA from arsenate-grown GFAJ-1 cells" ukaze sie wkrotce w Science (obecnie obowiazuje na nia embargo, ale mozna je znalezc tutaj: http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1201/1201.6643.pdf. Tytul mowi wszystko.

• Wiem, monitoruję. Cześć już jest w haśle, resztę uzupełnie jak się ukaże w Science oficjalnie. Masur juhu? 08:13, 7 cze 2012 (CEST)