動画処理初心者です。

動画エンコに時間がかかるのは当然です。CPUをかえることでスピードは速くなりますが、それにも限界があります。よい方法としては

1.スピードの速いｴﾝｺｰﾀﾞにかえる。

圧縮率がさらに高いものでもｴﾝｺｰﾀﾞスピードは速いものがあります。(実測したわけではありませんが)DivXなどためしてみてはいかがでしょうか。

http://www.divx.com/

2.CPUを圧縮する処理をやめる。

CPUに負担がかかると当然遅くなります。場合によっては倍近くかかる場合もありますので、マウスさえ動かさないよう、動かしているアプリはタスクトレイも含めて全部消すべきでしょう。

3.CPUをかえる

現実的といえば現実的でしょう。お金はかかりますが手っ取り早いですし、自作PCでしたら組み替えも簡単です。(メーカーPCのばあいは多少苦労します)

今でしたらIntelからCoreDuoが出ていますので、この機会に乗り換えてしまってはいかがでしょうか？MTに完全対応ですので処理は早いと思います。(使ってみてないのでなんともいえません・・)

あと2台のPCによる連携ですが、一般人につかえるネットワーク連携ツールはまだないといってよいでしょう。

動画を半分に分けて無圧縮出力、両方のPCでエンコードして、あとからくっつけてエンコードなして出力というのは可能ですよ。AVIUTLはそれができるので、それが一番簡単だとおもいます。

すみませんURLはダミーです。

http://d.hatena.ne.jp/erupi/

自分もAVIUTLでの動画加工をしていますが、経験上、複数のフィルタを通すと、指数関数的に処理が遅くなります。

かけているフィルタの中に重いものがあるならば、処理をあえて２回に分けて「処理の軽いフィルタ全部」で１回処理をして中間ファイルとして動画を出力し（この時コーデックは可逆圧縮か、不可逆圧縮でも高ビットレートが良い）「処理の重いフィルタ１個」でもう１度処理して最終出力するようにすると、かなり時間を短縮できると思います。