日本で屋久島、白神山地、知床に次いで世界自然遺産になりそうなところ、またはすべきだと思えるようなすばらしい自然がある場所はどこでしょうか? (「世界遺産」ではないのでご注意を)

小笠原諸島

http://www.vill.ogasawara.tokyo.jp/outline/natural/index.html

島の誕生以来、一度も大陸と地続きになったことがない小笠原諸島では、動植物が隔離された環境で進化をしてきたため、他の地域では見られない固有種が数多く存在し、植物では自生種の約5割が固有種とされています。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%B0%8F%E7%AC%A0%E5%8E%9F%E8%AB%B...

http://www.pmiyazaki.com/kyusyu/aso/

阿蘇山

http://sakyu.city.tottori.tottori.jp/

鳥取砂丘

ぱっと思いつくところでこんなもんでしょうか。

富士山

いろいろ問題があると思いますが、富士山には是非世界自然遺産になって欲しいです。

父島・母島

http://www.bigheart.co.jp/ogasawara.htm

意外と無視されていて自然がたくさん残っている穴場！

西表島や奄美群島など……すでに登録にむけて準備をすすめているみたいですが。

http://www.y-mainichi.co.jp/news/6106/

http://www.pref.kagoshima.jp/kurashi-kankyo/kankyo/amami/ryukyuk...

私よりもこういうことに関心が高い人に答えるのは恐縮ですが、独特の生態系といえば、あとは

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BC%8A%E8%B1%86%E8%AB%B8%E5%B3%B...

伊豆諸島

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%AF%BE%E9%A6%AC#.E6.B0.97.E5.80....

対馬

でしょうか。

小笠原は知床と並ぶ候補でした。日本における次の世界遺産登録最有力です。

琉球（奄美含む）も政府が頑張るようです。

http://www.env.go.jp/press/press.php?serial=7696

現在の候補以外ではどうしても離島がメインになるでしょうね。

北海道　礼文島は高山植物が０メートルから自生するという点、島の西側が開発されていない点がいいかもしれません。

http://www5.ocn.ne.jp/~rebun-fl/hanasi4.htm

北海道　天売島は日本有数の海鳥の繁殖地。ものすごい数の海鳥がいます。

http://www.nipr.ac.jp/~penguin/oogataHP/workAt/teuri.htm

あと、いつになるかわかりませんが北方領土の択捉島も特異な地形とその自然で可能性があると思います。

ついでに仕事で以前に行ったことのある京都の芦生原生林も関西最後の自然といわれているそうです。

http://www2.famille.ne.jp/~akata/fami-sanko-hike/05071617asiu/05...

尾瀬

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%B0%BE%E7%80%AC

自然のすばらしさと環境の保護の為への取組は素晴らしいと思います。

他に東尋坊

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%9D%B1%E5%B0%8B%E5%9D%8A

自殺の名所として有名ですが崖の素晴らしさには目を見張る物があります。

小笠原諸島というよりは、人間や移入種の侵入のない南硫黄島でしょう。