Редактирование: Энциклопедия элементов ДНК

{{Infobox biodatabase
| title       = ENCODE
| logo        =
| description = Whole-genome database
| scope       =
| organism    =
| center      = [[University of California Santa Cruz]]
| laboratory  = Center for Biomolecular Science and Engineering
| author      = Brian J Raney<ref name='Raney2011'>{{статья |заглавие=ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) |издание=[[Nucleic Acids Research|Nucleic Acids Res.]] |том=39 |номер=Database issue |страницы=D871—5 |pmid=21037257 |pmc=3013645 |doi=10.1093/nar/gkq1017 |язык=en |тип=journal |автор=Raney B. J., Cline M. S., Rosenbloom K. R., Dreszer T. R., Learned K., Barber G. P., Meyer L. R., Sloan C. A., Malladi V. S., Roskin K. M., Suh B. B., Hinrichs A. S., Clawson H., Zweig A. S., Kirkup V., Fujita P. A., Rhead B., Smith K. E., Pohl A., Kuhn R. M., Karolchik D., Haussler D., [[Jim Kent|Kent, WJ]] |месяц=1 |год=2011}}</ref>
| pmid        = PMID 21037257
| released    = 2010
| standard    =
| format      =
| url         = {{URL|http://encodeproject.org/}}
| download    =
| webservice  =
| sql         =
| sparql      =
| webapp      =
| standalone  =
| license     =
| versioning  =
| frequency   =
| curation    =
| bookmark    =
| version     =
}}

'''Энциклопедия элементов [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]]''' ({{lang-en|The Encyclopedia of DNA Elements}}, '''ENCODE''') — международный исследовательский [[консорциум]], созданный в сентябре [[2003 год в науке|2003 года]]. Организован и финансируется [[США|американским]] [[Национальные институты здравоохранения США|Национальным институтом исследований генома человека]] ({{lang-en|National Human Genome Research Institute}}, ''NHGRI'')<ref name='Raney2011' /><ref>{{cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16925836?dopt=Abstract|title=EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project.|publisher=[[PubMed]]|language=en|access-date=2017-10-01|archive-date=2017-04-04|archive-url=https://web.archive.org/web/20170404080926/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16925836?dopt=Abstract|url-status=live}}</ref><ref>{{статья |автор=Клещенко Е. |заглавие=ДНК без мусора |оригинал= |ссылка=http://newtimes.ru/articles/detail/57391 |автор издания= |издание=The New Times |тип= |место= |издательство= |год=2012 |выпуск=29 (256) |том= |номер= |страницы= |isbn= |issn= |doi= |bibcode= |arxiv= |pmid= |язык= |ref= |archiveurl=https://web.archive.org/web/20120922222551/http://www.newtimes.ru/articles/detail/57391/ |archivedate=2012-09-22 }}</ref>. Задуманный как продолжение проекта «[[Проект «Геном человека»|Геном человека]]», ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов [[геном]]а человека. Все результаты, получаемые в ходе реализации проекта, публикуются в [[Медицинские базы данных|общедоступных базах данных]].

5 сентября 2012 года первые результаты проекта были опубликованы в виде 30 взаимосвязанных публикаций на сайтах журналов «[[Nature]]», «{{нп5|Genome Biology}}» и «[[Genome Research]]»<ref>{{cite web|url=http://genome.ucsc.edu/ENCODE/|title=ENCODE project at UCSC|publisher=ENCODE Consortium|accessdate=2012-09-05|archiveurl=https://web.archive.org/web/20120910041821/http://genome.ucsc.edu/ENCODE/|archivedate=2012-09-10|deadlink=yes}}</ref><ref>{{cite news |title=Detailed map of genome function |first=Fergus |last=Walsh |authorlink=Fergus Walsh |url=http://www.bbc.co.uk/news/health-19202141 |newspaper=BBC News |date=2012-09-05 |accessdate=2012-09-06 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20120905185509/http://www.bbc.co.uk/news/health-19202141 |archivedate=2012-09-05 }}</ref>. Эти публикации показывают, что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «[[Мусорная ДНК|мусорной]]». Однако такие поспешные выводы подвергаются критике со стороны многих учёных, которые указывают на отсутствие необходимых доказательств функциональности этих элементов<ref>{{Cite web|url = http://judgestarling.tumblr.com/|title = Dan Graur's blog|author = |date = |publisher = |access-date = 2014-12-29|archive-date = 2014-12-17|archive-url = https://web.archive.org/web/20141217203609/http://judgestarling.tumblr.com/|url-status = live}}</ref>.

== Актуальность ==
[[Геном человека]] по приблизительным оценкам содержит 20 000 белок-кодирующих [[ген]]ов (все вместе они составляют [[экзом]]), и на их долю приходится всего около 1,5 % [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]] генома человека. Первостепенная задача проекта ENCODE — определить функцию остальной части генома, большая часть которой традиционно рассматривалась как «[[Мусорная ДНК|мусор]]» (например, ДНК, которая не [[Транскрипция (биология)|транскрибируется]]).

Примерно 90 % [[Однонуклеотидный полиморфизм|однонуклеотидных полиморфизмов]] в геноме человека (которые, как было показано с помощью [[Полногеномный поиск ассоциаций|полногеномного поиска ассоциаций]], связаны с различными заболеваниями) найдено за пределами белок-кодирующих областей.<ref name="Maher_2012">{{статья |заглавие=ENCODE: The human encyclopaedia |издание=Nature |том=489 |номер=7414 |страницы=46—8 |pmid=22962707 |doi=10.1038/489046a |язык=en |автор=Maher B. |месяц=9 |год=2012 }}</ref>

Активность и экспрессия белок-кодирующих генов может регулироваться регуломом — различными элементами ДНК, такими как [[промотор]], регуляторные последовательности и участки [[хроматин]]а, а также модификации [[Гистоны|гистонов]]. Считается, что изменения в регуляторных областях могут нарушать [[Экспрессия генов|экспрессию]] белка и функционирование клетки и, таким образом, приводить к заболеваниям ([http://www.genome.gov/12513456 ENCODE Project Background]). Определяя расположение регуляторных элементов и их влияние на транскрипцию, можно выяснить связь между изменением уровней экспрессии конкретных генов и развитием заболеваний.<ref name=SN1827>{{cite web | last = Saey | first = Tina Hesman | title = Team releases sequel to the human genome | url = http://www.sciencenews.org/view/generic/id/343850/title/Team_releases_sequel_to_the_human_genome | publisher = Society for Science & the Public | date = 2012-10-06 | accessdate = 2012-10-18 | archive-date = 2012-10-23 | archive-url = https://web.archive.org/web/20121023180523/http://www.sciencenews.org/view/generic/id/343850/title/Team_releases_sequel_to_the_human_genome | url-status = live }}</ref>

ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.<ref name="urlThe ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project">{{cite web | url = http://www.sciencemag.org/content/306/5696/636.full?ijkey=B97GTMHPpxEc2&keytype=ref&siteid=sci | title = The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project | author = The ENCODE Project Consortium | year = 2004 | publisher = Science | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-02-27 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150227102513/http://www.sciencemag.org/content/306/5696/636.full?ijkey=B97GTMHPpxEc2&keytype=ref&siteid=sci | url-status = live }}</ref>

На сегодняшний день проект помогает в обнаружении новых регуляторных элементов ДНК, позволяя по-новому понять организацию и регуляцию наших генов и генома, а также того, как изменения в последовательности ДНК могут влиять на развитие заболеваний.<ref name="Maher_2012"/> Один из главных результатов проекта — описание того, что для 80 % человеческого генома на данный момент показана связь хотя бы с одной биохимической функцией.<ref name='pmid22955616'>{{статья |заглавие=An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome |издание=Nature |том=489 |номер=7414 |страницы=57—74 |pmid=22955616 |doi=10.1038/nature11247 |bibcode=2012Natur.489...57T |pmc=3439153 |язык=en |тип=journal |автор=Bernstein B. E., Birney E., Dunham I., Green E. D., Gunter C., Snyder M. |месяц=9 |год=2012}}</ref><ref name="url_Ars_Technica">{{cite web | url = https://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/ | title = Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history | author = Timmer J | date = 2012-09-10 | work = Staff / From the Minds of Ars | publisher = Ars Technica | accessdate = 2012-09-10 | archive-date = 2012-09-12 | archive-url = https://web.archive.org/web/20120912084430/http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/ | url-status = live }}</ref> Большинство этой некодирующей ДНК участвует в регуляции экспрессии кодирующих генов.<ref name='pmid22955616' /> Кроме того, экспрессия каждого кодирующего гена контролируется множеством регуляторых участков, расположенных как вблизи, так и на расстоянии от гена. Эти результаты демонстрируют, что генная регуляция оказывается намного сложнее, чем считалась ранее.<ref name="pmid22955811">{{статья |заглавие=Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA |издание=Science |том=337 |номер=6099 |страницы=1159, 1161 |pmid=22955811 |doi=10.1126/science.337.6099.1159 |язык=en |тип=journal |автор=Pennisi E. |месяц=9 |год=2012}}</ref>

== Проект ENCODE ==
Проект ENCODE реализуется в три этапа: начальная фаза, фаза развития технологии и продуктивная фаза.

В течение начальной фазы консорциум ENCODE оценивал стратегии для определения различных типов элементов [[геном]]а. Цель начального этапа состояла в определении набора процедур, которые в совокупности позволили бы точно и наиболее подробно охарактеризовать большие регионы [[Геном человека|генома человека]], с учётом экономической рентабельности и высокой эффективности процесса. Начальная фаза должна была выявить пробелы в наборе инструментов для определения функциональных последовательностей, а также показать, если какие-то из используемых методов окажутся неэффективными или непригодными для масштабного применения. Некоторые из этих проблем пришлось решать на этапе развития технологии ENCODE (проходящим одновременно с начальным этапом проекта), целью которого была разработка новых лабораторных и вычислительных методов, которые улучшили бы определение известных функциональных последовательностей или исследование новых функциональных элементов генома. Результат первых двух этапов на примере исследования 1 % человеческого генома определил наилучший способ анализа оставшихся 99 % с максимальной эффективностью и наименьшими затратами во время продуктивной фазы.<ref name="urlThe ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project" />

=== I фаза проекта ENCODE: начальная фаза ===
Во время пилотной фазы проводилось исследование и сравнение существующих методов тщательного анализа определённого участка последовательности генома человека. Она была организована как открытый консорциум и объединила исследователей с различной базой и опытом, чтобы оценить достоинства каждой техники, технологии и стратегии из разнообразного набора. В то же время целью фазы развития технологии проекта была разработка новых высокоэффективных методов для определения функциональных элементов. Целью этой работы было определение набора подходов, который бы позволил наиболее точно определять все функциональные элементы в геноме человека. Во время начальной фазы была определена способность различных методов к масштабированию для анализа всего генома человека целиком и выявлены пробелы в определении функциональных элементов в последовательности генома.

Начальная фаза проекта происходила при тесном сотрудничестве экспериментаторов и теоретиков, которое позволило оценить ряд методов для аннотирования генома человека. Набор участков, составляющий примерно 1 % (30 Mb) генома человека, был выбран в качестве мишени для начальной фазы проекта и анализировался всеми участниками пилотной фазы проекта. Все данные об этих регионах, полученные участниками ENCODE, были быстро выпущены в общедоступные базы данных.<ref name="birney">{{cite pmid|17571346}}</ref><ref name="urlENCODE: Pilot Project: overview">{{cite web | url = http://www.genome.gov/26525202 | title = ENCODE: Pilot Project: overview | author = ENCODE Program Staff | date = 2012-10-18 | publisher = National Human Genome Research Institute | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-04-24 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150424133332/http://www.genome.gov/26525202 | url-status = live }}</ref>

==== Результаты I фазы<ref name="birney" /> ====
* Геном человека транскрибируется повсеместно, так что большинство его оснований связано по крайней мере с одним первичным транскриптом, а многие транскрипты связывают дистальные области с определёнными локусами, кодирующими белок.
* Идентифицировано множество новых не кодирующих белок транскриптов, причем многие из них перекрывают локусы, кодирующие белок, и другие локусы, расположенные в областях генома, ранее считавшиеся транскрипционно «молчащими».
* Были идентифицированы многочисленные ранее нераспознанные сайты начала транскрипции, многие из которых демонстрируют структуру хроматина и свойства связывания с конкретными последовательностями белков, подобные хорошо изученным промоторам.
* Регуляторные последовательности, которые окружают сайты начала транскрипции, распределены симметрично, без смещения в сторону вышележащих участков.
* Доступность хроматина и паттерны модификации гистонов в высокой степени позволяют предсказать как присутствие, так и активность сайтов начала транскрипции.
* Дистальные гиперчувствительные сайты DNaseI имеют характерные паттерны модификации гистонов, которые надежно отличают их от промоторов.
* Время репликации ДНК коррелирует со структурой хроматина.
* В общей сложности 5 % оснований в геноме можно с уверенностью идентифицировать как находящиеся под эволюционными ограничениями у млекопитающих; для примерно 60 % этих ограниченных оснований есть доказательства функционирования на основе результатов экспериментальных анализов, выполненных на сегодняшний день.
* Различные функциональные элементы сильно различаются по изменчивости их последовательностей в человеческой популяции и по вероятности нахождения в структурно изменчивой области генома.
* Удивительно, но многие функциональные элементы, по-видимому, не ограничиваются эволюцией млекопитающих. Это предполагает возможность наличия большого количества нейтральных элементов, которые являются биохимически активными, но не приносят особой пользы организму. Этот пул может служить «складом» для естественного отбора, потенциально действуя как источник клоноспецифичных элементов и функционально консервативных, но неортологичных элементов между видами.

=== II фаза проекта ENCODE: продуктивная фаза ===
В сентябре 2007 года началось финансирование продуктивной фазы проекта ENCODE. На этом этапе целью был анализ генома целиком и проведение "дополнительных исследований в промышленных условиях.<ref name="urlGenome.gov | ENCODE and modENCODE Projects">{{cite web | url = http://www.genome.gov/10005107 | title = Genome.gov &#124; ENCODE and modENCODE Projects | author =  | date = 2011-08-01 | work = The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements | publisher = United States National Human Genome Research Institute | accessdate = 2011-08-05 | archive-date = 2011-08-07 | archive-url = https://web.archive.org/web/20110807010039/http://www.genome.gov/10005107 | url-status = live }}</ref>

Как и в начальной фазе, работа продуктивной фазы была организована в виде открытого консорциума. В октябре 2007 года Национальный институт исследований генома человека выделил на неё гранты общей суммой более 80 млн долларов на 4 года .<ref name="NIHalmanac">{{cite web |title=National Human Genome Research Institute - Organization |author= |date= |work=The NIH Almanac |publisher=United States National Institutes of Health |url=http://www.nih.gov/about/almanac/organization/NHGRI.htm |accessdate=2011-08-05 |archive-date=2015-10-04 |archive-url=https://web.archive.org/web/20151004184220/http://www.nih.gov/about/almanac/organization/NHGRI.htm |url-status=live }}</ref> Во время продуктивной фазы в состав проекта вошли Центр Координирования Данных, Центр Анализа Данных и Центр Технологических Разработок.<ref name="urlGenome.gov | ENCODE Participants and Projects">{{cite web | url = http://www.genome.gov/26525220 | title = Genome.gov &#124; ENCODE Participants and Projects | author =  | date = 2011-08-01 | work = The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements | publisher = United States National Human Genome Research Institute | accessdate = 2011-08-05 | archive-date = 2011-08-07 | archive-url = https://web.archive.org/web/20110807011303/http://www.genome.gov/26525220 | url-status = live }}</ref> В это время проект превращается в по-настоящему масштабное предприятие, включающее 440 ученых из 32 лабораторий по всему миру. В 2007 году, когда начальная стадия была закончена, проект нарастил мощности в значительной степени благодаря [[Методы секвенирования нового поколения|секвенированию нового поколения]]. Было обработано действительно много данных, исследователи получили около 15 терабайт сырой информации.

К 2010 году проектом ENCODE было получено более 1000 полногеномных наборов данных. Взятые вместе эти данные демонстрируют, какие участки, по-видимому, контролируют экспрессию генов, используемых в клетках определённого типа, и какие участки взаимодействуют с большим набором белков. Проект предоставляет информацию об участках транскрипции, ассоциированных с ними транскрипционных факторах, структуре хроматина и модификациях гистонов.

==== Результаты II фазы<ref>{{Статья|ссылка=https://www.nature.com/articles/489052a|автор=Joseph R. Ecker, Wendy A. Bickmore, Inês Barroso, Jonathan K. Pritchard, Yoav Gilad|заглавие=ENCODE explained|год=2012-09|язык=en|издание=Nature|том=489|выпуск=7414|страницы=52–54|issn=1476-4687|doi=10.1038/489052a|archivedate=2023-02-27|archiveurl=https://web.archive.org/web/20230227162219/https://www.nature.com/articles/489052a}}</ref> ====
* Подавляющее большинство (80,4 %) генома человека участвует по крайней мере в одном биохимическом событии, связанном с РНК и/или хроматином, по крайней мере в одном типе клеток. Большая часть генома находится рядом с регуляторными событиями: 95 % генома находится в пределах 8 килобаз от взаимодействия ДНК-белок (по результатам анализа мотивов ChIP-seq или связывания ДНКазы I), а 99 % находится в пределах 1,7 килобаз от хотя бы одного из биохимических событий, представленных ENCODE.
* Классификация генома на семь состояний хроматина предполагает начальный набор из 399 124 регионов с характеристиками, подобными энхансерам, и 70 292 регионов с характеристиками, подобными промоторам, а также сотни тысяч неподвижных регионов. Анализ высокого разрешения дополнительно подразделяет геном на тысячи узких состояний с различными функциональными свойствами.
* Можно количественно коррелировать образование и процессинг последовательности РНК как с метками хроматина, так и с связыванием факторов транскрипции (TF) на промоторах, что указывает на то, что функциональность промотора может объяснить большую часть вариаций экспрессии РНК.
* Многие некодирующие варианты в индивидуальных последовательностях генома лежат в функциональных областях, аннотированных ENCODE; это число, по крайней мере, не меньше тех, которые содержатся в генах, кодирующих белки.
* SNP, ассоциированные с заболеванием посредством GWAS, обогащены некодирующими функциональными элементами, большинство из которых находится в определённых ENCODE-определенных областях или около них, за пределами генов, кодирующих белки. Во многих случаях фенотипы заболевания могут быть связаны с конкретным типом клеток или транскрипционных факторов.
* Консорциум ENCODE

Консорциум ENCODE в основном состоит из ученых, которые спонсируются [[Национальные институты здравоохранения США|Национальным институтом исследований генома человека США]]. Другие участники проекта входят в Консорциум или Аналитическую рабочую группу.

Начальная фаза проекта состояла из восьми исследовательских групп и двенадцати групп, участвующих в фазе развития технологии проекта ENCODE ([http://www.genome.gov/12513391 ENCODE Pilot Project: Participants and Projects]). К концу 2007 года, когда пилотная фаза проекта официально завершилась, количество участников возросло до 440 ученых из 32 лабораторий, расположенных по всему миру. В настоящее время консорциум состоит из различных центров, которые выполняют различные задачи ([http://www.genome.gov/26525220 ENCODE Participants and Projects]):
# Производственные центры (ENCODE Production Centers)
# Центр координации данных (ENCODE Data Coordination Center)
# Центр анализа данных (ENCODE Data Analysis Center)
# Вычислительный анализ результатов (ENCODE Computational Analysis Awards)
# Технологическое развитие (ENCODE Technology Development Effort)

== Представленные данные ==
С 2007 года участниками проекта ENCODE было проведено большое количество исследований на основе различных биологических последовательностей для картирования функциональных элементов генома человека<ref>{{Статья|ссылка=https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046|автор=The ENCODE Project Consortium|заглавие=A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)|год=2011-04-19|язык=en|издание=PLOS Biology|том=9|выпуск=4|страницы=e1001046|issn=1545-7885|doi=10.1371/journal.pbio.1001046|archivedate=2020-11-17|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201117114806/https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046}}</ref>. Картированные элементы (и используемые подходы) включают области транскрипции РНК (RNA-seq, CAGE, RNA-PET и ручная аннотация), белок-кодирующие области (масс-спектрометрия), сайты связывания транскрипционных факторов (ChIP-seq и DNase-seq), структура хроматина (DNase-seq, FAIRE-seq, гистоновые ChIP-seq и MNase-seq) и сайты метилирования ДНК (анализ RRBS). Ниже подробно описаны данные, полученные участниками проекта за годы его работы и представленные на сайте проекта.

=== Транскрибируемые и белок кодирующие области ===
В рамках проекта была использована ручная и автоматическая аннотацию для создания исчерпывающего каталога человеческих белков-кодирующих и некодирующих РНК, а также псевдогенов, получившего название GENCODE.<ref>{{Статья|ссылка=http://genome.cshlp.org/content/22/9/1760|автор=Jennifer Harrow, Adam Frankish, Jose M. Gonzalez, Electra Tapanari, Mark Diekhans|заглавие=GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project|год=2012-09-01|язык=en|издание=Genome Research|том=22|выпуск=9|страницы=1760–1774|issn=1088-9051, 1549-5469|doi=10.1101/gr.135350.111|archivedate=2020-09-25|archiveurl=https://web.archive.org/web/20200925005250/https://genome.cshlp.org/content/22/9/1760}}</ref><ref>{{Статья|ссылка=http://genome.cshlp.org/content/22/9/1698|автор=Cédric Howald, Andrea Tanzer, Jacqueline Chrast, Felix Kokocinski, Thomas Derrien|заглавие=Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome|год=2012-09-01|язык=en|издание=Genome Research|том=22|выпуск=9|страницы=1698–1710|issn=1088-9051, 1549-5469|doi=10.1101/gr.134478.111|archivedate=2020-11-16|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201116221136/https://genome.cshlp.org/content/22/9/1698}}</ref> Каталог включает 20 687 генов, кодирующих белки, в среднем с 6,3 альтернативно сплайсированных на локус.

Кроме того, было аннотировано 8801 автоматически полученная малая РНК и 9640 вручную курируемых длинных некодирующих РНК (lncRNA). Сравнение lncRNAs с другими данными ENCODE показывает, что lncRNA генерируются посредством пути, аналогичного белок-кодирующим генам.<ref>{{Статья|ссылка=http://genome.cshlp.org/content/22/9/1775|автор=Thomas Derrien, Rory Johnson, Giovanni Bussotti, Andrea Tanzer, Sarah Djebali|заглавие=The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression|год=2012-09-01|язык=en|издание=Genome Research|том=22|выпуск=9|страницы=1775–1789|issn=1088-9051, 1549-5469|doi=10.1101/gr.132159.111|archivedate=2020-11-10|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201110232102/https://genome.cshlp.org/content/22/9/1775}}</ref> Проект GENCODE также аннотировал 11 224 псевдогена, из которых 863 транскрибируются и ассоциированы с активным хроматином.<ref>{{Статья|ссылка=https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-9-r51|автор=Baikang Pei, Cristina Sisu, Adam Frankish, Cédric Howald, Lukas Habegger|заглавие=The GENCODE pseudogene resource|год=2012-09-05|издание=Genome Biology|том=13|выпуск=9|страницы=R51|issn=1474-760X|doi=10.1186/gb-2012-13-9-r51}}</ref>

=== РНК ===
* [[Рибонуклеиновая кислота|РНК]] секвенировались 16 из разных клеточных линий и множества субклеточных фракций, чтобы разработать обширный каталог экспрессии РНК. При условии использования консервативного порога для идентификации областей активности РНК, 62 % геномных оснований воспроизводимо представлены в секвенированных длинных (> 200 нуклеотидов) молекулах РНК или экзонах GENCODE.
* Был использован метод CAGE-seq (выделение и секвенирование 5'-кэп-целевой РНК) для идентификации 62 403 сайтов начала транскрипции (TSS) с высокой достоверностью (IDR 0,01).
* Наконец, была обнаружена значительная доля кодирующих и некодирующих транскриптов, обработанных в устойчивые стабильные РНК короче 200 нуклеотидов. Эти предшественники включают РНК для переноса, [[микроРНК]], малую ядерную РНК и малую ядрышковую РНК ([[тРНК]], [[МикроРНК|miRNA]], snRNA и snoRNA, соответственно)

=== Участки связывания белков ===
Чтобы напрямую идентифицировать регуляторные области, участники проекта картировали места связывания 119 различных ДНК-связывающих белков и ряда компонентов РНК-полимеразы в 72 типах клеток с помощью ChIP-seq.<ref>{{Статья|ссылка=https://www.nature.com/articles/nature11245|автор=Mark B. Gerstein, Anshul Kundaje, Manoj Hariharan, Stephen G. Landt, Koon-Kiu Yan|заглавие=Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data|год=2012-09|язык=en|издание=Nature|том=489|выпуск=7414|страницы=91–100|issn=1476-4687|doi=10.1038/nature11245|archivedate=2020-11-05|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201105215922/https://www.nature.com/articles/nature11245}}</ref> Каждый сайт связывания был изучен на предмет обогащения известными ДНК-связывающими мотивами и наличия новых мотивов.

=== Гиперчувствительные к ДНКазе I области генома ===
Доступность хроматина, характеризуемая гиперчувствительностью к ДНКазе I, является отличительным признаком регуляторных областей ДНК.<ref>{{Статья|ссылка=https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.bi.57.070188.001111|автор=David S. Gross, William T. Garrard|заглавие=Nuclease hypersensitive sites in chromatin|год=1988-06-01|издание=Annual Review of Biochemistry|том=57|выпуск=1|страницы=159–197|issn=0066-4154|doi=10.1146/annurev.bi.57.070188.001111|archivedate=2020-11-16|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201116153433/https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.bi.57.070188.001111}}</ref><ref>{{Статья|ссылка=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcb.10397|автор=Fyodor D. Urnov|заглавие=Chromatin remodeling as a guide to transcriptional regulatory networks in mammals|год=2003|язык=fr|издание=Journal of Cellular Biochemistry|том=88|выпуск=4|страницы=684–694|issn=1097-4644|doi=10.1002/jcb.10397|archivedate=2020-11-11|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201111004629/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcb.10397}}</ref> Участники проекта картировали 2,89 миллиона уникальных, неперекрывающихся сайтов гиперчувствительности к ДНКазе I (DHS) с помощью DNase-seq в 125 типах клеток.

=== Участки модификации гистонов ===
Были проанализированы хромосомные местоположения 12 гистоновых модификаций в 46 типах клеток. Полученные данные показывают, что глобальные паттерны модификации сильно различаются для разных типов клеток в соответствии с изменениями транскрипционной активности. Было обнаружено, что интеграция различной информации о модификациях гистонов может использоваться систематически для присвоения функциональных атрибутов геномным областям.<ref>{{Статья|ссылка=https://www.nature.com/articles/nature09906|автор=Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Tarjei S. Mikkelsen, Noam Shoresh, Lucas D. Ward|заглавие=Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types|год=2011-05|язык=en|издание=Nature|том=473|выпуск=7345|страницы=43–49|issn=1476-4687|doi=10.1038/nature09906|archivedate=2020-11-05|archiveurl=https://web.archive.org/web/20201105175951/https://www.nature.com/articles/nature09906}}</ref>

=== Метилирование ДНК ===
[[Метилирование ДНК|Метилирование]] цитозина (обычно по динуклеотидам CpG) участвует в эпигенетической регуляции экспрессии генов. Метилирование промотора зачастую связано с репрессией, тогда как генное метилирование коррелирует с транскрипционной активностью.<ref>{{Статья|ссылка=https://www.nature.com/articles/nbt.1533|автор=Madeleine P. Ball, Jin Billy Li, Yuan Gao, Je-Hyuk Lee, Emily M. LeProust|заглавие=Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells|год=2009-04|язык=en|издание=Nature Biotechnology|том=27|выпуск=4|страницы=361–368|issn=1546-1696|doi=10.1038/nbt.1533|archivedate=2020-09-01|archiveurl=https://web.archive.org/web/20200901152814/https://www.nature.com/articles/nbt.1533}}</ref> Участники проекта использовали метод бисульфитного секвенирования ограниченных наборов геномных локусов (RRBS) для количественного профилирования метилирования ДНК в среднем для 1,2 миллиона CpG в каждой из 82 клеточных линий и тканей, включая CpG в межгенных областях проксимальных промоторах и областях внутри гена (тела генов).<ref>{{Статья|ссылка=https://www.nature.com/articles/nature07107|автор=Alexander Meissner, Tarjei S. Mikkelsen, Hongcang Gu, Marius Wernig, Jacob Hanna|заглавие=Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells|год=2008-08|язык=en|издание=Nature|том=454|выпуск=7205|страницы=766–770|issn=1476-4687|doi=10.1038/nature07107|archivedate=2021-03-08|archiveurl=https://web.archive.org/web/20210308161059/https://www.nature.com/articles/nature07107}}</ref>

=== Участки взаимодействия хромосом ===
Физическое взаимодействие между отдельными участками хромосом, которые могут быть разделены сотнями килобаз, считается важным в регуляции экспрессии генов 46. Метод 5C позволил обнаружить дальнодействующие взаимодействия с участками начала транскрипции (TSS) в целевом 1 % генома (44 пилотных региона ENCODE) в четырёх типах клеток (GM12878, K562, HeLa-S3 и H1 hESC) 49. Были найдены сотни статистически значимых дальнодействующих взаимодействий в каждом типе клеток после учёта поведения полимера хроматина и экспериментальных вариаций. Пары взаимодействующих локусов показали сильную корреляцию между уровнем экспрессии генов TSS и наличием определённых классов функциональных элементов, таких как [[энхансер]]ы. Среднее количество дистальных элементов, взаимодействующих с TSS, было 3.9, а среднее количество TSS, взаимодействующих с дистальным элементом, было 2,5, что указывает на сложную сеть взаимосвязанного хроматина. Такая переплетенная архитектура «дальнего действия» была также раскрыта по всему геному с помощью анализа взаимодействия хроматина с секвенированием парных концевых меток ([[ChIA-PET]]), применяемого для выявления взаимодействий в хроматине, обогащенном РНК-полимеразой II (Pol II) в пяти типах клеток.<ref>{{Cite web|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867411015170|title=Redirecting|website=linkinghub.elsevier.com|accessdate=2020-11-10|archive-date=2020-09-30|archive-url=https://web.archive.org/web/20200930165043/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867411015170|url-status=live}}</ref>

== Критика ==
Несмотря на утверждения консорциума о том, что проект ENCODE далек от завершения, реакция на уже опубликованные статьи и освещение в прессе была положительной. Редакторы журнала [[Nature]] и авторы проекта ENCODE пишут: «… мы сотрудничали на протяжении многих месяцев, чтобы возникла эта крупнейшая новость, которая привлечет внимание не только ученого сообщества, но и широкой публики» («… collaborated over many months to make the biggest splash possible and capture the attention of not only the research community but also of the public at large»).<ref name="urlFighting about ENCODE and junk : Nature News Blog">{{cite web | url = http://blogs.nature.com/news/2012/09/fighting-about-encode-and-junk.html | title = Fighting about ENCODE and junk | author = Maher B | date = 2012-09-06 | work = News Blog | publisher = Nature Publishing Group | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2013-08-06 | archive-url = https://web.archive.org/web/20130806230918/http://blogs.nature.com/news/2012/09/fighting-about-encode-and-junk.html | url-status = live }}</ref> Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80 % геноме человека имеет биохимическую функцию<ref name="pmid22955616"/> было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть [[Мусорная ДНК|«мусорной» ДНК]].<ref name="urlFar From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health - NYTimes.com">{{cite news | url = https://www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html?pagewanted=all | title = Far From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health | author = Kolata G | authorlink = Gina Kolata | date = 2012-09-05 | publisher = The New York Times | access-date = 2017-10-01 | archive-date = 2017-10-02 | archive-url = https://web.archive.org/web/20171002063638/http://www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html?pagewanted=all | url-status = live }}</ref><ref name="urlThe ENCODE media hype machine. « Genomicron">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2012/09/the-encode-media-hype-machine/ | title = The ENCODE media hype machine | author = Gregory TR | date = 2012-09-06 | publisher = Genomicron | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-04-06 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150406065821/http://www.genomicron.evolverzone.com/2012/09/the-encode-media-hype-machine/ | url-status = dead }}</ref>

Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» был раскритикован на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. Такое заключение было высказано, несмотря на общепринятую точку зрения, что множество элементов ДНК, которые [[Транскрипция (биология)|транскрибируются]], например, [[псевдогены]], тем не менее, не являются функциональными. Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству [[Ошибки первого и второго рода|ложноположительных результатов]].<ref name="pmid23431001">{{статья |заглавие=On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE |издание={{Нп3|Genome Biology and Evolution|Genome Biol Evol||Genome Biology and Evolution}} |том=5 |номер=3 |страницы=578—590 |pmid=23431001 |pmc=3622293 |doi=10.1093/gbe/evt028 |язык=en |тип=journal |автор=Graur D., Zheng Y., Price N., Azevedo R. B., Zufall R. A., Elhaik E. |год=2013}}</ref><ref name="urlSandwalk: On the Meaning of the Word Function">{{cite web | url = http://sandwalk.blogspot.com/2013/03/on-meaning-of-word-function.html | title = Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function" | author = Moran LA | date = 2013-03-15 | publisher = Sandwalk | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-04-06 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150406051115/http://sandwalk.blogspot.com/2013/03/on-meaning-of-word-function.html | url-status = live }}</ref><ref name="urlCritiques of ENCODE in peer-reviewed journals">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2013/04/critiques-of-encode-in-peer-reviewed-journals/ | title = Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron | author = Gregory TR | date = 2013-04-11 | publisher = Genomicron | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-04-02 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150402095211/http://www.genomicron.evolverzone.com/2013/04/critiques-of-encode-in-peer-reviewed-journals/ | deadlink = yes }}</ref> В некоторой степени произвольный выбор [[Культура клеток|клеточных линий]] и [[Факторы транскрипции|транскрипционных факторов]], так же как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стал дополнительным поводом для серьёзной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE.<ref name="pmid23818646">{{статья |заглавие=Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks |издание=[[Proceedings of the National Academy of Sciences|Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America]] |том=110 |номер=29 |страницы=11952—11957 |pmid=23818646 |doi=10.1073/pnas.1307449110 |язык=en |тип=journal |автор=White M. A., Myers C. A., Corbo J. C., Cohen B. A. |месяц=7 |год=2013}}</ref>

В ответ на эту критику было высказано мнение, что [[Транскрипция (биология)|транскрибирование]] большей части генома и [[сплайсинг]], которые наблюдаются у человека, являются более точным индикатором генетической функции, чем консервативность последовательности. Кроме того, большая часть [[Мусорная ДНК|«мусорной» ДНК]] участвует в [[Эпигенетика|эпигенетической регуляции]] и была необходимой предпосылкой для развития сложных организмов.<ref name="extent functionality">{{статья |заглавие=The extent of functionality in the human genome |издание=The HUGO Journal |том=7 |номер=1 |страницы=2 |doi=10.1186/1877-6566-7-2 |язык=und |автор=Mattick J. S., Dinger M. E. |год=2013}}</ref> В ответ на замечания насчет определения слова «функциональный» многие отметили, что в данном случае спор касается разницы в определении, а не сути проекта, которая заключается в предоставлении данных для последующих исследований биохимической активности не белок-кодирующих участков ДНК. Несмотря на то, что определения важны, и наука заключена в рамки языка, по-видимому, ENCODE добился своей цели, поскольку в настоящее время, в большом количестве научно-исследовательских статей используются данные, полученные проектом, а не обсуждаются определения «функциональности».<ref>{{статья |заглавие=Form and function |издание=Nature |том=495 |страницы=141—142 |doi=10.1038/495141b |ссылка=http://www.nature.com/news/form-and-function-1.12580 |язык=en |автор=Nature Editorial |число=14 |месяц=3 |год=2013 |archivedate=2015-04-27 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20150427051211/http://www.nature.com/news/form-and-function-1.12580 }}</ref> Эван Бирни (Ewan Birney), один из исследователей ENCODE прокомментировал некоторые реакции на проект. Он отмечает, что слово «функция» было использовано прагматично для обозначения «определенной биохимической активности», которая проявляется в различных классах экспериментов различным образом: [[Рибонуклеиновая кислота|наличие РНК]], модификации [[Гистоны|гистонов]], [[Дезоксирибонуклеаза I|ДНКазаI]]-гиперчувствительные области, [[ChIP-seq]]-пики [[Факторы транскрипции|факторов транскрипции]], [[футпринтинг ДНК]], участки связывания транскрипционных факторов и [[экзон]]ы.<ref name=Ewan>{{cite web|last1=Birney|first1=Ewan|title=ENCODE: My own thoughts|url=http://genomeinformatician.blogspot.com/2012/09/encode-my-own-thoughts.html|website=Ewan's Blog: Bioinformatician at large|date=2012-09-05|access-date=2015-04-30|archive-date=2015-04-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20150425153811/http://genomeinformatician.blogspot.com/2012/09/encode-my-own-thoughts.html|url-status=live}}</ref>

Кроме того проект критиковался за высокий бюджет (около 400 млн долларов в общей сложности) и покровительство со стороны так называемой «большой науки», фундаментальных научных исследований, которые забирают деньги у более продуктивных научных разработок, которые приходится проводить за счет самих исследователей.<ref name="urlDebating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen">{{cite web | url = http://www.mendelspod.com/podcast/debating-encode-with-dan-graur-and-michael-eisen#sthash.677QkEuH.hmZBwMqp.dpbs | title = Debating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen | author = Timpson T | date = 2013-03-05 | publisher = Mendelspod | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-04-11 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150411061236/http://mendelspod.com/podcast/debating-encode-with-dan-graur-and-michael-eisen/#sthash.677QkEuH.hmZBwMqp.dpbs | url-status = dead }}</ref> Стоимость начальной стадии проекта ENCODE оценивалась в 55 млн долларов, его расширение стоило примерно 130 млн долларов, и [[Национальные институты здравоохранения США|Национальный институт исследований генома человека США]] был готов выделить до 123 млн для следующего этапа проекта. Некоторые исследователи утверждают, что должной отдачи от инвестиций до сих пор не последовало. При попытке подсчитать все публикации, в которых ENCODE играет значительную роль, с 2012 года было выявлено 300 таких статей, 110 из них основывались на результатах, полученных в лабораториях без финансового участия ENCODE. Дополнительной проблемой стало то, что ENCODE не является уникальным названием, относящимся только к проекту ENCODE, поэтому слово 'encode' (кодировать) всплывает в большом количестве литературы по [[Генетика|генетике]] и исследованию [[геном]]а.<ref name="Maher_2012" />

В качестве ещё одного крупного замечания высказывается мнение, что результаты не оправдали количество потраченного времени и что проект в принципе бесконечен по своей сути. Хотя он и сравнивается с [[Проект «Геном человека»|проектом «Геном человека»]] и даже назван его продолжением, «Геном человека» имеет чёткое окончание, которое в настоящее время отсутствует у ENCODE.
 
Авторы проекта по всей видимости разделяют беспокойство научного мира и не отрицают наличие проблем, но в то же время пытаются оправдать свои усилия, объясняя в интервью подробности проекта не только научному сообществу, но и средствам массовой информации. Они говорят, что потребовалось более полувека, чтобы прийти от понимания того, что [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]] — это материальная основа [[Наследственность|наследственности]], к расшифровке последовательности [[Геном человека|генома человека]], так что их план на следующий век — понять эту последовательность<ref name="Maher_2012" />.

== Другие проекты ==
В настоящее время консорциумом ENCODE участвует в нескольких дополнительных проектах со схожими целями. Некоторые из этих проектов были частью второй фазы ENCODE.

=== modENCODE ===
По аналогии с проектом ENCODE был также начат проект картирования функциональных элементов генома основных [[Модельные организмы|модельных объектов]] — ''[[Drosophila melanogaster]]'' и ''[[Caenorhabditis elegans]]'' — {{lang-en|Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE)}}. Преимущество данного проекта состоит в возможности проведения на модельных организмах некоторых экспериментов, которые трудно или невозможно осуществить на человеке.<ref name="modencode_NHGRI">{{cite web | url=http://www.genome.gov/26524507 | title=The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE) | work=[[NHGRI]] website | accessdate=2008-11-13 | archive-date=2008-12-23 | archive-url=https://web.archive.org/web/20081223154431/http://www.genome.gov/26524507 | url-status=live }}</ref>

Проект был основан в 2007 году [[Национальные институты здравоохранения США|Национальным институтом здравоохранения США]] ({{lang-en|National Institutes of Health (NIH}}).<ref>{{cite web | url=http://www.genome.gov/26524648 | title=modENCODE Participants and Projects | work=[[NHGRI]] website | accessdate=2008-11-13 | archive-date=2008-10-01 | archive-url=https://web.archive.org/web/20081001161742/http://www.genome.gov/26524648 | url-status=live }}</ref><ref>{{cite web | url=http://www.lbl.gov/Science-Articles/Archive/LSD-modENCODE.html | title=Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies | work=[[Lawrence Berkeley National Laboratory]] website | date=2007-05-14 | accessdate=2008-11-13 | archive-date=2008-09-21 | archive-url=https://web.archive.org/web/20080921153251/http://www.lbl.gov/Science-Articles/Archive/LSD-modENCODE.html | url-status=dead }}</ref> В 2010 году modENCODE консорциум представил ряд статей в [[Science]] по аннотации и анализу распределения функциональных элементов в геноме Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. Данные из этих публикаций доступны на сайте modENCODE<ref name="urlmodENCODE">{{cite web | url = http://www.modencode.org/ | title = modENCODE | publisher = The National Human Genome Research Institute | work =  | accessdate =  | archive-date = 2010-12-27 | archive-url = https://web.archive.org/web/20101227221402/http://www.modencode.org/ | url-status = live }}</ref>.

В настоящий момент, modENCODE это исследовательское объединение, состоящее из 11 начальных проектов, разделенных между исследованием ''D. melanogaster'' и ''C. elegans''. Проект охватывает исследование следующих областей:
* Генная структура
* Профайлинг [[Экспрессия генов|экспрессии]] [[Рибонуклеиновая кислота|мРНК и нкРНК]]
* Участки связывания транскрипционных факторов
* Модификации и замена гистонов
* Структура [[хроматин]]а
* Инициация и последовательность этапов [[Репликация ДНК|репликации ДНК]]
* Вариативность количества копий<ref name="urlUnlocking the secrets of the genome">{{cite web | url = http://www.nature.com/nature/journal/v459/n7249/full/459927a.html | title = Unlocking the secrets of the genome | author = Celniker S | date = 2009-06-11 | publisher = Nature | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2015-02-21 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150221184448/http://www.nature.com/nature/journal/v459/n7249/full/459927a.html | url-status = live }}</ref>.

==== modERN ====
modERN ({{lang-en| model organism Encyclopedia of Regulatory Networks}}) является ответвлением modENCODE. Проект совмещает исследования групп ''C. elegans'' and ''D. melanogaster'' и фокусируется на идентификации дополнительных сайтов связывания транскрипционных факторов. Проект был начат одновременно с третьей фазой ENCODE, завершение планируется в 2017 г. В настоящее время modERN опубликовал результаты 198 экспериментов, другие 500 приняты к публикации и обрабатываются центром координации данных ENCODE.

=== Genomics of Gene Regulation ===
Программа Геномики регуляции генов ({{lang-en| Genomics of Gene Regulation}}, GGR) была запущена в начале 2015 [[Национальные институты здравоохранения США|учреждением Национальных институтов здоровья США]] и продлится три года. Целью программы является изучение генных сетей и путей в различных системах организма для дальнейшего углубления понимания механизмов, контролирующих экспрессию генов. Хотя проект ENCODE ведется отдельно от GGR, центр координации данных ENCODE хранит данные GGR на своем портале.

=== Roadmap ===
В 2008 [[Национальные институты здравоохранения США|учреждением Национальных институтов здоровья США]] был организован консорциум Разметки эпигенетической карты ({{lang-en| Roadmap Epigenomics Mapping Consortium}}), чьей целью стала разработка общедоступного источника эпигенетических данных генома человека для биологических и медицинских исследований. По результатам работы в феврале 2015 консорциум выпустил статью «Integrative analysis of 111 reference human epigenomes». Консорциум собрал and аннотировал регуляторные элементы в 127 референсных эпигеномах, 16 из которых были частью проекта ENCODE. Данные проекта Roadmap доступны на порталах [http://egg2.wustl.edu/roadmap/web_portal/index.html Roadmap] или [https://www.encodeproject.org/search/?type=ReferenceEpigenome&award.project=Roadmap ENCODE].

=== fruitENCODE ===
Проект fruitENCODE: энциклопедия элементов ДНК созревающих фруктов, являющийся частью ENCODE. Целью проекта является генерация датасетов: сайтов метилирования ДНК, гистонных модификаций, гиперчувствительных к ДНКазе I участков хроматина, экспрессии генов, сайтов связывания транскрипционных факторов для сочных плодов всех видов на разных стадиях развития. Предварительная дата публикации результатов размещается на портале [http://www.epigenome.cuhk.edu.hk/encode.html fruitENCODE].

== FactorBook ==
Полученные ENCODE данные по связыванию транскрипционных факторов в настоящее время доступны на Factorbook.org<ref>{{Cite web |url=http://www.factorbook.org/ |title=FactorBook |access-date=2015-04-30 |archive-date=2011-07-14 |archive-url=https://web.archive.org/web/20110714045430/http://www.factorbook.org/ |url-status=live }}</ref> — в базе данных, созданной на вики-основе. Первый выпуск FactorBook содержит:
* 457 наборов данных ChIP-seq для 119 транскрипционных факторов в некоторых культурах человеческих клеток
* Усредненные профили гистонных модификаций и позиционирования нуклеосом вокруг участков связывания транскрипционных факторов
* Мотивы, которыми обогащены участки связывания, а также расстояние между ними и их ориентация<ref name="urlFactorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium">{{cite web | url = http://nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D171.long | title = Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium | author = Wang J | date = 2012-11-29 | publisher = Nucleic Acid Research | access-date = 2015-04-30 | archive-date = 2016-11-21 | archive-url = https://web.archive.org/web/20161121033751/http://nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D171.long | url-status = live }}</ref>

== См. также ==
* [[Методы секвенирования нового поколения]]
* [[Секвенирование РНК]]
* [[SIMAP@home]]
* [[Проект «Геном человека»]]
* [[GENCODE]]

== Примечания ==
{{примечания|28em}}

== Ссылки ==
* {{Официальный сайт}}
* [http://www.genome.gov/10005107 Проект ENCODE] на сайте [[Национальные институты здравоохранения США|NHGRI]]
* [http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/encode/ Проект ENCODE/GENCODE] на сайте [[Wellcome Trust Sanger Institute]]
* [http://www.nature.com/encode/ Объединённые в интерактивную схему все опубликованные материалы участников проекта ENCODE]
* [http://www.nature.com/news/encode-the-human-encyclopaedia-1.11312 ENCODE: The human encyclopaedia]
* [http://lenta.ru/articles/2012/09/18/encode/ И.Якутенко. Слегка преувеличили]
* [http://www.modencode.org/ modENCODE официальный сайт]
* [http://genome.ucsc.edu/ENCODE/index.html Энциклопедия элементов ДНК] на сайте [[UCSC Genome Browser]]
* [http://www.factorbook.org/ FactorBook]
* [http://www.modencode.org/ modENCODE официальный сайт]
* [[GENCODE]]

{{внешние ссылки}}
[[Категория:Научные базы данных]]
[[Категория:Генетический анализ]]