Ascalaph Designer
Перейти к навигации
Перейти к поиску
| Ascalaph Designer | |
|---|---|
 Модель ДНК на Ascalaph Designer | |
| Написана на | C++ |
| Операционная система | Windows |
| Лицензия | GNU GPL |
| Сайт |
biomolecular-modeling.com/… biomolecular-modeling.com/… |
Ascalaph Designer — программа молекулярного моделирования общего назначения. Она предоставляет графическое окружение для консольных программ квантовой и классической механики Firefly, CP2K и MDynaMix[1][2], имеет возможности для конструирования молекулярных моделей, конформационной оптимизации и молекулярной динамики. Firefly/PC GAMESS[3][4][5] предоставляет широкий ряд квантовохимических методов.
Основные возможности
[править | править код]- Построение молекулярной модели (полимеры, наноструктуры, белки, нуклеиновые кислоты)
- Силовые поля AMBER/OPLS
- Оптимизация конформации
- Молекулярная динамика
- Квантовая химия
- Гибкая SPC модель воды[6]
Область применения
[править | править код]- Нуклеиновые кислоты [7]
- Белки
- Моделирование липидных мембран[8]
- Полиэлектролиты[9]
- Ионные жидкости[10][11]
- Термодинамические свойства жидкостей [12]
- Разработка молекулярно-механических силовых полей[13]
Примечания
[править | править код]- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures (англ.) // Computer Physics Communications[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 128. — P. 565—589.
- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems (англ.). — Heidelberg: Springer Berlin, 1998. — Vol. 1541. — P. 296—303. — (Lecture Notes in Computer Science). — ISBN 978-3-540-65414-8. — doi:10.1007/BFb0095310.
- ↑ Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS
- ↑ M.W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System (англ.) // J. Comput. Chem.[англ.] : journal. — 1993. — Vol. 14. — P. 1347—1363. — doi:10.1002/jcc.540141112.
- ↑ M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
- ↑ Toukan K and Rahman A. Molecular-dynamics study of atomic motions in water (англ.) // Physical Review B : journal. — 1985. — Vol. 31. — P. 2643—2648.
- ↑ Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld. Similarities and differences in interaction of K+ and Na+ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2006. — Vol. 34. — P. 686—696.
- ↑ C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev. Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer (англ.) // Journal of Computational Chemistry[англ.] : journal. — 2008. — Vol. 29. — P. 2359—2369.
- ↑ A. Vishnyakov and A.V. Neimark. Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 164902.
- ↑ G. Raabe and J. Köhler. Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 154509.
- ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang. Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys.[англ.] : journal. — 2005. — Vol. 7. — P. 2771—2779.
- ↑ T. Kuznetsova and B. Kvamme. Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys.[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 4. — P. 937—941.
- ↑ A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev. A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture (англ.) // J. Comp. Chem.[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 28. — P. 2020—2026.