運用上の話としてはありですね。
ntpdは128ms以内であれば1/2000で操作します。閏秒も例外的にそうすればよいですが、その代わり2000秒間は定義上の時刻とずれることになります。後々定義上の時刻を知りたいときに、計算が面倒かもしれません。それでも1秒くらいずれていても気にしないという場合は、面倒な計算をしないということも含め、運用上はありです。ただ、実装としてそれしかないと困るかもしれません。kernel, date, ntpdなどが同じ方式で正しく実装していないと、正確な時刻が知りたい人は困ることになります。
逆に、59秒が2回になっても気にしない。その1秒以外は定義上の時刻とあっている、59秒を2回繰り返す方法をとる、という手もありです。計算も面倒じゃない。すべてに於いてなかったことにすれば計算は楽（考慮しなくてよい）です。ただ、その1秒間の事は記録に残せません。また、時間が過去に戻ります。それが許容できないプログラム（終了時間-開始時間がアンダーフローとか）に気を付けなければなりません。
なんにしても正確な時刻が必要な人（観測系の人とか金融系の人？）は正しく61秒が扱える環境が欲しいわけですが、kernelが対応してもそれを扱えないソフトがあるとバグることに変わりはありません。外部からの入力に関してもそうです。ログに23:59:60.123とかあっても（閏秒の時だけは）エラーにならないとかいろいろあるでしょう。
そして、定義上はどの1秒も1秒としたいでしょう。

といっためんどくさい事から逃れられるのが、UTCはUTに追随しない。差が大きくなったら考える、というもの。
実際UT必要なのは天文系くらいでしょうから（必要ならUTとのオフセット調べればOKだし）それでよいのでは？