Eiler Hagerup var en norsk teolog. Han ble cand. theol. i 1704 og var kapellan i Kvernes fra 1709, hvor han sluttet seg til den pietistiske vekkelsen og ble med i Syvstjernen, en vennekrets av prester i Romsdal. I 1714 overrakte han til kongen i København Syvstjernens bønnskrift om forslag til en rekke kirkelige reformer. Han vant kongens gunst og fikk sognekall i Danmark i 1715.
I 1727 ble Hagerup lektor i teologi i Trondheim og leder av misjonen blant samene. Fra 1731 var han biskop i Trondhjems stift (Nidaros bispedømme). Etter hvert ble Hagerup en ortodoks statskirkemann.
Han var far til Christian Frederik Hagerup og Hans Hagerup.