Autokton betyr steddannet. Motsatt er allokton.
Bruk i ulike fag
Etnografi
Autokton brukes om befolkningsgrupper som har levd på et område over lang tid. Det kan være urbefolkninger som har levd i sitt land så lenge man har opplysninger tilbake i tiden, eller etniske grupper som har blitt en minoritet i en stat på grunn av grenseendringer.
Geologi
Autokton brukes om bergarter eller løsmasser som er dannet på stedet og ikke forflyttet ved skyvning, erosjon og liknende.
Limnologi
Autokton brukes i limnologi om organisk materiale som dannes i innsjøen selv, og om sedimenter (både organiske og uorganiske) som består av materiale dannet i innsjøen.
Medisin
Innen patologien brukes uttrykket autokton om sykdommer som oppstår lokalt i det geografiske området pasienten tilhører. I anatomien brukes begrepet 'autoktone muskler' om de dype ryggmusklene som kun har en lokal funksjon og danner en kompleks forbindelse med ryggsøylens tverrtagger og ryggtagger. Musklene kan ikke kontraheres isometrisk.