Jeger- og sankerfolk i de store skogene i nord og nordøst utgjør den eldste befolkningen i hva som i dag er Kongo. Disse, batwa/mbuti – også kjent som pygmeer, lever fortsatt i skogene i Kongo, men har i senere år blitt fortrengt bl.a. av hogst og deres livsform truet av krigen i den østlige del av landet. For vel to tusen år siden fant det sted en omfattende tilflytting av bantutalende folkegrupper, først fra nordvest, dernest også fra øst. De første dyrket jorden, de siste hadde også kveg og organiserte lokalsamfunn basert på fast bosetting, nye jordbruksteknikker og husdyrhold. På denne tiden ble det utviklet en jernalderkultur, og funn viser også kobberproduksjon fra 600-tallet.
Fra 1300-tallet vokste det frem flere statsdannelser i det sentrale Afrika. Enkelte av disse hadde en utviklet kultur med omfattende økonomisk aktivitet og komplekse administrative strukturer. Det eldste var trolig Teke-kongedømmet i vest, mens det dominerende rike var Kongo-kongedømmet, som strakte seg over et stort område i vest samt i det nordlige av dagens Angola – fra Kongo-floden i nord til Luanda i sør. Dette riket ble til bl.a. gjennom allianse med andre kongedømmer, som Tio og Loango, begge nord for elven, i dagens Kongo (Brazzaville). Gjennom oppdagere, handelsmenn og misjonærer stod Kongo-staten fra ca. 1480 i nær kontakt med Portugal, så vel som andre statsdannelser i området. Etableringen av portugisisk styre i Angola på slutten av 1500-tallet svekket Kongos innflytelse i sør, samtidig som kongedømmet la under seg nye områder i øst. Kongos storhetstid var under kong Affonso 1 (regjeringstid 1506–43); et hundreår senere gikk det i oppløsning. En avtale med Holland i 1641 førte til invasjon fra den portugisiske kolonien Angola i 1665, da kong Antonio 1 ble slått i slaget ved Mbwila. Angola gav opp forsøket på å erobre Kongo, men kongeriket gikk i oppløsning, mye pga. indre stridigheter.
En annen dominerende stat på denne tiden var Luba i den sørlige delen av det moderne Kongo. Samtidig, på 1600-tallet, vokste det nærliggende Lunda-kongedømmet frem i sør, til dagens Angola og Zambia. Luba-Lunda utviklet en sammenslutning med flere selvstyrte kongedømmer, hvorav Kazembe var det største, og utgjorde størsteparten av den morderne regionen Katanga. Andre mindre kongedømmer var Mwata Yamo og Kuba. Disse statene ble mot slutten av 1800-tallet svekket av arabiske slavehandlere og europeiske kolonialister, samt indre stridigheter og angrep utenfra. I det 18. århundre ble mye av den politiske strukturen i Sentral-Afrika endret, da handelsnettverk, ikke stater, ble den dominerende faktor – fremskyndet av den tiltagende handelen med Europa og Brasil. De sosiale og politiske strukturene i Kongo ble vesentlig endret som følge av det økte omfanget av handel med mennesker. Rundt midten av 1800-tallet ble slaver gradvis erstattet av andre varer; i Kongo særlig av rågummi mot slutten av hundreåret. Den andre store eksportvaren var fortsatt elfenben. Årsaken var både avskaffelsen av slaveri og fremveksten av industri i Vesten; slavehandelen østover fortsatte til århundreskiftet.
Portugiserne etablerte tidlig handel på Kongo-kysten, særlig basert på kontakten med Kongo-riket. Hollendere startet handel, særlig med Loango, tidlig på 1600-tallet. De viktigste handelsvarene var lenge slaver og elfenben; Loango eksporterte også kobber. Behovet for slaver i Brasil og Karibia økte etterspørselen og medførte jevn forsyning til 1800-tallet. Afrikanske kongedømmer bedrev selv slavehold, særlig av krigsfanger og kriminelle, og forsynte portugiserne med slaver. Østfra drev afroarabere med base på Zanzibar slavehandel. Slavehandelen ble senere etterfulgt av systematisk tvangsarbeid, i realiteten slavearbeid, i Fristaten Kongo og Belgisk Kongo.
Portugiserne var ute etter de antatte gullforekomstene i Kongo, men Kongo-staten beholdt selv kontrollen over utvinningen av kobber og jern. Senere, under belgisk styre, ble mineralutvinning den fremste inntektskilden fra kolonien. Handelen med europeerne var svært skjev, i det store rikdommer ble ført ut av Kongo, men få reelle verdier gitt tilbake som betaling. Rundt 1900 var Kongo den mest lønnsomme kolonien i Afrika – basert på eksport av gummi og elfenben, innsamlet gjennom tvangsarbeid.
Kolonitid
Handel og misjon åpnet Kongo for europeerne, uten at dette medførte direkte kolonisering. Bl.a. oppdageren Henry Morton Stanley, som 1877 fulgte Kongofloden østfra til utløpet i vest, ivret for at Storbritannia skulle ta kontrollen over området. Storbritannia var ikke interessert, men Frankrike etablerte seg på nordsiden av floden, i hva som ble Kongo (Brazzaville). Dette ansporet Belgias kong Leopold 2 i hans bestrebelser på å skaffe sitt land en koloni, men heller ikke belgiske myndigheter var interessert. Dette medførte at Leopold, bl.a. med støtte av Stanley, som kongen engasjerte for nye oppdrag i Afrika, selv satte seg fore å etablere en koloni i Kongo. Etter et politisk spill hvor ham fremstilte sin interesse som humanitær, fikk han støtte fra bl.a. Tyskland og USA, og sikret seg under Berlin-konferansen 1884–85 kontrollen med Kongo. Fra 1879 opprettet kongen en rekke handelsstasjoner langs Kongofloden, og hans intensjon var hele tiden å skape størst mulig fortjeneste på engasjementet i Afrika.
Forutsetningen for stormaktenes støtte til hans kolonifremstøt var at Kongo skulle være et frihandelsområde, og kolonien ble opprettet som Fristaten Kongo (État Indépendant du Congo) 1885. Like fullt lykkes Leopold i å opprette et handelsmonopol i Kongo, hvor belgiske selskap – der kongen selv var dominerende eier – fikk konsesjon for handel, samt for mineralutvinning. For at Kongo skulle skaffe kongen størst mulig fortjeneste på kortest mulig tid, ble et hensynsløst styre satt ut i livet av kolonitjenestemenn som i vesentlig grad arbeidet for private selskap, men i siste instans under kontroll av kongen. En forutsetning for profitabel utnytting av ressursene var bygging av en jernbane, som ble gjort ved hjelp av tvangsarbeid, og opprettelsen av skipstrafikk på Kongofloden. Særlig intensiv ble utbyttingen fra 1890-årene, da etterspørselen etter rågummi økte sterkt, og før plantasjer kunne forsyne markedet med denne varen i større omfang. Systematisk bruk av tvangsarbeid ble anvendt både for å samle inn villgummi og for å skaffe bærere for transport. Bruk av vold, særlig pisking, var svært utbredt, men drap var også vanlig. Fanger ble tatt og landsbyer ødelagt for å tvinge høvdinger til å skaffe det nødvendige antall bærere; hender ble hogd av for å skremme tvangsarbeiderne til å yte sitt ytterste. Sentral i kontrollen med kolonien var militær makt, fra 1888 organisert som kongens kolonihær i styrken Force Publique. Den bestod av afrikanske soldater, men ble ledet av europeiske offiserer og satt inn både for å kue befolkningen og slå ned motstand mot kolonistene. Motstanden var betydelig fra flere folkegrupper, og i deler av landet var det geriljakrig mot kolonimakten, til dels over flere år.
Et argument kong Leopold brukte for å få oppslutning i Europa og USA om sitt koloniprosjekt, var at han ville bekjempe slavehandelen som ble drevet fra Zanzibar; på slutten av 1800-tallet ledet av den best kjente av dem, Tippu Tip. Slavehandlere derfra kontrollerte store deler av det østlige og sørøstlige Kongo, og 1892–93 gikk Fristaten til krig mot dem for å gjenvinne kontrollen. Bruken av slavearbeid og voldsutøvelsen var kjent i Europa, bl.a. gjennom avsløringer fra misjonærer og borgerrettsforkjempere, men ble ikke avskaffet; de ansvarlige i Kongo ble sjelden stilt til rettslig ansvar. Utbyttingen i Fristaten Kongo er et av de best dokumenterte eksempel på den groveste form for utbytting i kolonihistorien, men fant også sted i andre kolonier, derunder i nabolandet Fransk Kongo.
Internasjonale protester førte til at den belgiske stat måtte overta ansvaret for territoriet, og Kongo ble belgisk koloni ved at parlamentet annekterte landet i 1908, som Belgisk Kongo. Da hadde kong Leopold sørget for at Fristatens arkiver var ødelagt, for å slette de fleste spor. En del av de verste overgrepene opphørte etter at den belgisk stat overtok, men den økonomiske virksomheten var ennå lenge basert på tvangsarbeid. Som i andre kolonier var én måte å tvinge den lokale befolkning til å arbeid for koloniherrene, å pålegge skatter – som medførte at de måtte ta lønnet arbeid, eller produsere varer som europeerne ville betale for. Følgelig fortsatte utbyttingen under belgisk styre, men mineraler erstattet etter hvert gummi som den viktigste eksportvare. Det er antatt at folketallet i Kongo ble halvert som følge av det brutale kolonistyret i årene rundt 1900, og at rundt ti millioner mennesker døde som direkte følge av dette.
Kong Leopolds Kongo ble i stor utstrekning styrt fra Brussel, ved hjelp av en privat koloniadministrasjon. En stor del av denne ble besatt av personell rekruttert fra flere europeiske land, derunder ca. 1500 fra Skandinavia. Også 200–300 nordmenn tjenestegjorde der, mange av dem sjømenn og offiserer. Disse virket som hhv. skipsoffiserer og offiserer i Force Publique eller gruveselskapenes sikkerhetsstyrker. Nordmenn var dermed også, direkte eller indirekte, med på overgrepene som fant sted i kolonien. Belgias konsul i Norge, industrilederen Christian Thams, deltok i rekrutteringen fra Skandinavia. Norske misjonærer har virket i Kongo fra rundt 1920; baptister i nord, pinsevenner i øst.
Belgia styrte sin Kongo-koloni med utstrakt grad av paternalisme – og skilte hvite og svarte i et segregert system basert på rase. Selv anså belgierne at de utviklet ent modell-koloni, med etablering av egne byforsteder for svarte, med helse- og skolevesen – det siste rett nok i vesentlig grad drevet av misjonærer. I likhet med portugiserne i sine kolonier, var belgierne lite mottakelige for tanken om selvstendighet for koloniene. De var derfor mot å utvikle en afrikansk middelklasse eller en utdannet elite som ville kreve selvstendighet. Mens grunnskolen var vel utbygd, fantes få tilbud om videre utdanning. Ved selvstendigheten var det derfor bare 17 kongolesere med universitetsgrad. Belgiere besatte de fleste stillinger i offentlig administrasjon. Mangelen på kongolesere med høyere utdanning, og få med erfaring fra høyere stillinger innen moderne forvaltning, bidrog til de store problemene Kongo stod overfor ved selvstendigheten, og som landet har vært preget av senere. Også politiske og regionale motsetninger som vokste frem under belgisk styre har vedvart, og utenlandske interesser har bidratt til å holde dem ved like. Som en av Afrikas mest mineralrike stater har Kongo tiltrukket seg utenlandske gruveinteresser fra kolonitiden og til i dag, og disse har i betydelig grad bidratt til konflikter og kriger i landet; både i borgerkrigen umiddelbart etter selvstendigheten og i borgerkrigen som i andre halvdel av 1990-årene utviklet seg til en regional krig. Forekomster av flere strategiske mineraler, som kobber, kobolt og uran, bidrog til at Vesten støttet et diktatorisk regime i 1970- og 1980-årene. De store naturrikdommene var hovedårsaken til at kong Leopold sikret seg kontrollen med Kongo, og til at Belgia ikke ønsket å gi kolonien selvstendighet.
I motsetning til Frankrike og Storbritannia var ikke Belgia innstilt på legge til rette for fremtidig selvstendighet; i likhet med Portugal så Belgia for seg å holde på territoriet. Og som i de store portugisiske koloniene Angola og Mosambik var det et stort antall europeere som hadde slått seg ned i Kongo, og som i stor utstrekning dominerte så vel offentlig administrasjon som besatte ledende stillinger i privat sektor. Først i 1950-årene ble politisk organisering tillatt. Alliance des Ba-Kongo (ABAKO) ble stiftet i 1950 som en kulturell organisasjon, for å styrke bakongespråket og -kulturen. Under ledelse av Joseph Kasavubu ble det omgjort til politisk parti i 1954.
I 1958 ble det mer radikale Mouvement national congolais (MNC) dannet av Patrice Lumumba. MNC gikk inn for en enhetlig kongolesisk stat etter selvstendigheten og forfektet panafrikanisme. Andre grupperinger, som Rassemblement Katangais, ønsket lokalt selvstyre for de forskjellige regioner innenfor en føderasjon. Belgia hadde sett for seg en langvarig prosess før Kongo fikk selvstyre, men nasjonalistene presset på for å få fortgang, og i 1957 begynte Belgia å forberede overgangen til selvstendighet, bl.a. gjennom lokale valg. Opptøyer i Kinshasa i januar 1959 krevde en rekke menneskeliv og medvirket til å fremskynde selvstendigheten; umiddelbart etter voldsomhetene anerkjente Belgia for første gang selvstendighet som endelig mål. En konferanse for å drøfte selvstendighet ble avholdt i Belgia i 1960, der belgierne gav etter for nasjonalistenes krav. I påfølgende valg i mai ble MNC til belgiernes overraskelse det største partiet, med flertall i Kongos første nasjonalforsamling.
Selvstendighet
Kongo ble selvstendig 30. juni 1960, styrt av en koalisjonsregjering med Lumumba som statsminister og Kasavubu som president. Pga. at hæren fortsatt ble ledet av belgiske offiserer, brøt det ut mytteri i de væpnede styrker, og Belgia sendte umiddelbart tropper for å slå det ned; offisielt for å beskytte belgiske borgere. Størstedelen av den europeiske befolkningen flyktet fra landet i panikk. Beskyttet av belgiske soldater erklærte Moïse Tshombe Katangas selvstendighet 11. juli, med seg selv som statsoverhode. Dette skjedde i forståelse med Belgia, Sør-Afrika og USA, og med støtte fra gruveselskapene, som hadde store interesser i provinsens mineralrikdommer. I august brøt også Kasaï ut og erklærte sin selvstendighet, men dette opprøret ble slått ned. Løsrivelsen av Katanga svekket Lumumbas strategi for et forent Kongo, og statsministeren brakte krisen inn for FN, som sendte en fredsbevarende styrke, Organisation des Nations Unies au Congo (ONUC), 1960–64, med bl.a. norsk deltakelse. Med ONUC på plass ble de belgiske styrkene etter hvert tatt hjem. FN-operasjonen ble en av de mest omfattende og krevende noen gang, og FN-styrken var involvert i direkte kamphandlinger, også med noen av de mange leiesoldatene som kjempet på begge sider. Konflikten fant sted på høyden av den kalde krigen, og Lumumba mottok støtte fra Sovjetunionen etter at USA ikke ville bistå ham i å sikre Kongos enhet. Konflikten var først og fremst en kamp mellom dem som ønsket en reell selvstendighet for Kongo, representert særlig ved Lumumba, og de som ønsket en nykolonial løsning, som Tshombe – der Vesten fortsatt kontrollerte råvarene. Dette medførte at bl.a. Belgia og USA motarbeidet Lumumba, som ble ansett for å være en farlig demagog og ble fremstilt som kommunist.
President Kasavubu avsatte statsminister Lumumba som følge av håndteringen av Katanga-krisen, men nasjonalforsamlingen nektet å godkjenne avsettelsen – og støttet Lumumba, som avsatte presidenten. I denne politiske krisen grep de militære, under ledelse av oberst Joseph-Désiré Mobutu, makten 14. september 1960. All politisk aktivitet ble suspendert, og Mobutu nedsatte en kommisjon som skulle styre landet. Samtidig dannet en del av Lumumbas ministre en ny regjering under ledelse av Antoine Gizenga i Stanleyville (Kisangani) og gjorde krav på å være den eneste lovlige. Lumumba ble flere ganger arrestert og mishandlet, til han 17. januar 1961 ble myrdet. Drapet ble utført i Katanga, på grunnlag av Mobutus beslutning og Tshombes ordre; av katangesiske soldater og belgiske polititjenestemenn i Katangas tjeneste. Da hadde den amerikanske etterretningsorganisasjonen CIA lenge planlagt å ta livet av statsministeren. Liket av Lumumba, og to andre nasjonalister som ble drept med ham, ble partert og oppløst i syre, for å slette alle spor. Først i 2002 vedgikk Belgia sin delaktighet i drapet og påtok seg et moralsk ansvar for at den valgte kongolesiske statsministeren ble myrdet.
Drapet på Lumumba var et tilbakeslag så vel for kongolesisk nasjonalisme som kontinental panafrikanisme, og den politiske utviklingen i Kongo etter hans død bestod i flere tiår av indre stridigheter, borgerkrig og utenlandsk militær innblanding. Lumumbas tilhengere ble forfulgt og flere opprør mot Mobutu og Kasavubu nedkjempet; flere tusen ble drept i første halvdel av 1960-årene. I 1966 ble Lumumba utropt til nasjonalhelt, samtidig som Mobutu startet sin nasjonale autentiseringspolitikk. I 1961 omkom FNs generalsekretær Dag Hammarskjöld da flyet hans styrtet over Nord-Rhodesia, mens han var på reise i et forsøk på å megle i konflikten. Lumumbas politiske mål, å samle det enorme landet, hvorav en stor del er lite tilgjengelig, i en enhetlig stat ble ikke nådd. Fraværet av en sterk sentral myndighet, en klar politikk og en demokratisk tradisjon fra den første tiden etter selvstendigheten er en hovedårsak til Kongos store problemer siden. En annen årsak er landets rikdom, som både har ført til utstrakt korrupsjon og til utenlandsk innblanding.
Kongos parlament møttes igjen i 1961 og utpekte en ny regjering under ledelse av Cyrille Adoula, fortsatt med Kasavubu som president – og med Mobutu som den sterke mann. På to konferanser i 1961 ble det besluttet å opprette en konføderasjon av kongolesiske stater, uten at dette ble iverksatt. Under press fra sentralmyndighetene sa Tshombe seg villig til å oppgi Katangas selvstendighet, men ga ikke opp sin posisjon før han i 1963 reiste i eksil, da Katanga også opphørte som stat. Året etter ble Tshombe invitert til å danne en samlingsregjering, og stod overfor militær motstand mot regjeringen i flere deler av landet. 1964 tilkalte han belgiske styrker som støtte for å slå ned opprøret ledet av det marxistiske Conseilé national de libération (CNL), de såkalte simbaene; etablert 1963 av bl.a. senere president Laurent-Désiré Kabila. Regjeringen engasjerte også et stort antall utenlandske leiesoldater. Opprørerne ble støttet av bl.a. Algerie og Egypt, som bistod med våpen og rådgivere. Ugandiske tropper gikk inn i Øst-Kongo for å støtte opprørerne. Dette scenariet gjentok seg langt på vei tre tiår senere, under den neste borgerkrigen i Kongo – da opprør i øst førte til at bl.a. Uganda intervenerte, og myndighetene hyrte inn leiesoldater for å styrke en svak regjeringshær.
Et nyvalg 1965 ble vunnet av Tshombes Convention national congolais (CONACO). Opposisjonen samlet seg i Front démocratique congolais (FDC). Støttet av FDC gikk president Kasavubu mot flertallet i parlamentet og utpekte Evariste Kimba som statsminister. Denne fastlåste parlamentariske situasjonen endte med at de militære, under ledelse av general Mobutu, grep makten i november 1965. Opprør i regionene Kwilu, Kivu og Katanga ble slått ned. Opprør i Kisangani 1966 og 1967 var iverksatt av tilhengere av Tshombe, som 1967 ble dømt til døden in absentia, for forræderi. Mobutu tok etter kuppet selv over som statssjef og forbød snart all partipolitisk virksomhet. I 1967 dannet han sitt eget statsbærende parti, Mouvement populaire de la révolution (MPR) året etter. En ny grunnlov fra 1967 gav presidenten utøvende makt. I Kivu og Katanga kom det til nye opprør. I Katanga gikk en styrke inn fra Angola, 1967, i et forsøk på å gjeninnsette Tshombe. En av opprørslederne fra CNL, Pierre Mulele, ble henrettet 1968. Tshombe døde av naturlige årsaker 1969.
I 1970 lot Mobutu seg velge til president uten motkandidat, og han startet en politisk prosess for å styrke sin innflytelse og i realiteten gi ham eneveldig makt. I 1971 skiftet landet navn til Zaïre, og en nasjonalistisk politikk basert på såkalt «afrikansk autensitet» førte til at alle europeiske navn måtte byttes ut – både på steder og personer; presidenten tok selv navnet Mobutu Sese Seko Kuku Ngbendu Wa Za Banga. En personkult ble bygd opp rundt Mobutu, til dels inspirert av Mao, etter et besøk til Kina. Mobutu gjorde Zaïre til en sekulær stat og forsøkte å erstatte kristendom med «mobutisme». Utenlandske handelsmenn ble tvunget fra landet og forretningene deres konfiskert. Mobutu satte Zaïre på verdenskartet da mesterskapskampen i boksing mellom George Foreman og Muhammed Ali ble holdt i Kinshasa 1974.
En opprørsstyrke, Front national pour la libération du Congo (FNLC), gikk inn i Shaba-provinsen (tidligere Katanga) i 1977. Mobutu fikk hjelp fra Marokko, som sendte en militær styrke fløyet inn av Frankrike; Egypt og Frankrike sendte teknikere. Et enda alvorligere opprør i Shaba fant sted i 1978, da en ny invasjonsstyrke under samme navn og ledelse kom fra baser i Angola via Zambia og okkuperte gruvebyen Kolwezi. Frankrike intervenerte og slo ned opprøret; Belgia sendte også tropper. Marokko sendte på ny soldater, denne gang som del av en panafrikansk styrke, som ble trukket ut 1979. Zaïre mottok også betydelig økonomisk og militær bistand fra USA, og var for en lengre periode en av USAs nærmeste allierte i Afrika. USA benyttet bl.a. Zaïres Kamina-base for å forsyne opprørsstyrker i Angola med våpen. Opprørernes nederlag i Shaba i 1977–78 styrket Mobutus stilling, som han befestet ytterligere ved systematisk undertrykkelse og omfattende bestikkelser – finansiert gjennom presidentens underslag fra statskassen. Zaïres økonomi ble sterkt svekket pga. vanstyret, hvilket medførte økt sosial uro. Særlig fra begynnelsen av 1980-årene vokste det frem en betydelig politisk opposisjon. Internasjonalt vokste kritikken mot regimet, bl.a. for brudd på menneskerettighetene – uten at dette førte til at Frankrike og USA trakk tilbake sin støtte til Mobutu. Misnøye i de væpnede styrker førte flere ganger til opptøyer: uroligheter etter et soldatopprør i 1991 førte til at Frankrike og Belgia sendte tropper for å beskytte og evakuere egne borgere. De to land grep på ny militært inn da enheter fra hæren i 1993 stod bak nye opptøyer.
Den organiserte politiske opposisjonen mot regimet opererte bl.a. fra eksil i Belgia, men var splittet og hadde liten tyngde. Dette bildet endret seg en del fra slutten av 1980-årene, og presset mot Mobutus styre ble sterkere; forsterket både av den økonomiske situasjonen i Zaïre og den internasjonale politiske utvikling etter den kalde krigen, hvor det politiske presset for demokratisering også fra USA ble følbart. I 1990 kunngjorde Mobutu at det skulle innføres fullt flerpartisystem og opphevet forbudet mot partier. Sentralt blant de nye partiene varUnion des fédéralistes et républicains indépendants (UFERI), ledet av Nguza Karl-I-Bond, og Union pour la démocratie et le progrés social (UDPS), ledet av Etienne Tshisekedi.
Det tiltagende politiske presset førte til at det i 1991 ble avholdt en nasjonal konferanse om Zaïres politiske fremtid. Året etter erklærte den seg selvstendig og gav seg selv fullmakt til å utstede lover, for slik å undergrave regjeringens autoritet og derved svekke presidentens makt. Kongressen valgte Tshisekedi til statsminister; Mobutu fikk fortsette som president mot å akseptere konferansens beslutninger. I desember oppløste konferansen seg, og innsatte i stedet et råd, Haut conseil de la république (HCR), erstattet av Haut conseil de la république–parlement de transition (HCR–PT) året etter, som utarbeidet ny grunnlov, som skulle gjøre Zaïre til en føderal stat med 26 provinser. Grunnloven skulle vedtas i en folkeavstemming i desember 1996, men før denne kunne avholdes, brøt det ut et omfattende opprør øst i landet, som både førte til at Mobutu ble styrtet og at Zaïre ble kastet ut i en langvarig borgerkrig.
Borgerkrig
Etter folkemordet i nabolandet Rwanda 1994 søkte restene av det avsatte huturegimet tilflukt i det østlige Zaïre, primært rundt Goma i Kivu. Her organiserte de på ny militære enheter, som ble ansett for en trussel mot den nye tutsi-dominerte regjeringen i Rwanda, så vel som mot tutsibefolkningen i Zaïre, de såkalte banyamulenge. Opprøret som i oktober 1996 brøt ut i det østlige Zaïre, hadde utgangspunkt i en etnisk konflikt i Sør-Kivu, der den ca. 300 000 personer store banyamulenge-befolkningen av lokale myndigheter ble gitt ordre om å forlate Zaïre; banyamulenge var i 1981 fratatt sitt zaïrske statsborgerskap, hvilket gjorde dem statsløse – og i praksis rettsløse. En gruppe væpnede banyamulenge angrep den rwandiske hutumilitsen Interahamwe, snart også zaïrske regjeringsstyrker; Zaïre beskyldte Rwanda for å bevæpne banyamulenge. Snart ble rwandiske styrker sett i Nord-Kivu, og rwandiske myndigheter vedgikk etter hvert at landet hadde invadert Zaïre. Disse mente å ha legitime sikkerhetshensyn å ivareta, idet hutustyrkene i Zaïre både angrep mål i Rwanda og arbeidet for å styrte det nye regimet der. Med støtte fra Rwanda tok banyamulenge-militsen kontrollen over deler av Øst-Zaïre. Opprøret samlet snart flere motstandere av Mobutus regime, og fem grupper organiserte seg som Alliance des forces démocratiques pour la libération du Congo-Kinshasa (AFDL), ledet av Laurent-Désiré Kabila. AFDL tok raskt kontrollen over provinshovedstedene Bukavu og Goma, og fra de østlige Kivu-provinsene rykket opprørsstyrkene videre vest- og sørover. Der tok de kontrollen over stadig større deler av landet, til tross for en motoffensiv fra Mobutus regjeringshær. De strategisk viktige byene Kisangani og Lubumbashi falt, og opprørerne avviste en våpenhvileplan utarbeidet av FN, og fortsatte marsjen mot Kinshasa. USA oppfordret Mobutu til å gå av. Under mye av borgerkrigen oppholdt den kreftsyke presidenten seg mye i utlandet, men vendte hjem bl.a. for å forhandle med Kabila om en fredelig løsning. Særlig Sør-Afrika søkte å bidra med megling, men samtalene førte ikke frem, og Mobutu drog 16. mai 1997 i eksil til Marokko, hvor han døde samme år. AFDL-styrkene inntok Kinshasa 17. mai.
Opprørsstyrkene møtte liten motstand fra den zaïrske regjeringshæren, som dels gikk i oppløsning. Som under den første borgerkrigen i 1960-årene rekrutterte regjeringen utenlandske leiesoldater, betalt direkte av Mobutu og med base i Angola. Soldater fra den angolanske opprørsbevegelsen UNITA deltok på Mobutus side; det samme gjorde hutusoldater fra Rwanda og -milits fra Burundi. AFDL mottok støtte fra flere land; fremfor alt Rwanda, som bidrog med soldater og offiserer, samt utrustning. Det var tutsioffiserer fra den rwandiske og ugandiske hæren som i realiteten ledet fremrykkingen tvers gjennom Zaïre til hovedstaden. Tutsienes motstand mot Mobutu skyldtes i stor grad hans mangeårige støtte til hutuene i Rwanda, og den militære kampanjen mot ham hadde en klar regional dimensjon. Også Angola, Burundi, Tanzania og Uganda støttet AFDL. Disse, og flere andre land, engasjerte seg på ny i konflikten i Zaïre/Kongo de neste årene – på hver sin side i en åpent regional krig med utspring i et nytt opprør i det østlige Kongo.
Kabila utnevnte seg til president etter at Mobutu flyktet og Kinshasa falt, og etablerte et presidentstyre og avskaffet statsministerposten; politiske partier ble for en overgangsperiode forbudt. Landets gamle navn, Den demokratiske republikken Kongo, ble tatt tilbake, og den tidligere valuta, Kongo-franc, erstattet zaïre som myntenhet.
Kabilas maktovertakelse førte midlertidig til en relativ sikkerhetsmessig stabilitet i Kongo, men situasjonen forble usikker bl.a. fordi hutumilits fra Burundi og Rwanda fortsatt fantes øst i landet. Væpnede grupper fra Uganda opererte også i samme område, mens UNITA-styrker søkte tilhold sør i landet. Kabilas popularitet sank etter hvert som det ble klart at han ikke ville innføre demokratisk styresett på kort sikt, samtidig som økonomisk fremgang uteble. Hans tilsynelatende avhengighet av tutsistyrken som hadde brakt ham til makten, vakte også mistro. Etter at et komplott mot ham ble avslørt, beordret han de ledende tutsioffiserer vekk, og fikk hjelp fra Nord-Korea til å trene en ny kongolesisk regjeringsstyrke, Forces armées congolaises (FAC). I juli ble de gjenværende rwandiske styrker vist ut av Kongo. Rwanda og Uganda svarte med å ta kontrollen over store deler av Øst-Kongo, samtidig med at et nytt militært opprør mot Kinshasa-regjeringen brøt ut i dette området i august 1998. Det hadde mange paralleller med opprøret Kabila selv ledet i 1996–97 – men denne gang var det rettet mot ham. Slik Rwanda og Uganda deltok i opprøret Kabila ledet, spilte de også en sentral rolle i opprøret mot ham. Denne gang involverte flere land seg i konflikten, som utviklet seg til Afrikas første flernasjonale militære konflikt – en regional krig i ett land.
Regional krig
Opprøret mot Kabila i det østlige Kongo høsten 1998 utviklet seg raskt til en vesentlig mer omfattende krig enn kampen Kabila selv hadde ledet fra det samme området to år tidligere. Flere kongolesiske grupper deltok i opprøret, fra starten fremfor alt Rassemblement congolais pour la démocratie (RCD), som særlig bestod av misfornøyde FAC-soldater og mange av tutsi-herkomst, og som ble støttet av Burundi, Rwanda og Uganda. Som to år før var banyamulenge-milits sentral i å starte opprøret, idet de anklaget Kabila for ikke i tilstrekkelig grad å ivareta deres interesser, derunder å beskytte dem fra angrep fra rwandisk hutumilits. Opprøret ble også påvirket av overgrep mot tutsier i Kinshasa, utført av regjeringsstyrkene. Mouvement national de libération du Congo (MLNC), støttet av Uganda, var en annen milits som sluttet seg til kampen. Dernest sluttet Union des républicains nationalistes pour la libération (URNL) seg til motstandsfronten; URNL bestod særlig av soldater fra tidligere president Mobutus spesialgarde, som derved vendte tilbake til hjemlandet etter å ha vært i eksil (og kjempet i borgerkrigen) i nabolandet Kongo (Brazzaville). Den viktigste militære støtten til RCD kom fra de rwandiske og ugandiske regjeringsstyrkene, samt desertører fra den kongolesiske regjeringshæren, FAC. Offiserer fra de tidl. zairske regjeringsstyrkene, Forces armées zairoises (FAZ), sluttet seg også til motstandsbevegelsen.
Støttet av rwandiske tropper rykket opprørerne raskt frem, og var allerede i august ved å ta Kinshasa. Dette ble forhindret ved at Kabila ba om støtte fra andre land i regionen. Angola, Namibia, Tsjad og Zimbabwe sendte militære avdelinger til Kongo; senere bidrog også Sudan. Angola, Namibia og Zimbabwe sendte sine styrker gjennom et felles initiativ, sanksjonert av den regionale organisasjonen Southern African Development Community (SADC), som Kongo sluttet seg til 1997. Et annet SADC-medlem, Tanzania, sendte militære instruktører til FAC. Zimbabwes president Robert Mugabe var drivkraften bak SADC-initiativet og forsøkte å få med flere land i en unnsetning for regjeringen i et medlemsland som etter hans syn var utsatt for aggresjon fra andre stater, dvs. Rwanda og Uganda. Også den rwandiske hutu-militsen Interahamwe sluttet seg til Kabilas front, sammen med de gjenværende – og gjenoppbygde – deler av Rwandas tidligere regjeringsstyrker. Soldater som var lojale til den tidligere ugandiske president Idi Amin sluttet seg også til Kabilas front. På det politiske plan fikk Kabila støtte særlig av de fransktalende landene i Sentral-Afrika. Både hos disse, og enkelte andre land, var støtten uttrykk for frykt for innflytelsen til det nye og militært sterke tutsi-dominerte regimet i Rwanda, som i utgangspunktet var nært knyttet til Uganda. Det var frykt for at det var i ferd med å utvikle seg et nytt maktsenter i det sentrale Afrika, og at det østlige Kongo, eller sågar hele Kongo, ville slutte seg til denne konstellasjonen. Allerede gjennom flere år var denne delen av Kongo i praksis nærmere knyttet til nabolandene i øst enn til den zaïrske regjeringen langt vest.
Krigen i Kongo hadde også en annen regional dimensjon, idet den langt på vei var en videreføring av borgerkrigen i Rwanda på midten av 1990-årene. Dette var en konflikt der hutuer og tutsier stod på hver sin side i en maktkamp, hvilket også var tilfellet i Burundi, og som ble eksportert til Zaïre/Kongo etter regimeskiftet i Rwanda 1994 – da rwandiske eksil-hutuer kom i konflikt med den kongolesiske tutsibefolkningen banymulenge. Den rwandiske regjeringens offisielle begrunnelse for å støtte opprøret i 1998 var da også å bekjempe de (hutu-)styrker som i 1994 stod bak folkemordet i Rwanda, og som fortsatt utførte terrorangrep mot sivile i Rwanda fra baser i Kongo. Den samme begrunnelsen hadde regjeringen i Burundi, som i langt mindre utstrekning, og mer uoffisielt, intervenerte i konflikten. Kongo ble brukt som baseområde både for burundisk og rwandisk hutumilits, samt av restene av Rwandas regjeringshær. Den tutsi-dominerte burundiske regjeringshæren ønsket med sin involvering i Kongo å redusere manøvreringsrommet til (hutu-)opprørerne i Forces pour la défence de la démocratie (FDD) og militsen Palipehutu, som begge opererte fra baser øst i Kongo.
En tredje regional dimensjon var flerfasettert, basert på at en mangeårig mangel på sentral kontroll med denne delen av Zaïre under Mobutu, og som ikke ble styrket under Kabila, muliggjorde at ulike konflikter kunne bli utkjempet her, uten en regjering med evne til å forhindre det. Krigen i Kongo 1998–99 var derfor en meget sammensatt konflikt, som ikke bare handlet om Kongos egne motsetninger og fremtid, men også innbefattet flere av regionens gamle konflikter – nå utkjempet som en del av krigen på kongolesisk territorium. Ved siden av maktkampen mellom hutuer og tutsier i Burundi og Rwanda, ble den interne konflikten i Uganda også utkjempet i Kongo; og denne var knyttet til krigen i Sør-Sudan. Flere ugandiske grupper var aktive og angrep mål i Uganda fra Kongo.
Det østlige Kongo ble også arena for konflikten mellom Uganda og Sudan, hvilket var én drivkraft for Ugandas involvering i den kongolesiske borgerkrigen. Uganda støttet opprørsstyrken Sudan People's Liberation Army (SPLA), hvilket bidrog til at Sudan støttet Kabila. Også en front i Angolas borgerkrig ble lagt til Kongo: under Mobutu støttet Zaïre opprørsbevegelsen UNITA i Angola, og da denne ble sterkt presset i slutten av 1990-årene søkte UNITA-soldater retrett til Kongo, hvor organisasjonen hadde flere baser. Når Angola gikk med på Kabilas side i 1998, var det for å redusere UNITAs posisjon i Kongo. Også under borgerkrigen i nabolandet Kongo (Brazzaville), spilte Zaïre/Kongo en rolle som ukontrollert, tilgjengelig territorium, som styrkene til den avsatte president Pascal Lissouba utnyttet i omgrupperingen etter nederlaget 1997; angolanske regjeringsstyrker og UNITA-tropper deltok på hver sin side også i den krigen. På det meste er det anslått at ca. 50 000 utenlandske soldater deltok i krigen i Kongo.
En rekke internasjonale forsøk på megling ble gjennomført 1998–99, dels av enkeltstater – først Sør-Afrika, så Zambia – dels av organisasjoner, fremfor alt Organisasjonen for afrikansk enhet (OAU) og SADC. Zambisk megling førte juli 1999 til en fredsavtale (Lusaka-avtalen) som alle parter etter hvert sluttet seg til. På tross av brudd på våpenhvilen la denne avtalen grunnen for et videre fredsarbeid, bl.a. i regi av OAU, SADC og FN. FN opprettet 1999 en observatørmisjon, som året etter ble etterfulgt av en større fredsstyrke (Mission de l'organisation des nations unies en république démocratique du Congo, MONUC). Norge bidrog med militære observatører, men avslo henvendelsen om å stille styrker. Til tross for Lusaka-avtalen fortsatte kamphandlingene – også innad i opprørsbevegelsen samt mellom Rwanda og Uganda, på kongolesisk territorium. De to landene ble involvert i stridighetene innad i RCD, men inngikk våpenhvile, 1999, etter megling fra Botswana. Dette til tross utkjempet rwandiske og ugandiske styrker harde kamper i Kisangani i 2000, hvoretter FNs sikkerhetsråd påla de to land å trekke sine styrker ut av Kongo.
Kabila forbød politiske partier da han tok over makten i 1997, men måtte bøye av for press og lempe på restriksjonene. Nye politiske reformer ble kunngjort 2000, men så vel den militære som politiske motstanden mot ham vokste, og januar 2001 ble Kabila drept av et medlem av sikkerhetsstyrken. Hans sønn Joseph Kabila ble ny president. Han anla en mer forsonende tone overfor regimets motstandere og gikk med på forhandlinger om Kongos fremtid, med internasjonal megling. Kabila etablerte 2002 et nytt parti, Parti pour la réconsiliation et le développement (PPRD), og inngikk avtale om maktfordeling med andre partier, fremfor alt det Uganda-støttede Mouvement de libération du Congo (MLC), men ble avvist av det Rwanda-støttede Rassemblement congolais pour la démocratie (RCD). En fredsavtale med hhv. Rwanda og Uganda ble undertegnet, som medførte at de militære styrker fra de to landene ble trukket ut av Kongo. Også de øvrige utenlandske soldatene som fortsatt stod i Kongo, ble trukket ut i løpet av 2002. Kampen mellom kongolesiske grupperinger og med regjeringsstyrkene fortsatte imidlertid øst i Kongo, ikke minst mellom RCD og MLC. En milits kjent som Mai-Mai, bestående av tidl. hutusoldater fra Rwanda, var også aktiv. Også hutu-rebeller fra Burundi deltok fortsatt i krigføringen. Uganda gav fortsatt aktiv støtte til militsgrupper til tross for fredsavtalen. Rwanda beskyldte 2003 den ugandiske hær for å beskytte hutumilitsen i Kongo, og truet med ny invasjon; trusselen ble gjentatt året etter. Med en FN-styrke av utilstrekkelig størrelse vedtok FNs sikkerhetsråd i mai 2003 å autorisere en franskledet flernasjonal styrke for å stabilisere situasjonen i Ituri-provinsen. Der kjempet etniske baserte militser fra hema- og lendu-folkene mot hverandre. En fredsavtale ble inngått med alle stridende grupper i juni 2003; en avtale som også la grunnen for maktfordeling og etablering av en integrert hær. Iht. avtalen ble Kabila innsatt som president for to år, og et tokammerparlament, med bred deltakelse, åpnet i august. Enkelte grupper stilte seg utenfor fredsprosessen eller brøt med regjeringen, og fortsatte sin militære virksomhet, særlig i Kivu-provinsene, men også i Ituri, Katanga og Kasai. FN-styrken MONUC forsterket sin tilstedeværelse i Øst-Kongo, og ble involvert i kamphandlinger. Den afrikanske union (AU) vedtok 2005 å sende fredsstyrker til Kongo.
Et viktig aspekt ved de to krigene i Kongo i 1960- og 1990-årene er landets mineralrikdommer, som har vært ettertraktet av både økonomiske og politisk-strategiske årsaker. Mens det under borgerkrigen i årene etter selvstendigheten vesentlig var interessene til vestlige gruveselskap – og dermed Vesten – som ble forsvart med utenlandsk intervensjon, var det under den regionale krigen 1997–98 i stor utstrekning interessenter i nabolandene som var ute etter fortjeneste. Til disse hørte både militære ledere og lokale selskap, som er beskyldt for å ha tatt store rikdommer ut av Kongo på illegalt vis. Utenlandske selskap fikk konsesjoner for mineralutvinning av opprørsgrupper og har også vært delaktig i å utnytte situasjonen. FN la 2001 og 2003 frem rapporter om denne virksomheten som pekte på at ikke minst angolanske, rwandiske, ugandiske og zimbabwiske interesser har vært spesielt aktive; Angola, Rwanda, Uganda og Zimbabwe var også de mest aktive i krigføringen.
Ved siden av den økonomiske kostnaden har den menneskelige prisen vært svært høy. Krigen i Kongo er karakterisert som en av de alvorligste humanitære kriser i nyere tid, både i form av et stort antall internflyktninger og rundt fire mill. omkomne, hvorav en tredel barn. De fleste er omkommet som følge av sult og sykdom, ikke i direkte krigshandlinger. Alle parter i konflikten er anklaget for brudd på menneskerettighetene, og seksuell vold har vært utbredt. Det er også rapportert om mistenkt forsøk på å utrydde den gjenværende pygmebefolkningen.
Utenrikspolitikk
Kongos beliggenhet og store mineralressurser har gjort landet strategiske betydningsfullt og dermed attraktivt for utenlandske interesser. Forholdet til den tidligere kolonimakten Belgia har vært variabelt, bl.a. fordi den politiske opposisjon mot den mangeårige diktator Mobutu Sese Sekou i hovedsak opererte derfra. Dels på bekostning av Belgia etablerte Frankrike nære forbindelser med det franskspråklige Zaïre. Som følge av den kalde krigens supermaktsrivalisering etablerte også USA nære forbindelser med landet. USA var aktiv i Kongo allerede ved selvstendigheten, men styrket sine forbindelser med Mobutu i 1970-årene, også pga. krigen i Angola, der USA gav støtte til motstandere av den sosialistiske regjeringen gjennom baser i Zaïre. Belgia og Frankrike intervenerte flere ganger militært i Zaïre.
De nære forbindelsene med den diktatoriske og korrupte Mobutu var en belastning, og mot slutten av 1980-årene økte kritikken mot hans styre. Med den kalde krigens slutt var det heller ikke avgjørende å holde ham ved makten, og USA la press på ham for å innføre demokrati og selv tre til side. Forholdet til vestlige land og EU ble noe styrket som følge av at ca. 1,5 mill. rwandere fikk tilflukt i Zaïre etter folkemordet i Rwanda 1994. Særlig forholdet til Frankrike ble styrket som følge av felles skepsis mot det nye regimet i Rwanda, som inngikk i en allianse med engelskspråklige stater i regionen – en allianse USA hilste velkommen. Da Mobutu tillot det avsatte huturegimet i Rwanda å reetablere militære styrker i Zaïre, førte det til et spent forhold til Rwanda, og dets allierte Uganda, og etter hvert til den regionale krig som disse to landene var særlig aktiv i. Tidligere var Rwanda instrumental i å styrte Mobutu, gjennom å bistå opprørerne som 1997 inntok Kinshasa.
Flere land deltok i mekling under Kongo-krigen, bl.a. Botswana, Nigeria, Sør-Afrika og Zamiba, og som følge av dette utviklet det seg tettere forbindelser mellom Kongo og Sør-Afrika; en rekke samarbeidsavtaler ble undertegnet da president Thabo Mbeki avla Kongo offisielt besøk 2004. Forholdet til nabolandene i øst, Rwanda og Uganda, har vært variabelt også etter at fredsavtaler ble inngått 2002; begge land fortsatte å støtte ulike grupperinger i den videre borgerkrigen i Øst-Kongo. De tre land møttes 2005 i Kampala, og ble enige om å avvæpne militære grupper som opererte i respektive territorier, som ledd i å stabilisere regionen.