Rigabukta er viktig for ringsel og trekkende og overvintrende sjøfugler, bl.a. lommer, hvitkinngås, sjøorre og havelle. 225 fuglearter er funnet hekkende i Estland. Langs kysten er vadefugler, måker, terner (bl.a. rov- og dvergterne) og andefugler (bl.a. knekkand, skjeand og ærfugl) vanlige. Skogene er rike på skogshøns, ugler og spetter. 1600 par stork og 200 par svartstork hekker her. Av store rovfugler finnes både havørn, kongeørn (250 par) og storskrikørn.
Bjørn, ulv og gaupe forekommer i skogene. Av hjortedyr finnes elg og rådyr. Villsvin er vanlig (anslagsvis 15 000). Beveren har stor utbredelse (3000 individer) og flygeekorn påtreffes i skogsområdene i nordøst.