まずLinuxをインストールしてシェア変動にMicrosoftがどう反応するかシミュレート。
その後海賊版WindowsをインストールしてMicrosoftが（以下略

botnet により引き起こされる悪影響のシミュレーションという点では、別に Windows のシステム自体をシミュレートする必要は全く無く、botnet 側が指示に従って行動できれば十分じゃないんですか?
それと、デフォルトインストールでアップデートが放置されている x86 ベースの Linux なんかは OpenSSH 他に大量の穴があるまま放置されている状態ですし、botnet により構成されるマシン群は Windows でのみ構成されていると考えるのは認識が甘いとしか言いようがないでしょう。

また、Windows が botnet を構成する要素として実際に多いのは実稼働数の問題。侵入後どのようなプログラムで制御するか、どのような行動を取らせるかという点においては導入プラットフォームがどんなものであるかは特に関係ないでしょう。

それらとは別に、Linux の方が "軽い" 仮想環境を構築できるから、というのが今回 Linux を利用した最大の理由じゃないでしょうか。