Zagorakis spelade som defensiv mittfältare för Athlitikos Omilos Kavala (1988-1992), PAOK (1993-1997 och 2005-2007), Leicester City (1998-2000), AEK Aten (2000-2004) och Bologna (2004-2005). Han spelade sin första landslagsmatch för Grekland den 7 september1994 mot Färöarna. Den 5 oktober2006 tillkännagav han att han skulle avsluta sin professionella karriär efter 14 år som kapten i landslaget. Han spelade sin sista match på Toumbastadion i Thessaloniki i en vänskapsmatch mot Spanien. Den 18 juni2007 tillträdde han som president i PAOK.