POLK

POLK
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1T94, 2LSI, 2OH2, 2W7O, 2W7P, 3IN5, 3PZP, 4BA9, 4GK5, 4U6P, 4U7C
Ідентифікатори
Символи	POLK, DINB1, DINP, POLQ, polymerase (DNA) kappa, DNA polymerase kappa
Зовнішні ІД	OMIM: 605650 MGI: 1349767 HomoloGene: 32140 GeneCards: POLK
Онтологія гена Молекулярна функція • transferase activity • damaged DNA binding • DNA-directed DNA polymerase activity • DNA binding • nucleotidyltransferase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро • ядерні тільця • site of DNA damage Біологічний процес • nucleotide-excision repair, DNA gap filling • реплікація ДНК • translesion synthesis • transcription-coupled nucleotide-excision repair • nucleotide-excision repair, DNA incision • DNA biosynthetic process • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion • GO:0100026 Репарація ДНК • cellular response to DNA damage stimulus • cellular response to UV • error-prone translesion synthesis • error-free translesion synthesis Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51426	27015
Ensembl	ENSG00000122008	ENSMUSG00000021668
UniProt	Q9UBT6	Q9QUG2
RefSeq (мРНК)	NM_016218 NM_001345921 NM_001345922	NM_012048
RefSeq (білок)	NP_001332850 NP_001332851 NP_057302 NP_057302.1	NP_001334531 NP_001334532 NP_001334533 NP_001334535 NP_036178
Локус (UCSC)	Хр. 5: 75.51 – 75.6 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

POLK (англ. DNA polymerase kappa) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 870 амінокислот, а молекулярна маса — 98 809.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDSTKEKCDS		YKDDLLLRMG		LNDNKAGMEG		LDKEKINKII		MEATKGSRFY
GNELKKEKQV		NQRIENMMQQ		KAQITSQQLR		KAQLQVDRFA		MELEQSRNLS
NTIVHIDMDA		FYAAVEMRDN		PELKDKPIAV		GSMSMLSTSN		YHARRFGVRA
AMPGFIAKRL		CPQLIIVPPN		FDKYRAVSKE		VKEILADYDP		NFMAMSLDEA
YLNITKHLEE		RQNWPEDKRR		YFIKMGSSVE		NDNPGKEVNK		LSEHERSISP
LLFEESPSDV		QPPGDPFQVN		FEEQNNPQIL		QNSVVFGTSA		QEVVKEIRFR
IEQKTTLTAS		AGIAPNTMLA		KVCSDKNKPN		GQYQILPNRQ		AVMDFIKDLP
IRKVSGIGKV		TEKMLKALGI		ITCTELYQQR		ALLSLLFSET		SWHYFLHISL
GLGSTHLTRD		GERKSMSVER		TFSEINKAEE		QYSLCQELCS		ELAQDLQKER
LKGRTVTIKL		KNVNFEVKTR		ASTVSSVVST		AEEIFAIAKE		LLKTEIDADF
PHPLRLRLMG		VRISSFPNEE		DRKHQQRSII		GFLQAGNQAL		SATECTLEKT
DKDKFVKPLE		MSHKKSFFDK		KRSERKWSHQ		DTFKCEAVNK		QSFQTSQPFQ
VLKKKMNENL		EISENSDDCQ		ILTCPVCFRA		QGCISLEALN		KHVDECLDGP
SISENFKMFS		CSHVSATKVN		KKENVPASSL		CEKQDYEAHP		KIKEISSVDC
IALVDTIDNS		SKAESIDALS		NKHSKEECSS		LPSKSFNIEH		CHQNSSSTVS
LENEDVGSFR		QEYRQPYLCE		VKTGQALVCP		VCNVEQKTSD		LTLFNVHVDV
CLNKSFIQEL		RKDKFNPVNQ		PKESSRSTGS		SSGVQKAVTR		TKRPGLMTKY
STSKKIKPNN		PKHTLDIFFK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до трансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, синтез ДНК, реплікація ДНК, альтернативний сплайсинг, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, іоном магнію, Шиффовими основами. Локалізований у ядрі.

Література

• Ogi T., Kato T. Jr., Kato R., Ohmori H. (1999). Mutation enhancement by DINB1, a mammalian homologue of the Escherichia coli mutagenesis protein dinB. Genes Cells. 4: 607—618. PMID 10620008 DOI:10.1046/j.1365-2443.1999.00289.x
• Guo C., Gao T., Confer N., Velasco-Miguel S., Friedberg E.C. (2005). Multiple PolK (POLK) transcripts in mammalian testis. DNA Repair. 4: 397—402. PMID 15661663 DOI:10.1016/j.dnarep.2004.10.006
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Gerlach V.L., Feaver W.J., Fischhaber P.L., Friedberg E.C. (2001). Purification and characterization of pol kappa, a DNA polymerase encoded by the human DINB1 gene. J. Biol. Chem. 276: 92—98. PMID 11024016 DOI:10.1074/jbc.M004413200
• Bergoglio V., Bavoux C., Verbiest V., Hoffmann J.-S., Cazaux C. (2002). Localisation of human DNA polymerase kappa to replication foci. J. Cell Sci. 115: 4413—4418. PMID 12414988 DOI:10.1242/jcs.00162
• Haracska L., Prakash L., Prakash S. (2002). Role of human DNA polymerase kappa as an extender in translesion synthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99: 16000—16005. PMID 12444249 DOI:10.1073/pnas.252524999

Див. також

• Хромосома 5