Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No.

2337- 6597
Vol.5.No.3, Juli 2017 (74): 564- 592

Analisis Keragaman Genetik Klon Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Berdasarkan 4 Marka
RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA)

Genetic diversity analysis of oil palm clone based on four RAPD

(Random Amplified Polymorphism DNA) markers

Ana Christin Simbolon, Mbue Kata Bangun ,Lollie Agustina P. Putri*,

Program Studi Agroekoteknologi, Fakultas Pertanian, USU, Medan 20155
*Corresponding author: lollie_agustina@yahoo.com

ABSTRACK

The aim of research was to analyzes genetic diversity in oil palm from clone based on RAPD markers
(Random Amplified Polymorphism DNA). This research has been conducted at the laboratory of
molecular genetics Faculty of Agriculture University of Sumatera utara and BioMolecular Laboratory
SSPL (Socfindo Seed Production and Laboratories), Bangun Bandar, Dolok Masihul, Serdang Bedagai,
Sumatera Utara, from March to August 2016. The number of samples were samples of the original palm
leaf clones derived from PT. SOCFINDO and have been isolated. There was differences in bands pattern
resulted from primer OPD-20, OPD-13, OPH-13, OPN-03. The size of bands was 470 – 2609 bp.
Coefficients of genetic diversity and phylogenetic dendogram obtained using software Darwin5.05 which
can only process 28 accessions tested. The analysis showed that accessions palm oil clones were divided
into three main groups.

Keywords: clones, genetic diversity, oil palm, random amplified polymorphism DNA.

ABSTRAK

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik pada tanaman kelapa sawit (Elaeis
guineensis jacq.) asal klon berdasarkan marka RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) dengan
primer OPD-20, OPD-13, OPH-13, OPN-03. Penelitian ini telah dilakukan di Laboratorium Genetika
Molekuler Fakultas Pertanian Universitas Sumatera dan Laboratorium Bio Molekuler SSPL (Socfindo
Seed Production and Laboratories) Bangun Bandar, Kecamatan Dolok Masihul, Kabupaten Serdang
Bedagai, Sumatera Utara ,pada Maret s/d Agustus 2016. Sebanyak 30 sampel daun kelapa sawit asal klon
berasal dari PT. SOCFINDO dan telah diisolasi. Total pola pita yang dihasilkan dari primer OPD-20,
OPD-13, OPH-13, OPN- 03 adalah 21 pola pita. Ukuran pita yang dihasilkan berkisar 470 – 2609 bp.
Koefisien keragaman genetik dan dendogram filogenetik diperoleh menggunakan software Darwin 5.05
yang hanya dapat memproses 28 aksesi yang diuji dan sebagian aksesi tidak memenuhi persentase yang
distandarkan. Analisis tersebut menunjukkan bahwa 28 aksesi klon kelapa sawit terbagi dalam tiga
kelompok utama yang menunjukkan terdapat keragaman genetic.

Kata Kunci : kelapa sawit, klon, keragaman genetik, random amplified polymorphism DNA

PENDAHULUAN tanaman kelapa sawit pertama kali di pantai

Guinea. Salah satu dari beberapa tanaman
Tanaman kelapa sawit (Elaeis guinensis golongan palm yang dapat menghasilkan minyak
Jacq.) adalah tanaman berkeping satu yang adalah kelapa sawit (E. guineensis Jacq).
termasuk dalam famili Palmae. Nama genus Tanaman E. guineensis Jacq ini juga dikenal
Elaeis berasal dari bahasa yunani Elaoin atau dengan nama, kelapa sawit (Melayu), kelapa
minyak sedangkan nama species guineensis sewu (Jawa) (Darnoko dan Sembiring, 2000).
berasal dari kata Guinea, yaitu tempat di mana Kelapa sawit (E. guineensis Jacq)
seorang ahli bernama Jacquin menemukan merupakan salah satu dari beberapa tanaman
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

palma penghasil minyak yang memiliki nilai belakang genom yang dianalisis dan mudah
ekonomi tinggi dan termasuk industri padat memperoleh primer acak yang diperlukan untuk
karya. Pengusahaan tanaman ini untuk produksi menganalisis genom semua jenis organisme
minyak memiliki beberapa keunggulan, antara (Tingey et al., 1994). Walaupun metode ini
lain biaya produksi yang relatif murah, hasil per kurang sempurna dan memiliki kelemahan dalam
hektar tinggi, umur produktif yang panjang, serta konsistensi produk amplifikasi (Jones et al.,
pemanfaatannya beraneka ragam 1997), tetapi kelemahan ini dapat diatasi dengan
(Lubis 1992). mengoptimalkan ekstraksi, dan kondisi PCR
Tanaman kelapa sawit merupakan salah serta pemilihan primer yang tepat.
satu jenis tanaman perkebunan yang menduduki Informasi parameter genetik sangat
posisi penting dalam sektor pertanian umumnya, diperlukan untuk kegiatan seleksi dan penapisan.
dan sektor perkebunan khususnya. Hal ini Kegiatan seleksi membutuhkan karakter yang
disebabkan karena dari sekian banyak tananam
tepat agar dapat berjalan efisien. Hasil (produksi
yang menghasilkan minyak atau lemak, kelapa
sawit yang menghasilkan nilai ekonomi terbesar minyak) merupakan perhatian yang paling
per hektarnya di dunia (Sunarko, 2009). penting dalam program pemuliaan sawit, tetapi
Kultur jaringan (kuljar) merupakan salah hasil merupakan karakter yang diwariskan secara
satu metode pemuliaan tanaman yang digunakan kompleks dan melibatkan beberapa komponen
untuk perbanyakan tanaman kelapa sawit. terkait (Putri, et al., 2009).
Perbanyakan melalui kultur jaringan Variabilitas genetik sangat
memungkinkan terjadinya variabilitas genetik mempengaruhi keberhasilan suatu proses seleksi
pada planlet yang dihasilkan (Livy, 1988). dalam program pemuliaan. Perbaikan tanaman
Hutami et al.,(2005) menyatakan bahwa tanaman pada dasarnya tergantung dari tersedianya suatu
yang diperbanyak melalui kultur in-vitro dapat populasi, yang terdiri dari individu-individu
menyebabkan variasi somaklonal pada setiap yang memiliki susunan genetis berbeda dan
planletnya. Keragaman somaklonal berasal dari memiliki adaptasi yang luas serta keefektifan
keragaman genetik eksplan dan keragaman seleksi terhadap populasi tersebut
genetik yang terjadi di dalam kulturin-vitro. (Ruchjaniningsih et al., 2002).
Keragaman genetik yang terjadi di dalam Plasma nutfah kelapa sawit asal klon
kultur jaringan antara lain disebabkan oleh yang di tanam di Pusat Seleksi Bangun Bandar
penggandaan jumlah kromosom PT. SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan
(fusiendomitosis), perubahan struktur kromosom Dolok Masihul, Kabupaten Serdang Bedagai,
(pindah silang), perubahan gen, dan sitoplasma, belum pernah diketahui keragaman genetiknya
Untuk mengetahui apakahterdapat keragaman secara molekuler sehingga basih banyak peluang
genetik pada tanaman nilam hasil in-vitro dengan untuk melakukan penelitian. Reaksi berantai
tetuanya dapat dilakukan melalui bantuan marka polimerase Polymerase Chain Reaction (PCR)
molekuler (Hutami et al., 2005). adalah metode amplifikasi suatu sequen DNA
Penanda molekuler banyak digunakan tertentu. PCR merupakan cara yang sensitif,
dalam analisis keragaman genetik tumbuhan, selektif dan sangat cepat untuk memperbanyak
salah satunya adalah random amplified sequen DNA yang diinginkan
polymorphic DNA (RAPD). Teknik ini (Murray et al., 2000).
digunakan untuk mengidentifikasi genotipe Empat komponen utama pada proses
tumbuhan, karena memiliki kelebihan dalam PCR adalah (1) DNA cetakan, yaitu fragmen
pelaksanaan dan analisisnya. Dibandingkan DNA yang akan dilipat gandakan, (2)
dengan penanda DNA yang lain, seperti Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen
restriction fragment length polymorphisms oligonukleotida pendek (15-25 basa nukleotida)
(RFLP) dan simple sequence repeats (SSR), yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai
teknik RAPD lebih murah, mudah dilakukan, DNA. Primer yang digunakan adalah PCR ada
cepat memberikan hasil, menghasilkan dua yaitu oligonukleotida yang mempunyai
polimorfisme pita DNA dalam jumlah banyak, sekuen yang identik dengan sequen pada ujung
tidak memerlukan pengetahuan tentang latar 3’_OH rantai DNA cetakan yang lain, (3) deoxy
587
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

ribo Nukleotida Trifosfat (dNTP),yang terdiri bromide (CTAB), (2 gr Nacl, 5 gr CTAB, 100
atas dATP dCTP dGTP dTTP dan (4) Enzim ml aquades), Buffer TAE, buffer TE, KIAA
DNA polimerase yaitu enzim yang berfungsi (24ml klorofom : 1ml isoamil-alkohol) HCl p.a,
sebagai katalis dalam reaksi sintesis rantai DNA. NaOH, Na-EDTA, isopropanol dingin,
Komponen lainnya yang juga berperan penting ethylenediamine tetraacetic (EDTA), β-
adalah senyawa buffer (Yuwono, 2006). mercaptoethanol 2%, etanol 70%, etanol
Keunggulan PCR (1) Polimerase-DNA absolute, Benchtop 1kb DNA ladder (Promega,
dapat diarahkan untuk sintesis wilayah DNA G7541), Go Green taq Maste Mix Mix
tertentu. Teknik PCR sebenarnya (Promega, M7122), loading dye, aquades,
mengeksploitasi berbgai sifat alami replikasi aquabidest, agarose dan primer OPD-20, OPD-
DNA. Dalam proses tersebut, polimerase –DNA 13, OPH-13, OPN- 03 kertas tissue, sarung
menggunakan DNA berserat tunggal sebagai tangan karet, alumunium foil.
cetakan untuk mensintesis serat baru yang Alat yang digunakan dalam penelitan ini
komplementer. Cetakan berserat tunggal dapat adalah mortar, alu, mikropipet ukuran 1-10 µl,
diperoleh dengan mudah dilaboratorium melalui 20-100 µl, 100-1000 µl, micropipet (warna
pemanasan DNA berserat ganda pendek untuk kristal, kuning dan biru) (Eppendorf Research
memulai (prime) proses sintesis. Posisi awal dan plus), rak tube, autoklaf, waterbath, magnetik
akhir sintesis DNA pada PCR dapat ditentukan stirer, centrifuge (Tomy MX-Series), freezeer,
dengan menyediakan suatu oligonukleotida komputer, timbangan elektrik, vorteks (Biosan
sebagai primer yang menempel secara Basic Plus v-1),nanospektrofotometer
komplementer pada cetkan sesuai dengan (Eppendorf),tabung eppendorf 2ml dan 1,5 ml,
keinginan peneliti dan (2) PCR menghasilkan chambell well (bak elekroforesis), power
amlifikasi wilayah DNA tertentu. Serat DNA supplay, PCR thermal Cycler (Mastercycler
dapat berfungsi sebagai cetakan untuik nexus), UV Transilluminator Gel documentation
mensisntesis bila primer oligonukleotida (UVITEC Cambridge 20 UV) , pH meter, alat-
disediakan untuk masing-masing serat. Sepasang alat gelas (beaker gelas, erlenmeyer, dll) power
primer dapat dipilih yang membatasi “flanking” supply, alat tulis, pengaduk , kamera, oven,
wilayah dari DNA yang ingin diperbanyak gunting, pinset, spatula, timbangan digital.
sehingga serat DNA yang baru disintesis dimulai Ukuran fragmen basa (pasangan basa=
dari posisi primer, membentang sampai melewati bp) produk PCR ditentukan dengan
primer dari serat lainnya (Murray et al., 2000). menggunakan software UVITEC Cambrige Fire
Reader. Fragmen DNA yang digunakan yaitu
BAHAN DAN METODE 1kb DNA ladder. Dengan menggunakan
software UVITEC Cambrige Fire Reader maka
Penelitian ini dilaksanakan di ukuran pita DNA (base pairs) ini akan berpacuan
Laboratorium Genetika Molekuler Fakultas dari ladder yang kita gunakan. Program ini akan
Pertanian Universitas Sumatera dan mengukur pita yang muncul berdasarkan ukuran
Laboratorium Biomolekuler Pusat Seleksi ladder yang digunakan. Pengukuran pola pita
Bangun Bandar PT. SOCFINDO, Desa yang terbentuk ini dengan pendar cahaya DNA
Martebing, Kecamatan Dolok Masihul, yang terbentuk saat proses elektoforesis dengan
Kabupaten Serdang Bedagai. Penelitian ini sinar UV.
dilaksanakan pada bulan Maret 2016 sampai Matriks jarak atau ketidaksamaan genetik
bulan Agustus 2016. untuk semua kombinasi pasangan individu dapat
Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian dilakukan dengan dua tipe analisis deskriptif
ini terdiri dari klon kelapa sawit sebanyak 30 dari keragaman : Suatu jenis analisis Neigbour-
individu dari klon BTC 64, yang dikeluarkan Joning Tree (NJtree) berdasarkan Saitou dan Nei
oleh Pusat Seleksi Bangun Bandar PT. (1978) untuk memperoleh gambaran dari
SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan Dolok kekerabatan diantara individu-individu.
Masihul, Kabupaten Serdang Bedagai, Sumatera Perhitungan dan analisis deskriptif ini
Utara. Bahan kimia yang digunakan adalah menggunakan software Darwin5.05
Polyvinylpolypyrolidone (PVPP), nitrogen cair, (Perrier dan Jacquemoud-collet, 2009).
buffer ekstraksi cetyl trimethylammonium
588
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

kemurnian lebih dari 2,0 sebanyak 6 sampel

HASIL DAN PEMBAHASAN bahwa sampel ini masih belum murni dan
banyak mengandung protein.
Setelah dilakukannya isolasi DNA daun Sulandri dan Zein (2003) menyatakan
kelapa sawit maka dihasulkan DNA stok bahwa kemurnian DNA ditentukan oleh tingkat
sebanyak 30 sampel. Setelah itu dilakukan uji kontaminasi protein dalam larutan. Molekul
kualitas DNA kelapa sawit asal klon BTC 64, DNA dikatakan murni jika rasio A260 dengan
dapat diketahui bahwa hasil dari isolasi DNA A280 berkisar 1,8 – 2,0. Jika nilai rasio lebih
dengan metode Orozco- Castillo yang kecil dari 1,8 maka masih ada kontaminasi
dimodifikasi dengan penambahan protein atau fenol di dalam larutan.
Polyvinylpolypyrrolidone (PVPP) dan β- Konsentrasi DNA yang diperoleh dari
mercaptoethanol yang dapat digunakan untuk hasil penelitian ini adalah berkisar 2,2 ng/µl –
proses PCR (Orozco- Castillo et al.,1994) 114.8 ng/µl. Konsentrasi paling rendah terdapat
Uji kuantitas DNA dilakukan pada sampel nomor 6/90, sedangkan konsentrasi
menggunakan spektofotometer dengan panjang paling tinggi terdapat pada sampel nomor 17/77.
gelombang 260 nm dan 280 nm, sehingga Konsentrasi yang digunakan dalam penelitian ini
diperoleh nilai kemurnian dan konsentrasi DNA adalah 10 ng/µl – 25 ng/µl dengan pengenceran
hasil isolasi. Panjang gelombang 260 nm yang dihitung dan memperhatikan faktor
merupakan serapan maksimum untuk asam pengenceran.
nukleat, sedangkan pada panjang gelombang 280 Menurut Haris et al. (2003), konsentrasi
nm merupakan serapan maksimum untuk DNA berdampak pada kualitas fragmen hasil
protein. amplifikasi. Konsentrasi DNA yang terlalu
Prinsip dasar pada spektofotometer rendah akan menghasilkan fragmen yang sangat
adalah sampel yang dihasilkan harus jernih dan tipis pada gel atau bahkan tidak terlihat secara
larut secara sempurna. Tidak ada partikel koloid visual, sebaliknya konsentrasi DNA yang terlalu
dan suspensi. DNA yang mengandung basa-basa tinggi akan menyebabkan fragmen terlihat tebal
purin dan pirimidin dapat menyerap cahaya UV. sehingga sulit dibedakan antara satu fragmen
Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV dengan fragmen lainnya.
pada 260 nm, sedangkan kontaminan protein Kerusakan stok DNA dapat diakibatkan
atau phenol dapat menyerap cahaya pada 280 oleh kurang baiknya penyimpanan di
nm. Dengan adanya perbedaan penyerapan Laboratorium. Kemungkinan pada saat
cahaya UV ini, sehingga kemurnian DNA dapat penggunaan tidak menggunakan ice box
diukur dengan menghitung nilai absorbansi 260 sehingga suhu DNA meningkat yang
nm dibagi dengan nilai absorbansi 280 menyebabkan penurunan konsentrasi DNA. Hal
(A260/A280) (Fatchiyah, 2011). ini sesuai dengan pendapat Andras (1996) yang
Kemurnian DNA yang diperoleh pada menyatakan bahwa temperatur penyimpanan
penelitian ini berkisar 0,53 – 2,44. Dari sampel DNA yang dianjurkan adalah pada -20 C hingga
DNA yang diisolasi hanya 10 sampel yang nilai -4C. DNA (tanpa tambahan) dapat mengalami
kemurniannya berkisar 1,8 – 2,00 yaitu sampel kerusakan struktur jika berada pada temperature
nomor 11, 14, 17, 21, 24, 25, 26, 28, 29, 30. Hal yang tinggi. Hal itu dikarenakan DNA terdiri
ini menunjukkan bahwa sampel DNA telah dari dua jalinan yang dihubungkan dengan ikatan
murni. Sampel dengan nilai kemurnian kurang hidrogen, dan ikatan itu sangat rentan untuk
dari 1,8 sebanyak 14 sampel. Hal ini rusak pada suhu tinggi
menunjukkan bahwa stok DNA masih banyak
mengandung polysakarida. Sampel dengan

589
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

Tabel 1. Persentase pita polimorfis pada empat primer

Nama Total Pola Jumlah Pita Jumlah Pita Persentase Pita
No Primer Pita Polimorfik Monomorfik Polimorfik (%)
1 OPD 13 4 4 0 100%
2 OPD 20 5 5 0 100%
3 OPH13 5 5 0 100%
4 OPN 03 7 7 0 100%
Rataan 5.25 5.25 0 100%

Pita polimorfik adalah pita yang tidak amplifikasi, mungkin terjadi karena primer yang
terdapat pada seluruh sampel. Persentase pita digunakan tidak sesuai dengan DNA cetakan.
polimorfik yang tinggi menunjukkan tingginya Beberapa bukti percobaan menunjukkan bahwa
variasi pada setiap aksesi andaliman yang perbedaan satu pasang basa saja cukup
diteliti. Jumlah pita polimorfik hasil amplifikasi menyebabkan ketidaksesuaian cetakan primer
berbeda-beda. Semakin banyak pita polimorfik yang kemudian mencegah amplifikasi
yang dihasilkan akan semakin mudah untuk (Williams et al, 1990).
mengamati adanya variasi (Azizah, 2009). Secara umum, hasil penelitian ini
Jumlah pola pita tertinggi terdapat pada primer menunjukkan bahwa pola pita yang dihasilkan
OPN-03 yang berjumlah 7 pita jumlah pola pita oleh empat primer yang digunakan
terendah terapat pada primer OPD-13 yang memperlihatkan pola pita yang berbeda. Ukuran
berjumlah 4 pita. pita-pita yang dihasilkan bervariasi antara 470 –
Sebanyak 30 sampel telah dianalisis 2609 bp. Total pola pita dari kelima primer yang
menggunakan mesin PCR. Hasil amplifikasi tampak sebanyak 21 pita dengan rata-rata 5 pita
PCR menunjukkan bahwa terdapat 1 sampel pada primer dengan pita polimorfik sebanyak 21
tidak teramplifikasi pada setiap primer yang dan pita monomorfik sebanyak 0 pita. Persentase
diujikan. 1 sampel dari 30 sampel tersebut yaitu pita yang polimorfik sebanyak 100% untuk
sampel dengan kode N (14/82) sampel ke 14 dan seluruh primer.
no pohon 82. Pada Tabel 1. menunjukkan bahwa
Pita yang muncul memiliki ukuran basa jumlah pola pita tertinggi terdapat pada primer
dan intensitas yag bervariasi. Perbedaan OPN-03 yang berjumlah 7 pola pita sedangkan
intensitas pita DNA dipengaruhi oleh sebaran jumlah pola pita terendah terdapat pada primer
situs penempelan primer pada genom, kemurnian OPD-13 yang berjumlah 4 pola pita.
dan konsentrasi genom dalam reaksi. Banyaknya Penelitian ini menggunakan klon
pita yang dihasilkan oleh setiap primer tanaman kelapa sawit sebagai bahan penelitian
tergantung pada sebaran situs homolog pada karena tanaman klon yang berasal dari
genom (Williams et al, 1990). Fragmen yang perbanyakan in vitro dengan teknik kultur
tidak muncul disebabkan tidak terjadinya jaringan memperlihatkan adanya fenomena
tanaman pada fase vegetatif dan generatif.

Tabel 2. Urutan basa empat primer dan sampel DNA yang tidak teramplifikasi
Nama Primer Urutan Basa (5'-3') Sampel yang tidak teramplifikasi Jumlah
OPD 13 ACGCGCATGT N,P,Q,T,V,W 6
OPD 20 ACCCGGTCAC A,B,E,J,N,P,Q,S,A3 9
OPH 13 GACGCCACAC N,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,A2 13
OPN 03 GGTACTCCCC C,N,R 3

588
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

Kelemahan pengamatan karakter menempel pada sisi lain genom yang bukan sisi
morfologi membutuhkan waktu yang lama homolognya. Hal ini menyebabkan
sampai tanaman berbunga dan berbuah. Sebagai teramplifikasi banyak daerah tidak spesifik
contoh tanaman kelapa sawit dengan variasi dalam genom tersebut. Suhu penempelan
somaklonal buah mantel yang harus menunggu (annealing) ini ditentukan berdasarkan primer.
tanaman berbuah, namun pada penelitian Beberapa faktor yang sangat
molekuler dapat dilakukan sebelum tanaman mempengaruhi keberhasilan proses
berbuah, sehingga dapat digunakan sedini elektroforesis dalam analisis ini. Faktor-faktor
mungkin. Variasi somaklonal dilakukan dengan tersebut diantara nya adalah ukuran molekul
mengamati karakter fenotipe setiap bagian DNA, konsentrasi gel agarosa, konformasi DNA,
variasi somaklonal. Menurut Bairu et al. (2011), voltase, keberadaan pewarna DNA, komposisi
variasi somaklonal dapat dideteksi dengan buffer elektroforesis.
beberapa pendekatan yaitu, morfologi, biokimia, Pewarna DNA sangat menentukan
dan molekular. tampak atau tidaknya pita DNA saat
Muncul atau tidaknya pita pada setiap didokumentasikan dengan geldoc. Pada
primer berpengaruh terhadap konsentrasi primer penelitian ini penulis menggunakan Etidhium
yang juga berpengaruh terhadap intensitas Bromide (EtBr) sebagai pewarna. Etidium
produk PCR-RAPD. Menurut Padmalatha dan bromide merupakan sebuah molekul yang dapat
Prasad (2006) konsentrasi primer yang terlalu mengikat kuat pada DNA. Pewarna DNA
rendah atauterlalu tinggi menyebabkan tidak digunakan untuk memvisualisasi DNA yang
terjadinya amplifikasi. Rasio yang rendah antara telah dipisahkan pada gel elektroforesis. Etidium
primer dan DNA cetakan dapat menyebabkan mengikat dengan cara menyisip diantara ikatan
produk RAPD yang dihasilkan tidak konsisten. basa pada untai ganda DNA.
Beberapa dari pita DNA tersebut tidak Gel disinari dengan ultraviolet dari
terbentuk secara sempurna. Pada saat bawah maka akan tampak citra berupa pita-pita
didokumentasikan dengan menggunakan Gel- pada gel yang dapat diamati dan dihitung
doc terlihat pita-pita DNA yang blur (tidak panjang basepair nya dan discoring sehingga bisa
jelas). Hal ini disebabkan pita DNA yang tidak ditentukan kekerabatan antar sampel yang
terbentuk secara sempurna. Bedasarkan diamati. Yuwono (2006) menyatakan bahwa
penelitian Azizah (2009) hasil amplifikasi yang pita-pita tersebut muncul peranan Etidium
kurang baik dapat disebabkan oleh bromide dalam membantu visualisasi dengan
ketidaksesuaian primer, efisiensi, dan optimasi memendarkan sinar ultraviolet.
proses PCR. Primer yang tidak spesifik atau Buffer TAE (Tris Acetate EDTA)
sesuai dapat menyebabkan teramplifikasinya merupakan larutan penyangga yang biasa
daerah lain dalam genom yang tidak dijadikan digunakan dalam elektroforesis. Larutan ini
sasaran atau sebaliknya tidak ada daerah genom berfungsi untuk meneruskan arus listrik sehingga
yang teramplifikasi. Optimasi PCR juga diterima oleh fragmen DNA yang berada pada
diperlukan untuk menghasilkan karakter yang gel agarose yang terendam pada larutan tersebut
diinginkan yang menyangkut suhu denaturasi (Ogden dan Adams, 1987).
dan annealing DNA dalam mesin PCR. Suhu
denaturasi yang rendah dapat menyebabkan
belum terbukanya DNA utas ganda sehingga Analisis Hubungan Genetik Klon kelapa sawit
tidak dimungkinkan terjadinya penempelan Berdasarkan elektroforesis hasil
primer. Proses penempelan primer pada utas amplifikasi dengan menggunakan 4 primer,
DNA yang sudah terbuka memerlukan suhu diperoleh data biner berupa skoring untuk
optimum, sebab suhu yang terlalu tinggi dapat menentukan kesamaan hubungan genetik antar
menyebabkan amplifikasi tidak terjadi karena individu dalam 30 aksesi klon kelapa sawit.
primer tidak menempel atau sebaliknya suhu Hasil pengelompokan menggunakan program
yang terlalu rendah menyebabkan primer
589
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

Darwin 5.05, diperoleh 3 kelompok besar pada

30 aksesi klon kelapa sawit yang tertera pada
Gambar 1.

II

III

Gambar 1. Pohon filogenetik 30 aksesi klon kelapa sawit yang dianalisis berdasarkan Matrix
Dissimilarity Simple Matching.

Data biner hasil skoring amplifikasi 4 Z, S, N, T, P, U, A2, Q), dan subkelompok IIB
primer yang diolah dengan software DARwin terdiri dari aksesi (A1, Y, R).Kelompok III
dihasilkan filogenetik yang menunjukkan terdiri dari terdiri atas aksesi (A3) dan aksesi
kekerabatan aksesi klon kelapa sawit, dimana 28 (A4). Hasil kelompok menunjukkan adanya
aksesi klon kelapa sawit yang dikelompokkan keragaman genetik.
menjadi 3 kelompok. Kelompok I terbagi lagi Gambar 1. menunjukkan bahwa 30
menjadi 2 subkelompok yaitu : subkelompok IA aksesi klon kelapa sawit asal klon memperoleh
dan Subkelompok IB. Subkelompok IA terdiri gambaran dari kekerabatan diantara individu-
dari (M, L, I, J, A, E, D, F, G, B, K, O) dan individu Setelah diamati profil filogenik dengan
subkelompok IB terdiri dari ( C ). menggunakan 4 primer pada masing- masing
Kelompok II terbagi lagi menjadi 2 individu terlihat bahwa pada kelompok I dengan
subkelompok yaitu subkelompok IIA dan subkelompok IA memiliki kekerabatan yang
IIB.Subkelompok IIA terdiri atas aksesi (W, X, dekat atau berasal dari induk yang sama, apabila
590
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

kode sampel diurutkan (A,B,D,E,F,G,I,J,K,L, Azizah, A. 2009. Perbandingan pola pita

dan M,) akan menghasilkan nomor individu amplifikasi DNA daun, bunga dan buah
tanaman yang tidak berjauhan kelapa sawit normal dan abnormal.
(1/61,2/92,4/94,5/95,6/90,7/89,9/83,10/84,11/85, Skripsi. Fakultas Matematika dan Ilmu
12/86, dan 13/87) hal ini diduga bahwa kelapa Pengetahuan Alam. Institut Pertanian
sawit yang berasal dari klon pada PT. Bogor (IPB).
SOCFINDO merupakan individu yang memiliki Bairu MW, Aremu AO, and Staden JV.
keragaan. Hal ini sesuai dengan pernyataan 2011.Somaclonal variation in plants:
Zulherman (2009) yang menyatakan bahwa, causes and detection methods. Plant
hasil analisis tingkat kesamaan genetik Growth Regular 63:147-173.
berdasarkan marka RAPD menunjukkan empat Darnoko, D dan Sembiring, T. 2005. Sinergi
ramet klon pisifera Nigeria yang dianalisis Antara Perkebunan Kelapa Sawit Dan
mempunyai tingkat kesamaan genetik 1,00. Pertanian Tanaman Pangan Melalui
Aplikasi Kompos Tks Untuk Tanaman
SIMPULAN Padi. Pertemuan Teknis Kelapa Sawit
2005: Peningkatan Produktivitas Kelapa
Persentase polimorfik 30 sampel kelapa Sawit Melalui Pemupukan Dan
sawit pada 4 primer yaitu OPN-03, OPD- 13, Pemanfaatan Limbah Pks. Medan 19-20
OPD- 20, OPH- 13 menghasilkan polimorfisme April.
yang tinggi sebesar 100% dengan ukuran basa Fatchiyah, 2011. Pelatihan analisis fingerprinting
fragmen DNA dari 30 sampel yang diamati DNA tanaman dengan metode RAPD.
adalah 470 – 2609 bp. Tanaman kelapa sawit [Modul]. Laboratorium sentral ilmu
asal klon menunjukkakn adanya keragaan pada hayati Universitas Brawijaya, Malang.
subkelompok serta memiliki keragaman pada Haris, N., Hajrial. A, Nurita. T.M, dan Agus. P.
tiap kelompok. 2003. Kemiripan genetik klon karet
(Hevea brasiliensis Muell Arg.)
UCAPAN TERIMA KASIH berdasarkan metode Amplified Fragment
Length Polymorphism (AFLP). Menara
Seluruh staff dan karyawan PT. Socfin Perkebunan 71(1): 1-15.
Indonesia atas ketersediaannya mengijinkannya Hutami, S., I. Mariska, dan Supriati,Y. 2005.
penelitian di SSPL (Socfin Seed Production and Peningkatan Keragaman Genetik
Laboratories) Bangun Bandar, Dolok Masihul, Tanaman melalui Keragaman
Serdang Bedagai-Sumatera Utara. Somaklonal. J. Agro. Biogen.2(2):81-88.
Penelitian ini dibiayai oleh Direktorat Jones, C.J., K.J. Edwards, S. Castagiole, M.O.
Riset dan Pengabdian Masyarakat , Direktorat Winfield, F. Sala, C. van del Wiel, G.
Jendral Penguatan Riset dan Pengembangan , Bredemeijer, B. Vosman, M. Matthes, A.
Kementrian Riset, Teknologi dan Pendidikan Daly, R. Brettsshneider, P. Bettini, M,
Tinggi sesuai dengan Surat Perjanjian Penugasan Buiatti, E. Maestri, A. Malcevschi, N.
Pelaksanaan Program Penelitian Nomor : Marmiroli, R. Aert, G.Volckaert, J.
017/SP2H/LT/DRPM/II/2016, tanggal 17 Rueda, R. Linacero, A. Vasquez and A.
Februari 2016. Karp. 1997. A Reproducibility testing of
RAPD, AFLP and SSR markers in plants
DAFTAR PUSTAKA by a network of european laboratories.
Molecular Breeding 3 (5): 382-390.
Andras G. 1996. Effect of temperature on Livy, W. G. 1988. Teknik Kultur Jaringan
separation efficiency in capillary gel Tanaman. Laboratorium Kultur Jaringan
electrophoresis. Trends in Analytical Tanaman, Pusat Antar Universitas.
Chemistry. Vol 15 no 5. Bogor: Institut Pertanian Bogor.

591
Jurnal Agroekoteknologi FP USU E-ISSN No. 2337- 6597
Vol.5.No.3, Agustus 2017 (74): 564

Lubis, A.U. 1992. Kelapa Sawit (Elaeis Sunarko. 2009. Budidaya dan Pengelolaan
guineensis Jacq.) di Indonesia. Pusat Kebun Kelapa Sawit dengan Sistem
Penelitian Perkebunan Marihat – Bandar Kemitraan. Jakarta (ID): Agromedia
Kuala. Pematang Siantar. Pustaka. 178 hlm.
Murray, RK, Graner DK, Mayes PA. and Tingey, S.V. Rafalski, J.A and Hanafey, M.K.
Rodwell,V.W . 2000. Biokimia Harper. 1994. Genetic analysis with RAPD
Andry H, Penerjemah; Anna PB, Tiara markers. In: Coruzzi, C. and P.
MN, editor. Jakarta: Penerbit Buku Puidormenech (eds.). Plant Molecular
Kedokteran EGC. Terjemahan dari: Biology. Belin: Springer-Verlag.
Harper’s Biochemistry. Williams, J.G.K. Rubelik, A.R .Livak, J.A.
Ogden, R. C., and Adams, D. A. 1987. Rafalski and Tingey, S.V.1990. DNA
Electrophoresis in agarose and Polymorphism. Amplified by Artitrary
acrylamide gels. Methods Enzymo. Primers are Useful As. Genetic Markers.
152. 61-87. Nucleic Acids Res. 18:6531-6535.
Orozco-Castillo,K.J. Chalmers, R. Waugh and Yuwono, T. 2006. Teori Aplikasi Polimerase
Powell, W. 1994. Detection of genetic Chain Reaction. Penerbit Andi.
diversity and selective gene introgression Yogyakarta.
in coffe using RAPD markers. Theor. Zulherman. 2009. Efektivitas Penggunaan Marka
Appl. Genet 87: 934-940. RAPD dan SSR Dalam Analisis
Padmalatha, K. and Prasad, M.N.V. 2006. Keragaman Genetik Sembilan Aksesi
Optimization of DNA isolation and PCR Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.)
protocol for RAPD analysis of selected Psifera asal Nigeria.IPB. Bogor.
medicinal and aromatic plant of
conservation concern from Peninsular
India. Afri. J. Bio.5 (3): 230-234.
Putri, L.A.P., Sudarsono, Aswidinnoor, H., dan
Asmono, D. 2009. Keragaan Genetik dan
Pendugaan Heritabilitas pada Komponen
Hasil dan Kandungan β-Karoten Progeni
Kelapa Sawit.Fakultas Pertanian, Institut
Pertanian Bogor. J. Agron. Indonesia 37
(2) : 145 – 151.
Perrier, X and Jacquemoud-collet, J.P. 2009.
Darwin software. http://cirad.fr/darwin.
Ruchjaniningsih, A. Imran, M. Thamrin, dan
M.Z. Kanro. 2000. Penampilan Fenotipik
dan Beberapa Parameter Genetik 8
Kultivar Kacang Tanah pada Lahan
Sawah.Zuriat.11(1):8-14.
Saitou, N., and Nei, M. 1986. The number of
nucleotides required to determine the
branching Neighbor-joining Method 425
order of three species with special
reference to the human-chimpanzee-
gorilla divergence. J. Mol. Evol. 24: 189-
204.
Sulandri S. and Zein, M.S.A. 2003. Panduan
Praktis Laboratorium DNA. Bidang
Zoologi LIPI. Bogor.
592