Seleksi in Vitro Tanaman Jagung (Zea Terhadap Cekaman Salinitas

TUGAS AKHIR – SB141510
SELEKSI IN VITRO TANAMAN JAGUNG (Zea

mays L.) VARIETAS TALANGO DAN MANDING
TERHADAP CEKAMAN SALINITAS
FATHIN FINARIYAH
1511100012
Dosen Pembimbing:
Triono Bagus Saputro, S.Si., M.Biotech.
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA 2015
FINAL PROJECT – SB141510
IN VITRO SELECTION OF MAIZE (Zea mays

L.) TALANGO AND MANDING VARIETIES TO
SALINITY STRESS
FATHIN FINARIYAH
1511100012
Advisor Lecturer:
Triono Bagus Saputro, S.Si., M.Biotech.
DEPARTMENT OF BIOLOGY
MATHEMATICS AND NATURAL SCIENCE FACULTY
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA 2015
LEMBAR PENGESAHAN
StrLEKSI IN WTRO TANAMAN JAGUNG (Zea mays

L.) VARTETAS TALANGO rlAll MAt\tDrNG
TERIIADAP CEKAMAN SALII\ilTAS
TUGAS AKITIR
Di{ukan Untuk MemenuhiSalahSatuSyaratMernperoleh

Gelar SarjanaSains
Pada
JurusanS-1Biologi
Fakultas&latematikadan llmu Pengetahuan
Alam
InstitutTeknologiSepuluhNopember
Oleh:
FATIIIN FINARTYAfl
I{RP. 1511100012
TugasAkhir:
Disetujuioleh Pembimbrng /
Triono
Bagus *.r].,*1"*ro
saputro,
^.ffirembimbing)
/
27 Juli 2015
ffi Shovitri,M.Si
7 199803
2 001
IN VITRO SELECTION OF MAIZE (Zea mays L.)
TALANGO AND MANDING VARIETIES TO SALINITY
STRESS
Student Name : Fathin Finariyah

NRP : 1511 100 012
Department : Biologi
Advisor Lecturer : Triono Bagus Saputro, S.Si.,
M.Biotech.
Abstract
In Indonesia, needs for Zea mays annually increased. It is
inversely proportional to fewer agricultural land that can be
used. The solution that is utilizing marginal land with high salt
content. The aim of this study are to test the effect of resistance
level Talango and Manding varieties to salinity and to know the
genetic diversity of in vitro selection yield strains.
In this study, to obtain salinity tolerant Z. mays varieties,
used in vitro techniques. First, callus was induced (MS0+4ppm
2,4-D), then subcultured on selection medium (MS0+4ppm 2,4-
D+NaCl concentration (0, 2500, 5000, and 7500 ppm)). Then
analysis of genetic diversity used RAPD.
Callus resistance parameter on treatment could be seen
by the callus morphological change of color, alive callus
percentage, callus weight gain decreasing with increasing
salinity concentration. Analysis RAPD showed that
polymorphism occurs in both varieties with primer OPA 13,
OPB 07, OPC 02, OPK 20, and OPU 19. This proves the
existence of genetic differences between control and tolerant
callus.
Keywords : Salinity Stress, RAPD, In vitro Selection, Z. mays.
ix
x
SELEKSI IN VITRO TANAMAN JAGUNG (Zea mays L.)
VARIETAS TALANGO DAN MANDING TERHADAP
CEKAMAN SALINITAS
Nama Mahasiswa : Fathin Finariyah

NRP : 1511 100 012
Jurusan : Biologi
Dosen Pembimbing : Triono Bagus Saputro, S.Si.,
M.Biotech.
Abstrak
Di Indonesia, kebutuhan akan Zea mays tiap tahunnya
meningkat. Hal ini berbanding terbalik dengan sedikitnya lahan
pertanian yang digunakan. Solusinya yakni memanfaatkan
lahan marginal dengan kandungan garam tinggi. Tujuannya
adalah untuk menguji pengaruh tingkat ketahanan varietas
Talango dan Manding terhadap salinitas serta melihat adanya
keragaman genetik galur hasil seleksi in vitro.
Pada penelitian ini, untuk mendapatkan varietas Z. mays
yang toleran terhadap salinitas dilakukan dengan
menggunakan teknik in vitro. Pertama dilakukan induksi kalus
(MS0+4ppm 2,4-D), kemudian kalus disubkultur pada medium
seleksi (MS0+4ppm 2,4-D+konsentrasi NaCl (0, 2500, 5000,
dan 7500 ppm)). Selanjutnya dilakukan analisis keragaman
genetik dengan RAPD.
Parameter ketahanan kalus pada perlakuan dapat dilihat
dari perubahan morfologi warna kalus, persentase kalus hidup,
pertambahan berat kalus yang semakin menurun. Analisis
RAPD menunjukkan hasil bahwa terjadi polimorfisme pada
kedua varietas dengan primer OPA 13, OPB 07, OPC 02, OPK
20, dan OPU 19. Hal ini membuktikan adanya perbedaan
genetik antara kalus kontrol dan toleran.
Kata kunci: Cekaman Salinitas, RAPD, Seleksi In vitro, Z.

mays.
vii
viii
KATA PENGANTAR
Segala puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah

SWT atas segala limpahan rahmat dan karunia-Nya yang tak
terhingga sehingga penulis dapat menyelesaikan Tugas Akhir
dengan judul Seleksi In Vitro Tanaman Jagung (Zea mays L.)
Varietas Talango dan Manding Terhadap Cekaman
Salinitas. Penyusunan Tugas Akhir ini merupakan suatu syarat
untuk memperoleh gelar kesarjanaan strata 1 (S1) pada Jurusan
Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya.
Pada proses penyusunan Tugas Akhir, penulis telah
mendapatkan banyak masukan, bantuan dan bimbingan dari
berbagai pihak yang sangat berguna dan bermanfaat baik secara
langsung maupun tidak langsung. Penulis mengucapkan terima
kasih kepada para dosen yaitu Bapak Triono Bagus Saputro,
S.Si., M.Biotech. selaku dosen pembimbing dan penguji, Bapak
Aunurohim, S.Si., DEA. dan Ibu Wirdatul Muslihatin, S.Si.,
M.Si selaku dosen penguji I dan II. Penulis juga mengucapkan
terima kasih kepada kedua orang tua khususnya Ibu, teman-
teman angkatan 2011, dan seluruh pihak yang telah membantu
dalam penyusunan Tugas Akhir ini.
Penulis menyadari bahwa penulisan proposal ini masih
jauh dari sempurna. Oleh karena itu, kritik dan saran yang
membangun sangat berarti untuk penulis dan semoga dapat
bermanfaat untuk penulis sendiri maupun pembaca.
Surabaya, 27 Juli 2015
Fathin Finariyah
xi
xii
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...................................................... i

LEMBAR PENGESAHAN ............................................ v
ABSTRAK ..................................................................... vii
ABSTRCT ...................................................................... ix
KATA PENGANTAR .................................................... xi
DAFTAR ISI .................................................................. xiii
DAFTAR TABEL .......................................................... xv
DAFTAR GAMBAR ..................................................... xvii
DAFTAR LAMPIRAN .................................................. xix
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang ......................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah .................................................... 3
1.3 Batasan Masalah ....................................................... 3
1.4 Tujuan ....................................................................... 4
1.5 Manfaat ..................................................................... 4
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Jagung (Zea mays L.) ............................................... 5
2.1.1 Klasifikasi Tanaman Jagung (Zea mays L.) .......... 5
2.1.2 Distribusi dan Syarat Tumbuh Tanaman Jagung
(Zea mays L.) ......................................................... 6
2.1.3 Morfologi dan Penggolongan Tanaman Jagung
(Zea mays L.) ......................................................... 7
2.1.4 Karakteristik Varietas Jagung (Zea mays L.) ........ 11
2.1.4.1 Talango ............................................................... 11
2.1.4.2 Manding ............................................................. 12
2.2 Cekaman Salinitas dan Pengaruhnya Terhadap
Tanaman Jagung (Zea mays L.) ............................... 12
2.3 Mekanisme Toleransi Tanaman Terhadap Cekaman
Salinitas .................................................................... 14
2.4 Seleksi In Vitro .................................................... 16
2.5 Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD) ..... 17
xiii
BAB III METODOLOGI
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian .................................... 19
3.2 Metode yang Digunakan ........................................... 19
3.2.1 Tahap Persiapan .................................................... 19
3.2.1.1 Sterilisasi Ruangan ............................................. 19
3.2.1.2 Sterilisasi Peralatan ............................................ 19
3.2.1.3 Sterilisasi Medium .............................................. 20
3.2.1.4 Sterilisasi Eksplan .............................................. 20
3.2.2 Tahap Penelitian .................................................... 21
3.2.2.1 Induksi Kalus ...................................................... 21
3.2.2.2 Seleksi In Vitro ................................................... 22
3.2.2.3 Pembuatan Agarose 2% ...................................... 22
3.2.2.4 Ekstraksi DNA dan Analisis RAPD ................... 23
3.4 Rancangan Penelitian ............................................... 25
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASA
4.1 Pengaruh Beberapa Konsentrasi Cekaman Salinitas
terhadap Morfologi Kalus ........................................ 29
4.2 Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Persentase
Kalus Hidup .............................................................. 31
4.3 Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Pertambahan
Berat Kalus ............................................................... 33
4.4 Analisis RAPD ......................................................... 35
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan ............................................................... 43
5.2 Saran ......................................................................... 43
DAFTAR PUSTAKA ..................................................... 45
LAMPIRAN ................................................................... 55
BIODATA PENULIS ..................................................... 67
xiv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 3.1 Reaksi pencampuran reagen-reagen

proses PCR …………………………... 23
Tabel 3.2 Daftar primer dan urutan basa nitrogen

yang digunakan untuk analisis RAPD . 25
Tabel 3.3 Tabel pengamatan presentase kalus

hidup pada seleksi in vitro …………... 26
Tabel 3.4 Tabel pengamatan pertumbuhan relatif

kalus pada seleksi in vitro …………… 26
Tabel 3.5 Tabel pengamatan hasil analisis RAPD 27
Tabel 4.1 Persentase kalus hidup pada seleksi in

vitro ………………………………….. 32
Tabel 4.2 Pengaruh interaksi antara kalus Z.

mays varietas Talango dan Manding
dengan konsentrasi NaCl terhadap
pertambahan berat kalus …………….. 34
Tabel 4.3 Hasil Analisis RAPD varietas Talango

dan Manding ………………………… 41
xv
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1: Tabel Pembuatan Larutan Stok untuk

Medium MS (Murashige and Skoog) .. 55
Lampiran 2: Skema Pembuatan Medium MS0

dengan Penambahan Zat Pengatur
Tumbuh ……………………………… 57
Lampiran 3: Skema Penelitian …………………….. 59
Lampiran 4: Deskripsi Z. mays Varietas Talango … 61
Lampiran 5: Deskripsi Z. mays Varietas Manding ... 63
Lampiran 6: Data Pengamatan Utama …………….. 65
xix
xx
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Tanaman jagung (Zea mays) merupakan suatu tanaman yang
multiguna. Selain dimanfaatkan sebagai makanan pokok jagung
juga banyak sekali dimanfaatkan sebagai bahan baku industri
makanan, industri kimia, industri farmasi, dan pakan ternak. Di
Indonesia Z. mays merupakan komoditas serealia yang berada
diposisi ke dua setelah padi sebagai makanan pokok, sedangkan
di dunia berada pada posisi ketiga setelah padi dan gandum.
Sebagai gambaran, produksi jagung nasional mengalami
peningkatan setiap tahunnya, namun kenyataannya hingga kini
belum mampu memenuhi kebutuhan domestik sekitar 11 juta
ton/tahun, sehingga masih melakukan import dalam jumlah besar
yaitu 1 juta ton/tahun (Mejaya et al., 2005). Dalam 20 tahun
kedepan, penggunaan Z. mays diperkirakan terus meningkat dan
bahkan setelah tahun 2020 lebih dari 60% dari total kebutuhan
nasional (Departemen Pertanian, 2005). Peningkatan kebutuhan
tersebut akan semakin sulit untuk dipenuhi mengingat semakin
berkurangnya lahan pertanian akibat adanya konversi lahan.
Dilain pihak, peningkatan produksi dengan cara ekstensivikasi
lahan atau pembukaan lahan pada area hutan memungkinkan
terjadinya kerusakan ekosistem.
Peningkatan produksi dapat dipecahkan dengan
memanfaatkan lahan marginal. Lahan marginal di Indonesia
terdiri atas lahan pasang surut, lahan salin, gambut, dan lahan-
lahan yang berada di dekat areal pertambangan (Yuniati, 2004).
Indonesia sebagai negara kepulauan yang berjumlah 17.508
pulau, mempunyai wilayah pantai cukup luas dengan aneka
manfaat bagi kehidupan manusia (Gunadi, 2002). Menurut Badan
Informasi Geospasial (BIG), Indonesia memiliki total panjang
garis pantai sebesar 99.093 Km (Samantha, 2013) sehingga
memiliki potensi besar untuk menambah luasan area pertanian.
Namun seperti kita ketahui bahwa lahan marginal merupakan
1
2
suatu lahan yang mempunyai karakteristik keterbatasan dalam

suatu hal, baik keterbatasan satu unsur atau komponen maupun
lebih dari satu unsur atau komponen. Keterbatasan dalam
pemanfaatan lahan marginal daerah pantai yakni memiliki
kandungan salinitas yang tingi.
Menurut Flowers dalam Balkrishna dan Shankarrao (2013),
salinitas merupakan salah satu faktor pembatas utama yang
berpengaruh terhadap pertumbuhan dan produktivitas tanaman di
seluruh dunia. Konsentrasi salinitas yang tinggi menyebabkan
berbagai masalah pertanian yang cukup serius yaitu dapat
mengurangi produktivitas dari tanaman pertanian (Tuteja dan
Mahajan, 2005). Tanaman Z. mays memiliki sensitivitas yang
cukup tinggi terhadap kondisi salin. Kondisi garam tinggi akan
berpengaruh terhadap perubahan fisiologis, biokimia, dan genetik
pada tanaman (Dajic, 2006). Berdasarkan hal tersebut maka perlu
dikembangkan tanaman jagung yang tahan terhadap cekaman
salinitas, salah satunya adalah dengan melakukan seleksi in vitro
ketahanan Z. mays terhadap kondisi salinitas tinggi. Menurut
Queiros et al. (2007), kultur in vitro merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk mengevaluasi pengaruh salinitas dan memilih
varietas dari spesies tanaman yang toleran cekaman salinitas.
Pemilihan teknik in vitro dalam penelitian ini dikarenakan seleksi
in vitro mampu meminimalisir faktor lingkungan yang tidak
diinginkan, dengan kondisi yang lebih homogen. Penciptaan
kondisi yang homogen dapat meningkatkan validitas percobaan.
Dengan dilakukannya seleksi in vitro diharapkan akan dapat
meningkatkan status ketahanan dari tanaman jagung.
Proses seleksi dilakukan pada tahap pembentukan kalus yang
berasal dari eksplan yang diinokulasi. Hal ini dikarenakan dalam
tahap pembentukan kalus memungkinkan terjadinya keragaman
genetik yang tinggi. Keragaman yang muncul pada tahap
pengkalusan disebabkan oleh terganggunya siklus pembelahan
sel. Lebih jauh, kondisi ini mengakibatkan terjadinya proses
rearangement pada susunan gennya. Kalus yang dapat bertahan
pada kondisi cekaman salinitas selanjutnya akan dianalisis
3
keragamannya. Menurut Karp et al. dalam Balkrishna dan

Shankarrao (2013), metode pilihan dalam mempertimbangkan
variasi genetik alami dan akibat seleksi cekaman lingkungan
dapat dilakukan dengan menggunakan teknologi marka molekuler
pada tingkat genetik. Teknik RAPD (Random Amplified
Polymorphism DNA) merupakan analisis marka molekuler yang
sederhana, cepat, mudah dilakukan dan membutuhkan sedikit
DNA dari kalus yang toleran (Williams et al., dalam Balkrishna
dan Shankarrao, 2013). Oleh karena itu, diharapkan teknik ini
dapat digunakan untuk mengetahui perbedaan antara varietas
yang telah terinduksi gen ketahanannya terhadap salinitas dan
yang tidak terinduksi.
1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah dalam penelitian seleksi in vitro tanaman
jagung (Zea mays L.) varietas Talango dan Manding terhadap
cekaman salinitas yaitu :
1. Bagaimana tingkat ketahanan varietas Talango dan Manding
pada kondisi salinitas tinggi.
2. Bagaimana keragaman genetik galur hasil seleksi in vitro.
1.3 Batasan Masalah

Batasan masalah dalam penelitian seleksi in vitro tanaman
Jagung (Zea mays L.) varietas Talango dan Manding terhadap
cekaman salinitas yaitu:
1. Eksplan yang digunakan pada penelitian ini hanya tanaman
Z. mays varietas Talango dan Manding yang berasal atau
ditanam di Sumenep.
2. Pemberian cekaman salinitas dilakukan pada saat kalus telah
berhasil diinduksi.
3. Primer yang digunakan dalam analisis RAPD terlihat pada
tabel 3.2.
4
1.4 Tujuan
Tujuan yang ingin dicapai dalam penelitian seleksi in vitro
tanaman Jagung (Zea mays L.) varietas Talango dan Manding
terhadap cekaman salinitas yakni:
1. Menguji pengaruh tingkat ketahanan varietas Talango dan
Manding pada kondisi salinitas tinggi.
2. Mengetahui keragaman genetik galur hasil seleksi in vitro.
1.5 Manfaat
Manfaat dari penelitian ini adalah:
1. Galur hasil seleksi dapat digunakan secara lebih lanjut dalam
perakitan varietas tahan salinitas yakni sebagi tetua
persilangan.
2. Memberikan informasi yang dapat dimanfaatkan sebagai
hasil antara untuk penelitian pengembangan marka
molekuler pada tanaman jagung lokal Indonesia dengan
teknik RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA).
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Jagung (Zea mays L.)

2.1.1 Klasifikasi Tanaman Jagung (Zea mays L.)
Tanaman jagung merupkan tanaman tingkat tinggi.
Tanaman ini dalam sistematika tumbuhan diklasifikasikan
sebagai berikut :
Regnum : Plantae
Divisio : Spermatophyta
Sub Divisio : Angiospermae
Classis : Monocotyledone
Ordo : Graminae
Familia : Graminaceae
Genus : Zea
Spesies : Zea mays L.
(Rukmana, 2009).
Gambar 2.1 Benih dan Perkecambahan Tanaman Monokotil: Z.

mays (Levetin & McMahon, 2008).
5
6
2.1.2 Distribusi dan Syarat Tumbuh Tanaman Jagung

(Zea mays L.)
Tanaman Z. mays termasuk jenis tanaman semusim yang
tergolong dalam famili graminaceae dan berbiji tunggal
(monokotil). Tanaman Z. mays berasal dari benua Amerika yang
tumbuh sekitar 4.500 tahun lalu di pegunungan Andes, Amerika
Selatan. Tanaman Z. mays disebarluaskan oleh orang Portugal ke
Asia termasuk Indonesia sekitar 400 tahun yang lalu. Pusat
pertanaman jagung di benua Asia terdapat di acaina, Filipina,
India, dan Indonesia (Rukmana & Yudirachman, 2007). Akar
tanaman Z. mays dapat tumbuh dan berkembang dengan baik
pada kondisi tanah yang sesuai untuk pertumbuhan dan
perkembangan tanaman.
Secara umum, tanama Z. mays dapat tumbuh di dataran
rendah sampai dataran tinggi ± 1300 m dpl (di atas permukaan
laut) dengan kisaran suhu antara 130C-380C dan dapat sinar
matahari penuh. Di Indonesia tanaman Z. mays tumbuh dan
berproduksi optimum di dataran rendah sampai ketinggian 750 m
dpl. Di pulau Jawa dan Madura sekitar 90% dari luas penanaman
Z. mays terletak dibawah ketinggian 750 m dpl. Suhu ideal untuk
perkecambahan benih adalah 300C-320C, sedangkan selama masa
pertumbuhannya membutuhkan suhu optimum antara 230C-270C.
Curah hujan yang ideal untuk tanaman Z. mays antara 100 mm-
200 mm per bulan. Curah hujan paling optimum sekitar 100 mm-
125 mm per bulan. Tanaman Z. mays toleran terhadap reaksi
keasaman tanah pada kisaran pH 5,5-7,0. Tingkat keasaman tanah
yang paling baik untuk tanaman jagung adalah pH 6,8
(Rukmana, 2009). Menurut Rochani (2007), Z. mays dapat
tumbuh disemua jenis tanah, namun sifat tanah yang paling baik
untuk tumbuh yakni memiliki drainase baik, subur dengan humus
dan pupuk. Tanah yang subur mampu mempengaruhi produksi Z.
mays dengan baik. Hal tersebut dikarenakan tanaman Z. mays
membutuhkan unsur hara terutama nitrogen (N), fosfor (P) dan
kalium (K) dalam jumlah yang banyak (Murni & Arif, 2008).
7
Selain itu, syarat tumbuh Z. mays yakni tumbuh pada tanah

non salin. Hal ini dikarenakan, Z. mays merupakan salah satu
tanaman yang cukup sensitif bahkan dianggap paling sensitif jika
dibandingkan dengan tanaman serealia lainnya (Maas & Hoffman
dalam Balkrishna & Shankarrao, 2013). Tanah non salin memiliki
konduktivitas 0-2 dS/m (Abrol et al., dalam Kusmiyati et al.,
2009), sedangkan kemampuan tumbuh Z. mays berdasarkan nilai
konduktivitasnya sebesar 1,7 dS/m (Tanji & Kielen, 2002).
2.1.3 Morfologi dan Penggolongan Tanaman Jagung

(Zea mays L.)
Z. mays termasuk tanaman yang memiliki akar serabut.
Akar serabut tanaman Z. mays terdiri atas tiga macam akar yakni :
akar adventif, akar penyokong, dan akar seminal. Akar adventif
merupakan akar yang tumbuh relatif dangkal dengan percabangan
amat lebat dan berfungsi sebagai penyerap zat hara pada tanaman
(Purwono & Hartono, 2008). Akar penyokong memberikan
tambah topangan untuk tumbuh tegak dan membantu penyerapan
unsur hara. Akar penyokong ini tumbuh diatas permukaan tanah
(Rubatzky & Yamaguchi, 1998). Sedangkan akar seminal
merupakan akar yang tumbuh ke bawah pada saat biji
berkecambah. Akar seminal terdiri dari akar radikal atau akar
primer dan sejumlah akar lateral yang muncul sebagai akar
adventitious (Irfan, 1999). Perkembangan akar Z. mays
(kedalaman dan penyebarannya) bergantung pada varietas,
pengolahan tanah, fisik dan kimia tanah, keadaan air tanah, dan
pemupukan (Smith et al., 1995).
Batang tanaman Z. mays tidak bercabang, berbentuk
silindris, dan terdiri atas sejumlah ruas dan buku ruas. Pada buku
ruas terdapat tunas yang berkembang menjadi tongkol. Dua tunas
teratas berkembang menjadi tongkol yang produktif. Batang
memiliki tiga komponen jaringan utama yaitu epidermis (kulit),
jaringan pembuluh, pusat batang (pith). Jaringan pembuluh tertata
dalam lingkaran konsentris dengan kepadatan pembuluh yang
8
tinggi, dan lingkaran-lingkaran menuju perikarp dekat epidermis.

Kepadatan pembuluh berkurang begitu mendekati pusat batang.
Konsentrasi jaringan pembuluh yang tinggi terletak di bawah
epidermis menyebabkan batang tahan rebah. Z. mays yang
mempunyai batang kuat memiliki lebih banyak lapisan jaringan
sklerenkim berdinding tebal di bawah epidermis batang dan
sekeliling jaringan pembuluh (Paliwal, 2000).
Pada tanaman Z. mays, setiap daun terdiri atas helain daun,
ligula, dan pelepah daun yang melekat di batang. Jumlah daun
sama dengan jumlah buku batang. Umumnya jumlah daun
berkisar antara 10-18 helai. Munculnya setiap daun yang terbuka
sempurna rata-rata memiliki waktu sekitar 3-4 hari. Jumlah daun
tanaman Z. mays yang hidup di daerah tropis mempunyai jumlah
daun yang relatif lebih banyak jika dibandingkan dengan daerah
beriklim sedang (temperate) (Paliwal, 2000).
Tanaman Z. mays menghasilkan bunga dalam bentuk
spikelets. Bunga jantan berbentuk malai pada tangkai bunga
utama. Sedangkan spikelets betina dihasilkan dari suatu cabang
yang dimodifikasi dari tunas sisi. Bunga betina menghasilkan
suatu poros yang menebal disebut tongkol dan ditutupi oleh
sejumlah kelobot yang telah mengalami modifikasi (Singh, 1987).
Pada bunga betina terdapat sejumlah rambut yang ujungnya
membelah dua dan jumlahnya cukup banyak (sesuai dengan
jumlah biji yang ada dalam tongkol) (Warisno, 1998). Bunga Z.
mays termasuk bunga tidak lengkap karena tidak memiliki petal
dan sepal. Bunga Z. mays juga termasuk bunga tidak sempurna
karena bunga jantan dan betina berada pada bunga yang berbeda
(Purwono & Hartono, 2008). Menurut Subekti et al. (2008)
jagung disebut tanaman berumah satu (monoceous) karena bunga
jantan dan bunga betina terdapat dalam satu tanaman.
9
(A) (B)
Gambar 2.2 Bunga Tanaman Z. mays: (A) Bunga Jantan, (B) Bunga
Betina (Subekti et al., 2008).
Buah Z. mays terdiri atas tongkol, biji dan daun

pembungkus. Biji Z. mays mempunyai bentuk, warna dan
kandungan endosperm yang bervariasi, tergantung pada jenisnya.
Umumnya biji jagung tersusun dalam barisan yang melekat
secara lurus atau berkelok-kelok dan berjumlah antara 8-20 baris
biji. Biji jagung terdiri atas tiga bagian utama, yaitu pericarp,
berupa lapisan luar yang tipis, berfungsi mencegah embrio dari
organisme pengganggu dan kehilangan air, endosperm sebagai
cadangan makanan, mencapai 75% dari bobot biji yang
mengandung 90% pati dan 10% protein, mineral, minyak, dan
embrio (lembaga), sebagai miniatur tanaman yang terdiri atas
plumula, akar radikal, skutelum, dan koleoptil (Hardman &
Gunsolus, 1998).
10
Gambar 2.3 Struktur Benih Z. mays dan Bagiannya

(Subekti et al., 2008).
Menurut BPK dalam Cahyani (2010), jenis jagung dapat

dibedakan berdasarkan bentuk biji dan masa tanamnya. Jenis
jagung berdasarkan masa tanamnya dikelompokkan menjadi tiga
golongan yakni berumur pendek (genjah) 75–90 hari, berumur
sedang (tengahan) 90–120 hari, dan berumur lebih panjang dari
120 hari. Sedangkan jenis jagung berdasarkan bentuk bijinya
dikelompokkan menjadi tujuh jenis, yaitu:
1. Flour corn atau soft corn (Z. mays atau amulacea sturt =
jagung tepung), mengandung zat pati atau tepung.
2. Flint corn (Z. mays indurata = jagung mutiara), mempunyai
biji dengan warna bersinar dan agak keras. Selain itu banyak
digunakan sebagai pakan ternak.
3. Pop corn (Z. mays atau enerta sturt = jagung berondong), bila
dipanaskan dapat mengembang.
4. Sweet corn (Z. mays saccharata = jagung manis), mempunyai
kandungan gula tinggi sehingga terasa manis.
5. Pod corn (Z. mays tunica sturt = jagung bungkus), mahkotanya
menyelubungi setiap biji, sedangkan tongkolnya terselubung
oleh kelobot sehingga membuat bijinya tidak tampak.
6. Waxy corn (Z. mays ceratina Kulesch) memiliki warna jernih
seperti lilin.
11
7. Dent corn (Z. mays identata = jagung gigi kuda), memiliki

bentuk seperti gigi kuda, hal ini terjadi akibat pengerutan
lapisan bertepung saat biji mengering, sedangkan bagian
samping biji mengalami pengerasan sehingga bagian tengah
atau bagian atas mengalami penyusutan.
2.1.4 Karakteristik Varietas Jagung (Zea mays L.)

2.1.4.1 Talango
Z. mays varietas talango merupakan jenis Z. mays lokal
(Komposit) yang berasal dari Kecamatan Talango, Sumenep.
Proses penseleksian dilakukan sejak tahun 2003 dengan metode
ear to row (Arifin & Fatmawati, 2011). Metode ear to row
merupakan suatu teknik seleksi massa yang telah dimodifikasi.
Seleksi ear to row ialah seleksi tongkol ke baris dan
membutuhkan dua musim. Sesuai dengan namanya maka seleksi
ini digunakan untuk tanaman Z. mays yang memiliki tongkol
(Kristiari et al., 2013). Z. mays varietas Talango, memiliki umur
yang genjah (berumur pendek) yakni waktu berbunga 40-43 hari
setelah tanam, keluar rambut 42-50 hari, masak fisiologis 75 hari.
Tinggi tanaman 159,55 cm dengan bentuk batang kecil (diameter
2,1-2,4 cm) serta tahan rebah. Tipe biji mutiara dan berwarna
kuning. Memiliki ketahanan penyakit terhadap bulai. Potensi hasil
produksi dari varietas Talango sebesar 3,92 ton/ha
(Arifin & Fatmawati, 2011).
Gambar 2.4 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas Talango

(Arifin et al., 2010).
12
2.1.4.2 Manding
Tanaman Z. mays varietas Manding termasuk dalam jenis
Z. mays lokal (komposit). Berasal dari Kecamatan Manding,
Sumenep yang diseleksi tahun 2003 menggunakan metode Ear To
Row. Umur varietas ini bersifat genjah (berumur pendek) yakni
waktu berbunga 38-42 hari, keluar rambut 39-45 hari. Varietas
Manding memiliki tinggi tanaman sebesar 106,9 cm dengan
batang kecil berdiameter 1,0-1,75 cm dan tahan rebah. Biji
varietas Manding bertipe mutiara dan berwarna kuning. Mampu
bertahan terhadap penyakit bulai. Potensi hasil produksi dari
varietas Manding sebesar 2,94 ton/ha (Arifin & Fatmawati, 2011).
Gambar 2.5 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas Manding

(Arifin et al., 2010).
2.2 Cekaman Salinitas dan Pengaruhnya Terhadap

Tanaman Jagung (Zea mays L.)
Cekaman pada tanaman didefinisikan sebagai faktor
eksternal yang memberikan pengaruh buruk terhadap
pertumbuhan, produktivitas, kapasitas reproduksi atau ketahanan
hidup (Rhodes et al. dalam Morkunas et al., 2014). Sedangkan
salinitas menurut Yuniati (2004), garam terlarut dalam tanah
dengan konsentrasi yang berlebih. Menurut Haryadi & Yahya
dalam Nugraheni et al. (2003), definisi salinitas adalah
terdapatnya garam-garam dalam konsentrasi yang berlebihan,
sehingga menekan pertumbuhan tanaman. Penekananan ini
dikarenakan oleh konsentrasi total garam terlarut, bukan pengaruh
13
garam tertentu. Macam garam hanya berpengaruh kecil terhadap

pertumbuhan. Cekaman salinitas merupakan suatu cekaman
lingkungan yang berpengaruh terhadap produksi tanaman (Wang
et al., dalam Tuteja & Mahajan, 2005). Penghambatan produksi
tanaman akibat salinitas disebabkan karena terjadinya perubahan
diberbagai proses fisiologis dan metabolisme, tergantung pada
tingkat keparahan cekaman dan lama waktu cekaman (Rozema et
al., dalam Gupta & Huang, 2014).
Menurut Yuniati (2004), Tingginya konsentrasi salinitas
akan menyebabkan terjadinya hipertonik dan hiperosmotik pada
jaringan sehingga tanaman akan mengalami kematian. Pada
awalnya salinitas tanah diketahui sebagai penekan pertumbuhan
tanaman dalam bentuk cekaman osmotik yang kemudian diikuti
dengan keracunan ion (Rahnama et al., dalam Gupta & Huang,
2014). Terjadinya cekaman salinitas ini diakibatkan adanya
akumulasi garam yang berasal dari penyimpanan garam asal
bahan induk, pergerakan air laut, atau evaporasi yang tinggi
dengan curah hujan yang rendah. Pada umumnya bentuk garam
yang dominan pada cekaman salinitas adalah Natrium Klorida
(NaCl) (Tuteja & Mahajan, 2005).
Akumulasi garam sering terjadi akibat kekeringan pada
musim kemarau pada lahan-lahan pertanian (Tuteja & Mahajan,
2005), sehingga menyebabkan kerugian besar bagi tanah
pertanian dan produktivitasnya. Selain itu, kerugian tersebut
disebabkan karena beberapa tanaman yang penting secara
ekonomis sangat sensitif terhadap tanah dengan kandungan garam
tinggi. Beberapa tanaman tersebut adalah padi (Oryza sativa),
jagung (Zea mays), kedelai (Glycine max) dan kacang hijau
(Phaseolus vulgaris). Tanaman yang sensitif salinitas biasa
disebut sebagai glychophytes, sedangkan yang tahan akan
salinitas disebut halophytes (Munns et al., dalam Gupta & Huang,
2014).
Berubahnya konsentrasi garam dalam tanah akan
berpengaruh terhadap sifat fisik dan kimia tanah yakni tekanan
14
osmotik yang meningkat, peningkatan potensi ionisasi, infiltrasi

tanah menjadi buruk, terjadinya kerusakan dan terganggunya
struktur tanah, menurunnya permeabilitas tanah dan konduktivitas
(Sigalingging dalam Sipayung, 2003). Menurut Tuteja &
Mahajan (2005), terjadinya deposisi garam pada tanah akan
mengakibatkan zona potensi air dalam tanah rendah sehingga
tanaman akan susah untuk mendapatkan air dan unsur hara.
Menurut Nassery, Ogata dan Maas dalam Basri (1991),
pengaruh salinitas dapat menekan proses pertumbuhan tanaman
dengan efek yang menghambat pembesaran dan pembelahan sel,
produksi protein serta penambahan biomassa tanaman. Pada tanah
dengan tingkat salinitas tinggi dapat menunjukkan gejala
pertumbuhan seperti pertumbuhan yang tidak normal (daun
mengering dibagian ujung dan gejala klorosis). Hal tersebut
dikarenakan menurunnya potensial larutan tanah sehingga
tanaman kekurangan air. Kandungan NaCl pada tanah yang
semakin meningkat akan meningkatkan tekanan osmotik dan daya
tahan listrik tanah. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan
pengaruh cekaman salinitas terhadap dua kultivar tanaman Z.
mays yakni Giza 2 dan Trihibryd 321 menunjukkan pengaruh
terhadap menurunnya berat basah, berat kering, dan laju
pertumbuhan relatif tunas dan akar tanaman Z.mays (Mansour et
al., 2005).
2.3 Mekanisme Toleransi Tanaman Terhadap Cekaman

Salinitas
Pada kondisi cekaman salinitas, tanaman akan
mengembangkan berbagai mekanisme pertahanan diri untuk
mempertahankan produktivitas tanaman (Ashraf & Foolad, 2007).
Menurut Dordipour et al. (2004), pengaruh salinitas tergantung
pada fase pertumbuhan saat tanaman terkena cekaman. Selain itu,
jenis tanaman dan varietas memiliki ketahanan yang bervariasi
terhadap salinitas. Mekanisme toleransi tanaman terhadap
cekaman salinitas meliputi mekanisme morfologi dan fisiologi.
15
Mekanisme toleransi secara morfologi dapat dilakukan

dengan cara mengurangi jumlah daun untuk memperkecil
kehilangan air dari tanaman dan terjadi perubahan struktur khusus
seperti penebalan dinding sel untuk mempertahankan
keseimbangan air tanaman (Soepandie, 2003). Menurut
Harjadi & Yahya dalam Sipayung (2003), perubahan struktur
akibat cekaman salinitas mampu memperbaiki keseimbangan air
tanaman sehingga potensial air dalam tanaman dapat
mempertahankan turgor dan seluruh proses biokimia untuk
pertumbuhan dan aktivitas yang normal. Perubahan tersebut
meliputi ukuran daun yang lebih kecil, stomata yang lebih kecil
per satuan luas daun, peningkatan sukulensi, penebalan kutikula
dan lapisan lilin pada permukaan daun, serta lignifikansi akar
yang lebih awal.
Mekanisme toleransi secara fisiologis dapat dilakukan
dengan pengaturan potensial osmosis (osmoregulasi) dimana
tanaman yang tahan terhadap salinitas mampu melakukan
penyesuaian dengan menurunkan potensial osmosis tanpa harus
kehilangan turgor (Basri dalam Sipayung, 2003).
Pada penelitian Mansour et al. (2005), mekanisme toleransi
yang dilakukan tanaman Z.mays terhadap cekaman salinitas
adalah dengan meningkatkan akumulasi prolin dan glycine
betaine. Akumulasi prolin seperti yang telah banyak diketahui
merupakan langkah pengurangan efek cekaman salinitas (Saxena
dalam Gupta & Huang, 2014). Prolin intraseluler yang
diakumulasi selama cekaman salinitas tidak hanya untuk toleransi
tapi juga menyediakan cadangan nitrogen organik sebagai bentuk
toleransi terhadap cekaman (Gupta & Huang, 2014). Glycine
betaine bersifat tidak beracun pada sel melainkan menaikkan
tingkat osmolaritas sel selama masa cekaman. Glycine betaine
juga melindungi sel untuk menyesuaikan osmotik sel, stabilitas
protein, dan melindungi bagian-bagian proses fotosintesis dari
kerusakan akibat cekaman dan mereduksi ROS (Gupta & Huang,
2014).
16
2.4 Seleksi In Vitro

Teknik in vitro merupakan teknik yang sering diaplikasikan
untuk perbaikan karakter tanaman seperti karakter ketahanan
tanaman. Pada kultur in vitro teknik yang sering digunakan untuk
perbaikan karakter tanaman adalah seleksi in vitro dan variasi
somaklonal. Menurut Predieri dalam Sujatmiko et al. (2012),
seleksi in vitro adalah seleksi yang dilakukan terhadap eksplan
pada kultur in vitro menggunakan elisitor. Sedangkan menurut
Purmaningsih & Mariska (2005), seleksi in vitro merupakan salah
satu metode dari keragaman somaklonal (variasi somaklonal),
namun lebih efektif dan efisien. Hal ini dikarenakan perubahan
genetik yang terjadi lebih diarahkan pada sifat yang diinginkan
dengan menggunakan agen seleksi pada media kultur atau dengan
memberikan kondisi tertentu untuk merubah karakter somaklonal
yang dibutuhkan (Karp dalam Lestari, 2006). Metode tersebut
telah banyak dimanfaatkan untuk memperoleh varian-varian
tanaman yang resisten terhadap herbisida dan cekaman
lingkungan. Beberapa keunggulan menggunakan seleksi in vitro
yaitu tidak terlalu dipengaruhi faktor lingkungan, memungkinkan
dilakukannya seleksi pada tingkat sel dengan satu faktor tunggal
(Wenzel & Foroughi-Wehr dalam Purmaningsih & Mariska,
2005).
Variasi somaklonal didefinisikan sebagai keragaman genetik
dari tanaman yang dihasilkan melalui kultur sel, baik sel somatik
seperti sel daun, akar, batang, dan sel gamet (Kadir dalam Yunita,
2009). Menurut Skirvin et al. dalam Yunita (2009), variasi
somaklonal keragaman genetik yang dihasilkan melalui kultur
jaringan. Keragaman ini dapat muncul akibat penggandaan dalam
kromosom (fusi, endomitosis), perubahan jumlah kromosom,
perubahan struktur kromosom, perubahan gen, dan perubahan
sitoplasma (Kumar & Matur dalam Yunita, 2009).
Pada berbagai tanaman seleksi in vitro telah terbukti dapat
menghasilkan varietas baru yang tahan dan sifat tersebut dapat
wariskan pada keturunannya. Mutasi atau perubahan karakter
17
yang diwariskan dapat terbentuk pada fase sel bebas maupun

kalus pada tahap kultur in vitro atau pada eksplan karena adanya
sel-sel bermutan pada jaringan tertentu (Mariska et al., 2001).
2.5 Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)

Penanda molekuler merupakan teknik yang efektif dalam
analisis genetik dan telah diaplikasikan secara luas dalam
program pemuliaan tanaman (Karsinah et al., 2002). Salah satu
marka molekuler berbasis PCR yang banyak digunakan dalam
mengidentifikasi keragaman pada tingkat intraspesies dan
antarspesies yakni RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
(Jena & Das dalam Pharmawati, 2009). Menurut Khanam et al.
(2012), RAPDs merupakan proses amplifikasi fragmen DNA
secara acak oleh primer sintetik (biasanya 10 bp) dan
menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) dalam
prosesnya.
Selain RAPD, terdapat beberapa analisis keragaman genetik,
diantaranya RFLP (Retriction Fragment Length Polymorphism),
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms), ISSR (Inter-
simple Sequence Repeat) , SSR (Simple Sequence Repeat)
(Williams et al., dalam Balkrishna & Shankarrao, 2013).
Keunggulan teknik RAPD dibandingkan dengan teknik lainnya
yaitu kuantitas DNA yang dibutuhkan sedikit, hemat biaya,
mudah dipelajari, dan primer yang diperlukan mudah didapatkan
karena telah tersedia secara komersial (Azrai, 2005). Selain itu,
tekni ini memberikan hasil yang lebih cepat dibandingkan dengan
teknik molekuler lainnya. Teknik ini juga mampu menghasilkan
jumlah karakter yang relatif tidak terbatas, sehingga sangat
membantu untuk keperluan analisis keragaman organisme yang
tidak diketahui latar belakang genomnya (Bardakci, 2001).
Teknik RAPD telah banyak diaplikasikan dalam kegiatan
pemuliaan tanaman, antara lain analisis keragaman genetik
plasma nuftah tanaman (padi, kapas, dan jeruk mandarin) dan
analisis populasi genetik tanaman (kakao, kelapa sawit, dan
18
kelapa) (Azrai, 2005). Menurut Surahman et al. (2007),

keberhasilan proses amplifikasi DNA dapat dipengaruhi oleh
konsentrasi DNA cetakan, konsentrasi magnesium, konsentrasi
Taq DNA polimerase, konsentrasi primer dan dNTPs, suhu
annealing, waktu dan jumlah siklus tertentu. Selain itu, dapat pula
ditentukan oleh primer yang baik. Syarat primer yang baik,
diantaranya bebas dari kemungkinan terjadinya primer-dimer dan
formasi self complementarity, serta stabilitas internal yang tepat.
BAB III
METODOLOGI PENELITIAN
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian dilakukan di Laboratorium Kultur Jaringan
Biologi ITS dan Laboratorium Molekuler Rumah Sakit Khusus
Infeksi UNAIR pada bulan November 2014 sampai dengan Juli
2015.
3.2 Metode yang Digunakan

3.2.1 Tahap Persiapan
3.2.1.1 Sterilisasi Ruangan
Semua alat yang akan digunakan dimasukkan kedalam
Laminar Air Flow Cabinet (LAFC). Sebelum dimasukkan alat
disemprot terlebih dahulu dengan alkohol 70%. Selanjutnya
dilakukan sterilisasi ruang kerja dengan menyalakan UV lamp
pada LAFC selama 2 jam. Kemudian dinyalakan blower LAFC
selama 30–60 menit dan disemprot bagian meja kerja LAFC
dengan alkohol 70%. Setelah itu dibersihkan menggunakan tissue
steril. Prosedur kerja secara aseptis dilakukan di dalam LAFC.
3.2.1.2 Sterilisasi Peralatan

Sterilisasi peralatan yang dilakukan untuk tiap jenis
peralatan dalam kultur jaringan dapat diuraikan sebagai berikut:
A. Botol Kultur
Botol kultur terlebih dahulu dicuci bersih dan direndam
menggunakan larutan chlorox yang dilarutkan kedalam air selama
semalam (± 24 jam). Setelah itu, dibilas dan disterilisasi
menggunakan autolaf dengan suhu 1210C tekanan 1,5 atm selama
1 jam. Kemudian disimpan pada rak penyimpanan botol.
B. Alat Gelas
Proses sterilisasi alat-alat gelas seperti labu ukur,
Erlenmeyer, gelas beker, gelas ukur, dan cawan petri dimulai
dengan mencuci alat-alat tersebut, lalu dikeringkan, ditutup
19
20
menggunakan kertas yellow pages. Setelah itu dioven dengan

suhu 800C selama 2 jam. Untuk cawan Petri, di autoklaf dengan
suhu 1210C tekanan 1,5 atm selama 60 menit.
C. Peralatan Lainnya
Peralatan lain seperti peralatan diseksi (seperti scalpel,
pinset, spatula, gunting, dll), magnetic strirrer, dan sendok dicuci
dan dikeringkan. Kemudian untuk peralatan diseksi dibungkus
dengan yellow pages. Semua peralatan disterilisasi dalam autoklaf
dengan suhu 1210C tekanan 1,5 atm selama 60 menit.
Sebelum dimasukkan kedalam LAFC, semua peralatan
telebih dahulu disemprot menggunakan alkohol 70% dan
pembungkus dibuka didalam LAFC. Saat memulai dan dalam
proses bekerja, alat diseksi yang digunakan (skalpel dan pinset)
dicelupkan kedalam alkohol 96% dan dilewatkan diatas api
bunsen.
3.2.1.3 Sterilisasi Medium

Botol kultur yang telah berisi medium dalam kondisi
botol tertutup disterilisasi. Proses sterilisasi dilakukan dengan
menggunakan autoklaf dengan suhu 1210C tekanan 1,5 atm
selama 20 menit. Setelah itu, medium disimpan diruang inokulasi.
3.2.1.4 Sterilisasi Eksplan

Proses sterilisasi eksplan benih Z. mays varietas Talango
dan Manding dilakukan dengan beberapa tahapan yakni:
1. Dicuci di air mengalir selama 15 menit.
2. Direndam dalam air yang telah dicampur dengan sabun cair
dan diputar menggunakan magnetic strirrer pada hot plate
magnetic strirrer selama 30 menit. Setelah itu, dibilas
menggunakan aquabides steril selama 15 menit. Selanjutnya
dilakukan sterilisasi dalam LAFC.
3. Direndam benih dalam antifungal selama 15 menit. Lalu
direndam dengan aquabides steril selama 5 menit.
21
4. Direndam dalam larutan chlorox 5,25% selama 5 menit.

Kemudian direndam dengan aquabides steril selama 7 menit.
5. Tahap terakhir perendaman dilakukan dengan merendam
benih dalam alkhol 70% selama 10 menit dan di rendam dalam
aquabides steril selama 7 menit.
6. Semua tahap penstrerilan dilakukan sebanyak 2 kali.
Kemudian benih jagung siap inokulasi dikeringkan pada
cawan petri yang telah diberi kertas saring steril. Selanjutnya
dilanjutkan ke tahap inokulasi penginduksian kalus.
3.2.2 Tahap Penelitian

3.2.2.1 Induksi Kalus
Pada proses induksi kalus medium yang digunakan adalah
MS0 dimana dalam media tersebut ditambahkan ZPT yakni 2,4-D
dengan konsentrasi 4 ppm. Medium tersebut digunakan dalam
penelitian ini berdasarkan penelitian Balkrishna & Shankarrao et
al. (2013).
Langkah pertama benih yang sudah disterilkan
diinokulasi bagian skutelum jagung kedalam botol kultur dengan
cara diambil dengan pinset. Pinset dimasukkan ke dalam alkohol
96%, dibakar dengan api bunsen, diletakkan diatas cawan petri
steril untuk menunggu dingin (bagian ujung pinset tidak boleh
terkena alas meja kerja LAFC). Kemudian diambil, botol kultur
dan dibuka tutup plastik botol, dikeluarkan air yang ada didalam
botol dengan cara membalikan botol (mulut botol tidak boleh
tersentuh meja kerja LAFC). Diputar mulut botol kultur di api
bunsen. Selanjutnya di ambil skutelum jagung dan diinokulasi ke
dalam botol kultur yang telah berisi medium (diusahakan ujung
pinset tidak menyentuh medium). Setelah itu, bagian ujung pinset
dibakar di api bunsen dan dicelupkan ke dalam alkohol 96%.
Diputar kembali mulut botol kultur pada api bunsen. Di ambil
tutup plastik steril, dilewatkan tutup plastik diatas api bunsen
(jangan sampai terbakar), ditutupkan pada botol kultur yang telah
berisi eksplan. Lalu di ikat rapat dengan menggunakan karet.
22
Setelah semua proses penginokulasian selesai, botol kultur

ditandai menggunakan kertas label yang berisi:
a) Varietas benih jagung
b) Tanggal inokulasi
c) Medium yang digunakan
Setelah eksplan diinokulasi, langkah selanjutnya adalah

menyimpan dalam ruang kultur pada kondisi gelap. Kemudian
eksplan diinkubasi selama 28 hari pada suhu 250C ± 20C
(Balkrishna dan Shankarrao, 2013) dan setiap dua minggu sekali
dilakukan subkultur ke medium baru.
3.2.2.2 Seleksi In Vitro

Setelah kalus terbentuk, kalus disubkultur ke medium
seleksi yakni MS0 + ZPT optimal pertumbuhan kalus +
konsentrasi NaCl (0, 2500, 5000, dan 7500 ppm) dan diinkubasi
selama 28 hari dalam ruang kultur pada kondisi terang.
Selanjutnya dilakukan pengamatan pada presentase kalus hidup,
dengan rumus (Htwe et al. dalam Ubudiyah, 2013):
Jumlah Kalus yang Toleran

Presentase Kalus Hidup (%) = X 100%
Jumlah Kalus yang Diinokulasi
Selain itu, berat kalus juga diukur dengan cara

menimbang berat segar kalus sebelum seleksi (Initial growth) dan
sesudah seleksi kalus (Final growth) dengan satuan miligram
(mg) untuk mendapatkan data pertambahan berat kalus.
3.2.2.3 Pembuatan Agarose 2%

Pembuatan agarose 2% dilakukan dengan mencampurkan
bubuk agarose sebanyak 0,8 gram dan larutan TBE 1x sebanyak
40 ml didalam Erlenmeyer. Larutan dipanaskan dan
dihomogenkan dengan menggunakan hot plate magnetic stirrer
hingga bening dan mendidih. Setelah itu suhu larutan dibiarkan
23
turun dan ditambahkan EtBr sebanyak 7,5 µl. Kemudian dituang

ke dalam cetakan agar. Agarose dibiarkan hingga memadat.
3.2.2.4 Ekstraksi DNA dan Analisis RAPD

Proses ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode
CTAB (cetyl trimethyl ammonium bromide) 3% dengan beberapa
modifikasi sesuai dengan penelitian Saputro (2012). Berikut
merupakan tahap proses ekstraksi DNA (gambar 3.1) :
Analisis RAPD dilakukan menurut penelitian Saghai-
Maroof et al. dalam Balkrishna & Shankarrao (2013) yang telah
dimodifikasi. Pada proses ini dicampurkan reaksi sebanyak 25 µl
(tabel 3.1). Selanjutnya semua reaksi tersebut dicampur. Setelah
itu, dilakukan PCR menggunakan PCR Rotor-Gene Q. Reaksi
PCR diprogram untuk 30 siklus seperti pada gambar 3.2.
Selanjutnya produk PCR di visualisasi menggunakan
elektroforesis DNA Mupid-exu submarine electrophoresis system.
Pada teknik elektroforesis menggunakan gel agarose 2% yang
ditambahkan 1x buffer Tris-Borat-EDTA (TBE) dan di running
pada tegangan 50 volt. Fragmen DNA yang telah terseparasi
diwarnai dengan Ethidium Bromide (EtBr) dan di
dokumentasikan dengan UV Light Transilluminator Biostep.
Tabel 3.1 Reaksi pencampuran reagen-reagen untuk proses PCR

Komponen
KAPPA2G Fast ReadyMix 12,5 µl
(2x)
primer acak 1,5 µl
ddH2O steril 10 µl
DNA template 1 µl
24
Kalus toleran ditimbang dengan berat 55-80 mg
Dimasukkan kalus kedalam microtube 1,5 ml

Ditambahkan CTAB 3% (200 µl) dan digerus sampai halus
Ditambahkan CTAB 3% (300 µl) dan divortex
Diinkubasi di Dry Block Heating Thermostat 30 menit pada suhu
550C
Ditambahkan 500 µl CIAA (chloroform isoamylalcohol) dan di

campur perlahan
Dilakukan sentrifugasi menggunakan Refrigerated Benchtop
Mikrosentrifuge Kitman-24 (15 menit, 12000 rpm, suhu 40C)
Diambil supernatan, dan dipindahkan ke microtube baru
Ditambahkan Amonium Acetat dingin ±28 µl
Ditambahkan Isopropanol dingin ±204 µl
Dikocok perlahan dan diinkubasi overnight suhu 40C
Dilakukan sentrifugasi (5 menit, 12000 rpm, suhu 40C)
Ditambahkan 700 µl etanol 70% dingin dan disentrifugasi (1

menit, 12000 rpm, suhu 40C)
Dibuang supernatan pada masing-masing sampel
Ditambahkan 700 µl etanol absolut dingin dan disentrifugasi (1

menit, 12000 rpm, suhu 40C)
Dibuang supernatan pada masing-masing sampel. Pelet yang

terbentuk dikeringanginkan
Ditambahkan TE buffer pH 8 (100 µl) dan disimpan pada suhu

-200C
Gambar 3.1 Tahap Proses Ekstraksi DNA.
25
Tabel 3.2 Daftar primer dan urutan basa nitrogen yang digunakan
untuk analisis RAPD.
Jumlah Pasangan
No. Primer Urutan Primer (5’ – 3’)
Basa
1 OPA 02 TGC CGA GCT G 10
2 OPA 10 GTG ATC GCA G 10
3 OPA 13 CAG CAC CCA C 10
4 OPB 07 GGT GAC GCA G 10
5 OPC 02 GTG AGG CGT C 10
6 OPD 08 GTG TGC CCC A 10
7 OPI 01 ACC TGG ACA C 10
8 OPK 20 GTG TCG CGA G 10
9 OPU 19 GTC AGT GCG G 10
10 OPU 20 ACA GCC CCC A 10
950C, 5’ 950C, 20’’

(a) (b) 720C, 20’’ 720C, 5’
(d) (e)
250C, 30’’ 250C, 1’

(c) (f)
Siklus
Gambar 3.2 Tahap Proses PCR: (a) Denaturasi awal (b) Denaturasi
(c) Annealing/Penempelan (d) Elongasi/Ekstensi (e) Elongasi Akhir (f)
finishing.
3.4 Rancangan Penelitian

Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap dan
dilakukan pengulangan 3 kali, sehingga total unit percobaan
sebanyak 24 (24 botol kultur). Pengamatan dilakukan selama 28
hari untuk induksi kalus dan 28 hari untuk seleksi in vitro.
26
Berikut ini merupakan tabel rancangan penelitian :
Tabel 3.3 Tabel pengamatan presentase kalus hidup pada seleksi

in vitro
Konsentrasi
I II III IV
Varietas
Talango TI TII TIII TIV
Manding MI MII MIII MIV
Keterangan : I = konsentrasi 0 ppm
II = konsentrasi 2500 ppm
III = konsentrasi 5000 ppm
IV = konsentrasi 7500 ppm
Tabel 3.4 Tabel pengamatan pertumbuhan relatif kalus pada

seleksi in vitro
Konsentrasi
I II III IV
Varietas
Talango TI TII TIII TIV
Manding MI MII MIII MIV
Keterangan : I = konsentrasi 0 ppm
II = konsentrasi 2500 ppm
III = konsentrasi 5000 ppm
IV = konsentrasi 7500 ppm
27
Tabel 3.5 Tabel pengamatan hasil analisis RAPD

Urutan Primer Talango Manding
No. Primer
(5’ – 3’)
Polimorfisme/ Polimorfisme/
1 OPA 02 TGC CGA GCT G
monomorfisme monomorfisme
2 OPA 10 GTG ATC GCA G
3 OPA 13 CAG CAC CCA C
4 OPB 07 GGT GAC GCA G
5 OPC 02 GTG AGG CGT C
6 OPD 08 GTG TGC CCC A
7 OPI 01 ACC TGG ACA C
8 OPK 20 GTG TCG CGA G
9 OPU 19 GTC AGT GCG G
10 OPU 20 ACA GCC CCC A
28
“Halaman ini sengaja dikosongkan”

BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Pengaruh Beberapa Konsentrasi Cekaman Salinitas

terhadap Morfologi Kalus
Subkultur dilakukan selama 28 hari atau 4 minggu pada
medium seleksi yang mengandung NaCl dengan konsentrasi 0,
2500, 5000, dan 7500 ppm. Setiap 7 hari dilakukan pengamatan
terhadap perubahan morfologi kalus. Kondisi morfologi kalus dari
masing-masing varietas dapat dilihat pada gambar 4.1 dan 4.2 :
29
30
Berdasarkan pengamatan yang dilakukan terlihat bahwa

terdapat perubahan warna dan tekstur kalus pada medium yang
ditambahkan NaCl yakni coklat hingga hitam dan kompak.
Perubahan tersebut terjadi pada medium dengan konsentrasi NaCl
paling tinggi berbeda dengan kalus tanpa NaCl, dimana memiliki
warna lebih hijau. Hal yang sama terjadi pada penelitian Munir &
Aftab (2013), dimana kultur kalus tebu yang berada dibawah
kondisi tercekam salinitas mengalami pencoklatan (browning) dan
nekrosis pada konsentrasi salinitas tertinggi. Mekanisme tersebut
disebabkan adanya penurunan kandungan klorofil yang dipicu oleh
tingginya aktifitas enzim pendegradasi klorofil yakni klorofilase
akibat peningkatan garam dilingkungan (Noreen & Ashraf dalam
31
Sevengor et al., 2011). Tingginya kandungan garam menyebabkan

penurunan nilai potensial biomolekul seperti klorofil (Shahbaz et
al. dalam Ashraf & Ashraf, 2012). Induksi salinitas menyebabkan
penurunan kandungan klorofil yang berhubungan dengan
menurunnya kandungan 5-aminolevulinic acid. 5-aminolevulinic
acid berperan sebagai prekusor untuk protochlorophyllide, yang
berfungsi sebagai prekusor dalam biosintesis klorofil (Santos
dalam Ashraf & Ashraf, 2012). Degradasi klorofil pada tanaman
yang tercekam salinitas menyebabkan hilangnya phytol,
disebabkan oleh meningkatnya aktifitas enzim klorofilase (fang et
al. dalam Ashraf & Ashraf, 2012). Menurut Sevangor et al. (2011),
degradasi klorofil dapat dilindungi dengan adanya aktifitas enzim
antioksidan yang tinggi. Aktifitas tersebut merupakan salah satu
bentuk mekanisme pertahanan terhadap cekaman salinitas
(Kusvuran et al., 2012). Warna hitam yang terlihat pada kalus
(gambar 4.1 (D)) menunjukkan terjadinya kematian sel. Hal ini
dikarenakan molekul NaCl mengalami ionisasi menjadi Na+ dan
Cl- yang mengakibatkan peningkatan ion secara berlebihan
sehingga terjadi cekaman ion dan mengakibatkan sel-sel kalus
mengalami kematian (Farid et al., 2006). Selain itu, peristiwa
browning terjadi akibat adanya senyawa fenol dimana fenol
bersifat racun/toksik bagi sel. pencoklatan jaringan terjadi karena
aktivitas enzim oksidase yang mengandung tembaga seperti
polifenol oksidase dan tirosinase (Hutami, 2008). Browning dapat
pula disebabkan adanya mikroorganisme endofitik yang ditemukan
dalam jaringan dimana tidak menunjukkan gejala bahwa mereka
mungkin bakteri atau ragi (Prittila et al., 2008).
4.2 Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Persentase Kalus

Hidup
Pada penelitian ini, seluruh kalus memberikan respon disetiap
perlakuan yang diberikan. Data persentase kalus yang hidup dapat
dilihat pada tabel 4.1.
32
Tabel 4.1 Persentase kalus hidup pada seleksi in vitro

Konsentrasi NaCl
Varietas
A B C D
Talango 100% 100% 100% 66,7%
Manding 100% 100% 100% 100%
Keterangan : A = konsentrasi 0 ppm
B = konsentrasi 2500 ppm
C = konsentrasi 5000 ppm
D = konsentrasi 7500 ppm
Berdasarkan tabel diatas terlihat bahwa persentase kalus hidup

varietas Talango pada perlakuan 0, 2500, dan 5000 ppm sebesar
100%, namun pada perlakuan 7500 ppm persentase kalus hidupnya
sebesar 66,7%. Hal ini sesuai dengan pengamatan morfologi kalus
(gambar 4.1), dimana terlihat bahwasanya kalus Talango yang
ditumbuhkan pada medium NaCl 7500 ppm, tidak mampu bertahan
dalam kondisi cekaman salinitas tertinggi yakni 7500 ppm.
Sedangkan kemampuan bertahan kalus Manding sebesar 100% di
setiap perlakuan. Perbedaan persentase kalus hidup dalam kondisi
tercekam tersebut dapat dipengaruhi oleh berbagai macam
mekanisme pertahanan kalus. Beberapa mekanisme toleransi untuk
melindungi dari efek cekaman salinitas yakni sintesis zat terlarut
organik yang kompatibel seperti prolin, sukrosa, poliol, trehalosa
dan QACs (Ashraf and Foolad dalam Rai, 2011), homeostatis ion,
dan induksi enzim antioksidan (Rai, 2011) sehingga mampu
membatasi penyerapan garam dan menyesuaikan tekanan osmotik.
Pada penelitian Mansour et al. (2005), mekanisme toleransi yang
dilakukan tanaman Z. mays terhadap cekaman salinitas yakni
dengan meningkatkan akumulasi prolin dan glycine betaine pada
jaringan. Dimana akumulasi prolin pada kondisi salinitas tinggi
berfungsi sebagai penyedia candangan Karbon dan Nitrogen untuk
pertumbuhan, stabilisasi membran, melindungi aktivitas
fotosintesis, dan fungsi mitokondria (Kishore et al. dalam Rai,
2011). Berdasarkan hal tersebut dapat dikatakan bahwa persentase
kalus hidup dengan nilai sebesar 100% dipengaruhi oleh adanya
mekanisme toleransi.
33
4.3 Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Pertambahan

Berat Kalus
Pertambahan berat kalus didapat dari perhitungan selisih berat
akhir setelah inkubasi 28 hari dengan berat awal sebelum inkubasi.
Berdasarkan hasil perhitungan tersebut menunjukkan bahwa
semakin tinggi konsentrasi NaCl pertambahan berat kalus semakin
kecil yakni kalus Talango dan Manding pada konsentrasi 7500 ppm
memiliki berat sebesar 0 dan 170 mg jika dibandingkan dengan
kalus yang tumbuh pada medium tanpa NaCl. Sedangkan
pertambahan berat kalus kedua varietas pada konsentrasi 2500 dan
5000 ppm juga mengalami penurunan tetapi tidak serendah
penurunan pada konsentrasi tertinggi.
Berdasarkan tabel 4.2 kedua varietas menunjukkan respon
yang berbeda terhadap cekaman salinitas. Hal ini dapat dilihat dari
perbedaan pertambahan berat yang berbeda antara varietas Talango
dan varietas Manding, dimana varietas Manding memiliki
pertambahan berat lebih besar dibandingkan dengan varietas
Talango sehingga dapat dikatakan bahwa Varietas Manding
memiliki tingkat ketahanan yang lebih baik terhadap cekaman
salinitas dibandingkan dengan varietas Talango. Hal ini
disebabkan terganggunya pertumbuhan kalus yang tidak optimal.
Rendahnya pertambahan berat kalus terjadi seiring dengan
tingginya konsentrasi NaCl pada kedua varietas tersebut (gambar
4.3 dan 4.4). Hal ini menunjukkan bahwa kedua varietas yakni
Talango dan Manding mampu bertahan pada konsentrasi tertinggi.
Hal ini dapat dikatakan bahwa Konsentrasi tertinggi dari penelitian
ini belum menjadi konsentrasi lethal bagi kedua varietas. Selain itu,
dapat pula diakibatkan karena terjadinya ketidak seimbangan
penyerapan air dan hara, serta terhambatnya proses metabolisme.
Akibat tingginya konsentrasi garam menyebabkan pertumbuhan
dan perkembangan tanaman terhambat karena banyaknya
akumulasi Na+ dan Cl- dalam sitoplasma sehingga memicu
perubahan metabolisme dalam sel dan terhambatnya aktivitas
enzim. Selain itu, dapat mengakibatkan dehidrasi parsial sel dan
hilangnya turgor sel akibat berkurangnya potensial air di dalam sel.
34
Berlebihnya kandungan Na+ dan Cl- dalam ekstraseluler

menghambat asimilasi Nitrogen yakni penyerapan nitrat (NO3)
dimana sangat penting untuk pertumbuhan tanaman (Yuniati,
2004). Pada proses pertumbuhan dan perkembangan, ion K+
merupakan unsur penting dan diperlukan dalam jumlah yang cukup
besar. Namun dengan kandungan Natrium (Na+) yang tinggi
mengakibatkan ion K+ menurun (James et al., 2011). Menurut
Tuteja dan Mahajan (2005), fungsi ion K+ adalah untuk
mempertahankan keseimbangan osmotik, berperan dalam
pembukaan dan penutupan stomata. Selain itu, Marschner (2005),
menyatakan bahwa tingginya konsentrasi NaCl mampu
menyebabkan penurunan permeabilitas sel terhadap air dan
mengakibatkan menurunnya laju masuknya air ke dalam sel.
Tabel 4.2 Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas Talango

dan Manding dengan konsentrsi NaCl terhadap pertambahan berat
kalus
Varietas Konsentrasi NaCl (ppm) Rata-rata ± SE
Talango 0 13,33 ± 1,39
2500 6,67 ± 1,39
5000 3,33 ± 1,39
7500 0,00 ± 0,00
Manding 0 996,70 ± 6,22
2500 370,00 ± 3,81
5000 173,30 ± 3,67
7500 170,00 ± 0,00
Keterangan : SE (Standart error).
35
14
12
10
Berat (mg)
8
6
4
2
0
0 2500 5000 7500
Konsentrasi (ppm)
Gambar 4.3 Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas
Talango dengan konsentrasi NaCl terhadap pertambahan berat
kalus.
1200
1000
Berat (mg)
800
600
400
200
0
0 2500 5000 7500
Konsentrasi (ppm)
Gambar 4.4 Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas
Manding dengan konsentrasi NaCl terhadap pertambahan berat
kalus.
4.4 Analisis RAPD

Variabilitas genetik kalus Talango dan Manding pada
perlakuan 0 ppm dan 7500 ppm NaCl dianalisis menggunakan
36
teknik penanda molekuler RAPD. Hal ini dikarenakan dari semua

parameter yang digunakan dalam penelitian ini seperti pengamatan
morfologi, persentase kalus hidup dan pertambahan berat kalus
memberikan hasil bahwa semakin tinggi konsentrasi salinitas yang
diberikan memberikan efek negatif terhadap pertumbuhan dan
perkembangan kalus. Sehingga dimungkinkan memiliki perbedaan
genetik yang tinggi. Hasil analisis RAPD dapat dilihat pada tabel
4.4.
Gambar 4.5 Visualisasi pita DNA yang teramplifikasi pada varietas

Talango (tanda panah menunjukkan polimorfisme pita DNA).
37
Gambar 4.6 Visualisasi pita DNA yang teramplifikasi pada varietas

Manding (tanda panah menunjukkan polimorfisme pita DNA).
Berdasarkan gambar 4.5 dan 4.6, dari sepuluh primer yang

digunakan pada kedua varietas menunjukkan hasil bahwa hanya
lima primer yakni OPA 13, OPB 07, OPC 02, OPK 20, dan OPU
19 yang mampu melakukan polimorfisme. Sedangkan lima primer
yakni OPD 08 dan OPI 01 hanya mampu melakukan polimorfisme
pada varietas Talango, OPA 02, OPA 10, dan OPU 20 hanya
mampu melakukan polimorfisme pada varietas Manding. Menurut
Poweli et al. (1996), menyatakan bahwa polimorfisme merupakan
hasil dari perbedaan panjang DNA yang teramplifikasi dan jarak
migrasi pita DNA berbeda dan diikuti dengan tingginya variasi
pola pita DNA.
38
Produk amplifikasi berkisar antara 250 bp sampai 1500 bp

untuk Talango sedangkan untuk Manding berkisar antara 250 bp
sampai 1000 bp (gambar 4.5 dan 4.6). Rata-rata setiap primer pada
Talango dan Manding memproduksi pita DNA yang berbeda. Pada
Talango primer OPA 13 menghasilkan pita DNA sebanyak 2 pita,
yang mana1 pita mengalami polimorfisme. OPB 07 memiliki 3 pita
DNA, polimorfisme terjadi pada 1 pita DNA. OPC 02 berbeda
dengan primer lainnya, primer ini menghasilkan 1 pita DNA
sedangkan polimorfismenya sebanyak 1 pita DNA. Hal ini dapat
dilihat bahwa pita DNA baru pada kontrol tidak nampak tetapi pita
DNA baru nampak ditempat yang berbeda (gambar 4.5). Primer
OPD 08 mengalami polimorfisme sebanyak 1 pita dari total 4 pita
yang terbentuk. Primer OPI 01, terjadi polimorfisme sebanyak 3
pita dari total 5 pita. Primer OPK 20 mengalami hal yang sama
seperti primer OPC 02, dimana jumlah pita pada kontrol sama
dengan jumlah pita pada perlakuan (7500 ppm). Hal ini
menunjukkan polimorfisme yang terjadi pada primer tersebut
berbeda pada letak ukuran pita DNAnya. Primer OPU 19 dari total
5 pita mengalami polimorfisme sebanyak 2 pita. 3 primer lainnya
yakni OPA 02, OPA 10, dan OPU 20 memberi produk amplifikasi
sebanyak 1, 2, dan 2 tanpa polimorfisme apapun (tabel 4.3).
Sedangkan untuk varietas Manding dari 10 primer hanya 2
primer yang memberi produk amplifikasi tanpa polimorfisme
yakni OPD 08 dan OPI 01. 8 primer lainnya memberikan produk
amplifikasi dengan polimorfisme. Primer OPA 02 sebanyak 1 pita
dari total 2 pita. Primer 10 dari total 1 pita, 2 pita mengalami
polimorfisme. Primer 13 terbentuk 2 pita dengan polimorfisme 2
pita. Primer OPB 07 total pita yang terbentuk sebanyak 4 pita
dengan polimorfisme 2 pita. OPC 02 produk amplifikasi tidak
membentuk pita namun mengalami polimorfisme 4 pita. Primer
OPK 20 terjadi polimorfisme sebanyak 2 pita dari total 3 pita.
Primer OPU 19 mengalami polimorfisme sebanyak 1 pita dari total
3 pita yang terbentuk. OPU 20 dari total 1 pita mengalami
polimorfisme 3 pita (tabel 4.3).
39
Analisis varian pada tingkat DNA sangat penting dilakukan

dalam rangka pemanfaatan seleksi in vitro untuk perbaikan
tanaman. Variasi tersebut mungkin memiliki dasar genetik yang
berbeda (Al-Naggar, 2008). Berdasarkan hasil tersebut telah terjadi
polimorfisme oleh sepuluh primer yang digunakan dalam
penelitian ini. Adanya polimorfisme tersebut menunjukkan bahwa
terjadi perbedaan genetik antara kalus kontrol dan toleran. Hal ini
sesuai dengan Matheka (2008), pita yang dihasilkan oleh marker
untuk semua somaklonal toleran sama tetapi berbeda untuk
tanaman kontrol. Hal tersebut membuktikan kehadiran
polimorfisme pada kontrol dan perlakuan menunjukkan perbedaan
genetik serta menunjukkan keterlibatan gen tertentu untuk
mengendalikan toleransi terhadap kondisi kekurangan air.
40

41
Tabel 4.3 Hasil analisis RAPD varietas Talango dan Manding
Talango Manding
Primer Urutan Primer
(5’ – 3’) Kontrol Perlakuan Status Keterangan Kontrol Perlakuan Status Keterangan
Menunjukkan perbedaan
Tidak menunjukkan
pada jumlah pita dan ukuran
OPA 02 TGC CGA GCT G 2 2 Monomorfisme perbedaan pada jumlah dan 2 1 Polimorfisme
pita (±500–750 bp) tidak
ukuran pita DNA
terlihat pada perlakuan
Tidak menunjukkan
OPA 10 GTG ATC GCA G 1 1 Monomorfisme perbedaan pada jumlah dan 1 3 Polimorfisme
pita (±500–750 bp) terlihat
ukuran pita DNA
pada perlakuan
OPA 13 CAG CAC CCA C 2 1 Polimorfisme pita berkisar antara ±500 – 2 4 Polimorfisme
pita (±500 bp dan ±750 bp)
750 bp tidak terlihat pada
terlihat pada perlakuan
perlakuan
OPB 07 GGT GAC GCA G 3 2 Polimorfisme 4 2 Polimorfisme pita (antara ±250-750 bp)
pita (±500 bp) tidak terlihat
tidak terlihat pada
pada perlakuan
perlakuan
Menunjukkan perbedaan Menunjukkan perbedaan
pada ukuran pita (±1000 – pada jumlah pita dan ukuran
OPC 02 GTG AGG CGT C 1 1 Polimorfisme - 4 Polimorfisme
1500 bp) terlihat pada pita (antara ±250-1000 bp)
perlakuan terlihat pada perlakuan
Tidak menunjukkan
OPD 08 GTG TGC CCC A 4 3 Polimorfisme 2 2 Monomorfisme perbedaan pada jumlah dan
ukuran pita DNA
pada perlakuan
42
Tidak menunjukkan
OPI 01 ACC TGG ACA C 4 1 Polimorfisme - - Monomorfisme perbedaan pada jumlah dan
ukuran pita DNA
pada perlakuan
pada ukuran pita (±250 dan Menunjukkan perbedaan
±500 bp) tidak terlihat pada pada jumlah pita dan ukuran
OPK 20 GTG TCG CGA G 3 3 Polimorfisme 3 1 Polimorfisme
perlakuan, namun terlihat pita (± 750 bp) tidak terlihat
pita DNA baru dengan pada perlakuan
ukuran ±750-1000 bp
Menunjukkan perbedaan Menunjukkan perbedaan
pada jumlah pita dan ukuran pada jumlah pita dan ukuran
OPU 19 GTC AGT GCG G 5 3 Polimorfisme 3 4 Polimorfisme
pita (± 250-500 bp) tidak pita (± 750-1000 bp) terlihat
terlihat pada perlakuan pada perlakuan
Tidak menunjukkan
OPU 20 ACA GCC CCC A 2 2 Monomorfisme perbedaan pada jumlah dan 1 4 Polimorfisme
pita (± 250-1000 bp) terlihat
ukuran pita DNA
pada perlakuan
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat
disimpulkan bahwa tingkat ketahanan Zea mays varietas Talango
dan Manding terhadap tingginya konsentrasi salinitas berbeda-
beda. Semakin tinggi salinitas maka akan berpengaruh terhadap
perubahan morfologi warna kalus, persentase kalus hidup, dan
pertambahan berat kalus yang semakin kecil. Keragaman genetik
yang diperoleh melalui analisi RAPD menunjukkan adanya
polimorfisme pada kedua varietas dengan primer OPA 13, OPB 07,
OPC 02, OPK 20, dan OPU 19. Lima primer lainnya yakni OPD
08 dan OPI 01 menunjukkan polimorfisme pada Talango
sedangkan primer OPA 02, OPA 10, dan OPU 20 menunjukkan
polimorfisme pada Manding saja. Hal ini membuktikan adanya
perbedaan genetik antara kalus kontrol dan toleran.
5.2 Saran
Seleksi in vitro Z. mays dalam penelitian ini perlu dilakukan
peningkatan konsentrasi NaCl untuk mengetahui tingkat ketahanan
kalus Z. mays sampai tingkat lethal dimana kalus sudah tidak
mampu bertahan, tahap seleksi lebih lanjut seperti tahap
regenenerasi kalus sampai dengan planlet yang diaklimatisasi
untuk mendapatkan varietas Z. mays yang toleran, serta dilakukan
analisis kandungan prolin, dan metabolit sekunder lainnya.
43
44

DAFTAR PUSTAKA
Arifin, Z. dan Fatmawati. 2011. Pemurnian dan Pengembangan

Jagung Varietas Manding, Talango dan Guluk-Guluk Di
Kabupaten Sumenep. Seminar Nasional Serealia. Jawa Timur:
Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jawa Timur.
Arifin, Z., Istiqomah, N. dan Fatmawati. 2010. Pengembangan

Jagung Varietas Lokal Sumenep. Prosiding Pekan Serealia
Nasional. Jawa Timur: Balai Pengkajian Teknologi Pertanian
Jawa Timur.
Ashraf, M.A., dan Ashraf, M. 2012. Salt-induced variation in

some potential physiochemical attributes of two genetically
diverse spring wheat (Triticum aestivum L.) cultivars:
photosynthesis and photosystem II efficiency. Pak. J. Bot., 44(1):
53-64.
Ashraf, M. dan Foolad, M.R. 2007. Roles of glycine betaine and

proline in improving plant abiotic stress resistance.
Environmental and Experimental Botany, 59, 206-216.
Azrai, M. 2005. Pemanfaatan markah molekuler dalam proses

seleksi pemuliaan tanaman. Jurnal AgroBiogen 1(1): 26-37.
Balkrishna, R. A. dan Shankarrao, S.S. 2013. In Vitro Screening

and Molecular Genetic Markers Associated with Salt Tolerance
In Maize. African Journal of Biotechnology. Vol. 12(27), pp.
4251-4255.
Bardakci, F. 2001. Random Amplified Polymorphic DNA

(RAPD) Markers. Turkish Journal of Biology. 25: 185-196.
45
46
Basri, H. 1991. Pengaruh stres garam terhadap pertumbuhan dan

prosuksi empat varietas kedelai. Thesis. Bogor: Program
Pascasarjana IPB.
Cahyani, W. 2010. Subsitusi Jagung (Zea mays) dengan Jali (Coix

Lacryma-jobi L.) Pada Pembuatan Tortila: Kajian Karakteristik
Kimia dan Sensori. Skripsi. Surakarta: Universitas Sebelas
Maret.
Dajic, Z. 2006. Salt stress: Physiology and molecular biology of

stress tolerance in plants. In: Physiology and Molecular Biology
of Stress Tolerance. Netherlands: Springer. p. 41–99.
Departemen Pertanian. 2005. Prospek dan Arah Pengembangan

Agribisnis Jagung. Badan Penelitian dan Pengembangan
Pertanian. Departemen Pertanian. 51 p.
Dordipour, I., Ghadiri, H., Bybordi, M., Siadat, H., Malakoutia,

M.J. dan Hussein, J. 2004. The use of saline water from the
Caspian sea for irrigation and barley production in northern Iran.
13th International Soil Conservation Organisation
Conference, Brisbane, July 2004.
Farid, M., Musa, Y., Nasaruddin, dan Darmawan. 2006. Variasi

Somaklonal Tebu Tahan Salinitas Melalui Mutagenesis In Vitro.
Jurnal Agrivigor. Vol 5 (3), pp. 247-258.
Gunadi, S. 2002. Teknologi Pemanfaatan Lahan Marginal

Kawasan Pesisir. Jurnal Teknologi Lingkungan. Vol. 3, No. 3:
232-236.
Gupta, B. dan Huang, B. 2014. Mechanism of Salinity Tolerance

in Plants: Physiological, Biochemical, and Molecular
Characterization. International Journal of Genomics. India:
Hindawi Publishing Corporation.
47
Hardman, L.L. dan Gunsolus, J.L. 1998. Corn Growth and

Development & Management Information for Replant
Decisions. University of Minnesota Extension Service, St. Paul,
Minnesota. <http://www.extension.umn.edu> [20 Desember
2014].
Hutami, S., 2008. Ulasan masalah pencoklatan pada kultur

jaringan. Jurnal Agrobigen. Vol 4. No.2 83-88.
Irfan, M. 1999. Respon Tanaman Jagung (Zea mays L.) Terhadap

Pengolahan Tanah dan Kerapatan Tanam Pada Tanah Andisol
dan Ultisol. Thesis. Pasca Sarjana Universitas Sumatra Utara,
Medan. Hal. 7, 13.
James, R. A., Blake, C., Byrt, C. S. dan Munns, R. 2011. Major

genes for Na+ exclusion, Nax1 and Nax2 (wheatHKT1;4 and
HKT1;5), decrease Na+ accumulation in bread wheat leaves under
saline and waterlogged conditions. Journal of Experimental
Botany. vol. 62, no. 8, pp. 2939–2947, 2011.
James, R.A., Blake, C.S., Munns, R. 2011. Major Genes for Na+
Exclusion, Nax1 and Nax2 (wheatHKT1;4 and HKTI;5),
Decrease Na+ Accumulation In Bread Wheat Leaves Under Saline
and Waterlogged Condition. Journal of Experimental Botany.
Vol. 62, no. 8, pp. 2939-2947.
Karsinah., Sudarsono., Setyobudi, L. dan Aswidinnoor, H. 2002.

Keragaman genetik plasma nuftah jeruk berdasarkan analisis
penanda RAPD. Jurnal Bioteknologi Pertanian, Vol. 7, No. 1,
pp. 8-16. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Khanam, S., Sham, A., Bennetzen, J.L. dan Aly, M.A.M. 2012.
Review article: Analysis of molecular marker-based
characterization and genetic variation in date palm (Phoenix
48
dactylifera L.). Australian Journal of Crop Science 6(8): 1236-

1244.
Kristiari, D., Kendarini, N. dan Sugiharto, A.N. 2013. Seleksi

Tongkol Ke Baris (Ear To Row Selection) Jagung Ungu (Zea
mays var Ceratina Kulesh). Jurnal Produksi Tanaman. Vol. 1
No. 5. Malang: Universitas Brawijaya.
Kusmiyati, F., Purbajanti, E.D. dan Kristanto, B.A. 2009. Macro

Nutrients Uptake Of Forage Grasses At Different Salinity
Stresses. Journal Indonesian Trop.Anim.Agric. 34 [3].
Kusvuran, S., Ellialtioglu, S., Yasar, F., dan Abak, K. 2012.

Antioxidative Enzyme Activities in The Leaves and Callus
Tissues of Salt-Tolerant and Salt-Susceptible Melon Varieties
Under Salinity. African Journal of Biotechnology. Vol. 11 (3),
pp. 635-641.
Lestari, E.G. 2006. Review: In Vitro Selection and Somaclonal

Variation for Biotic and Abiotic Stress Tolerance. Biodiversitas.
Vol. 7, No. 3, pp. 297-301.
Levetin, E. dan McMahon, K. 2008. Plant and Society, Fifth

Edition. Tulsa: McGraw-Hill Higher Education.
Mansour, M.M.F., Salama, K.H.A., Ali, F.Z.M. dan Abou Hadid,

A.F. 2005. Cell And Plant Responses To NaCl In Zea Mays L.
Cultivars Differing In Salt Tolerance. GEN. APPL. Plant
Physiology, 31(1-2), 29-41.
Mariska, I. dan Purnamaningsih, R. 2001. Perbanyakan Vegetatif

Tanaman Tahunan Melalui Kultur In Vitro. Jurnal Litbang
Pertanian. No 21 (1).
49
Marschner, H. 2005. Mineral Nutrition of Higher Plants. San

Diego: Academic Press.
Matheka, J.M., Magiri, E., Rasha, A.O., dan Machuka, J. 2008. In

vitro selection and characterization of drought tolerant
somaclones of tropical maize (Zea mays L.). Biotechnology 7 (4):
641-650.
Mejaya, M.J., Dahlan, M. dan Pabandon, M. 2005. Pola

Heterosis Dalam Pembentukan Varietas Unggul Jagung
Bersari Bebas dan Hibrida. Maros: Balai Penelitian Tanaman
Serelia.
Morkunas, I., Mai, V. C., Waskiewicz, A., Formela, M. dan

Golinski, P. 2014. Major Phytohormones Under Abiotic Stress.
Physiological Mechanisms and Adaptation Strategies in
Plants Under Environment. Volume 2. New York: Springer.
Mukhtasor. 2007. Pencemaran Pesisir dan Laut. Jakarta:

Pradnya Paramita.
Munir, N., dan Aftab, F. 2013. Effect of NaCl Stress on Callus

Morphology and Growth of Sugarcane Callus Culture (cv. SPF
234 and cv. HSF 240). Pakistan Journal of Science. Vol. 65 No.
4.
Murni, A.M. dan Arief, R.W. 2008. Teknologi Budidaya

Jagung. Bogor: Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan
Pertanian.
Nugraheni, I.T., Solichatun. dan Anggarwulan, E. 2003.

Pertumbuhan dan Akumulasi Prolin Tanaman Orok-orok
(Crotalaria juncea L.) pada Salinitas CaCl2 Berbeda. Surakarta:
BioSMART. Volume 5, Nomor 2, Halaman: 98-101.
50
Paliwal, R.L. 2000. Tropical maize morphology. In: tropical

maize: improvement and production. Food and Agriculture
Organization of the United Nations. Rome. p 13-20.
Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-

RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi XIII (1):
12-16.
Powell, W., Machray. G.C., dan Provan, J. 1996. Polymorphism

revealed by simple sequence repeats. Trend in plant science
reviews, 1 (7): 215-222.
Prittila, A.M., Podolich, O., Koskima Ki, J.J., Hohtola, E., dan
Hohtola, A. 2008. Role of origin and endophyte infection in
browning of bud – derived tissue culters of scots pine (Pinus
sylvestris L.). Plant Cell Tiss. Org. Cult. 95: 47-55.
Purmaningsih, R. dan Mariska, I. 2005. Seleksi In Vitro Tanaman

Padi Untuk Sifat Ketahanan Terhadap Alumunium. Jurnal
Bioteknologi Pertanian. Vol. 10, No. 2, pp. 61-69.
Purwono. dan Hartono, R. 2008. Bertanam Jagung Unggul.

Jakarta: Penebar Swadaya.
Queiro´s, F., Fidalgo, F., Santos, I. dan Salema, R. 2007. In vitro

selection of salt tolerant cell lines in Solanum tuberosum L. Biol.
Plant. 51:728–734.
Rai, M.K., Kalia, R.K., Singh, R., Gangola, M.P., dan Dhawan,
A.K. 2011. Developing Stress Tolerant Plants Through In Vitro
Selection-An Overview of The Recent Progress. Elsevier.
Environmental and Experimental Botany. Vol 7 (1), PP 89-98.
Rochani, S. 2007. Bercocok Tanam Jagung. Bogor: Azka Press.

51
Rubatzky, V.E. dan Yamaguchi, M. 1998. Sayuran Dunia 2

Prinsip, Produksi, dan Gizi. Bandung: ITB Press.
Rukmana, R dan Yudirachman, H. 2007. Jagung Budi Daya,

Pasca Panen , dan Penganeragaman Pangan. Semarang:
Penerbit Aneka Ilmu.
Rukmana, R. 2009. Usaha Tani Jagung. Jakarta: Kanisius.
Samantha, G. 2013. Terbaru: Panjang Garis Pantai Indonesia

Capai 99.000 Kilometer. <http://nationalgeographic.co.id>
[19 Maret 2015].
Saputro, T.B. 2012. Multiplikasi Tunas pada Mikropropagasi

Tanaman Transgenik Anggrek Phalaenopsis amabilis (L. ) Blume
Pembawa 35S::KNAT1 pada Media Tanpa Fitohormon. Tesis.
Yogyakarta: Program Studi Bioteknologi. Universitas Gadjah
Mada.
Sevengor, S., Yasar, F., Kusvuran, S., dan Ellialtioglu, S. 2011.

The Effect of Salt on Growth, Chlorophyll Content, Lipid
Peroxidation and Antioxidative Enzymes of Pumkin Seedling.
African Journal of Agriculture Research. Vol. 6 (21), pp.
4920-4924.
Singh, J. 1987. Field Manual of maize Breeding Procedures.

Indian Agricultural Research Institue, New Delhi-india. Hal 9.
Sipayung, R. 2003. Stres Garam dan Mekanisme Toleransi
Tanaman. Medan: USU-Press.
Smith, M.E., Miles, C.A. dan Van Beem, J. 1995. Genetic

improvement of maize for nitrogen use efficiency. In Maize
research for stress environment. Fourth Eastern and Southern
Africa Regional Maize Conference p. 39-43.
52
Sopandie, D. 2003. Toksisitas hara dan mekanisme transportasi

ion melalui membran tonoplas. Thesis. Program Pascasarjana
Institut Pertanian Bogor. Hal. 91-202.
Subekti, N.A., Syafruddin., Efendi, R. dan Sunarti, S. 2008.

Morfologi Tanaman dan Fase Pertumbuhan Jagung. Teknik
Produksi dan Pengembangan. Maros: Balai Penelitian Tanaman
Serealia.
Sujatmiko, B., Sulistyningsih, E. dan Murti, R.H. 2012. Studi

Ketahanan Melon (Cucumis melo L.) Terhadap Layu Fusarium
Secara In Vitro dan Kaitannya dengan Asam Salisilat. Ilmu
Pertanian. Vol 15 No. 2, : 1-18.
Surahman, M., Muhamad, S. dan Toding, T. 2007. Perakitan

Varietas Semangka (Citrullus lanatus (Thunberg) Matsum &
Nakai) Tanpa Biji Tahan Terhadap Penyakit Layu Fusarium
dengan Memanfaatkan Marka RAPD. Laporan penelitian.
Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Tanji, K.K. dan Kielen, N.C. 2002. Agricultural drainage water

management in arid and semi-arid areas. Rome: Food And
Agriculture Organization Of The United Nations.
Tuteja, N. dan Mahajan, S. 2005. Cold, salinity and drought

stresses: An overview. Arch. Biochem. Biophys., 444: 139-158.
Ubudiyah, I.W.A. 2013. Respon Kalus Beberapa Varietas Padi

(Oryza sativa L.) pada Kondisi Cekaman Salinitas (NaCl) Secara
In Vitro. Tugas Akhir. Surabaya: Jurusan Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Teknologi
Sepuluh Nopember.
Warisno. 1998. Jagung Hibrida. Yogyakarta: Kansius.

53
Yuniati, R. 2004. Penapisan Galur Kedelai Glycine max (L.)

Merrill Toleran terhadap NaCl untuk Penanaman di Lahan
Marginal. Jurnal Makara Sains 8 (1): 21-24. Jakarta:
Universitas Indonesis.
Yunita, R. 2009. Pemanfaatan Variasi Somaklonal dan Seleksi In

Vitro dalam Perakitan Tanaman Toleran Cekaman Abiotik.
Jurnal Litbang Pertanian, 28 (4).
54

LAMPIRAN
Lampiran 1: Tabel Pembuatan Larutan Stok untuk Medium MS

(Murashige and Skoog)
Komposisi Berat (gr)

Larutan Kepek
Berat 250 100
stok Bahan kimia atan 1L 500 ml
(mg/L) ml ml
Stok A NH4NO3 1650 50X 82,5 41,25 20,63 8,25
Stok B KNO3 1900 50X 95 47,5 23,75 9,5
Stok C CaCl2.2H2O 440 100X 44 22 11 4,4
MgSO4.7H2O 370 37 18,5 9,25 3,7
Stok D 100X
KH2PO4 170 17 8,5 4,25 1,7
FeSO4.7H2O 27,8 5,57 2,79 1,39
Stok E FeNa2EDTA/Fe 37,3 200X 7,45 3,73 1,86 0,75
EDTA
MnSO4.4H2O 22,3 3380 1690 845 338
ZnSO4.7H2O 8,6 1720 860 430 172
H3BO3 6,2 1240 620 310 124
Stok F KI 0,83 200X 166 83 41,5 16,6
Na2MoO4.2H2O 0,25 50 25 12,5 5
CuSO4.5H2O 0,025 5 2,5 1,25 0,5
CoCl2.6H2O 0,025 5 2,5 1,25 100
Stok 100 10 5 2,5 1
myoinos Myo-inositol 100X
itol
Thiamin HCL 0,1 0,1 0,05 0,025 0,01
Nicotinic acid 0,5 0,5 0,025 0,012 0,05
Stok 1000 5
vitamin Pyridoxin 0,5 X 0,5 0,025 0,012 0,05
5
Glysin 2 2 1 0,5 0,2
Sukrosa 30
gram
55
56

57
Lampiran 2: Skema Pembuatan Medium MS0 dengan

Penambahan Zat Pengatur Tumbuh
Disiapkan labu ukur 1 L

Larutan stok A (kepekatan
50X) Diambil 20 ml dari
masing-masing larutan
Larutan stok B (kepekatan stok
50X)
Larutan stok C (kepekatan

Larutan stok D (kepekatan stok
100X)
Larutan stok E (kepekatan

Larutan stok F (kepekatan stok
200X)
Larutan stok myoinositol Diambil 10 ml dari

(kepekatan 100X) masing-masing larutan
stok
Larutan stok vitamin Diambil 1 ml dari larutan

(kepekatan 1000X) stok
Zat pengatur tumbuh 2,4-D Ditambahkan larutan zat

pengatur tumbuh sesuai
4 mg/L
dengan kebutuhan
58
Tambahkan aquabides
sampai tepat pada tanda
tera dan atur pH antara 5,6-
5,8
Tuangkan medium
kedalam Erlenmeyer dan
tambahkan gula sebanyak
30 gram serta agar
sebanyak 8 gram
Panaskan medium hingga

agar larut sempurna
Tuang medium kedalam

botol kultur
59
Lampiran 3: Skema Penelitian
Eksplan, alat dan bahan

- Sterilisasi ruangan (Laminar Air Flow Cabinet)
- Sterilisasi peralatan (botol kultur, alat-alat gelas,
peralatan diseksi)
- Sterilisasi medium
- Sterilisasi eksplan
- Inokulasi eksplan ke medium induksi kalus selama 30
hari
- Subkultur kalus ke medium seleksi (NaCl) dengan
berbagai konsentrasi selama 30 hari
- Pengamatan meliputi persentase kalus hidup dan
pertumbuhan relatif
- Ekstraksi DNA
- Analisis RAPD
- Analisis data
Hasil
60

61
Lampiran 4: Deskripsi Z. mays Varietas Talango
Nama : Talango
Tipe : Lokal (Komposit)
Asal : Kecamatan Talango Sumenep,
diseleksi sejak tahun 2003 dengan
metode Ear To Row
Umur : Genjah
50% berbunga : 40-30 hari
50% keluar rambut : 42-50 hari
Masak fisiologis : 75 hari
Tinggi tanaman : 159,55 cm
Keseragaman : Seragam
Batang : Kecil (diameter : 2,1-2,4 cm)
Warna batang : Hijau
Kerebahan : Tahan
Warna daun : Hijau
Bentuk malai : Kecil terbuka (mencar)
Warna malai : Coklat
Warna sekam : Coklat
Warna rambut : Coklat-kemerahan
Perakaran : Sempurna (baik)
Bentuk tonkol : Pendek dan gemuk
Kedudukan tongkol : Di pertengahan tingggi tanaman
Kelobot : Menutup tongkol sempurna
Baris biji : Lurus dan rapat
Jumlah baris biji : 10-13
Tipe biji : Mutiara
Warna biji : Kuning
Bobot 1000 butir biji : 151,3 gram
Hasil rata-rata : 3,35 ton/ha
62
Potensi hasil : 3,92 ton/ha

Ketahanan penyakit : Tahan penyakit bulai
Daerah sebaran : Kec. Kota, Batuan, Gapura, Dungkek,
Kalianget dan Talango
Anjuran tanam : Jarak tanam 60 cm x 20 cm,
2 tanaman/lubang (166.000 tan/ha)
Pengusul : BPPTP Jawa Timur; Dinas Pertanian
Kabupaten Sumenep
Pemulia : S. Roesmarkam, F. Arifin
Peneliti : Sri Zunaini Saadah, Chusnurrofiq,
Moh Hafi dan Farid
Teknisi Lapang : Robiin, Abu, Suryadi, Bambang H dan
Herunoto
63
Lampiran 5: Deskripsi Z. mays Varietas Manding
Nama : Manding
Tipe : Lokal (Komposit)
Asal : Kecamatan Manding Sumenep,
diseleksi sejak tahun 2003 dengan
metode Ear To Row
Umur : Genjah
50% berbunga : 38-42 hari
50% keluar rambut : 39-45 hari
Masak fisiologis : 65 hari
Tinggi tanaman : 106,9 cm
Keseragaman : Seragam
Batang : Kecil (diameter : 1,0-1,75 cm)
Warna batang : Hijau
Kerebahan : Tahan
Warna daun : Hijau
Bentuk malai : Kecil terbuka (merekah)
Warna malai : Coklat
Warna sekam : Coklat
Warna rambut : Coklat-kemerahan
Perakaran : Sempurna (baik)
Bentuk tonkol : Kecil lonjong
Kedudukan tongkol : Di pertengahan tingggi tanaman
Kelobot : Menutup tongkol sempurna
Baris biji : Lurus dan rapat
Jumlah baris biji : 9-12
Tipe biji : Mutiara
Warna biji : Kuning
Bobot 1000 butir biji : 139,4 gram
Hasil rata-rata : 2,44 ton/ha
64
Potensi hasil : 2,97 ton/ha

Ketahanan penyakit : Tahan penyakit bulai
Daerah sebaran : Kec. Manding, Dasuk, Ambunten,
Pasongsongan, Rubaru, Batu putih,
Batang-Batang Sumenep (± 51.000
ha)
Anjuran tanam : Mampu ditanam rapat 60 cm x 20 cm,
2 tanaman/lubang (166.000 tan/ha)
Pengusul : BPPTP Jawa Timur; Dinas Pertanian
Kabupaten Sumenep
Pemulia : S. Roesmarkam, F. Arifin
Peneliti : Sri Zunaini Saadah, Chusnurrofiq,
Moh Hafi dan Farid
Teknisi Lapang : Robiin, Abu, Suryadi, Bambang H dan
Herunoto
65
Lampiran 6: Data Pengamatan Utama
Persentase
Konsentrasi
Varietas Berat (mg) kalus hidup
NaCl
(%)
10
0 ppm 10 100
20
10
2500 ppm 0 100
10
Talango
0
5000 ppm 10 100
0
0
7500 ppm 0 66,7
0
1120
0 ppm 890 100
980
390
2500 ppm 320 100
400
Manding
250
5000 ppm 220 100
170
170
7500 ppm 170 100
170
66

Biodata Penulis
Penulis bernama lengkap Fathin

Finariyah, biasa dipanggil Fathin atau Fafin
adalah putri pertama dari pasangan Fauzi
dan Faizatul Husnah. Penulis dilahirkan
pada tanggal 6 Mei 1993 dan dibesarkan di
Desa Ngemboh, Ujungpangkah, Gresik.
Penulis memiliki hobi membaca buku
(terutama novel non fiksi). Sebelum resmi
menjadi mahasiswi jurusan Biologi Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Teknologi
Sepuluh Nopember melalui jalur UNDANGAN, penulis sempat
menimba ilmu di TK ABA Ngemboh, SD Negeri 1 Ngemboh,
SMP Negeri 1 Sidayu dan SMA Muhammadiyah 1 Gresik.
Selama kuliah penulis menerima beasiswa BIDIKMISI, menjadi
asisten laboratorium pada mata kuliah SPT 2 (Struktur
Perkembangan Tumbuhan 2), serta sempat aktif di berbagai
macam organisasi kemahasiswaan dimulai dari menjadi anggota
Seni dan Budaya UKM Cinta Rebana periode 2011-2012, anggota
Departemen Kaderisasi FKIQ (Forum Kajian Islam Al-Qur’an)
periode 2011-2012 dan 2012-2013, anggota Hubungan
Masyarakat UKM KSR (Korps Suka Rela) periode 2012-2013,
dan Sekretaris Departemen Kesejahteraan Mahasiswa
HIMABITS periode 2013-2014. Selain itu, penulis juga aktif
mengikuti beberapa pelatihan dan kepanitian dalam berbagai
kegiatan kampus. Penulis sering melakukan kegiatan sosial yakni
donor darah rutin setiap 3 bulan sekali di PMI Surabaya. Penulis
dapat dihubungi ke alamat email sebagai berikut
fathinfinariyah@gmail.com.
67
68

DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 2.1 Benih dan Perkecambahan Tanaman

Monokotil: Z. mays ………………….. 5
Gambar 2.2 Bunga Tanaman Z. mays: (A) Bunga

Jantan, (B) Bungan Betina …………... 9
Gambar 2.3 Struktur Benih Z. mays dan Bagiannya 10
Gambar 2.4 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas

Talango ……………………………… 11
Gambar 2.5 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas

Manding ……………………………... 12
Gambar 3.1 Tahap Proses Ekstraksi DNA ………... 24
Gambar 3.2 Tahap Proses PCR:(a) Denaturasi awal

(b) Denaturasi (c) Annealing/Penempelan
(d) Elongasi/Ekstensi (e) Elongasi Akhir
(f) Pendinginan …………………………... 25
Gambar 4.1 Morfologi kalus Talango pada

konsentrasi salinitas yang berbeda A) 0
ppm, B) 2500 ppm, C) 5000 ppm, D) 7500
ppm …………………………………... 29
Gambar 4.2 Morfologi kalus Manding pada

konsentrasi salinitas yang berbeda A) 0
ppm, B) 2500 ppm, C) 5000 ppm, D) 7500
ppm …………………………………... 30
Gambar 4.3 Pengaruh interaksi antara kalus Z.
xvii
mays varietas Talango dengan
konsentrasi NaCl terhadap
pertambahan berat kalus …………….. 35
Gambar 4.4 Pengaruh interaksi antara kalus Z.

mays varietas Manding dengan
konsentrasi NaCl terhadap
pertambahan berat kalus ………………. 35
Gambar 4.5 Visualisasi pita DNA yang

teramplifikasi pada varietas Talango
(tanda panah menunjukkan polimorfisme
pita DNA) …………………………….….. 36
Gambar 4.6 Visualisasi pita DNA yang

teramplifikasi pada varietas Manding
(tanda panah menunjukkan polimorfisme
pita DNA) ………………………………... 37
xviii
JURNAL SAINS DAN SENI ITS Vol. 4, No.1, (2015) 2337-3520 (2301-928X Print) 1
Seleksi In Vitro Tanaman Jagung (Zea mays L.)

Varietas Talango dan Manding terhadap
Cekaman Salinitas
Fathin Finariyah, dan Triono B Saputro
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Teknologi Sepuluh
Nopember (ITS)
Jl. Arief Rahman Hakim, Surabaya 60111 Indonesia
e-mail: trionobsaputro@bio.its.ac.id
Abstrak—Produksi Zea mays setiap tahunnya mengalami yang mana mampu memberikan wilayah cukup luas untuk
peningkatan. Peningkatan tersebut akan sulit dipenuhi dimanfaatkan bagi kehidupan manusia [2]. Rujukan [3],
mengingat semakin berkurangnya lahan pertanian akibat menjelaskan bahwa garis pantai Indonesia memiliki panjang
konversi lahan. Pemanfaatan lahan marginal sebagai lahan
sebesar 81.000 Km sehingga memiliki potensi besar untuk
pertanian kini semakin banyak digunakan. Salah satu masalah
dalam penggunaan lahan marginal adalah adanya kandungan menambah luasan area pertanian. Namun, keterbatasan
salinitas yang tinggi, dimana menyebabkan adanya cekaman dalam memanfaatkan lahan marginal yakni kandungan
salinitas yang berdampak buruk bagi produktivitas. Sehingga salinitas yang tinggi.
perlu dilakukan proses seleksi, salah satu caranya yakni seleksi Salinitas merupakan salah satu faktor pembatas utaman
in vitro. Pada penelitian ini, Z. mays yang digunakan adalah yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dan produktivitas
varietas Talango dan Manding. Tujuan penelitian yakni untuk
tanaman di seluruh dunia [4]. Berdasarkan penelitian yang
menguji pengaruh tingkat ketahanan varietas Talango dan
Manding terhadap salinitas. Pembentukan kalus ditumbuhkan telah dilakukan pengaruh cekaman salinitas terhadap dua
dimedium MS0+4 ppm 2,4-D dan diinkubasi selama 28 hari. kultivar tanaman Z. mays yakni Giza 2 dan Trihibryd 321
Setelah itu, kalus diberi perlakuan dengan menambahkan NaCl menunjukkan pengaruh terhadap menurunnya berat basah,
(0, 2500, 5000, 7500 ppm) kedalam medium MS0+4 ppm 2,4-D berat kering, dan laju pertumbuhan relatif tunas dan akar
dan diinkubasi selama 28 hari. Selanjutnya, dilakukan tanaman Z. mays [5]. Rujukan [6], menjelaskan bahwa
pengamatan morfologi kalus, perhitungan persentase kalus
hidup serta pertambahan berat kalus yang mampu bertahan.
tingginya salinitas menyebabkan berbagai masalah pertanian
Hasil yang diperoleh yakni terjadi perubahan morfologi yang cukup serius yaitu dapat mengurangi produktivitas dari
terhadap warna kalus, semakin tinggi konsentrasi NaCl tanaman pertanian. Z. mays memiliki sensitivitas yang cukup
menunjukkan terjadinya browning. Persentase kalus hidup tinggi terhadap kondisi salin. Kondisi garam tinggi akan
menunjukkan bahwa semua kalus pada kedua varietas mampu berpengaruh terhadap perubahan fisiologis, biokimia, dan
bertahan disetiap perlakuan kecuali kalus Talongo yang genetik pada tanaman [7]. Berdasarkan hal tersebut maka
tumbuh pada medium dengan konsentrasi salinitas tinggi.
perlu dikembangkan Z. mays yang tahan terhadap cekaman
Kata Kunci—Kalus, Salinitas, Seleksi in vitro, Z. mays. salinitas, salah satunya adalah dengan melakukan seleksi in
vitro. Kultur in vitro merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk mengevaluasi pengaruh salinitas dan
I. PENDAHULUAN
T
memilih varietas dari spesies tanaman yang toleran cekaman
ANAMAN jagung (Zea mays) merupakan tanaman salinitas [8]. Pemilihan teknik in vitro dalam penelitian ini
yang multiguna, termasuk dalam jenis tanaman dikarenakan seleksi in vitro mampu meminimalisir faktor
semusim, tergolong dalam famili graminaceae dan lingkungan yang tidak diinginkan, dengan kondisi yang lebih
berbiji tunggal (monokotil). Di Indonesia Z. mays homogen. Penciptaan kondisi yang homogen dapat
merupakan komoditas serealia yang berada diposisi kedua meningkatkan validitas percobaan. Proses seleksi dilakukan
setelah padi sebagai makanan pokok, sedangkan di dunia pada tahap pembentukan kalus karena memungkinkan
berada diposisi ketiga setelah padi dan gandum. Rujukan terjadinya proses rearangement pada susunan gennya.
[1], menjelaskan bahwa dalam 20 tahun kedepan,
penggunaan Z. mays diperkirakan terus meningkat dan
II. URAIAN PENELITIAN
bahkan setelah tahun 2020 lebih dari 60% dari total
kebutuhan nasional. Adanya konversi dan ekstensivikasi A. Waktu dan Lokasi Penelitian
lahan menyebabkan kebutuhan tersebut akan sulit untuk
Penelitian dilakukan di Laboratorium Kultur Jaringan
dipenuhi. Hal tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan
Biologi ITS pada bulan November 2014 sampai dengan Juli
lahan marginal.
2015.
Lahan marginal merupakan suatu lahan yang mempunyai
karakteristik keterbatasan dalam suatu hal, baik keterbatasan B. Induksi Kalus
satu unsur atau komponen maupun lebih dari satu unsur atau Proses induksi kalus menggunakan medium MS0 yang
komponen. Indonesia memiliki pulau dengan jumlah 17.508, ditambahkan ZPT (zat pengatur tumbuh) yakni 2,4-D dengan
konsentrasi 4 ppm. Medium yang digunakan dalam

penelitian ini berdasarkan penelitian [4]. Pertama, eksplan
biji Z. mays disterilisasi menggunakan antifungal yang sudah
dilarutkan (1:10), larutan chlorox 5,25%, dan alkohol 70%.
Kemudian diambil bagian skutelum Z. mays untuk
diinokulasikan kedalam medium. Setelah eksplan
diinokulasi, dilakukan proses inkubasi dalam ruang kultur
pada kondisi gelap selama 28 hari dengan suhu 250C ± 20C
(Balkrishna dan Shankarrao, 2013) dan setiap dua minggu
sekali dilakukan subkultur ke medium baru.
Gambar 1. Struktur benih Z. mays dan bagiannya (Subekti et al., 2008).

Gambar 2. Morfologi kalus Talango pada konsentrasi salinitas yang
C. Seleksi In Vitro
berbeda A) 0 ppm, B) 2500 ppm, C) 5000 ppm, D) 7500 ppm.
Kalus yang terbentuk disubkultur ke medium seleksi yakni
MS0 + ZPT optimal pertumbuhan kalus + konsentrasi NaCl
(0, 2500, 5000, 7500 ppm) dan diinkubasi selama 28 hari
dalam ruang kultur dengan kondisi terang. Selanjutnya
dilakukan pengamatan presentase kalus hidup, dengan [9] :
Selain itu, berat kalus juga diukur dengan cara

menimbang berat segar kalus sebelum seleksi (Initial
growth) dan sesudah seleksi kalus (Final growth) dengan
satuan miligram (mg) untuk mendapatkan data pertambahan
berat kalus.
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Pengaruh Beberapa Konsentrasi Cekaman Salinitas

terhadap Morfologi Kalus
Subkultur dilakukan selama 28 hari atau 4 minggu pada Gambar 3. Morfologi kalus Manding pada konsentrasi salinitas yang
medium seleksi yang mengandung NaCl dengan konsentrasi berbeda A) 0 ppm, B) 2500 ppm, C) 5000 ppm, D) 7500 ppm.
0, 2500, 5000, dan 7500 ppm. Setiap 7 hari dilakukan
pengamatan terhadap perubahan morfologi kalus. Kondisi Selain itu, peristiwa browning terjadi akibat adanya
morfologi kalus dari masing-masing varietas dapat dilihat senyawa fenol dimana fenol bersifat racun/toksik bagi sel.
pada gambar 2 dan 3: pencoklatan jaringan terjadi karena aktivitas enzim oksidase
Berdasarkan pengamatan yang dilakukan terlihat bahwa yang mengandung tembaga seperti polifenol oksidase dan
terdapat perubahan warna dan tekstur kalus pada medium tirosinase [12]. Browning dapat pula disebabkan adanya
yang ditambahkan NaCl yakni coklat hingga hitam dan mikroorganisme endofitik yang ditemukan dalam jaringan
kompak. Perubahan tersebut terjadi pada medium dengan dimana tidak menunjukkan gejala bahwa mereka mungkin
konsentrasi NaCl paling tinggi berbeda dengan kalus tanpa bakteri atau ragi [13]. Warna hitam yang terlihat pada kalus
NaCl, dimana memiliki warna lebih hijau. Hal yang sama (gambar 2 (D)) menunjukkan terjadinya kematian sel. Hal
terjadi pada penelitian [10], dimana kultur kalus tebu yang ini dikarenakan molekul NaCl mengalami ionisasi menjadi
berada dibawah kondisi tercekam salinitas mengalami Na+ dan Cl- yang mengakibatkan peningkatan ion secera
pencoklatan (browning) dan nekrosis pada konsentrasi berlebihan sehingga terjadi cekaman ion dan mengakibatkan
salinitas tertinggi. Mekanisme tersebut disebabkan adanya sel-sel kalus mengalami kematian [14].
penurunan kandungan klorofil yang dipicu oleh tingginya
aktifitas enzim pendegradasi klorofil yakni klorofilase akibat
peningkatan garam dilingkungan [11].
B. Pengaruh Konsentrasi Cekaman Salinitas terhadap varietas Manding, dimana varietas Manding memiliki
Persentase Kalus Hidup pertambahan berat lebih besar dibandingkan dengan varietas
Pada peneletian ini, seluruh kalus memberikan respon Talango sehingga dapat dikatakan bahwa Varietas Manding
disetiap perlakuan yang diberikan. Data persentase kalus memiliki tingkat ketahanan yang lebih baik terhadap
yang hidup dapat dilihat pada tabel 1. cekaman salinitas dibandingkan dengan varietas Talango.
Hal ini disebabkan terganggunya pertumbuhan kalus yang
Tabel 1. tidak optimal.
Persentase kalus hidup pada seleksi in vitro
Konsentrasi NaCl Tabel 2.
Varietas Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas Talango dengan
A B C D
konsentrsi NaCl terhadap pertambahan berat kalus
Talango 100% 100% 100% 100%
Manding 100% 100% 100% 100% Varietas Konsentrasi NaCl Rata-rata ± SE
Keterangan : A (0 ppm), B (2500 ppm), C (5000 ppm), D (7500 ppm). Talango 0 ppm 13,33 ± 1,39
2500 ppm 6,67 ± 1,39
Berdasarkan tabel diatas terlihat bahwa persentase kalus
5000 ppm 3,33 ± 1,39
hidup varietas Talango pada perlakuan 0, 2500, dan 5000
ppm sebesar 100%, namun pada perlakuan 7500 ppm 7500 ppm 0,00 ± 0,00
persentase kalus hidupnya sebesar 66,7%. Hal ini sesuai Manding 0 ppm 996,70 ± 6,22
dengan pengamatan morfologi kalus (gambar 2), dimana 2500 ppm 370,00 ± 3,81
terlihat bahwasanya kalus Talango yang ditumbuhkan pada 5000 ppm 173,30 ± 3,67
medium NaCl 7500 ppm, tidak mampu bertahan dalam 7500 ppm 170,00 ± 0,00
kondisi cekaman salinitas tertinggi. Sedangkan kemampuan Keterangan : SE (Standart error).
bertahan kalus Manding sebesar 100% di setiap perlakuan.
Perbedaan persentase kalus hidup dalam kondisi tercekam
tersebut dapat dipengaruhi oleh berbagai macam mekanisme
pertahanan kalus. Beberapa mekanisme toleransi untuk
melindungi dari efek cekaman salinitas yakni sintesis zat
terlarut organik yang kompatibel seperti prolin, sukrosa,
poliol, trehalosa dan QACs [15], homeostatis ion, dan
induksi enzim antioksidan [15] sehingga mampu membatasi
penyerapan garam dan menyesuaikan tekanan osmotik. Pada
penelitian [5], mekanisme toleransi yang dilakukan tanaman
Z. mays terhadap cekaman salinitas yakni dengan
meningkatkan akumulasi prolin dan glycine betaine pada
jaringan. Dimana akumulasi prolin pada kondisi salinitas
Gambar 4. Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas Talango
tinggi berfungsi sebagai penyedia candangan Karbon dan dengan konsentrasi NaCl terhadap pertambahan berat kalus.
Nitrogen untuk pertumbuhan, stabilisasi membran,
melindungi aktivitas fotosintesis, dan fungsi mitokondria
[15]. Berdasarkan hal tersebut dapat dikatakan bahwa
persentase kalus hidup dengan nilai sebesar 100%
dipengaruhi oleh adanya mekanisme toleransi.
C. Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Pertambahan
Berat Kalus
Pertambahan berat kalus didapat dari perhitungan selisih
berat akhir setelah inkubasi 28 hari dengan berat awal
sebelum inkubasi. Pengaruh interaksi antara varietas Z. mays
dengan perlakuan konsentrasi NaCl ditunjukkan pada tabel
2. Penurunan berat kalus terjadi seiring dengan tingginya
konsentrasi NaCl pada kedua varietas tersebut. Hal ini Gambar 5. Pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas Manding
menunjukkan bahwa kedua varietas yakni kalus Talango dan dengan konsentrsi NaCl terhadap pertambahan berat kalus.
Manding pada konsentrasi 7500 ppm memiliki berat sebesar
0 dan 170 mg jika dibandingkan dengan kalus yang tumbuh Rendahnya pertambahan berat kalus terjadi seiring dengan
pada medium tanpa NaCl. Sedangkan pertambahan berat tingginya konsentrasi NaCl pada kedua varietas tersebut
kalus kedua varietas pada konsentrasi 2500 dan 5000 ppm (gambar 4 dan 5). Hal ini menunjukkan bahwa kedua
juga mengalami penurunan tetapi tidak serendah penurunan varietas yakni Talango dan Manding mampu bertahan pada
pada konsentrasi tertinggi. Berdasarkan tabel 3 kedua konsentrasi tertinggi. Hal ini dapat dikatakan bahwa
varietas menunjukkan respon yang berbeda terhadap Konsentrasi tertinggi dari penelitian ini belum menjadi
cekaman salinitas. Hal ini dapat dilihat dari perbedaan konsentrasi lethal bagi kedua varietas. Selain itu, dapat pula
pertambahan berat yang berbeda antara varietas Talango dan diakibatkan karena terjadinya ketidak seimbangan
penyerapan air dan hara, serta terhambatnya proses
metabolisme. Akibat tingginya konsentrasi garam [9] I. W. A. Ubudiyah “Respon kalus beberapa varietas padi (Oryza
sativa L.) pada kondisi cekaman salinitas (NaCl) secara in vitro”.
menyebabkan pertumbuhan dan perkembangan tanaman Tugas Akhir. Surabaya: Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan
terhambat karena banyaknya akumulasi Na+ dan Cl- dalam Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Teknologi Sepuluh Nopember
sitoplasma sehingga memicu perubahan metabolisme dalam (2013).
sel dan terhambatnya aktivitas enzim. Selain itu, dapat [10] N. Munir, dan F. Aftab. “Effect of NaCl stress on callus morphology
and growth of sugarcane callus Culture (cv. SPF 234 and cv. HSF
mengakibatkan dehidrasi parsial sel dan hilangnya turgor sel 240)”. Pakistan Journal of Science. Vol. 65 No. 4 (2013).
akibat berkurangnya potensial air di dalam sel. Berlebihnya [11] S. Sevengor, F. Yasar, S. Kusvuran, dan S. Ellialtioglu, “The effect of
kandungan Na+ dan Cl- dalam ekstraseluler menghambat salt on growth, chlorophyll content, lipid peroxidation and
antioxidative enzymes of pumkin seedling”. African Journal of
asimilasi Nitrogen yakni penyerapan nitrat (NO3) dimana Agriculture Research. Vol. 6 (21) (2011) pp. 4920-4924.
sangat penting untuk pertumbuhan tanaman [16]. Pada [12] S. Hutami. “Ulasan masalah pencoklatan pada kultur jaringan”.
proses pertumbuhan dan perkembangan, ion K+ merupakan Jurnal Agrobigen. Vol 4. No.2 (2008) 83-88.
[13] A. M. Prittila, O. Podolich, J. J. Koskima Ki, E. Hohtola, dan A.
unsur penting dan diperlukan dalam jumlah yang cukup Hohtola. “Role of origin and endophyte infection in browning of bud
besar. Namun dengan kandungan Natrium (Na+) yang tinggi – derived tissue culters of scots pine (Pinus sylvestris L.)”. Plant Cell
mengakibatkan ion K+ menurun [17]. Rujukan [6], Tiss. Org. Cult. 95: (2008) 47-55.
[14] M. Farid, Y. Musa, Nasaruddin, dan Darmawan. “Variasi somaklonal
menyatakan bahwa fungsi ion K+ adalah untuk
tebu tahan salinitas melalui mutagenesis in vitro”. Jurnal Agrivigor.
mempertahankan keseimbangan osmotik, berperan dalam Vol 5 (3), (2006) pp. 247-258.
pembukaan dan penutupan stomata. Selain itu, rujukan [18], [15] M. K. Rai, R. K. Kalia, R. Singh, M. P. Gangola, dan A. K. Dhawan.
menyatakan bahwa tingginya konsentrasi NaCl mampu “Developing stress tolerant plants through in vitro selection-an
overview of the recent progress”. Elsevier. Environmental and
menyebabkan penurunan permeabilitas sel terhadap air dan Experimental Botany. Vol 7 (1), (2011) PP 89-98.
mengakibatkan menurunnya laju masuknya air ke dalam sel. [16] R. Yuniati. “Penapisan galur kedelai Glycine max (L.) Merrill toleran
terhadap NaCl untuk penanaman di lahan marginal”. Jurnal Makara
Sains 8 (1): (2004) 21-24.
IV. KESIMPULAN/RINGKASAN [17] R. A. James, C. Blake, C. S. Byrt, dan R. Munns. “Major genes for
Na+ exclusion, Nax1 and Nax2 (wheatHKT1;4 and HKT1;5),
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat decrease Na+ accumulation in bread wheat leaves under saline and
disimpulkan bahwa tingkat ketahanan Zea mays varietas waterlogged conditions”. Journal of Experimental Botany. vol. 62,
no. 8, (2011) pp. 2939–2947.
Talango dan Manding terhadap tingginya konsentrasi
[18] H. Marschner. Mineral Nutrition of Higher Plants. San Diego:
salinitas berbeda-beda. Semakin tinggi konsentrasi salinitas Academic Press (2005).
maka akan berpengaruh terhadap perubahan morfologi
warna kalus, persentase kalus hidup yang rendah, dan
pertambahan berat kalus yang semakin menurun.
UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis F.F. mengucapkan terima kasih kepada Direktorat
Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan
Kebudayaan Republik Indonesia yang telah memberikan
dukungan finansial melalui Beasiswa Bidik Misi tahun 2011-
2015. Selain itu, penulis juga mengucapkan terima kasih
kepada dosen pembimbing yang memberikan dana pada
penelitian ini.
DAFTAR PUSTAKA
[1] Departemen Pertanian. “Prospek dan arah pengembangan agribisnis
jagung”. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Departemen
Pertanian (2005).
[2] S, Gunadi. “Teknologi pemanfaatan lahan marginal kawasan pesisir”.
Jurnal Teknologi Lingkungan. Vol. 3, No. 3 (2002) 232-236.
[3] Mukhtasor. Pencemaran pesisir dan laut. Jakarta: Pradnya Paramita
(2007).
[4] R. A. Balkrishna, dan S. S.Shankarrao. “In vitro screening and
molecular genetic markers associated with salt tolerance in maize”.
African Journal of Biotechnology. Vol. 12(27), (2013) pp. 4251-
4255.
[5] M. M. F. Mansour, K. H. A. Salama, F. Z. M. Ali, dan A. F. Abou
Hadid. “cell and plant responses to NaCl in Zea Mays L. cultivars
differing in salt tolerance”. Gen. Appl. Plant Physiology, 31(1-2)
(2005) 29-41.
[6] N. Tuteja, dan S. Mahajan. “Cold, salinity and drought stresses: An
overview”. Arch. Biochem. Biophys., 444 (2003) 139-158.
[7] Z. Dajic. “Salt stress: physiology and molecular biology of stress
tolerance in plants”. In: Physiology and Molecular Biology of Stress
Tolerance. Netherlands: Springer (2006) p. 41–99.
[8] F. Queiro´s, F. Fidalgo, I. Santos, dan R. Salema. “In vitro selection
of salt tolerant cell lines in Solanum tuberosum L”. Biol. Plant. 51
(2007) 728–734.
29/07/2015
TUGAS AKHIR – SB141503
SELEKSI IN VITRO TANAMAN JAGUNG (Zea mays L.) VARIETAS

TALANGO DAN MANDING TERHADAP CEKAMAN SALINITAS
Oleh :
Fathin Finariyah (1511 100 012)
PENGUJI I : Aunurohim, S.Si., DEA.

PENGUJI II : Wirdatul Muslihatin, S.Si., M.Si.
PENGUJI III : Triono Bagus Saputro, S.Si., M.Biotech.
Jurusan Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Teknologi Sepuluh Nopember
Jagung
Seleksi
In Vitro
Analisis
RAPD
Lahan
Marginal
Menurunkan
produktifitas,
Cekaman Salinitas mengganggu
metabolisme,
dll.
RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimana tingkat ketahanan varietas

Talango dan Manding terhadap salinitas.
2. Bagaimana keragaman genetik galur hasil
seleksi in vitro.
BATASAN MASALAH
1. Eksplan yang digunakan pada penelitian ini hanya

tanaman Z. mays varietas Talango dan Manding yang
berasal atau ditanam di Sumenep.
2. Pemberian cekaman salinitas dilakukan pada saat
kalus telah berhasil diinduksi.
TUJUAN
1. Menguji pengaruh tingkat ketahanan varietas

Talango dan Manding terhadap salinitas.
2. Mengetahui keragaman genetik galur hasil
seleksi in vitro.
MANFAAT
1. Galur hasil seleksi dapat digunakan secara lebih

lanjut dalam perakitan varietas tahan salinitas
yakni sebagi tetua persilangan.
2. Memberikan informasi yang dapat dimanfaatkan
sebagai hasil antara untuk penelitian
pengembangan marka molekuler pada tanaman
jagung lokal Indonesia dengan teknik RAPD
(Random Amplified Polymorphism DNA).
Waktu Bulan Nopember 2014 sampai Juli 2015
Laboratorium Kultur Jaringan Biologi ITS dan

Laboratorium Molekuler Rumah Sakit Khusus Lokasi
Infeksi UNAIR
Ekstraksi DNA dan

Analisis RAPD - Metode CTAB 3%
- 10 primer dan 30 siklus
Pembuatan
Agarose 2% - 0,8 gr + larutan TBE 1x
sebanyak 40 ml
Seleksi In Vitro
MS0 + 4 ppm 2,4-D + Konsentrasi
NaCl (0, 2500, 5000, 7500 ppm), 28
hari inkubasi
Induksi Kalus
- MS0 + 4 ppm 2,4-D
- 28 hari inkubasi
 Rancangan acak lengkap (RAL)
 Pengulangan dilakukan sebanyak 3 kali, sehingga total unit percobaan
sebanyak 24 botol kultur
 Analisis data pertambahan berat kalus didapat dari pengurangan berat kalus
akhir setelah perlakuan dan berat awal sebelum perlakuan
Pengaruh Beberapa Konsentrasi Cekaman Salinitas terhadap Morfologi Kalus
Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Persentase Kalus Hidup
Tabel persentase kalus hidup pada seleksi in vitro

Konsentrasi NaCl
Varietas
A B C D
Talango 100% 100% 100% 66,7%
Manding 100% 100% 100% 100%
Keterangan : A = konsentrasi 0 ppm

B = konsentrasi 2500 ppm
C = konsentrasi 5000 ppm
D = konsentrasi 7500 ppm
Pengaruh Cekaman Salinitas terhadap Pertambahan Berat Kalus
Tabel pengaruh interaksi antara kalus Z. mays varietas Talango dan Manding dengan
konsentrsi NaCl terhadap pertambahan berat kalus
Varietas Konsentrasi NaCl Berat (mg)

0 ppm 13,33 ± 1,39
2500 ppm 6,67 ± 1,39
Talango
5000 ppm 3,33 ± 1,39
7500 ppm 0,00 ± 0,00
0 ppm 996,70 ± 6,22
2500 ppm 370,00 ± 3,81
Manding
5000 ppm 173,30 ± 3,67
7500 ppm 170,00 ± 0,00
20
15 Grafik pengaruh interaksi antara

kalus Z. mays varietas Talango
dengan konsentrsi NaCl
Berat (mg)
10
terhadap pertambahan berat
5 kalus
0
0 ppm 2500 ppm 5000 ppm 7500 ppm
-5
Konsentrasi
1400
Grafik pengaruh interaksi antara 1200

kalus Z. mays varietas Manding 1000
dengan konsentrsi NaCl terhadap
Berat (mg)
800
pertambahan berat kalus
600
400
200
0
0 ppm 2500 ppm 5000 ppm 7500 ppm
-200
Konsentrasi
Analisis RAPD
Tabel pengamatan hasil analisis RAPD

Urutan Primer
No. Primer Talango Manding
(5’ – 3’)
1 OPA 02 TGC CGA GCT G Monomorfisme Polimorfisme
2 OPA 10 GTG ATC GCA G Monomorfisme Polimorfisme
3 OPA 13 CAG CAC CCA C Polimorfisme Polimorfisme
4 OPB 07 GGT GAC GCA G Polimorfisme Polimorfisme
5 OPC 02 GTG AGG CGT C Polimorfisme Polimorfisme
6 OPD 08 GTG TGC CCC A Polimorfisme Monomorfisme
7 OPI 01 ACC TGG ACA C Polimorfisme Monomorfisme
8 OPK 20 GTG TCG CGA G Polimorfisme Polimorfisme
9 OPU 19 GTC AGT GCG G Polimorfisme Polimorfisme
10 OPU 20 ACA GCC CCC A Monomorfisme Polimorfisme
Visualisasi pita DNA yang teramplifikasi pada
varietas Talango (tanda panah menunjukkan
polimorfisme pita DNA)
Tabel polimorfisme pita DNA Talango

Talango
Primer Jumlah Pita Jumlah Pita

Urutan Primer
DNA Pada DNA Pada
(5’ – 3’)
Kontrol Perlakuan
OPA 02 TGC CGA GCT G 2 2
OPA 10 GTG ATC GCA G 1 1
OPA 13 CAG CAC CCA C 2 1
OPB 07 GGT GAC GCA G 3 2
OPC 02 GTG AGG CGT C 1 1
OPD 08 GTG TGC CCC A 4 3
OPI 01 ACC TGG ACA C 4 1
OPK 20 GTG TCG CGA G 3 3
OPU 19 GTC AGT GCG G 5 3
OPU 20 ACA GCC CCC A 2 2
Visualisasi pita DNA yang teramplifikasi pada
varietas Manding (tanda panah menunjukkan
polimorfisme pita DNA)
Tabel polimorfisme pita DNA Manding

Manding
Primer Jumlah Pita

Urutan Primer Jumlah Pita DNA
DNA Pada
(5’ – 3’) Pada Perlakuan
Kontrol
OPA 02 TGC CGA GCT G 2 1
OPA 10 GTG ATC GCA G 1 3
OPA 13 CAG CAC CCA C 2 4

GGT GAC GCA 4 2
OPB 07
G
OPC 02 GTG AGG CGT C - 4
OPD 08 GTG TGC CCC A 2 2
OPI 01 ACC TGG ACA C - -
OPK 20 GTG TCG CGA G 3 1
OPU 19 GTC AGT GCG G 3 4
OPU 20 ACA GCC CCC A 1 4

Kesimpulan Saran
Berdasarkan penelitian yang telah • Meningkatan konsentrasi NaCl

dilakukan dapat disimpulkan bahwa untuk mengetahui tingkat ketahanan
tingkat ketahanan Zea mays varietas kalus Z. mays sampai tingkat lethal
Talango dan Manding terhadap dimana kalus sudah tidak mampu
tingginya konsentrasi salinitas berbeda. bertahan
Semakin tinggi salinitas maka akan • Tahap seleksi lebih lanjut seperti
berpengaruh terhadap perubahan tahap regenenerasi kalus sampai
morfologi, dan pertambahan berat kalus dengan planlet yang diaklimatisasi
yang semakin kecil. Keragaman genetik untuk mendapatkan varietas Z. mays
yang diperoleh melalui analisi RAPD yang toleran
menunjukkan adanya polimorfisme. Hal • Dilakukan analisis kandungan
ini membuktikan adanya perbedaan prolin, dan metabolit sekunder
genetik antara kalus kontrol dan toleran lainnya.

Seleksi in Vitro Tanaman Jagung (Zea Terhadap Cekaman Salinitas

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Seleksi in Vitro Tanaman Jagung (Zea Terhadap Cekaman Salinitas

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Seleksi in Vitro Tanaman Jagung (Zea Terhadap Cekaman Salinitas

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

TUGAS AKHIR – SB141510

SELEKSI IN VITRO TANAMAN JAGUNG (Zea

IN VITRO SELECTION OF MAIZE (Zea mays

StrLEKSI IN WTRO TANAMAN JAGUNG (Zea mays

Di{ukan Untuk MemenuhiSalahSatuSyaratMernperoleh

Student Name : Fathin Finariyah

Keywords : Salinity Stress, RAPD, In vitro Selection, Z. mays.

Nama Mahasiswa : Fathin Finariyah

Kata kunci: Cekaman Salinitas, RAPD, Seleksi In vitro, Z.

Segala puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah

Surabaya, 27 Juli 2015

HALAMAN JUDUL ...................................................... i

Tabel 3.1 Reaksi pencampuran reagen-reagen

Tabel 3.2 Daftar primer dan urutan basa nitrogen

Tabel 3.3 Tabel pengamatan presentase kalus

Tabel 3.4 Tabel pengamatan pertumbuhan relatif

Tabel 3.5 Tabel pengamatan hasil analisis RAPD 27

Tabel 4.1 Persentase kalus hidup pada seleksi in

Tabel 4.2 Pengaruh interaksi antara kalus Z.

Tabel 4.3 Hasil Analisis RAPD varietas Talango

Lampiran 1: Tabel Pembuatan Larutan Stok untuk

Lampiran 2: Skema Pembuatan Medium MS0

Lampiran 3: Skema Penelitian …………………….. 59

Lampiran 4: Deskripsi Z. mays Varietas Talango … 61

Lampiran 5: Deskripsi Z. mays Varietas Manding ... 63

Lampiran 6: Data Pengamatan Utama …………….. 65

1.1 Latar Belakang

suatu lahan yang mempunyai karakteristik keterbatasan dalam

keragamannya. Menurut Karp et al. dalam Balkrishna dan

1.2 Rumusan Masalah

1.3 Batasan Masalah

2.1 Jagung (Zea mays L.)

Gambar 2.1 Benih dan Perkecambahan Tanaman Monokotil: Z.

2.1.2 Distribusi dan Syarat Tumbuh Tanaman Jagung

Selain itu, syarat tumbuh Z. mays yakni tumbuh pada tanah

2.1.3 Morfologi dan Penggolongan Tanaman Jagung

tinggi, dan lingkaran-lingkaran menuju perikarp dekat epidermis.

Buah Z. mays terdiri atas tongkol, biji dan daun

Gambar 2.3 Struktur Benih Z. mays dan Bagiannya

Menurut BPK dalam Cahyani (2010), jenis jagung dapat

7. Dent corn (Z. mays identata = jagung gigi kuda), memiliki

2.1.4 Karakteristik Varietas Jagung (Zea mays L.)

Gambar 2.4 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas Talango

Gambar 2.5 Penampilan Biji dan Tongkol Varietas Manding

2.2 Cekaman Salinitas dan Pengaruhnya Terhadap

garam tertentu. Macam garam hanya berpengaruh kecil terhadap

osmotik yang meningkat, peningkatan potensi ionisasi, infiltrasi

2.3 Mekanisme Toleransi Tanaman Terhadap Cekaman

Mekanisme toleransi secara morfologi dapat dilakukan

2.4 Seleksi In Vitro

yang diwariskan dapat terbentuk pada fase sel bebas maupun

2.5 Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)

kelapa) (Azrai, 2005). Menurut Surahman et al. (2007),

3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian

3.2 Metode yang Digunakan

3.2.1.2 Sterilisasi Peralatan

menggunakan kertas yellow pages. Setelah itu dioven dengan

3.2.1.3 Sterilisasi Medium

3.2.1.4 Sterilisasi Eksplan