Indonesian Journal of Innovation Studies

Vol. 15 (2021): July

DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Table Of Content

Journal Cover ................................................. 2

Author[s] Statement .......................................... 3
Editorial Team ................................................ 4
Article information ............................................ 5
Check this article update (crossmark) ............................... 5
Check this article impact ......................................... 5
Cite this article ................................................ 5
Title page .................................................... 6
Article Title ................................................... 6
Author information ............................................. 6
Abstract ..................................................... 6
Article content ................................................ 7

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
1/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
2/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Originality Statement
The author[s] declare that this article is their own work and to the best of their
knowledge it contains no materials previously published or written by another person, or
substantial proportions of material which have been accepted for the published of any
other published materials, except where due acknowledgement is made in the article.
Any contribution made to the research by others, with whom author[s] have work, is
explicitly acknowledged in the article.

Conflict of Interest Statement

The author[s] declare that this article was conducted in the absence of any commercial
or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest.

Copyright Statement
Copyright © Author(s). This article is published under the Creative Commons Attribution
(CC BY 4.0) licence. Anyone may reproduce, distribute, translate and create derivative
works of this article (for both commercial and non-commercial purposes), subject to full
attribution to the original publication and authors. The full terms of this licence may be
seen at http://creativecommons.org/licences/by/4.0/legalcode

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
3/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

EDITORIAL TEAM
Editor in Chief
Dr. Hindarto, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Managing Editor
Mochammad Tanzil Multazam, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Editors
Fika Megawati, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Mahardika Darmawan Kusuma Wardana, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Wiwit Wahyu Wijayanti, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Farkhod Abdurakhmonov, Silk Road International Tourism University, Uzbekistan

Bobur Sobirov, Samarkand Institute of Economics and Service, Uzbekistan

Evi Rinata, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

M Faisal Amir, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Dr. Hana Catur Wahyuni, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Complete list of editorial team (link)

Complete list of indexing services for this journal (link)

How to submit to this journal (link)

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
4/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Article information

Check this article update (crossmark)

(*)
Check this article impact

Save this article to Mendeley

(*)
Time for indexing process is various, depends on indexing database platform

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
5/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Comparison the Quality of Template DNA isolated by Column

Method with and without Centrifugation

Perbandingan Kualitas DNA Template yang diisolasi dengan Metode

Kolom dengan dan tanpa Sentrifugasi

Aji Cakra Wardana, Ajiic.ac@gmail.com, (0)

Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

Miftahul Mushlih, mif.muslih@umsida.ac.id, (1)

Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Indonesia

(1)
Corresponding author

Abstract

DNA isolation is the first step in molecular biology work. The quality of the DNA template is
very important because it can affect the DNA amplification reaction. The application of
centrifugation to the sample is expected to produce a Buffy coat layer containing nuclear
cells. This study aims to compare the quality of the DNA template isolated from the column
with and without centrifugation. This research used descriptive experimental method. The
samples used were 16 samples with the division of 8 samples given centrifugation treatment
and 8 samples without centrifugation. DNA isolation column method is a DNA isolation
method that uses a silica membrane, where the silica membrane works as a filter for DNA
that is split from the cell. The DNA isolation method column was carried out according to the
standard protocol on the Geneaid DNA mini Kit Blood/Tissue. The concentration and purity of
DNA were measured using UV-Vis Spectrophotometry at 260 nm and 280 nm. Visualization of
DNA isolation results was carried out using 1% agarose gel. The results of measuring the
quality of DNA samples using the column method with centrifugation showed better results
with clearer visualization of DNA bands than samples without centrifugation. The results of
the T dependent statistical test on both samples of p value < 0.05 showed that there was a
significant difference in DNA quality with centrifuged and non-centrifuged treatment.

Published date: 2021-07-31 00:00:00

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
6/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Pendahuluan
DNA Template (DNA cetakan) merupakan DNA yang diperoleh dari hasil isolasi DNA, DNA template digunakan
sebagai cetakan awal dalam proses amplifikasi DNA. Kualitas DNA template sangatlah penting dikarenakan dapat
mempengaruhi reaksi amplifikasi dan menghambat kerja enzim DNA polymerase sehingga mempersulit proses
amplifikasi [1]. Proses isolasi DNA sebagai DNA template dapat berasal dari semua bahan biologis yang berinti sel.
Darah merupakan bahan biologis yang paling sering digunakan dalam proses isolasi DNA [2].

Proses sentrifugasi pada sampel darah menyebabkan darah akan terpisah menjadi 3 (tiga) bagian yaitu sel darah
merah (eritrosit), buffy coat (berisi sel darah putih dan trombosit), dan plasma darah. Sentrifugasi dilakukan untuk
menghasilkan sampel buffy coat (sel darah putih) yang memiliki inti sel [3]. Buffy coat merupakan konsentrat yang
mengandung komponen sel darah putih dan trombosit dari suatu sampel darah [4]. Buffy coat dalam
penampakannya akan berada pada lapisan tengah setelah dilakukan sentrifugasi[5].

Metode Column merupakan metode isolasi DNA yang menggunakan membran silika sebagai filter DNA yang telah
terpisah dari sel [6]. Dalam metode ini penggunaan kit dengan reagen khusus mampu meningkatkan kualitas dan
kuantitas DNA yang dihasilkan. Penggunaan enzim proteinase K dalam metode ini mampu melisiskan DNA dari
dalm selnya, sehingga mempermudah proses isolasi DNA dan dengan pencucian yang berulang kali menggunakan
reagen khusus dan sentrifugasi pada kecepatan tinggi mampu menghasilkan isolat DNA yang lebih murni. Namun
metode ini memiliki kekurangan yaitu dalam waktu pengerjaannya yang relatif lebih lama [7].

Pada penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Puspitasari diketahui bahwa jumlah leukosit yang tinggi dalam
darah dapat mempengaruhi kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi DNA [8]. Sehingga pada penilitian
ini dilakukan proses sentrifugasi pada sampel darah diharapkan dapat meningkatkan kualitas DNA yang dihasilkan.

Metode Penelitian
Penelitian ini bersifat deskriptif eksperimental dengan teknik pengambilan sampel menggunakan teknik random
sampling. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Universitas Muhammadiyah Sidoarjo pada
bulan Februari sampai April 2021 dengan menggunakan 16 sampel dengan 8 sampel berupa sampel buffy coat dan
8 sampel berupa whole blood. sampel yang diperoleh dilakukan isolasi DNA dengan menggunakan metode Column
yang telah dimodifikasi. Kemudian dianalisa secara kualitatif menggunakan Elektroforesis dan secara kuantitatif
menggunakan spektrofotometer Uv-Vis. Kemudian data yang diperoleh dianalisa menggunakanspss versi 16.
ethical clearance pada penelitian ini telah disetujui oleh Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Airlangga nomor
209/HREC.FODM/IV/2021.

Hasil dan Pembahasan

Hasil isolasi DNA menggunakan metode Column dengan perlakuan sampel disentrifugasi dan tanpa sentrifugasi
diukur kemurnian dan konsentrasinya menggunakan spektrofotometri Uv-Vis, berdasarkan hasil uji menunjukkan
sampel dengan perlakuan sentrifugasi memiliki indeks kemurnian DNA berkisar antara 1,52-1,62 dengan rata-rata
konsentrasi DNA sebesar 268,1 ng/μL(tabel 1), sedangkan pada sampel tanpa perlakuan sentrifugasi indeks
kemurnian DNA berkisar antara 1,42-1,53 dengan rata-rata konsentrasi DNA sebesar 214,6 ng/μL(tabel 1).

Tanpa perlakuan sentrifugasi Dengan perlakuan sentrifugasi

No Kode Sampel Kemurnia n Konsentra si No Kode Sampel Kemurnia n
DNA A260/A28 DNA ng/μL DNA A260/A28
0 0

1 C1 1,42 240,7 9 S1 1,62

2 C2 1,52 202,5 10 S2 1,59

3 C3 1,51 191,8 11 S3 1,57

4 C4 1,53 206,4 12 S4 1,52

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
7/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

5 C5 1,49 205,3 13 S5 1,61

6 C6 1,52 230,6 14 S6 1,59

7 C7 1,53 224,9 15 S7 1,57

8 C8 1,44 215,0 16 S8 1,54

Table 1. Nilai kemurnian dan konsentrasi DNA

Kemurnian isolat DNA kurang dari 1,8 diindikasikan adanya kontaminan lain seperti protein, phenol atau lainnya
yang ikut terserap kuat pada panjang gelombang 280 nm, sedangkan apabila nilai kemurnian DNA lebih tinggi dari
2,0 maka DNA dapat dikatakan terkontaminasi oleh RNA [9]. Kemurnian DNA sangat dipengaruhi oleh faktor teknis
selama pengerjaan isolasi, salah satunya adalah pada proses pemindahan supernatan yang mengandung DNA
setelah diinkubasi kedalam tabung ependorf yang baru dan proses pengeringan isolat. Pemindahan supernatan
harus dilakukan secara teliti agar jaringan-jaringan sel yang telah hancur dan berada dibagian bawah tabung tidak
ikut terambil, sedangkan pengeringan DNA yang berupa pelet pada tahapan akhir isolasi harus benar-benar kering
dari larutan sebelumnya yang dipakai untuk purifikasi. Jika pengeringan kurang sempurna, maka larutan purifikasi
seperti alkohol dan etanol dapat menurunkan kemurnian DNA pada saat pengukuran spektrofotometer. Selain
kemurnian DNA tinggi rendahnya konsentrasi DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi DNA juga dipengaruhi oleh
beberapa faktor diantaranya adalah faktor lama waktu inkubasi, suhu yang digunakan, sumber DNA, merk kit yang
digunakan serta keahlian peneliti dalam pengerjaan.

Uji statistik menggunakan uji dependent t test dilakukan untuk melihat perbedaan indeks kemurnian DNA dan
konsentrasi DNA yang telah diisolasi. Berdasarkan uji statistik yang telah dilakukan dapat diketahui bahwa nilai
p- value pada kemurnian DNA adalah sebesar 0,00 (p value < 0,05) sedangkan pada konsentrasi DNA diketahui
p- value sebesar 0,01 (p value < 0,05), hal ini menunjukkan bahwa terdapat perbedaan kemurnian dan konsentrasi
DNA yang dihasilkan pada sampel tanpa sentrifugasi (Whole blood) dan sampel dengan perlakuan sentrrifugasi
(Buffy coat). Dimana sampel dengan perlakuan sentrifugasi (Buffy coat) memiliki kemurnian dan konsentrasi DNA
yang lebih tinggi dibandingkan sampel tanpa sentrifugasi (Wholeblood).

Gambar1 Hasil Visualisasi elektroforesis DNA sampel Gambar 2 Hasil visualisasi elektroforesis DNA sampel
dengan sentrifugasi Keteranagn : M = marker 100bp tanpa sentrifugasi Keteranagn : M = marker 100bp
Table 2.

Selain menggunakan spektrofotometri Uv-vis keberhasilan isolasi DNA dalam penelitian ini dibuktikan dengan
pengujian secara kualitatif menggunakan elektroforesis gel agarose. Hasil visualisasi elektroforesis pada sampel
dengan perrlakuan sentrifugasi (Buffy coat) didapatkan visualisasi pita DNA yang terlihat jelas dan tebal pada
sampel S1, S3, S5, S6, S7, dan S8, sedangkan pada sampel S2 dan S4 pita DNA terlihat tipis (Gambar 1). Pada
sampel tanpa perlakuan sentrifugasi (Whole blood) didapatkan hasil visualisasi pita DNA C1, C2, C4, C5, C6, C7,
dan C8 (Gambar 2) yang lebih tipis dibandingkan pada sampel dengan sentrifugasi (Buffy coat). Sedangkan pada
sampel C3 hasil elektroforesisi tidak menunjukkan adanya pita DNA yang terbentuk. Hasil visualisasi
elektroforesisi pada sampel dengan perlakuan sentrifugasi masih menunjukkan adanya smear pada keseluruhan
sampel.

Smear yang terbentuk dalam hasil elekroforesis ini menunjukkan bahwa DNA terdegradasi. Kondisi Sampel DNA
yang terdegradasi disebabkan oleh paparan suhu yang merupakan salah satu faktor kerusakan DNA [10]. Hal ini
sesuai dengan hasil uji spektrofotometer yang menunjukkan kemurnian DNA yang rendah dengan konsentrasi DNA
yang tinggi.

Kesimpulan

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
8/9
 Indonesian Journal of Innovation Studies
Vol. 15 (2021): July
DOI: 10.21070/ijins.v15i.552 . Article type: (Innovation in Health Science)

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa kualitas DNA template hasil isolasi sampel
dengan perlakuan sentrifugasi dan tanpa sentrifugasi memiliki perbedaan yang signifikan (p value < 0,05) dimana
hasil kemurnian dan konsentrasi DNA sampel dengan perlakuan sentrifugasi lebih tinggi dibandingkan dengan
sampel tanpa sentrifugasi. Hasil visualisasi elektroforesis menunjukkan sampel dengan perlakuan sentrifugasi
(buffy coat) memiliki band yang lebih jelas dibandingkan sampel tanpa sentrifugasi (wholeblood).

References
1. S. P. Prakoso, I. N. Wirajana, and I. W. Suarsa, “Amplifikasi Fragmen Gen 18s Rrna Pada DNA Metagenomik
Madu Dengan Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction),” Indones. J. Leg. Forensic Sci., vol. 7, no. 3, p. 1,
2017, doi: 10.24843/ijlfs.2017.v07.i01.p03.
2. Fatchiyah, L. A. Estri, W. Sri, and R. Sri, Biologi Molekular Prinsip Dasar Analis. Jakarta: Erlangga, 2011.
3. G. Nugraha, Panduan Pemeriksaan Laboratorium Hematologi Dasar, 2nd ed. Jakarta Timur: Trans Info
Media, 2017.
4. Y. A. Ratnasari and I. N. Faridah, “Otimasi Metode Isolasi Dna Sampel Fta Cards Menggunakan Purelink ®
Genomic Dna Kits Dan Chelex-100 Optimization of Fta Cards Sample Dna Isolation Method Using Purelink
® Genomic Dna Kits and,” Bachelor Thesis, no. 1, 2019, [Online]. Available:
http://eprints.uad.ac.id/id/eprint/14764.
5. O. N. Marwayana, “Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA) dari Sampel Jaringan Otot,” Oseana, vol. 15,
no. 2, pp. 1–9, 2015.
6. P. Puspitasari et al., “Quality of Genom in Type II Diabetes Mellitus Patients in Viewed of Temperature,
Storage Duration, Number of Leukocyte,” Med. Lab. Technol. J., vol. 5, no. 2, p. 96, 2019, doi:
10.31964/mltj.v0i0.229.
7. M. Muslih, Buku Ajar mata kuliah Biologi Molekuler. Aplikasi dasar didunia kesehatan. Sidoarjo: UMSIDA
Press, 2019.

ISSN 2598-9936 (online), https://ijins.umsida.ac.id, published by Universitas Muhammadiyah Sidoarjo

Copyright © Author(s). This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC
BY).
9/9

Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)