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真菌界（學名：Fungi，單數為Fungus，複數可為Fungi或Funguses[3]）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。
- Neolectomycetes
- Pneumocystidomycetes
- Schizosaccharomycetes
- Schizosaccharomycetales
- 環境樣本
- Taphrinomycetes
- Archaeorhizomycetes
- Archaeorhizomycetales
- 環境樣本
- Arthoniomycetes
- Arthoniales
- Lichenostigmatales
- 目未定
- Dothideomycetes
- Capnodiales
- Dothideales
- Myriangiales
- Jahnulales
- Mytilinidiales
- Pleosporales
- Botryosphaeriales
- Microthyriales
- Patellariales
- Trypetheliales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Eurotiomycetes
- Chaetothyriales
- Pyrenulales
- Verrucariales
- Coryneliales
- Arachnomycetales
- Ascosphaerales
- Eurotiales
- Onygenales
- Mycocaliciales
- 目未定及環境樣本
- Geoglossomycetes
- Laboulbeniomycetes
- Laboulbeniales
- Pyxidiophorales
- 目未定及環境樣本
- Lecanoromycetes
- Acarosporales
- Lecanorales
- Lecideales
- Peltigerales
- Teloschistales
- Agyriales
- Baeomycetales
- Ostropales
- Rhizocarpales
- Pertusariales
- Candelariales
- Umbilicariales
- 目未定及環境樣本
- Leotiomycetes
- Cyttariales
- Erysiphales
- Helotiales
- Leotiales
- Rhytismatales
- Thelebolales
- Medeolariales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Lichinomycetes
- Eremothallales
- Lichinales
- Orbiliomycetes
- Pezizomycetes
- Pneumocystidomycetes
- Sordariomycetes
- Coronophorales
- Hypocreales
- Melanosporales
- Microascales
- Boliniales
- Calosphaeriales
- Chaetosphaeriales
- Coniochaetales
- Diaporthales
- Ophiostomatales
- Sordariales
- Lulworthiales
- Xylariales
- Phyllachorales
- Trichosphaeriales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Saccharomycetes
- 綱未定及環境、菌根樣本
- Tremellomycetes
- Cystofilobasidiales
- Filobasidiales
- Tremellales
- Holtermanniales
- 目未定
- Dacrymycetes
- Agaricomycetes
- Agaricales
- Atheliales
- Boletales
- †Prototaxales
- Amylocorticiales
- Jaapiales
- Lepidostromatales
- Geastrales
- Gomphales
- Hysterangiales
- Phallales
- Auriculariales
- Cantharellales
- Corticiales
- Gloeophyllales
- Hymenochaetales
- Polyporales
- Russulales
- Sebacinales
- Thelephorales
- Trechisporales
- 目未定及環境樣本
- Agaricostilbomycetes
- Agaricostilbales
- Spiculostilbales
- 目未定及環境樣本
- Atractiellomycetes
- Classiculomycetes
- Cryptomycocolacomycetes
- Cystobasidiomycetes
- Cystobasidiales
- Erythrobasidiales
- Naohideales
- 目未定
- Microbotryomycetes
- Heterogastridiales
- Kriegeriales
- Leucosporidiales
- Microbotryales
- Sporidiobolales
- 目未定及環境樣本
- Mixiomycetes
- Pucciniomycetes
- Helicobasidiales
- Pachnocybales
- Platygloeales
- Pucciniales
- Septobasidiales
- 目未定及環境樣本
- Entorrhizomycetes
- Ustilaginomycetes
- Urocystales
- Ustilaginales
- 目未定及環境樣本
- Exobasidiomycetes
- Ceraceosorales
- Doassansiales
- Entylomatales
- Exobasidiales
- Georgefischeriales
- Microstromatales
- Tilletiales
- Malasseziales
- 目未定及環境樣本
- Wallemiomycetes
- Wallemiales
- Geminibasidiales
- 目未定
- 綱未定及環境、菌根樣本
- Chytridiomycetes
- Chytridiales
- Cladochytriales
- Lobulomycetales
- Polychytriales
- Rhizophlyctidales
- Rhizophydiales
- Spizellomycetales
- 目未定
- Monoblepharidomycetes
- 綱未定及環境樣本
- Glomeromycetes
- Archaeosporales
- Diversisporales
- Glomerales
- Paraglomerales
- 目未定及環境樣本
- 綱未定及環境樣本
本門包括以下綱：
- 綱、目的地位未定的科：
- 綱、目和科的地位未定的屬：
- Alternosema Lipa, Tokarev & Issi, 2020
- Anisofilariata Tokarev, Voronin, Seliverstova, Dolgikh, Pavlova, Ignatieva & Issi, 2010
- Crispospora Tokarev, Voronin, Seliverstova, Pavlova & Issi, 2010
- Falcia
- Hamiltosporidium Haag et al., 2011
- Longicollus Georgévitch, 1957
- Mitosporidium
- Multilamina Becnel, Scheffrahn, Vossbrinck & Bander, 2013
- Nematocida
- Parahepatospora Bojko, Clark, Bass, Dunn, Stewart-Clark, Stebbing & Stentiford, 2017
- Paramicrosporidium
- Percutemincola Nishikori, Setiamarga, Tanji, Kuroda, Shiraishi & Ohashi-Kobayashi, 2018
- Spirospora
- Takaokaspora Andreadis, Takaoka, Otsuka & Vossbrinck, 2013
- Tylogonus
- Neocallimastigomycetes
- 綱未定及環境樣本
- Zygomycetes
- Endogonales
- Mucorales
- Mortierellales
- Asellariales
- Kickxellales
- Dimargaritales
- Harpellales
- Entomophthorales
- Zoopagales
- 目未定
- 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合DNA片段）
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