※ 2022年10月よりTogothonと改称しました。 ※ 2023年3月よりTogothon Wikiの運用をGitHub Wikiに移行しました → https://github.com/dbcls/Togothon/wiki SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1
開催概要 開催期間：12月18日(木) 10:00 〜 19日(金) 18:00 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。 お昼について 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことを
2014年8月18日トーゴーの日シンポジウム2014サイトオープン！ 2014年8月18日トーゴーの日シンポジウム2014参加受付開始！ 2014年9月12日口頭発表とポスター発表の要旨を公開しました！ 2014年9月24日事前の参加登録を締め切りました。 2014年10月6日本シンポジウムは終了しました。たくさんのご来場ありがとうございました。
10. 統合牧場(togofarm)のレキシ • 2008年7月 AJACS本郷1 @wakuteka 捕捉 統合データベース講習会 AJACS 本郷１ 生物系データベースサービスの効果的な利用法に関する講演および講習です。 主催 文部科学省 統合データベースプロジェク ： ト 大学共同利用機関法人 情報 システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) ・ ２００８年７月３日（木）１０：3０ー１７：３０ 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター （東京大学工学部１２号館４階４１３、４１５号室） 対象 : ライフサイエンス分野のデータベースに興味のある方 参加費： 無料 定員 : 約２４名 10 ( 応募者多数の場合は追加開催の予定）
“これから”のライフサイエンス研究とバイオインフォマティクス (Next Generation Life Science & Bioinformatics)
最近、マイクロアレイを使った遺伝子発現差解析をやりました。解析自体は受託解析なのでこちらはRNAサンプルを準備しただけです。時間はかかりましたがきれいなデータが帰ってきました。 ただこの時に気になったのは、マイクロアレイというのはできてからかなり時間がたっていて、今やRNAseqという新しい技術ができ、すでに「時代遅れの」技術なのではないかという懸念でした。 確かに酵母の国際学会に行っても、次世代シーケンサーを使った解析が花盛り。一昔前にはアレイを使った解析をよく聴きましたが、今ではほとんど聴きません。もちろんやっていない訳ではなくて、花形の技術ではないので、それを全面に押し出した発表がないだけかもしれません。当たり前すぎて静かにデータを出しているということかもしれません。 私が愛読している海外の研究者のブログにも、「ときどき日本の研究者ブログでいまだにマイクロアレイをしてる人がいてびっく
_ 第四回統合牧場収穫祭(統合データベース講演会: AJACS本郷13) 東京大学本郷キャンパス内の工学部12号館4,5階に間借りして活動を行なっているライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS:Database Center for Life Science)は2007年4月にできた国の研究所です。2010年度まで文部科学省による統合データベースプロジェクトの中核機関としてライフサイエンス分野のデータベースを効率よく利用するためのインフラを整えることを行って参りました（詳しくは統合TVから公開しております「DBCLSサービス、講演・講習動画」などを御覧下さい）。 今回の講演会は、DBCLSにResearch Assistant(以下RA)としてアルバイトしてくれている大学生・大学院生の皆さんがどのようにライフサイエンス分野のデータベース統合化に関わり、その分野のコンテンツ構築・
最新情報 2012.12.03 講演動画の一部を公開しました。 2012.10.31 講演スライドとポスターデータの一部を公開しました。 2012.10.05 本シンポジウムは終了しました。たくさんのご来場ありがとうございました。 2012.10.04 ポスター発表の内容の関係性を表わした図を公開しました。 2012.09.28 事前の参加登録を締め切りました。 2012.09.18 ポスター発表の要旨等を公開しました。 2012.09.11 講演の要旨を公開しました。 2012.08.22 サイトを開設し、参加登録の募集を開始しました。
Google-like full text search engine for genes and transcripts stored in NCBI RefSeq. [ homeobox ] [ claudin ] ...... Simple search [ "RNA interference" ] ...... Phrase search by enclosing terms with double quotes [ Argonaute "PAZ domain" ] ...... Return results that contain [ Argonaute ] AND [ "PAZ domain" ] [ NM_001518 ] [ 10579 ] ...... Search for IDs such as RefSeq ID or Gene ID [ symbol:VIM ]
_ [genome][science] ゲノム解読ニュース取りこぼし〜ヒトゲノム編＋α 少し間が空いてしまいましたが、ゲノム解読に関するニュースその２、後半では、ヒトゲノム関連の話題を取り上げたいと思います。（＊前回のヒトゲノム関連の話題はこちら。） ちょうど、先々週のNatureにヒトゲノム解読10周年特集号として、ヒトゲノムプロジェクト発足後のデータ大爆発の経緯を示したポスターが掲載されており、センター内でも話題となりました。 ●論文：Human genome at ten: The sequence explosion Nature. 2010 Apr 1;464(7289):670-1. ●ポスター：THE SEQUENCE EXPLOSION (PDF) これ、一見すると、１枚のグラフにおさまっているようですが、2010年の地点の横に、なぜかキリンがうっすらと描かれています。登録
色々人が集まったので多かった感じ。 お昼の焼き魚おいしかった… というわけで、昨日今日と「可視化」について考えたりtwitterを読んだりしている。DBCLSでバイオインフォの分野をのぞき見るようになったが、この分野は比較的可視化のツールが充実しているように思う。SpotFire(no title)やCytoscape(Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization）だったり、Rのパッケージでも様々あったり。 しかし、バイオインフォは難儀なものでバイオな人とインフォな人が同居してたりするのでその中でも見解が少しずつ違ったりしているように見える。可視化に関して言うと、生物系の人にとっては「可視化によって得られたそのグラフから何が言えるのか」となり、インフォの人からすれば「可視化
2009年10月16日に滋賀県の長浜バイオ大学で行われたDBCLSのデータベースの講習会「AJACS近江2」に参加してきました．今回はバイトの一環でお手伝いとして参加したのですが，私自身AJACSに参加するのは初めてだったので聴講生と一緒に勉強してきました！ はじめに 奥に見えるのが長浜バイオ大学の建物，手前に見えるのが坊農さんといぬたん．電車を降りると周りは田んぼや開けた土地が広がり，いかにも郊外といった感じでした．その日は天気もよく空気も澄んでいて，のどかな感じでとても気持ちがよかったです． 長浜バイオ大学の英語名は"Nagahama Institute of Bio-Science and Technology"らしいです．MITぽい名前の付け方なのでしょうか． お昼ごはん 購買で100円のおにぎりを3人で購入して食べたのですが，お米がぎゅうぎゅうに詰まったボリュームあるおにぎりでし
モンゴロイド（英: Mongoloid）とは、人類学創始期の形態人類学における人種分類概念の一つである。日本語では一般に黄色人種、蒙古人種とも訳される。18世紀にドイツ人の人類学者ヨハン・フリードリヒ・ブルーメンバッハによって分類された五大人種に基づく。現代でも便宜的に用いられることはあるが、科学的に有効な概念とは見なされていない。 モンゴロイドは、東アジア（北アジア及びチベット高原を含む）・東南アジアを中心に、中央アジア・南北アメリカ大陸・太平洋諸島及びアフリカ近辺のマダガスカル島に分布する。狭義ではポリネシア人やアメリカ先住民を含めない用法もある。 黄色人種の名は白人と比較した際のモンゴロイドの肌の色に由来するが、実際のモンゴロイドの肌の色は、白色から褐色まで幅がある。東アジア・北アジアでは黄白色、東南アジアでは黄褐色の傾向がある。南アジアや南アメリカなどでは褐色だが、ネグロイドのよう
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