スーパーコンピューターの世界で非主流とみなされてきた「ベクトル型」が防災分野で主役になろうとしている。開発コストの高さが響き、主流の座を「スカラー型」に奪われていたが、多種多様なデータを一度に計算する能力の高さが防災に役立つと評価されている。ベクトル型スパコンの研究開発を続けてきたNECにも脚光が当たる。「温度変化や巨大な台風の発達予測など、世の中に役立つ結果を示せる」。海洋研究開発機構の干場
スーパーコンピューターで作成した心臓のモデルを使い、薬の副作用を予測することに成功したと、東京大の岡田純一特任講師らのチームが米専門誌サイエンス・アドバンシズに発表した。薬の開発を効率化できる可能性があるという。 東大、東京医科歯科大、エーザイのチームは、実際の細胞での実験データを使って、２千万個の仮想細胞からなる仮想心臓をスパコンで作成。心電図の波形や血圧、血流など心臓の働きを再現した。副作用がわかっている１２種類の薬で試したところ、心臓に副作用が出るかどうかを正確に予測できたという。 予測が可能になることで、開発の初期段階で薬剤候補のふるい分けができるようになる。細胞や動物を使った実験では困難な、複数の薬による相互作用も調べられるという。 薬は、重い不整脈を起こす副作用の有無が開発の重要な判断基準となる。今回のシミュレーションで、この「予兆」が心電図の波形で出たが、量を増やしても重い不
HPC（ハイパフォーマンス・コンピューティング）をご存知ですか？ 今や国だけでなく民間でも宇宙にロケットを飛ばす時代。ロケット設計やエンジンの開発も進化しています。大気圏内の複雑な空気の流れから燃料の効率的な燃やし方、振動への耐久性までありとあらゆる不確実な現象を解決するために用いられる｢数値シミュレーション｣という最新の設計技術がありますが、それを裏側で支えているのがHPCだそうです。 数値シミュレーションとは、複雑かつ特殊な物理現象の状況下における流体や熱などの動きを計算して予測する方法。実験、理論解析と並ぶ｢第3の科学｣として世界中の注目が集まり、ロケット開発では数値シミュレーション無しでは実現しないと言われるほど。 例えばロケットが発射された時に発生する圧力波つまり音という空気の動き。エンジン点火直後に生まれる圧力波は、少し飛ぶと音速に近い領域の｢遷音速｣で複雑な流体現象が起きるこ
OpenCLでSPH法のプログラムを実装し、様々なプロセッサで性能を比較している。 このSPHのプログラムは、 http://arxiv.org/abs/1112.4539 の論文で発表したGPUでの直接treewalkを拡張したもので、この論文のAppendixにある、OpenCL Cで書かれたコードがベースとなっている。我々の手法は、treewalkだけをGPUなりmulti core CPUで実行するというものであり、我々の意見ではこうするのが一番性能がでる。この論文は重力相互作用場合の性能評価をしているが、この方法の拡張で、SPHの近接相互作用の和を直接計算することができる。粒子をキャッシュにやさしい順番に並び替えるということも同じく効果的である。 さらに、現時点のコードでは、ホスト計算機でのtreeデータのconstructionを含めて、全体的に実装しなおして高速化した。これは
東北大学が運用するスーパーコンピュータは、3月11日の東日本大震災に耐え、現在では震災前と同じように研究開発分野で活躍している。震災時の状況やスパコンの将来像などを東北大学に取材した。 東北地方に深刻な被害をもたらした3月11日の東日本大震災。“杜の都”仙台では震度6強を観測した。市街地にほど近い東北大学では、3人の学生が亡くなり、キャンパス内の施設や研究設備に多くの被害が発生した。この大規模災害に直面しながらも、サイバーサイエンスセンターが運用するベクトル型スーパーコンピュータは、かろうじて被害を免れ、震災前と同じように日本の最先端の研究開発分野を支え続けている。 東北大学ではスーパーコンピュータがどのように利活用され、将来はどのように発展していくのか――。震災当時の状況も交え、サイバーサイエンスセンターの小林広明センター長・教授（工学博士）に伺った。 ベクトルマシンにこだわり 東北大学
Satoshi Matsuoka @ProfMatsuoka ところでSPEEDIの計算機の仕様を探していたらびっくり。2007年までVPP5000で、2008年に小型のPCクラスタ(富士通PrimergyRX200 12ノード) に。高々250GFでTSUBAME2の一万分の一の性能…http://bit.ly/fol5ti 2011-04-17 11:51:24 Satoshi Matsuoka @ProfMatsuoka これじゃあ全然大したメッシュ切れないし、精度も数百m単位で地表の境界条件を加味してリアルタイムなど夢の又夢ですなあ。アンサンブルして精度上げる資源量などさらに雲の上になってしまうし。どこかでSPEEDIのメッシュサイズと計算法が公開されていないかなあ。 2011-04-17 11:54:20
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