Im Vorfeld der Saison wurde in Ermangelung eines verbindlichen Satzungsparagrafen für den aufgetretenen Fall eines Zwangsabstieges um die Vergabe des durch den Ausschluss von Hertha BSC frei gewordenen Platzes gerungen. Am 22. Juli 1965 beschloss der DFB-Vorstand diesen dem letztjährigen Tabellen-15. Karlsruher SC zuzuerkennen. Die Entscheidung sollte endgültigen Charakter haben und wies damit die Ansprüche vom Tabellenletzten der abgelaufenen Saison Schalke 04, den beiden „Berlin-Ersatz“-Bewerbern Tasmania Berlin und Tennis Borussia Berlin sowie dem in der Aufstiegsrunde an Borussia Mönchengladbach gescheiterten SSV Reutlingen 05 zurück. Allerdings wurde Tasmania Berlin in Aussicht gestellt, doch noch im Zuge eines möglichen DFB-Bundestagsbeschlusses am 31. Juli als 17. Verein an der Saison 1965/66 teilnehmen zu dürfen.[1] Letztendlich wurde die Bundesliga auf 18 Klubs aufgestockt, sodass neben Tasmania Berlin auch Schalke 04 spielberechtigt war.
1860 München dominierte die erste Saisonhälfte und lag vom 8. bis zum 22. Spieltag ununterbrochen auf Platz eins. Mit einer Hinrundenbilanz von 29:5 Punkten stellten die Löwen einen Rekord auf, der erst in der Saison 2005/06 vom FC Bayern München überboten wurde (44 Punkte nach 3-Punkteregel, 30:4 nach 2-Punkteregel). Nach einer Schwächephase in der Rückrunde fiel die Mannschaft jedoch zwischenzeitlich hinter Borussia Dortmund und den FC Bayern München auf Rang drei zurück. Dortmund übernahm am 23. Spieltag die Tabellenführung, verlor jedoch nach dem Europapokalsieg in Glasgow die letzten drei Partien. Der 2:0-Sieg der Löwen in Dortmund am vorletzten Spieltag brachte für den TSV 1860 München die erneute Tabellenführung und die Vorentscheidung in der Meisterschaft.
Gleich am ersten Spieltag fand das allererste Stadtderby der Bundesligageschichte statt: 1860 München traf auf den Neuling Bayern München, der aus der Regionalliga aufgestiegen war. Bereits nach 30 Sekunden erzielte Konietzka das einzige Tor im Spiel, die Löwen gewannen mit 1:0. Rein rechnerisch war dieses Ergebnis entscheidend für den Ausgang der Saison, denn hätte der FC Bayern das Spiel gewonnen, wäre der spätere Rekordmeister auf mehr Punkte gekommen als der TSV 1860 und hätte entsprechend den Titel geholt.
Tasmania Berlin, nur dank des Lizenzentzuges für den Ortsrivalen Hertha BSC in die Liga aufgerückt, stellte gleich mehrere Negativrekorde auf: Mit nur 2 Siegen und 28 Niederlagen wurde der Verein mit großem Abstand Letzter und musste ebenso wie Borussia Neunkirchen absteigen. Bereits in der Halbzeittabelle zeigte sich, wie wenig Leistung diese Mannschaft abrufen konnte: 3:31 Punkte – das blieb unübertroffen. Einzig durch das Remis beim 1. FC Kaiserslautern gelang der Mannschaft ein Punktgewinn auf fremdem Platz (der 1. FCK war seinerseits der einzige Verein, dem es in dieser Saison nicht gelang, gegen Tasmania Berlin zu gewinnen; beide Spiele endeten unentschieden). Tasmania Berlin stellte außerdem den bis heute gültigen Zuschauer-Negativrekord auf (ausgenommen die Geisterspiele während der COVID-19-Pandemie 2020); beim Heimspiel gegen Borussia Mönchengladbach am 15. Januar 1966 wurden lediglich 827 Stadionbesucher gezählt. Das 9:0 des Meidericher SV bei Tasmania Berlin markierte den bis heute höchsten Auswärtssieg der Bundesligageschichte. Ebenfalls noch immer Bestand hat Tasmanias Rekordserie von 31 sieglosen Spielen in Folge (2. bis 32. Spieltag). Kurios auch: Das einzige Silvester-Bundesligaspiel der Geschichte absolvierte Tasmania; gegen Eintracht Braunschweig wurde mit 0:2 verloren: am 31. Dezember 1965.
Dagegen etablierten sich die beiden anderen Aufsteiger, der FC Bayern München und Borussia Mönchengladbach, in den nächsten Jahren als Spitzenmannschaften in der Liga.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.