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概要
単式・島式ホーム2面3線の地上駅で、上り・上野方面のみが待避可能となっている。ただし、当駅で待避する上り普通列車は数本程度である。普通列車のほか、「ときわ」の全列車が停車する。
かつては西側に駅舎と出入口があったため、東側から駅を利用するには跨線橋を渡る必要があった。2016年3月末に橋上駅舎と自由通路が完成し、東側からも直接駅が利用できるようになった。
駅自体が石岡の市街地の東端にあるため、駅から見て市街地は西側となる。常陸國總社宮（總社神社）が西側にあり、常陸國總社宮大祭（石岡のおまつり）開催時には当駅は混雑する。なお、石岡市役所や石岡第一高校は駅の東側にある。
茨城空港（百里飛行場）のアクセス駅の1つとされており、路線バスが運行されているほか、百里基地航空祭開催時には臨時バスが運行される。
かつては鉾田方面へ向かう鹿島鉄道が発着していたが、経営難により2007年4月に廃止されている。ホームの跡地は駅舎の建て替えに伴い整備され、2019年9月よりかしてつバス(BRT)のターミナルとして使用開始した。
