ADN, ARN y Extracción de Proteínas El Pasado y El Presente
ADN, ARN y Extracción de Proteínas El Pasado y El Presente
ADN, ARN y Extracción de Proteínas El Pasado y El Presente
Abstracto
1. Introducción de biomoléculas
Inicialmente, Miescher se centró en los diversos tipos de proteínas que componen los
leucocitos y demostró que las proteínas eran los componentes principales del citoplasma
de la célula. Durante sus pruebas, notó que una sustancia precipitó de la solución cuando
se agregó ácido y se disolvió nuevamente cuando se agregó álcali. Esto fue, por primera
vez, que había obtenido un precipitado bruto de ADN.
Para separar el ADN de las proteínas en sus extractos celulares, Miescher desarrolló un
nuevo protocolo para separar los núcleos de las células del citoplasma y luego aislar el
ADN. Sin embargo, su primer protocolo no produjo suficiente material para continuar con
un análisis posterior. Tuvo que desarrollar un segundo protocolo para obtener mayores
cantidades de nucleina purificada, que había sido nombrada como 'ácido nucleico' más
tarde por su alumno, Richard Altman [8].
2.2. Extracción de proteínas En el siglo XVIII, las proteínas se conocían como una clase
distinta de moléculas biológicas por Antoine Fourcroy y otros. Ellos distinguieron esta
molécula por su capacidad de coagulación bajo tratamiento con calor o ácido. Sin embargo,
la primera descripción de la proteína fue llevada a cabo por Gerhardus Johannes Mulder,
un químico holandés, en 1893 [9]. Sus estudios sobre la composición de sustancias
animales, principalmente fibrina, albúmina y gelatina, mostraron la presencia de carbono,
hidrógeno, oxígeno y nitrógeno [9]. Además, reconoció que el azufre y el fósforo estaban
presentes a veces en sustancias animales que consistían en un gran número de átomos y
estableció que estas "sustancias" eran macromoléculas [9].
3 Tendencia actual
Después del evento predestinado en el que Miescher logró obtener ADN de la célula,
muchos otros siguieron su ejemplo, lo que llevó a un mayor avance en el protocolo de
aislamiento y purificación del ADN. Los procedimientos de laboratorio de rutina iniciales
para la extracción de ADN se desarrollaron a partir de estrategias de centrifugación con
gradiente de densidad. Meselson y Stahl utilizaron este método en 1958 para demostrar la
replicación semiconservativa del ADN [3]. Los procedimientos posteriores hicieron uso de
las diferencias en la solubilidad del ADN cromosómico grande, plásmidos y proteínas en
tampón alcalino [3].
Actualmente, hay muchos métodos especializados para extraer ADN, ARN o proteínas
puros. En general, se dividen en protocolos basados en soluciones o en columnas. La
mayoría de estos protocolos se han desarrollado en kits comerciales que facilitan los
procesos de extracción de biomoléculas.
Método de extracción alcalina La lisis alcalina se ha utilizado para aislar ADN plasmídico y
E. coli [12]. Funciona bien con todas las cepas de E. coli y con cultivos bacterianos que
varían en tamaño de 1 ml a más de 500 ml en presencia de dodecil sulfato de sodio
(SDS). El principio del método se basa en la desnaturalización alcalina selectiva de ADN
cromosómico de alto peso molecular mientras que el ADN circular cerrado covalentemente
permanece bicatenario [14]. Las proteínas bacterianas, las paredes celulares rotas y el
ADN cromosómico desnaturalizado se enredaron en grandes complejos que están
recubiertos con dodecil sulfato. El ADN plasmídico puede recuperarse del sobrenadante
después de que el material desnaturalizado se haya eliminado por centrifugación.
Método de extracción de CTAB Para la extracción de plantas, el paso inicial que se debe
realizar es moler la muestra después de congelarla con nitrógeno líquido. El objetivo de
este paso es descomponer el material de la pared celular de la muestra y permitir el acceso
al ácido nucleico, mientras que las enzimas celulares y los productos químicos nocivos
permanecen inactivados. Después de moler la muestra, puede resuspenderse en un
tampón adecuado como CTAB. El bromuro de cetiltrimetilamonio (CTAB) es un detergente
no iónico que puede precipitar ácidos nucleicos y polisacáridos ácidos a partir de soluciones
de baja concentración iónica [15]. Mientras tanto, las proteínas y los polisacáridos neutros
permanecen en solución en estas condiciones. En soluciones de alta fuerza iónica, CTAB
no precipitará ácidos nucleicos y formará complejos con proteínas. CTAB es por lo tanto útil
para la purificación de ácido nucleico de organismos que producen grandes cantidades de
polisacáridos como plantas y ciertas bacterias Gram-negativas [15]. Este método también
utiliza disolventes orgánicos y la precipitación de alcohol en pasos posteriores [12]. Las
partículas insolubles se eliminan mediante centrifugación para purificar el ácido
nucleico. Las proteínas solubles y otros materiales se separan mediante la mezcla con
cloroformo y centrifugación. El ácido nucleico debe precipitarse después del sobrenadante
y lavarse a fondo para eliminar las sales contaminantes. El ácido nucleico purificado se
resuspende y se almacena en tampón TE o agua destilada estéril.
Bromuro de etidio () - El centrifugado con gradiente de centrifugación de gradiente de
cloruro de potasio () es un método complicado, costoso y lento en comparación con otros
protocolos de purificación.Requiere cultivo bacteriano a gran escala. Por lo tanto, no es
adecuado para la minipreparación de ADN plásmido [4]. Los ácidos nucleicos se pueden
concentrar por centrifugación en un gradiente después de la precipitación del alcohol y la
resuspensión. La intercalación altera la densidad de nado de la molécula en molar alto. Las
moléculas circulares covalentemente cerradas se acumularán a densidades más bajas en
el gradiente porque incorporan menos por par de bases en comparación con las moléculas
lineales. El hidrofóbico se elimina luego con disolventes hidrófobos apropiados después de
la extracción. El ácido nucleico purificado será reprecipitado con alcohol [1].
Purificación de Poly RNA por Oligp (dT) -Cromatografía de celulosa Poly RNA es la plantilla
para la traducción de proteínas y la mayoría de los eucariotas mRNAs llevan tractos de la
misma en su 3 'termini [4, 15]. Constituye del 1 al 2% del ARN total y se puede separar
mediante cromatografía de afinidad en oligo (dT) -celulosa. Las colas poli (A) forman
híbridos estables de ARN-ADN con cadenas cortas de oligo (dT) que se unen a varias
matrices de soporte [4, 15]. Se debe agregar alta cantidad de sal al tampón de
cromatografía para estabilizar los dúplex de ácido nucleico ya que solo se forman unos
pocos pares de bases dT-A. Se usa un tampón de baja sal después de que los ARN no
poliadenilados se hayan lavado de la matriz. Este buffer ayuda a desestabilizar las
estructuras bicatenarias y eluir los poli ARN de la resina [15]. Hay dos métodos usados
comúnmente en la selección de cromatografía en columna de poli ARN en columnas de
oligo (dT) y cromatografía discontinua. La cromatografía en columna se usa normalmente
para la purificación de grandes cantidades (> 25 g) de ARN poli (A) + no radiactivo aislado
de células de mamífero. La cromatografía en lote es el método preferido cuando se trabaja
con pequeñas cantidades (<50 g) de ARN total de mamífero. Se puede usar cuando se
procesan muchas muestras de ARN, ya sean radiactivas o no. La cromatografía
por lotes se lleva a cabo con un grado fino de celulosa oligo (dT) a temperaturas óptimas
para la unión y elución [15].
3.1.2. Extracción de ácido nucleico en fase sólida La purificación de ácido nucleico en fase
sólida se puede encontrar en la mayoría de los kits de extracción comercial disponibles en
el mercado. Permite una purificación rápida y eficiente en comparación con los métodos
convencionales [16]. Muchos de los problemas que están asociados con la extracción
líquido-líquido, como la separación de fases incompleta, pueden evitarse. El sistema de
fase sólida absorberá el ácido nucleico en el proceso de extracción dependiendo del pH y
el contenido de sal del tampón. El proceso de absorción se basa en los siguientes
principios: interacción de unión a hidrógeno con una matriz hidrófila en condiciones
caotrópicas, intercambio iónico en condiciones acuosas por medio de un intercambiador de
aniones y mecanismos de exclusión por afinidad y tamaño.
La purificación en fase sólida normalmente se realiza mediante el uso de una columna
giratoria, operada bajo fuerza centrífuga [17]. Este método puede purificar el ácido nucleico
rápidamente en comparación con los métodos convencionales. Las matrices de sílice, las
partículas de vidrio, la tierra de diatomeas y los portadores de intercambio aniónico son
ejemplos que se han utilizado en el método de extracción en fase sólida como soporte
sólido. Cuatro pasos clave involucrados en la extracción en fase sólida son la lisis celular,
la adsorción de ácidos nucleicos, el lavado y la elución [6].
Se ha divulgado una extracción de ácido nucleico en fase sólida de lecho mixto y su uso en
el aislamiento de ácido nucleico [18]. Las fases sólidas de lecho mixto de esta invención
son las mezclas de al menos dos fases sólidas diferentes, pueden ser sólidas o semisólidas,
porosas o no porosas. Cada fase sólida puede unirse al ácido nucleico diana en diferentes
condiciones de solución y liberar el ácido nucleico en condiciones de elución similares [18].
Matrices de sílice La base para la mayoría de los productos relacionados con la purificación
de ácidos nucleicos son las propiedades únicas de las matrices de sílice para la unión
selectiva de ADN. Tipos de materiales de sílice que incluyen partículas de vidrio, como
polvo de vidrio, partículas de sílice y microfibras de vidrio preparadas por molienda de
papeles de filtro de fibra de vidrio, y que incluyen tierra de diatomeas [19]. La matriz de
sílice hidratada, que se preparó calentando a reflujo dióxido de silicio en hidróxido de
sodio o hidróxido de potasio en una relación molar de aproximadamente 2: 1 a 10: 1 durante
al menos aproximadamente 48 horas, se había introducido en la purificación de ADN. El
ADN se une a la matriz inorgánica y se libera en agua caliente [20]. El principio de la
purificación de matrices de sílice se basa en la alta afinidad de la columna vertebral de ADN
con carga negativa hacia las partículas de sílice cargadas positivamente [21]. El sodio
desempeña un papel como puente catiónico que atrae el oxígeno cargado negativamente
en la cadena principal de fosfato del ácido nucleico [22]. Los cationes de sodio rompen los
enlaces de hidrógeno entre el hidrógeno en el agua y los iones de oxígeno con carga
negativa en la sílice en condiciones de alta sal (pH ≤7) [22]. El ADN está fuertemente unido,
y el lavado extensivo elimina todas las contaminaciones. Las moléculas de ADN purificadas
pueden eluirse con baja fuerza iónica (pH ≥7) más tarde mediante el uso de tampón TE o
agua destilada [21]. Además de las matrices de sílice, también se sabe que las membranas
de nitrocelulosa y poliamida, como matrices de nylon, se unen con ácidos nucleicos, pero
con menos especificidad. Estos materiales se utilizan a menudo como matrices de
transferencia de ácidos nucleicos en fase sólida e hibridación [23]. Las matrices de
poliamida son más duraderas que la nitrocelulosa y se sabe que unen los ácidos nucleicos
de forma irreversible. Los ácidos nucleicos se pueden inmovilizar en matrices de poliamida
en tampón de baja concentración iónica [23].
Partículas de vidrio Las partículas de vidrio, el polvo y las perlas son útiles para la
purificación de ácidos nucleicos. Por ejemplo, el aislamiento del ADN de los geles de
agarosa implica el uso de sales caotrópicas para facilitar la unión del ADN al vidrio de
silicato común, vidrio de sílex y vidrio de borosilicato (filtro de fibra de vidrio). La adsorción
de ácido nucleico sobre el sustrato de vidrio se basa muy probablemente en el mecanismo
y el principio de que es similar a la cromatografía de adsorción [24]. La purificación de
ácidos nucleicos también puede realizarse en gel de sílice y en una mezcla de vidrio
[19]. Esta invención ha descubierto que se puede usar una mezcla de gel de sílice y
partículas de vidrio para separar el ácido nucleico de otras sustancias en presencia de una
solución de sales caotrópicas.
Los tejidos vegetales contienen una amplia gama de proteínas que varían en sus
propiedades. Algunos factores específicos deben tenerse en cuenta al desarrollar el
protocolo de extracción de proteínas para la planta [37]. Por ejemplo, la presencia de una
pared celular de celulosa rígida debe cortarse para liberar el contenido celular. Compuestos
contaminantes específicos tales como fenólicos y una gama de proteinasas pueden dar
como resultado la degradación o modificación de proteínas. Por lo tanto, se requieren
condiciones específicas para la extracción y purificación de proteínas de la planta [38].
Las técnicas de disrupción mecánica, como French Press o las perlas de vidrio se utilizan
para eliminar la pared celular, seguidas de la extracción a base de detergente de la proteína
total [39].
Las proteínas que interaccionan débilmente con las resinas, por ejemplo, una débil proteína
cargada positivamente pasó sobre resina modificada con un grupo cargado negativamente,
se eluyen a cabo en un tampón bajo en sal. Por otro lado, las proteínas que interaccionan
fuertemente requieren más sal a ser eluida. Las proteínas con características de carga muy
similares se pueden separar en diferentes fracciones a medida que se eluyen de la columna
aumentando la concentración de sal en el tampón de elución [7].
PAGE se lleva a cabo usualmente en presencia del dodecil sulfato de sodio (SDS) [44]. Una
proteína tratada con SDS por lo general eliminar la estructura secundaria, terciaria y
cuaternaria de la proteína [4, 7]. Las proteínas se despliegan en una forma similar a modo
de varilla a causa de la repulsión electrostática entre las moléculas de SDS encuadernados.
El número de moléculas de SDS que se unen a una proteína es aproximadamente
proporcional a la masa molecular de la proteína (alrededor de 1,4 g SDS / g proteína) [43].
Cada especie proteína tiene una densidad de carga equivalente y es accionado a través
del gel con la misma fuerza [43]. Además, PÁGINA puede minimizar la desnaturalización
de las proteínas. Muchas proteínas todavía retienen sus actividades biológicas después de
ejecutar PÁGINA [7]. Sin embargo, las proteínas más grandes se llevan a cabo hasta un
grado mayor que las proteínas más pequeñas debido a que la poliacrilamida es altamente
reticulado [43].En consecuencia, las proteínas se separan por SDS-PAGE sobre la base de
su masa molecular. SDS-PAGE se puede utilizar para determinar la masa molecular de la
mezcla de proteínas mediante la comparación de las posiciones de las bandas a los
producidos por las proteínas de tamaño conocido [43]. SDS utiliza en electroforesis mezcla
de determinación de proteínas de acuerdo con la longitud de las cadenas de polipéptidos
individuales [7].
Una técnica llamada electroforesis en gel bidimensional fue desarrollado por Patrick
O'Farrell en 1975. Se utiliza para fraccionar mezclas complejas de proteínas mediante el
uso de dos técnicas de isoelectroenfoque y SDS-PAGE [43] diferentes. En primer lugar, las
proteínas se separan en función de su punto isoeléctrico en un gel tubular. Después de esta
separación, el gel se retiró y se puso en la parte superior de una losa de poliacrilamida
saturado con SDS. Las proteínas se mueven en la placa de gel y se separaron de acuerdo
con su masa molecular [43]. electroforesis en gel de dos dimensiones es adecuado para
detectar cambios en las proteínas presentes en una célula en condiciones diferentes, en
diferentes etapas de desarrollo o el ciclo celular, o en diferentes organismos [43].
3.2.5. Sudoeste Blotting (Immunoblotting) sudoeste blotting es un método que se utiliza para
aislar, identificar y caracterizar las proteínas de unión al ADN por su capacidad en la unión
a sondas de oligonucleótidos específicos [44, 45]. Muchas de las proteínas de unión al ADN
en la célula necesita ser aislado individualmente y caracterizado para definir la función de
genes [44]. Tres pasos están involucrados en este método. En primer lugar, los extractos
de proteínas nucleares se separan mediante electroforesis SDS-PAGE. A continuación, las
proteínas separadas se transfieren a un filtro de nitrocelulosa, difluoruro de polivinilideno
(PVDF) o membrana de nylon catiónico [12]. El filtro se incubarán después con sondas de
oligonucleótidos para analizar las proteínas adsorbidas [44, 45]. Sin embargo, esta técnica
está plagado de problemas, tales como grandes cantidades de proteínas nucleares se
requiere (típicamente 50-100 mg),la degradación de proteínas durante el aislamiento, frente
a dificultades para lograr la separación electroforética eficiente y la transferencia de una
amplia gama de tamaño molecular de las proteínas [45].
Varios kits de extracción de todo-en-uno se han introducido en el mercado hoy en día. Por
ejemplo, un kit de extracción basado en columnas que diseñó para purificar ADN genómico,
el ARN total y de proteína total a partir de una única muestra biológica de forma simultánea,
sin el uso de sustancias tóxicas tales como fenol o cloroformo y precipitación con alcohol
[46]. Es compatible con pequeñas cantidades de una amplia gama de células cultivadas y
tejido recogido de origen animal y humano. La muestra objetivo no necesita ser separado
en 3 partes antes de la purificación de ADN, ARN y proteína [46].
5. Conclusión
Desde el primer aislamiento del ADN se realizó con éxito por Friedrich Miescher en 1869 y
la extracción de ADN inicial se desarrolló a partir de gradiente de densidad estrategias de
centrifugación por Meselson y Stahl en 1958, ha sido desarrollado muchas técnicas para la
purificación de biomoléculas. De guanidinio extracción tiocianato-fenol-cloroformo a la
columna en la tecnología que se utiliza ampliamente en el ADN y la extracción de RNA, y
el método de purificación de cromatografía para la inmunotransferencia que utiliza para
extraer las proteínas, la extracción de biomoléculas ha ayudado a los investigadores y
científicos en la manipulación de análisis de biología molecular posterior con el fin para
tener una mejor comprensión de los materiales biológicos de la tierra.