Cto 2-2016-060190 PDF

CONCEPTO 2-2016-060190
SUPERINTENDENCIA NACIONAL DE SALUD
Tema PAGO DE INCAPACIDADES POR ENFERMEDAD GENERAL
La Oficina Asesora Jurídica de conformidad con lo previsto en el artículo 8 del Decreto 2462
de 2013, procede a dar respuesta de manera general y abstracta a la consulta de la
referencia, en los siguientes términos:
1. LA CONSULTA
PUNTO 1. “Es legal que el Empleador le descuente al trabajador las incapacidades,

toda vez que éste último viene cotizando normal a la EPS y bajo que norma se sustenta
dicho descuento;”
PUNTO 2. “De acuerdo con el Parágrafo 1° del Artículo 40 del Decreto 1406 de 1999,
el cual fue modificado mediante Decreto 2943 del 17 de diciembre de 2013, estarán a
cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a
los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general, tanto en el
sector público como en el privado; y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del
tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente, entonces porque el
descuento?, es decir, que además del trabajador cotizar mensualmente a Salud, le
descuentan las incapacidades (no se puede enfermar un trabajador)”
PUNTO 3. “En caso de no ser legal que procedimiento se debe seguir para recuperar
los dineros descontados?”
2. MARCO NORMATIVO Y CONCLUSIONES:
2.1 En relación con la primera solicitud de la consulta realizada por la peticionaria, esta
Oficina Asesora Jurídica informa que relacionado con la prestación económica de
incapacidad generada por enfermedad general, el artículo 206 de la ley 100 de 1993,
establece:
“ARTICULO. 206.-Incapacidades. Para los afiliados de que trata el literal a) del

artículo 157, el régimen contributivo reconocerá las incapacidades generadas en
enfermedad general, de conformidad con las disposiciones legales vigentes. Para el
cubrimiento de estos riesgos las empresas promotoras de salud podrán subcontratar
con compañías aseguradoras. Las incapacidades originadas en enfermedad
profesional y accidente de trabajo serán reconocidas por las entidades promotoras
de salud y se financiarán con cargo a los recursos destinados para el pago de dichas
contingencias en el respectivo régimen, de acuerdo con la reglamentación que se
expida para el efecto.”
Según lo anterior, las EPS deben reconocer a sus afiliados un auxilio de incapacidad por
enfermedad general, previo cumplimiento de las disposiciones establecidas sobre la
materia, el cual constituye un ingreso a cargo de la EPS que el trabajador recibe durante el
tiempo que está incapacitado por su enfermedad, con la finalidad de que pueda subsistir.
Ahora bien, el Decreto Único de Salud 780 de 2016, en su artículo 2.2.3.1 establece lo
siguiente:
“Artículo 2.2.3.1. Pago de prestaciones económicas. A partir de la fecha de

entrada en vigencia de las cuentas maestras de recaudo, los aportantes y
trabajadores independientes, no podrán deducir de las cotizaciones en salud, los
valores correspondientes a incapacidades por enfermedad general y licencias de
maternidad y/o paternidad.
El pago de estas prestaciones económicas al aportante, será realizado directamente

por la EPS y EOC, a través de reconocimiento directo o transferencia electrónica en
un plazo no mayor a cinco (5) días hábiles contados a partir de la autorización de la
prestación económica por parte de la EPS o EOC. La revisión y liquidación de las
solicitudes de reconocimiento de prestaciones económicas se efectuara dentro de
los quince (15) días hábiles siguientes a la solicitud del aportante.
En todo caso, para la autorización y pago de las prestaciones económicas, las EPS
y las EOC deberán verificar la cotización al Régimen Contributivo del SGSSS,
efectuada por el aportante beneficiario de las mismas.
Parágrafo 1°. La EPS o la EOC que no cumpla con el plazo definido para el trámite
y pago de las prestaciones económicas, deberá realizar el reconocimiento y pago
de intereses moratorios al aportante, de acuerdo con lo definido en el artículo 4° del
Decreto-ley 1281 de 2002.
Parágrafo 2°. De presentarse incumplimiento del pago de las prestaciones

económicas por parte de la EPS o EOC, el aportante deberá informar a la
Superintendencia Nacional de Salud, para que, de acuerdo con sus competencias,
esta entidad adelante las acciones a que hubiere lugar.
(Artículo 24 del Decreto 4023 de 2011)”
Según lo anterior, el reconocimiento y pago de incapacidades está a cargo de la EPS o las

EOC, las cuales, previa verificación del cumplimiento de los requisitos y autorización de las
mismas, deben reconocerlas en un plazo no mayor a cinco (5) días hábiles, así mismo las
citadas entidades tienen un término de quince (15) días hábiles contados a partir de la
presentación de la solicitud por el aportante, para llevar a cabo la revisión y liquidación de
las solicitudes de reconocimiento de prestaciones económicas.
Cabe agregar que de conformidad con lo estipulado en el Decreto 2493 de 2013, los dos
primeros días de incapacidad están a cargo del empleador y a partir del tercer día y hasta
el día 180 el pago debe hacerlo la EPS, teniendo en cuenta lo establecido en el artículo 227
del Código Sustantivo de Trabajo que indica que hasta el día 90 se reconocen las dos
terceras partes del salario y a partir del día 91 y hasta el día 180 se reconoce la mitad del
salario.
En ese orden de ideas, el afiliado al que se le reconozca la prestación económica de

incapacidad por enfermedad general, no recibirá el 100% del salario, sino los porcentajes
anteriormente mencionados, sin que la empresa en la que se encuentra vinculado
laboralmente, tenga la obligación de pagar el salario durante el término que la EPS está
reconociendo y pagando la incapacidad, simultáneamente.
En conclusión, los trabajadores bien sea del sector público o privado, que se encuentran
afiliados al Sistema de Seguridad Social en Salud, y que han sido incapacitados por
enfermedad general y a los cuales la EPS les reconozca y pague la respectiva prestación
económica, recibirán un porcentaje menor del salario, toda vez que durante este tiempo, no
se paga el salario como tal, toda vez que el trabajador se encuentra impedido para realizar
las funciones para las cuales fue contratado, por lo cual se hace el reconocimiento del
mencionado auxilio, con el fin de que pueda subsistir durante ese tiempo, siendo reconocido
en los porcentajes ya mencionados, es decir, que el trabajador no recibe salario y auxilio
por incapacidad al tiempo, ya que son conceptos excluyentes.
2.2 En relación con la segunda pregunta, se advierte, tal y como lo manifiesta la peticionaria,
que el artículo 1 del Decreto 2943 de 2013, dispone que serán a cargo de los respectivos
empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de
incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a
partir del tercer (3er) día.
Ahora bien, es necesario precisar que en relación con las prórrogas o interrupciones de las
incapacidades, no existe una norma que establezca las reglas en tal sentido, tal como lo ha
sostenido el Ministerio de Salud y Protección Social, en reiterados conceptos tales como el
radicado con el número 201511600088971 del 26 de enero de 2015 (Se anexa fotocopia
del mismo para conocimiento de la parte pertinente), en consecuencia las EPS aplican lo
establecido en la Resolución 2266 del 6 de agosto de 1998, “Por la cual se reglamenta el
proceso de expedición, reconocimiento, liquidación y pago de las prestaciones económicas
por incapacidades y Licencias de Maternidad en el Instituto de los Seguros Sociales.”, el
cual indica en su artículo 13 lo siguiente:
“Se entiende por prórroga de incapacidad, la que se expide con posterioridad a la
inicial, por la misma enfermedad o lesión, o por otra que tenga relación directa con
ésta, así se trate de código diferente y siempre y cuando entre una y otra no haya
una interrupción mayor a treinta (30) días calendario.”
De conformidad con lo anteriormente expuesto y para efectos de reconocer y pagar la
prestación económica en las proporciones indicadas en el artículo 227 del Código
Sustantivo de Trabajo, se tendrá en cuenta que no haya trascurrido más de 30 días
calendario entre incapacidad e incapacidad, originada por la misma enfermedad o lesión,
para establecer que se trata de una prórroga de la inicial, o en el caso contrario, al trascurrir
más de 30 días calendario entre la una y la otra, se estaría frente a una nueva incapacidad
que originaría el pago de los dos primeros días por parte del empleador y a partir del tercer
día por parte de la EPS respectiva.
Es menester agregar que el artículo 3.2.1.10. del Decreto 780 de 2016, establece lo
siguiente:
“Artículo 3.2.1.10. Ingreso Base de Cotización durante las incapacidades o la
licencia de maternidad. Durante los períodos de incapacidad por riesgo común o
de licencia de maternidad, habrá lugar al pago de los aportes a los Sistemas de
Salud y de Pensiones. Para efectos de liquidar los aportes correspondientes al
período por el cual se reconozca al afiliado una incapacidad por riesgo común o una
licencia de maternidad, se tomará como Ingreso Base de Cotización el valor de la
incapacidad o licencia de maternidad según sea el caso.
(…)”
De conformidad con lo anteriormente expuesto, durante el periodo de la incapacidad
originada en una enfermedad general, se deberán seguir pagando los aportes a salud y
pensiones, teniendo como ingreso base de cotización el monto correspondiente al valor
reconocido por la misma.
2.3 Finalmente, esta Oficina Asesora Jurídica le recuerda al peticionario que al tratarse de
temas puntuales, estos pueden ser resueltos por la Superintendencia Delegada para la
función Jurisdiccional y de Conciliación, quien es la competente de conformidad con lo
establecido en los artículos 38 y 41 de la Ley 1122 de 2007 y artículos 126 y 127 de la Ley
1438 de 2011, toda vez que el usuario puede acudir a dicha Delegada para dirimir
desacuerdos relativos, entre otros, al reconocimiento y pago de prestaciones económicas
como la incapacidad por parte de las Empresas Promotoras de Salud, para lo cual se
habilitó el correo electrónico funcionjurisdiccional@supersalud.gov.co
La presente consulta se absuelve en los términos del artículo 1 de la Ley 1755 del 30 de
junio de 2015, sustitutiva del Título II de la Ley 1437 de 2011.

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“Artículo 2.2.3.1. Pago de prestaciones económicas. A partir de la fecha de

El pago de estas prestaciones económicas al aportante, será realizado directamente

Parágrafo 2°. De presentarse incumplimiento del pago de las prestaciones

(Artículo 24 del Decreto 4023 de 2011)”

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