Metabolismo
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Modelo de espacio lleno del adenosín trifosfato (ATP), una coenzima intermediaria
principal en el metabolismo energético, también conocida como la “moneda de
intercambio energético”.
La economía que la actividad celular impone sobre sus recursos obliga a organizar
estrictamente las reacciones químicas del metabolismo en vías o rutas metabólicas
en las que un compuesto químico (sustrato) es transformado en otro (producto) y
este a su vez funciona como sustrato para generar otro producto, en una secuencia
de reacciones en las que intervienen diferentes enzimas (por lo general una para
cada sustrato-reacción). Las enzimas son cruciales en el metabolismo porque
agilizan las reacciones fisicoquímicas al convertir posibles reacciones
termodinámicas deseadas pero "no favorables", mediante un acoplamiento, en
reacciones favorables. Las enzimas también se comportan como factores reguladores
de las vías metabólicas —de las que modifican la funcionalidad, y por ende la
actividad completa— en respuesta al ambiente y a las necesidades de la célula o
según señales de otras células.
Índice
1 Investigación y manipulación
2 Biomoléculas principales
2.1 Aminoácidos y proteínas
2.2 Lípidos
2.3 Carbohidratos
2.4 Nucleótidos
2.5 Coenzimas
2.6 Minerales y cofactores
3 Catabolismo
3.1 Digestión
3.2 Energía de los compuestos orgánicos
3.3 Fosforilación oxidativa
3.4 Energía de los compuestos inorgánicos
3.5 Energía de la luz
4 Anabolismo
4.1 Fijación del carbono
4.2 Carbohidratos
4.3 Ácidos grasos, isoprenoides y esteroides
4.4 Proteínas
4.5 Síntesis de nucleótidos
4.6 Síntesis de ADN
4.7 Biosíntesis de metabolitos secundarios
5 Xenobióticos y metabolismo reductor
6 Homeostasis: regulación y control
7 Termodinámica de los organismos vivos
8 Tasa metabólica
8.1 Tasa metabólica basal, estándar y de campo
9 Véase también
10 Referencias
11 Bibliografía
12 Enlaces externos
12.1 En español
12.2 En inglés
Investigación y manipulación
Red metabólica del ciclo de Krebs de la planta Arabidopsis thaliana. Las enzimas y
los metabolitos se muestran en rojo y las interacciones mediante líneas.
El método clásico para estudiar el metabolismo consiste en un enfoque centrado en
una ruta metabólica específica. Los diversos elementos que se utilizan en el
organismo son valiosos en todas las categorías histológicas, de tejidos a células,
que definen las rutas de los precursores hacia su producto final.7 Las enzimas que
catabolizan esas reacciones químicas pueden ser purificadas para estudiar su
cinética enzimática y las respuestas que presentan frente a diversos inhibidores.
Otro tipo de estudio que se puede llevar a cabo en paralelo es la identificación de
los metabolitos presentes en una célula o tejido (el estudio del conjunto de esas
moléculas se denomina metabolómica). Los estudios de ese tipo ofrecen una visión de
las estructuras y funciones de rutas metabólicas simples pero son inadecuados
cuando se quieren aplicar a sistemas más complejos como el metabolismo global de la
célula.8
Lípidos
Artículo principal: Lípido
Los lípidos son las biomoléculas que presentan más biodiversidad. Su función
estructural básica consiste en formar parte de membranas biológicas como la
membrana celular o bien en servir como recurso energético.19 Normalmente se los
define como moléculas hidrofóbicas o anfipáticas, que se disuelven en solventes
orgánicos como la bencina o el cloroformo.20 Las grasas forman un grupo de
compuestos que incluyen ácidos grasos y glicerol; la unión de una molécula de
glicerol a tres ácidos grasos éster da lugar a una molécula de triglicérido.21 Esta
estructura básica puede presentar variaciones que incluyen cadenas laterales como
la esfingosina de los esfingolípidos y grupos hidrofílicos como los grupos fosfato
en los fosfolípidos. Otra clase mayor de lípidos sintetizados en las células es la
de esteroides como el colesterol.22
Carbohidratos
Artículo principal: Carbohidrato
Nucleótidos
Artículo principal: Nucleótido
Los polímeros de ADN y ARN (ácido ribonucleico) son cadenas de nucleótidos,
moléculas críticas para el almacenamiento y el uso de la información genética por
el proceso de transcripción y biosíntesis de proteínas.19 Esa información se
encuentra protegida por un mecanismo de reparación del ADN y duplicada por un
mecanismo de replicación del ADN. Algunos virus, como por ejemplo el virus de la
inmunodeficiencia humana o VIH (por sus siglas en inglés), tienen un genoma de ARN
y utilizan retrotranscripción para crear ADN a partir de su genoma.24 Esos virus se
denominan retrovirus. El ARN de ribozimas como los ribosomas es similar a las
enzimas y puede catabolizar reacciones químicas. Los nucleósidos individuales son
sintetizados mediante la unión de bases nitrogenadas con ribosa. Esas bases son
anillos heterocíclicos que contienen nitrógeno y, según presenten un anillo o dos,
pueden ser clasificadas como pirimidinas o purinas, respectivamente. Los
nucleótidos también actúan como coenzimas en reacciones metabólicas de
transferencia en grupo.25
Coenzimas
Artículo principal: Coenzima
Los elementos inorgánicos actúan como electrolitos iónicos. Los iones de mayor
importancia son sodio, potasio, calcio, magnesio, cloruro y fosfato y el ion
orgánico bicarbonato. El gradiente iónico a lo largo de las membranas de la célula
mantiene la presión osmótica y el pH.31 Los iones también son críticos para los
nervios y los músculos porque en esos tejidos el potencial de acción es producido
por el intercambio de electrolitos entre el líquido extracelular (LEC) y el
citosol.32 Los electrolitos entran y salen de la célula a través de proteínas en la
membrana plasmática, denominadas canales iónicos. Por ejemplo, la contracción
muscular depende del movimiento del calcio, el sodio y el potasio a través de los
canales iónicos en la membrana y los túbulos T.33
El conjunto de reacciones catabólicas más común en los animales puede ser separado
en tres etapas distintas. En la primera, moléculas orgánicas grandes como las
proteínas, los polisacáridos o los lípidos son digeridas en componentes más
pequeños fuera de las células. Luego, esas moléculas pequeñas son llevadas a las
células y convertidas en moléculas de tamaño aun menor, por lo general acetilos que
se unen en forma covalente a la coenzima A para formar la acetil-coenzima A, que
libera energía. Por último, en la molécula de acetil CoA el grupo acetil es oxidado
a agua y dióxido de carbono con liberación de energía que se retiene al reducir la
coenzima nicotinamida adenina dinucleótido (NAD+) en NADH. De forma global, en el
catabolismo se pueden distinguir los siguientes tres bloques principales: 1.
Polímeros (por ejemplo, proteínas) se transforman en monómeros (por ejemplo,
aminoácidos). 2. Los monómeros se transforman en compuestos orgánicos todavía más
sencillos (por ejemplo, gliceraldehido). 3. Los compuestos orgánicos sencillos se
transforman en compuestos inorgánicos como CO2, H2O y NH3.
Digestión
Artículos principales: Digestión y Aparato digestivo.
Dado que las macromoléculas como el almidón, la celulosa o las proteínas no pueden
ser captadas en forma automática por las células deben ser degradadas en unidades
más simples antes de ser usadas en el metabolismo celular. Entre las numerosas
enzimas que digieren esos polímeros figuran la peptidasa, que digiere proteínas en
aminoácidos, las glicosil hidrolasas, que digieren polisacáridos en disacáridos y
monosacáridos y las lipasas, que digieren los triglicéridos en ácidos grasos y
glicerol.
En las plantas el fotosistema II usa energía solar para obtener los electrones del
agua y libera oxígeno como producto de desecho. Los electrones luego fluyen hacia
el complejo del citocromo b6f, que usa su energía para bombear protones a lo largo
de la membrana tilacoidea del cloroplasto.40 Esos protones se mueven a través de la
ATP-sintasa mediante el mecanismo explicado anteriormente. A continuación los
electrones fluyen por el fotosistema I y pueden ser utilizados para reducir la
coenzima NADP+, que será utilizada en el ciclo de Calvin o reciclada para la futura
generación de ATP.63
Anabolismo
Artículo principal: Anabolismo
El anabolismo es el conjunto de procesos metabólicos constructivos en los que la
energía liberada por el catabolismo se utiliza para sintetizar moléculas complejas.
En general las moléculas complejas que dan lugar a estructuras celulares son
construidas a partir de precursores simples. El anabolismo comprende tres etapas:
en primer lugar la producción de precursores como aminoácidos, monosacáridos,
isoprenoides y nucleótidos, en un segundo término su activación en reactivos
mediante el empleo de energía del ATP y, por último, el montaje de esos precursores
en moléculas más complejas como proteínas, polisacáridos, lípidos y ácidos
nucleicos.
Los polisacáridos y los glucanos son sintetizados por medio de una adición
secuencial de monosacáridos llevada a cabo por glucosil-transferasas de un donador
reactivo azúcar-fosfato a un aceptor como el grupo hidroxilo en el polisacárido que
se sintetiza. Como cualquiera de los grupos hidroxilo del anillo de la sustancia
puede ser aceptor, los polisacáridos producidos pueden tener estructuras
ramificadas o lineales.75 Esos polisacáridos producidos pueden tener funciones
metabólicas o estructurales por sí mismos o también pueden ser transferidos a
lípidos y proteínas por medio de enzimas.7677
Los terpenos y los isoprenoides son clases de lípidos que incluyen carotenoides y
forman la familia más amplia de productos naturales de las plantas.81 Esos
compuestos son sintetizados por la unión y modificación de unidades de isopreno
donadas por los precursores reactivos pirofosfato de isopentenilo y pirofosfato de
dimetilalilo.82 Los precursores pueden ser sintetizados de diversos modos. Por
ejemplo, en los animales y las arqueas se sintetizan a partir de acetil-CoA, en una
ruta metabólica conocida como vía del mevalonato83 mientras que en las plantas y
las bacterias la síntesis se realiza a partir de piruvato y gliceraldehído 3-
fosfato como sustratos, en una vía conocida como vía del metileritritol fosfato.82
84 Una reacción que usa esos donadores isoprénicos activados es la biosíntesis de
esteroides. En ese caso, las unidades de isoprenoides forman uniones covalentes
para generar escualeno, que se pliega para formar una serie de anillos que dan
lugar a una molécula denominada lanosterol.85 Luego el lanosterol puede ser
transformado en esteroides como el colesterol.
Proteínas
Artículo principal: Síntesis de proteínas
Los organismos difieren en su capacidad para sintetizar los veinte aminoácidos
conocidos. Las bacterias y las plantas pueden sintetizar los veinte pero los
mamíferos solo pueden sintetizar los diez aminoácidos no esenciales.19 Por ende,
los aminoácidos esenciales deben ser obtenidos del alimento. Todos los aminoácidos
son sintetizados por intermediarios en la glucólisis y el ciclo de Krebs. El
nitrógeno es obtenido por el ácido glutámico y la glutamina. La síntesis de
aminoácidos depende de la formación apropiada del ácido alfa-ceto, que luego es
transaminado para formar un aminoácido.86
Los aminoácidos se sintetizan en proteínas al ser unidos en una cadena por enlaces
peptídicos. Cada proteína posee una secuencia única e irrepetible de aminoácidos,
la que se conoce como su estructura primaria. Los aminoácidos pueden formar una
gran variedad de proteínas según la secuencia presente en la proteína. Las
proteínas están constituidas por aminoácidos que han sido activados por la adición
de un ARNt a través de un enlace éster.87 Entonces, el aminoacil-ARNt es un
sustrato para el ribosoma, que va añadiendo los residuos de aminoácidos a la cadena
proteica sobre la base de la secuencia de información que va leyendo el ribosoma en
una molécula de ARN mensajero.88
Síntesis de nucleótidos
Los nucleótidos se sintetizan a partir de aminoácidos, dióxido de carbono y ácido
fórmico en rutas que requieren una cantidad mayor de energía metabólica.8990 En
consecuencia, casi todos los organismos poseen un sistema eficiente para resguardar
los nucleótidos preformados.8991 Las purinas se sintetizan como nucleósidos (bases
unidas a ribosa). Tanto la adenina como la guanina son sintetizadas a partir de un
precursor nucleósido, la inosina monofosfato, que se sintetiza a partir de átomos
de los aminoácidos glicina, glutamina y ácido aspártico; lo mismo puede decirse del
HCOO−, que es transferido desde la coenzima tetrahidrofolato. Las pirimidinas, en
cambio, se sintetizan a partir del ácido orótico, que a su vez es sintetizado a
partir de la glutamina y el aspartato.92
Síntesis de ADN
Artículo principal: Síntesis de ADN
Biosíntesis de metabolitos secundarios
Artículo principal: Metabolismo secundario
La serie de procesos metabólicos implicados en las funciones vitales de los
organismos se denomina metabolismo primario. Por otro lado, existe un conjunto de
reacciones bioquímicas que conforman el denominado metabolismo secundario, el que
se produce de forma paralela al metabolismo primario. Los compuestos orgánicos
producidos (metabolitos secundarios) no desempeñan un papel directo en el
crecimiento o la reproducción de los seres vivos sino que cumplen funciones
complementarias de las vitales entre las que figuran comunicación intraespecífica e
interespecífica (como en el caso de los pigmentos aposemáticos y los
aleloquímicos), protección contra condiciones de estrés ambiental ( como radiación,
congelación, sequía y estrés salino) y ataque de depredadores, patógenos o
parásitos (como en el caso de fitotoxinas, antibióticos y fitoalexinas). Las
principales rutas metabólicas secundarias son las rutas del mevalonato y 5-fosfono-
1-desoxi-D-xilulosa, la ruta del acetato-malonato, la ruta del ácido shikímico y
las rutas secundarias de aminoácidos.93
Xenobióticos y metabolismo reductor
Artículo principal: Xenobiótico
Todos los organismos se encuentran expuestos de manera constante a compuestos y
elementos químicos que no pueden utilizar como alimento y que serían dañinos si se
acumularan en sus células porque no tendrían una función metabólica. Esos
compuestos potencialmente dañinos se llaman xenobióticos.94 Los xenobióticos como
las drogas sintéticas, los venenos naturales y los antibióticos son detoxificados
por un conjunto de enzimas xenobióticas-metabolizadoras que en los seres humanos
incluyen las citocromo oxidasas P450,95 las UDP-glucuroniltransferasas96 y las
glutatión-S-transferasas.97
Véase también