Bloque II.

Enzimología
Tema 3: Estructura de proteínas y función
catalítica de los enzimas
 Biotecnología
(tecnología del ADN
recombinante)

Aislamiento y clonación de Organismos modificados

un gen de interés en bacterias genéticamente (OMG)

Producción de enzimas
para uso industrial:
Biocatalizadores Animales Plantas

Poly(ethylene terephthalate) (PET)

Ej. (FAST-)PETasa accounts for 12% of global solid waste
 Etapas en el escalado industrial de un proceso
biocatalizado
- Selección de la enzima más adecuada √
- Técnicas de ingeniería genética para su producción √
- Caracterización (determinar las condiciones idóneas para la catálisis enzimática)
- Aislamiento y purificación
- Inmovilización con el fin de reducir los costes.

“ciclo biocatalítico”
Aminoácidos y enlace peptídico.
 Producción de enzimas para uso industrial:
Biocatalizadores
Química industrial más sostenible
La utilización de biocatalizadores permite que las condiciones de temperatura, presión y
pH requeridas para llevar a cabo las reacciones sean moderadas, disminuyendo así las
necesidades energéticas de los procesos.

Además, los catalizadores biológicos presentan otras ventajas de carácter químico tales
como una elevada especificidad y selectividad.

Enzimas como catalizadores biológicos: Biocatalizadores de origen proteico

Todas aquellas propiedades que hacen de las enzimas un catalizador altamente eficiente
derivan de su estructura. Las enzimas tienen naturaleza proteica: presentan las estructuras
básicas de las proteínas.

La estructura más elemental de las enzimas es la estructura primaria: secuencia de

aminoácidos unidos por enlace peptídico entre el grupo carboxilo de un aminoácido y
el grupo amino del siguiente. La secuencia con la cual se unen los aminoácidos, así como
la naturaleza de su cadena lateral o residuos (R), definen las características de las enzimas.
Aminoácidos
1.-Bifuncionales: Grupos amino y carboxilo.
2.-Proteinogénicos, especiales y no proteinogénicos.
3.-Nombre trivial por características u origen.
4.-Primero: Asparagina (1806); Último: Treonina (1938)

Fórmula general (excepto prolina; R: 20 cadenas laterales distintas).

Átomo de Carbono en α

Grupo Grupo
amino carboxilo

Cadena lateral o residuo

α−aa: los grupos amino y carboxilo son sustituyentes del carbono en α (carbono
asimétrico o quiral); 4 sustituyentes distintos, salvo la glicina.
 Clasificación de los aminoácidos componentes de las proteínas
(proteinogénicos)

Por grupos funcionales de la cadena lateral:

Alifáticos (cadena lateral hidrofóbica lineal): Gly, Ala, Val, Leu, Ile.
Aromáticos (cadena lateral hidrofóbica con grupo fenilo): Phe, Tyr, Trp.
Hidroxiaminoácidos (cadena lateral con –OH): Ser, Thr.
Azufrados (cadena lateral con grupo –SH): Cys, Met.
Ácidos (cadena lateral con grupo –COOH): Asp, Glu.
Amidados (amidas de los ácidos con cadena lateral con grupo – CO – NH2): Asn, Gln.
Básicos (cadena lateral con grupo –NH2): Lys, Arg, His.
Iminoácidos (ciclados): Pro.
 Grupos laterales no polares alifáticos Grupos laterales no polares aromáticos

Alanina Valina

Fenilalanina Triptofano
Aminoácidos
componentes Grupos laterales con carga (+) a pH 7.0
de las
proteínas (por Metionina Leucina Isoleucina Prolina
interacción
con el agua a Grupos laterales polares no cargados

pH fisiológico)

Lisina Arginina Histidina

Serina Treonina Cisteína
Grupos laterales con carga (-) a pH 7.0

Glicina

Tirosina Asparagina Glutamina Aspartato Glutamato

 Grupos laterales no polares alifáticos y aromáticos

Fuerte hidrofobicidad.
Situados hacia el interior en el plegamiento proteico.

Aminoácidos
componentes
de las Grupos laterales con carga (+) a pH 7.0
proteínas (por
interacción
con el agua a aas básicos.
Puentes salinos (carga-carga)
pH
fisiológico) Grupos laterales polares no cargados

Formación de puentes de hidrógeno.

Grupos laterales con carga (-) a pH 7.0
Cys: puente disulfuro
aas ácidos.
Grupos OH y SH: modificaciones tanto reversibles
Puentes salinos (carga-carga)
como covalentes
 Propiedades acido-básicas de los aminoácidos

Sustancia anfótera capaz de actuar como ácido y como base, según pH

Zwitterion: Forma dipolar

eléctricamente neutra (sin
desplazamiento en un campo eléctrico);
posibilidad de cristalización.
Propiedades acido-básicas de los aminoácidos
Curva de Titulación de la Alanina
(aa monoamínico monocarboxílico) A-

pKa2= 9.69

pKa1= 2.34

+A

Carga +1 Zwitterion Carga -1

(Ambos grupos protonados) (Carga cero) (Ambos grupos desprotonados)
CATIÓN ANIÓN
 Punto Isoeléctrico (pI)
Curva de Titulación de un aa monoamínico monocarboxílico

ANIÓN

Zwitterion
pKa2

CATIÓN
pI

pKa1

Equivalentes de base (OH-)

El punto isoeléctrico pI = (pKa1 + pKa2)/2 es el pH al cual el aminoácido monoamínico-

monocarboxílico se encuentra en forma de zwitterion.
A pH>pI, aa cargado (-) por que cede H+: Anión (se desplaza al ánodo ó polo positivo).
a pH<pI, aa cargado (+) por que toma H+: Catión (se desplaza al cátodo ó polo negativo).
 El enlace peptídico

Aminoácidos

Linus Carl Pauling (en

1931)

Dipéptido
 Péptidos: Polimerización (estructura primaria)

Síntesis de un polipéptido por reacciones de condensación

(pérdida de una molécula de agua)
 Nomenclatura de los péptidos
Proteínas: más de 50 aminoácidos.
Péptido: hasta 50 aminoácidos.
Oligopéptido: péptido pequeño.
Polipéptido: péptido grande.

Péptido: Tirosin-Glicil-Glicil-Fenilalanil-Leucina.
Plegamiento y niveles estructurales de las
proteínas
 Estructura primaria:
Secuencia lineal de aas.

Estructura secundaria:
Disposición local del esqueleto
polipeptídico (φ y ψ).

Estructuras supersecundarias:
Niveles de asociación de secundarias; motivos
estructurales-dominios funcionales.
organización de
las proteínas Estructuras terciarias:
Estructuras tridimensionales
funcionales y activas del
polipéptido completo; formas
globulares y solubles.

Estructura cuaternaria: asociación

más o menos compleja de
estructuras terciarias.
 Estructuras secundarias

Linus Carl Robert Corey

Pauling

Estabilización por el mayor número posible de puentes de

hidrógeno entre los grupos componentes del enlace peptídico

Las dos estructuras secundarias mayoritarias en las proteínas son la hélice alfa y la
lámina beta, dado que son las más estables.
 Estructura terciaria: fibrosas vs globulares
Fibrosas: cadenas polipeptídicas ordenadas de modo paralelo a lo
largo de un eje (Ej: Colágeno)

Globulares: cadenas polipeptídicas plegadas,

adoptando conformación esférica o globular
 Estructura terciaria: Proteínas globulares

Mioglobina Cadena polipeptídica plegada de forma compacta y

globular.

Grado de plegamiento muy superior a las fibrosas

Más diversidad de funciones y más carácter dinámico

que las proteínas fibrosas

En el interior tienden a agruparse los residuos

hidrofóbicos (efecto hidrofóbico). Los residuos
polares se orientan al exterior.

La ausencia de agua en el interior facilita las

interacciones iónicas y los enlaces de hidrógeno.

Suelen presentar motivos estructurales (normalmente,

dominios funcionales).
 ¿Quién dirige el
plegamiento proteico?
Fuerzas No Covalentes y
Fuerzas Covalentes

El plegamiento proteico no es al azar, estando

definido por la secuencia de aminoácidos
(estructura primaria), es espontáneo
(energéticamente favorable) y está intervenido
por las fuerzas de la cadena polipeptídica y del
entorno acuoso
Interacciones de los grupos laterales implicadas en la
estabilización de la estructura terciaria
 Proteínas globulares: Estructura terciaria
Interacciones implicadas en el plegamiento proteico: Fuerzas hidrofóbicas
Aas hidrofóbicos hacia el interior. Aas polares hacia el exterior

Subunidad de la
Hemoglobina
(ejemplo válido
también para la
mioglobina)

Hidrofóbicos en rojo Hidrofílicos en verde

Estructura
Hidrofóbico en “micelar” de las
interior; proteínas
Polar en exterior globulares

Mioglobina (α/α)
 Proteínas Globulares: Estructura Cuaternaria
Asociación (primcipalmente no covalente) de varias cadenas polipeptídicas.

Cada cadena es una subunidad (denominados subunidades ó monómeros ó protómeros)

Homomultímeros y heteromultímeros.

Las subunidades se organizan de manera simétrica.

Ventajas de la asociación:
A.-Mayor estabilidad.
B.- Capacidad de regulación alostérica: mayor eficacia metabólica.

Estabilidad mediada por el mismo tipo de enlaces que estabilizan la estructura terciaria
 El conocimiento de la secuencia de aminoácidos permite:
• Predecir la función de la proteína: (Relación estructura-función)
- Cada proteína tiene un nº de residuos y secuencia característicos
codificada por la secuencia de nucleótidos. Alteraciones en su
estructura 1ria modifican su función.
*La estructura terciaria se conserva evolutivamente con más fidelidad que la primaria

Propuesta de estructura
tridimensional de una proteína
usando la herramienta Swiss-Model
del Instituto Suizo de
Bioinformática.

• Investigación:
- Diseño de anticuerpos específicos
- Predicción de la localización celular

• Clasificar las proteínas en familias

- Vías evolutivas/Relaciones genealógicas entre especies
 Concepto y clasificación de los enzimas.
Aspectos termodinámicos y características
de la catálisis enzimática
 D-Glucosa

Enzimas: conceptos generales

Hexoquinasa

1.-Unidades funcionales del metabolismo celular. Catalizadores

de las reacciones biológicas que no alteran la constante de
equilibrio de las reacciones que catalizan.

2.-Proteínas compuestas sólo por aas, o también proteínas con

cofactores.

3.-Gran poder catalítico: reducen en órdenes de magnitud el

tiempo necesario para que tenga lugar la reacción.
 D-Glucosa

Enzimas: conceptos generales

Hexoquinasa

4.-Presentan un alto grado de estereoespecificidad por el sustrato,

lo cual deriva en ausencia de subproductos (alta eficacia de
reacción).

5.-Actúan en soluciones acuosas en condiciones suaves de

temperatura y pH: entorno fisiológico.

6.-Su actividad puede regularse por varios mecanismos (nivel de

sustrato, pH, Temperatura, reguladores alostéricos, etc).
 D-Glucosa

Importancia de los Enzimas

en aplicaciones específicas
Hexoquinasa

1.-La medida de la actividad enzimática en fluidos biológicos o

tejidos es importante para el diagnóstico de muchas
enfermedades.

2.-Muchos fármacos son inhibidores o moduladores de la

actividad enzimática.

3.-Importancia en la industria alimentaria, en la agricultura, en

biorremediación, etc.
Para toda reacción química, catalizada o no, ha de
cumplirse:

1.- Los sustratos deben colisionar.

2.- La colisión molecular debe ser en la orientación adecuada.

3.-Los sustratos deben poseer suficiente energía para que se produzca la

reacción (Energía de Activación)

La energía de activación es la energía expresada en calorías necesaria

a una temperatura determinada, para llevar un mol de reactivos al
estado de transición. Es la diferencia de energía entre estado inicial y
de transición de la reacción; A mayor energía de activación, menor
velocidad de la reacción.

El estado de transición es aquél estado energético de la reacción en el

cual todas las moléculas del mol de reactivos tienen la misma
probabilidad de experimentar la reacción.
Las enzimas aumentan la velocidad de las reacciones químicas
disminuyendo su energía de activación

Las enzimas disminuyen la energía del estado de transición

Las enzimas NO pueden hacer
que una reacción
endergónica se transforme en
exergónica.

Condiciona la velocidad de la reacción. A

mayor energía de activación, menor
velocidad de la reacción.

La variación de energía libre total es la

misma en presencia y en ausencia de
catalizador: No alteran el equilibrio de
reacción.
 Nomenclatura vulgar:
SUSTRATO + TIPO DE REACCION + ASA

Nomenclatura Sistemática (Enzimatic Comission)

 D-Glucosa

Ejemplo de clasificación: Hexoquinasa

Hexoquinasa
Reacción que cataliza:
ATP + D-Glucosa ---> ADP + D-Glucosa-6-fosfato.

Nombre sistemático: ATP:Glucosa Fosfotransferasa.

Nombre trivial: Hexoquinasa.
Nº E.C.: 2.7.1.1.

2: Transferasas.
7: Fosfotransferasas.
1: Fosfotransferasas con un grupo hidroxilo como aceptor.
1: D-Glucosa como aceptor del grupo fosfato.
 D-Glucosa

Estructura de los Enzimas

Hexoquinasa

Grupo Prostético (unión fuerte)

Holoenzima: Apoenzima (parte proteica ) +

Cofactor (unión débil)

Carácter inorgánico (iones metálicos)

Cofactor:
Carácter orgánico (NADH, FAD, Vitaminas, etc): Coenzimas

Si un enzima precisa de cofactor, no puede desarrollar su función hasta que no

une el cofactor, es decir, que sin cofactor el enzima NO ES FUNCIONAL
 Cofactores
inorgánicos:
elementos traza
 Ejemplo de catálisis enzimática con cofactor
Activación por Zn2+ de la proteasa carboxipeptidasa A

Carboxipeptidasa A: Hidrólisis de aas con grupos carboxilo libres

http://depa.fquim.unam.mx/proteinas/enzcatal/CPAcatal.gif