Microbiología - Tema 3
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METABOLISMO
Metabolismo: conjunto de reacciones que tienen lugar en la célula. Unas para conseguir energía
(reducción, anabolismo) y otras para quemarla (oxidación, anabolismo).
Existe una gran diversidad metabólica en los organismos. Todas las posibles combinaciones se
conocen gracias a los organismos que se han ido descubriendo.
• Fosforilación a nivel de sustrato: los transportes de e⁻ van de una molécula orgánica a otra y
se van formando intermediarios de alta energía. La fosforilación tiene lugar a nivel de
sustrato, y en algunos pasos se sintetiza ATP.
• Fosforilación oxidativa y fotofosforilación: funciona generando una fuerza protón motriz.
Va a haber una cadena de trans e⁻ que generará la salida de protones al exterior, y luego se
genera una fuerza de gradiente de protones hacia el interior.
- Cuanto más negativo es el valor de EN, más gusta dar electrones, y más cuesta captarlos
- Cuanto más positivo es el valor de EN, más propensión a aceptar electrones. EL oxígeno es el
aceptor de electrones ideal, porque es el que tiene mayor valor de EN.
Se van dando saltos entre los intermediarios que van de menor a mayor EN, de manera que se
produce una cadena de transporte de e⁻. Cuantos más "saltos” dan los e⁻, más ATP se genera.
Organismos fotótrofos. Dentro de los fotótrofos se hacen 2 grandes grupos según el aceptor final de
e⁻:
Hay varios tipos de pigmentos: los principales son la clorofila y la bacterioclorofila. En función de la
estructura molecular de los pigmentos, van a poder absorber la luz a diferentes longitudes e onda,
que llegarán a distintos sitios, cosa que permite aumentar la diversidad por la ausencia de
competencia por la luz en un mismo lugar en el ambiente (fotótrofos diferentes pueden coexistir en
el mismo hábitat). Es un mecanismo adaptativo.
En cuanto a la bacterioclorofila, hay distintos tipos (imagen) de manera que cada grupo bacteriano
tienen pigmentos parecidos pero absorben a longitudes de onda distintas.
Cada grupo de bacterias tiene sus pigmentos particulares, y además, los pigmentos auxiliares, que
captan pequeñas cantidades de luz, y también tienen principalmente una función protectora:
- Carotenos
- Xantofilas
Los pigmentos y centro de reacción se localizan en las membranas fotosintéticas. Los microorg son
procariotas, por lo que no tienen cloropalastos, sino que su membrana fotosintética es la membrana
citoplasmática. Augmentan la membrana citoplasmática, formando invaginaciones
(imagen) Además, la estructrua más optimizada en procariotas para conseguir captar la energía de la
luz es el clorosoma: acumulación de grandes cantidades de pigmentos. Los clorosomas están en las
bacterias verdes anoxigénicas del azufre y en las bacterias verdes no del azufre. Funcionan como
sistemas antena gigantes pero, a diferencia de las antenas de las bacterias rojas o de las
cianobacterias, las moléculas de bacterioclorofila del clorosoma no están unidas a proteínas. Los
clorosomas contienen Bcl c, d o e dispuesta en densas formaciones a lo largo del eje longitudinal de
la estructura. La energía lumínica absorbida por estos pigmentos antena se transfiere a la
bacterioclorofila a, que está en el centro de reacción, en la membrana citoplasmática, a través de
una pequeña proteína llamada FMO.
Esto permite captar luz con muy baja intensidad, por lo que es útil en bacterias que se encuentran
en el fondo marino.
El flujo de electrones genera la fuerza protónmotriz para la síntesis de ATP a partir de la ATPasa
Fotosíntesis anoxigénica
Ej de fotosíntesis anoxigénica de la bacteria roja: le da la luz y excita al pigmento -> el electrón sale
del pigmento con más potencial redox y llega al de menor potencial redox, y a partir de ahí empieza
el transporte electrónico por una serie de citocromos (de menor a menor potencial redox) y se
genera energía, que se usará para bombear protones y sintetizar ATP mediante la ATPasa.
Durante todo el transporte, el poder reductor se genera porque en alguna parte del transporte
eletrónico, algunos electrones salen del ciclo y van a ir al NADH. El problema en las bacterias rojas,
los e⁻ tienen que pasar de la Quinona (potencial redox=0) al NADH, que tiene menor potencial
reductor. Por ello, se necesita un flujo inverso de electrones, para poder producir NADH, porque el
aceptor primario (Quinona) tiene un potencial más positivo que el par NAD⁺/NADH. Sobretodo
ocurre en los quimiolitotrofos. En las bacterias verdes y en las heliobacterias, la ferrodoxina cuyo
potencial redox es más negativo que el del NADH, es producida por reacciones reguladas por la luz
para cubrir necesidades de poder reductor.
Bcl (bacterioclorofila) y Bf (bacteriofeofitina) son centros de reaccion de las bacterias rojas y verdes,
respectivamente, y están formados por Bcl a.
Fotosíntesis oxigénica
A partir de la luz se excita un electrón del PSII (P680) y pasa de tener un potencial redox muy
positivo, a tenerlo muy negativo, convirtiéndose en un gran donador de e⁻. El e⁻ va pasando por los
intermediarios, de manera que se va generando una fuerza protón motrz, hasta llegar al PSI (P700),
de potencial reductor positivo. Entonces incide de nuevo la luz, esta vez en el PSI, y desciende su
potencial reductor. De nuevo, el e⁻ va pasando por los intermediarios de menor a mayor potencial,
hasta llegar al NAD(P)H, aceptor final de e⁻ (poder reductor). Además, el gradiente de protones es
usado por la ATPsintasa para generar ATP a partir de ATP + Pi
La fotosíntesis oxigénica permite obtener más energia, porque se consigue llegar más arriba
(imagen).
En la resp aerobia se obtiene el máximo rendimiento energético, porque está optimizada, y porque
llegamos al oxigeno, que es el último aceptor de electrones.
La principal vía es la glucólisis, donde se consigue ATP y poder reductor. Posteriormente se pasa al
ciclo de Krebs, donde se consigue más poder reductor. Mas adelante pasa a la cadena respiratoria,
en la que se transportan electrones por los intermediarios, cosa que genera un bombeo de protones,
que luego generarán in gradiente para generar ATP a partir de la ATPasa. El aceptor final de los
electrones será el oxigeno.
RESPIRACIÓN ANAEROBIA
Hay que tener en cuenta que la respiración aerobia o anaeroia son metabolismos distintos, pero hay
bacterias que pueden realizar los dos tipos segíun en las condiciones en que se encuentre. Ej:
Escherichia coli puede respirar anaerobia o aerobiamente.
FERMENTACIONES
Se clasifican en funcion de los productos que se generan. La mayoría de ellas comienzan por hexosa.
Casi todos llegan al piruvato, y luego según en qué se transforma el piruvato se definirá el tipo de
reacción. (tabla)
La glucólisis funciona perfectamente hasta el piruvato(la ruta es común para todos los productos).
Luego se generan productos distintos según la ruta enzimática que se siga: la lactato deshidrogenasa
genera el lactato; la piruvato formiato liasa forma el formiato; y varios enzimas generan succinato y
etanol.
6. QUIMIOLITÓTROFOS
Son organismos que no fermentan. Siempre respiran. Los e⁻ siempre irán a la cadena
transportadora. Pueden realizar respiraciones aeróbica y anaeróbica. Mecanismo proncipal:
fosforilación oxidativa.
Los quimiolitçotrofos son bastante paupérrimos: no tienen mucha capacidad de obtener energía.
Muchos de ellos tienen problemas para obtener el poder reductor.
Obtienen los e- del hidrógeno. Las hidrogenasas de las bacterias del H permiten obtener energñia
mediante la oxidación del hidrógeno. (imagen). CUanto más sea la cadena de transporte, más
energía se obtendrá. La hidrogenasa toma e⁻ y bombea protones que serán usados para la síntesis
de ATP. El último citocromo cederá electrones al oxígeno. En condiciones anaerobias, el ultimo
aceptor es el nitrato, habiendo menos pasos y consiguiendo menos energía.
Las bacterias incoloras del azufre pueden oxidar distintos compuestos reducidos de azufre. (estas no
son fotosintéticas, no son las que tienen pigmentos). Obtienen la E de 3 compuestos (por orden de
energía obtenida: l sulfuro, el azufre elemental y el tiosulfato. Se empiece donde se empiece, al final
siempre se llega al sulfito. Una vez que se tiene sulfito, siempre se terminará en sulfato, por 3 vias:
Los electrones que se obtienen en estas 3 reacciones pasarán a la cadena transportadora, entrando
en momentos diferentes de esta segú de qué compuesto provengan. El receptor final será el
oxígeno. Los sistemas no están optimizados, porque se genera mucho ATP, pero mucho de este ATP
se consigue para poder conseguir el poer reductor, al hacer el fujo inverso de e⁻. Tienen que oxidar
mucho más azufre que las bacterias de hidrogeno el hidrogeno.
Oxidan el hierro ferroso par pasarlo a férrico, y los e⁻ se transportan mediante una Rusticianina
(proteína que obtiene los e⁻ de la oxidación llevada a cabo por un cit de la membrana externa), y de
aquí pasan directamente al citocromo C. La ATPasa sintetiza ATP, pero muy poco, al haber sólo un
paso. Además, para hacer el flujo inverso de e⁻ para conseguir el poder reductor (NADH) se necesita
ATP. No se obtiene globalmente mucha energía. Se necesitan oxidar grandísimas cantidades de
hierro para la poca energía y poder reductor que se obtiene. Este metabolismo no es nada
competitivo. Las bacterias consiguen sobrevivir porque no tienen más competencia en los sitios en
los que viven (pH=2)
(esquema)
Si acoplamos las dos reacciones en una, la resultante sigue siendo exergónica. Por ello, se juntan 2
reacciones y se reparten los costes. La metanogénesis realiza esto para obtener hidrógeno a partir
de la otra. Por separado, las dos pacterias en determinadas condiciones no podrían crecer, pero a
partir del sintrofismo lo consiguen, acoplando las dos reacciones.
FUENTE DE CARBONO
- Fotótrofos autótrofos :usan energía de la luz del sol. Usan carbono de fuentes inorgánicas
como el CO2
- Fotótrofos heterótrofos: usan energía de la luz del sol. Usan C de compuestos orgánicos.
- Quimiótrofos autótrofos: usan energía de compuestos químicos. Usan carbono de fuentes
inorgánicos ocmo el CO2.
- Quimiótrofos heterótrofos: usan energía de compuestos químicos. Usan carbono de
compustos orgánicos.
AUTÓTROFOS
La ruta autótrofa más presente en la naturaleza es el ciclo de Calvin. La enzima principal del ciclo de
Calvin es la Rubisco, que fija el CO2 y consume ATP y poder reductor. Se encuentra en planats,
bacterias rojas, cianobacterias, algas, algunas arqueas y la mayoría de bacterias quimiolitótrofas.
Hay bacterias autótrofas fotótrofas que no tienen Rubisco, no pueden hacer el ciclo de Calvin. Lo
que hacen es hacer el Ciclo de Krebs inverso, gracias a la enzima ferredoxina, empezando con el
oxalacetato (4C). Se añaden 2 C en forma de CO2, y se sintetiza Acetil-CoA mediante este ciclo, y se
llega a la gluconeogénesis, pero empezando de una forma poco habitual.
Otras bacterias, como las bacterias verdes no del azufre usan la ruta del hidroxipropionato. Es similar
al ciclo de Krebs, pero no es la misma. Se necesita ATP y poder reductor, formando glioxilato (2), que
luego se convierte a material celular.
HETERÓTROFOS
En el metabolismo heterótrofo cualquier metabolito que pueda ser convertido a piruvato u
oxalacetato genera glucosa.
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Composición química de la célula bacteriana (nutrientes esenciales para todos los microorganismos:
C (50%), H (8,2%), O (17%), N(13%), P(2,5%), S(1,8%), Se(<0.01%)
Se pueden ir añadiendo uno a uno, o "a saco" (se suele hacer la segunda opción)
• Agentes gelificantes: para hacer un medio sólido: agar (no es fuente de nutrientes, da
consistencia)
• Extractos: levadura, carne, hígado, semillas... (composición indefinida de nutrientes, pero
están todos ellos)
• Peptonas: soja, carne, gelatina, caseína...
• Sistemas amortiguadores: para mantener el pH. Ej: fosfatos...
• Indicadores de pH: rojo neutro, cristal violeta, rojo de fenol...
• Agentes reductores: microarofilia o anaereofilia. A veces hay que reducir la composicion de
oxigeno, ya que hay organismos que crecen con poco oxigeno o en su ausencia. Ej: estufas o
taper con sobres generadores de atmosfera modificada.
• Agentes selectivos: compuestos que van a inhibir el crecimiento de los microorganismos
que no nos interesan: sales biliares, antibióticos...
• Sólidos y líquidos
• Medio definido (sintético, sabemos la composición de cada cosa) y medio complejo (no se
conoce exactamente la composición)
• Medio mineral o basal: comp inorgánicos
• Medio mínimo: medio basal + 1 fuente de C
• Medio rico: tiene todos los requerimientos nutritivos para el crecimiento de microorg
• Medio de enriquecimiento: cuando el patogeno esta en pequeñas cantidades en relación a
los demás microorganismos, para aumentar su número
• Medio selectivo: tiene agentes selectivos, para que solo crezca lo que nos interesa.
• Medio diferencial: permite diferenciar distintos microorg en el mismo medio
Las bacterias se reproducen normalmente por fisión binaria (imagen): se elonga la célula, y luego se
forma un septo que dividirá a las 2 células. Se forman las pareces y se separan las células
Hay excepciones:
Las proteínas Fts juegan un papel fundamental en la formación del divisoma (septo). La principal es
la FtsZ, que polimeriza dentro del citoplasma formando un anillo, que al estar formado se ancla a la
membrana a varias proteínas: ZipA y FtsA, mediante una unión covalente, en ún único punto: justo
en el centro. EN la formación y el cierre del septo intervienen una gran cantidad de moléculas. A
medida que se va cerrando el septo se incorporan proteínas de cierre, y se estrangula la parte
central.
El anillo se consigue formar justo en el centro, debido a unas proteínas: Min, que impiden la
formación del divisoma mientras se replica el ADN. Las prot MinC y MinD, donde ellas estén no se
forma el anillo, porque lo degradan e impiden la polimerización. La prot MinE regula dónde se
colocan MinC y MinD. MinC y MinD polimerizan y forman una cobertura alrededor de la memrbana
(imagen), y MinE va haciendo barridos, y va degradando MinC y MinD, que se van al otro lado
formando otra cobertura, y así sucesivamente. Como seiempre va de lado a lado, en la forma central
es en el único sitio donde no se colocarán (porque estarán en los polos), y por tanto, donde se
formará el anillo FtsZ.
Se ha visto que hacer una copia del cromosoma en bacterias tarda 40min. Si las bacteras se duplican
en menos de 40min es porque contienen múltiples horquillas de replicación:
- Se abre una horquilla y se empiezan a hacer copias, y cuando ya tenemos un trozo copiado,
a partir de las moléculas nuevas se abren nuevas horquillas de replicación y se hacen nuevas
copias.
12. FORMA. ¿Cuáles son los mecanismos moleculares que determinan la forma celular?
Esto hace que el peptidoglicano crezca de forma alargada, porque sólamente crece en el eje mayor,
y no sea una esfera, sino un bacilo. Si por una mutación se inactiva la proteína MreB, la célula
adquiere forma esférica. Por tanto, la MreB es responsable de la forma bacilar, y las células por
defecto son cocos.
Hay células alargadas pero con alguna modificación: ej vibrios. En estos casos, además de MreB hay
otras proteínas adicionales, responsables de esta torsión o giro: la crescentina es otra proteína que
permite adoptar la forma curvada típica de los vibrios. Sólo se encuentra en uno de los lados de las
bacterias. Otras bacterias tienen proteínas similares a la crescentina.
- La síntesis del peptidoglicano en cocos sólo tiene lugar en un punto (porque sólamente
tienen FtsZ, en el centro, y desde el anillo hacia fuera se va frmando el peptidoglicano,
formando un engrosamiento o superficie visible al microscopio: bandas de pared.
- En bacilos, el crecimiento es en todos los sitios donde está MreB anclada a la membrana, y
donde está FtsZ.
Los precursores del peptidoglicano se sintetizan en el citoplasma, y luego deben ser transportados al
periplasma. La mayoría de precursores son hidrofílicos.
El responsable del transporte es el Bactoprenol: grupo fosfato unido a una cola hidrófoba, que se
introduce en la membrana (hidrofóbica) y es el responsable de transportar el precursor al otro lado
de la memrbana.
SINTESIS
** En gram+ en vez de tener sólo 2 cadenas, habrá muchas más cadenas, formándose un
peptidoglicano más grueso. ADemás, ea parte de pasar el Lípido II, también pasan una seirie de
moléculas alargadas que se colocan entre el peptidoglicano: ácido teicoico, transportado también
por el Bactoprenol.
14. ANILLOS. ¿Cuáles son los mecanismos moleculares de los anillos de FtsZ y MerB
- FtsZ forma el divisoma (anillo del septo) siempre en el centro, colocado milimétricamente.
En el divisoma se encuentra FtsZ (anclado a ZipA y FtsA). Encontramos también PBP:
proteínas de unión a la penicilina, cuya función es transglicosidasa y transpeptidasa (que
llevarán a cabo la actividad enzimatica en la síntesis del peptidoglicano). Algunas pueden ser
transglucosidasa y transpeptidasas a la vez, y otras sólo transpeptidasa. MurJ pasa el lípido
II y mediante el FtsW se pasa al periplasmo.
- MreB dirige la síntesis del peptidoglicano en los puntos anclados a la membrana (en cocos
no hay. En el elongasoma se encuentra MreB. MurJ pasa el lípido a una proteína que lo
transfiere a las PBP.
El crecimiento bacteriano es muz rápido. Ej: un bacil de 2 um de largo, en 16h llegaría a la altura del
Everest, a las 21h, al diámetro de a Tierra, a las 24h, a la distancia a la luna, y a las 28h a la distancia
al Sol. Crece exponencialmente. Por eso se mide en logaritmos.
- Finalmente, en la fase exponencial: dN/dt = µ * N --> µ= (ln N – ln N0)/ (t-t0) -> µ= ln2 / g
** Esto sólamente sirve cuando la célula crece exponencialmente. La célula tiene otras fases de
crecimiento a parte de esta.
16. FASES. ¿Cuáles son las fases que experimenta una población al crecer?
Hay 2 formas para determinar el recuento poblacional en cada fase en la que está una población:
- Recuento de viables
- Turbidez (densidad óptica)
Fases:
• Latencia: la bacteria detecta de las condiciones del ambiente, para saber cómo adaptarse
mejor. Puede ser más o menos larga en función de el lugar del que venga la bacteria (si el
lugar previo tiene condiciones muy diferentes al actual, la adaptación durará más que si las
condiciones son similares).
• Exponencial: la población se divide. En una gráfica logaritmica, en esta fase la recta es lineal.
• Fase estacionaria: llega un momento en que las bacterias dejan e crecer y se mantiene la
población constante. Deja de crecer el nº de células por la competencia entre ellas y la falta
de nutrientes, y porque los productos de deshecho de las bacterias que pueden ser tóxicos,
se acumulan. Puede ser que unas se mueran y otras se dividan, pero la velocidad es tan lenta
que se mantiene la población.
• Muerte: llega un momento que las bacterias que se dividían no pueden dividirse mas, se
empiezan a morir células.
Hay limitaciones del rendimiento, del nº de células: nutrientes. No todos los nutrientes tienen el
mismo papel. Siempre hay un nutriente limitante, que determina hasta dónde llega el nº de
individuos poblacional.
En algunas ocasiones hay una doble fase en el crecimiento bacteriano: crecimiento diáuxico.
Ej: E. coli creciendo en medio con glucosa y lactosa. Consume 1º la glucosa porque es un
monosacárido, es más fácil de consumir. Cuando se agota la glucosa, el nº de células se mantiene, y
hay una fase de adaptación en la que aumentan los niveles de enzima beta-galactosidasa (qe
degrada la lactosa). Entonces vuelve a crecer la población, al poder consumir ya la lactosa, tras
haberse adaptado.
Los sistemas de cultivo continuo son sistemas abiertos con entradas y salidas: quimiostato.
Introducimos medio fresco y estéril, y abrimos una salida para que salga el medio y los deshechos. El
sistema puede ser más o menos complejo dependiendo de lo que esté creciendo. El objetivo es que
las bacterias mantengan un nº óptimo, que se usa para estudiarlas. Los grandes fermentadores de
bacterias funcionan dentro de estos, en depósitos muy grandes. Normalmente se trabaja con un
flujo cte, porque interesa que el volumen se mantenga. Se dividen las bacterias con el medio fresco
entrante, y se eluyen por la abertura de la salida.
Si la vel de dilución son 30 min, cada 30 min todo el volumen inicial del quimiostato ha
salido. PAra que el nº de células se mantenga cte, si el tiempo de dilución disminuye, la
velocidad de duplicación puede disminuir, aumentando el tiempo de duplicación. No
hace falta crecer tan rápido. Si a las bacterias no les a tiempo a dividirse porque la v de dilución es
muy rápida, se pierden bacterias. Con menos nutriente, el redimiento disminuye, pero el
tiempo de duplicación es el mismo.
18. FACTORES. ¿Qué factoores ambientales afectan al crecimiento microbiano?
TEMPERATURA
- Tº óptima: mejores condiciones. Las enzimas funcionan mejor. La Tº óptima está mucho más
cerca de la T máxima que de la mínima
- Tº mínima: por debajo de esta Tº la bacteria no crece (pero no muere)
- Tº máxima: por encima de esta Tº se desnaturalizan las enzimas, la bacteria muere
pH
El hecho de que el pH sea un factor de crecimiento hace que podamos limitar el crecimiento de
microorganismos cambiando el pH. Se lleva el pH a un valor extremo en el que la mayoría de
microorganismos no pueden crecer -> método de conservación de alimentos. Ej: avinagrados
Maximo valor: 1 -> agua pura. Este valor depende de los solutos que lleve. Cuantos más solutos,
menor valor de disponibilidad.
Mecanismo de conservación de alimentos: salar el alimento para que el agua no esté disponible, o
hacer que sea muy dulce: mermelada, compota. Todo lo que retenga el agua.
- Halotolerantes
- Halófilos
- Halófilos extremos
OXÍGENO
TEMPERATURA
(imagen) A partir de los 50ºC desdiende el nº de cél. Cuanta más Tº, más rápido mueren. La tasa de
muerte o el tiempo de reducción decimal (D) mide el tiempo que tara en reducirse una población a
una décima parte (reducción del 90% de la población). A 50ºC, el D son 40 min. A 60ºC serían unos
12 min. A 70ºC serian unos 4 min. Esto permite comparar la resistencia a la Tº de distintos
microorganismos.
AUTOCLAVE
Sist más usado en los laboratorios. Esteriliza mediante calor húmedo (más eficaz que el calor seco,
porque penetra mejor en las estr celulares y las mata antes). Tiene unos depósitos con agua que
calienta. Al llegar a 100ºC se genera vapor de agua y se introduce en la cámara, cosa que aumenta la
presión, y por tanto, la Tº (cuesta mas calentar el vapor), hasta llegar a 121º. Al llegar a 121º de Tº
fija, la presión en la cámara son 1,1 atm. (imagen)
Esterilización por calor seco sería un horno, pero habría que estar 2h a 180º. Se suele usar para
vidrios. Es menos eficaz que el calor húmedo.
RADIACIONES
La radiación es otro sistema físico de esterilización cuta eficacia depende del tipo de radiación.
- Radiación UV: es la mas usada, pero tiene un problema: no es penerante. Sólo sirve para
superfícies. Dosis de reducción decimal en una radiación determinada: mide la reducción
de la población a un 1/10 (matar al 90%).
- Hay otras radiaciones más penetrantes, pero no se usan: peligrosas.
FILTRACIÓN
Tambén se usa a mayor escala, para filtrar fluidos como el aire. Las cabinas de seguridad biológica
(nivel 2) permiten trabajar de forma segura filtrando el aire mediante filtros HEPA. Los filtros hay
que cambiarlos con regularidad. Se genera una presión positiva, e manera que el aire que entra no
entra a la cabina directamente, sino que pasa al circuito de filtracion. El operador también está
protegido, porque el aire va para abajo al circuito.
En cabinas que no son de nivel 2, el aire va al operador, pero no se puede tranajar con patogenos.
20. MÉTODOS QUÍMICOS. ¿Cuáles son los comp químicos que controlan el crecimei
En función de cómo se usan, los comp químicos antimicrobianos pueden clasificarse según el nivel
de actuación y dónde se apliquen: