Actividad 1. Búsqueda en Bases de Datos
Actividad 1. Búsqueda en Bases de Datos
Actividad 1. Búsqueda en Bases de Datos
Campus Querétaro
Integrantes
27 de febrero de 2024.
Índice
NCBI.............................................................................................................................................. 3
Nucleotide Blast...........................................................................................................................5
Brenda.......................................................................................................................................... 7
KEGG............................................................................................................................................ 9
Vía reguladora de la longevidad - múltiples especies..................................................... 12
Esclerosis lateral amiotrófica.............................................................................................12
Vías de neurodegeneración - múltiples enfermedades................................................... 13
Figura 8. Vías de neurodegeneración - múltiples enfermedades (Kegg, 2023)................... 13
Referencias................................................................................................................................ 14
Anexos........................................................................................................................................15
NCBI secuencia de nucleótidos.............................................................................................15
Nucleotide Blast secuenciación............................................................................................. 21
NCBI
La catalasa es una enzima esencial que desempeña un papel crítico en la protección de las
células contra los efectos nocivos del peróxido de hidrógeno (H2O2). Debido a su importancia,
ha sido objeto de estudios bioquímicos y de biología molecular durante más de un siglo. Esta
enzima, presente en una amplia variedad de organismos, ha sido implicada en numerosas
condiciones fisiológicas y patológicas en seres humanos.
El proceso de respiración aeróbica, que utiliza la cadena de transporte de electrones y otras
proteínas hemo, aumenta la eficiencia de la producción de energía en los sistemas eucariotas. Sin
embargo, este proceso conlleva la generación de especies reactivas de oxígeno (ROS), que
pueden ser perjudiciales para la célula si no se controlan adecuadamente. Para contrarrestar estos
efectos, los organismos aeróbicos desarrollaron enzimas antioxidantes como la catalasa, que
desempeña un papel crucial en la eliminación del peróxido de hidrógeno.
Las catalasas se dividen en tres tipos principales: catalasas típicas o monofuncionales,
catalasas-peroxidasas bifuncionales y pseudo-catalas. Las catalasas típicas, comúnmente aisladas
de una variedad de organismos, muestran una composición molecular similar, con cuatro
subunidades que contienen prothemes-IX por tetrámero. Por otro lado, las catalasas-peroxidasas,
encontradas en bacterias y hongos, presentan propiedades distintivas, como una mayor
sensibilidad al calor y a los solventes orgánicos.
En resumen, la catalasa desempeña un papel crucial en la protección celular contra el
peróxido de hidrógeno, permitiendo el metabolismo oxidativo en organismos aeróbicos. Aunque
se ha investigado ampliamente, aún quedan aspectos por explorar en cuanto a su regulación y su
implicación en diversas condiciones fisiológicas y patológicas.
❖ Nombre de la enzima - Catalase Homo Sapiens
❖ Número de Refseq - NM_001752.4
❖ Estatus de Refseq - No reportado
❖ ¿Es gen único o tiene isoformas? Si son varios genes, ¿cuál escogerían y por qué para la
ingeniería?
➢ No muestra isoformas, sin embargo, en la sección de proteínas se encuentra lo
siguiente “Homo sapiens cromosoma 11, ensamblaje primario GRCh 38.p 14”;
DNA y RNA lineal primario de la catalasa.
➢ Dependiendo el caso del estudia cualquiera de las opciones son viables, sin
embargo, en cuanto a términos de ingeniería genética nos conviene de forma
superior el DNA o incluso el RNA, ya que con ellas podremos llegar a generar
productos o subproductos de interés como por ejemplo utilizar la propia catala
como una cura contra el cáncer como lo menciona el siguiente título: “Catalasa,
una enzima notable: apuntando a la enzima antioxidante más antigua para
encontrar un nuevo enfoque de tratamiento del cáncer”.
❖ Señalen (basándose en las referencias que salen en GenBank o que relacionan su
secuencia) si consideran el equipo que se ha comprobado experimentalmente (evidencia
bioquímica) que esa secuencia de nucleótidos codifica para la enzima que está indicada
en Genbank (cita las referencias en las que te estás apoyando)
➢ Basándonos en las referencias proporcionadas en GenBank y en estudios
relacionados con la secuencia de nucleótidos de la catalasa, podemos inferir la
evidencia bioquímica que respalda su función como enzima catalítica. Por
ejemplo (Andersson et al., 1991) proporciona evidencia sobre el mecanismo de
acción de la catalasa, describiendo la reacción enzimática y los intermediarios
involucrados. Esto confirma la capacidad de la secuencia de nucleótidos de la
catalasa para catalizar la descomposición de peróxido de hidrógeno en agua y
oxígeno. Además (Goth et al., 2004) investiga el papel de la catalasa en la
protección celular contra el estrés oxidativo, demostrando que la sobreexpresión
de la catalasa mejora la resistencia celular al peróxido de hidrógeno. Finalmente
(Rocha et al., 1996) examina la importancia de la catalasa para la supervivencia
de microorganismos en condiciones anaeróbicas, lo que respalda su función
protectora contra el estrés oxidativo en diversos entornos celulares. En conjunto,
estas investigaciones proporcionan evidencia sólida de que la secuencia de
nucleótidos de la catalasa codifica efectivamente para la enzima funcionalmente
activa, como se indica en GenBank.
❖ ¿Consideran que valdría la pena manipularla en ingeniería metabólica para producir (o
dejar de producir) algo? Justifiquen y desarrollen su respuesta
➢ La manipulación de la enzima catalasa en ingeniería metabólica presenta una
perspectiva prometedora para una variedad de aplicaciones biotecnológicas y
biomédicas. Se justifica esta afirmación considerando los siguientes puntos:
■ Optimización de la Producción de Metabolitos: La regulación de la
actividad de la catalasa puede influir significativamente en la producción
de metabolitos específicos en sistemas biológicos. Al modular la actividad
enzimática, es posible aumentar la viabilidad celular y reducir el estrés
oxidativo, lo que potencialmente mejora la productividad de compuestos
de interés, como biocombustibles, productos farmacéuticos o
biomoléculas industriales.
■ Control de la acumulación de subproductos:La manipulación de la catalasa
puede ser empleada para controlar la acumulación de subproductos no
deseados en procesos biotecnológicos. Al regular la capacidad de las
células para eliminar el peróxido de hidrógeno, se puede mitigar el estrés
oxidativo asociado con la producción de metabolitos, mejorando así la
eficiencia y selectividad del proceso.
■ Mejora de la Tolerancia al Estrés Oxidativo: La ingeniería de la catalasa
puede contribuir a mejorar la tolerancia de los microorganismos a
condiciones ambientales adversas, como altas concentraciones de oxígeno
o la presencia de compuestos oxidantes. Esto es relevante para
aplicaciones industriales donde la resistencia al estrés es crucial para la
productividad y viabilidad celular.
■ Aplicaciones Biomédicas Potenciales: La manipulación de la catalasa
también tiene implicaciones biomédicas, especialmente en el campo de la
terapia génica y la medicina regenerativa. La sobreexpresión de catalasa
en tejidos específicos podría ofrecer una estrategia terapéutica para mitigar
el estrés oxidativo asociado con diversas enfermedades, incluyendo
trastornos neurodegenerativos, diabetes y enfermedades cardiovasculares.
NCBI
Después de llevar un análisis mediante el uso del BLASTn en NCBI de algunas de las secuencias
más parecidas a la de la catalasa humana, se encontraron diferentes secuencias con un alto nivel
de coincidencia, entre las que destacan algunas no humanas (Véase la Figura 1), como lo son el
gen CH242-51J22 en el cromosoma 2 de un cerdo salvaje (Sus scrofa) con un 70% de similitud,
un gen presente en el cromosoma 9 del muntíaco de Reeves (Muntiacus reevesi) con un 72 % de
similitud, en el cromosoma 10 del reno de (Svalbard Rangifer tarandus platyrhyncus) con un
72% de similitud, el gen yakQH1 del cromosoma 15 de un Yak (Bos mutus) y un bisonte de la
India (Bos gaurus), ambos con un 72% de similitud.
Algunas de las tareas que se pueden realizar con las herramientas BLAST pueden tener
diferentes propósitos, es por esto que existen las BLASTX, TBLASTN y TBLASTX. Las
BLASTX son utilizadas para comparar secuencias de ADN en una base de datos con secuencias
proteicas, mientras que las TBLASTN es usada para comparar secuencias proteicas en una base
de datos de ADN, y por último, las TBLASTX son utilizadas para comparar secuencias de ADN
en bases de datos de ADN.
PSI-BLAST es una herramienta que busca proteínas similares a una secuencia de interés,
mejorando la búsqueda con cada iteración para encontrar similitudes más distantes. PHI-BLAST,
por otro lado, busca secuencias que contienen un patrón específico en una región particular de la
proteína. DELTA-BLAST busca proteínas similares a una dada, pero utiliza bases de datos no
redundantes y estrategias adicionales para mejorar la sensibilidad de la búsqueda.
Figura 4. Resultados del BLASTp de la catalasa en Pongo pygmaeus.
Después de realizar un BLASTp para la catalasa en Pongo pygmaeus, se puede apreciar como se
encontró un 98% de similitud en la secuencia proteica, lo cual destacaría que la cercanía de
especies entre el orangután y el humano denota un mayor índice de similaridad genética.
Brenda
Para esta base de datos, la enzima catalasa se le conoce como pseudocatalasa,es clasificada como
una de las enzimas oxidoreductasas. El tipo de reacción catalizada es una oxido reducción este
tipo de reacción tiene la función de descomponer el peróxido de hidrógeno en oxígeno y agua
(BRENDA, 2023).
Otros nombres con los que se conozca la enzima - pseudocatalase , CAT, catalase-peroxidase,
caperasa.
1. El tipo de reacción que cataliza
a. Es una reacción oxido reducción, su función es la descomposición del peróxido de
hidrógeno en oxígeno y agua
2. Qué substratos usa y su naturaleza (menciona si son naturales o no)
a. Sustrato natural es el peróxido H2O2
3. ¿Utiliza cofactores, cuáles? ¿Saben si son indispensables para la reacción (sin ellos la
reacción no ocurre) o si su presencia estimula la reacción?
a. Grupo Hemo y Manganeso
4. ¿Su enzima se inhibe con algunas sustancias, cuáles?
a. Ácido acético, ascorbato, etanol, nitrito y nitroprusiato de sodio
5. Km y actividad especifica (con unidades) en el organismo que están reportando
a. Valor de Km 80 [mM] en Homo Sapiens
6. ¿A qué pH trabaja mejor la enzima conservando su actividad?
a. Rango 6.8 - 7.5 óptimo
7. ¿A que temperatura trabaja?
a. 0-37 °C
8. ¿Dónde se localiza en la célula?
a. Mitocondria y citoplasma
9. ¿Cuál es su peso molecular?
a. 60000 kDa
10. ¿Tiene alguna modificación post-traducción?
a. No hay reporte en la base de datos
11. ¿Cuáles son las condiciones para que esté estable? ¿Se inactiva a qué temperatura?
a. En condiciones estables solo muestra a qué temperatura es estable 65 °F
12. ¿Cómo es mejor almacenarla?
a. Almacenar a 2°C. Eritrocitos intactos o hemolizados concentrados, 6 días
13. ¿Qué aplicaciones le han dado hasta ahora?
a. Aplicación en diagnóstico: la actividad catalítica es mayor en personas que
padecen de carcinoma en células renales. Por lo que se podría usar como
marcador bioquímico para la detección de cáncer renal.
b. Medicamento: Se podría hacer el diseño y producción de una proteína
bifuncional, participando en la actividad de superóxido dismutasa y catalasa
mitocondrial con la adición de un péptido penetrante celular del VIH-1 Tat para
permitir la internalización celular.
c. Síntesis: Es con la finalidad de lograr la expresión y purificación a gran escala de
catalasa recombinante en Pichia pastoris
(BRENDA, 2023)
KEGG
La enzima Catalasa, tiene un esquema de clasificación numerica (EC) 1.11.1.6
Figura 4.Ruta
metabólica
deglioxilato y dicarboxilato
Ecuación
Reacción
(Kegg, 2023)
En esta reacción no se considera una reacción enzimática, si no de varios pasos para la aceleración de la
superóxido dismutasa y la catalasa.
Ecuación
Reacción
Ecuación
Reacción
(Kegg, 2023)
Vía reguladora de la longevidad - múltiples especies
Figura 6. Ruta metabólica Vía reguladora de la longevidad , se identifica la enzima catalasa con el nombre
de CAT color rojo parte superior derecha(Kegg, 2023)
Esclerosis lateral amiotrófica
Para cada una de las rutas metabólicas mencionadas, las reacciones participantes en la catalasa son tres
principalmente y son las que se mostraron con anterioridad.
Referencias
Andersson, K. K., Shine, H., & Dolphin, D. (1991). Mechanism of catalase action: Studies with
H2O2 and methylperoxide. Biochemistry, 30(24), 5690-5696. [DOI:
10.1021/bi00236a009]
BRENDA. (2023). Catalasa. Recuperado 27 de febrero de 2024, de
https://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.11.1.6&Suchword=&reference=&
UniProtAcc=&organism%5B%5D=Homo+sapiens&show_tm=0#MOLECULAR%20W
EIGHT
Glorieux C, Calderon PB. Catalase, a remarkable enzyme: targeting the oldest antioxidant
enzyme to find a new cancer treatment approach. Biol Chem. 2017 Sep
26;398(10):1095-1108. doi: 10.1515/hsz-2017-0131. PMID: 28384098. Recuperado de
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28384098/
Goth, L., Nagy, T., & Mandl, J. (2004). Catalase enzyme mutations and their association with
diseases. Molecular Diagnosis & Therapy, 8(3), 141-152. [DOI:
10.2165/00066982-200408030-00001]
Goyal, M. M., & Basak, A. (2010). Human catalase: looking for complete identity. Protein &
Shin, S.-K., Cho, H.-W., Song, S.-E., & Song, D.-K. (2018). Catalase and nonalcoholic fatty
https://doi.org/10.1007/s00424-018-2195-z
Anexos
GAGATCCACCTGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC
❖ La secuencia de nucleótidos de la CAGGCCTGGCCTATGTT
TCCTTTTTTTGCAAACACCAGATCCAGTAGCGTGGCACGTAAGGCCGAGGCGG
❖ La secuencia de aminoácidos en
formato fasta (la que usarían si la
fueran a sobre-expresar)
AACAGCAGATTTGCCTGCTGAGGGTGGAGACCCACGAGCCGAGGCCTCCTGC CTTCATATAACCTGTGGAACTGTCCCTACCGTGCTCGAGTGGCCAACTACCAGC
AGTGTTCTGCACAGCAA GTGACGGCCGATGTGCA
ACCGCACCGCTATGGCTGACAGCCGGGATCCCGCCAGCGACCAGATGCACACT TGCAGGACAATCAGGGTGGTGCTCCAAATTACTACCCCAACAGCTTTGGTGCT
GGAAGGAGGCAGCGGGCC CCGGAACAACAGCCTTC
GCGCAGAAAGCTGATGTCCTGACCACTGGAGCTGGTAACCCAGTAGGAGACA TGCCCTGGAGCACAGCATCCAATATTCTGGAGAAGTGCGGAGATTCAACACTG
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TAGGGCCCCGTGGGCCCCTTCTTGTTCAGGATGTGGTTTTCACTGATGAAATGG ACTCAGGTGGCGGGCATTCTATGTGAACGTGCTGAATGAGGAACAGAGGAAA
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GAGAATTCCTGAGAGAGTTGTGCATGCTAAAGGAGCAGGGCCTTTGGCTACTT CCGGCCACCTGAAGGATGCACAAATTTTCATCCAGAAGAAAGGCGGTCAAGA
TGAGGTCACACATGAC ACTTCACTGAGGTCCACCC
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TTTCCATCTTTTATCCACAGCCAAAAGAGAAATCCTCAGACACATCTGAAGGAT TGTGCAAATGCAAGCTAGTGGCTTCAAAATAGAGAATCCCACTTTCTATAGCA
CCCGGACATGGTCTGGG GATTGTGTAACAATTTT
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