Resumen de La Unidad III
Resumen de La Unidad III
Resumen de La Unidad III
Replicación del ADN: proceso en el que las • La ADN Polimerasa III polimeriza por
células crean una copia de su ADN para heredarla complementariedad de bases en sentido 5’-3’
a sus células hija. Se da en el núcleo o nucleoide a partir de los primers generando una cadena
durante la fase S del ciclo celular. continua y una discontinua, la cual posee los
fragmentos de Okazaki.
• Es semiconservativa, la cadena nueva tiene • Si ocurre algún error en la polimerización, la
una hebra de la madre y una de la hija. ADN Pol III lo corrige por su actividad
• Es simétrica, se replican ambas hebras. exonucleasa 3’-5’.
• Es fiel, se obtiene dos cadenas hijas idénticas • Los primers son eliminados por la ADN
a la cadena madre. Polimerasa I gracias a su actividad
• Es bidireccional, se da en ambos sentidos exonucleasa en ambos sentidos, cambiando el
(siempre se realiza en el sentido 5’-3’) ARN por ADN.
Iniciación: • La ADN ligasa se encarga de unir los
fragmentos de Okazaki a través de un enlace
• Se da en la Fase S del ciclo celular, cuando la fosfodiéster.
proteína DNAa reconoce el punto de origen • Una doble hélice se va con la célula hija y la
OriC, que es un sitio rico en Adenina y Timina. otra se queda con la célula madre.
(En eucariotas hay múltiples orígenes de
replicaciones). Terminación:
• La helicasa o DNAb se encarga de romper los • En el cromosoma circular procariota termina
puentes de hidrogeno entre nucleótidos cuando las horquillas de replicación se
(desnaturalizar) para separar ambas hebras y encuentran.
formar la burbuja de replicación en cuyos • En el ADN eucariota termina cuando llega a los
extremos están las horquillas de replicación. extremos del cromosoma lineal.
• La proteínas enlazadoras de hebra simple • En las células eucariotas se genera un
(SSB) se unen a cada hebra para mantenerlas acortamiento de los telómeros al pasar por
separadas. cada división mitótica.
• Asimismo, la topoisomerasa II o ADN • La telomerasa es una proteína con
girasa se une a la doble hélice para generar nucleótidos de ARN complementarios a una
un superenrollamiento negativo para evitar secuencia rica en GT en la cadena de ADN que
que el ADN se vuelva a enrollar. se encarga de alargar los telómeros añadiendo
Elongación: nucleótidos de ADN en la cadena molde. Esto
le permite a la ADN polimerasa alfa añadir
• La primasa añade los primers que son un primer y polimerizar nucleótidos para
fragmentos de ARN que dejan un extremo OH alargar la cadena nueva. Esta misma enzima
libre para que la ADN Pol III pueda polimerizar se encarga de quitar el primer y reemplazarlo
la cadena e iniciar la elongación. por ADN.
Enzima Función
Proteína DNAa reconoce el punto de origen OriC.
Helicasa o DNAb rompe los puentes de H entre nucleótidos para separar las hebras.
SSB se unen a las hebras para mantenerlas separadas.
Topoisomerasa II o genera un superenrollamiento negativo para evitar que la cadena se vuelva a
girasa enrollar.
Primasa sintetiza primers.
ADN pol I sintetiza la nueva cadena de nucleótidos a partir del grupo 3’ OH libre de los
primers.
ADN pol III elimina los primers y los sustituye por ADN.
ADN ligasa une los fragmentos de Okazaki por medio de enlaces fosfodiéster.
Transcripción del ADN: proceso en el que una • La desnaturalización de la doble hélice genera
secuencia de ADN de un gen es copiada y superenrollamientos que son desechos por las
expresada en ARN. Se da en el núcleo o en el topoisomerasas.
nucleoide y es regulado por factores de
transcripción. Elongación:
En procariotas: Los ARNm son policistronicos (un gen, En eucariotas: los ARNm son monocistronicos (un gen,
varias proteínas) y se regulan a través de operones. La una proteína) y la transcripción es positiva o negativa (no
transcripción es basal, es decir, que se mantiene la hay transcripción basal). No hay operones, sino que cada
transcripción aun cuando no este presente el inductor. gen tiene su propio promotor y la regulación puede ser
por epigenética o por factores de transcripción que se
Operón: es una unidad de regulación de varios genes. unen al ADN.
Cada operón consta de:
Tipos de Promotores:
• Promotor: secuencia especifica de ADN donde se
une la ARN polimerasa para iniciar la transcripción. • Basales: secuencias necesarias para que inicie la
• Genes estructurales: genes que producirán las transcripción definiendo su unto de inicio (-37 a -30)
proteínas de ese operón. • Proximales: secuencias complementarias a las
• Operador: secuencia especifica de ADN donde se basales que determinan la frecuencia de inicio de la
une la proteína represora. transcripción (-200 a -30)
• Región reguladora cis: secuencia que codifica la • Distales: secuencias ubicadas corriente arriba lejos
síntesis de la proteína represora. del punto de inicio que aumentan o disminuyen la
• Represor: proteína que se une al operar e impide la velocidad de transcripción por la formación de un
catálisis de la ARN polimerasa. bucle. Pueden ser: intensificadoras (enhancers) o
• Correpresor: proteína que se une al represor y represoras (inhibidoras).
aumenta su afinidad por el operador. Factores de transcripción:
• Región activadora: secuencia específica del ADN
donde se une la proteína activadora. • Generales: son proteínas que unidas a los
promotores basales forman un complejo con la ARN
polimerasa II para mediar el inicio de la • Inhibición de nucleasas: se inhiben las exonucleasas
transcripción. y endonucleasas para que no degraden el ADN.
• Proximales: son proteínas que unidas a los • Separación de proteínas y ácidos nucleicos: se
promotores proximales aumentan la eficiencia agrega un solvente orgánico para eliminar la mayor
de formación del complejo de iniciación de la
cantidad de proteínas de la muestra.
transcripción.
• Distales: son proteínas que unidas a los • Concentración del ADN: se hace por medio de la
promotores distales forman un bucle para precipitación por salado para que las proteínas
unirse a la ARN polimerasa II para aumentar o aumenten su solubilidad por los disolventes y luego
disminuir la trascripción. la disminuyan.
• Extracción con solventes orgánicos: se utiliza
Epigenética: estudio de los cambios heredables
isopropanol al 100% para precipitar y extraer el ADN.
en el ADN que alteran la expresión genética sin
alterar la secuencia de bases. PCR: método de biología molecular que amplifica una
• Metilación del ADN: se da por acción de la secuencia de ADN blanco para su estudio. Para su
ADN metil-transferasas en regiones ricas en realización se requiere:
Citosina y Guanina y ayuda a silenciar el gen
para que no se transcriba. • Un Termociclador
• Modificación de las Histonas: • ADN molde
o Fosforilación: se da por la acción • Primers o cebadores
de quinasas que fosforilan las histonas en • dNTPs (desoxirribonucleótidos trifosfato)
residuos de Serina y Treonina y ayuda a la • Mg++ (cofactor)
activación de la transcripción. • Solución buffer
o Metilación: se da por la acción de
la Histona metil-transferasas metilando
• ADN polimerasa termoestable (Taq polimerasa)
los aminoácidos Lisina y Arginina en las Pasos de la PCR:
histonas. Se asocia mayormente a la
disminución de la transcripción. • Desnaturalización del ADN: el termociclador eleva la
o Acetilación: se da por la acción de temperatura a 95º C para romper los puentes de H
la Histona acetiltransferasa que une entre nucleótidos.
grupos acetilo a residuos de Lisina y
• Hibridación: la temperatura baja a 50º y los primers
Arginina en las histonas cargándolas
negativamente, repeliendo así el ADN y
se unen complementariamente a las cadenas de ADN
generando eucromatina lo que produce un madre.
efecto de activación de la transcripción. • Elongación: la Taq polimerasa con el Mg++ actúa
o Desacetilación: se da por la colocando desoxirribonucleótidos al extremo 3’.OH
hidrolisis del grupo acetilo en los residuos libre de los primers a una temperatura de 75º aprox.
de Lisina y Arginina de las histonas
catalizado por las histonas RT-qPCR:
desacetilasas, causando la condensación
de la cromatina reprimiendo así la
Secuenciación del ADN: método que determina el orden
transcripción. de los nucleótidos en una cadena de ADN. Se utilizan
o Ubiquitinación: se da por la didesoxirribonucleotidos trifosfato (ddNTPs) para evitar
adición de las proteínas Ubiquitina a las la elongación de la cadena y se requiere el
histonas y dependiendo de la histona que procesamiento de la muestra primero en el secuenciador
sea puede tener efecto represor o y luego en electroforesis en gel capilar.
activador.
• Desnaturalización del ADN: se rompen los puentes
Métodos de Investigación Genética de H entre nucleótidos.
Extracción del ADN: • Se agregan los cebadores, las ADN polimerasa
termoestable, los desoxirribonucleótidos trifosfato y
• Obtención de la muestra: sangre, cabello, saliva, los cuatro didesoxirribonucleotidos trifosfato con
biopsia, etc. fluorescencia distinta en 4 tubos distintos.
• Lisis celular: rompimiento de la membrana celular • Hibridación: el primer se une complementariamente
con alcálisis o detergentes para extraer las organelas. a la cadena que se quiere secuenciar dándole el
• Lisis nuclear: rompimiento de la membrana nuclear extremo 3’-OH libre a la ADN polimerasa.
para permitir la salida de los ácidos nucleicos.
• Elongación: la ADN polimerasa elonga la cadena mecanismos enzimáticos y hormonales. El metabolismo
hasta colocar los ddNTPs que no tienen extremo 3’- puede ser:
OH libre.
• Catabolismo: reacciones químicas que degradan
• Electroforesis en gel capilar: se separan los
moléculas, produciendo moléculas simples a partir
fragmentos por tamaño quedando las bandas
de moléculas complejas y energía debido al
consecutivas separadas por la diferencia en un solo
rompimiento de enlaces o la oxidación de las
nucleótidos. El orden de la fluorescencias indica el
moléculas. (crea energía)
orden de la secuencia de nucleótidos de la cadena.
• Anabolismo: reacciones químicas que sintetizan
* Secuencia Palindrómica: que se pueden leer igual de moléculas, produciendo moléculas complejas a
derecha a izquierda y viceversa. partir de moléculas simples y requiere de energía
para llevar a cabo la síntesis. (usa energía)
Enzimas de Restricción: son endonucleasas que cortan
las hebras de ADN en las secuencias palindrómicas. Se Regulación del metabolismo
obtienen a partir de bacterias y son usas para estudios
científicos. Estas pueden originar extremos romos o • Inhibición por producto o por disponibilidad de
pegajosos. Estas enzimas generan fragmentos pequeños sustrato: las enzimas pueden inhibirse por la
de ADN que son manejables para ser estudiados. Las acumulación de su producto o el producto de otra
mutaciones generan un sitio de corte para las enzimas de reacción en la vía metabólica, así como por la
restricción y por ello se pueden utilizar para el ausencia de sustrato.
diagnostico de enfermedades genéticas, como también • Isoenzimas: enzimas que catalizan la misma
puede ser al revés, la mutación elimina el sitio de corte reacción, pero tienen una estructura diferente. Se
cuando lo normal es que la enzima corte ahí. pueden encontrar en distintas organelas, usar
distintos cofactores y diferir en sus propiedades
Alelos: son las versiones en las que se puede presentar cinéticas y regulatorias.
un gen. Para cada gen se heredan dos alelos (madre y • Modificación Covalente Reversible: las enzimas
padre). El locus para el gen es el mismo en ambos sufren rupturas o formación de enlaces de forma
cromosomas, lo que puede cambiar el alelo. transitoria y reversible
(fosforilación/desfosforilación).
Locus: ubicación de un gen en el cromosoma. Ej: 22p22.1
• Modificación Covalente Irreversible: las enzimas
significa: cromosoma 22, brazo corto, región 2, banda 2,
sufren proteólisis parcial altamente selectiva para
sub-banda 1.
quedar activa, y luego de cumplir su función se
Polimorfismo: son múltiples alelos de un gen que se degrada.
originan por mutaciones puntuales y que se presentan en • Modificación No Covalente (Alosterismo): estas
gran parte de la población. Pueden estar relacionados enzimas tienen sitios reguladores donde se unen
con predisposición a presentar una patología o pueden moduladores alostéricos positivos o negativos. Los
ser totalmente normales. Pueden ser: MAP aumentan la afinidad de la enzima por el
sustrato (curva hacia la izquierda) y los MAN la
• Polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) disminuyen (curva hacia la derecha).
• Polimorfismo en la longitud del fragmento de • Control de la cantidad de enzima: el gen que codifica
restricción (RFLP): eliminan sitios de restricción o para la enzima se puede activar, aumentado su
pueden generarlos. síntesis, o reprimir, disminuyendo su síntesis.
• Polimorfismo en el número de repeticiones en • Complejos Multienzimáticos: enzimas con múltiples
tándem (VNTR). subunidades unidas por enlaces no covalentes que
INTRODUCCION AL METABOLISMO Y BIOENERGETICA catalizan reacciones secuenciales.
La energía libre de Gibbs puede predecir la direccionalidad de la reacción, pero no la velocidad, así como
permite saber la cantidad de trabajo que la reacción puede llevar a cabo a presión y temperatura constante.
Las reacciones con G positivo no están favorecidas, por lo tanto, no se dan de forma espontanea y requieren
de energía acoplándose a una reacción con G negativo.
Acoplamiento de Reacciones: en los sistemas equivalente a TTP, CTP, GTP, UTP, pues lo único
biológicos las reacciones se encuentran que cambia es la base nitrogenada. La síntesis de
interconectadas formando una red. En un sistema ATP puede ser por:
acoplado una de las reacciones puede tener un G
positivo pero la siguiente reacción debe tener un • Fosforilación a nivel de sustrato: síntesis
G negativo mayor para que el G global sea del ATP acoplada paralelamente a una reacción
negativo. En muchos casos la reacción exergónica fuertemente exergónica.
es la hidrolisis de ATP. • Fosforilación Oxidativa/Oxidoreducción:
reacción en el que un elemento pierde
ATP como moneda energética de la célula: su electrones (se oxida) y otro los gana (se
hidrolisis es altamente favorable porque tiene un reduce).
G muy negativo (-30 kJ/mol). Es una molécula
inestable debido a la repulsión de los grupos Tipos de intercambio de electrones:
fosfato y se libera la tensión al romper el enlace • Transferencia de átomos de H: los
fosfoanhídrido. El [ATP/ADP] refleja el nivel electrones se transfieren como un átomo de H
energético de la célula. Es energéticamente (1 e- y 1 p+). La coenzima FAD+/FADH2
(forma oxidada/forma reducida) es la que se • Subunidades regulatorias:
encarga de este proceso. Su precursor es la o Quinasa
riboflavina (vitamina B2), es hidrofílica, o Fosfatasa
participa en reacciones de oxidorreducción
como aceptor o donador de electrones y Es una reacción de descarboxilación oxidativa:
transporta 2 electrones. El [FAD+/FADH2] el piruvato se oxida para formar acetil-CoA y el
refleja el nivel de moléculas oxidadas y NAD+ capta los electrones para reducirse a NADH.
reducidas. Piruvato + coenzima A + NAD+ → Acetil-CoA +
• Transferencia de iones hidruro (H-): los CO2 + NADH + H+
electrones se transfieren como un ion H- (2 e-
y 1p+). La coenzima NAD+/NADH (forma Regulación del Complejo Piruvato
oxidada/forma reducida) es la que se encarga Deshidrogenasa:
de este proceso. Su precursor es la niacina
(vitamina B3), es hidrofílica, participa en • Fosforilación/desfosforilación: ejercida
reacciones de oxidorreducción como aceptor o por las quinasa y fosfatasa que
donador de electrones y transporta 2 fosforilan/desfosforilan la subunidad E1. El
electrones. El [NAD+/NADH] refleja el nivel de estado activo de la enzima (desfosforilada)
moléculas oxidadas y reducidas. determina la oxidación del piruvato a acetil-
CoA. La fosforilación es estimulada por
Complejo Piruvato Deshidrogenasa: complejo aumento de ATP, NADH y acetil CoA; la
enzimático que está en la matriz mitocondrial y desfosforilación es estimulada por aumento de
que se encarga de convertir el piruvato en acetil- ADP, Ca++ y piruvato.
CoA. Utiliza 5 coenzimas e interconecta rutas • Inhibición por Producto/Disponibilidad
metabólicas con el ciclo de Krebs. Está compuesta de Sustrato: ejercida por los cocientes acetil-
por: CoA/CoA-SH y NADH/NAD+. A un aumento de
piruvato o NAD+ estimulan la descarboxilación
• Subunidades catalíticas: oxidativa del piruvato; por otro lado, a un
o Piruvato Deshidrogenasa (E1) aumento de acetil-CoA o NADH se inhibe la
o Dihidrolipoil trasacetilasa (E2) descarboxilación oxidativa del piruvato.
o Dihidrolipoil deshidrogenasa (E3)
CICLO DE KREBS: es una ruta anfibólica e intermediaria que forma parte de la respiración celular, se da
en la matriz mitocondrial y tiene una estrecha relación con la cadena respiratoria (genera NADH y FADH2
que se reoxidan en la CTe para producir ATP).
• Complejo I (NADH Deshidrogenasa): contiene FMN y un centro de Fe-S que ayuda a la transferencia
de electrones. Aquí se oxida el NADH proveniente del CK, glicolisis, etc. Este cede los electrones a la
coenzima Q y bombea 4 H+ al espacio intermembrana.
• Complejo II (Succinato Deshidrogenasa): contiene un centro Fe-S que ayuda a la transferencia de
electrones. Aquí se oxida el FADH2 proveniente del CK y la betaoxidación de ácidos grasos. Este cede
los electrones a la coenzima Q, no bombea H+ y es la misma enzima que participa en el ciclo de Krebs.
• Coenzima Q (CoQ): es lipofílica y se mueve en la membrana, acepta 2 electrones secuenciales y los
transfiere del complejo I y II al complejo III.
• Complejo III (complejo B-C1): formado por dos citocromos y un centro de Fe-S que acepta los
protones de la CoQ y los transfiere al citocromo C, además bombea 4 H+ al espacio intermembrana.
• Citocromo C: se mueve por la membrana y acepta los electrones del complejo II y los transfiere al
Citocromo C oxidasa.
• Complejo IV (citocromo C oxidasa): contiene varios centros de Cu y citocromos que aceptan los
electrones provenientes del citocromo C y reduce el O2. Por cada 2H+ y 2e- reduce ½ mol de O2 y
genera 1 mol de H2O, además bombea 2 H+ al espacio intermembrana.
• ATP sintasa (FoF1): consta de las subunidades F1 y Fo. Fo es un canal para los H+ que regresan desde
el espacio intermembrana hacia la matriz mitocondrial. Gracias a la fuerza protón motriz las subunidades
alfa-beta de la subunidad F1 rotan y sintetizan ATP a partir de ADP + Pi.
• ATP/ADP Translocasa: transporta el ADP del espacio intermembrana a la matriz y el ATP de la matriz
al espacio intermembrana por medio de un transporte activo secundario pues utiliza energía del potencia
de membrana o del potencial electroquímico.
Rendimiento Energético:
NADH = 10 protones bombeados al EIM. 4H+ equivalen a 1 ATP, entonces 10H+ equivalen a 2.5 ATP.
FADH2 = 6 protones bombeados al EIM. 4H+ equivalen 1 ATP, entonces 6H+ equivalen a 1.5 ATP.
Balance Nitrogenado: diferencia entre el nitrógeno ingerido (proteínas) y el nitrógeno excretado (ureas,
heces y sudor). Es un reflejo del Balance de proteínas ya que la mayor cantidad de N esta presente en ellas.