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Tema 3

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TEMA 3

GENETICA DE POBLACIONES
APAREAMIENTOS ENTRE INDIVIDUOS
EMPARENTADOS

1. Coeficientes de consanguinidad y de parentesco.

La consanguinidad aparece cuando los individuos apareantes están entre sí más


próximamente emparentados que cuando se eligen al azar. Los individuos emparentados
se caracterizan por tener uno o más antecesores comunes, de tal manera que la
importancia de la consanguinidad de un individuo está en relación con la cuantía de la
ascendencia compartida por sus padres. Expresado de otro modo, el grado de
consanguinidad de un individuo está determinado por la proporción de genes que sus
padres tienen en común.

Una consecuencia inmediata de esta comunidad de genes parentales es que el


individuo consanguíneo tenderá a recibir con mayor frecuencia un mismo gen de ambos
padres, lo cual incrementará su probabilidad de homocigosis. Por ello un efecto
observable de la consanguinidad es que los genes recesivos, frecuentemente ocultos en
los heterocigotos, tenderán a expresarse más frecuentemente. Ya que en algunos casos
estos genes son desfavorables e incluso responsables de enfermedades y anomalías de
desarrollo, es por lo que la consanguinidad conduce a una disminución en el tamaño,
fertilidad, vigor, rendimiento y aptitud reproductiva de las poblaciones. Probablemente,
también hay loci segregantes en las poblaciones en que el heterocigoto está más
adaptado que cualquiera de los dos homocigotos y en este caso la consanguinidad
también conduce a una aptitud reproductiva disminuida.

Otra consecuencia de los apareamientos consanguíneos dentro de una población


es la de aumentar la variabilidad genética, ya que genes similares tienden a concentrarse
en los mismos individuos.

La consanguinidad puede aparecer de dos formas. Una es planteando


directamente los apareamientos entre individuos emparentados. Otra es subdividiendo la
población en subpoblaciones de tamaño finito y planteando los apareamientos al azar
dentro de estas subpoblaciones. Debido al tamaño finito de ellas con el transcurso de las
generaciones los apareamientos entre parientes tendrían una probabilidad no nula y por
tanto se generaría consanguinidad. En este último caso el efecto sería que cada
subpoblación se hace cada vez más homocigota para genes distintos y la población
como un todo, como conjunto de todas las subpoblaciones se hace más variable.

Un punto que a primera vista parece paradójico es que dentro de una


subpoblación hay un incremento de la homocigosidad a pesar de que dentro de cada una
de ellas los apareamientos son al azar. La razón, como discutiremos más adelante, es
que se producen cambios aleatorios en las frecuencias de los genes individuales, lo que
supone, en promedio, una disminución de la heterocigosidad. A través de un ejemplo
extremo, como es el caso de subpoblaciones de un único individuo, en las que la
reproducción tiene que ser por autofecundación, puede visualizarse que los
descendientes de individuos homocigotos son siempre homocigotos y el descendiente

18
de un individuo heterocigoto, puede ser de los tres tipos, en cuyo caso en estas
subpoblaciones la frecuencia génica que era 0.5 o se mantiene o pasa a los valores
extremos de 0 o 1.

Tanto la consanguinidad conduzca a subdivisión o no de la población su medida


se hace a través del coeficiente de consanguinidad F definido por Wright y que mide,
como veremos la proporción de disminución de la heterocigosidad.

La deducción original de Wright fué a través del análisis de correlación de los


gametos que se unen para formar los cigotos. Alternativamente, Malécot desarrolló un
método alternativo que únicamente utiliza principios de probabilidad.

En esta metodología se distinguen dos modos en los que un individuo puede ser
homocigoto para un gen. Se distingue cuando los dos genes homólogos son,

 idénticos en estado, es decir , indistinguibles por cualquier efecto que


ellos producen, pues tienen la misma secuencia de nucleótidos, e
 idénticos por descendencia, cuando ambos provienen de la
replicación del mismo gen de un antecesor común.

Se llama autocigoto al individuo cuyos dos genes homólogos son


idénticos por descendencia y alocigoto cuando su origen es independiente, en
cuanto a la información de la genalogía conocida pueda deducirse.

Basado en los anteriores conceptos, se define el coeficiente de


consanguinidad F de un individuo, como la probabilidad de ser autocigoto en
un locus cualquiera, que como hemos visto es la probabilidad de que un par de
alelos , en los gametos que se unen para dar el individuo, sean idénticos por
descendencia.

Similarmente definimos el coeficiente de parentesco r ij entre dos


individuos i y j , como la probabilidad de que los genes homólogos, extraídos al
azar, uno de cada uno de los dos individuos sean idénticos por descendencia.
Es evidente que dicho coeficiente es igual al de consanguinidad de los
eventuales descendientes de dichos individuos. Es decir , el coeficiente de
consanguinidad de un individuo es igual al de parentesco de sus padres.

2. Cálculo de la consanguinidad

Conocida la genealogía de un individuo es posible calcular su


coeficiente de consanguinidad. Para ello es necesario conocer las expresiones
para el cálculo del coeficiente de parentesco de un individuo consigo mismo y
de un individuo con otro descendiente de otros dos.

Si llamamos X a un individuo y denominamos (a, b) a la pareja de genes


homólogos que este individuo tiene en un locus cualquiera, procedente uno del
gameto paterno por ejemplo el a, y el otro del gameto materno, podemos
escribir

rXX=0.25(P(a=a)+P(a=b)+P(b=a)+P(b=b))=0.5(1+F X)

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En las expresiones anteriores, P(b=a) significa la probabilidad de que el
gen b y el a sean idénticos por descendencia.

La otra expresión de interés es la del coeficiente de parentesco entre un


individuo X con genes (a, b) y un individuo Y, no ascendiente de X, y que es
descendiente de los individuos M, con genes (m, n) y N con genes (r, s). En
este caso los genes que puede recibir el individuo y son el m o el n de su
genitor M y el r o el s de su genitor N, de tal manera que podemos expresar
las distintas posibilidades de su constitución genética del siguiente modo,

 1  m 1  r
Y    
 2 n  2  s  

y por tanto,

1
R XY  (P(a  m)  P(a  n )  P( b  m)  P(b  n ) 
8
1
P(a  r )  P(a s)  P(b  r )  P(b s))  (rXM  rXN )
2

Es patente que la anterior demostración no es correcta si Y es un


ascendiente directo de X , pues en este caso la identidad de genes por
descendencia entre X e Y es exclusivamente a través de los genes concretos
que el individuo Y recibe de sus antecesores y no de los que pudiera haber
recibido. Si aplicásemos esta fórmula, por ejemplo cuando Y es padre de X,
estaríamos convirtiendo Y en tío de X.

Vamos a poner un ejemplo sencillo del uso de las fórmulas anteriores.


Para ello vamos a convenir el definir una genealogía como una matriz de tres
columnas en que la primera fila representa individuos y la segunda y tercera
filas, madres y padres d los individuos de la primera fila y misma columna. Así,

CDX
AEC
BBD

nos indica que el individuo X tiene como madre a C y como padre a D; que D
tiene como madre a E y como padre a B y que A y B son la madre y el padre
de C. Asumiremos que la consanguinidad de los individuos que no figuran en
la primera fila y el parentesco entre estos mismos individuos es cero.

Si queremos calcular FX lo podremos hacer del siguiente modo,

FX=rCD=0.5(rCE+rCB)=0.5(0.5(rAE +rBE)+0.5(rAB +rBB))=


0.5(0.5(0+0)+0.5(0+rBB))=0.25rBB

Como, rBB=0.5(1+FB)=0.5
rXY=0.25x0.5=0.125

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que es el parentesco entre medios hermanos cuyo padre común no es
consanguíneo. Del mismo modo podríamos ver que el parentesco entre dos
hermanos es 0.25, igual que entre un hijo y un padre.

En las fórmulas anteriores están basados los programas de ordenador


para calcular coeficientes de consanguinidad o parentesco.

3. Las frecuencias genotípicas en una población consanguínea.

Vamos a calcular las frecuencias genotípicas en un gen A con alelos


múltiples en una población con coeficiente de consanguinidad F.

En esta población, por definición del coeficiente de consanguinidad


habrá una probabilidad F de que un individuo sea autocigoto y en
consecuencia no podrá ser heterocigoto, sino homocigoto de uno de los tipos
posibles con probabilidad igual a la frecuencia génica correspondiente. Si no
es autocigoto, el individuo será alocigoto, lo que tendrá una probabilidad 1-F.
En esta situación los individuos podrán ser homocigotos o heterocigotos, con
las frecuencias determinadas por la ley de Hardy-Weinberg ya que al ser
alocigotos sus dos genes son independientes.

Poniendo lo anterior en forma algebraica tenemos,

 Individuos autocigotos, probabilidad F


AiAi probabilidad pi
AiAj probabilidad cero
 Individuos alocigotos, probabilidad 1-F
AiAi probabilidad pi2
AiAj probabilidad 2pipj

En definitiva las frecuencias de los genotipos sean autocogotos o


alocogotos, serán,

 AiAi pi2 (1  F)  pi F  pi2  pi (1  pi )F


 AiAj 2pi p j (1  F)

que muestran claramente el incremento de la homocigosidad y la


correspondiente disminución de heterocigosidad originado por la
consanguinidad.

También se observa que si F=0 las frecuencias son las de la ley de


Hardy -Weinberg y si F=1 la población es completamente homocigota, con
probabilidad de cada homocigoto, igual a la frecuencia génica correspondiente.
Si llamamos H0 a la frecuencia de heterocogotos en la población cuando los
apareamientos son al azar (F=0), y H F a la misma frecuencia en la población
consanguínea,

21
n n
H 0   2p i p j   p i p j
i j i j
n
H F   pi p j (1  F)  H 0 (1  F)
i j

H0  HF
F
H0

La última expresión muestra claramente como F es una medida de la


pérdida de heterocigosidad. A la fracción de heterocigosidad que se mantiene
se le llama P o coeficiente de panmixia.

4. La consanguinidad en poblaciones con apareamientos


recurrentes entre parientes.

Aquí vamos a dar dos ejemplos sencillos sobre el modo de obtener


ecuaciones para el cálculo de la consanguinidad a lo largo de las generaciones
en poblaciones con apareamientos recurrentes entre parientes. Los dos casos
que vamos a ver es aquél en que un individuo se aparea con él mismo, es
decir la autofecundación , y el caso de apareamientos entre hermanos.

4.1. Autofecundación

Llamaremos Ft a la consanguinidad en la generación t de una población


infinita, subdividida en infinitas subpoblaciones de tamaño 1, dentro de las
cuales se realiza la reproducción, que por tanto debe ser autofecundación.

Apoyándonos en la expresión de que el coeficiente de consanguinidad


de un individuo es el de parentesco de sus padres, podemos escribir,

Ft=0.5(1+Ft-1 )

Esta ecuación nos permite calcular la consanguinidad en una


generación conociendo la de la precedente, pero sería preferible disponer de
una expresión que permitiese hacerlo en función de F 0 y de t. Para ello vamos
a hacer un cambio de variable de F a P, que nos permite obtener una ecuación
de recurrencia sin término independiente, lo que facilita nuestro objetivo. Así,

Pt=(1-Ft)=0.5(1-Ft-1)=0.5Pt-1=0.52Pt-2=o.5tP0=0.5t (1-F0)

Vemos que la consecuencia de la autofecundación es reducir el


coeficiente de panmixia al 50% por generación y equivalentemente la
heterocigosidad.

4.2. Apareamientos entre hermanos

En la gráfica que sigue se muestra como son este tipo de


apareamientos en el curso de las generaciones. En este caso es como si una

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población infinita se hubiese dividido en un número infinito de subpoblaciones
de tamaño dos dentro de las cuales se realiza la reproducción evitando al
máximo el parentesco entre los apareantes. En este caso, se impide la
autofecundación y se permite el apareamiento entre hermanos.

Generación
t-2

t-1

En este sistema de apareamientos, dos genes en diferentes individuos


de la generación t proceden,

 del mismo individuo de la generación t-1 con probabilidad 0.5, siendo


la probabilidad de identidad por descendencia de ellos 0.5(1+F t-1 ), es
decir el coeficiente de parentesco de un individuo consigo mismo en
la generación t-1, o
 de diferentes individuos, en cuyo caso la probabilidad de identidad
por descendencia es rt-1 , coeficiente de parentesco entre dos
individuos de la misma subpoblación en la generación t-1

Formulando lo anterior, tenemos,

1 1
rt  (1  Ft  1 )  rt  1
4 2
Ft  rt  1

sustituyendo los coeficientes de parentesco por los de consanguinidad,


obtenemos la ecuación de recurrencia para la consanguinidad.

1 1 1
Ft  Ft  1  Ft  2 
2 4 4

ecuación que nos permite calcular el coeficiente de consanguinidad en una


generación en función de las dos generaciones precedentes. Para obtener una
solución en función de las condiciones iniciales, vamos a proceder como en el
caso anterior, haciendo el cambio de variable de F a P. Así,

Pt=0.5Pt-1 +0.25Pt-2

Esta ecuación tiene una solución general del tipo

Pt at1  bt2

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siendo 1 y  2 soluciones de la ecuación de segundo grado derivada de la
ecuación de recurrencia que no tiene término independiente, es decir de la
ecuación que relaciona los coeficientes de panmixia. La ecuación se forma
haciendo corresponder los coeficientes de las potencias de  con los
coeficientes de las generaciones sucesivas de P. Así,

2  0.5  0.25 0

cuyas soluciones son: 1 0.809 y  2   0.309

Los valores de a y b se calculan de acuerdo con las condiciones


iniciales, es decir de acuerdo con los valores de P 0 y P1 . Si al principio los dos
individuos con los que la subpoblación inicia los apareamientos ni son
parientes , ni son consanguíneos,

P0 =P1 =1

luego aplicando la ecuación general a estos casos tendremos,

1 a  b
1  0.809a  0.309b

que tiene como soluciones: a=1.171 b=-0.171

Por tanto la ecuación general será,

Pt 1.171(o.809) t  0.171(  0.309) t 1.171(0.809) t

La aproximación es válida para valores elevados de t puesto que al ser


1  1   2  0 , t2 se hace despreciable frente a t1 conforme t aumenta. Esto
significa que la evolución de P a largo plazo viene determinada por 1 que nos
indica aproximadamente como cambia la heterocigosidad de generación en
generación. Conforme mayor sea el 1 de un sistema regular de
apareamientos más se mantendrá la heterocigosidad de generación en
generación. Si comparamos la autofecundación, con los apareamientos entre
hermanos completos, el 1 de la autofecundación es 0.5, mientras que en el
caso de los hermanos completos hemos visto que 1 es 0.809. Si las
subpoblaciones tuviesen cuatro individuos en lugar de dos, el sistema regular
de apareamientos que intentaría evitar al máximo el parentesco sería el que
solo permitiese apareamientos entre dobles primos hermanos. El esquema de
apareamientos sería,

Generación

24
t-2

t-1

En este caso se puede demostrar que la ecuación homogénea de recurrencia


es,

Pt=0.5Pt-1 +0.25Pt-2 + 0.125Pt-2

y el correspondiente 1 =0.9196, expresando claramente que en este sistema


se pierde más lentamente la heterocigosidad que en los dos anteriores ya
comentados.

Estos sistemas minimizan la velocidad de aproximación a la


homocigosidad en las generaciones iniciales, pero sorprendentemente hay
otros sistemas de apareamiento que finalmente lo hacen todavía a una
velocidad menor. Son los apareamientos circulares o de medios hermanos,
que en el caso de cuatro individuos esquemáticamente sería así,

Generación

t-2

t-1

En este esquema 1 =0.9273 mayor que para el caso de primos


hermanos dobles. Aquí el principio general es que los sistemas regulares que
inicialmente producen consanguinidades mayores, a la larga disminuyen más
lentamente la heterocigosidad siempre que ello no signifique la subdivisión de
la subpoblación en líneas aisladas. Contrariamente, un sistema que evita el
apareamiento entre parientes, en cuanto es posible, lo hace a expensas de
una aproximación final más rápida a la homocigosdad. Por tanto el mejorador
podría elegir un sistema distinto de apareamientos en función de que su
interés radicase en el aumento de la consanguinidad a corto o a largo plazo.

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