Résumé du cours de Microbiologie Générale-L2- Agronomie & Ecologie et environnement- Mr. SADRATI N.

I.1. Définition de la microbiologie

La microbiologie est une science fondamentale qui étudie la structure, la physiologie et l’écologie
des microorganismes. Le terme (microbe) englobe tous les organismes vivants, de petites dimensions
nécessitant le microscope pour les observer. Il comprend les : Champignons (moisissures et levures),
algues unicellulaires, protozoaires, bactéries et virus.

I.2. Place des micro-organismes dans le monde vivant

Après la découverte des microorganismes, les scientifiques ont essayé de les classer parmi les
êtres vivants.
Avec le développement des techniques de biologie moléculaire. Woese CR en 1978 a proposé
une classification plus précise basée sur un critère objectif et phylogénétique, il est arrivé à diviser
les organismes vivants en trois domaines. Le domaine des Bactéries ou (Eubacteria) qui se
caractérisent par la présence d’une paroi cellulaire avec du peptidoglycane, le domaine des
Archéobactéries (Archaea) dont la paroi est distincte et différente de celle des eubactéries. Le
domaine des Eucaryotes qui regroupe les animaux, les plantes, les mycètes (moisissures et levures)
et les protistes.

II. La cellule bactérienne

II.1. Morphologie bactérienne
Les bactéries sont des êtres unicellulaires de petite taille, qui possèdent les éléments essentiels
à la vie cellulaire, leur longueur varie de 2 à 5 µm et leur diamètre de 0,5 à 1 µm. Elles ne sont donc
visibles qu'au microscope optique (×103) ou au microscope électronique (×106). Certaines bactéries
sont très longues : (longueur = 100 µm, diamètre = 1 à 2 µm) et les plus petites bactéries =
mycoplasmes (0,1 à 0,3 µm). Le poids d’une bactérie est d’environ 10-12g.
Elles ont une grande variété de tailles, formes, et arrangements ou agrégations cellulaires. Les
cellules bactériennes peuvent rester ensemble après la division pour former des paires, des chaînettes
ou des groupes de différentes tailles et formes.
✓ Formes arrondies ou sphériques (coques) : isolées, Amas=grappe (Staphylocoques),
Chaînette (staphylococcus aureus), Diplocoque (Streptococcus pneumoniae), Tétrades : 4
coques en un groupe carré (Sarcina ventriculi).
✓ Formes intermédiaires ou coccobacilles : (Haemophilus influenzae)
✓ Formes allongées en forme de bâtonnet ou bacilles : Avec des extrémités carrées (Bacillus
anthracis, Escherichia coli), extrémités effilées (Fusobacterium) ou Incurvées : (Vibrio
cholerae), elles peuvent être isolés, diplobacilles ou en chaînette streptobacilles.
✓ Pléiomorphes : Organismes qui changent de forme (Corynebacterium diphtheriae)
✓ Formes spiralées : Spirochètes (Treponema palidum), Spirillium (Spirillum volutans)
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✓ Forme mycélienne : Réseau de longs filaments multinucléés ramifiés ou non comme certaines
espèces d’Actinomycètes (Streptomyces albus) et cyanobactéries (Oscillatoria limosa).

Figure 01 : Les différentes formes et arrangements des bactéries

II.2. Techniques d’observation de la cellule bactérienne

Compte tenu de leur taille (de l'ordre du micron), elles seront visualisées par le microscope.
La présence de bactéries est habituellement recherchée avec un microscope optique sans coloration
(état frais) pour examiner la mobilité, ou après coloration pour la mise en évidence de la présence de
la capsule (coloration à l’encre de Chine), la présence des endospores (coloration au vert de
malachite), la distinction entre les bactéries à Gram positif et négatif (coloration de Gram),
l'identification des mycobactéries (coloration de Ziehl-Neelsen), détermination de la forme
(coloration simple au bleu de méthylène) ou la présence d’autres structures comme les cils et les
flagelles (voir TP2).
Le microscope optique à fond noir est utilisé pour observer des organismes vivants non
colorés difficilement observables au microscope optique classique.
Le microscope optique à fluorescence : Cette technique est la même qu’un microscope
optique, sauf que la lumière utilisée n’est pas blanche, mais peut-être (ultra-violette, violette ou
bleue), elle permet d’obtenir une image de l’objet résultante de la lumière fluorescente émise par
l’échantillon.
Pour observer des structures très petite de l’ordre de 5 nm à 10 nm, on utilise la microscopie
électronique.

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II.3. Structure et anatomie de la cellule bactérienne
II.3.1. Les éléments essentiels (constants) : Ils existent chez toutes les espèces bactériennes. Les
principales structures sont la paroi cellulaire et la membrane cytoplasmique, le cytoplasme avec
les inclusions et le chromosome bactérien correspondant au noyau des eucaryotes.

A. La paroi bactérienne : C’est une enveloppe rigide essentielle à la bactérie. Sa structure diffère
selon les groupes bactériens (Gram positif ou Gram négatif) (voir TP2, coloration de Gram). Le
peptidoglycane est le constituant principal de la paroi, c’est un polymère complexe formé de 3
éléments différents : les osamines formées de chaînons N-Acétyl Glucosamine - Acide N-Acétyl
Muramique, Les chaînes peptidiques latérales sont formées au minimum de quatre aminoacides (par
exemple L-Alanine - D-Glycine - L-Lysine - D-Alanine) qui sont toujours fixées sur l'acide
muramique et les chaîne peptidique (chaîne interpeptidique).

Tableau 01 : Principaux constituants chimiques de la paroi chez les bactéries à Gram+ et à Gram-
Paroi des bactéries à Gram (+) Paroi des bactéries à Gram (-)
Osamines : N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (ANAM)
*Paroi épaisse et monocouche 15-80 nm *Paroi mince et multicouche 6-15 nm
* Peptidoglycane représente 80 à 90% de la * Peptidoglycane présent en petite quantité,
paroi 10% de la paroi
* Acides teïchoiques et lipoteïchoiques
(polymères de polyribitol phosphate ou *Pas d’acides teïchoiques ni lipoteïchoiques
polyglycérol phosphate)
* Lipides en grande quantité (10 à 20 %
* Peu de lipides (1 à 2 %)
dans la membrane externe)
4 Acides aminés majeurs :
Mêmes acides aminés
Ala (D et L) D-Glu, L-Lys, acide
Beaucoup moins de DAP et de L-Lys
diaminopomélique (DAP)

Paroi des bactéries à Gram (+) Paroi des bactéries à Gram (-)

Figure 02. Principaux constituants chimiques de la paroi chez les bactéries à Gram+ et à Gram-

- Les parois des bactéries à Gram négatif se caractérisent par la présence d’une couche supplémentaire
externe appelée la membrane externe épaisse de 7 à 8 nm, riche en lipoprotéines, phospholipides et

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lipopolysaccharides (LPS). Les LPS sont des grandes molécules complexes contenant à la fois des
lipides et des glucides. Elles sont formées de trois parties :
-Le lipide A qui est souvent toxique,
-Le polysaccharide central qui est lié au lipide A, sa composition en sucres est variable selon
les espèces.
- La chaine latérale O ou antigène O qui est une chaine polysaccharide courte s’étendant au-
delà du polysaccharide central. Elle est constituée de quelques sucres particuliers et sa composition
varie selon les souches bactériennes.
❖ Rôles de la paroi cellulaire
-La paroi assure le maintien de la forme de la principaux antigènes chez les bactéries à Gram
bactérie. positif).
-La paroi assure une protection contre la - Elle est le support de l'action de certains
pression osmotique intracellulaire. enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes
- Elle joue un rôle déterminant dans la (autolysines) et de certains antibiotiques.
coloration de Gram. - Permet la fixation des bactériophages.
- Elle joue un rôle déterminant dans la - Participe à la mobilité.
spécificité antigénique des bactéries (antigène - La perméabilité, la paroi laisse passer des
O et antigène flagellaire H chez les bactéries petites molécules comme l’eau, les sels
à Gram négatif, les acides teichoïques ou leurs minéraux ou des métabolites simples. Par
sous unités osidiques constituent les contre elle est plus ou moins perméable à
certains solvants.
B. La membrane plasmique
La membrane cytoplasmique des bactéries a une épaisseur d’environ 7 μm et sépare la paroi
du cytoplasme. Elle forme un feuillet continu. Elle est constituée d’une bicouche fluide de
phospholipides dans laquelle sont incorporés des protéines globulaires. Les glucides (glucose et
glucosamine) sont associés aux protéines de surfaces (glycoprotéines) ou aux phospholipides
(glycolipides). Cette structure est dynamique et conforme au modèle de la mosaïque fluide.
❖ Composition chimique
- Les lipides : (30 à 40 %) : Ce sont des molécules amphiphiles, composées d’une partie hydrophile
et une autre hydrophobe, ils s’organisent spontanément en bicouche avec deux surfaces hydrophiles
externes séparées par une zone centrale hydrophobe.
- Les protéines : (60 à 70 %) : On distingue deux classes de protéines :
✓ Intrinsèques : Ce sont des protéines transmembranaires. Elles sont globalement hydrophobes
et s’associent en un complexe stable avec les phospholipides.

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✓ Extrinsèques : Riche en acide aminés hydrophiles et peuvent être soit péri-plasmique, soit
cytoplasmique à proximité de la membrane.
❖ Fonction de la membrane plasmique
- Rôle de barrière semi-perméable : Elle s’oppose à la fuite, vers l’extérieur, des constituants libres
dans la cellule. Elle s’oppose à l’entrée, vers l’intérieur, des constituants indésirables.
- Rôle de transport : on distingue deux mécanismes principaux : Transport passif : Il ne nécessite
pas de l’énergie et s’effectue dans le sens du gradient de concentration du composé. Transport actif
: Nécessite de l’énergie et s’effectue dans le sens inverse du gradient de concentration du composé.
-Possède les sites de fixation des flagelles, les enzymes nécessaires à la synthèse de la paroi, les
enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse d’ATP, et permet l’excrétion d'enzymes
hydrolytiques.

C. Le cytoplasme (L’hyaloplasme ou le cytosol) : Délimité par la membrane cytoplasmique et est

caractérisé par :
Liquide Cytoplasme homogène, fluide, clair, transparent.
pH 7 - 7,2
Pression
Elevée
osmotique
Eau, minéraux, acides aminés, nucléotides, lipides, protéines,
Composition
ARN, composés métaboliques, ribosomes et granulations de réserves
chimique
(glycogène, cyanophycine, phosphate, carboxysomes,)

F. L'appareil nucléaire des bactéries (Chromosome)

Les bactéries possèdent un appareil nucléaire constitué d'acide desoxyribonucléique (ADN)
qui est le support de l'information génétique. L'ADN chromosomique bactérien est généralement
constitué d'une double hélice d'ADN circulaire, surenroulée sans enveloppe nucléaire et sans
nucléole. Le chromosome bactérien a près de 1 mm ≈ 5.106 paires de bases de long et 3 à 5 nanomètres
de large.
II.3.2. Les éléments facultatifs (non constants) : Ils se retrouvent seulement chez certaines bactéries
comme la capsule, Pili et Fimbriae, Flagelle, Plasmide, et la spore.

A. L'ADN extra-chromosomique (plasmides) : Ce sont des éléments génétiques (ADN) de petite

taille (0,5 à 5 % du chromosome bactérien), extra chromosomiques, circulaires en double brin et très
enroulés, Ils ne sont pas indispensables à la vie de la bactérie. Ils se répliquent indépendamment et
plus rapidement que le chromosome bactérien. Généralement on distingue deux types : Le facteur
sexuel ou facteur F qui assure le transfert des fragments de chromosome bactérien vers une autre
bactérie et les plasmides de résistance aux antibiotiques (facteurs R)

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B. Les flagelles et la mobilité
La plupart des bactéries mobiles se déplacent grâce à des flagelles, qui sont des appendices
locomoteurs s’étendant à l’extérieur de la membrane plasmique et de la paroi cellulaire. Ce sont des
structures minces, d’environs 20 nm de diamètre et 15 à 20 μm de long. Ils sont composés de trois
parties : le filament, le corps basal et le crochet. Les flagelles confèrent aux bactéries des propriétés
antigéniques, cette spécificité repose sur le nombre et la séquence en acides aminés dans la flagelline.

C. Les pili ou fimbriae

De nombreuses bactéries à Gram négatif (exceptionnellement des bactéries à Gram positif)
possèdent des structures de surfaces, plus courtes et plus fins que les flagelles appelées pili.

D. Capsule
La capsule est une couche épaisse de sucres, retrouvée chez quelques espèces seulement. Ces
sucres sont sécrétés à l’extérieur de la paroi cellulaire et forment un maillage épais autour de la cellule.

E. La spore
Certaines bactéries, entre autres d’intérêt médical (genre Clostridium et Bacillus) ont la propriété
de se différencier en formes de survie appelées spores lorsque les conditions deviennent défavorables,
comme par exemple l’épuisement des éléments nutritifs. Ce sont des structures résistantes aux
conditions sévères de l’environnement comme la chaleur, les radiations ultraviolettes, les
désinfectants chimiques et la dessiccation.
• Phénomènes de sporulation
bactérienne/germination
Sporulation : Il représente le passage
de la forme végétative à la forme
sporulée.
Germination : C'est la transformation
de la spore en cellule végétative.
Figure 03/ L’ultrastructure de la spore bactérienne

III : Nutrition et croissance bactérienne

III.1. Besoins nutritifs des bactéries : Les bactéries sont des organismes vivants qui ont besoin d’un
ensemble de substances nutritives nécessaires à leur énergie et à leurs synthèses cellulaires. Les
besoins nutritifs des bactéries sont de deux types, les besoins élémentaires et les besoins spécifiques
= facteurs de croissance.
A. Besoins élémentaires : Besoins communs à toutes les bactéries :

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1) Source d’énergie : L’énergie nécessaire à la biosynthèse des constituants bactériens peut être de
nature lumineuse, et les bactéries sont dites phototrophes ou de nature minérale ou organique
(Oxydation d’un composé chimique), et les bactéries sont dites chimiotrophes.

2) Source de carbone : Le carbone est un élément essentiel de la cellule bactérienne, Selon la source
de carbone on distingue : Les bactéries dites autotrophes qui sont capables d’utiliser le dioxyde de
carbone (CO2) de l’air comme seule source de carbone. Par contre les bactéries hétérotrophes,
exigent la présence de composés organiques divers comme les sucres pour utiliser leur carbone …
Selon les sources d’énergie, donneurs d’électrons et sources de carbone, les bactéries peuvent
être regroupés selon les types trophiques suivants :

Source Source
Source de carbone Type trophique
d'énergie d’électrons)
Composé Organique -hétérotrophe Photoorganohétérotrophe
organique
-organo- Minérale (CO2) -autotrophe Photoorganoautotrophe
Lumière
Photo- Organique -hétérotrophe Photolithohétérotrophe
Inorganique
-litho- Minérale (CO2) -
Photolithoautotrophe
autotrophe

Composé Organique -hétérotrophe Chimioorganohétérotrophe

Composé organique Minérale (CO2) -
chimique -organo- autotrophe Chimioorganoautotrophe
organique
ou non Organique -hétérotrophe Chimiolithohétérotrophe
Chimio- Inorganique
-litho- Minérale (CO2) -
Chimiolithoautotrophe
autotrophe

3) Source d’azote
Il participe à la constitution des acides aminés, des peptides, des protéines, de bases azotées, des
acides nucléiques et des coenzymes. Pour la majorité des bactéries, la source d'azote est constituée
par des composés inorganiques (ammoniac, sels d'ammonium, nitrites, nitrates ou N2) ou par des
sources organiques pour les autres bactéries (groupements amines des composés organiques comme
les protéines et les acides aminés).

4) Eléments minéraux (phosphore et soufre) : Les bactéries ont besoin également d’une source de
soufre qui se retrouve dans les protéines, et d’une source de phosphore qui est incorporé sous la
forme de phosphate inorganique.
Les bactéries ont besoin aussi d’autres éléments minéraux.
➢ Macro-éléments : comme le potassium (K), le magnésium (Mg), le chlore (cl) et le sodium
(Na) qui sont nécessaire en quantités importantes.

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➢ Micro-éléments (oligo-éléments) : comme le manganèse (Mn), le zinc (Zn), le molybdène
(Mo), le Nickel (Ni), le cobalt (Co) et le Cuivre (Cu) nécessaires en très faibles quantités.

B. Besoins spécifiques = facteurs de croissance : Les bactéries auxotrophes nécessitent en plus des
besoins élémentaires, un ou plusieurs facteurs de croissance comme les vitamines, les acides
aminés, des bases puriques et pyrimidiques et les acides gras. Par contre certaines bactéries ne les
exigent pas et elles sont dites prototrophes.

III.2. Croissance et division bactérienne

Chez les organismes pluricellulaires, la croissance se manifeste par l'augmentation de taille
ou de masse. Chez les microorganismes unicellulaires, elle se manifeste par l'augmentation du
nombre (multiplication suite à des divisions binaires ou scissiparité). Donc la croissance
bactérienne correspond à l'accroissement du nombre de bactéries.

III.2.1. Constantes et expression de la croissance : La croissance d'une bactérie est définie par 2
constantes :
➢ Le temps de génération (G) : correspondant au temps nécessaire au doublement d'une
population ou une division cellulaire, ou le temps d’intervalle entre deux divisions
successives). On mesure l'accroissement d'une population bactérienne à partir du calcul du
temps de génération ; il dépend de l’espèce bactérienne et des conditions du milieu extérieur
(favorables ou défavorables). G = t/n, t : temps, n : le nombre de divisions.
➢ Taux de croissance (µ) désigne le nombre de divisions par unité de temps (heure). Par
Exemple, E.coli se divise 3 fois en une heure, son taux de croissance est de 3.
µ = n/t ⇒ n = μt, donc µ = 1/G

III.2.2. Les différentes phases de croissance en milieu non renouvelé

I : Phase de latence ou (phase d'adaptation) : µ = 0, pas de division cellulaire, elle est nécessaire
avant le début de la division pour l’adaptation des bactéries au milieu.
II : Phase d'accélération pendant laquelle la vitesse de croissance augmente. µ augmente.
III : Phase exponentielle de croissance : Cette phase est linéaire logarithmiquement où la croissance
est maximale et constante (µ est maximum et constant).
IV : Phase de ralentissement : Les bactéries continuent à se diviser mais à un rythme moins
important entrainant en parallèle une diminution de µ (µ ˃ 0 en diminution).
V : Phase stationnaire. On est parvenu à un plateau. µ = 0. Les bactéries ne se divisent plus.
VI : Phase de mortalité ou de déclin : La carence en nutriments et l’accumulation de déchets
toxiques conduisent à la diminution du nombre de cellules viables. Elles vont se lyser et libérer leur
contenu intracellulaire (elles meurent). µ < 0.
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III.2. 3. Facteurs influençant la croissance bactérienne : Les facteurs physico-chimiques qui
influencent le plus cette croissance sont l'humidité, la température, l'oxygène et le pH.

* Effet de l’oxygène : Il existe 4 classes de bactéries en fonction de leurs rapports avec l’oxygène :
- Bactéries aérobies strictes (Pseudomonas) : elles ne se développent qu’en présence de l’O2.
- Bactéries micro-aérophiles (Campylobacter) : se développent mieux ou exclusivement lorsque la
teneur en oxygène moléculaire est réduite.
- Bactéries aéro-anaérobies facultatives : se développent avec ou sans O2.
- Bactéries anaérobies strictes (Clostridium) : Elles ne se développent qu'en absence totale
d'oxygène.

* Effet de la température : sur la base de leurs températures optimales de croissance on distingue :

- Bactéries mésophiles (Escherichia coli) : dont la croissance est possible de 10 à 45°C mais avec
une température optimale de croissance comprise entre 30 et 37°C.
- Bactéries thermophiles (Thermus aquaticus) : températures de croissance comprises entre 45 et
70°C.
- Bactéries hyperthermophiles : peuvent croitre à des températures supérieures à 80°C.
- Bactéries psychrophiles : Température proche du 0°C avec un optimum de 10 à 15°C.
- Bactéries psychrotrophes (Pseudomonas) : se développant à des températures de -5 à 35°C
(optimum proche de celui des bactéries mésophiles : 20-25°C).

* Effet du pH : Il existe 3 catégories de bactéries :

- Bactéries neutrophiles (Escherichia coli) : certaines bactéries se développent à des pH compris
entre 5.5 et 8.5 avec un optimum voisin de 7.
- Bactéries alcalophiles (Pseudomonas) : se développent préférentiellement à un pH alcalin (>8).
- Bactéries acidophiles (Lactobacillus) : leur croissance est optimale à pH acide (<6).

* Effet de la pression osmotique : Selon leur sensibilité à la pression osmotique, on distingue :

- Bactéries halophiles (Vibrio) : elles nécessitent une concentration de NaCl pour leur croissance
comprise 0.2< [NaCl] <5.2 M.
- Bactéries halotolérantes (Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus) : capable de s'adapter à
de très fortes concentrations en sel, elles tolèrent 7.5 à 15% de NaCl.
- Bactéries non halophiles (Pseudomonas) : Croissance à des concentrations en NaCl inférieures à
0,2 M.

* Effet de l’eau libre (Activity of Water) (AW) : On définit l’Aw : Activity of Water pour quantifier
l’eau biologiquement disponible pour les bactéries. Elle est comprise entre 0 < Aw <1, et inversement
proportionnelle à la pression osmotique d’un composé.
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L’Aw optimum pour la plupart des bactéries est situé entre 0,91 et 0,99. Pour la plupart des levures
elle est située aux alentours de 0,88 et pour la plupart des moisissures elle est située aux alentours de
0,80
Il existe aussi des bactéries pouvant résister à des Aw faibles :
• Microorganismes halophiles : exigeant des concentrations élevées de Nacl pour leur
croissance (ex : les bactéries du genre Staphylococcus et certains Vibrio) (0,80-0,75).
• Microorganismes xérophiles : se développant mieux dans des milieux ayant une faible Aw
(0,75-0,65).
• Microorganismes osmophiles : se multipliant de préférence dans ou à la surface d’un milieu
ayant une pression osmotique élevée (0,65-0,60).

IV : Les agents antimicrobiens : (Le contrôle des micro-organismes par les agents physiques et
chimiques)
IV.1. Définition des agents antimicrobiens
Ce sont des substances dont le contact, dans des conditions définies avec les microorganismes,
entraine, soit l’inhibition de leur multiplication (suffixe=statique) (Exemple : bactériostatique et
fongistatique), soit leur mort (suffixe= cide) (bactéricides, fongicides, algicides, et viricides.…)

IV.2. Définition des termes fréquemment utilisés

➢ Stérilisation
Procédé par lequel on détruit ou élimine d’un objet ou d’un produit de façon durable toutes les
cellules vivantes, les spores viables et les virus. Un objet stérile est totalement exempt de
microorganismes, de spores ou d’autres agents infectieux viables.
➢ Désinfection
C’est une opération au résultat momentané permettant d’éliminer ou de tuer les
microorganismes et/ ou d’inactiver les virus indésirables portés par des milieux inertes. Un
désinfectant (habituellement agents chimiques) ne stérilise pas forcément un objet parce qu’il peut
encore laisser des spores viables et quelques microorganismes.
➢ Décontamination
Elle est étroitement associée à la désinfection. Elle permet de réduire momentanément la
population à des niveaux considérés sans danger selon les normes de la santé publique. Il est
fréquemment nécessaire de contrôler les microorganismes sur le tissu vivant par des agents
chimiques.
➢ Antisepsie

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C’est la prévention de l’infection par l’utilisation d’antiseptique qui sont des agents
chimiques appliqués sur les tissus vivants dans le but de détruire ou d’inhiber le développement de
l’agent pathogène.
➢ L’asepsie est l’ensemble des règles à respecter par les équipes médicales pour éviter l’apport
de microbes exogènes.

IV.3. Classification des agents antimicrobiens : On distingue 3 classes d’agents antimicrobiens :

-Les agents physiques et les agents chimiques : ils exercent une action antibactérienne non
spécifique. Ils ne peuvent pas être utilisés en thérapeutique puisque leur action s’exerce vis-à-vis du
microbe mais aussi vis à vis d’autres cellules animales et humaines.
-Les agents chimio-thérapeutiques : Empêchent la multiplication ou détruisent les bactéries. Ils
exercent une action antibactérienne spécifique et n’ont pas d’effet nocif sur les cellules animales et
humaines à certaines concentrations.

IV.3.1. Agents antimicrobiens physiques

A. La température
Elle peut être utilisée pour la conservation des aliments par le froid (réfrigération,
congélation) soit par la chaleur (la pasteurisation, la stérilisation, la tyndallisation).
Les destructions thermiques utilisent la chaleur humide ou la chaleur sèche.

A.1. Chaleur humide

Stérilisation : La stérilisation par la chaleur humide doit être pratiquée à des températures supérieures
à 100°C. La stérilisation à la vapeur est réalisée dans un autoclave à une température généralement
de 121°C et une pression de 1 bar pendant 15-20 min. Elle est utilisée pour stériliser les produits
(milieux de culture…etc) et les instruments thermorésistants.
Pasteurisation : C’est une technique utilisée pour détruire les cellules végétatives mais pas les spores.
Elle est utilisée avec les produits thermosensibles comme le lait. Le lait peut être pasteurisé de deux
manières : dans la méthode ancienne, il est maintenu à 63°C pendant 30 min. Actuellement, de
grandes quantités de lait sont soumises à une flash-pasteurisation qui comprend un chauffage rapide
à environ 72°C pendant 15 sec puis un refroidissement rapide, ou la plus récente (La
pasteurisation Ultra Haute Température (UHT)) : 140 à 150°C pour 1 à 3 secondes.
La tyndallisation : La tyndallisation est utilisée pour stériliser les matières thermosensibles. Le
récipient contenant le produit à stériliser est chauffé jusqu'à 60 à 70°C pendant 30 min, une fois par
jours (3 jours) consécutivement, et incubé à 37°C entre temps. Le 1er chauffage détruit tous les
organismes sauf les endospores bactériennes, la plupart d’entre elles germent pendant l’incubation
suivante à 37°C et sont tuées pendant la seconde période de chauffage. Les spores restantes sont
détruites après l’incubation suivante et le troisième traitement thermique.
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A.2. Chaleur sèche : Il faut utiliser le four Pasteur ou Poupinel à circulation d’air pour une bonne
répartition de la chaleur. La stérilisation est obtenue par une oxydation des constituants cellulaires et
dénaturation des protéines : 180°C (30 min) - 170°C (1h) - 160°C (2h). Elle est utilisée pour stériliser
les objets (verrerie, matériel chirurgical) qui ne peuvent être stérilisés par la chaleur humide.

A. 3. Températures basses
➢ Congélation : Elle inhibe la reproduction microbienne dû à une absence d’eau sous forme
liquide. Certains micro-organismes sont tués par la rupture des membranes dû à la formation
de cristaux de glace.
➢ Réfrigération : Elle permet la réduction de la croissance bactérienne et la reproduction.

B. Les radiations : les rayonnements comme les rayons gamma ou l’ultra-violets agissent sur
l’ADN en le modifiant chimiquement, en le coupant ou provoquent la formation de liaisons anormales
entre des bases de thymine proches, entrainant des mutations létales chez les micro-organismes.
Les UV sont utilisés pour diminuer les microorganismes de l'air confinée comme des blocs
opératoires, et les rayons gamma pour stériliser les boîtes de Pétri, les seringues, les pansements à
emballage individuel et tout matériel en plastique.
C. Elimination mécanique par filtration sur membrane : La filtration est le meilleur moyen pour
stériliser des solutions renfermant des substances thermolabiles, comme des protéines, vitamines,
sérum, ATB… cette filtration stérilisante est appelée stérilisation à froid.

IV.3.2. Agents antimicrobiens chimiques

Ils sont très actifs mais toxiques pour l’homme, Ils ne peuvent être ingérés. Leur action est
brutale et non spécifique (à la différence des ATB).
On distingue : Les composés phénoliques (comme les crésols, les xylènes), Les alcools (l’éthanol et
l’isopropanol), Les halogènes (l’iode, le chlore), Les métaux lourds (Comme l’argent, le mercure,
l’arsenic, le cuivre), Les aldéhydes (formaldéhyde et le glutaraldéhyde), Les gaz stérilisants (l’oxyde
d’éthylène) et Les colorants (le vert de malachite, le vert brillant, le violet de méthyle, le violet de
gentiane).

IV.3.3. Les agents chimiothérapeutiques (antibiotiques)

IV.3.3.1. Définitions
C’est « tout composé chimique, élaboré par un organisme vivant ou produit par synthèse, à
coefficient chimiothérapeutique élevé dont l’activité thérapeutique se manifeste à très faible dose
d’une manière spécifique, par l’inhibition de certains processus vitaux à l’égard des
microorganismes sensibles ».

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IV.3.3.2. Classification des antibiotiques
Les antibiotiques sont très nombreux et peuvent être classés selon divers critères :
A) Origine :
➢ Les antibiotiques naturels ou produits par les micro-organismes : Champignons
(Pénicilline). Bactéries (Streptomycine).
➢ Les antibiotiques synthétiques ou produits obtenus entièrement par voie chimique :
Sulfamides. Acides nalidixiques.
➢ Les antibiotiques semi-synthétiques : Ces antibiotiques sont obtenus à partir d’une fraction
moléculaire naturelle sur laquelle a été greffé un radical chimique.

B) Mode d’action : Les antibiotiques inhibent la croissance ou tuent la bactérie par plusieurs
mécanismes :
- l’inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire
- l’inhibition de la synthèse des protéines
- l’inhibition de la réplication et de la transcription de l’acide nucléique
- l’inhibition de la membrane cytoplasmique
- l’inhibition de la synthèse de métabolites essentiels

C) Spectre d’activité : Le spectre d’activité d’un antibiotique ou domaine d’action est une liste
théorique de toutes les bactéries pouvant être inhibées dans leur croissance ou détruites par un
antibiotique donné.
Large spectre : Actif sur la majorité des bactéries à Gram positif ou négatif.
Spectre limité : Actif sur les bactéries à Gram positif et quelques bactéries à Gram négatif.
Spectre étroit : Actif uniquement sur certains germes à Gram positif ou sur certains à Gram négatif
ou un genre.
D) Nature chimique : La structure de base commune à plusieurs antibiotiques permet de regrouper
ces antibiotiques dans une même famille. Les antibiotiques d’une même famille ont en générale le
même mécanisme d’action. Le tableau suivant résume les différentes familles d’antibiotiques.

Spectre
Antibiotiques Mode action Effet
d’activité
1. β-lactamines Bactéricides Plus larges
Inhibent la synthèse de la paroi
(Pénicilline)
2. Aminoglycosides
Perturbent la synthèse des Bactéricides Large
(Oligosaccharides)
protéines
(Streptomycine)
3. Les phenicoles Inhibent la synthèse des Bactériostatiques Large
(Chloramphenicol) protéines
4. Les tétracyclines Inhibent la synthèse des
Bactériostatiques Très large
(Tétracycline) protéines
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Spectre
5. Les macrolides Inhibent la synthèse des
Bactériostatiques étroit
(Erythromycine) protéines
6. Les quinolones Empêchent la réplication et la Bactéricides
Étroit
(L'acide nalidixique) transcription de l'ADN bactérien
7. Sulfamides Inhibition de la transcription de Bactériostatiques Large
(Sulfapyridine) l'ADN en ARNm spectre
8.Les rifamycines Inhibe la transcription des ARN
Bactéricides Étroit
(Rifampicine) messagers
Bloquent en deux étapes
9.Les synergistines
différentes la synthèse de la Bactéricides Limité
(Pristinamycine et la virginiamycine)
chaine peptidique.
10.Les polypeptides basiques
-Il détruit la structure de la
- (La Polymyxine : Actif sur
membrane de la cellule
certaines bactéries à Gram négatif)
bactérienne Bactéricides Étroit

-Inhibe la synthèse de la paroi

- (La Bacitracine : Actif sur certaines
bactérienne
bactéries à Gram positif)

V : Notion de base sur la mycologie (mycètes =champignons).

La mycologie est la science qui étudie les champignons.
VI.1. Caractéristiques générales : Les mycètes se caractérisent par les critères suivants :

- Eucaryotes (les chromosomes sont enfermés dans un noyau).

- Hétérotrophes vis-à-vis du carbone : incapables d'utiliser l'énergie solaire, ils utilisent de
nombreuses molécules carbonées fabriquées par d'autres êtres vivants.
- Absorbotrophes : Leur mode de nutrition se fait par absorption en libérant dans un premier temps
des enzymes hydrolytiques dans le milieu extérieur.
- Ils sont (chimioorganohétérotrophes), c’est à dire qu’ils utilisent la matière organique comme
source d’énergie d’électrons et de carbone.
- Leur appareil végétatif (thalle) est ramifié et tubulaire ; il est constitué de filaments fins
enchevêtrés, appelés hyphes, à croissance apicale (elle se fait au niveau de l’apex des hyphes).
- Tous les champignons vrais ont une paroi constituée de chitine, polysaccharide très résistant
constitué de résidus N-acétylglucosamine ;
- Leur premier polymère glucidique de réserve est le glycogène (polysaccharide)
* les éléments végétatifs sont représentés par un mycélium unicellulaire de quelques μm (levure)
et/ou pluricellulaire pouvant atteindre plusieurs mètres (« hyphe » ou filament mycélien) chez
les moisissures.

Levure
Moisissure

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Le plus souvent, les hyphes sont cloisonnées par des cloisons qui divisent le filament en
segments (articles) similaires à des cellules comme chez les Ascomycètes, les Basidiomycètes et les
Deutéromycètes. Par contre chez les oomycètes, les chytridiomycètes et les zygomycètes, les hyphes
ne sont généralement pas cloisonnées (mycélium siphonné ou coenocytique) et les noyaux
cohabitent dans le cytoplasme commun.

VI : Notion de base sur la virologie

La virologie est la science qui étudie les virus.
VI.1. Caractéristiques générales

-Un virus est une particule infectieuse très simple et de très petite taille (2 à 300 nm) qu’on ne peut
observer qu’avec un microscope électronique. Il présente une structure particulaire non cellulaire
(acellulaire) par rapport aux autres êtres vivants.
-Il ne contient qu’un seul type d’acide nucléique, soit un ADN, soit un ARN porteur de l’information
génétique, et de protéines virales.
-Les virus se multiplient obligatoirement en intracellulaire (parasitent obligatoire) et ne sont pas
capables, par leurs propres moyens, de produire de l’énergie ou de synthétiser des protéines.
-La multiplication virale se produit dans les cellules infectées, par élaboration des différents
constituants viraux puis assemblage de ces composants, formant ainsi un virus complet. La formation
de nouveaux virus vient donc des capacités de synthèse de la cellule hôte, qui réalise le programme
génétique inscrit dans le patrimoine du virus
-Sa multiplication est assurée par la réplication de l’acide nucléique au moment de l’infection.
-Les virus sont spécifiques des cellules et des organismes.

VI.1.2. Structure des virus : Toute particule virale est constituée d'au moins deux éléments
constants et obligatoires :

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A. Le génome : Comme tous les génomes ; le génome viral est composé d’acide nucléique qui se
trouve au cœur de la particule virale, composé soit d’ARN ou d’ADN, il peut être circulaire ou
linéaire, bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin).
B. La capside : La capside est une structure protéique qui protège le génome viral dans le milieu
externe. L'ensemble capside et nucléoïde est nommée nucléocapside. Selon la taille, la forme et la
complexité de la capside, il existe trois types de structure de capside :
✓ Symétrie hélicoïdale : Ces virus sont de longs cylindres (300 à 400 nm), creux, (fréquente
chez les virus des plantes).
✓ Symétrie cubique (forme d’un icosaèdre) : La capside icosaédrique entraîne une apparence
sphérique du virus. Plus fréquente chez les virus qui infectent les cellules animales.
✓ Il existe aussi une structure complexe : tête de synergie cubique et queue de synergie
hélicoïdale. Cette structure est observée uniquement chez les bactériophages.
C. l’enveloppe : Les virus limités à leur nucléocapside sont dits des virus nus. Dans certaines
familles virales, la nucléocapside est entourée d'une structure périphérique facultative appelée
l'enveloppe (de nature phospholipidique), et les virus dans ce cas-là sont dits virus enveloppés.

Sructure des virus nus et envloppés Quelques exemple de virus

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