Métabolisme des protéines et des acides aminés

Objectifs :
- Décrire le processus de biosynthèse des protéines
- Décrire l’action des enzymes de digestion des protéines
- Décrire les deux principales réactions de transamination des acides aminés
- Décrire la désamination oxydative des acides aminés
- Décrire les réactions de l’uréogenèse
- Décrire quelques applications du métabolisme des protides et acides aminés.

Introduction

Les protéines représentent la plus grande partie des matières solides du plasma. En dehors du
fibrinogène, protéine fibreuse, ce sont toutes des protéines globulaires. Seule la sérum-albumine
est une holoprotéine, toutes les autres étant des hétéroprotéines pouvant contenir des lipides
(lipoprotéines), des métaux (métalloprotéines) et surtout des glucides, la plupart des protéines
plasmatiques sont en effet des glycoprotéines.

Le métabolisme des protides comprend :

- L’anabolisme : biosynthèse des protéines par traduction,
- Le catabolisme : transamination, désamination, décarboxylation des acides aminés

D’autres voies métaboliques vont permettre l’utilisation des produits de catabolisme des acides
aminés : néoglycogenèse, lipogenèse, uréogenèse, ammoniogenèse.

L’exploration du métabolisme des protides dans les milieux biologiques est réalisée avec des
examens de laboratoires qui mettent en évidence les variations pathologiques permettant de
poser le diagnostic de maladies liées aux anomalies de ce métabolisme.

1. La synthèse protéique
• La synthèse protéique se fait à partir d’acides aminés dans le ribosome (petite et grande
sous-unité), par lecture d’un ARN messager avec apport successif des acides aminés par
les ARN de transfert selon un processus initiation – élongation – terminaison, suivi de
la maturation de la protéine par modifications posttraductionnelles. L’information
génétique codant cette protéine est contenue dans l’ADN sous forme d’un gène qui sera
transcrit en ARN messager dont la traduction produit la protéine.
 • Synthèse des acides aminés non essentiels
La première étape de la dégradation des acides aminés est habituellement une désamination.
Cette réaction est bi-directionnelle et un radical carboné (céto acide ou « cétoanalogue ») peut
récupérer une fonction amine pour resynthétiser un acide aminé.
Un acide aminé est dit essentiel lorsqu’il ne peut être synthétisé par l’organisme ce qui implique
qu’il doit être apporté par l’alimentation. Il s’agit de : Tryptophane, Phénylalanine, Isoleucine,
Valine, Thréonine, Leucine, Lysine, Méthionine.

Les autres peuvent être synthétisées par l’organisme.

2. La protéolyse (ou catabolisme protéique)

C’est la dégradation des protéines libérant les acides aminés soit au cours de la digestion en vue
de leur absorption soit au cours de la vie cellulaire. Dans tous les cas, les acides aminés libérés
seront disponibles pour une synthèse protéique ou une dégradation.

L’azote est fourni à l’organisme sous forme de composés et essentiellement sous forme de
protéines. Elles sont trop grosses pour traverser la paroi intestinale. Elles vont subir un
processus d’hydrolyse progressive qui commence dans l’estomac pour se terminer dans
l’intestin, appelé digestion. Les acides aminés, monomères des protéines, sont libérés sous
l’action des enzymes protéolytiques et absorbés dans l’intestin grêle.

2.1 – Digestion dans l’estomac

L’estomac secrète un suc gastrique qui contient de l’acide chlorhydrique et une pepsinogène
(proenzyme). L’acide chlorhydrique, trop dilué pour assurer une action hydrolytique,
fonctionne comme un bactéricide et dénature les protéines pour permettre une attaque efficace
des protéases. Le pepsinogène est activé par clivage d’une séquence des acides aminés
d’inactivation sous l’action de l’acide chlorhydrique ou par autocatalyse sous l’action de la
pepsine. La pepsine est une endoprotéase, stable en milieu acide, qui hydrolyse les liaisons
peptidiques dans lesquelles un acide aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe) engage sa fonction
amine.

2.2 – Digestion par les enzymes pancréatiques

Les polypeptides formés à l’issue de l’action de la pepsine vont subir en entrant dans l’intestin
grêle l’action des enzymes pancréatiques qui vont les réduire en oligopeptides et quelques
acides aminés. La libération et l’activation des proenzymes sont sous le contrôle de deux
hormones, la cholécystokinine et la sécrétine, rencontrées dans le tractus digestif.
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Une entéropeptidase, synthétisée par les cellules muqueuses intestinales et, présente à leur
surface, active la trypsine en clivant le trypsinogène pour lui retirer un hexapeptide à partir de
l’extrémité N-terminale. La trypsine devient un activateur de toutes les autres enzymes
pancréatiques libérées aussi sous forme de proenzymes. Comme on peut le constater
l’entéropeptidase déclenche donc une cascade d’activités protéolytiques. Chacune des enzymes
pancréatiques est spécifique de la liaison peptidique hydrolysée. Par exemple, seule la liaison
peptique dans laquelle est engagée la fonction carboxyle de l’arginine ou de la lysine est
hydrolysée par la trypsine. Quant à la chymotrypsine, elle hydrolyse la liaison peptidique dans
laquelle intervient la fonction carboxyle de tryptophane, phénylalanine, tyrosine, leucine ou
méthionine.

La carboxypeptidase hydrolyse les oligopeptides et libèrent séquentiellement, à partir de

l’extrémité C-terminale, des acides aminés libres.

2.3 – Digestion par les enzymes de l’intestin grêle

La muqueuse intestinale produit des aminopeptidases qui hydrolysent les oligopeptides et

libèrent séquentiellement, à partir de l’extrémité N-terminale, des acides aminés libres.

2.4 – Absorption des acides aminés libres et des dipeptides

A la fin de la digestion par les différentes enzymes de la digestion les acides aminés et les
dipeptides sont absorbés au niveau de l’intestin grêle. Les dipeptides sont hydrolysés en acides
aminés dans le cytosol des cellules intestinales. Les acides aminés sont excrétés dans la veine
porte et acheminés vers le foie. Ils y sont métabolisés ou libérés dans la circulation générale.

3. La dégradation irréversible des acides aminés

3.1 – Transamination

La transamination ou l’aminotransfert est la réaction générale du métabolisme des acides

aminés car elle intervient aussi bien dans leur catabolisme que dans leur synthèse.

C'est le processus qui conduit à un échange du groupement α-aminé entre un acide aminé et un
2-cétoacide (acide α-cétonique). Les enzymes qui catalysent de telles réactions sont appelées
aminotransférases ou transaminases. Les aminotransférases majeures existent dans tous les
tissus et la réaction catalysée est réversible. Le cofacteur impliqué est le pyridoxal phosphate
(groupement prosthétique de toutes les aminotransférases). Il dérive de la vitamine B6. Dans
les réactions de transamination orientées vers la dégradation des acides aminés, l’accepteur du

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groupement α-aminé est toujours le 2-cétoglutarate (α-cétoglutarate). Il en résulte la formation
d’un glutamate.

Deux aminotransférases : Aspartate aminotransférase et Alanine aminotransférase méritent une

mention spéciale. En effet elles sont considérées comme des marqueurs importants lorsqu'on
les retrouve dans le sang. Elles indiquent des dommages subis par le cœur en cas de crise
cardiaque ou par le foie en cas d'hépatite virale.

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

ALANINE AMINOTRANSFERASE

3.2 – Désamination oxydative

Contrairement à la transamination qui est une réaction de transfert du groupement α-aminé, la

désamination oxydative le libère sous forme d’ammoniac libre avec formation du squelette 2-
cétoacide (acide α-cétonique) correspondant. Elle est très active dans le foie et dans les reins.

Deux types d’enzymes interviennent : la glutamate déshydrogénase et l’acide aminé oxydase.

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3.2.1 – Glutamate déshydrogénase
Dans le cas de la désamination oxydative qui est précédé par la transamination dans le
catabolisme des acides aminés, la glutamate déshydrogénase intervient et fonctionne en sens
inverse de la réaction dans laquelle elle intervient pour l’assimilation de l’ammoniac. Cette
enzyme utilise préférentiellement le NADP+ dans l’assimilation de l’ammoniac (voie de
synthèse) et le NAD+ dans la désamination oxydative (voie de dégradation).

La glutamate déshydrogénase fait l’objet d’une régulation allostérique, inhibée par ATP et GTP
mais activée par ADP et GDP.
Le sens dépend des concentrations relatives du glutamate, de 2-cétoglutarate, de NH3 et du
rapport des formes réduites et oxydées des coenzymes (NADPH,H+/NADP+ et
NADH,H+/NAD+). Après un repas riche en protéines se traduisant par une augmentation du
glutamate, la réaction s’oriente vers la désamination et la formation de l’ammoniac.

3.2.2 – Oxydases des acides amines

Il existe deux flavoprotéines : l’une à FMN et l’autre à FAD qui interviennent dans l’oxydation
directe des acides aminés. Cette voie est secondaire par rapport à celle de la transamination.
• L-acide aminé oxydase (L-aminoacide oxydase) est une enzyme hépatique à FMN
comme groupement prosthétique. Elle oxyde les acides aminés en transférant
directement les électrons récupérés par le coenzyme à l’oxygène moléculaire. Il en
résulte la formation la libération de 2-cétoacide correspondant, de NH3 et la formation
de H2O2 (péroxyde d’hydrogène) décomposé par les catalases. La réaction globale
s’écrit :

-
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 • D-acide aminé oxydase (D-aminoacide oxydase)
On rencontre dans le foie et dans les reins une activité importante de cette enzyme qui oxyde
les D-acides aminés (isomères des L-acides aminés, non rencontrés chez les animaux) qui
proviennent de l’hydrolyse des protéines des végétaux et des membranes cellulaires des
microorganismes. Ces D-acides aminés, qui ne sont pas utilisés par l’organisme animal, sont
donc oxydés suivant le même principe que précédemment mais par la D-acide aminé oxydase
à FAD avec la libération de l’α-cétoacide correspondant, de NH3 et la formation de H2O2
(péroxyde d’hydrogène) décomposé par les catalases. La réaction globale est la même :

3.3 – Décarboxylation des acides amines

De nombreuses molécules, dérivés des acides aminés sont le résultat de décarboxylation des
acides aminés.
• Ainsi la cystéamine, qui fait partie de la structure du coenzyme A, correspond à la
cystéine décarboxylée.
• L’histamine, molécule libérée au cours des réactions allergiques, résulte de la
décarboxylation de l’histidine.
• L’acide γ-aminobutyrique, neurotransmetteur du système nerveux central, est issu de
la décarboxylation de l’acide glutamique.
• La sérotonine, neurotransmetteur du système nerveux central, est issue de la
décarboxylation du tryptophane.
• La tyramine est un dérivé de décarboxylation de la tyrosine qu’on trouve dans les
fromages. Quelquefois mal supportée par l’organisme elle donne des accès
d’hypertension artérielle.
• L’éthanolamine est un alcool aminé que nous avons rencontré dans la structure des
lipides. Elle est produite par décarboxylation de la sérine.
• La β-alanine, isomère de l’alanine, qui fait partie de la structure du coenzyme A,
correspond à la décarboxylation de l’acide aspartique.

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Exemple de décarboxylase : Histidine décarboxylase (coenzyme = phosphate de
pyridoxal)

4. Régulation du métabolisme des protéines

Cette régulation est d’une part hormonale, d’autre part nutritionnelle (c’est-à-dire par les
substrats eux-mêmes).

4.1. Régulation hormonale

Les hormones peuvent être anabolisantes (favorisant le gain protéique) ou catabolisantes
(favorisant la perte protéique).

• L’insuline
Il s’agit d’une hormone anabolisante indispensable au gain protéique (augmentation de la
synthèse protéique, par réduction de la protéolyse ) et à la croissance.

Au niveau cellulaire et moléculaire, l’insuline augmente la synthèse protéique en stimulant la

transcription et la traduction.

• L’hormone de croissance
Elle est anabolisante essentiellement par un effet stimulant de la synthèse protéique agissant
directement et par l’intermédiaire des facteurs de croissance (IGF1

• Les catécholamines
Contrairement à l’idée couramment reçue, il est bien démontré maintenant que les
catécholamines ne sont pas des hormones catabolisantes vis-à-vis du métabolisme protéique.
Selon les auteurs, elles réduisent la protéolyse ou augmentent la synthèse protéique,
l’application la plus classique de ces propriétés anabolisantes étant l’utilisation de bêta-
agonistes de type clembutérol pour la production de viande de boucherie. En tout état de cause,

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ce ne sont donc pas les catécholamines « hormones de stress » qui sont responsables de la fonte
musculaire des patients de réanimation.

• Les glucorticoïdes
Ils sont catabolisants par l’augmentation de la protéolyse musculaire et par l’inhibition de la
traduction des protéines comme en témoignent les fontes protéiques constatées lors des
hypercorticismes (maladie de Cushing) ou des traitements glucocorticoïdes au long cours.

• Les hormones thyroïdiennes et le glucagon

Ils ont des effets plus complexes :
- en ce qui concerne les hormones thyroïdiennes, l’hyperthyroïdie induit une fonte
musculaire suggérant une augmentation de la protéolyse et également une réduction des
synthèses protéiques dans différents tissus. Cependant, ces phénomènes et en particulier
la réduction de synthèse protéique sont retrouvés également dans les situations
d’hypothyroïdie et l’on sait également que les hormones thyroïdiennes sont
indispensables à la croissance. Il est donc difficile de classer les hormones thyroïdiennes
comme anabolisantes ou catabolisantes et l’on peut dire qu’un niveau optimal moyen
d’hormone thyroïdienne est nécessaire à un bon équilibre entre synthèse et dégradation.
- en ce qui concerne le glucagon, son importance réelle dans la régulation du métabolisme
protéique est contestée et semble se situer surtout au niveau du métabolisme
splanchnique des acides aminés. Malgré des données contradictoires, un effet
catabolisant semble prédominant.
• Les cytokines (TNF, interleukines)
Elles sont catabolisantes au niveau du muscle. Leurs effets varient selon les cytokines et les
tissus. Les cytokines comme TNF agissent en synergie avec le cortisol et la combinaison de
leurs effets provoque une protéolyse rapide et massive à l’origine d’une fonte protéique
musculaire.

4.2. Régulation nutritionnelle

C’est une régulation par les substrats

• les acides aminés : que ce soit in vitro ou in vivo, les acides aminés stimulent
globalement la synthèse protéique. Cet effet est particulièrement net pour les acides
aminés branchés.
• les autres substrats énergétiques : de façon générale, un apport énergétique suffisant est
indispensable au maintien d’un bilan azoté neutre ou positif. La source des apports

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 énergétiques n’est pas indifférente et classiquement, les glucides auraient un effet
d’épargne azotée supérieur à celui des lipides au moins dans des circonstances d’apport
énergétique limité.

5. Uréogenèse ou cycle de l’urée (élimination de l’ion ammonium)

Figure 1 : schéma général de l’uréogenèse (phase cytosolique, phase mitochondriale

• Phase mitochondriale

1ère réaction : synthèse du carbamoylphosphate

Dans les mitochondries la carbam(o)ylphosphate synthétase utilise le CO2, le NH3 et 2 ATP
comme substrats pour former le carbam(o)ylphosphate. Deux liaisons phosphates riches en
énergie sont consommées.

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2ème réaction : synthèse de la citrulline
Une fois le carbam(o)ylphosphate formé, il est rejoint par l’ornithine transportée du cytosol.
Sous l'action de l'ornithine carbam(o)yltransférase (transcarbamylase) le radical carbamoyle
est transféré sur l'ornithine pour former la citrulline.

• Phase cytosolique

3ème réaction : Formation de l'argininosuccinate.

La citrulline obtenue est transportée dans le cytosol. Sous l’action de l'argininosuccinate
synthétase la citrulline se condense avec l'aspartate pour donner l'argininosuccinate avec
consommation de deux liaisons phosphates riches en énergie d'une molécule d’ATP.

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4ème réaction : Formation de l’arginine
Elle est catalysée par une arginInosuccinate lyase qui assure le clivage en L-arginine et en
fumarate. Cette réaction intervient aussi dans la synthèse de l'arginine.

Le fumarate est transporté dans les mitochondries et repris par le cycle de Krebs qui l’oxyde en
oxaloacétate. Ce dernier sera transaminé en aspartate par l'aspartate aminotransférase. Ainsi est
créé un lien entre les deux cycles de Krebs et de l’Urée.

5ème réaction : Hydrolyse de l'arginine

L’hydrolyse de l’arginine termine le cycle. Il se forme de l’urée et de l’ornithine. La réaction

est catalysée par l’arginase

Alors que l’urée est excrétée pour être éliminée par l’urine, l’ornithine est transportée dans les
mitochondries pour réinitier le cycle.

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BILAN DU CYCLE

Le bilan brut du cycle s’écrit :

NH3 + CO2 + Aspartate + 3 ATP  Urée + Fumarate + 2 ADP + AMP + 2 Pi + PPi

Au cours de la formation d'une molécule de l'urée 4 liaisons riches en énergie ont été utilisées
(2 ATP en 2 ADP+ 2 Pi, ATP en AMP + PPi). Lorsque le fumarate est transformé en
oxaloacétate (cycle de Krebs) pour régénérer l’aspartate après transamination, il en résulte la
formation d'une molécule de NADH,H+ qui correspond à 3 ATP. En conclusion l’élimination
d’un ion ammonium libre et de l’amine de l’aspartate sous forme d'une molécule d'urée ne
consomme qu'une liaison phosphate riche en énergie.

5 – Ammoniogenèse
Les ions ammonium produits par le catabolisme des acides aminés dans toutes les cellules
sont fixés par transamination sur l’α-cétoglutarate, puis par la glutamine synthétase.

Alanine + α-cétoglutarate  Pyruvate + Glutamate (enzyme = transaminase)

Ou
Aspartate + α-cétoglutarate  Oxaloacétate + Glutamate (enzyme = transaminase)

Puis
Glutamate + 𝑵𝑯+
𝟒  Glutamine (enzyme = glutamine synthétase)

La glutamine ainsi produite porte donc deux atomes d’Azote. Elle diffuse dans la circulation
d’où elle est captée par les reins ou par le foie.
Dans les muscles, l’Azote des acides aminés provenant du catabolisme des protéines lors du
jeûne prolongé, est fixé sur le pyruvate produit par la glycolyse cytoplasmique et excrété sous
forme d’alanine. L’alanine est ensuite captée par le foie qui récupère le pyruvate pour la
gluconéogenèse.
Dans les reins, la glutaminase libère des ions ammonium qui sont excrétés dans l’urine
comme les autres cations.

Glutamine + H2O  Glutamate + 𝑵𝑯+

𝟒 (enzyme = glutaminase)

Le glutamate restant, repart dans la circulation pour être recapté par le foie.

6 – Devenir du squelette carbone

Après le départ du groupe α -aminé sous forme de l’ammoniac, les 20 acides aminés, retrouvés
dans les protéines, libèrent chacun le 2-cétoacide (squelette carboné) correspondant. La

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dégradation des 20 squelettes carbonés conduisent à la formation de sept composés : 2-
cétoglutarate, oxaloacétate, fumarate, acétoacétyl-CoA, succinyl-CoA, pyruvate et acétyl-CoA.
Ils rentrent dans le métabolisme intermédiaire pour la production de l’énergie ou pour la
synthèse des glucides ou des lipides. Suivant le devenir des squelettes carboné on classe les
acides aminés en trois groupes :
• Les acides aminés glucoformateurs (glucogéniques) dont la dégradation du squelette
carboné libèrent l’un des intermédiaires (du cycle de Krebs) suivants : 2-cétoglutarate,
oxaloacétate, fumarate, succinyl-CoA et pyruvate. Cette classe couvre parmi les acides
aminés non essentiels : alanine, asparagine, aspartate, glutamate, glutamine, proline,
glycocole, sérine, cystéine ; et parmi les acides aminés essentiels : arginine, histidine,
méthionine, thréonine et valine.
• Les acides aminés cétogènes dont la dégradation du squelette carboné fournit l’acétyl-CoA
ou l’acétoacétyl-CoA. Ici on trouve 2 acides aminés essentiels : leucine et lysine.
• Les acides amines à la fois glucoformateurs et cétogènes : tyrosine (non essentiel),
phénylalanine, tryptophane et isoleucine (tous 3 essentiels).

6. Applications du métabolisme des protides

6.1. Troubles du métabolisme de l’urée
• Toxicité de l’ammoniac
Un excès d’ammoniac entraîne une activation de la glutamate-déshydrogénase dans le sens de
la production de glutamate avec consommation d’α-cétoglutarate et de NADH. Il y aura un
déficit du cycle de Krebs donc de production d’ATP dont le cerveau est dépendant d’où
l’apparition d’un coma. Celui-ci sera accentué par l’accumulation de l’acétylcoenzyme A qui
va être entraîné vers la voie de synthèse des corps cétoniques entrainant une acidose
métabolique avec des troubles nerveux.
• Pathologie héréditaire
Déficit enzymatique héréditaire.
- Total : défaut léthal par toxicité extrême de l’ammoniac accumulé en amont car
absence d’autre voie de son élimination en dehors du cycle de l’urée.
- Partiel : hyperammoniémie, retard mental et intolérance aux protéines. Ex : déficit
en ornithine transcarbamylase (OCT) lié au chromosome X.
• Pathologie acquise
Atteinte hépatique (cirrhose, hépatite) : risque d’hyperammoniémie. Aggravation en cas de
cirrhose par l’hémorragie des varices œsophagiennes : le sang riche en protéines sera catabolisé

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par les bactéries intestinales avec production importante d’ammoniac qui passera dans la
circulation générale.
6.2. Intérêt du dosage de l’urée
L’urée est dosée dans le sang et dans l’urine par une méthode enzymatique utilisant l’uréase
pour la transformer en carbamate d’ammonium puis en ammoniaque. Cette réaction est couplée
à celle catalysée par la glutamate-déshydrogénase afin de transformer l’ammoniaque en
glutamate avec l’utilisation d’α-cétoglutarate et de NADH comme cofacteur. Celui-ci est oxydé
en NAD+ et l’on mesure l’absorption à 340 nm. La diminution de densité optique est
proportionnelle à la quantité d’urée initialement présente dans l’échantillon de sang ou d’urine.
Les valeurs normales sont comprises entre 2,5 et 7,5 mmol/l (0,15 à 0,45 g/l).
L’urée sanguine augmente tandis que l’urée urinaire diminue en cas de néphropathie
(insuffisance rénale).

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