Guide R

guide-R
Guide pour l’analyse de données d’enquêtes avec R
Joseph Larmarange
21 février 2024
Table des matières
Préface 15
Remerciements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Licence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
I Bases du langage 18
1 Packages 19
1.1 Installation (CRAN) . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.2 Chargement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.3 Mise à jour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.4 Installation depuis GitHub . . . . . . . . . . . . . 22
1.5 Le tidyverse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
2 Vecteurs 26
2.1 Types et classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.2 Création d’un vecteur . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3 Longueur d’un vecteur . . . . . . . . . . . . . . . 30
2.4 Combiner des vecteurs . . . . . . . . . . . . . . . 31
2.5 Vecteurs nommés . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2.6 Indexation par position . . . . . . . . . . . . . . 33
2.7 Indexation par nom . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.8 Indexation par condition . . . . . . . . . . . . . . 35
2.9 Assignation par indexation . . . . . . . . . . . . 39
2.10 En résumé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.11 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3 Listes 42
3.1 Propriétés et création . . . . . . . . . . . . . . . 42
3.2 Indexation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
3.3 En résumé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
3.4 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
2
4 Tableaux de données 50
4.1 Propriétés et création . . . . . . . . . . . . . . . 50
4.2 Indexation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
4.3 Afficher les données . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
4.4 En résumé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
4.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5 Tibbles 66
5.1 Le concept de tidy data . . . . . . . . . . . . . . 66
5.2 tibbles : des tableaux de données améliorés . . . 66
5.3 Données et tableaux imbriqués . . . . . . . . . . 71
6 Attributs 74
II Manipulation de données 77
7 Le pipe 78
7.1 Le pipe natif de R : |> . . . . . . . . . . . . . . . 79
7.2 Le pipe du tidyverse : %>% . . . . . . . . . . . . . 80
7.3 Vaut-il mieux utiliser |> ou %>% ? . . . . . . . . . 81
7.4 Accéder à un élément avec purrr::pluck() et
purrr::chuck() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
8 dplyr 85
8.1 Opérations sur les lignes . . . . . . . . . . . . . . 86
8.1.1 filter() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
8.1.2 slice() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.1.3 arrange() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.1.4 slice_sample() . . . . . . . . . . . . . . . 94
8.1.5 distinct() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
8.2 Opérations sur les colonnes . . . . . . . . . . . . 97
8.2.1 select() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
8.2.2 relocate() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
8.2.3 rename() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
8.2.4 rename_with() . . . . . . . . . . . . . . . 104
8.2.5 pull() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
8.2.6 mutate() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
8.3 Opérations groupées . . . . . . . . . . . . . . . . 106
8.3.1 group_by() . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
8.3.2 summarise() . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
8.3.3 count() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
3
8.3.4 Grouper selon plusieurs variables . . . . . 114
8.4 Cheatsheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
8.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
9 Facteurs et forcats 120

9.1 Création d’un facteur . . . . . . . . . . . . . . . . 120
9.2 Changer l’ordre des modalités . . . . . . . . . . . 123
9.3 Modifier les modalités . . . . . . . . . . . . . . . 128
9.4 Découper une variable numérique en classes . . . 134
10 Combiner plusieurs variables 139

10.1 if_else() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
10.2 case_when() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
10.3 recode_if() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
11 Étiquettes de variables 149

11.1 Principe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
11.2 Manipulation sur un vecteur / une colonne . . . 151
11.3 Manipulation sur un tableau de données . . . . . 153
11.4 Préserver les étiquettes . . . . . . . . . . . . . . . 154
12 Étiquettes de valeurs 156

12.1 La classe haven_labelled . . . . . . . . . . . . . 156
12.2 Manipulation sur un vecteur / une colonne . . . 157
12.3 Manipulation sur un tableau de données . . . . . 161
12.4 Conversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
12.4.1 Quand convertir les vecteurs labellisés ? . 162
12.4.2 Convertir un vecteur labellisé en facteur . 164
12.4.3 Convertir un vecteur labellisé en numé-
rique ou en texte . . . . . . . . . . . . . . 166
12.4.4 Conversion conditionnelle en facteurs . . . 168
13 Valeurs manquantes 172

13.1 Valeurs manquantes étiquetées (tagged NAs) . . . 173
13.1.1 Création et test . . . . . . . . . . . . . . . 173
13.1.2 Valeurs uniques, doublons et tris . . . . . 176
13.1.3 Tagged NAs et étiquettes de valeurs . . . 177
13.1.4 Conversion en user NAs . . . . . . . . . . 179
13.2 Valeurs manquantes définies par l’utilisateurs
(user NAs) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
13.2.1 Création . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
13.2.2 Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
4
13.2.3 Conversion . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
14 Import & Export de données 187

14.1 Importer un fichier texte . . . . . . . . . . . . . . 187
14.1.1 Structure d’un fichier texte . . . . . . . . 187
14.1.2 Interface graphique avec RStudio . . . . . 188
14.1.3 Dans un script . . . . . . . . . . . . . . . 189
14.2 Importer un fichier Excel . . . . . . . . . . . . . 190
14.3 Importer depuis des logiciels de statistique . . . . 191
14.3.1 SPSS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
14.3.2 SAS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
14.3.3 Stata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
14.3.4 dBase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
14.4 Sauver ses données . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
14.5 Export de tableaux de données . . . . . . . . . . 195
15 Mettre en forme des nombres 196

15.1 label_number() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
15.2 Les autres fonctions de {scales} . . . . . . . . . 199
15.2.1 label_comma() . . . . . . . . . . . . . . . 199
15.2.2 label_percent() . . . . . . . . . . . . . 200
15.2.3 label_dollar() . . . . . . . . . . . . . . 200
15.2.4 label_pvalue() . . . . . . . . . . . . . . 201
15.2.5 label_scientific() . . . . . . . . . . . 201
15.2.6 label_bytes() . . . . . . . . . . . . . . . 202
15.2.7 label_ordinal() . . . . . . . . . . . . . 202
15.2.8 label_date(), label_date_short() &
label_time() . . . . . . . . . . . . . . . 203
15.2.9 label_wrap() . . . . . . . . . . . . . . . 203
15.3 Les fonctions de formatage de {gtsummary} . . . 204
15.3.1 style_number() . . . . . . . . . . . . . . 204
15.3.2 style_sigfig() . . . . . . . . . . . . . . 205
15.3.3 style_percent() . . . . . . . . . . . . . 206
15.3.4 style_pvalue() . . . . . . . . . . . . . . 207
15.3.5 style_ratio() . . . . . . . . . . . . . . . 207
15.4 Bonus : signif_stars() de {ggstats} . . . . . 208
16 Couleurs & Palettes 209

16.1 Noms de couleur . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
16.2 Couleurs RVB et code hexadécimal . . . . . . . . 210
5
16.3 Palettes de couleurs . . . . . . . . . . . . . . . . 211
16.3.1 Color Brewer . . . . . . . . . . . . . . . . 211
16.3.2 Palettes de Paul Tol . . . . . . . . . . . . 213
16.3.3 Interface unifiée avec {paletteer} . . . . 215
III Analyses 218
17 Graphiques avec ggplot2 219

17.1 Ressources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
17.2 Les bases de ggplot2 . . . . . . . . . . . . . . . . 219
17.3 Cheatsheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
17.4 Exploration visuelle avec esquisse . . . . . . . . 224
17.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
17.6 Combiner plusieurs graphiques . . . . . . . . . . 227
18 Statistique univariée & Intervalles de confiance 233

18.1 Exploration graphique . . . . . . . . . . . . . . . 233
18.1.1 Variable continue . . . . . . . . . . . . . . 233
18.1.2 Variable catégorielle . . . . . . . . . . . . 237
18.2 Tableaux et tris à plat . . . . . . . . . . . . . . . 240
18.2.1 Thème du tableau . . . . . . . . . . . . . 242
18.2.2 Étiquettes des variables . . . . . . . . . . 244
18.2.3 Statistiques affichées . . . . . . . . . . . . 247
18.2.4 Affichage du nom des statistiques . . . . . 251
18.2.5 Forcer le type de variable . . . . . . . . . 253
18.2.6 Afficher des statistiques sur plusieurs
lignes (variables continues) . . . . . . . . 256
18.2.7 Mise en forme des statistiques . . . . . . . 257
18.2.8 Données manquantes . . . . . . . . . . . . 262
18.2.9 Ajouter les effectifs observés . . . . . . . . 264
18.3 Calcul manuel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
18.3.1 Variable continue . . . . . . . . . . . . . . 264
18.3.2 Variable catégorielle . . . . . . . . . . . . 266
18.4 Intervalles de confiance . . . . . . . . . . . . . . . 268
18.4.1 Avec gtsummary . . . . . . . . . . . . . . 268
18.4.2 Calcul manuel . . . . . . . . . . . . . . . 270
18.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274
6
19 Statistique bivariée & Tests de comparaison 275
19.1 Deux variables catégorielles . . . . . . . . . . . . 275
19.1.1 Tableau croisé avec gtsummary . . . . . . 275
19.1.2 Représentations graphiques . . . . . . . . 278
19.1.3 Calcul manuel . . . . . . . . . . . . . . . 285
19.1.4 Test du Chi² et dérivés . . . . . . . . . . . 288
19.1.5 Comparaison de deux proportions . . . . 290
19.2 Une variable continue selon une variable catégo-
rielle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294
19.2.1 Tableau comparatif avec gtsummary . . . 294
19.2.3 Calcul manuel . . . . . . . . . . . . . . . 302
19.2.4 Tests de comparaison . . . . . . . . . . . 303
19.2.5 Différence de deux moyennes . . . . . . . 306
19.3 Deux variables continues . . . . . . . . . . . . . . 307
19.3.2 Tester la relation entre les deux variables 314
19.4 Matrice de corrélations . . . . . . . . . . . . . . . 315
19.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
20 Échelles de Likert 318

20.1 Exemple de données . . . . . . . . . . . . . . . . 318
20.2 Tableau de fréquence . . . . . . . . . . . . . . . . 319
20.3 Représentations graphiques . . . . . . . . . . . . 323
21 Régression linéaire 328

21.1 Modèle à une seule variable explicative continue . 328
21.2 Modèle à une seule variable explicative catégorielle333
21.3 Modèle à plusieurs variables explicatives . . . . . 336
22 Régression logistique binaire 338

22.1 Préparation des données . . . . . . . . . . . . . . 338
22.2 Statistiques descriptives . . . . . . . . . . . . . . 345
22.3 Calcul de la régression logistique binaire . . . . . 347
22.4 Interpréter les coefficients . . . . . . . . . . . . . 348
22.5 La notion d’odds ratio . . . . . . . . . . . . . . . 351
22.6 Afficher les écarts-types plutôt que les intervalles
de confiance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355
22.7 Afficher toutes les comparaisons (pairwise
contrasts) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359
22.8 Identifier les variables ayant un effet significatif . 362
7
22.9 Régressions logistiques univariées . . . . . . . . . 365
22.10Présenter l’ensemble des résultats dans un même
tableau . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367
22.11webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369
23 Sélection pas à pas d’un modèle 370

23.1 Données d’illustration . . . . . . . . . . . . . . . 370
23.2 Présentation de l’AIC . . . . . . . . . . . . . . . 372
23.3 Sélection pas à pas descendante . . . . . . . . . . 372
23.4 Sélection pas à pas ascendante . . . . . . . . . . 378
23.5 Forcer certaines variables dans le modèle réduit . 381
23.6 Minimisation du BIC . . . . . . . . . . . . . . . . 382
23.7 Afficher les indicateurs de performance . . . . . . 384
23.8 Sélection pas à pas et valeurs manquantes . . . . 385
24 Prédictions marginales, contrastes marginaux & ef-

fets marginaux 390
24.1 Terminologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
24.3 Prédictions marginales . . . . . . . . . . . . . . . 395
24.3.1 Prédictions marginales moyennes . . . . . 395
24.3.2 Prédictions marginales à la moyenne . . . 403
24.3.3 Variantes . . . . . . . . . . . . . . . . . . 412
24.4 Contrastes marginaux . . . . . . . . . . . . . . . 415
24.4.1 Contrastes marginaux moyens . . . . . . . 415
24.4.2 Contrastes marginaux à la moyenne . . . 423
24.5 Pentes marginales / Effets marginaux . . . . . . 426
24.5.1 Pentes marginales moyennes / Effets
marginaux moyens . . . . . . . . . . . . . 426
24.5.2 Pentes marginales à la moyenne / Effets
marginaux à la moyenne . . . . . . . . . . 431
24.6 Lectures complémentaires (en anglais) . . . . . . 432
24.7 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 432
25 Contrastes (variables catégorielles) 433

25.1 Contrastes de type traitement . . . . . . . . . . . 433
25.1.1 Exemple 1 : un modèle linéaire avec une
variable catégorielle . . . . . . . . . . . . 433
25.1.2 Exemple 2 : une régression logistique avec
deux variables catégorielles . . . . . . . . 436
25.1.3 Changer la modalité de référence . . . . . 441
8
25.2 Contrastes de type somme . . . . . . . . . . . . . 444
25.3 Contrastes par différences successives . . . . . . . 450
25.4 Autres types de contrastes . . . . . . . . . . . . . 455
25.4.1 Contrastes de type Helmert . . . . . . . . 455
25.4.2 Contrastes polynomiaux . . . . . . . . . . 457
25.5 Lectures additionnelles . . . . . . . . . . . . . . . 458
26 Interactions 459
26.2 Modèle sans interaction . . . . . . . . . . . . . . 460
26.3 Définition d’une interaction . . . . . . . . . . . . 462
26.4 Significativité de l’interaction . . . . . . . . . . . 464
26.5 Interprétation des coefficients . . . . . . . . . . . 466
26.6 Définition alternative de l’interaction . . . . . . . 471
26.7 Identifier les interactions pertinentes . . . . . . . 475
26.8 Pour aller plus loin . . . . . . . . . . . . . . . . . 477
26.9 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 478
27 Multicolinéarité 479
27.1 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479
27.2 Mesure de la colinéarité . . . . . . . . . . . . . . 481
27.3 La multicolinéarité est-elle toujours un problème ?487
27.4 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 489
IV Données pondérées avec survey 490
28 Définir un plan d’échantillonnage 491

28.1 Différents types d’échantillonnage . . . . . . . . . 491
28.2 Avec survey::svydesign() . . . . . . . . . . . . 492
28.3 Avec srvyr::as_survey_design() . . . . . . . . 497
28.4 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501
9
29 Manipulation de données pondérées 502
29.1 Utilisation de {srvyr} . . . . . . . . . . . . . . . 503
29.2 Lister / Rechercher des variables . . . . . . . . . 505
29.3 Extraire un sous-échantillon . . . . . . . . . . . . 506
30 Analyses uni- et bivariées pondérées 507

30.1 La fonction tbl_svysummary() . . . . . . . . . . 507
30.2 Calcul manuel avec {survey} . . . . . . . . . . . 512
30.3 Intervalles de confiance et tests statistiques . . . 515
30.4 Calcul manuel avec {srvyr} . . . . . . . . . . . . 517
30.5 Impact du plan d’échantillonnage . . . . . . . . . 520
31 Graphiques pondérés 525
32 Régression logistique binaire pondérée 529

32.1 Données des exemples . . . . . . . . . . . . . . . 529
32.2 Calcul de la régression logistique binaire . . . . . 530
32.3 Sélection de modèle . . . . . . . . . . . . . . . . . 531
32.4 Affichage des résultats . . . . . . . . . . . . . . . 533
32.5 Prédictions marginales . . . . . . . . . . . . . . . 535
V Manipulation avancée 537
33 Fusion de tables 538

33.1 Jointures avec dplyr . . . . . . . . . . . . . . . . 538
33.1.1 Clés implicites . . . . . . . . . . . . . . . 538
33.1.2 Clés explicites . . . . . . . . . . . . . . . . 541
33.1.3 Types de jointures . . . . . . . . . . . . . 544
33.2 Jointures avec merge() . . . . . . . . . . . . . . . 550
33.3 Ajouter des observations avec bind_rows() . . . 551
34 Dates avec lubridate 555

34.1 Création de dates / de dates-heures . . . . . . . . 555
34.1.1 lors de l’import d’un fichier CSV . . . . . 556
34.1.2 à partir d’une chaîne de caractères . . . . 560
34.1.3 à partir des composants . . . . . . . . . . 561
34.1.4 conversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563
34.2 Manipuler les composants d’une date/date-heure 563
34.2.1 Extraire un composant . . . . . . . . . . . 563
34.2.2 Arrondis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 565
34.2.3 Modifier un composant . . . . . . . . . . 566
10
34.3 Durées, périodes, intervalles & Arithmétique . . . 567
34.3.1 Durées (Duration) . . . . . . . . . . . . . 567
34.3.2 Périodes (Period) . . . . . . . . . . . . . . 570
34.3.3 Intervalles (Interval) . . . . . . . . . . . . 573
34.4 Calcul d’un âge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 576
34.5 Fuseaux horaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . 577
34.6 Pour aller plus loin . . . . . . . . . . . . . . . . . 580
35 Chaînes de texte avec stringr 581

35.1 Concaténer des chaînes . . . . . . . . . . . . . . . 582
35.2 Convertir en majuscules / minuscules . . . . . . . 583
35.3 Découper des chaînes . . . . . . . . . . . . . . . . 584
35.4 Extraire des sous-chaînes par position . . . . . . 586
35.5 Détecter des motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . 586
35.6 Expressions régulières . . . . . . . . . . . . . . . 588
35.7 Extraire des motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . 588
35.8 Remplacer des motifs . . . . . . . . . . . . . . . . 590
35.9 Modificateurs de motifs . . . . . . . . . . . . . . 591
35.10Insérer une variable dans une chaîne de caractères592
35.11Ressources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 593
36 Réorganisation avec tidyr 594

36.1 Tidy data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 594
36.2 Trois règles pour des données bien rangées . . . . 596
36.3 pivot_longer() : rassembler des colonnes . . . . 599
36.4 pivot_wider() : disperser des lignes . . . . . . . 601
36.5 separate() : séparer une colonne en plusieurs
colonnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 604
36.6 separate_rows() : séparer une colonne en plu-
sieurs lignes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605
36.7 unite() : regrouper plusieurs colonnes en une
seule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607
36.8 extract() : créer de nouvelles colonnes à partir
d’une colonne de texte . . . . . . . . . . . . . . . 608
36.9 complete() : compléter des combinaisons de va-
riables manquantes . . . . . . . . . . . . . . . . . 610
36.10Ressources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 613
36.11Fichiers volumineux . . . . . . . . . . . . . . . . 614
36.12webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 614
11
37 Conditions logiques 615
37.1 Opérateurs de comparaison . . . . . . . . . . . . 615
37.2 Comparaison et valeurs manquantes . . . . . . . 618
37.3 Opérateurs logiques (algèbre booléenne) . . . . . 620
37.3.1 Opérations logiques et Valeurs manquantes622
37.3.2 L’opérateur %in% . . . . . . . . . . . . . . 623
37.4 Aggrégation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623
37.5 Programmation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 624
38 Transformations multiples 626

38.1 Transformations multiples sur les colonnes . . . . 626
38.1.1 Usage de base . . . . . . . . . . . . . . . . 626
38.1.2 Fonctions multiples . . . . . . . . . . . . . 631
38.1.3 Accéder à la colonne courante . . . . . . . 632
38.1.4 pick() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 633
38.2 Sélection de lignes à partir d’une sélection de
colonnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635
38.3 Transformations multiples sur les lignes . . . . . 636
38.3.1 Création . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 636
38.3.2 Statistiques ligne par ligne . . . . . . . . . 639
VI Analyses avancées 644
39 Analyse factorielle 645

39.1 Principe général . . . . . . . . . . . . . . . . . . 646
39.2 Première illustration : ACM sur les loisirs . . . . 647
39.2.1 Calcul de l’ACM . . . . . . . . . . . . . . 649
39.2.2 Exploration graphique interactive . . . . . 649
39.2.4 Variance expliquée et valeurs propres . . . 651
39.2.5 Contribution aux axes . . . . . . . . . . . 653
39.2.6 Représentation des modalités dans le
plan factoriel . . . . . . . . . . . . . . . . 654
39.2.7 Représentation des individus dans le plan
factoriel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656
39.2.8 Récupérer les coordonnées des individus
/ des variables . . . . . . . . . . . . . . . 660
39.3 Ajout de variables / d’observations additionnelles 661
39.4 Gestion des valeurs manquantes . . . . . . . . . . 664
39.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 668
12
39.6 Lectures additionnelles . . . . . . . . . . . . . . . 668
40 Classification ascendante hiérarchique 669

40.1 Calculer une matrice des distances . . . . . . . . 669
40.1.1 Distance de Gower . . . . . . . . . . . . . 670
40.1.2 Distance du Φ² . . . . . . . . . . . . . . . 672
40.1.3 Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . 673
40.2 Calcul du dendrogramme . . . . . . . . . . . . . 674
40.2.1 Représentation graphique du dendro-
gramme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 676
40.3 Découper le dendrogramme . . . . . . . . . . . . 678
40.3.1 Classes obtenues avec la distance de Gower678
40.3.2 Classes obtenues à partir de l’ACM (dis-
tance du Φ²) . . . . . . . . . . . . . . . . 683
40.4 Calcul de l’ACM et de la CAH avec FactoMineR 688
40.5 Caractériser la typologie . . . . . . . . . . . . . . 693
40.6 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 700
41 Régression logistique multinomiale 701

41.2 Calcul du modèle multinomial . . . . . . . . . . . 703
41.3 Affichage des résultats du modèle . . . . . . . . . 704
41.4 Données pondérées . . . . . . . . . . . . . . . . . 714
41.4.1 avec svrepmisc::svymultinom() . . . . 714
41.4.2 avec svyVGAM::svy_glm() . . . . . . . . . 718
41.5 webin-R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 720
42 Régression logistique ordinale 721

42.2 Calcul du modèle ordinal . . . . . . . . . . . . . 723
42.2.1 avec MASS::polr() . . . . . . . . . . . . . 723
42.2.2 Fonctions alternatives . . . . . . . . . . . 724
42.3 Affichage des résultats du modèle . . . . . . . . . 726
42.4 Données pondérées . . . . . . . . . . . . . . . . . 730
42.4.1 avec survey::svyolr() . . . . . . . . . . 730
42.4.2 avec svrepmisc::svymultinom() . . . . 730
42.4.3 avec svyVGAM::svy_glm() . . . . . . . . . 733
13
43 Modèles de comptage (Poisson & apparentés) 736
43.1 Modèle de Poisson . . . . . . . . . . . . . . . . . 736
43.1.1 Préparation des données du premier
exemple . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 737
43.1.2 Calcul & Interprétation du modèle de
Poisson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 739
43.1.3 Évaluation de la surdispersion . . . . . . . 743
43.2 Modèle de quasi-Poisson . . . . . . . . . . . . . . 747
43.3 Modèle binomial négatif . . . . . . . . . . . . . . 750
43.4 Exemple avec une plus grande surdispersion . . . 754
43.5 Modèles de comptage avec une variable binaire . 758
43.6 Données pondérées et plan d’échantillonnage . . 766
43.7 Lectures complémentaires . . . . . . . . . . . . . 768
44 Modèles d’incidence / de taux 769

44.1 Premier exemple (données individuelles, évène-
ment unique) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 770
44.2 Deuxième exemple (données agrégées) . . . . . . 772
44.3 Troisième exemple (données individuelles, évène-
ment unique) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 774
45 Modèles de comptage zero-inflated et hurdle 779

45.2 Modèles de comptage classique . . . . . . . . . . 780
45.3 Modèles zero-inflated . . . . . . . . . . . . . . . . 782
45.4 Modèles hurdle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 789
45.5 Modèles de taux zero-inflated ou hurdle . . . . . 792
46 Quel modèle choisir ? 794
VII Pour aller plus loin 795
47 Ressources documentaires 796

47.1 Ressources génériques . . . . . . . . . . . . . . . 796
47.2 Analyse de réseaux . . . . . . . . . . . . . . . . . 797
47.3 Analyse spatiale & Cartographie . . . . . . . . . 797
47.4 Analyse textuelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . 797
14
Préface
Á Guide en cours d’écriture
Ce guide est encore incomplet. Le plan prévu est visible

à cette adresse : https://github.com/larmarange/guide-
R/issues/12.
En attendant, nous vous conseillons de compléter votre
lecture par le site analyse-R.
Ce guide porte sur l’analyse de données d’enquêtes avec le lo-

giciel R, un logiciel libre de statistiques et de traitement de
données. Les exemples présentés ici relèvent principalement du
champs des sciences sociales quantitatives et des sciences de
la santé. Ils peuvent néanmoins s’appliquer à d’autre champs
disciplinaires. Comme tout ouvrage, ce guide ne peut être ex-
haustif.
Ce guide présente comment réaliser des analyses statistiques et
diverses opérations courantes (comme la manipulation de don-
nées ou la production de graphiques) avec R. Il ne s’agit pas
d’un cours de statistiques : les différents chapitres présupposent
donc que vous avez déjà une connaissance des différentes tech-
niques présentées. Si vous souhaitez des précisions théoriques
/ méthodologiques à propos d’un certain type d’analyses, nous
vous conseillons d’utiliser votre moteur de recherche préféré. En
effet, on trouve sur internet de très nombreux supports de cours
(sans compter les nombreux ouvrages spécialisés disponibles en
librairie).
De même, il ne s’agit pas d’une introduction ou d’un guide pour
les utilisatrices et utilisateurs débutant·es. Si vous découvrez
R, nous vous conseillons la lecture de l’Introduction à R et au
tidyverse de Julien Barnier (https://juba.github.io/tidyverse/).
Néanmoins, quelques rappels sur les bases du langage sont four-
nis dans la section Bases du langage. Une bonne compréhension
15
de ces dernières, bien qu’un peu ardue de prime abord, permet
de comprendre le sens des commandes que l’on utilise et de
pleinement exploiter la puissance que R offre en matière de
manipulation de données.
R disposent de nombreuses extensions ou packages (plus de
16 000) et il existe souvent plusieurs manières de procéder pour
arriver au même résultat. En particulier, en matière de mani-
pulation de données, on oppose1 souvent base R qui repose sur 1
Une comparaison des deux syntaxes
les fonctions disponibles en standard dans R, la majorité étant est illustrée par une vignette dédiée
de dplyr.
fournies dans les packages {base}, {utils} ou encore {stats},
qui sont toujours chargés par défaut, et le {tidyverse} qui est
une collection de packages comprenant, entre autres, {dplyr},
{tibble}, {tidyr}, {forcats} ou encore {ggplot2}. Il y a un
débat ouvert, parfois passionné, sur le fait de privilégier l’une ou
l’autre approche, et les avantages et inconvénients de chacune
dépendent de nombreux facteurs, comme la lisibilité du code ou
bien les performances en temps de calcul. Dans ce guide, nous
avons adopté un point de vue pragmatique et utiliserons, le plus
souvent mais pas exclusivement, les fonctions du {tidyverse},
de même que nous avons privilégié d’autres packages, comme
{gtsummary} ou {ggstats} par exemple pour la statistique des-
criptive. Cela ne signifie pas, pour chaque point abordé, qu’il
s’agit de l’unique manière de procéder. Dans certains cas, il
s’agit simplement de préférences personnelles.
Bien qu’il en reprenne de nombreux contenus, ce guide ne se
substitue pas au site analyse-R. Il s’agit plutôt d’une version
complémentaire qui a vocation à être plus structurée et parfois
plus sélective dans les contenus présentés.
En complément, on pourra également se référer aux webin-R,
une série de vidéos avec partage d’écran, librement accessibles
sur YouTube : https://www.youtube.com/c/webinR.
Cette version du guide a utilisé r R.Version()[["version.string"]].
Ce document est généré avec quarto et le code source est dis-
ponible sur GitHub. Pour toute suggestion ou correction, vous
pouvez ouvrir un ticket GitHub. Pour d’autres questions, vous
pouvez utiliser les forums de discussion disponibles en bas de
chaque page sur la version web du guide. Ce document est
régulièrement mis à jour. La dernière version est consultable
sur https://larmarange.github.io/guide-R/.
16
Remerciements
Ce document a bénéficié de différents apports provenant notam-

ment de l’Introduction à R et de l’Introduction à R et au tidy-
verse de Julien Barnier et d’analyse-R : introduction à l’analyse
d’enquêtes avec R et RStudio. Certains chapitres se sont ap-
puyés sur l’ouvrage de référence R for data science par Hadley
Wickham, Mine Çetinkaya-Rundel et Garret Grolemund, ou en-
core sur les notes de cours d’Ewan Gallic.
Merci donc à Julien Barnier, Julien Biaudet, François Briatte,
Milan Bouchet-Valat, Mine Çetinkaya-Rundel, Ewen Gallic,
Frédérique Giraud, Joël Gombin, Garret Grolemund, Mayeul
Kauffmann, Christophe Lalanne, Nicolas Robette et Hadley
Wickham.
Licence
Ce document est mis à disposition selon les termes de la Li-

cence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Com-
merciale - Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 Internatio-
nal.
17
partie I
Bases du langage
18
1 Packages
L’installation par défaut du logiciel R contient le cœur du pro-

gramme ainsi qu’un ensemble de fonctions de base fournissant
un grand nombre d’outils de traitement de données et d’analyse
statistiques.
R étant un logiciel libre, il bénéficie d’une forte communauté
d’utilisateurs qui peuvent librement contribuer au développe-
ment du logiciel en lui ajoutant des fonctionnalités supplémen-
taires. Ces contributions prennent la forme d’extensions (pa-
ckages en anglais) pouvant être installées par l’utilisateur et
fournissant alors diverses fonctionnalités supplémentaires.
Il existe un très grand nombre d’extensions (plus de 16 000
à ce jour), qui sont diffusées par un réseau baptisé CRAN
(Comprehensive R Archive Network).
La liste de toutes les extensions disponibles sur CRAN est
disponible ici : http://cran.r-project.org/web/packages/.
Pour faciliter un peu le repérage des extensions, il existe un
ensemble de regroupements thématiques (économétrie, finance,
génétique, données spatiales…) baptisés Task views : http://cr
an.r-project.org/web/views/.
On y trouve notamment une Task view dédiée aux sciences
sociales, listant de nombreuses extensions potentiellement utiles
pour les analyses statistiques dans ce champ disciplinaire : http:
//cran.r-project.org/web/views/SocialSciences.html.
On peut aussi citer le site Awesome R (https://github.com/q
inwf/awesome-R) qui fournit une liste d’extensions choisies et
triées par thématique.
19
1.1 Installation (CRAN)
L’installation d’une extension se fait par la fonction

install.packages(), à qui on fournit le nom de l’extension.
Par exemple, si on souhaite installer l’extension {gtsummary} :
install.packages("gtsummary")
Sous RStudio, on pourra également cliquer sur Install dans

l’onglet Packages du quadrant inférieur droit.
Alternativement, on pourra avoir recours au package
{remotes} et à sa fonction remotes::install_cran() :
remotes::install_cran("gtsummary")
Ĺ Note
Le package {remotes} n’est pas disponible par dé-

faut sous R et devra donc être installé classiquement
avec install.packages("remotes"). À la différence de
install.packages(), remotes::install_cran() vérifie
si le package est déjà installé et, si oui, si la version instal-
lée est déjà la dernière version, avant de procéder à une
installation complète si et seulement si cela est nécessaire.
1.2 Chargement
Une fois un package installé (c’est-à-dire que ses fichiers ont

été téléchargés et copiés sur votre ordinateur), ses fonctions
et objets ne sont pas directement accessibles. Pour pouvoir les
utiliser, il faut, à chaque session de travail, charger le pa-
ckage en mémoire avec la fonction library() ou la fonction
require() :
library(gtsummary)
20
À partir de là, on peut utiliser les fonctions de l’extension,
consulter leur page d’aide en ligne, accéder aux jeux de don-
nées qu’elle contient, etc.
Alternativement, pour accéder à un objet ou une fonction d’un
package sans avoir à le charger en mémoire, on pourra avoir re-
cours à l’opérateur ::. Ainsi, l’écriture p::f() signifie la fonc-
tion f() du package p. Cette écriture sera notamment utilisée
tout au long de ce guide pour indiquer à quel package appar-
tient telle fonction : remotes::install_cran() indique que la
fonction install_cran() provient du packages {remotes}.
ĺ Important
Il est important de bien comprendre la différence entre

install.packages() et library(). La première va cher-
cher un package sur internet et l’installe en local sur le
disque dur de l’ordinateur. On n’a besoin d’effectuer cette
opération qu’une seule fois. La seconde lit les informations
de l’extension sur le disque dur et les met à disposition de
R. On a besoin de l’exécuter à chaque début de session
ou de script.
1.3 Mise à jour
Pour mettre à jour l’ensemble des packages installés, il suffit

d’exécuter la fonction update.packages() :
update.packages()
Sous RStudio, on pourra alternativement cliquer sur Update

dans l’onglet Packages du quadrant inférieur droit.
Si on souhaite désinstaller une extension précédemment instal-
lée, on peut utiliser la fonction remove.packages() :
remove.packages("gtsummary")
21
Ď Installer / Mettre à jour les packages utilisés par un
projet
Après une mise à jour majeure de R, il est souvent né-

cessaire de réinstaller tous les packages utilisés. De même,
on peut parfois souhaiter mettre à jour uniquement les
packages utilisés par un projet donné sans avoir à mettre
à jour tous les autres packages présents sur son PC.
Une astuce consiste à avoir recours à la fonction
renv::dependencies() qui examine le code du projet
courant pour identifier les packages utilisés, puis à pas-
ser cette liste de packages à remotes::install_cran()
qui installera les packages manquants ou pour lesquels une
mise à jour est disponible.
Il vous suffit d’exécuter la commande ci-dessous :
renv::dependencies() |>
purrr::pluck("Package") |>
unique() |>
remotes::install_cran()
1.4 Installation depuis GitHub
Certains packages ne sont pas disponibles sur CRAN mais

seulement sur GitHub, une plateforme de développement in-
formatique. Il s’agit le plus souvent de packages qui ne sont pas
encore suffisamment matures pour être diffusés sur CRAN (sa-
chant que des vérifications strictes sont effectués avant qu’un
package ne soit référencés sur CRAN).
Dans d’autres cas de figure, la dernière version stable d’un pa-
ckage est disponible sur CRAN tandis que la version en cours
de développement est, elle, disponible sur GitHub. Il faut être
vigilant avec les versions de développement. Parfois, elle corrige
un bug ou introduit une nouvelle fonctionnalité qui n’est pas en-
core dans la version stable. Mais les versions de développement
peuvent aussi contenir de nouveaux bugs ou des fonctionnalités
instables.
22
Á Sous Windows
Pour les utilisatrices et utilisateurs sous Windows, il faut

être conscient que le code source d’un package doit être
compilé afin de pouvoir être utilisé. CRAN fournit une
version des packages déjà compilée pour Windows ce qui
facilite l’installation.
Par contre, lorsque l’on installe un package depuis Gi-
tHub, R ne récupère que le code source et il est donc
nécessaire de compiler localement le package. Pour cela, il
est nécessaire que soit installé sur le PC un outil complé-
mentaire appelé RTools. Il est téléchargeable à l’adresse
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/.
Le code source du package {labelled} est disponible

sur GitHub à l’adresse h t t p s : / / g i t h u b . c o m / l a r m a
r a n g e / l a b e l l ed. Pour installer la version de dévelop-
pement de {labelled},on aura recours à la fonction
remotes::install_github() à laquelle on passera la
partie située à droite de https://github.com/ dans l’URL
du package, à savoir :
remotes::install_github("larmarange/labelled")
1.5 Le tidyverse
Le terme {tidyverse} est une contraction de tidy (qu’on pour-

rait traduire par bien rangé) et de universe. Il s’agit en fait
d’une collection de packages conçus pour travailler ensemble et
basés sur une philosophie commune.
Ils abordent un très grand nombre d’opérations courantes dans
R (la liste n’est pas exhaustive) :
• visualisation ({ggplot2})
• manipulation des tableaux de données ({dplyr},
{tidyr})
• import/export de données ({readr}, {readxl}, {haven})
• manipulation de variables ({forcats}, {stringr},
{lubridate})
23
• programmation ({purrr}, {magrittr}, {glue})
Un des objectifs de ces extensions est de fournir des fonctions

avec une syntaxe cohérente, qui fonctionnent bien ensemble, et
qui retournent des résultats prévisibles. Elles sont en grande
partie issues du travail d’Hadley Wickham, qui travaille désor-
mais pour RStudio.
{tidyverse} est également le nom d’une extension générique
qui permets d’installer en une seule commande l’ensemble des
packages constituant le tidyverse :
install.packages("tidyverse")
Lorsque l’on charge le package {tidyverse} avec library(),

cela charge également en mémoire les principaux packages du
tidyverse2 . 2
Si on a besoin d’un autre package
du tidyverse comme {lubridate}, il
faudra donc le charger individuelle-
library(tidyverse)
ment.
-- Attaching core tidyverse packages ------------------------ tidyverse 2.0.0 --

v dplyr 1.1.2 v readr 2.1.4
v forcats 1.0.0 v stringr 1.5.0
v ggplot2 3.4.3 v tibble 3.2.1
v lubridate 1.9.2 v tidyr 1.3.0
v purrr 1.0.1
-- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
x dplyr::filter() masks stats::filter()
x dplyr::lag() masks stats::lag()
i Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become
24
Figure 1.1: Packages chargés avec library(tidyverse)
25
2 Vecteurs
Les vecteurs sont l’objet de base de R et correspondent à une

liste de valeurs. Leurs propriétés fondamentales sont :
• les vecteurs sont unidimensionnels (i.e. ce sont des objets

à une seule dimension, à la différence d’une matrice par
exemple) ;
• toutes les valeurs d’un vecteur sont d’un seul et même
type ;
• les vecteurs ont une longueur qui correspond au nombre
de valeurs contenues dans le vecteur.
2.1 Types et classes
Dans R, il existe plusieurs types fondamentaux de vecteurs et,

en particulier, :
• les nombres réels (c’est-à-dire les nombres décimaux3 ), 3

Pour rappel, R étant anglophone,
par exemple 5.23 ; le caractère utilisé pour indiqué les
chiffres après la virgule est le point
• les nombres entiers, que l’on saisi en ajoutant le suffixe
(.).
L4 , par exemple 4L ;
4
• les chaînes de caractères (qui correspondent à du texte), R utilise 32 bits pour représenter
des nombres entiers, ce qui corres-
que l’on saisit avec des guillemets doubles (") ou simples pond en informatique à des entiers
('), par exemple "abc" ; longs ou long integers en anglais, d’où
• les valeurs logiques ou valeurs booléennes, à savoir vrai la lettre L utilisée pour indiquer un
ou faux, que l’on représente avec les mots TRUE et FALSE nombre entier.
(en majuscules5 ). 5
On peut également utiliser les rac-
courcis T et F. Cependant, pour une
En plus de ces types de base, il existe de nombreux autres types meilleure lisibilité du code, il est pré-
de vecteurs utilisés pour représenter toutes sortes de données, férable d’utiliser les versions longues
TRUE et FALSE.
comme les facteurs (voir Chapitre 9) ou les dates (voir Cha-
pitre 34).
26
La fonction class() renvoie la nature d’un vecteur tandis que
la fonction typeof() indique la manière dont un vecteur est
stocké de manière interne par R.
Table 2.1: Le type et la classe des principaux types de vecteurs
x class(x) typeof(x)
3L integer integer
5.3 numeric double
TRUE logical logical
"abc" character character
factor("a") factor integer
as.Date("2020-01-01") Date double
Ď Astuce
Pour un vecteur numérique, le type est "double" car R

utilise une double précision pour stocker en mémoire les
nombres réels.
En interne, les facteurs sont représentés par un nombre
entier auquel est attaché une étiquette, c’est pourquoi
typeof() renvoie "integer".
Quand aux dates, elles sont stockées en interne sous la
forme d’un nombre réel représentant le nombre de jours
depuis le 1er janvier 1970, d’où le fait que typeof() ren-
voie "double".
2.2 Création d’un vecteur
Pour créer un vecteur, on utilisera la fonction c() en lui passant

la liste des valeurs à combiner6 . 6
La lettre c est un raccourci du mot
anglais combine, puisque cette fonc-
tion permet de combiner des valeurs
taille <- c(1.88, 1.65, 1.92, 1.76, NA, 1.72)
individuelles dans un vecteur unique.
taille
[1] 1.88 1.65 1.92 1.76 NA 1.72
27
sexe <- c("h", "f", "h", "f", "f", "f")
sexe
[1] "h" "f" "h" "f" "f" "f"
urbain <- c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE)

urbain
[1] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE
Nous l’avons vu, toutes les valeurs d’un vecteur doivent obliga-
toirement être du même type. Dès lors, si on essaie de combiner
des valeurs de différents types, R essaiera de les convertir au
mieux. Par exemple :
x <- c(2L, 3.14, "a")

x
[1] "2" "3.14" "a"
class(x)
[1] "character"
Dans le cas présent, toutes les valeurs ont été converties en

chaînes de caractères.
Dans certaines situations, on peut avoir besoin de créer un vec-
teur d’une certaine longueur mais dont toutes les valeurs sont
identiques. Cela se réalise facilement avec rep() à qui on indi-
quera la valeur à répéter puis le nombre de répétitions :
rep(2, 10)
[1] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
On peut aussi lui indiquer plusieurs valeurs qui seront alors

répétées en boucle :
28
rep(c("a", "b"), 3)
[1] "a" "b" "a" "b" "a" "b"
Dans d’autres situations, on peut avoir besoin de créer un vec-

teur contenant une suite de valeurs, ce qui se réalise aisément
avec seq() à qui on précisera les arguments from (point de
départ), to (point d’arrivée) et by (pas). Quelques exemples
valent mieux qu’un long discours :
seq(1, 10)
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
seq(5, 17, by = 2)
[1] 5 7 9 11 13 15 17
seq(10, 0)
[1] 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0
seq(100, 10, by = -10)
[1] 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10
seq(1.23, 5.67, by = 0.33)
[1] 1.23 1.56 1.89 2.22 2.55 2.88 3.21 3.54 3.87 4.20 4.53 4.86 5.19 5.52
L’opérateur : est un raccourci de la fonction seq() pour créer

une suite de nombres entiers. Il s’utilise ainsi :
29
1:5
[1] 1 2 3 4 5
24:32
[1] 24 25 26 27 28 29 30 31 32
55:43
[1] 55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43
2.3 Longueur d’un vecteur
La longueur d’un vecteur correspond au nombre de valeurs qui

le composent. Elle s’obtient avec length() :
length(taille)
[1] 6
length(c("a", "b"))
[1] 2
La longueur d’un vecteur vide (NULL) est zéro.
length(NULL)
[1] 0
30
2.4 Combiner des vecteurs
Pour combiner des vecteurs, rien de plus simple. Il suffit

d’utiliser c() ! Les valeurs des différents vecteurs seront mises
bout à bout pour créer un unique vecteur.
x <- c(2, 1, 3, 4)
length(x)
[1] 4
y <- c(9, 1, 2, 6, 3, 0)
length(y)
[1] 6
z <- c(x, y)
z
[1] 2 1 3 4 9 1 2 6 3 0
length(z)
[1] 10
2.5 Vecteurs nommés
Les différentes valeurs d’un vecteur peuvent être nommées. Une

première manière de nommer les éléments d’un vecteur est de
le faire à sa création :
sexe <- c(
Michel = "h", Anne = "f",
Dominique = NA, Jean = "h",
31
Claude = NA, Marie = "f"
)
Lorsqu’on affiche le vecteur, la présentation change quelque

peu.
sexe
Michel Anne Dominique Jean Claude Marie

"h" "f" NA "h" NA "f"
La liste des noms s’obtient avec names().
names(sexe)
[1] "Michel" "Anne" "Dominique" "Jean" "Claude" "Marie"
Pour ajouter ou modifier les noms d’un vecteur, on doit attri-

buer un nouveau vecteur de noms :
names(sexe) <- c("Michael", "Anna", "Dom", "John", "Alex", "Mary")

sexe
Michael Anna Dom John Alex Mary

"h" "f" NA "h" NA "f"
Pour supprimer tous les noms, il y a la fonction unname() :
anonyme <- unname(sexe)

anonyme
[1] "h" "f" NA "h" NA "f"
32
2.6 Indexation par position
L’indexation est l’une des fonctionnalités les plus puissantes

mais aussi les plus difficiles à maîtriser de R. Il s’agit
d’opérations permettant de sélectionner des sous-ensembles de
valeurs en fonction de différents critères. Il existe trois types
d’indexation : (i) l’indexation par position, (ii) l’indexation
par nom et (iii) l’indexation par condition. Le principe est
toujours le même : on indique entre crochets7 ([]) ce qu’on 7
Pour rappel, les crochets
souhaite garder ou non. s’obtiennent sur un clavier fran-
çais de type PC en appuyant sur la
Commençons par l’indexation par position encore appelée in- touche Alt Gr et la touche ( ou ).
dexation directe. Ce mode le plus simple d’indexation consiste
à indiquer la position des éléments à conserver.
Reprenons notre vecteur taille :
taille
[1] 1.88 1.65 1.92 1.76 NA 1.72
Si on souhaite le premier élément du vecteur, on peut faire :
taille[1]
[1] 1.88
Si on souhaite les trois premiers éléments ou les éléments 2, 5

et 6 :
taille[1:3]
[1] 1.88 1.65 1.92
taille[c(2, 5, 6)]
[1] 1.65 NA 1.72
Si on veut le dernier élément :
33
taille[length(taille)]
[1] 1.72
Il est tout à fait possible de sélectionner les valeurs dans le

désordre :
taille[c(5, 1, 4, 3)]
[1] NA 1.88 1.76 1.92
Dans le cadre de l’indexation par position, il est également pos-

sible de spécifier des nombres négatifs, auquel cas cela signifiera
toutes les valeurs sauf celles-là. Par exemple :
taille[c(-1, -5)]
[1] 1.65 1.92 1.76 1.72
À noter, si on indique une position au-delà de la longueur du

vecteur, R renverra NA. Par exemple :
taille[23:25]
[1] NA NA NA
2.7 Indexation par nom
Lorsqu’un vecteur est nommé, il est dès lors possible d’accéder

à ses valeurs à partir de leur nom. Il s’agit de l’indexation par
nom.
sexe["Anna"]
Anna
"f"
34
sexe[c("Mary", "Michael", "John")]
Mary Michael John

"f" "h" "h"
Par contre il n’est pas possible d’utiliser l’opérateur - comme

pour l’indexation directe. Pour exclure un élément en fonc-
tion de son nom, on doit utiliser une autre forme d’indexation,
l’indexation par condition, expliquée dans la section suivante.
On peut ainsi faire…
sexe[names(sexe) != "Dom"]
… pour sélectionner tous les éléments sauf celui qui s’appelle

Dom.
2.8 Indexation par condition
L’indexation par condition consiste à fournir un vecteur logique

indiquant si chaque élément doit être inclus (si TRUE) ou exclu
(si FALSE). Par exemple :
sexe
Michael Anna Dom John Alex Mary

"h" "f" NA "h" NA "f"
sexe[c(TRUE, FALSE, FALSE, TRUE, FALSE, FALSE)]
Michael John
"h" "h"
Écrire manuellement une telle condition n’est pas très pratique

à l’usage. Mais supposons que nous ayons également à notre
disposition les deux vecteurs suivants, également de longueur
6.
35
urbain <- c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE)
poids <- c(80, 63, 75, 87, 82, 67)
Le vecteur urbain est un vecteur logique. On peut directement

l’utiliser pour avoir le sexe des enquêtés habitant en milieu
urbain :
sexe[urbain]
Michael Anna Mary

"h" "f" "f"
Supposons qu’on souhaite maintenant avoir la taille des indi-

vidus pesant 80 kilogrammes ou plus. Nous pouvons effectuer
une comparaison à l’aide des opérateurs de comparaison sui-
vants :
Table 2.2: Opérateurs de comparaison
Opérateur de comparaison Signification

== égal à
%in% appartient à
!= différent de
> strictement supérieur à
< strictement inférieur à
>= supérieur ou égal à
<= inférieur ou égal à
Voyons tout de suite un exemple :
poids >= 80
[1] TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE
Que s’est-il passé ? Nous avons fourni à R une condition et il

nous a renvoyé un vecteur logique avec autant d’éléments qu’il
y a d’observations et dont la valeur est TRUE si la condition
36
est remplie et FALSE dans les autres cas. Nous pouvons alors
utiliser ce vecteur logique pour obtenir la taille des participants
pesant 80 kilogrammes ou plus :
taille[poids >= 80]
[1] 1.88 1.76 NA
On peut combiner ou modifier des conditions à l’aide des opé-

rateurs logiques habituels :
Table 2.3: Opérateurs logiques
Opérateur logique Signification

& et logique
| ou logique
! négation logique
Supposons que je veuille identifier les personnes pesant 80 kilo-

grammes ou plus et vivant en milieu urbain :
poids >= 80 & urbain
[1] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
Les résultats sont différents si je souhaite isoler les personnes

pesant 80 kilogrammes ou plus ou vivant milieu urbain :
poids >= 80 | urbain
[1] TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE
ĺ Comparaison et valeur manquante
Une remarque importante : quand l’un des termes d’une

condition comporte une valeur manquante (NA), le résultat
37
de cette condition n’est pas toujours TRUE ou FALSE, il
peut aussi être à son tour une valeur manquante.
taille
[1] 1.88 1.65 1.92 1.76 NA 1.72
taille > 1.8
[1] TRUE FALSE TRUE FALSE NA FALSE
On voit que le test NA > 1.8 ne renvoie ni vrai ni faux,

mais NA.
Une autre conséquence importante de ce comportement
est qu’on ne peut pas utiliser l’opérateur l’expression ==
NA pour tester la présence de valeurs manquantes. On uti-
lisera à la place la fonction ad hoc is.na() :
is.na(taille > 1.8)
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE
Pour compliquer encore un peu le tout, lorsqu’on utilise

une condition pour l’indexation, si la condition renvoie NA,
R ne sélectionne pas l’élément mais retourne quand même
la valeur NA. Ceci a donc des conséquences sur le résultat
d’une indexation par comparaison.
Par exemple si je cherche à connaître le poids des per-
sonnes mesurant 1,80 mètre ou plus :
taille
[1] 1.88 1.65 1.92 1.76 NA 1.72
poids
[1] 80 63 75 87 82 67
poids[taille > 1.8]
38
[1] 80 75 NA
Les éléments pour lesquels la taille n’est pas connue ont

été transformés en NA, ce qui n’influera pas le calcul d’une
moyenne. Par contre, lorsqu’on utilisera assignation et in-
dexation ensemble, cela peut créer des problèmes. Il est
donc préférable lorsqu’on a des valeurs manquantes de les
exclure ainsi :
poids[taille > 1.8 & !is.na(taille)]
[1] 80 75
2.9 Assignation par indexation
L’indexation peut être combinée avec l’assignation (opérateur

<-) pour modifier seulement certaines parties d’un vecteur. Ceci
fonctionne pour les différents types d’indexation évoqués précé-
demment.
v <- 1:5
v
[1] 1 2 3 4 5
v[1] <- 3
v
[1] 3 2 3 4 5
sexe["Alex"] <- "non-binaire"

sexe
Michael Anna Dom John Alex

"h" "f" NA "h" "non-binaire"
Mary
"f"
39
Enfin on peut modifier plusieurs éléments d’un seul coup soit en
fournissant un vecteur, soit en profitant du mécanisme de recy-
clage. Les deux commandes suivantes sont ainsi rigoureusement
équivalentes :
sexe[c(1,3,4)] <- c("Homme", "Homme", "Homme")

sexe[c(1,3,4)] <- "Homme"
L’assignation par indexation peut aussi être utilisée pour ajou-

ter une ou plusieurs valeurs à un vecteur :
length(sexe)
[1] 6
sexe[7] <- "f"

sexe
Michael Anna Dom John Alex

"Homme" "f" "Homme" "Homme" "non-binaire"
Mary
"f" "f"
length(sexe)
[1] 7
2.10 En résumé
• Un vecteur est un objet unidimensionnel contenant une

liste de valeurs qui sont toutes du même type (entières,
numériques, textuelles ou logiques).
• La fonction class() permet de connaître le type du vec-
teur et la fonction length() sa longueur, c’est-à-dire son
nombre d’éléments.
• La fonction c() sert à créer et à combiner des vecteurs.
40
• Les valeurs manquantes sont représentées avec NA.
• Un vecteur peut être nommé, c’est-à-dire qu’un nom tex-
tuel a été associé à chaque élément. Cela peut se faire lors
de sa création ou avec la fonction names().
• L’indexation consiste à extraire certains éléments d’un
vecteur. Pour cela, on indique ce qu’on souhaite extraire
entre crochets ([]) juste après le nom du vecteur. Le type
d’indexation dépend du type d’information transmise.
• S’il s’agit de nombres entiers, c’est l’indexation par posi-
tion : les nombres représentent la position dans le vecteur
des éléments qu’on souhaite extraire. Un nombre négatif
s’interprète comme tous les éléments sauf celui-là.
• Si on indique des chaînes de caractères, c’est l’indexation
par nom : on indique le nom des éléments qu’on souhaite
extraire. Cette forme d’indexation ne fonctionne que si le
vecteur est nommé.
• Si on transmet des valeurs logiques, le plus souvent sous
la forme d’une condition, c’est l’indexation par condition :
TRUE indique les éléments à extraire et FALSE les éléments
à exclure. Il faut être vigilant aux valeurs manquantes (NA)
dans ce cas précis.
• Enfin, il est possible de ne modifier que certains éléments
d’un vecteur en ayant recours à la fois à l’indexation ([])
et à l’assignation (<-).
2.11 webin-R
On pourra également se référer au webin-R #02 (les bases du

langage R) sur YouTube.
https://youtu.be/Eh8piunoqQc
41
3 Listes
Par nature, les vecteurs ne peuvent contenir que des valeurs

de même type (numérique, textuel ou logique). Or, on peut
avoir besoin de représenter des objets plus complexes composés
d’éléments disparates. C’est ce que permettent les listes.
3.1 Propriétés et création
Une liste se crée tout simplement avec la fonction list() :
l1 <- list(1:5, "abc")

l1
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[1] "abc"
Une liste est un ensemble d’objets, quels qu’ils soient, chaque

élément d’une liste pouvant avoir ses propres dimensions. Dans
notre exemple précédent, nous avons créé une liste l1 compo-
sée de deux éléments : un vecteur d’entiers de longueur 5 et un
vecteur textuel de longueur 1. La longueur d’une liste corres-
pond aux nombres d’éléments qu’elle contient et s’obtient avec
length() :
length(l1)
[1] 2
42
Comme les vecteurs, une liste peut être nommée et les noms
des éléments d’une liste sont accessibles avec names() :
l2 <- list(
minuscules = letters,
majuscules = LETTERS,
mois = month.name
)
l2
$minuscules
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s"
[20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
$majuscules
[1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q" "R" "S"
[20] "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
$mois
[1] "January" "February" "March" "April" "May" "June"
[7] "July" "August" "September" "October" "November" "December"
length(l2)
[1] 3
names(l2)
[1] "minuscules" "majuscules" "mois"
Que se passe-t-il maintenant si on effectue la commande sui-

vante ?
l <- list(l1, l2)
À votre avis, quelle est la longueur de cette nouvelle liste l ?

5?
43
length(l)
[1] 2
Eh bien non ! Elle est de longueur 2 car nous avons créé une
liste composée de deux éléments qui sont eux-mêmes des listes.
Cela est plus lisible si on fait appel à la fonction str() qui
permet de visualiser la structure d’un objet.
str(l)
List of 2
$ :List of 2
..$ : int [1:5] 1 2 3 4 5
..$ : chr "abc"
$ :List of 3
..$ minuscules: chr [1:26] "a" "b" "c" "d" ...
..$ majuscules: chr [1:26] "A" "B" "C" "D" ...
..$ mois : chr [1:12] "January" "February" "March" "April" ...
Une liste peut contenir tous types d’objets, y compris d’autres

listes. Pour combiner les éléments d’une liste, il faut utiliser la
fonction append() :
l <- append(l1, l2)

length(l)
[1] 5
str(l)
List of 5
$ : int [1:5] 1 2 3 4 5
$ : chr "abc"
$ minuscules: chr [1:26] "a" "b" "c" "d" ...
$ majuscules: chr [1:26] "A" "B" "C" "D" ...
$ mois : chr [1:12] "January" "February" "March" "April" ...
44
Ĺ Note
On peut noter en passant qu’une liste peut tout à fait

n’être que partiellement nommée.
3.2 Indexation
Les crochets simples ([]) fonctionnent comme pour les vecteurs.

On peut utiliser à la fois l’indexation par position, l’indexation
par nom et l’indexation par condition.
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[1] "abc"
$minuscules
[20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
$majuscules
[20] "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
$mois
l[c(1,3,4)]
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
$minuscules
45
[20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
$majuscules
[20] "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
l[c("majuscules", "minuscules")]
$majuscules
[20] "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
$minuscules
[20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
l[c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, TRUE)]
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[1] "abc"
$mois
Même si on extrait un seul élément, l’extraction obtenue avec

les crochets simples renvoie toujours une liste, ici composée d’un
seul élément :
str(l[1])
List of 1
$ : int [1:5] 1 2 3 4 5
46
Supposons que je souhaite calculer la moyenne des valeurs du
premier élément de ma liste. Essayons la commande suivante :
mean(l[1])
Warning in mean.default(l[1]): l'argument n'est ni numérique, ni logique :

renvoi de NA
[1] NA
Nous obtenons un message d’erreur. En effet, R ne sait pas

calculer une moyenne à partir d’une liste. Ce qu’il lui faut, c’est
un vecteur de valeurs numériques. Autrement dit, ce que nous
cherchons à obtenir c’est le contenu même du premier élément
de notre liste et non une liste à un seul élément.
C’est ici que les doubles crochets ([[]]) vont rentrer en jeu.
Pour ces derniers, nous pourrons utiliser l’indexation par posi-
tion ou l’indexation par nom, mais pas l’indexation par condi-
tion. De plus, le critère qu’on indiquera doit indiquer un et un
seul élément de notre liste. Au lieu de renvoyer une liste à un
élément, les doubles crochets vont renvoyer l’élément désigné.
str(l[1])
List of 1
$ : int [1:5] 1 2 3 4 5
str(l[[1]])
int [1:5] 1 2 3 4 5
Maintenant, nous pouvons calculer notre moyenne :
mean(l[[1]])
[1] 3
Nous pouvons aussi utiliser l’indexation par nom.
47
l[["mois"]]

Mais il faut avouer que cette écriture avec doubles crochets

et guillemets est un peu lourde. Heureusement, un nouvel ac-
teur entre en scène : le symbole dollar ($). C’est un raccourci
des doubles crochets pour l’indexation par nom qu’on utilise
ainsi :
l$mois

Les écritures l$mois et l[["mois"]] sont équivalentes. Atten-

tion ! Cela ne fonctionne que pour l’indexation par nom.
l$1
Error: unexpected numeric constant in "l$1"
L’assignation par indexation fonctionne également avec les

doubles crochets ou le signe dollar :
l[[2]] <- list(c("un", "vecteur", "textuel"))

l$mois <- c("Janvier", "Février", "Mars")
l
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[[2]][[1]]
[1] "un" "vecteur" "textuel"
48
$minuscules
[20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
$majuscules
[20] "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
$mois
[1] "Janvier" "Février" "Mars"
3.3 En résumé
• Les listes sont des objets unidimensionnels pouvant conte-

nir tout type d’objet, y compris d’autres listes.
• Elles ont une longueur qu’on obtient avec length().
• On crée une liste avec list() et on peut fusionner des
listes avec append().
• Tout comme les vecteurs, les listes peuvent être
nommées et les noms des éléments s’obtiennent avec
base::names().
• Les crochets simples ([]) permettent de sélectionner les
éléments d’une liste, en utilisant l’indexation par position,
l’indexation par nom ou l’indexation par condition. Cela
renvoie toujours une autre liste.
• Les doubles crochets ([[]]) renvoient directement le
contenu d’un élément de la liste qu’on aura sélectionné
par position ou par nom.
• Le symbole $ est un raccourci pour facilement sélectionner
un élément par son nom, liste$nom étant équivalent à
liste[["nom"]].
3.4 webin-R

49
4 Tableaux de données
Les tableaux de données, ou data frame en anglais, est un type

d’objets essentiel pour les données d’enquêtes.
4.1 Propriétés et création
Dans R, les tableaux de données sont tout simplement des listes

(voir Chapitre 3) avec quelques propriétés spécifiques :
• les tableaux de données ne peuvent contenir que des vec-

teurs ;
• tous les vecteurs d’un tableau de données ont la même
longueur ;
• tous les éléments d’un tableau de données sont nommés
et ont chacun un nom unique.
Dès lors, un tableau de données correspond aux fichiers de don-

nées qu’on a l’habitude de manipuler dans d’autres logiciels de
statistiques comme SPSS ou Stata. Les variables sont organi-
sées en colonnes et les observations en lignes.
On peut créer un tableau de données avec la fonction
data.frame() :
df <- data.frame(
sexe = c("f", "f", "h", "h"),
age = c(52, 31, 29, 35),
blond = c(FALSE, TRUE, TRUE, FALSE)
)
df
sexe age blond

1 f 52 FALSE
50
2 f 31 TRUE
3 h 29 TRUE
4 h 35 FALSE
str(df)
'data.frame': 4 obs. of 3 variables:

$ sexe : chr "f" "f" "h" "h"
$ age : num 52 31 29 35
$ blond: logi FALSE TRUE TRUE FALSE
Un tableau de données étant une liste, la fonction length() ren-

verra le nombre d’éléments de la liste, donc dans le cas présent
le nombre de variables, et names() leurs noms :
length(df)
[1] 3
names(df)
[1] "sexe" "age" "blond"
Comme tous les éléments d’un tableau de données ont la même

longueur, cet objet peut être vu comme bidimensionnel. Les
fonctions nrow(), ncol() et dim() donnent respectivement le
nombre de lignes, le nombre de colonnes et les dimensions de
notre tableau.
nrow(df)
[1] 4
ncol(df)
[1] 3
51
dim(df)
[1] 4 3
De plus, tout comme les colonnes ont un nom, il est aussi pos-
sible de nommer les lignes avec row.names() :
row.names(df) <- c("Anna", "Mary-Ann", "Michael", "John")

df
sexe age blond

Anna f 52 FALSE
Mary-Ann f 31 TRUE
Michael h 29 TRUE
John h 35 FALSE
4.2 Indexation
Les tableaux de données étant des listes, nous pouvons donc

utiliser les crochets simples ([]), les crochets doubles ([[]]) et
le symbole dollar ($) pour extraire des parties de notre tableau,
de la même manière que pour n’importe quelle liste.
df[1]
sexe
Anna f
Mary-Ann f
Michael h
John h
df[[1]]
[1] "f" "f" "h" "h"
52
df$sexe
[1] "f" "f" "h" "h"
Cependant, un tableau de données étant un objet bidimension-

nel, il est également possible d’extraire des données sur deux
dimensions, à savoir un premier critère portant sur les lignes et
un second portant sur les colonnes. Pour cela, nous utiliserons
les crochets simples ([]) en séparant nos deux critères par une
virgule (,).
Un premier exemple :
df
sexe age blond

Anna f 52 FALSE
Mary-Ann f 31 TRUE
Michael h 29 TRUE
John h 35 FALSE
df[3, 2]
[1] 29
Cette première commande indique que nous souhaitons la troi-

sième ligne de la seconde colonne, autrement dit l’âge de Mi-
chael. Le même résultat peut être obtenu avec l’indexation par
nom, l’indexation par condition, ou un mélange de tout ça.
df["Michael", "age"]
[1] 29
df[c(F, F, T, F), c(F, T, F)]
[1] 29
53
df[3, "age"]
[1] 29
df["Michael", 2]
[1] 29
Il est également possible de préciser un seul critère. Par exemple,

si je souhaite les deux premières observations, ou les variables
sexe et blond :
df[1:2,]
sexe age blond

Anna f 52 FALSE
Mary-Ann f 31 TRUE
df[,c("sexe", "blond")]
sexe blond
Anna f FALSE
Mary-Ann f TRUE
Michael h TRUE
John h FALSE
Il a suffi de laisser un espace vide avant ou après la virgule.
Á Avertissement
ATTENTION ! Il est cependant impératif de laisser la

virgule pour indiquer à R qu’on souhaite effectuer une
indexation à deux dimensions. Si on oublie la virgule, cela
nous ramène au mode de fonctionnement des listes. Et le
résultat n’est pas forcément le même :
54
df[2, ]
sexe age blond

Mary-Ann f 31 TRUE
df[, 2]
[1] 52 31 29 35
df[2]
age
Anna 52
Mary-Ann 31
Michael 29
John 35
Ĺ Note
Au passage, on pourra noter quelques subtilités sur le ré-

sultat renvoyé.
str(df[2, ])
'data.frame': 1 obs. of 3 variables:

$ sexe : chr "f"
$ age : num 31
$ blond: logi TRUE
str(df[, 2])
num [1:4] 52 31 29 35
str(df[2])
'data.frame': 4 obs. of 1 variable:

$ age: num 52 31 29 35
55
str(df[[2]])
num [1:4] 52 31 29 35
df[2, ] signifie qu’on veut toutes les variables pour le

second individu. Le résultat est un tableau de données
à une ligne et trois colonnes. df[2] correspond au mode
d’extraction des listes et renvoie donc une liste à un élé-
ment, en l’occurrence un tableau de données à quatre ob-
servations et une variable. df[[2]] quant à lui renvoie
le contenu de cette variable, soit un vecteur numérique
de longueur quatre. Reste df[, 2] qui renvoie toutes les
observations pour la seconde colonne. Or l’indexation bi-
dimensionnelle a un fonctionnement un peu particulier :
par défaut elle renvoie un tableau de données mais s’il
y a une seule variable dans l’extraction, c’est un vecteur
qui est renvoyé. Pour plus de détails, on pourra consulter
l’entrée d’aide help("[.data.frame").
4.3 Afficher les données
Prenons un tableau de données un peu plus conséquent, en

l’occurrence le jeu de données ?questionr::hdv2003 dispo-
nible dans l’extension {questionr} et correspondant à un ex-
trait de l’enquête Histoire de vie réalisée par l’INSEE en 2003.
Il contient 2000 individus et 20 variables.
library(questionr)
data(hdv2003)
Si on demande d’afficher l’objet hdv2003 dans la console (résul-

tat non reproduit ici), R va afficher l’ensemble du contenu de
hdv2003 à l’écran ce qui, sur un tableau de cette taille, ne sera
pas très lisible. Pour une exploration visuelle, le plus simple est
souvent d’utiliser la visionneuse intégrée à RStudio et qu’on
peut appeler avec la fonction View().
56
View(hdv2003)
Figure 4.1: Interface View() de R RStudio
Les fonctions head() et tail(), qui marchent également sur

les vecteurs, permettent d’afficher seulement les premières (res-
pectivement les dernières) lignes d’un tableau de données :
head(hdv2003)
id age sexe nivetud poids

1 1 28 Femme Enseignement superieur y compris technique superieur 2634.398
2 2 23 Femme <NA> 9738.396
3 3 59 Homme Derniere annee d'etudes primaires 3994.102
4 4 34 Homme Enseignement superieur y compris technique superieur 5731.662
5 5 71 Femme Derniere annee d'etudes primaires 4329.094
6 6 35 Femme Enseignement technique ou professionnel court 8674.699
occup qualif freres.soeurs clso
1 Exerce une profession Employe 8 Oui
2 Etudiant, eleve <NA> 2 Oui
3 Exerce une profession Technicien 2 Non
4 Exerce une profession Technicien 1 Non
5 Retraite Employe 0 Oui
6 Exerce une profession Employe 5 Non
relig trav.imp trav.satisf
1 Ni croyance ni appartenance Peu important Insatisfaction
2 Ni croyance ni appartenance <NA> <NA>
57
3 Ni croyance ni appartenance Aussi important que le reste Equilibre
4 Appartenance sans pratique Moins important que le reste Satisfaction
5 Pratiquant regulier <NA> <NA>
6 Ni croyance ni appartenance Le plus important Equilibre
hard.rock lecture.bd peche.chasse cuisine bricol cinema sport heures.tv
1 Non Non Non Oui Non Non Non 0
2 Non Non Non Non Non Oui Oui 1
3 Non Non Non Non Non Non Oui 0
4 Non Non Non Oui Oui Oui Oui 2
5 Non Non Non Non Non Non Non 3
6 Non Non Non Non Non Oui Oui 2
tail(hdv2003, 2)
id age sexe nivetud poids

1999 1999 24 Femme Enseignement technique ou professionnel court 13740.810
2000 2000 66 Femme Enseignement technique ou professionnel long 7709.513
occup qualif freres.soeurs clso
1999 Exerce une profession Employe 2 Non
2000 Au foyer Employe 3 Non
relig trav.imp trav.satisf
1999 Appartenance sans pratique Moins important que le reste Equilibre
2000 Appartenance sans pratique <NA> <NA>
hard.rock lecture.bd peche.chasse cuisine bricol cinema sport heures.tv
1999 Non Non Non Non Non Oui Non 0.3
2000 Non Oui Non Oui Non Non Non 0.0
L’extension {dplyr} propose une fonction dplyr::glimpse()

(ce qui signifie aperçu en anglais) qui permet de visualiser ra-
pidement et de manière condensée le contenu d’un tableau de
données.
library(dplyr)
glimpse(hdv2003)
Rows: 2,000
Columns: 20
$ id <int> 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 1~
58
$ age <int> 28, 23, 59, 34, 71, 35, 60, 47, 20, 28, 65, 47, 63, 67, ~
$ sexe <fct> Femme, Femme, Homme, Homme, Femme, Femme, Femme, Homme, ~
$ nivetud <fct> "Enseignement superieur y compris technique superieur", ~
$ poids <dbl> 2634.3982, 9738.3958, 3994.1025, 5731.6615, 4329.0940, 8~
$ occup <fct> "Exerce une profession", "Etudiant, eleve", "Exerce une ~
$ qualif <fct> Employe, NA, Technicien, Technicien, Employe, Employe, O~
$ freres.soeurs <int> 8, 2, 2, 1, 0, 5, 1, 5, 4, 2, 3, 4, 1, 5, 2, 3, 4, 0, 2,~
$ clso <fct> Oui, Oui, Non, Non, Oui, Non, Oui, Non, Oui, Non, Oui, O~
$ relig <fct> Ni croyance ni appartenance, Ni croyance ni appartenance~
$ trav.imp <fct> Peu important, NA, Aussi important que le reste, Moins i~
$ trav.satisf <fct> Insatisfaction, NA, Equilibre, Satisfaction, NA, Equilib~
$ hard.rock <fct> Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, N~
$ lecture.bd <fct> Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, Non, N~
$ peche.chasse <fct> Non, Non, Non, Non, Non, Non, Oui, Oui, Non, Non, Non, N~
$ cuisine <fct> Oui, Non, Non, Oui, Non, Non, Oui, Oui, Non, Non, Oui, N~
$ bricol <fct> Non, Non, Non, Oui, Non, Non, Non, Oui, Non, Non, Oui, O~
$ cinema <fct> Non, Oui, Non, Oui, Non, Oui, Non, Non, Oui, Oui, Oui, N~
$ sport <fct> Non, Oui, Oui, Oui, Non, Oui, Non, Non, Non, Oui, Non, O~
$ heures.tv <dbl> 0.0, 1.0, 0.0, 2.0, 3.0, 2.0, 2.9, 1.0, 2.0, 2.0, 1.0, 0~
L’extension {labelled} propose une fonction labelled::look_for()

qui permet de lister les différentes variables d’un fichier de
données :
library(labelled)
look_for(hdv2003)
pos variable label col_type missing

1 id — int 0
2 age — int 0
3 sexe — fct 0
4 nivetud — fct 112
59
5 poids — dbl 0
6 occup — fct 0
7 qualif — fct 347
8 freres.soeurs — int 0
9 clso — fct 0
10 relig — fct 0
11 trav.imp — fct 952
12 trav.satisf — fct 952
13 hard.rock — fct 0
14 lecture.bd — fct 0
15 peche.chasse — fct 0
16 cuisine — fct 0
17 bricol — fct 0
60
18 cinema — fct 0
19 sport — fct 0
20 heures.tv — dbl 5
values
Homme
Femme
N'a jamais fait d'etudes
A arrete ses etudes, avant la derniere ann~
Derniere annee d'etudes primaires
1er cycle
2eme cycle
Enseignement technique ou professionnel co~
Enseignement technique ou professionnel lo~
Enseignement superieur y compris technique~
Exerce une profession

Chomeur
Etudiant, eleve
Retraite
Retire des affaires
Au foyer
Autre inactif
Ouvrier specialise
Ouvrier qualifie
Technicien
Profession intermediaire
Cadre
Employe
Autre
Oui
Non
Ne sait pas
Pratiquant regulier
Pratiquant occasionnel
Appartenance sans pratique
61
Ni croyance ni appartenance
Rejet
NSP ou NVPR
Le plus important
Aussi important que le reste
Moins important que le reste
Peu important
Satisfaction
Insatisfaction
Equilibre
Non
Oui
Non
Oui
Non
Oui
Non
Oui
Non
Oui
Non
Oui
Non
Oui
Lorsqu’on a un gros tableau de données avec de nombreuses

variables, il peut être difficile de retrouver la ou les variables
d’intérêt. Il est possible d’indiquer à labelled::look_for()
un mot-clé pour limiter la recherche. Par exemple :
look_for(hdv2003, "trav")
pos variable label col_type missing values

11 trav.imp — fct 952 Le plus important
Aussi important que le reste
Moins important que le reste
Peu important
12 trav.satisf — fct 952 Satisfaction
Insatisfaction
62
Equilibre
Il est à noter que si la recherche n’est pas sensible à la casse

(i.e. aux majuscules et aux minuscules), elle est sensible aux
accents.
La méthode summary() qui fonctionne sur tout type d’objet
permet d’avoir quelques statistiques de base sur les différentes
variables de notre tableau, les statistiques affichées dépendant
du type de variable.
summary(hdv2003)
id age sexe
Min. : 1.0 Min. :18.00 Homme: 899
1st Qu.: 500.8 1st Qu.:35.00 Femme:1101
Median :1000.5 Median :48.00
Mean :1000.5 Mean :48.16
3rd Qu.:1500.2 3rd Qu.:60.00
Max. :2000.0 Max. :97.00
nivetud poids
Enseignement technique ou professionnel court :463 Min. : 78.08
Enseignement superieur y compris technique superieur:441 1st Qu.: 2221.82
Derniere annee d'etudes primaires :341 Median : 4631.19
1er cycle :204 Mean : 5535.61
2eme cycle :183 3rd Qu.: 7626.53
(Other) :256 Max. :31092.14
NA's :112
occup qualif freres.soeurs
Exerce une profession:1049 Employe :594 Min. : 0.000
Chomeur : 134 Ouvrier qualifie :292 1st Qu.: 1.000
Etudiant, eleve : 94 Cadre :260 Median : 2.000
Retraite : 392 Ouvrier specialise :203 Mean : 3.283
Retire des affaires : 77 Profession intermediaire:160 3rd Qu.: 5.000
Au foyer : 171 (Other) :144 Max. :22.000
Autre inactif : 83 NA's :347
clso relig
Oui : 936 Pratiquant regulier :266
Non :1037 Pratiquant occasionnel :442
63
Ne sait pas: 27 Appartenance sans pratique :760
Ni croyance ni appartenance:399
Rejet : 93
NSP ou NVPR : 40
trav.imp trav.satisf hard.rock lecture.bd

Le plus important : 29 Satisfaction :480 Non:1986 Non:1953
Aussi important que le reste:259 Insatisfaction:117 Oui: 14 Oui: 47
Moins important que le reste:708 Equilibre :451
Peu important : 52 NA's :952
NA's :952
peche.chasse cuisine bricol cinema sport heures.tv

Non:1776 Non:1119 Non:1147 Non:1174 Non:1277 Min. : 0.000
Oui: 224 Oui: 881 Oui: 853 Oui: 826 Oui: 723 1st Qu.: 1.000
Median : 2.000
Mean : 2.247
3rd Qu.: 3.000
Max. :12.000
NA's :5
On peut également appliquer summary() à une variable parti-

culière.
summary(hdv2003$sexe)
Homme Femme
899 1101
summary(hdv2003$age)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.

18.00 35.00 48.00 48.16 60.00 97.00
64
4.4 En résumé
• Les tableaux de données sont des listes avec des propriétés

particulières :
i. tous les éléments sont des vecteurs ;
ii. tous les vecteurs ont la même longueur ;
iii. tous les vecteurs ont un nom et ce nom est unique.
• On peut créer un tableau de données avec data.frame().
• Les tableaux de données correspondent aux fichiers de
données qu’on utilise usuellement dans d’autres logiciels
de statistiques : les variables sont représentées en colonnes
et les observations en lignes.
• Ce sont des objets bidimensionnels : ncol() renvoie le
nombre de colonnes et nrow() le nombre de lignes.
• Les doubles crochets ([[]]) et le symbole dollar ($) fonc-
tionnent comme pour les listes et permettent d’accéder
aux variables.
• Il est possible d’utiliser des coordonnées bidimensionnelles
avec les crochets simples ([]) en indiquant un critère sur
les lignes puis un critère sur les colonnes, séparés par une
virgule (,).
4.5 webin-R

65
5 Tibbles
5.1 Le concept de tidy data
Le {tidyverse} est en partie fondé sur le concept de tidy data,

développé à l’origine par Hadley Wickham dans un article de
2014 du Journal of Statistical Software.
Il s’agit d’un modèle d’organisation des données qui vise à facili-
ter le travail souvent long et fastidieux de nettoyage et de prépa-
ration préalable à la mise en oeuvre de méthodes d’analyse.
Les principes d’un jeu de données tidy sont les suivants :
1. chaque variable est une colonne

2. chaque observation est une ligne
3. chaque type d’observation est dans une table différente
Un chapitre dédié à {tidyr} (voir Chapitre 36) présente com-

ment définir et rendre des données tidy avec ce package.
Les extensions du {tidyverse}, notamment {ggplot2} et
{dplyr}, sont prévues pour fonctionner avec des données
tidy.
5.2 tibbles : des tableaux de données

améliorés
Une autre particularité du {tidyverse} est que ces exten-

sions travaillent avec des tableaux de données au format
tibble::tibble(), qui est une évolution plus moderne du
classique data.frame de R de base.
Ce format est fourni est géré par l’extension du même nom
({tibble}), qui fait partie du cœur du tidyverse. La plupart des
66
fonctions des extensions du tidyverse acceptent des data.frames
en entrée, mais retournent un tibble.
Contrairement aux data frames, les tibbles :
• n’ont pas de noms de lignes (rownames)

• autorisent des noms de colonnes invalides pour les data
frames (espaces, caractères spéciaux, nombres…) 8 8
Quand on veut utiliser des noms de
• s’affichent plus intelligemment que les data frames : seules ce type, on doit les entourer avec des
backticks (‘)
les premières lignes sont affichées, ainsi que quelques in-
formations supplémentaires utiles (dimensions, types des
colonnes…)
• ne font pas de partial matching sur les noms de colonnes
9 9
Dans R base, si une table d contient
• affichent un avertissement si on essaie d’accéder à une une colonne qualif, d$qual retour-
nera cette colonne.
colonne qui n’existe pas
Pour autant, les tibbles restent compatibles avec les data

frames.
Il est possible de créer un tibble manuellement avec
tibble::tibble().
library(tidyverse)
tibble(
x = c(1.2345, 12.345, 123.45, 1234.5, 12345),
y = c("a", "b", "c", "d", "e")
)
# A tibble: 5 x 2
x y
<dbl> <chr>
1 1.23 a
2 12.3 b
3 123. c
4 1234. d
5 12345 e
On peut ainsi facilement convertir un data frame en tibble avec

tibble::as_tibble() :
67
d <- as_tibble(mtcars)
d
# A tibble: 32 x 11
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 21 6 160 110 3.9 2.62 16.5 0 1 4 4
2 21 6 160 110 3.9 2.88 17.0 0 1 4 4
3 22.8 4 108 93 3.85 2.32 18.6 1 1 4 1
4 21.4 6 258 110 3.08 3.22 19.4 1 0 3 1
5 18.7 8 360 175 3.15 3.44 17.0 0 0 3 2
6 18.1 6 225 105 2.76 3.46 20.2 1 0 3 1
7 14.3 8 360 245 3.21 3.57 15.8 0 0 3 4
8 24.4 4 147. 62 3.69 3.19 20 1 0 4 2
9 22.8 4 141. 95 3.92 3.15 22.9 1 0 4 2
10 19.2 6 168. 123 3.92 3.44 18.3 1 0 4 4
# i 22 more rows
D’ailleurs, quand on regarde la classe d’un tibble, on peut

s’apercevoir qu’un tibble hérite de la classe data.frame mais
possède en plus la classe tbl_df. Cela traduit bien le fait que
les tibbles restent des data frames.
class(d)
[1] "tbl_df" "tbl" "data.frame"
Si le data frame d’origine a des rownames, on peut d’abord les

convertir en colonnes avec tibble::rownames_to_column() :
d <- as_tibble(rownames_to_column(mtcars))
d
# A tibble: 32 x 12
rowname mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Mazda RX4 21 6 160 110 3.9 2.62 16.5 0 1 4 4
2 Mazda RX4 ~ 21 6 160 110 3.9 2.88 17.0 0 1 4 4
68
3 Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.32 18.6 1 1 4 1
4 Hornet 4 D~ 21.4 6 258 110 3.08 3.22 19.4 1 0 3 1
5 Hornet Spo~ 18.7 8 360 175 3.15 3.44 17.0 0 0 3 2
6 Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.46 20.2 1 0 3 1
7 Duster 360 14.3 8 360 245 3.21 3.57 15.8 0 0 3 4
8 Merc 240D 24.4 4 147. 62 3.69 3.19 20 1 0 4 2
9 Merc 230 22.8 4 141. 95 3.92 3.15 22.9 1 0 4 2
10 Merc 280 19.2 6 168. 123 3.92 3.44 18.3 1 0 4 4
# i 22 more rows
À l’inverse, on peut à tout moment convertir un tibble en data

frame avec tibble::as.data.frame() :
as.data.frame(d)
rowname mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb

1 Mazda RX4 21.0 6 160.0 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4
2 Mazda RX4 Wag 21.0 6 160.0 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4
3 Datsun 710 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1
4 Hornet 4 Drive 21.4 6 258.0 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1
5 Hornet Sportabout 18.7 8 360.0 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2
6 Valiant 18.1 6 225.0 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1
7 Duster 360 14.3 8 360.0 245 3.21 3.570 15.84 0 0 3 4
8 Merc 240D 24.4 4 146.7 62 3.69 3.190 20.00 1 0 4 2
9 Merc 230 22.8 4 140.8 95 3.92 3.150 22.90 1 0 4 2
10 Merc 280 19.2 6 167.6 123 3.92 3.440 18.30 1 0 4 4
11 Merc 280C 17.8 6 167.6 123 3.92 3.440 18.90 1 0 4 4
12 Merc 450SE 16.4 8 275.8 180 3.07 4.070 17.40 0 0 3 3
13 Merc 450SL 17.3 8 275.8 180 3.07 3.730 17.60 0 0 3 3
14 Merc 450SLC 15.2 8 275.8 180 3.07 3.780 18.00 0 0 3 3
15 Cadillac Fleetwood 10.4 8 472.0 205 2.93 5.250 17.98 0 0 3 4
16 Lincoln Continental 10.4 8 460.0 215 3.00 5.424 17.82 0 0 3 4
17 Chrysler Imperial 14.7 8 440.0 230 3.23 5.345 17.42 0 0 3 4
18 Fiat 128 32.4 4 78.7 66 4.08 2.200 19.47 1 1 4 1
19 Honda Civic 30.4 4 75.7 52 4.93 1.615 18.52 1 1 4 2
20 Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.90 1 1 4 1
21 Toyota Corona 21.5 4 120.1 97 3.70 2.465 20.01 1 0 3 1
22 Dodge Challenger 15.5 8 318.0 150 2.76 3.520 16.87 0 0 3 2
23 AMC Javelin 15.2 8 304.0 150 3.15 3.435 17.30 0 0 3 2
24 Camaro Z28 13.3 8 350.0 245 3.73 3.840 15.41 0 0 3 4
69
25 Pontiac Firebird 19.2 8 400.0 175 3.08 3.845 17.05 0 0 3 2
26 Fiat X1-9 27.3 4 79.0 66 4.08 1.935 18.90 1 1 4 1
27 Porsche 914-2 26.0 4 120.3 91 4.43 2.140 16.70 0 1 5 2
28 Lotus Europa 30.4 4 95.1 113 3.77 1.513 16.90 1 1 5 2
29 Ford Pantera L 15.8 8 351.0 264 4.22 3.170 14.50 0 1 5 4
30 Ferrari Dino 19.7 6 145.0 175 3.62 2.770 15.50 0 1 5 6
31 Maserati Bora 15.0 8 301.0 335 3.54 3.570 14.60 0 1 5 8
32 Volvo 142E 21.4 4 121.0 109 4.11 2.780 18.60 1 1 4 2
Là encore, on peut convertir la colonne rowname en “vrais”

rownames avec tibble::column_to_rownames() :
column_to_rownames(as.data.frame(d))
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb

Mazda RX4 21.0 6 160.0 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4
Mazda RX4 Wag 21.0 6 160.0 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4
Datsun 710 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1
Hornet 4 Drive 21.4 6 258.0 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1
Hornet Sportabout 18.7 8 360.0 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2
Valiant 18.1 6 225.0 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1
Duster 360 14.3 8 360.0 245 3.21 3.570 15.84 0 0 3 4
Merc 240D 24.4 4 146.7 62 3.69 3.190 20.00 1 0 4 2
Merc 230 22.8 4 140.8 95 3.92 3.150 22.90 1 0 4 2
Merc 280 19.2 6 167.6 123 3.92 3.440 18.30 1 0 4 4
Merc 280C 17.8 6 167.6 123 3.92 3.440 18.90 1 0 4 4
Merc 450SE 16.4 8 275.8 180 3.07 4.070 17.40 0 0 3 3
Merc 450SL 17.3 8 275.8 180 3.07 3.730 17.60 0 0 3 3
Merc 450SLC 15.2 8 275.8 180 3.07 3.780 18.00 0 0 3 3
Cadillac Fleetwood 10.4 8 472.0 205 2.93 5.250 17.98 0 0 3 4
Lincoln Continental 10.4 8 460.0 215 3.00 5.424 17.82 0 0 3 4
Chrysler Imperial 14.7 8 440.0 230 3.23 5.345 17.42 0 0 3 4
Fiat 128 32.4 4 78.7 66 4.08 2.200 19.47 1 1 4 1
Honda Civic 30.4 4 75.7 52 4.93 1.615 18.52 1 1 4 2
Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.90 1 1 4 1
Toyota Corona 21.5 4 120.1 97 3.70 2.465 20.01 1 0 3 1
Dodge Challenger 15.5 8 318.0 150 2.76 3.520 16.87 0 0 3 2
AMC Javelin 15.2 8 304.0 150 3.15 3.435 17.30 0 0 3 2
Camaro Z28 13.3 8 350.0 245 3.73 3.840 15.41 0 0 3 4
Pontiac Firebird 19.2 8 400.0 175 3.08 3.845 17.05 0 0 3 2
70
Fiat X1-9 27.3 4 79.0 66 4.08 1.935 18.90 1 1 4 1
Porsche 914-2 26.0 4 120.3 91 4.43 2.140 16.70 0 1 5 2
Lotus Europa 30.4 4 95.1 113 3.77 1.513 16.90 1 1 5 2
Ford Pantera L 15.8 8 351.0 264 4.22 3.170 14.50 0 1 5 4
Ferrari Dino 19.7 6 145.0 175 3.62 2.770 15.50 0 1 5 6
Maserati Bora 15.0 8 301.0 335 3.54 3.570 14.60 0 1 5 8
Volvo 142E 21.4 4 121.0 109 4.11 2.780 18.60 1 1 4 2
Ĺ Note
Les deux fonctions tibble::column_to_rownames() et

tibble::rownames_to_column() acceptent un argument
supplémentaire var qui permet d’indiquer un nom de co-
lonne autre que le nom rowname utilisé par défaut pour
créer ou identifier la colonne contenant les noms de lignes.
5.3 Données et tableaux imbriqués
Une des particularités des tibbles est qu’ils acceptent, à la diffé-

rence des data frames, des colonnes composées de listes et, par
extension, d’autres tibbles (qui sont des listes) !
d <- tibble(
g = c(1, 2, 3),
data = list(
tibble(x = 1, y = 2),
tibble(x = 4:5, y = 6:7),
tibble(x = 10)
)
)
d
# A tibble: 3 x 2
g data
<dbl> <list>
1 1 <tibble [1 x 2]>
2 2 <tibble [2 x 2]>
3 3 <tibble [1 x 1]>
71
d$data[[2]]
# A tibble: 2 x 2
x y
<int> <int>
1 4 6
2 5 7
Cette fonctionnalité, combinée avec les fonctions de {tidyr} et

de {purrr}, s’avère très puissante pour réaliser des opérations
multiples en peu de ligne de code.
Dans l’exemple ci-dessous, nous réalisons des régressions
linéaires par sous-groupe et les présentons dans un même
tableau. Pour le moment, le code présenté doit vous sembler
complexe et un peu obscur. Pas de panique : tout cela sera
clarifié dans les différents chapitres de ce guide. Ce qu’il y a à
retenir pour le moment, c’est la possibilité de stocker, dans les
colonnes d’un tibble, différent types de données, y compris des
sous-tableaux, des résultats de modèles et même des tableaux
mis en forme.
reg <-
iris |>
group_by(Species) |>
nest() |>
mutate(
model = map(
data,
~ lm(Sepal.Length ~ Petal.Length + Petal.Width, data = .)
),
tbl = map(model, gtsummary::tbl_regression)
)
reg
# A tibble: 3 x 4
# Groups: Species [3]
Species data model tbl
<fct> <list> <list> <list>
72
1 setosa <tibble [50 x 4]> <lm> <tbl_rgrs>
2 versicolor <tibble [50 x 4]> <lm> <tbl_rgrs>
3 virginica <tibble [50 x 4]> <lm> <tbl_rgrs>
gtsummary::tbl_merge(
reg$tbl,
tab_spanner = paste0("**", reg$Species, "**")
)
Table printed with `knitr::kable()`, not {gt}. Learn why at

https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/rmarkdown.html
To suppress this message, include `message = FALSE` in code chunk header.
95% p- 95% p- 95% p-

Characteristic
Beta CI value Beta CI value Beta CI value
Petal.Length
0.40 - 0.2 0.93 0.59, <0.0011.0 0.81, <0.001
0.20, 1.3 1.2
0.99
Petal.Width
0.71 - 0.2 - - 0.4 0.01 - >0.9
0.27, 0.32 1.1, 0.35,
1.7 0.49 0.37
73
6 Attributs
Les objets R peuvent avoir des attributs qui correspondent en

quelque sorte à des métadonnées associées à l’objet en question.
Techniquement, un attribut peut être tout type d’objet R (un
vecteur, une liste, une fonction…).
Parmi les attributs les plus courants, on retrouve notam-
ment :
• class : la classe de l’objet

• lenghth : sa longueur
• names : les noms donnés aux éléments de l’objet
• levels : pour les facteurs, les étiquettes des différents
niveaux
• label : une étiquette de variable
La fonction attributes() permet de lister tous les attributs

associés à un objet.
attributes(iris)
$names
[1] "Sepal.Length" "Sepal.Width" "Petal.Length" "Petal.Width" "Species"
$class
[1] "data.frame"
$row.names
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
74
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150
Pour accéder à un attribut spécifique, on aura recours à attr()

en spécifiant à la fois l’objet considéré et le nom de l’attribut
souhaité.
iris |> attr("names")
Pour les attributs les plus courants de R, il faut noter qu’il

existe le plus souvent des fonctions spécifiques, comme class(),
names() ou row.names().
class(iris)
[1] "data.frame"
names(iris)
La fonction attr(), associée à l’opérateur d’assignation (<-)

permet également de définir ses propres attributs.
attr(iris, "perso") <- "Des notes personnelles"

attributes(iris)
$names
$class
[1] "data.frame"
75
$row.names
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150
$perso
[1] "Des notes personnelles"
attr(iris, "perso")
[1] "Des notes personnelles"
76
partie II
Manipulation de données
77
7 Le pipe
Il est fréquent d’enchaîner des opérations en appelant successi-

vement des fonctions sur le résultat de l’appel précédent.
Prenons un exemple. Supposons que nous ayons un vecteur nu-
mérique v dont nous voulons calculer la moyenne puis l’afficher
via un message dans la console. Pour un meilleur rendu, nous
allons arrondir la moyenne à une décimale, mettre en forme le
résultat à la française, c’est-à-dire avec la virgule comme sé-
parateur des décimales, créer une phrase avec le résultat, puis
l’afficher dans la console. Voici le code correspondant, étape par
étape.
v <- c(1.2, 8.7, 5.6, 11.4)

m <- mean(v)
r <- round(m, digits = 1)
f <- format(r, decimal.mark = ",")
p <- paste0("La moyenne est de ", f, ".")
message(p)
La moyenne est de 6,7.
Cette écriture, n’est pas vraiment optimale, car cela entraîne la

création d’un grand nombre de variables intermédiaires totale-
ment inutiles. Nous pourrions dès lors imbriquer les différentes
fonctions les unes dans les autres :
message(paste0("La moyenne est de ", format(round(mean(v), digits = 1), decimal.mark
78
Nous obtenons bien le même résultat, mais la lecture de cette
ligne de code est assez difficile et il n’est pas aisé de bien iden-
tifier à quelle fonction est rattaché chaque argument.
Une amélioration possible serait d’effectuer des retours à la
ligne avec une indentation adéquate pour rendre cela plus li-
sible.
message(
paste0(
"La moyenne est de ",
format(
round(
mean(v),
digits = 1),
decimal.mark = ","
),
"."
)
)
C’est déjà mieux, mais toujours pas optimal.
7.1 Le pipe natif de R : |>
Depuis la version 4.1, R a introduit ce que l’on nomme un pipe

(tuyau en anglais), un nouvel opérateur noté |>.
Le principe de cet opérateur est de passer l’élément situé à
sa gauche comme premier argument de la fonction située à
sa droite. Ainsi, l’écriture x |> f() est équivalente à f(x) et
l’écriture x |> f(y) à f(x, y).
Parfois, on souhaite passer l’objet x à un autre endroit de la
fonction f() que le premier argument. Depuis la version 4.2,
R a introduit l’opérateur _,que l’on nomme un placeholder,
pour indiquer où passer l’objet de gauche. Ainsi, x |> f(y, a
= _) devient équivalent à f(y, a = x). ATTENTION : le
79
placeholder doit impérativement être transmis à un argument
nommé !
Tout cela semble encore un peu abstrait ? Reprenons notre
exemple précédent et réécrivons le code avec le pipe.
v |>
mean() |>
round(digits = 1) |>
format(decimal.mark = ",") |>
paste0("La moyenne est de ", m = _, ".") |>
message()
Le code n’est-il pas plus lisible ?

Pour visualiser chaque étape du code, vous pouvez consulter
le diaporama suivant : https://larmarange.github.io/guide-
R/manipulation/ressources/flipbook-pipe.html
7.2 Le pipe du tidyverse : %>%
Ce n’est qu’à partir de la version 4.1 sortie en 2021 que R a

proposé de manière native un pipe, en l’occurence l’opérateur
|>.
En cela, R s’est notamment inspiré d’un opérateur similaire
introduit dès 2014 dans le tidyverse. Le pipe du tidyverse
fonctionne de manière similaire. Il est implémenté dans
le package {magrittr} qui doit donc être chargé en mé-
moire. Le pipe est également disponible lorsque l’on effectue
library(tidyverse).
Cet opérateur s’écrit %>% et il dispose lui aussi d’un placeholder
qui est le .. La syntaxe du placeholder est un peu plus souple
puisqu’il peut être passé à tout type d’argument, y compris un
argument sans nom. Si l’on reprend notre exemple précédent.
80
library(magrittr)
v %>%
mean() %>%
round(digits = 1) %>%
format(decimal.mark = ",") %>%
paste0("La moyenne est de ", ., ".") %>%
message()
7.3 Vaut-il mieux utiliser |> ou %>% ?
Bonne question. Si vous utilisez une version récente de R (�

4.2), il est préférable d’avoir recours au pipe natif de R dans
la mesure où il est plus efficient en termes de temps de calcul
car il fait partie intégrante du langage. Dans ce guide, nous
privilégions d’ailleurs l’utilisation de |>.
Si votre code nécessite de fonctionner avec différentes versions
de R, par exemple dans le cadre d’un package, il est alors pré-
férable, pour le moment, d’utiliser celui fourni par {magrittr}
(%>%).
81
7.4 Accéder à un élément avec
purrr::pluck() et purrr::chuck()
Il est fréquent d’avoir besoin d’accéder à un élément précis

d’une liste, d’un tableau ou d’un vecteur, ce que l’on fait
d’ordinaire avec la syntaxe [[]] ou $ pour les listes ou [] pour
les vecteurs. Cependant, cette syntaxe se combine souvent mal
avec un enchaînement d’opérations utilisant le pipe.
Le package {purrr}, chargé par défaut avec library(tidyverse),
fournit une fonction purrr::pluck() qui, est l’équivalent de
[[]], et qui permet de récupérer un élément par son nom
ou sa position. Ainsi, si l’on considère le tableau de don-
nées iris, pluck(iris, "Petal.Witdh") est équivalent à
iris$Petal.Width. Voyons un exemple d’utilisation dans le
cadre d’un enchaînement d’opérations.
iris |>
purrr::pluck("Petal.Width") |>
mean()
[1] 1.199333
Cette écriture est équivalente à :
mean(iris$Petal.Width)
[1] 1.199333
purrr::pluck() fonctionne également sur des vecteurs (et

dans ce cas opère comme []).
v <- c("a", "b", "c", "d")

v |> purrr::pluck(2)
[1] "b"
82
v[2]
[1] "b"
On peut également, dans un même appel à purrr::pluck(),

enchaîner plusieurs niveaux. Les trois syntaxes ci-après sont
ainsi équivalents :
iris |>
purrr::pluck("Sepal.Width", 3)
[1] 3.2
iris |>
purrr::pluck("Sepal.Width") |>
purrr::pluck(3)
[1] 3.2
iris[["Sepal.Width"]][3]
[1] 3.2
Si l’on demande un élément qui n’existe pas, purrr:pluck()

renverra l’élement vide (NULL). Si l’on souhaite plutôt que cela
génère une erreur, on aura alors recours à purrr::chuck().
iris |> purrr::pluck("inconnu")
NULL
iris |> purrr::chuck("inconnu")
Error in `purrr::chuck()`:
! Can't find name ìnconnu` in vector.
83
v |> purrr::pluck(10)
NULL
v |> purrr::chuck(10)
Error in `purrr::chuck()`:
! Index 1 exceeds the length of plucked object (10 > 4).
84
8 dplyr
{dplyr} est l’un des packages les plus connus du tidyverse. Il

facilite le traitement et la manipulation des tableaux de données
(qu’il s’agisse de data frame ou de tibble). Il propose une syntaxe
claire et cohérente, sous formes de verbes correspondant à des
fonctions.
{dplyr} part du principe que les données sont tidy (chaque va-
riable est une colonne, chaque observation est une ligne, voir
Chapitre 5). Les verbes de {dplyr} prennent en entrée un ta-
bleau de données10 (data frame ou tibble) et renvoient systéma- 10
Le package {dbplyr} permets
tiquement un tibble. d’étendre les verbes de {dplyr} à
des tables de bases de données SQL,
{dtplyr} à des tableaux de données
library(dplyr) du type {data.table} et {srvyr}
à des données pondérées du type
Dans ce qui suit on va utiliser le jeu de données {nycflights13}, {survey}.
contenu dans l’extension du même nom (qu’il faut donc avoir
installée). Celui-ci correspond aux données de tous les vols au
départ d’un des trois aéroports de New-York en 2013. Il a la
particularité d’être réparti en trois tables :
• nycflights13::flights contient des informations sur

les vols : date, départ, destination, horaires, retard…
• nycflights13::airports contient des informations sur
les aéroports
• nycflights13::airlines contient des données sur les
compagnies aériennes
On va charger les trois tables du jeu de données :
library(nycflights13)
## Chargement des trois tables du jeu de données
data(flights)
data(airports)
85
data(airlines)
Normalement trois objets correspondant aux trois tables ont

dû apparaître dans votre environnement.
8.1 Opérations sur les lignes
8.1.1 filter()
dplyr::filter() sélectionne des lignes d’un tableau de don-

nées selon une condition. On lui passe en paramètre un test, et
seules les lignes pour lesquelles ce test renvoi TRUE (vrai) sont
conservées11 . 11
Si le test renvoie faux (FALSE) ou
une valeur manquante (NA), les lignes
Par exemple, si on veut sélectionner les vols du mois de janvier, correspondantes ne seront donc pas
on peut filtrer sur la variable month de la manière suivante : sélectionnées.
filter(flights, month == 1)
# A tibble: 27,004 x 19
year month day dep_time sched_dep_time dep_delay arr_time sched_arr_time
<int> <int> <int> <int> <int> <dbl> <int> <int>
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 1 1 533 529 4 850 830
3 2013 1 1 542 540 2 923 850
4 2013 1 1 544 545 -1 1004 1022
5 2013 1 1 554 600 -6 812 837
6 2013 1 1 554 558 -4 740 728
7 2013 1 1 555 600 -5 913 854
8 2013 1 1 557 600 -3 709 723
9 2013 1 1 557 600 -3 838 846
10 2013 1 1 558 600 -2 753 745
# i 26,994 more rows
# i 11 more variables: arr_delay <dbl>, carrier <chr>, flight <int>,
# tailnum <chr>, origin <chr>, dest <chr>, air_time <dbl>, distance <dbl>,
# hour <dbl>, minute <dbl>, time_hour <dttm>
Cela peut s’écrire plus simplement avec un pipe :
86
flights |> filter(month == 1)
# A tibble: 27,004 x 19
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 1 1 533 529 4 850 830
3 2013 1 1 542 540 2 923 850
4 2013 1 1 544 545 -1 1004 1022
5 2013 1 1 554 600 -6 812 837
6 2013 1 1 554 558 -4 740 728
7 2013 1 1 555 600 -5 913 854
8 2013 1 1 557 600 -3 709 723
9 2013 1 1 557 600 -3 838 846
10 2013 1 1 558 600 -2 753 745
Si l’on veut uniquement les vols avec un retard au départ (va-

riable dep_delay) compris entre 10 et 15 minutes :
flights |>
filter(dep_delay >= 10 & dep_delay <= 15)
# A tibble: 14,919 x 19
1 2013 1 1 611 600 11 945 931
2 2013 1 1 623 610 13 920 915
3 2013 1 1 743 730 13 1107 1100
4 2013 1 1 743 730 13 1059 1056
5 2013 1 1 851 840 11 1215 1206
6 2013 1 1 912 900 12 1241 1220
7 2013 1 1 914 900 14 1058 1043
8 2013 1 1 920 905 15 1039 1025
9 2013 1 1 1011 1001 10 1133 1128
10 2013 1 1 1112 1100 12 1440 1438
87
Si l’on passe plusieurs arguments à dplyr::filter(), celui-ci

rajoute automatiquement une condition ET. La ligne ci-dessus
peut donc également être écrite de la manière suivante, avec le
même résultat :
flights |>
filter(dep_delay >= 10, dep_delay <= 15)
Enfin, on peut également placer des fonctions dans les tests,

qui nous permettent par exemple de sélectionner les vols avec
la plus grande distance :
flights |>
filter(distance == max(distance))
# A tibble: 342 x 19
1 2013 1 1 857 900 -3 1516 1530
2 2013 1 2 909 900 9 1525 1530
3 2013 1 3 914 900 14 1504 1530
4 2013 1 4 900 900 0 1516 1530
5 2013 1 5 858 900 -2 1519 1530
6 2013 1 6 1019 900 79 1558 1530
7 2013 1 7 1042 900 102 1620 1530
8 2013 1 8 901 900 1 1504 1530
9 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
10 2013 1 10 859 900 -1 1449 1530
# i 332 more rows
88
Ď Évaluation contextuelle
Il est important de noter que {dplyr} procède à une éva-

luation contextuelle des expressions qui lui sont passées.
Ainsi, on peut indiquer directement le nom d’une variable
et {dplyr} l’interprétera dans le contexte du tableau de
données, c’est-à-dire regardera s’il existe une colonne por-
tant ce nom dans le tableau.
Dans l’expression flights |> filter(month == 1),
month est interprété comme la colonne month du tableau
flights, à savoir flights$month.
Il est également possible d’indiquer des objets extérieurs
au tableau :
m <- 2
flights |>
filter(month == m)
# A tibble: 24,951 x 19
1 2013 2 1 456 500 -4 652 648
2 2013 2 1 520 525 -5 816 820
3 2013 2 1 527 530 -3 837 829
4 2013 2 1 532 540 -8 1007 1017
5 2013 2 1 540 540 0 859 850
6 2013 2 1 552 600 -8 714 715
7 2013 2 1 552 600 -8 919 910
8 2013 2 1 552 600 -8 655 709
9 2013 2 1 553 600 -7 833 815
10 2013 2 1 553 600 -7 821 825
Cela fonctionne car il n’y a pas de colonne m dans

flights. Dès lors, {dplyr} regarde s’il existe un objet
m dans l’environnement de travail.
Par contre, si une colonne existe dans le tableau, elle aura
89
priorité sur les objets du même nom dans l’environnement.
Dans l’exemple ci-dessous, le résultat obtenu n’est pas ce-
lui voulu. Il est interprété comme sélectionner toutes les
lignes où la colonne mois est égale à elle-même et donc
cela sélectionne toutes les lignes du tableau.
month <- 3
flights |>
filter(month == month)
# A tibble: 336,776 x 19
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 1 1 533 529 4 850 830
3 2013 1 1 542 540 2 923 850
4 2013 1 1 544 545 -1 1004 1022
5 2013 1 1 554 600 -6 812 837
6 2013 1 1 554 558 -4 740 728
7 2013 1 1 555 600 -5 913 854
8 2013 1 1 557 600 -3 709 723
9 2013 1 1 557 600 -3 838 846
10 2013 1 1 558 600 -2 753 745
Afin de distinguer ce qui correspond à une colonne du

tableau et à un objet de l’environnement, on pourra avoir
recours à .data et .env (voir help(".env", package =
"rlang")).
month <- 3
flights |>
filter(.data$month == .env$month)
# A tibble: 28,834 x 19
90
1 2013 3 1 4 2159 125 318 56
2 2013 3 1 50 2358 52 526 438
3 2013 3 1 117 2245 152 223 2354
4 2013 3 1 454 500 -6 633 648
5 2013 3 1 505 515 -10 746 810
6 2013 3 1 521 530 -9 813 827
7 2013 3 1 537 540 -3 856 850
8 2013 3 1 541 545 -4 1014 1023
9 2013 3 1 549 600 -11 639 703
10 2013 3 1 550 600 -10 747 801
8.1.2 slice()
Le verbe dplyr::slice() sélectionne des lignes du tableau

selon leur position. On lui passe un chiffre ou un vecteur de
chiffres.
Si l’on souhaite sélectionner la 345e ligne du tableau
airports :
airports |>
slice(345)
# A tibble: 1 x 8
faa name lat lon alt tz dst tzone
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr> <chr>
1 CYF Chefornak Airport 60.1 -164. 40 -9 A America/Anchorage
Si l’on veut sélectionner les 5 premières lignes :
airports |>
slice(1:5)
# A tibble: 5 x 8
91
1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6 1044 -5 A America/New~
2 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7 264 -6 A America/Chi~
3 06C Schaumburg Regional 42.0 -88.1 801 -6 A America/Chi~
4 06N Randall Airport 41.4 -74.4 523 -5 A America/New~
5 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4 11 -5 A America/New~
8.1.3 arrange()
dplyr::arrange() réordonne les lignes d’un tableau selon une

ou plusieurs colonnes.
Ainsi, si l’on veut trier le tableau flights selon le retard au
départ, dans l’ordre croissant :
flights |>
arrange(dep_delay)
# A tibble: 336,776 x 19
1 2013 12 7 2040 2123 -43 40 2352
2 2013 2 3 2022 2055 -33 2240 2338
3 2013 11 10 1408 1440 -32 1549 1559
4 2013 1 11 1900 1930 -30 2233 2243
5 2013 1 29 1703 1730 -27 1947 1957
6 2013 8 9 729 755 -26 1002 955
7 2013 10 23 1907 1932 -25 2143 2143
8 2013 3 30 2030 2055 -25 2213 2250
9 2013 3 2 1431 1455 -24 1601 1631
10 2013 5 5 934 958 -24 1225 1309
On peut trier selon plusieurs colonnes. Par exemple selon le

mois, puis selon le retard au départ :
92
flights |>
arrange(month, dep_delay)
# A tibble: 336,776 x 19
1 2013 1 11 1900 1930 -30 2233 2243
2 2013 1 29 1703 1730 -27 1947 1957
3 2013 1 12 1354 1416 -22 1606 1650
4 2013 1 21 2137 2159 -22 2232 2316
5 2013 1 20 704 725 -21 1025 1035
6 2013 1 12 2050 2110 -20 2310 2355
7 2013 1 12 2134 2154 -20 4 50
8 2013 1 14 2050 2110 -20 2329 2355
9 2013 1 4 2140 2159 -19 2241 2316
10 2013 1 11 1947 2005 -18 2209 2230
Si l’on veut trier selon une colonne par ordre décroissant, on

lui applique la fonction dplyr::desc() :
flights |>
arrange(desc(dep_delay))
# A tibble: 336,776 x 19
1 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
2 2013 6 15 1432 1935 1137 1607 2120
3 2013 1 10 1121 1635 1126 1239 1810
4 2013 9 20 1139 1845 1014 1457 2210
5 2013 7 22 845 1600 1005 1044 1815
6 2013 4 10 1100 1900 960 1342 2211
7 2013 3 17 2321 810 911 135 1020
8 2013 6 27 959 1900 899 1236 2226
9 2013 7 22 2257 759 898 121 1026
93
10 2013 12 5 756 1700 896 1058 2020
Combiné avec dplyr::slice(), dplyr::arrange() permet

par exemple de sélectionner les trois vols ayant eu le plus de
retard :
flights |>
arrange(desc(dep_delay)) |>
slice(1:3)
# A tibble: 3 x 19
1 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
2 2013 6 15 1432 1935 1137 1607 2120
3 2013 1 10 1121 1635 1126 1239 1810
8.1.4 slice_sample()
dplyr::slice_sample() permet de sélectionner aléatoirement

un nombre de lignes ou une fraction des lignes d’un tableau.
Ainsi si l’on veut choisir 5 lignes au hasard dans le tableau
airports :
airports |>
slice_sample(n = 5)
# A tibble: 5 x 8
1 EGV Eagle River 45.9 -89.3 1642 -6 A America/Chica~
94
2 RID Richmond Municipal Airport 39.8 -84.8 1140 -5 U America/New_Y~
3 EGA Eagle County Airport 39.6 -107. 6548 -7 U America/Denver
4 YKN Chan Gurney 42.9 -97.4 1200 -6 A America/Chica~
5 FWA Fort Wayne 41.0 -85.2 815 -5 A America/New_Y~
Si l’on veut tirer au hasard 10% des lignes de flights :
flights |>
slice_sample(prop = .1)
# A tibble: 33,677 x 19
1 2013 1 13 1828 1705 83 2037 1905
2 2013 12 9 1013 1000 13 1320 1242
3 2013 6 8 1738 1655 43 2023 2005
4 2013 12 24 1518 1520 -2 1648 1700
5 2013 11 21 625 635 -10 808 812
6 2013 4 24 1858 1844 14 2205 2114
7 2013 7 6 654 659 -5 852 909
8 2013 9 15 1922 1925 -3 2212 2248
9 2013 6 17 935 930 5 1036 1042
10 2013 5 28 1356 1359 -3 1542 1554
Ces fonctions sont utiles notamment pour faire de l’“échantillonnage”

en tirant au hasard un certain nombre d’observations du ta-
bleau.
8.1.5 distinct()
dplyr::distinct() filtre les lignes du tableau pour ne conser-

ver que les lignes distinctes, en supprimant toutes les lignes en
double.
95
flights |>
select(day, month) |>
distinct()
# A tibble: 365 x 2
day month
<int> <int>
1 1 1
2 2 1
3 3 1
4 4 1
5 5 1
6 6 1
7 7 1
8 8 1
9 9 1
10 10 1
# i 355 more rows
On peut lui spécifier une liste de variables : dans ce cas, pour

toutes les observations ayant des valeurs identiques pour les
variables en question, dplyr::distinct() ne conservera que
la première d’entre elles.
flights |>
distinct(month, day)
# A tibble: 365 x 2
month day
<int> <int>
1 1 1
2 1 2
3 1 3
4 1 4
5 1 5
6 1 6
7 1 7
8 1 8
9 1 9
96
10 1 10
# i 355 more rows
L’option .keep_all permet, dans l’opération précédente, de

conserver l’ensemble des colonnes du tableau :
flights |>
distinct(month, day, .keep_all = TRUE)
# A tibble: 365 x 19
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 1 2 42 2359 43 518 442
3 2013 1 3 32 2359 33 504 442
4 2013 1 4 25 2359 26 505 442
5 2013 1 5 14 2359 15 503 445
6 2013 1 6 16 2359 17 451 442
7 2013 1 7 49 2359 50 531 444
8 2013 1 8 454 500 -6 625 648
9 2013 1 9 2 2359 3 432 444
10 2013 1 10 3 2359 4 426 437
# i 355 more rows
8.2 Opérations sur les colonnes
8.2.1 select()
dplyr::select() permet de sélectionner des colonnes d’un ta-

bleau de données. Ainsi, si l’on veut extraire les colonnes lat
et lon du tableau airports :
airports |>
select(lat, lon)
97
# A tibble: 1,458 x 2
lat lon
<dbl> <dbl>
1 41.1 -80.6
2 32.5 -85.7
3 42.0 -88.1
4 41.4 -74.4
5 31.1 -81.4
6 36.4 -82.2
7 41.5 -84.5
8 42.9 -76.8
9 39.8 -76.6
10 48.1 -123.
# i 1,448 more rows
Si on fait précéder le nom d’un -, la colonne est éliminée plutôt

que sélectionnée :
airports |>
select(-lat, -lon)
# A tibble: 1,458 x 6
faa name alt tz dst tzone
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr>
1 04G Lansdowne Airport 1044 -5 A America/New_York
2 06A Moton Field Municipal Airport 264 -6 A America/Chicago
3 06C Schaumburg Regional 801 -6 A America/Chicago
4 06N Randall Airport 523 -5 A America/New_York
5 09J Jekyll Island Airport 11 -5 A America/New_York
6 0A9 Elizabethton Municipal Airport 1593 -5 A America/New_York
7 0G6 Williams County Airport 730 -5 A America/New_York
8 0G7 Finger Lakes Regional Airport 492 -5 A America/New_York
9 0P2 Shoestring Aviation Airfield 1000 -5 U America/New_York
10 0S9 Jefferson County Intl 108 -8 A America/Los_Angeles
# i 1,448 more rows
dplyr::select() comprend toute une série de fonc-

tions facilitant la sélection de multiples colonnes. Par
exemple, dplyr::starts_with(), dplyr::ends_width(),
98
dplyr::contains() ou dplyr::matches() permettent
d’exprimer des conditions sur les noms de variables :
flights |>
select(starts_with("dep_"))
# A tibble: 336,776 x 2
dep_time dep_delay
<int> <dbl>
1 517 2
2 533 4
3 542 2
4 544 -1
5 554 -6
6 554 -4
7 555 -5
8 557 -3
9 557 -3
10 558 -2
La syntaxe colonne1:colonne2 permet de sélectionner toutes

les colonnes situées entre colonne1 et colonne2 incluses12 : 12
À noter que cette opération est
un peu plus “fragile” que les autres,
car si l’ordre des colonnes change elle
flights |>
peut renvoyer un résultat différent.
select(year:day)
# A tibble: 336,776 x 3
year month day
<int> <int> <int>
1 2013 1 1
2 2013 1 1
3 2013 1 1
4 2013 1 1
5 2013 1 1
6 2013 1 1
7 2013 1 1
8 2013 1 1
9 2013 1 1
99
10 2013 1 1
dplyr::all_of() et dplyr::any_of() permettent de fournir

une liste de variables à extraire sous forme de vecteur textuel.
Alors que dplyr::all_of() renverra une erreur si une variable
n’est pas trouvée dans le tableau de départ, dplyr::any_of()
sera moins stricte.
flights |>
select(all_of(c("year", "month", "day")))
# A tibble: 336,776 x 3
year month day
<int> <int> <int>
1 2013 1 1
2 2013 1 1
3 2013 1 1
4 2013 1 1
5 2013 1 1
6 2013 1 1
7 2013 1 1
8 2013 1 1
9 2013 1 1
10 2013 1 1
flights |>
select(all_of(c("century", "year", "month", "day")))
Error in àll_of()`:
! Can't subset columns that don't exist.
x Column `century` doesn't exist.
Erreur : Can't subset columns that don't exist.

x Column `century` doesn't exist.
100
flights |>
select(any_of(c("century", "year", "month", "day")))
# A tibble: 336,776 x 3
year month day
<int> <int> <int>
1 2013 1 1
2 2013 1 1
3 2013 1 1
4 2013 1 1
5 2013 1 1
6 2013 1 1
7 2013 1 1
8 2013 1 1
9 2013 1 1
10 2013 1 1
dplyr::where() permets de sélectionner des variables à par-

tir d’une fonction qui renvoie une valeur logique. Par exemple,
pour sélectionner seulement les variables textuelles :
flights |>
select(where(is.character))
# A tibble: 336,776 x 4
carrier tailnum origin dest
<chr> <chr> <chr> <chr>
1 UA N14228 EWR IAH
2 UA N24211 LGA IAH
3 AA N619AA JFK MIA
4 B6 N804JB JFK BQN
5 DL N668DN LGA ATL
6 UA N39463 EWR ORD
7 B6 N516JB EWR FLL
8 EV N829AS LGA IAD
9 B6 N593JB JFK MCO
10 AA N3ALAA LGA ORD
101
dplyr::select() peut être utilisée pour réordonner les co-
lonnes d’une table en utilisant la fonction dplyr::everything(),
qui sélectionne l’ensemble des colonnes non encore sélection-
nées. Ainsi, si l’on souhaite faire passer la colonne name en
première position de la table airports, on peut faire :
airports |>
select(name, everything())
# A tibble: 1,458 x 8
name faa lat lon alt tz dst tzone
1 Lansdowne Airport 04G 41.1 -80.6 1044 -5 A America/~
2 Moton Field Municipal Airport 06A 32.5 -85.7 264 -6 A America/~
3 Schaumburg Regional 06C 42.0 -88.1 801 -6 A America/~
4 Randall Airport 06N 41.4 -74.4 523 -5 A America/~
5 Jekyll Island Airport 09J 31.1 -81.4 11 -5 A America/~
6 Elizabethton Municipal Airport 0A9 36.4 -82.2 1593 -5 A America/~
7 Williams County Airport 0G6 41.5 -84.5 730 -5 A America/~
8 Finger Lakes Regional Airport 0G7 42.9 -76.8 492 -5 A America/~
9 Shoestring Aviation Airfield 0P2 39.8 -76.6 1000 -5 U America/~
10 Jefferson County Intl 0S9 48.1 -123. 108 -8 A America/~
# i 1,448 more rows
8.2.2 relocate()
Pour réordonner des colonnes, on pourra aussi avoir recours

à dplyr::relocate() en indiquant les premières variables.
Il n’est pas nécessaire d’ajouter everything() car avec
dplyr::relocate() toutes les variables sont conservées.
airports |>
relocate(lon, lat, name)
# A tibble: 1,458 x 8
lon lat name faa alt tz dst tzone
<dbl> <dbl> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr>
1 -80.6 41.1 Lansdowne Airport 04G 1044 -5 A America/~
2 -85.7 32.5 Moton Field Municipal Airport 06A 264 -6 A America/~
102
3 -88.1 42.0 Schaumburg Regional 06C 801 -6 A America/~
4 -74.4 41.4 Randall Airport 06N 523 -5 A America/~
5 -81.4 31.1 Jekyll Island Airport 09J 11 -5 A America/~
6 -82.2 36.4 Elizabethton Municipal Airport 0A9 1593 -5 A America/~
7 -84.5 41.5 Williams County Airport 0G6 730 -5 A America/~
8 -76.8 42.9 Finger Lakes Regional Airport 0G7 492 -5 A America/~
9 -76.6 39.8 Shoestring Aviation Airfield 0P2 1000 -5 U America/~
10 -123. 48.1 Jefferson County Intl 0S9 108 -8 A America/~
# i 1,448 more rows
8.2.3 rename()
Une variante de dplyr::select() est dplyr::rename()13 , 13

Il est également possible de renom-
qui permet de renommer facilement des colonnes. On l’utilise mer des colonnes directement avec
select(), avec la même syntaxe que
en lui passant des paramètres de la forme nouveau_nom =
pour rename().
ancien_nom. Ainsi, si on veut renommer les colonnes lon et lat
de airports en longitude et latitude :
airports |>
rename(longitude = lon, latitude = lat)
# A tibble: 1,458 x 8
faa name latitude longitude alt tz dst tzone
1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6 1044 -5 A Amer~
2 06A Moton Field Municipal Airpo~ 32.5 -85.7 264 -6 A Amer~
3 06C Schaumburg Regional 42.0 -88.1 801 -6 A Amer~
4 06N Randall Airport 41.4 -74.4 523 -5 A Amer~
5 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4 11 -5 A Amer~
6 0A9 Elizabethton Municipal Airp~ 36.4 -82.2 1593 -5 A Amer~
7 0G6 Williams County Airport 41.5 -84.5 730 -5 A Amer~
8 0G7 Finger Lakes Regional Airpo~ 42.9 -76.8 492 -5 A Amer~
9 0P2 Shoestring Aviation Airfield 39.8 -76.6 1000 -5 U Amer~
10 0S9 Jefferson County Intl 48.1 -123. 108 -8 A Amer~
# i 1,448 more rows
Si les noms de colonnes comportent des espaces ou des carac-

tères spéciaux, on peut les entourer de guillemets (") ou de
quotes inverses (`) :
103
flights |>
rename(
"retard départ" = dep_delay,
"retard arrivée" = arr_delay
) |>
select(`retard départ`, `retard arrivée`)
# A tibble: 336,776 x 2
`retard départ` `retard arrivée`
<dbl> <dbl>
1 2 11
2 4 20
3 2 33
4 -1 -18
5 -6 -25
6 -4 12
7 -5 19
8 -3 -14
9 -3 -8
10 -2 8
8.2.4 rename_with()
La fonction dplyr::rename_with() permets de renommer plu-

sieurs colonnes d’un coup en transmettant une fonction, par
exemple toupper() qui passe tous les caractères en majus-
cule.
airports |>
rename_with(toupper)
# A tibble: 1,458 x 8
FAA NAME LAT LON ALT TZ DST TZONE
1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6 1044 -5 A America/~
2 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7 264 -6 A America/~
3 06C Schaumburg Regional 42.0 -88.1 801 -6 A America/~
104
4 06N Randall Airport 41.4 -74.4 523 -5 A America/~
5 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4 11 -5 A America/~
6 0A9 Elizabethton Municipal Airport 36.4 -82.2 1593 -5 A America/~
7 0G6 Williams County Airport 41.5 -84.5 730 -5 A America/~
8 0G7 Finger Lakes Regional Airport 42.9 -76.8 492 -5 A America/~
9 0P2 Shoestring Aviation Airfield 39.8 -76.6 1000 -5 U America/~
10 0S9 Jefferson County Intl 48.1 -123. 108 -8 A America/~
# i 1,448 more rows
On pourra notamment utiliser les fonctions du package

snakecase et, en particulier, snakecase::to_snake_case()
que je recommande pour nommer de manière consistante les
variables14 . 14
Le snake case est une conven-
tion typographique en informatique
consistant à écrire des ensembles de
8.2.5 pull() mots, généralement, en minuscules en
les séparant par des tirets bas.
La fonction dplyr::pull() permet d’accéder au contenu d’une

variable. C’est un équivalent aux opérateurs $ ou [[]]. On peut
lui passer un nom de variable ou bien sa position.
airports |>
pull(alt) |>
mean()
[1] 1001.416
Ĺ Note
dplyr::pull() ressemble à la fonction purrr::chuck()

que nous avons déjà abordée (cf. Section 7.4). Cependant,
dplyr::pull() ne fonctionne que sur des tableaux de
données tandis que purrr::chuck() est plus générique
et peut s’appliquer à tous types de listes.
8.2.6 mutate()
dplyr::mutate() permet de créer de nouvelles colonnes dans

le tableau de données, en général à partir de variables exis-
tantes.
105
Par exemple, la table airports contient l’altitude de l’aéroport
en pieds. Si l’on veut créer une nouvelle variable alt_m avec
l’altitude en mètres, on peut faire :
airports <-
airports |>
mutate(alt_m = alt / 3.2808)
On peut créer plusieurs nouvelles colonnes en une seule fois, et

les expressions successives peuvent prendre en compte les résul-
tats des calculs précédents. L’exemple suivant convertit d’abord
la distance en kilomètres dans une variable distance_km, puis
utilise cette nouvelle colonne pour calculer la vitesse en km/h.
flights <-
flights |>
mutate(
distance_km = distance / 0.62137,
vitesse = distance_km / air_time * 60
)
8.3 Opérations groupées
8.3.1 group_by()
Un élément très important de {dplyr} est la fonction

dplyr::group_by(). Elle permet de définir des groupes de
lignes à partir des valeurs d’une ou plusieurs colonnes. Par
exemple, on peut grouper les vols selon leur mois :
flights |>
group_by(month)
# A tibble: 336,776 x 21
# Groups: month [12]
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
106
2 2013 1 1 533 529 4 850 830
3 2013 1 1 542 540 2 923 850
4 2013 1 1 544 545 -1 1004 1022
5 2013 1 1 554 600 -6 812 837
6 2013 1 1 554 558 -4 740 728
7 2013 1 1 555 600 -5 913 854
8 2013 1 1 557 600 -3 709 723
9 2013 1 1 557 600 -3 838 846
10 2013 1 1 558 600 -2 753 745
# hour <dbl>, minute <dbl>, time_hour <dttm>, distance_km <dbl>,
# vitesse <dbl>
Par défaut ceci ne fait rien de visible, à part l’apparition d’une

mention Groups dans l’affichage du résultat. Mais à partir
du moment où des groupes ont été définis, les verbes comme
dplyr::slice() ou dplyr::mutate() vont en tenir compte
lors de leurs opérations.
Par exemple, si on applique dplyr::slice() à un tableau préa-
lablement groupé, il va sélectionner les lignes aux positions indi-
quées pour chaque groupe. Ainsi la commande suivante affiche
le premier vol de chaque mois, selon leur ordre d’apparition
dans le tableau :
flights |>
group_by(month) |>
slice(1)
# A tibble: 12 x 21
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 2 1 456 500 -4 652 648
3 2013 3 1 4 2159 125 318 56
4 2013 4 1 454 500 -6 636 640
5 2013 5 1 9 1655 434 308 2020
107
6 2013 6 1 2 2359 3 341 350
7 2013 7 1 1 2029 212 236 2359
8 2013 8 1 12 2130 162 257 14
9 2013 9 1 9 2359 10 343 340
10 2013 10 1 447 500 -13 614 648
11 2013 11 1 5 2359 6 352 345
12 2013 12 1 13 2359 14 446 445
# vitesse <dbl>
Idem pour dplyr::mutate() : les opérations appliquées lors

du calcul des valeurs des nouvelles colonnes sont appliquée
groupe de lignes par groupe de lignes. Dans l’exemple suivant,
on ajoute une nouvelle colonne qui contient le retard moyen du
mois correspondant :
flights |>
group_by(month) |>
mutate(mean_delay_month = mean(dep_delay, na.rm = TRUE))
# A tibble: 336,776 x 22
1 2013 1 1 517 515 2 830 819
2 2013 1 1 533 529 4 850 830
3 2013 1 1 542 540 2 923 850
4 2013 1 1 544 545 -1 1004 1022
5 2013 1 1 554 600 -6 812 837
6 2013 1 1 554 558 -4 740 728
7 2013 1 1 555 600 -5 913 854
8 2013 1 1 557 600 -3 709 723
9 2013 1 1 557 600 -3 838 846
10 2013 1 1 558 600 -2 753 745
108
# vitesse <dbl>, mean_delay_month <dbl>
Ceci peut permettre, par exemple, de déterminer si un retard

donné est supérieur ou inférieur au retard moyen du mois en
cours.
dplyr::group_by() peut aussi être utile avec dplyr::filter(),
par exemple pour sélectionner les vols avec le retard au départ
le plus important pour chaque mois :
flights |>
group_by(month) |>
filter(dep_delay == max(dep_delay, na.rm = TRUE))
# A tibble: 12 x 21
1 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
2 2013 10 14 2042 900 702 2255 1127
3 2013 11 3 603 1645 798 829 1913
4 2013 12 5 756 1700 896 1058 2020
5 2013 2 10 2243 830 853 100 1106
6 2013 3 17 2321 810 911 135 1020
7 2013 4 10 1100 1900 960 1342 2211
8 2013 5 3 1133 2055 878 1250 2215
9 2013 6 15 1432 1935 1137 1607 2120
10 2013 7 22 845 1600 1005 1044 1815
11 2013 8 8 2334 1454 520 120 1710
12 2013 9 20 1139 1845 1014 1457 2210
# vitesse <dbl>
Attention : la clause dplyr::roup_by() marche pour les

verbes déjà vus précédemment, sauf pour dplyr::arrange(),
qui par défaut trie la table sans tenir compte des groupes.
Pour obtenir un tri par groupe, il faut lui ajouter l’argument
.by_group = TRUE.
109
On peut voir la différence en comparant les deux résultats sui-
vants :
flights |>
group_by(month) |>
arrange(desc(dep_delay))
# A tibble: 336,776 x 21
1 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
2 2013 6 15 1432 1935 1137 1607 2120
3 2013 1 10 1121 1635 1126 1239 1810
4 2013 9 20 1139 1845 1014 1457 2210
5 2013 7 22 845 1600 1005 1044 1815
6 2013 4 10 1100 1900 960 1342 2211
7 2013 3 17 2321 810 911 135 1020
8 2013 6 27 959 1900 899 1236 2226
9 2013 7 22 2257 759 898 121 1026
10 2013 12 5 756 1700 896 1058 2020
# vitesse <dbl>
flights |>
group_by(month) |>
arrange(desc(dep_delay), .by_group = TRUE)
# A tibble: 336,776 x 21
1 2013 1 9 641 900 1301 1242 1530
2 2013 1 10 1121 1635 1126 1239 1810
3 2013 1 1 848 1835 853 1001 1950
4 2013 1 13 1809 810 599 2054 1042
110
5 2013 1 16 1622 800 502 1911 1054
6 2013 1 23 1551 753 478 1812 1006
7 2013 1 10 1525 900 385 1713 1039
8 2013 1 1 2343 1724 379 314 1938
9 2013 1 2 2131 1512 379 2340 1741
10 2013 1 7 2021 1415 366 2332 1724
# vitesse <dbl>
8.3.2 summarise()
dplyr::summarise() permet d’agréger les lignes du tableau

en effectuant une opération résumée sur une ou plusieurs co-
lonnes. Il s’agit de toutes les fonctions qui prennent en entrée
un ensemble de valeurs et renvoie une valeur unique, comme la
moyenne (mean()). Par exemple, si l’on souhaite connaître les
retards moyens au départ et à l’arrivée pour l’ensemble des vols
du tableau flights :
flights |>
summarise(
retard_dep = mean(dep_delay, na.rm=TRUE),
retard_arr = mean(arr_delay, na.rm=TRUE)
)
# A tibble: 1 x 2
retard_dep retard_arr
<dbl> <dbl>
1 12.6 6.90
Cette fonction est en général utilisée avec dplyr::group_by(),

puisqu’elle permet du coup d’agréger et de résumer les lignes
du tableau groupe par groupe. Si l’on souhaite calculer le délai
maximum, le délai minimum et le délai moyen au départ pour
chaque mois, on pourra faire :
111
flights |>
group_by(month) |>
summarise(
max_delay = max(dep_delay, na.rm=TRUE),
min_delay = min(dep_delay, na.rm=TRUE),
mean_delay = mean(dep_delay, na.rm=TRUE)
)
# A tibble: 12 x 4
month max_delay min_delay mean_delay
<int> <dbl> <dbl> <dbl>
1 1 1301 -30 10.0
2 2 853 -33 10.8
3 3 911 -25 13.2
4 4 960 -21 13.9
5 5 878 -24 13.0
6 6 1137 -21 20.8
7 7 1005 -22 21.7
8 8 520 -26 12.6
9 9 1014 -24 6.72
10 10 702 -25 6.24
11 11 798 -32 5.44
12 12 896 -43 16.6
dplyr::summarise() dispose d’une fonction spéciale

dplyr::n(), qui retourne le nombre de lignes du groupe.
Ainsi si l’on veut le nombre de vols par destination, on peut
utiliser :
flights |>
group_by(dest) |>
summarise(n = n())
# A tibble: 105 x 2
dest n
<chr> <int>
1 ABQ 254
2 ACK 265
3 ALB 439
112
4 ANC 8
5 ATL 17215
6 AUS 2439
7 AVL 275
8 BDL 443
9 BGR 375
10 BHM 297
# i 95 more rows
dplyr::n() peut aussi être utilisée avec dplyr::filter() et

dplyr::mutate().
8.3.3 count()
À noter que quand l’on veut compter le nombre de lignes

par groupe, on peut utiliser directement la fonction
dplyr::count(). Ainsi le code suivant est identique au
précédent :
flights |>
count(dest)
# A tibble: 105 x 2
dest n
<chr> <int>
1 ABQ 254
2 ACK 265
3 ALB 439
4 ANC 8
5 ATL 17215
6 AUS 2439
7 AVL 275
8 BDL 443
9 BGR 375
10 BHM 297
# i 95 more rows
113
8.3.4 Grouper selon plusieurs variables
On peut grouper selon plusieurs variables à la fois, il suffit de

les indiquer dans la clause du dplyr::group_by() :
flights |>
group_by(month, dest) |>
summarise(nb = n()) |>
arrange(desc(nb))
`summarise()` has grouped output by 'month'. You can override using the
`.groups` argument.
# A tibble: 1,113 x 3
month dest nb
<int> <chr> <int>
1 8 ORD 1604
2 10 ORD 1604
3 5 ORD 1582
4 9 ORD 1582
5 7 ORD 1573
6 6 ORD 1547
7 7 ATL 1511
8 8 ATL 1507
9 8 LAX 1505
10 7 LAX 1500
# i 1,103 more rows
On peut également compter selon plusieurs variables :
flights |>
count(origin, dest) |>
arrange(desc(n))
# A tibble: 224 x 3
origin dest n
<chr> <chr> <int>
114
1 JFK LAX 11262
2 LGA ATL 10263
3 LGA ORD 8857
4 JFK SFO 8204
5 LGA CLT 6168
6 EWR ORD 6100
7 JFK BOS 5898
8 LGA MIA 5781
9 JFK MCO 5464
10 EWR BOS 5327
# i 214 more rows
On peut utiliser plusieurs opérations de groupage dans le

même pipeline. Ainsi, si l’on souhaite déterminer le couple
origine/destination ayant le plus grand nombre de vols selon le
mois de l’année, on devra procéder en deux étapes :
• d’abord grouper selon mois, origine et destination pour

calculer le nombre de vols
• puis grouper uniquement selon le mois pour sélectionner
la ligne avec la valeur maximale.
Au final, on obtient le code suivant :
flights |>
group_by(month, origin, dest) |>
group_by(month) |>
filter(nb == max(nb))
`summarise()` has grouped output by 'month', 'origin'. You can override using
the `.groups` argument.
# A tibble: 12 x 4
month origin dest nb
<int> <chr> <chr> <int>
1 1 JFK LAX 937
2 2 JFK LAX 834
3 3 JFK LAX 960
115
4 4 JFK LAX 935
5 5 JFK LAX 960
6 6 JFK LAX 928
7 7 JFK LAX 985
8 8 JFK LAX 979
9 9 JFK LAX 925
10 10 JFK LAX 965
11 11 JFK LAX 907
12 12 JFK LAX 947
Lorsqu’on effectue un dplyr::group_by() suivi d’un

dplyr::summarise(), le tableau résultat est automati-
quement dégroupé de la dernière variable de regroupement.
Ainsi le tableau généré par le code suivant est groupé par
month et origin15 : 15
Comme expliqué dans le message
affiché dans la console, cela peut être
contrôlé avec l’argument .groups de
flights |>
dplyr::summarise(), dont les op-
group_by(month, origin, dest) |> tions sont décrites dans l’aide de la
summarise(nb = n()) fonction.
`summarise()` has grouped output by 'month', 'origin'. You can override using
the `.groups` argument.
# A tibble: 2,313 x 4
# Groups: month, origin [36]
month origin dest nb
<int> <chr> <chr> <int>
1 1 EWR ALB 64
2 1 EWR ATL 362
3 1 EWR AUS 51
4 1 EWR AVL 2
5 1 EWR BDL 37
6 1 EWR BNA 111
7 1 EWR BOS 430
8 1 EWR BQN 31
9 1 EWR BTV 100
10 1 EWR BUF 119
# i 2,303 more rows
116
Cela peut permettre d’enchaîner les opérations groupées. Dans
l’exemple suivant, on calcule le pourcentage des trajets pour
chaque destination par rapport à tous les trajets du mois :
flights |>
mutate(pourcentage = nb / sum(nb) * 100)
`.groups` argument.
# A tibble: 1,113 x 4
month dest nb pourcentage
<int> <chr> <int> <dbl>
1 1 ALB 64 0.237
2 1 ATL 1396 5.17
3 1 AUS 169 0.626
4 1 AVL 2 0.00741
5 1 BDL 37 0.137
6 1 BHM 25 0.0926
7 1 BNA 399 1.48
8 1 BOS 1245 4.61
9 1 BQN 93 0.344
10 1 BTV 223 0.826
# i 1,103 more rows
On peut à tout moment dégrouper un tableau à l’aide de

dplyr::ungroup(). Ce serait par exemple nécessaire, dans
l’exemple précédent, si on voulait calculer le pourcentage sur
le nombre total de vols plutôt que sur le nombre de vols par
mois :
flights |>
ungroup() |>
mutate(pourcentage = nb / sum(nb) * 100)
117
`.groups` argument.
# A tibble: 1,113 x 4
month dest nb pourcentage
<int> <chr> <int> <dbl>
1 1 ALB 64 0.0190
2 1 ATL 1396 0.415
3 1 AUS 169 0.0502
4 1 AVL 2 0.000594
5 1 BDL 37 0.0110
6 1 BHM 25 0.00742
7 1 BNA 399 0.118
8 1 BOS 1245 0.370
9 1 BQN 93 0.0276
10 1 BTV 223 0.0662
# i 1,103 more rows
À noter que dplyr::count(), par contre, renvoi un tableau

non groupé :
flights |>
count(month, dest)
# A tibble: 1,113 x 3
month dest n
<int> <chr> <int>
1 1 ALB 64
2 1 ATL 1396
3 1 AUS 169
4 1 AVL 2
5 1 BDL 37
6 1 BHM 25
7 1 BNA 399
8 1 BOS 1245
9 1 BQN 93
10 1 BTV 223
# i 1,103 more rows
118
8.4 Cheatsheet
8.5 webin-R
On pourra également se référer au webin-R #04 (manipuler les

données avec dplyr) sur YouTube.
https://youtu.be/aFvBhgmawcs
119
9 Facteurs et forcats
Dans R, les facteurs sont utilisés pour représenter des variables

catégorielles, c’est-à-dire des variables qui ont un nombre fixé
et limité de valeurs possibles (par exemple une variable sexe ou
une variable niveau d’éducation).
De telles variables sont parfois représentées sous forme textuelle
(vecteurs de type character). Cependant, cela ne permets pas
d’indiquer un ordre spécifique aux modalités, à la différence des
facteurs.
Ĺ Note
Lorsque l’on importe des données d’enquêtes, il est fré-

quent que les variables catégorielles sont codées sous la
forme d’un code numérique (par exemple 1 pour femme et
2 pour homme) auquel est associé une étiquette de valeur.
C’est notamment le fonctionnement usuel de logiciels tels
que SPSS, Stata ou SAS. Les étiquettes de valeurs se-
ront abordés dans un prochain chapitre (voir Chapitre 12).
Au moment de l’analyse (tableaux statistiques, gra-
phiques, modèles de régression…), il sera nécessaire de
transformer ces vecteurs avec étiquettes en facteurs.
9.1 Création d’un facteur
Le plus simple pour créer un facteur est de partir d’un vecteur

textuel et d’utiliser la fonction factor().
x <- c("nord", "sud", "sud", "est", "est", "est")

x |>
factor()
120
[1] nord sud sud est est est
Levels: est nord sud
Par défaut, les niveaux du facteur obtenu correspondent aux

valeurs uniques du facteur textuel, triés par ordre alphabétique.
Si l’on veut contrôler l’ordre des niveaux, et éventuellement
indiquer un niveau absent des données, on utilisera l’argument
levels de factor().
x |>
factor(levels = c("nord", "est", "sud", "ouest"))
[1] nord sud sud est est est

Levels: nord est sud ouest
Si une valeur observée dans les données n’est pas indiqué dans
levels, elle sera silencieusement convertie en valeur manquante
(NA).
x |>
factor(levels = c("nord", "sud"))
[1] nord sud sud <NA> <NA> <NA>

Levels: nord sud
Si l’on veut être averti par un warning dans ce genre de

situation, on pourra avoir plutôt recours à la fonction
readr::parse_factor() du package {readr}, qui, le cas
échéant, renverra un tableau avec les problèmes rencontrés.
x |>
readr::parse_factor(levels = c("nord", "sud"))
Warning: 3 parsing failures.

row col expected actual
4 -- value in level set est
121
[1] nord sud sud <NA> <NA> <NA>
attr(,"problems")
# A tibble: 3 x 4
row col expected actual
<int> <int> <chr> <chr>
1 4 NA value in level set est
Levels: nord sud
Une fois un facteur créé, on peut accéder à la liste de ses éti-

quettes avec levels().
f <- factor(x)
levels(f)
[1] "est" "nord" "sud"
Dans certaines situations (par exemple pour la réalisation

d’une régression logistique ordinale), on peut avoir avoir
besoin d’indiquer que les modalités du facteur sont ordonnées
hiérarchiquement. Dans ce cas là, on aura simplement recours
à ordered() pour créer/convertir notre facteur.
c("supérieur", "primaire", "secondaire", "primaire", "supérieur") |>

ordered(levels = c("primaire", "secondaire", "supérieur"))
[1] supérieur primaire secondaire primaire supérieur

Levels: primaire < secondaire < supérieur
Techniquement, les valeurs d’un facteur sont stockés de ma-

nière interne à l’aide de nombres entiers, dont la valeur repré-
sente la position de l’étiquette correspondante dans l’attribut
levels. Ainsi, un facteur à n modalités sera toujours codé avec
les nombre entiers allant de 1 à n.
class(f)
[1] "factor"
122
typeof(f)
[1] "integer"
as.integer(f)
[1] 2 3 3 1 1 1
as.character(f)
[1] "nord" "sud" "sud" "est" "est" "est"
9.2 Changer l’ordre des modalités
Le package {forcats}, chargé par défaut lorsque l’on exécute

la commande library(tidyverse), fournie plusieurs fonc-
tions pour manipuler des facteurs. Pour donner des exemples
d’utilisation de ces différentes fonctions, nous allons utiliser le
jeu de données hdv2003 du package {questionr}.
library(tidyverse)
data("hdv2003", package = "questionr")
Considérons la variable qualif qui indique le niveau de quali-

fication des enquêtés. On peut voir la liste des niveaux de ce
facteur, et leur ordre, avec levels(), ou en effectuant un tri à
plat avec la fonction questionr::freq().
hdv2003$qualif |>
levels()
[1] "Ouvrier specialise" "Ouvrier qualifie"

[3] "Technicien" "Profession intermediaire"
[5] "Cadre" "Employe"
[7] "Autre"
123
hdv2003$qualif |>
questionr::freq()
n % val%
Ouvrier specialise 203 10.2 12.3
Ouvrier qualifie 292 14.6 17.7
Technicien 86 4.3 5.2
Profession intermediaire 160 8.0 9.7
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
Autre 58 2.9 3.5
NA 347 17.3 NA
Parfois, on a simplement besoin d’inverser l’ordre des

facteurs, ce qui peut se faire facilement avec la fonction
forcats::fct_rev(). Elle renvoie le facteur fourni en entrée
en ayant inverser l’ordre des modalités (mais sans modifier
l’ordre des valeurs dans le vecteur).
hdv2003$qualif |>
fct_rev() |>
questionr::freq()
n % val%
Autre 58 2.9 3.5
Employe 594 29.7 35.9
Cadre 260 13.0 15.7
NA 347 17.3 NA
Pour plus de contrôle, on utilisera forcats::fct_relevel()

où l’on indique l’ordre souhaité des modalités. On peut éga-
lement seulement indiquer les premières modalités, les autres
seront ajoutées à la fin sans changer leur ordre.
124
hdv2003$qualif |>
fct_relevel("Cadre", "Autre", "Technicien", "Employe") |>
questionr::freq()
n % val%
Cadre 260 13.0 15.7
Autre 58 2.9 3.5
Employe 594 29.7 35.9
NA 347 17.3 NA
La fonction forcats::fct_infreq() ordonne les modalités

de celle la plus fréquente à celle la moins fréquente (nombre
d’observations) :
hdv2003$qualif |>
fct_infreq() |>
questionr::freq()
n % val%
Employe 594 29.7 35.9
Cadre 260 13.0 15.7
Autre 58 2.9 3.5
NA 347 17.3 NA
Pour inverser l’ordre, on combinera forcats::fct_infreq()

avec forcats::fct_rev().
hdv2003$qualif |>
fct_infreq() |>
fct_rev() |>
125
questionr::freq()
n % val%
Autre 58 2.9 3.5
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
NA 347 17.3 NA
Dans certains cas, on souhaite créer un facteur dont les modali-

tés sont triées selon leur ordre d'apparition dans le jeu de don-
nées. Pour cela, on aura recours à forcats::fct_inorder().
v <- c("c", "a", "d", "b", "a", "c")

factor(v)
[1] c a d b a c
Levels: a b c d
fct_inorder(v)
[1] c a d b a c
Levels: c a d b
La fonction forcats::fct_reorder() permets de trier les mo-

dalités en fonction d’une autre variable. Par exemple, si je sou-
haite trier les modalités de la variable qualif en fonction de l’âge
moyen (dans chaque modalité) :
hdv2003$qualif_tri_age <-
hdv2003$qualif |>
fct_reorder(hdv2003$age, .fun = mean)
hdv2003 |>
dplyr::group_by(qualif_tri_age) |>
126
dplyr::summarise(age_moyen = mean(age))
# A tibble: 8 x 2
qualif_tri_age age_moyen
<fct> <dbl>
1 Technicien 45.9
2 Employe 46.7
3 Autre 47.0
4 Ouvrier specialise 48.9
5 Profession intermediaire 49.1
6 Cadre 49.7
7 Ouvrier qualifie 50.0
8 <NA> 47.9
Ď Astuce
{questionr} propose une interface graphique afin de faci-

liter les opérations de ré-ordonnancement manuel. Pour la
lancer, sélectionner le menu Addins puis Levels ordering,
ou exécuter la fonction questionr::iorder() en lui pas-
sant comme paramètre le facteur à réordonner.
127
Une démonstration en vidéo de cet add-in est disponible
dans le webin-R #05 (recoder des variables) sur [You-
Tube](https://youtu.be/CokvTbtWdwc?t=3934).
https://youtu.be/CokvTbtWdwc
9.3 Modifier les modalités
Pour modifier le nom des modalités, on pourra avoir recours

à forcats::fct_recode() avec une syntaxe de la forme
"nouveau nom" = "ancien nom".
hdv2003$sexe |>
questionr::freq()
n % val%
Homme 899 45 45
Femme 1101 55 55
hdv2003$sexe <-
hdv2003$sexe |>
fct_recode(f = "Femme", m = "Homme")
hdv2003$sexe |>
questionr::freq()
n % val%
m 899 45 45
f 1101 55 55
On peut également fusionner des modalités ensemble en leur

attribuant le même nom.
hdv2003$nivetud |>
questionr::freq()
128
n % val%
N'a jamais fait d'etudes 39 2.0 2.1
A arrete ses etudes, avant la derniere annee d'etudes primaires 86 4.3 4.6
Derniere annee d'etudes primaires 341 17.0 18.1
1er cycle 204 10.2 10.8
2eme cycle 183 9.2 9.7
Enseignement technique ou professionnel court 463 23.2 24.5
Enseignement technique ou professionnel long 131 6.6 6.9
Enseignement superieur y compris technique superieur 441 22.0 23.4
NA 112 5.6 NA
hdv2003$instruction <-
hdv2003$nivetud |>
fct_recode(
"primaire" = "N'a jamais fait d'etudes",
"primaire" = "A arrete ses etudes, avant la derniere annee d'etudes primaires",
"primaire" = "Derniere annee d'etudes primaires",
"secondaire" = "1er cycle",
"secondaire" = "2eme cycle",
"technique/professionnel" = "Enseignement technique ou professionnel court",
"technique/professionnel" = "Enseignement technique ou professionnel long",
"supérieur" = "Enseignement superieur y compris technique superieur"
)
hdv2003$instruction |>
questionr::freq()
n % val%
primaire 466 23.3 24.7
secondaire 387 19.4 20.5
technique/professionnel 594 29.7 31.5
supérieur 441 22.0 23.4
NA 112 5.6 NA
Ď Interface graphique
Le package{questionr} propose une interface graphique

facilitant le recodage des modalités d’une variable qualita-
tive. L’objectif est de permettre à la personne qui l’utilise
de saisir les nouvelles valeurs dans un formulaire, et de
129
générer ensuite le code R correspondant au recodage indi-
qué.
Pour utiliser cette interface, sous RStudio vous pouvez
aller dans le menu Addins (présent dans la barre d’outils
principale) puis choisir Levels recoding. Sinon, vous pouvez
lancer dans la console la fonction questionr::irec() en
lui passant comme paramètre la variable à recoder.
Ď Astuce
Une démonstration en vidéo de cet

add-in est disponible dans le webin-R
#05 (recoder des variables) sur [You-
La fonction forcats::fct_collapse() est une variante

de forcats::fct_recode() pour indiquer les fusions de
modalités. La même recodification s’écrirait alors :
130
hdv2003$nivetud |>
fct_collapse(
"primaire" = c(
"N'a jamais fait d'etudes",
"A arrete ses etudes, avant la derniere annee d'etudes primaires",
"Derniere annee d'etudes primaires"
),
"secondaire" = c(
"1er cycle",
"2eme cycle"
),
"technique/professionnel" = c(
"Enseignement technique ou professionnel court",
"Enseignement technique ou professionnel long"
),
"supérieur" = "Enseignement superieur y compris technique superieur"
)
Pour transformer les valeurs manquantes (NA) en une modalité

16 16
explicite, on pourra avoir recours à forcats::fct_na_value_to_level() . Cette fonction
s’appelait précédemment
forcats::fct_explicit_na()
et a été renommée depuis la version
hdv2003$instruction |> 1.0.0 de {forcats}.
fct_na_value_to_level(level = "(manquant)")
hdv2003$instruction |>
questionr::freq()
n % val%
primaire 466 23.3 23.3
secondaire 387 19.4 19.4
technique/professionnel 594 29.7 29.7
supérieur 441 22.0 22.0
(manquant) 112 5.6 5.6
Plusieurs fonctions permettent de regrouper plusieurs modali-

tés dans une modalité autres.
Par exemple, avec forcats::fct_other(), on pourra indiquer
les modalités à garder.
131
hdv2003$qualif |>
questionr::freq()
n % val%
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
Autre 58 2.9 3.5
NA 347 17.3 NA
hdv2003$qualif |>
fct_other(keep = c("Technicien", "Cadre", "Employe")) |>
questionr::freq()
n % val%
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
Other 713 35.6 43.1
NA 347 17.3 NA
La fonction forcats::fct_lump_n() permets de ne conserver

que les modalités les plus fréquentes et de regrouper les autres
dans une modalité autres.
hdv2003$qualif |>
fct_lump_n(n = 4, other_level = "Autres") |>
questionr::freq()
n % val%
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
132
Autres 304 15.2 18.4
NA 347 17.3 NA
Et forcats::fct_lump_min() celles qui ont un minimum

d’observations.
hdv2003$qualif |>
fct_lump_min(min = 200, other_level = "Autres") |>
questionr::freq()
n % val%
Cadre 260 13.0 15.7
Employe 594 29.7 35.9
Autres 304 15.2 18.4
NA 347 17.3 NA
Il peut arriver qu’une des modalités d’un facteur ne soit pas

représentée dans les données.
v <- factor(
c("a", "a", "b", "a"),
levels = c("a", "b", "c")
)
questionr::freq(v)
n % val%
a 3 75 75
b 1 25 25
c 0 0 0
Pour calculer certains tests statistiques ou faire tourner un

modèle, ces modalités sans observation peuvent être probléma-
tiques. forcats::fct_drop() permet de supprimer les moda-
lités qui n’apparaissent pas dans les données.
133
[1] a a b a
Levels: a b c
v |> fct_drop()
[1] a a b a
Levels: a b
À l’inverse, forcats::fct_expand() permet d’ajouter une ou

plusieurs modalités à un facteur.
[1] a a b a
Levels: a b c
v |> fct_expand("d", "e")
[1] a a b a
Levels: a b c d e
9.4 Découper une variable numérique en

classes
Il est fréquent d’avoir besoin de découper une variable numé-

rique en une variable catégorielles (un facteur) à plusieurs mo-
dalités, par exemple pour créer des groupes d’âges à partir
d’une variable age.
On utilise pour cela la fonction cut() qui prend, outre la va-
riable à découper, un certain nombre d’arguments :
• breaks indique soit le nombre de classes souhaité, soit, si

on lui fournit un vecteur, les limites des classes ;
• labels permet de modifier les noms de modalités attri-
bués aux classes ;
134
• include.lowest et right influent sur la manière dont
les valeurs situées à la frontière des classes seront inclues
ou exclues ;
• dig.lab indique le nombre de chiffres après la virgule à
conserver dans les noms de modalités.
Prenons tout de suite un exemple et tentons de découper la

variable age en cinq classes :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(groupe_ages = cut(age, 5))
hdv2003$groupe_ages |> questionr::freq()
n % val%
(17.9,33.8] 454 22.7 22.7
(33.8,49.6] 628 31.4 31.4
(49.6,65.4] 556 27.8 27.8
(65.4,81.2] 319 16.0 16.0
(81.2,97.1] 43 2.1 2.1
Par défaut R nous a bien créé cinq classes d’amplitudes égales.

La première classe va de 17,9 à 33,8 ans (en fait de 17 à 32),
etc.
Les frontières de classe seraient plus présentables si elles utili-
saient des nombres ronds. On va donc spécifier manuellement
le découpage souhaité, par tranches de 20 ans :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(groupe_ages = cut(age, c(18, 20, 40, 60, 80, 97)))
n % val%
(18,20] 55 2.8 2.8
(20,40] 660 33.0 33.3
(40,60] 780 39.0 39.3
(60,80] 436 21.8 22.0
(80,97] 52 2.6 2.6
135
NA 17 0.9 NA
Les symboles dans les noms attribués aux classes ont leur im-
portance : ( signifie que la frontière de la classe est exclue,
tandis que [ signifie qu’elle est incluse. Ainsi, (20,40] signifie
« strictement supérieur à 20 et inférieur ou égal à 40 ».
On remarque que du coup, dans notre exemple précédent, la va-
leur minimale, 18, est exclue de notre première classe, et qu’une
observation est donc absente de ce découpage. Pour résoudre
ce problème on peut soit faire commencer la première classe à
17, soit utiliser l’option include.lowest=TRUE :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(groupe_ages = cut(
age,
c(18, 20, 40, 60, 80, 97),
include.lowest = TRUE
))
n % val%
[18,20] 72 3.6 3.6
(20,40] 660 33.0 33.0
(40,60] 780 39.0 39.0
(60,80] 436 21.8 21.8
(80,97] 52 2.6 2.6
On peut également modifier le sens des intervalles avec l’option

right=FALSE :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(groupe_ages = cut(
age,
c(18, 20, 40, 60, 80, 97),
include.lowest = TRUE,
right = FALSE
))
136
n % val%
[18,20) 48 2.4 2.4
[20,40) 643 32.1 32.1
[40,60) 793 39.6 39.6
[60,80) 454 22.7 22.7
[80,97] 62 3.1 3.1
Ď Interface graphique
Il n’est pas nécessaire de connaître toutes les options de

cut(). Le package {questionr} propose là encore une in-
terface graphique permettant de visualiser l’effet des diffé-
rents paramètres et de générer le code R correspondant.
Pour utiliser cette interface, sous RStudio vous pou-
vez aller dans le menu Addins (présent dans la barre
d’outils principale) puis choisir Numeric range dividing.
Sinon, vous pouvez lancer dans la console la fonction
questionr::icut() en lui passant comme paramètre la
variable numérique à découper.
137
Une démonstration en vidéo de cet add-in est disponible
dans le webin-R #05 (recoder des variables) sur [You-
138
10 Combiner plusieurs
variables
Parfois, on a besoin de créer une nouvelle variable en partant

des valeurs d’une ou plusieurs autres variables. Dans ce cas on
peut utiliser les fonctions dplyr::if_else() pour les cas les
plus simples, ou dplyr::case_when() pour les cas plus com-
plexes.
Une fois encore, nous utiliser le jeu de données hdv2003 pour
illustrer ces différentes fonctions.
library(tidyverse)
10.1 if_else()
dplyr::if_else() prend trois arguments : un test, les valeurs

à renvoyer si le test est vrai, et les valeurs à renvoyer si le test
est faux.
Voici un exemple simple :
v <- c(12, 14, 8, 16)

if_else(v > 10, "Supérieur à 10", "Inférieur à 10")
[1] "Supérieur à 10" "Supérieur à 10" "Inférieur à 10" "Supérieur à 10"
La fonction devient plus intéressante avec des tests combinant

plusieurs variables. Par exemple, imaginons qu’on souhaite
créer une nouvelle variable indiquant les hommes de plus de
60 ans :
139
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(
statut = if_else(
sexe == "Homme" & age > 60,
"Homme de plus de 60 ans",
"Autre"
)
)
hdv2003 |>
pull(statut) |>
questionr::freq()
n % val%
Autre 1778 88.9 88.9
Homme de plus de 60 ans 222 11.1 11.1
Il est possible d’utiliser des variables ou des combinaisons de

variables au sein du dplyr::if_else(). Supposons une petite
enquête menée auprès de femmes et d’hommes. Le question-
naire comportait une question de préférence posée différemment
aux femmes et aux hommes et dont les réponses ont ainsi été
collectées dans deux variables différentes, pref_f et pref_h, que
l’on souhaite combiner en une seule variable. De même, une cer-
taine mesure quantitative a été réalisée, mais une correction est
nécessaire pour normaliser ce score (retirer 0.4 aux scores des
hommes et 0.6 aux scores des femmes). Cela peut être réalisé
avec le code ci-dessous.
df <- tibble(
sexe = c("f", "f", "h", "h"),
pref_f = c("a", "b", NA, NA),
pref_h = c(NA, NA, "c", "d"),
mesure = c(1.2, 4.1, 3.8, 2.7)
)
df
# A tibble: 4 x 4
sexe pref_f pref_h mesure
140
<chr> <chr> <chr> <dbl>
1 f a <NA> 1.2
2 f b <NA> 4.1
3 h <NA> c 3.8
4 h <NA> d 2.7
df <-
df |>
mutate(
pref = if_else(sexe == "f", pref_f, pref_h),
indicateur = if_else(sexe == "h", mesure - 0.4, mesure - 0.6)
)
df
# A tibble: 4 x 6
sexe pref_f pref_h mesure pref indicateur
<chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <dbl>
1 f a <NA> 1.2 a 0.6
2 f b <NA> 4.1 b 3.5
3 h <NA> c 3.8 c 3.4
4 h <NA> d 2.7 d 2.3
ĺ if_else() et ifelse()
La fonction dplyr::if_else() ressemble à la fonction

ifelse() en base R. Il y a néanmoins quelques petites
différences :
• dplyr::if_else() vérifie que les valeurs fournies

pour true et celles pour false sont du même type et
de la même classe et renvoie une erreur dans le cas
contraire, là où ifelse() sera plus permissif ;
• si un vecteur a des attributs (cf. Chapitre 6), ils se-
ront préservés par dplyr::if_else() (et pris dans
le vecteur true), ce que ne fera pas if_else() ;
• dplyr::if_else() propose un argument optionnel
supplémentaire missing pour indiquer les valeurs à
retourner lorsque le test renvoie NA.
141
10.2 case_when()
dplyr::case_when() est une généralisation de dplyr::if_else()

qui permet d’indiquer plusieurs tests et leurs valeurs asso-
ciées.
Imaginons que l’on souhaite créer une nouvelle variable per-
mettant d’identifier les hommes de plus de 60 ans, les femmes
de plus de 60 ans, et les autres. On peut utiliser la syntaxe
suivante :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(
statut = case_when(
age >= 60 & sexe == "Homme" ~ "Homme, 60 et plus",
age >= 60 & sexe == "Femme" ~ "Femme, 60 et plus",
TRUE ~ "Autre"
)
)
hdv2003 |>
pull(statut) |>
questionr::freq()
n % val%
Autre 1484 74.2 74.2
Femme, 60 et plus 278 13.9 13.9
Homme, 60 et plus 238 11.9 11.9
dplyr::case_when() prend en arguments une série

d’instructions sous la forme condition ~ valeur. Il les
exécute une par une, et dès qu’une condition est vraie, il
renvoi la valeur associée.
La clause TRUE ~ "Autre" permet d’assigner une valeur
à toutes les lignes pour lesquelles aucune des conditions
précédentes n’est vraie.
142
ĺ Important
Attention : comme les conditions sont testées l’une après

l’autre et que la valeur renvoyée est celle correspondant à
la première condition vraie, l’ordre de ces conditions est
très important. Il faut absolument aller du plus spécifique
au plus général.
Par exemple le recodage suivant ne fonctionne pas :
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(
statut = case_when(
sexe == "Homme" ~ "Homme",
TRUE ~ "Autre"
)
)
hdv2003 |>
pull(statut) |>
questionr::freq()
n % val%
Autre 1101 55 55
Homme 899 45 45
Comme la condition sexe == "Homme" est plus géné-

rale que sexe == "Homme" & age > 60, cette deuxième
condition n’est jamais testée ! On n’obtiendra jamais la
valeur correspondante.
Pour que ce recodage fonctionne il faut donc changer
l’ordre des conditions pour aller du plus spécifique au plus
général :
143
hdv2003 <-
hdv2003 |>
mutate(
statut = case_when(
sexe == "Homme" ~ "Homme",
TRUE ~ "Autre"
)
)
hdv2003 |>
pull(statut) |>
questionr::freq()
n % val%
Autre 1101 55.0 55.0
Homme 661 33.1 33.1
Homme, 60 et plus 238 11.9 11.9
C’est pour cela que l’on peut utiliser, en toute dernière

condition, la valeur TRUE pour indiquer dans tous les
autres cas.
10.3 recode_if()
Parfois, on n’a besoin de ne modifier une variable que pour

certaines observations. Prenons un petit exemple :
df <- tibble(
pref = factor(c("bleu", "rouge", "autre", "rouge", "autre")),
autre_details = c(NA, NA, "bleu ciel", NA, "jaune")
)
df
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 bleu <NA>
144
2 rouge <NA>
3 autre bleu ciel
4 rouge <NA>
5 autre jaune
Nous avons demandé aux enquêtés d’indiquer leur couleur pré-

férée. Ils pouvaient répondre bleu ou rouge et avait également la
possibilité de choisir autre et d’indiquer la valeur de leur choix
dans un champs textuel libre.
Une des personnes enquêtées a choisi autre et a indiqué dans le
champs texte la valeur bleu ciel. Pour les besoins de l’analyse,
on peut considérer que cette valeur bleu ciel pour être tout
simplement recodée en bleu.
En syntaxe R classique, on pourra simplement faire :
df$pref[df$autre_details == "bleu ciel"] <- "bleu"
Avec dplyr::if_else(), on serait tenté d’écrire :
df |>
mutate(pref = if_else(autre_details == "bleu ciel", "bleu", pref))
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<chr> <chr>
1 <NA> <NA>
2 <NA> <NA>
3 bleu bleu ciel
4 <NA> <NA>
5 autre jaune
On obtient une erreur, car dplyr::if_else() exige les valeurs

fournie pour true et false soient de même type. Essayons
alors :
df |>
mutate(pref = if_else(autre_details == "bleu ciel", factor("bleu"), pref))
145
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 <NA> <NA>
2 <NA> <NA>
3 bleu bleu ciel
4 <NA> <NA>
5 autre jaune
Ici nous avons un autre problème, signalé par un message

d’avertissement (warning) : dplyr::if_else() ne préserve
que les attributs du vecteur passé en true et non ceux passés
à false. Or l’ensemble des modalités (niveaux du facteur) de
la variable pref n’ont pas été définis dans factor("bleu")
et sont ainsi perdus, générant une perte de données (valeurs
manquantes NA).
Pour obtenir le bon résultat, il faudrait inverser la condition :
df |>
mutate(pref = if_else(
autre_details != "bleu ciel",
pref,
factor("bleu")
))
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 <NA> <NA>
2 <NA> <NA>
3 bleu bleu ciel
4 <NA> <NA>
5 autre jaune
Mais ce n’est toujours pas suffisant. En effet, la variable

autre_details a des valeurs manquantes pour lesquelles le
test autre_details != "bleu ciel" renvoie NA ce qui une
fois encore génère des valeurs manquantes non souhaitées.
146
Dès lors, il nous faut soit définir l’argument missing de
dplyr::if_else(), soit être plus précis dans notre test.
df |>
autre_details != "bleu ciel",
pref,
factor("bleu"),
missing = pref
))
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 bleu <NA>
2 rouge <NA>
3 bleu bleu ciel
4 rouge <NA>
5 autre jaune
df |>
autre_details != "bleu ciel" | is.na(autre_details),
pref,
factor("bleu")
))
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 bleu <NA>
2 rouge <NA>
3 bleu bleu ciel
4 rouge <NA>
5 autre jaune
Bref, on peut s’en sortir avec dplyr::if_else() mais ce n’est

pas forcément le plus pratique dans le cas présent. La syntaxe
147
en base R fonctionne très bien, mais ne peut pas être intégrée
à un enchaînement d’opérations utilisant le pipe.
Dans ce genre de situation, on pourra être intéressé par la
fonction labelled::recode_if() disponible dans le package
{labelled}. Elle permet de ne modifier que certaines observa-
tions d’un vecteur en fonction d’une condition. Si la condition
vaut FALSE ou NA, les observations concernées restent inchan-
gées. Voyons comment cela s’écrit :
df <-
df |>
mutate(
pref = pref |>
labelled::recode_if(autre_details == "bleu ciel", "bleu")
)
df
# A tibble: 5 x 2
pref autre_details
<fct> <chr>
1 bleu <NA>
2 rouge <NA>
3 bleu bleu ciel
4 rouge <NA>
5 autre jaune
C’est tout de suite plus intuitif !
148
11 Étiquettes de variables
11.1 Principe
Les étiquettes de variable permettent de donner un nom long,

plus explicite, aux différentes colonnes d’un tableau de don-
nées (ou encore directement à un vecteur autonome). Dans le
champs des grandes enquêtes, il est fréquent de nommer les
variables q101, q102, etc. pour refléter le numéro de la ques-
tion et d’indiquer ce qu’elle représente (groupe d’âges, milieu
de résidence…) avec une étiquette.
Un usage, introduit par le package {haven}, et repris depuis
par de nombreux autres packages dont {gtsummary} que nous
aborderons dans de prochains chapitres, consiste à stocker les
étiquettes de variables sous la forme d’un attribut17 "label" 17
Pour plus d’information sur les at-
attaché au vecteur / à la colonne du tableau. tributs, voir Chapitre 6.
Le package {labelled} permet de manipuler aisément ces éti-

quettes de variables.
La visionneuse de données de RStudio sait reconnaître et
afficher ces étiquettes de variable lorsqu’elles existent. Prenons
pour exemple le jeu de données gtsummary::trial dont
les colonnes ont des étiquettes de variable. La commande
View(gtsummary::trial) permet d’ouvrir la visionneuse de
données de RStudio. Comme on peut le constater, une éti-
quette de variable est bien présente sous le nom des différentes
colonnes.
La fonction labelled::look_for() du package {labelled}
permet de lister l’ensemble des variables d’un tableau de don-
nées et affiche notamment les étiquettes de variable associées.
149
Figure 11.1: Présentation du tableau gtsummary::trial dans
la visionneuse de RStudio
library(labelled)
gtsummary::trial |>
look_for()

1 trt Chemotherapy Treatment chr 0
2 age Age dbl 11
3 marker Marker Level (ng/mL) dbl 10
4 stage T Stage fct 0 T1
T2
T3
T4
5 grade Grade fct 0 I
II
III
6 response Tumor Response int 7
7 death Patient Died int 0
8 ttdeath Months to Death/Censor dbl 0
La fonction labelled::look_for() permet également de re-

chercher des variables en tenant compte à la fois de leur nom
et de leur étiquette.
gtsummary::trial |>
look_for("months")
150
8 ttdeath Months to Death/Censor dbl 0
Ď Astuce
Comme on le voit, la fonction labelled::look_for()

est tout à fait adaptée pour générer un dictionnaire
de codification. Ses différentes options sont détaillées
dans une vignette dédiée. Les résultats renvoyés par
labelled::look_for() sont récupérables dans un ta-
bleau de données que l’on pourra ainsi manipuler à sa
guise.
gtsummary::trial |>
look_for() |>
dplyr::as_tibble()
# A tibble: 8 x 7
pos variable label col_type missing levels value_labels
<int> <chr> <chr> <chr> <int> <named li> <named list>
1 1 trt Chemotherapy Treatment chr 0 <NULL> <NULL>
2 2 age Age dbl 11 <NULL> <NULL>
3 3 marker Marker Level (ng/mL) dbl 10 <NULL> <NULL>
4 4 stage T Stage fct 0 <chr [4]> <NULL>
5 5 grade Grade fct 0 <chr [3]> <NULL>
6 6 response Tumor Response int 7 <NULL> <NULL>
7 7 death Patient Died int 0 <NULL> <NULL>
8 8 ttdeath Months to Death/Censor dbl 0 <NULL> <NULL>
11.2 Manipulation sur un vecteur / une

colonne
La fonction labelled::var_label() permets de voir

l’étiquette de variable attachée à un vecteur (renvoie NULL
s’il n’y en a pas) mais également d’ajouter/modifier une
étiquette.
Le fait d’ajouter une étiquette de variable à un vecteur ne modi-
fie en rien son type ni sa classe. On peut associer une étiquette
151
de variable à n’importe quel type de variable, qu’elle soit nu-
mérique, textuelle, un facteur ou encore des dates.
v <- c(1, 5, 2, 4, 1)
v |> var_label()
NULL
var_label(v) <- "Mon étiquette"

var_label(v)
[1] "Mon étiquette"
str(v)
num [1:5] 1 5 2 4 1
- attr(*, "label")= chr "Mon étiquette"
var_label(v) <- "Une autre étiquette"

var_label(v)
[1] "Une autre étiquette"
str(v)
num [1:5] 1 5 2 4 1
- attr(*, "label")= chr "Une autre étiquette"
Pour supprimer une étiquette, il suffit d’attribuer la valeur

NULL.
var_label(v) <- NULL

str(v)
152
num [1:5] 1 5 2 4 1
On peut appliquer labelled::var_label() directement sur

une colonne de tableau.
var_label(iris$Petal.Length) <- "Longueur du pétale"

var_label(iris$Petal.Width) <- "Largeur du pétale"
var_label(iris$Species) <- "Espèce"
iris |>
look_for()

1 Sepal.Length — dbl 0
2 Sepal.Width — dbl 0
3 Petal.Length Longueur du pétale dbl 0
4 Petal.Width Largeur du pétale dbl 0
5 Species Espèce fct 0 setosa
versicolor
virginica
11.3 Manipulation sur un tableau de données
La fonction labelled::set_variable_labels() permets de

manipuler les étiquettes de variable d’un tableau de données
avec une syntaxe du type {dplyr}.
iris <-
iris |>
set_variable_labels(
Species = NULL,
Sepal.Length = "Longeur du sépale"
)
iris |>
look_for()

1 Sepal.Length Longeur du sépale dbl 0
153
5 Species — fct 0 setosa
versicolor
virginica
11.4 Préserver les étiquettes
Certaines fonctions de R ne préservent pas les attributs et

risquent donc d’effacer les étiquettes de variables que l’on a
définit. Un exemple est la fonction générique subset() qui per-
met de sélectionner certaines lignes remplissant une certaines
conditions.
iris |>
look_for()

versicolor
virginica
iris |>
subset(Species == "setosa") |>
look_for()

1 Sepal.Length — dbl 0
3 Petal.Length — dbl 0
4 Petal.Width — dbl 0
versicolor
virginica
154
On pourra, dans ce cas précis, préférer la fonction
dplyr::filter() qui préserve les attributs et donc les
étiquettes de variables.
iris |>
dplyr::filter(Species == "setosa") |>
look_for()

versicolor
virginica
On pourra également tirer parti de la fonction labelled::copy_labels_from()

qui permet de copier les étiquettes d’un tableau à un autre.
iris |>
subset(Species == "setosa") |>
copy_labels_from(iris) |>
look_for()

versicolor
virginica
155
12 Étiquettes de valeurs
Dans le domaine des grandes enquêtes, il est fréquent de coder

les variables catégorielles avec des codes numériques auxquels
on associé une certaines valeurs. Par exemple, une variable mi-
lieu de résidence pourrait être codée 1 pour urbain, 2 pour
semi-urbain, 3 pour rural et 9 pour indiquer une donnée man-
quante. Une variable binaire pourrait quant à elle être codée
0 pour non et 1 pour oui. Souvent, chaque enquête définit ses
propres conventions.
Les logiciels statistiques propriétaires SPSS, Stata et SAS ont
tous les trois un système d’étiquettes de valeurs pour représen-
ter ce type de variables catégorielles.
R n’a pas, de manière native, de système d’étiquettes de valeurs.
Le format utilisé en interne pour représenter les variables ca-
tégorielles est celui des facteurs (cf. Chapitre 9). Cependant,
ce dernier ne permet de contrôler comment sont associées une
étiquette avec une valeur numérique précise.
12.1 La classe haven_labelled
Afin d’assurer une importation complète des données depuis

SPSS, Stata et SAS, le package {haven} a introduit un nou-
veau type de vecteurs, la classe haven_labelled, qui permet
justement de rendre compte de ces vecteurs labellisés (i.e. avec
des étiquettes de valeurs). Le package {labelled} fournie un
jeu de fonctions pour faciliter la manipulation des vecteurs la-
bellisés.
156
ĺ Important
Les vecteurs labellisés sont un format intermédiaire qui

permets d’importer les données telles qu’elles ont été défi-
nies dans le fichier source. Il n’est pas destiné à être utilisé
pour l’analyse statistique.
Pour la réalisation de tableaux, graphiques, modèles, R at-
tend que les variables catégorielles soit codées sous formes
de facteurs, et que les variables continues soient numé-
riques. On aura donc besoin, à un moment ou à un autre,
de convertir les vecteurs labellisés en facteurs ou en va-
riables numériques classiques.
12.2 Manipulation sur un vecteur / une

colonne
Pour définir des étiquettes, la fonction de base est

labelled::val_labels(). Il est possible de définir des
étiquettes de valeurs pour des vecteurs numériques, d’entiers et
textuels. On indiquera les étiquettes sous la forme étiquette
= valeur. Cette fonction s’utilise de la même manière que
labelled::var_label() abordée au chapitre précédent
(cf. Chapitre 11). Un appel simple renvoie les étiquettes de
valeur associées au vecteur, NULL s’il n’y en n’a pas. Combiner
avec l’opérateur d’assignation (<-), on peut ajouter/modifier
les étiquettes de valeurs associées au vecteur.
library(labelled)
v <- c(1, 2, 1, 9)
v
[1] 1 2 1 9
class(v)
[1] "numeric"
157
val_labels(v)
NULL
val_labels(v) <- c(non = 1, oui = 2)

val_labels(v)
non oui
1 2
<labelled<double>[4]>
[1] 1 2 1 9
Labels:
value label
1 non
2 oui
class(v)
[1] "haven_labelled" "vctrs_vctr" "double"
Comme on peut le voir avec cet exemple simple :
• l’ajout d’étiquettes de valeurs modifie la classe de

l’objet (qui est maintenant un vecteur de la classe
haven_labelled) ;
• l’objet obtenu est multi-classes, la classe double
indiquant ici qu’il s’agit d’un vecteur numérique ;
• il n’est pas obligatoire d’associer une étiquette de valeurs
à toutes les valeurs observées dans le vecteur (ici, nous
n’avons pas défini d’étiquettes pour la valeur 9).
La fonction labelled::val_label() (notez l’absence d’un s à

la fin du nom de la fonction) permet d’accéder / de modifier
l’étiquette associée à une valeur spécifique.
158
val_label(v, 1)
[1] "non"
val_label(v, 9)
NULL
val_label(v, 9) <- "(manquant)"

val_label(v, 2) <- NULL
v
[1] 1 2 1 9
Labels:
value label
1 non
9 (manquant)
Pour supprimer, toutes les étiquettes de valeurs, on attribuera

NULL avec labelled::val_labels().
val_labels(v) <- NULL

v
[1] 1 2 1 9
class(v)
[1] "numeric"
On remarquera que, lorsque toutes les étiquettes de valeurs sont

supprimées, la nature de l’objet change à nouveau et il redevient
un simple vecteur numérique.
159
¾ Mise en garde
Il est essentiel de bien comprendre que l’ajout d’étiquettes

de valeurs ne change pas fondamentalement la nature du
vecteur. Cela ne le transforme pas en variable caté-
gorielle. À ce stade, le vecteur n’a pas été transformé en
facteur. Cela reste un vecteur numérique qui est considéré
comme tel par R. On peut ainsi en calculer une moyenne,
ce qui serait impossible avec un facteur.
v <- c(1, 2, 1, 2)
val_labels(v) <- c(non = 1, oui = 2)
mean(v)
[1] 1.5
f <- factor(v, levels = c(1, 2), labels = c("non", "oui"))

mean(f)
Warning in mean.default(f): l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi

de NA
[1] NA
Les fonctions labelled::val_labels() et labelled::val_label()

peuvent également être utilisées sur les colonnes d’un ta-
bleau.
df <- dplyr::tibble(
x = c(1, 2, 1, 2),
y = c(3, 9, 9, 3)
)
val_labels(df$x) <- c(non = 1, oui = 2)
val_label(df$y, 9) <- "(manquant)"
df
# A tibble: 4 x 2
x y
<dbl+lbl> <dbl+lbl>
1 1 [non] 3
160
2 2 [oui] 9 [(manquant)]
3 1 [non] 9 [(manquant)]
4 2 [oui] 3
On pourra noter, que si notre tableau est un tibble, les étiquettes

sont rendues dans la console quand on affiche le tableau.
La fonction labelled::look_for() est également un bon
moyen d’afficher les étiquettes de valeurs.
df |>
look_for()

1 x — dbl+lbl 0 [1] non
[2] oui
2 y — dbl+lbl 0 [9] (manquant)
12.3 Manipulation sur un tableau de données
{labelled} fournie 3 fonctions directement applicables sur

un tableau de données : labelled::set_value_labels(),
labelled::add_value_labels() et labelled::remove_value_labels().
La première remplace l’ensemble des étiquettes de valeurs
associées à une variable, la seconde ajoute des étiquettes de
valeurs (et conserve celles déjà définies), la troisième supprime
les étiquettes associées à certaines valeurs spécifiques (et laisse
les autres inchangées).
df |>
look_for()

1 x — dbl+lbl 0 [1] non
[2] oui
2 y — dbl+lbl 0 [9] (manquant)
161
df <- df |>
set_value_labels(
x = c(yes = 2),
y = c("a répondu" = 3, "refus de répondre" = 9)
)
df |>
look_for()

1 x — dbl+lbl 0 [2] yes
2 y — dbl+lbl 0 [3] a répondu
[9] refus de répondre
df <- df |>
add_value_labels(
x = c(no = 1)
) |>
remove_value_labels(
y = 9
)
df |>
look_for()

1 x — dbl+lbl 0 [2] yes
[1] no
2 y — dbl+lbl 0 [3] a répondu
12.4 Conversion
12.4.1 Quand convertir les vecteurs labellisés ?
La classe haven_labelled permets d’ajouter des métadonnées

aux variables sous la forme d’étiquettes de valeurs. Lorsque
les données sont importées depuis SAS, SPSS ou Stata, cela
permet notamment de conserver le codage original du fichier
importé.
162
Mais il faut noter que ces étiquettes de valeur n’indique pas
pour autant de manière systématique le type de variable (ca-
tégorielle ou continue). Les vecteurs labellisés n’ont donc pas
vocation à être utilisés pour l’analyse, notamment le calcul de
modèles statistiques. Ils doivent être convertis en facteurs (pour
les variables catégorielles) ou en vecteurs numériques (pour les
variables continues).
La question qui peut se poser est donc de choisir à quel moment
cette conversion doit avoir lieu dans un processus d’analyse. On
peut considérer deux approches principales.
Figure 12.1: Deux approches possibles pour la conversion des

étiquettes de valeurs
Dans l’approche A, les vecteurs labellisés sont convertis

juste après l’import des données, en utilisant les fonctions
labelled::unlabelled(), labelled::to_factor() ou
base::unclass() qui sont présentées ci-après. Dès lors, toute
la partie de nettoyage et de recodage des données se fera en
utilisant les fonctions classiques de R. Si l’on n’a pas besoin
de conserver le codage original, cette approche a l’avantage de
s’inscrire dans le fonctionnement usuel de R.
Dans l’approche B, les vecteurs labellisés sont conservés
pour l’étape de nettoyage et de recodage des données. Dans
ce cas là, on pourra avoir recours aux fonctions de l’extension
{labelled} qui facilitent la gestion des données labellisées.
Cette approche est particulièrement intéressante quand (i) on
veut pouvoir se référer au dictionnaire de codification fourni
avec les données sources et donc on veut conserver le codage
original et/ou (ii) quand les données devront faire l’objet
d’un ré-export après transformation. Par contre, comme dans
163
l’approche A, il faudra prévoir une conversion des variables
labellisées au moment de l’analyse.
Á Avertissement
Dans tous les cas, il est recommandé d’adopter l’une ou

l’autre approche, mais d’éviter de mélanger les différents
types de vecteur. Une organisation rigoureuse de ses don-
nées et de son code est essentielle !
12.4.2 Convertir un vecteur labellisé en facteur
Il est très facile de convertir un vecteur labellisé en facteur

à l’aide la fonction labelled::to_factor() du package
{labelled}18 . 18
On privilégiera la fonction
labelled::to_factor() à la
fonction haven::as_factor() de
v <- c(1,2,9,3,3,2,NA)
l’extension {haven}, la première
val_labels(v) <- c( ayant plus de possibilités et un
oui = 1, "peut-être" = 2, comportement plus consistent.
non = 3, "ne sait pas" = 9
)
v
[1] 1 2 9 3 3 2 NA
Labels:
value label
1 oui
2 peut-être
3 non
9 ne sait pas
to_factor(v)
[1] oui peut-être ne sait pas non non peut-être

[7] <NA>
Levels: oui peut-être non ne sait pas
164
Il possible d’indiquer si l’on souhaite, comme étiquettes du fac-
teur, utiliser les étiquettes de valeur (par défaut), les valeurs
elles-mêmes, ou bien les étiquettes de valeurs préfixées par la
valeur d’origine indiquée entre crochets.
to_factor(v, 'l')

[7] <NA>
to_factor(v, 'v')
[1] 1 2 9 3 3 2 <NA>
Levels: 1 2 3 9
to_factor(v, 'p')
[1] [1] oui [2] peut-être [9] ne sait pas [3] non
[5] [3] non [2] peut-être <NA>
Levels: [1] oui [2] peut-être [3] non [9] ne sait pas
Par défaut, les modalités du facteur seront triées selon l’ordre

des étiquettes de valeur. Mais cela peut être modifié avec
l’argument sort_levels si l’on préfère trier selon les valeurs
ou selon l’ordre alphabétique des étiquettes.
to_factor(v, sort_levels = 'v')

[7] <NA>
to_factor(v, sort_levels = 'l')

[7] <NA>
Levels: ne sait pas non oui peut-être
165
12.4.3 Convertir un vecteur labellisé en numérique ou
en texte
Pour rappel, il existe deux types de vecteurs labellisés : des

vecteurs numériques labellisés (x dans l’exemple ci-dessous) et
des vecteurs textuels labellisés (y dans l’exemple ci-dessous).
x <- c(1, 2, 9, 3, 3, 2, NA)

val_labels(x) <- c(
oui = 1, "peut-être" = 2,
non = 3, "ne sait pas" = 9
)
y <- c("f", "f", "h", "f")

val_labels(y) <- c(femme = "f", homme = "h")
Pour leur retirer leur caractère labellisé et revenir à leur classe

d’origine, on peut utiliser la fonction unclass().
unclass(x)
[1] 1 2 9 3 3 2 NA
attr(,"labels")
oui peut-être non ne sait pas
1 2 3 9
unclass(y)
[1] "f" "f" "h" "f"

attr(,"labels")
femme homme
"f" "h"
À noter que dans ce cas-là, les étiquettes sont conservées comme

attributs du vecteur.
166
Une alternative est d’utiliser labelled::remove_labels() qui
supprimera toutes les étiquettes, y compris les étiquettes de va-
riable. Pour conserver les étiquettes de variables et ne suppri-
mer que les étiquettes de valeurs, on indiquera keep_var_label
= TRUE.
var_label(x) <- "Etiquette de variable"

remove_labels(x)
[1] 1 2 9 3 3 2 NA
remove_labels(x, keep_var_label = TRUE)
[1] 1 2 9 3 3 2 NA
attr(,"label")
[1] "Etiquette de variable"
remove_labels(y)
[1] "f" "f" "h" "f"
Dans le cas d’un vecteur numérique labellisé que l’on sou-

haiterait convertir en variable textuelle, on pourra utiliser
labelled::to_character() à la place de labelled::to_factor()
qui, comme sa grande sœur, utilisera les étiquettes de valeurs.
to_character(x)
[1] "oui" "peut-être" "ne sait pas" "non" "non"

[6] "peut-être" NA
attr(,"label")
[1] "Etiquette de variable"
167
12.4.4 Conversion conditionnelle en facteurs
Il n’est pas toujours possible de déterminer la nature d’une

variable (continue ou catégorielle) juste à partir de la présence
ou l’absence d’étiquettes de valeur. En effet, on peut utiliser
des étiquettes de valeur dans le cadre d’une variable continue
pour indiquer certaines valeurs spécifiques.
Une bonne pratique est de vérifier chaque variable inclue dans
une analyse, une à une.
Cependant, une règle qui fonctionne dans 90% des cas est
de convertir un vecteur labellisé en facteur si et seulement si
toutes les valeurs observées dans le vecteur disposent d’une
étiquette de valeur correspondante. C’est ce que propose la
fonction labelled::unlabelled() qui peut même être appli-
qué à tout un tableau de données. Par défaut, elle fonctionne
ainsi :
1. les variables non labellisées restent inchangées (variables

f et g dans l’exemple ci-dessous);
2. si toutes les valeurs observées d’une variable labellisées
ont une étiquette, elles sont converties en facteurs (va-
riables b et c);
3. sinon, on leur applique base::unclass() (variables a, d
et e).
a = c(1, 1, 2, 3),
b = c(1, 1, 2, 3),
c = c(1, 1, 2, 2),
d = c("a", "a", "b", "c"),
e = c(1, 9, 1, 2),
f = 1:4,
g = as.Date(c(
"2020-01-01", "2020-02-01",
"2020-03-01", "2020-04-01"
))
) |>
set_value_labels(
a = c(No = 1, Yes = 2),
168
b = c(No = 1, Yes = 2, DK = 3),
c = c(No = 1, Yes = 2, DK = 3),
d = c(No = "a", Yes = "b"),
e = c(No = 1, Yes = 2)
)
df |> look_for()

1 a — dbl+lbl 0 [1] No
[2] Yes
2 b — dbl+lbl 0 [1] No
[2] Yes
[3] DK
3 c — dbl+lbl 0 [1] No
[2] Yes
[3] DK
4 d — chr+lbl 0 [a] No
[b] Yes
5 e — dbl+lbl 0 [1] No
[2] Yes
6 f — int 0
7 g — date 0
to_factor(df) |> look_for()

1 a — fct 0 No
Yes
3
2 b — fct 0 No
Yes
DK
3 c — fct 0 No
Yes
DK
4 d — fct 0 No
Yes
c
169
5 e — fct 0 No
Yes
9
6 f — int 0
7 g — date 0
unlabelled(df) |> look_for()

1 a — dbl 0
2 b — fct 0 No
Yes
DK
3 c — fct 0 No
Yes
DK
4 d — chr 0
5 e — dbl 0
6 f — int 0
7 g — date 0
On peut indiquer certaines options, par exemple drop_unused_labels

= TRUE pour supprimer des facteurs créés les niveaux non
observées dans les données (voir la variable c).
unlabelled(df, drop_unused_labels = TRUE) |>

look_for()

1 a — dbl 0
2 b — fct 0 No
Yes
DK
3 c — fct 0 No
Yes
4 d — chr 0
5 e — dbl 0
6 f — int 0
7 g — date 0
170
unlabelled(df, levels = "prefixed") |>
look_for()

1 a — dbl 0
2 b — fct 0 [1] No
[2] Yes
[3] DK
3 c — fct 0 [1] No
[2] Yes
[3] DK
4 d — chr 0
5 e — dbl 0
6 f — int 0
7 g — date 0
171
13 Valeurs manquantes
Dans R base, les valeurs manquantes sont indiquées par la va-

leurs logiques NA que l’on peut utiliser dans tous types de vec-
teurs.
Dans certains cas, par exemple dans la fonction dplyr::if_else()
qui vérifie que les deux options sont du même type, on peut
avoir besoin de spécifier une valeur manquante d’un certains
types précis (numérique, entier, textuel…) ce que l’on peut
faire avec les constantes NA_real_, NA_integer_ ou encore
NA_character_.
De base, il n’existe qu’un seul type de valeurs manquantes dans
R. D’autres logiciels statistiques ont mis en place des systèmes
pour distinguer plusieurs types de valeurs manquantes, ce qui
peut avoir une importance dans le domaine des grandes en-
quêtes, par exemple pour distinguer des ne sait pas d’un refus
de répondre ou d’un oubli enquêteur.
Ainsi, Stata et SAS ont un système de valeurs manquantes
étiquetées ou tagged NAs, où les valeurs manquantes peuvent
recevoir une étiquette (une lettre entre a et z). De son côté,
SPSS permet d’indiquer, sous la forme de métadonnées, que
certaines valeurs devraient être traitées comme des valeurs man-
quantes (par exemple que la valeur 8 correspond à des refus et
que la valeur 9 correspond à des ne sait pas). Il s’agit alors de
valeurs manquantes définies par l’utilisateur ou user NAs.
Dans tous les cas, il appartient à l’analyste de décider au
cas par cas comment ces valeurs manquantes doivent être
traitées. Dans le cadre d’une variable numérique, il est es-
sentiel d’exclure ces valeurs manquantes pour le calcul de
statistiques telles que la moyenne ou l’écart-type. Pour des
variables catégorielles, les pourcentages peuvent être calculées
sur l’ensemble de l’échantillon (les valeurs manquantes étant
alors traitées comme des modalités à part entière) ou bien
172
uniquement sur les réponses valides, en fonction du besoin de
l’analyse et de ce que l’on cherche à montrer.
Afin d’éviter toute perte d’informations lors d’un import de
données depuis Stata, SAS et SPSS, le package {haven} pro-
pose une implémentation sous R des tagged NAs et des user
NAs. Le package {labelled} fournit quant à lui différentes
fonctions pour les manipuler aisément.
library(labelled)
13.1 Valeurs manquantes étiquetées (tagged

NAs)
13.1.1 Création et test
Les tagged NAs sont de véritables valeurs manquantes (NA) au

sens de R, auxquelles a été attachées sur étiquette, une lettre
unique minuscule (a-z) ou majuscule (A-Z). On peut les créer
avec labelled::tagged_na().
x <- c(1:3, tagged_na("a"), tagged_na("z"), NA)
Pour la plupart des fonctions de R, les tagged NAs sont juste

considérées comme des valeurs manquantes régulières (regu-
lar NAs). Dès lors, par défaut, elles sont justes affichées à
l’écran comme n’importe quelle valeur manquante et la fonc-
tion is.na() renvoie TRUE.
[1] 1 2 3 NA NA NA
is.na(x)
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE
173
Pour afficher les étiquettes associées à ces valeurs man-
quantes, il faut avoir recours à labelled::na_tag(),
labelled::print_tagged_na() ou encore labelled::format_tagged_na().
na_tag(x)
[1] NA NA NA "a" "z" NA
print_tagged_na(x)
[1] 1 2 3 NA(a) NA(z) NA
format_tagged_na(x)
[1] " 1" " 2" " 3" "NA(a)" "NA(z)" " NA"
Pour tester si une certaine valeur manquante est une regular NA

ou une tagged NA, on aura recours à labelled::is_regular_na()
et à labelled::is_tagged_na().
is.na(x)
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE
is_regular_na(x)
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE
is_tagged_na(x)
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE
Il est possible de tester une étiquette particulière en passant un

deuxième argument à labelled::is_tagged_na().
174
is_tagged_na(x, "a")
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE
Ĺ Note
Il n’est possible de définir des tagged NAs seulement pour

des vecteurs numériques (double). Si l’on ajoute une tag-
ged NA à un vecteur d’entiers, ce vecteur sera converti en
vecteur numérique. Si on l’ajoute à un vecteur textuel, la
valeur manquante sera convertie en regular NA.
y <- c("a", "b", tagged_na("z"))

y
[1] "a" "b" NA
is_tagged_na(y)
[1] FALSE FALSE FALSE
format_tagged_na(y)
Error: `x` must be a double vector
z <- c(1L, 2L, tagged_na("a"))

typeof(z)
[1] "double"
format_tagged_na(z)
[1] " 1" " 2" "NA(a)"
175
13.1.2 Valeurs uniques, doublons et tris
Par défaut, les fonctions classiques de R unique(),

duplicated(), ordered() ou encore sort() traiteront
les tagged NAs comme des valeurs manquantes tout ce qu’il y
a de plus classique, et ne feront pas de différences entre des
tagged NAs ayant des étiquettes différentes.
Pour traiter des tagged NAs ayant des étiquettes différentes
comme des valeurs différentes, on aura recours aux fonctions
labelled::unique_tagged_na(), labelled::duplicated_tagged_na(),
labelled::order_tagged_na() ou encore labelled::sort_tagged_na().
x <- c(1, 2, tagged_na("a"), 1, tagged_na("z"), 2, tagged_na("a"), NA)

x |>
print_tagged_na()
[1] 1 2 NA(a) 1 NA(z) 2 NA(a) NA
x |>
unique() |>
print_tagged_na()
[1] 1 2 NA(a)
x |>
unique_tagged_na() |>
print_tagged_na()
[1] 1 2 NA(a) NA(z) NA
x |>
duplicated()
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
176
x |>
duplicated_tagged_na()
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE
x |>
sort(na.last = TRUE) |>
print_tagged_na()
[1] 1 1 2 2 NA(a) NA(z) NA(a) NA
x |>
sort_tagged_na() |>
print_tagged_na()
[1] 1 1 2 2 NA(a) NA(a) NA(z) NA
13.1.3 Tagged NAs et étiquettes de valeurs
Il est tout à fait possible d’associer une étiquette de valeurs

(cf. Chapitre 12) à des tagged NAs.
x <- c(
1, 0,
1, tagged_na("r"),
0, tagged_na("d"),
tagged_na("z"), NA
)
val_labels(x) <- c(
no = 0,
yes = 1,
"don't know" = tagged_na("d"),
refusal = tagged_na("r")
)
x
177
[1] 1 0 1 NA(r) 0 NA(d) NA(z) NA
Labels:
value label
0 no
1 yes
NA(d) don't know
NA(r) refusal
Lorsqu’un vecteur labellisé est converti en facteur avec

labelled::to_factor(), les tagged NAs sont, par défaut
convertis en en valeurs manquantes classiques (regular NAs).
Il n’est pas possible de définir des tagged NAs pour des
facteurs.
x |> to_factor()
[1] yes no yes <NA> no <NA> <NA> <NA>

Levels: no yes
L’option explicit_tagged_na de labelled::to_factor()

permets de convertir les tagged NAs en modalités explicites du
facteur.
x |>
to_factor(explicit_tagged_na = TRUE)
[1] yes no yes refusal no don't know NA(z)

[8] <NA>
Levels: no yes don't know refusal NA(z)
x |>
to_factor(
levels = "prefixed",
explicit_tagged_na = TRUE
)
178
[1] [1] yes [0] no [1] yes [NA(r)] refusal
[5] [0] no [NA(d)] don't know [NA(z)] NA(z) <NA>
Levels: [0] no [1] yes [NA(d)] don't know [NA(r)] refusal [NA(z)] NA(z)
13.1.4 Conversion en user NAs
La fonction labelled::tagged_na_to_user_na() permets de

convertir des tagged NAs en user NAs.
x |>
tagged_na_to_user_na()
<labelled_spss<double>[8]>
[1] 1 0 1 3 0 2 4 NA
Missing range: [2, 4]
Labels:
value label
0 no
1 yes
2 don't know
3 refusal
4 NA(z)
x |>
tagged_na_to_user_na(user_na_start = 10)
[1] 1 0 1 11 0 10 12 NA
Missing range: [10, 12]
Labels:
value label
0 no
1 yes
10 don't know
11 refusal
12 NA(z)
179
La fonction labelled::tagged_na_to_regular_na() conver-
tit les tagged NAs en valeurs manquantes classiques (regular
NAs).
x |>
tagged_na_to_regular_na()
[1] 1 0 1 NA 0 NA NA NA
Labels:
value label
0 no
1 yes
x |>
tagged_na_to_regular_na() |>
is_tagged_na()
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
13.2 Valeurs manquantes définies par

l’utilisateurs (user NAs)
Le package {haven} a introduit la classe haven_labelled_spss,

une extension de la classe haven_labelled permettant
d’indiquer des valeurs à considérer comme manquantes à la
manière de SPSS.
ĺ Important
Cela revient à associer à un vecteur des attributs

(cf. Chapitre 6) additionnels pour indiquer des valeurs
que l’utilisateur pourrait/devrait considérer comme man-
quante. Cependant, il ne s’agit que de métadonnées et en
interne ces valeurs ne sont pas stockées sous forme de NA
mais restent des valeurs valides.
180
Il convient de garder en mémoire que la très grande ma-
jorité des fonctions de R ne prendront pas en compte ces
métadonnées et traiteront donc ces valeurs comme des va-
leurs valides. C’est donc à l’utilisateur de convertir, au
besoin, ces les valeurs indiquées comme manquantes en
réelles valeurs manquantes (NA).
13.2.1 Création
Il est possible d’indiquer des valeurs à considérer comme man-

quantes (user NAs) de deux manières :
• soit en indiquant une liste de valeurs individuelles avec

labelled::na_values() (on peut indiquer NULL pour
supprimer les déclarations existantes) ;
• soit en indiquant deux valeurs représentant une plage
de valeurs à considérées comme manquantes avec
labelled::na_range() (seront considérées comme man-
quantes toutes les valeurs supérieures ou égale au premier
chiffre et inférieures ou égales au second chiffre19 ). 19
On peut utiler -Inf et Inf qui
représentent respectivement moins
l’infini et l’infini.
v <- c(1, 2, 3, 9, 1, 3, 2, NA)
val_labels(v) <- c(
faible = 1,
fort = 3,
"ne sait pas" = 9
)
na_values(v) <- 9
v
[1] 1 2 3 9 1 3 2 NA
Missing values: 9
Labels:
value label
1 faible
3 fort
9 ne sait pas
181
na_values(v) <- NULL
v
[1] 1 2 3 9 1 3 2 NA
Labels:
value label
1 faible
3 fort
9 ne sait pas
na_range(v) <- c(5, Inf)

v
[1] 1 2 3 9 1 3 2 NA
Missing range: [5, Inf]
Labels:
value label
1 faible
3 fort
9 ne sait pas
On peut noter que les user NAs peuvent cohabiter avec des
regular NAs ainsi qu’avec des étiquettes de valeurs (value labels,
cf. Chapitre 12).
Pour manipuler les variables d’un tableau de données, on peut
également avoir recours à labelled::set_na_values() et
labelled::set_na_range().
df <-
dplyr::tibble(
s1 = c("M", "M", "F", "F"),
s2 = c(1, 1, 2, 9)
) |>
182
set_na_values(s2 = 9)
df$s2
[1] 1 1 2 9
Missing values: 9
df <-
df |>
set_na_values(s2 = NULL)
df$s2
[1] 1 1 2 9
13.2.2 Tests
La fonction is.na() est l’une des rares fonctions de base

R à reconnaître les user NAs et donc à renvoyer TRUE
dans ce cas. Pour des tests plus spécifiques, on aura recours à
labelled::is_user_na() et labelled::is_regular_na().
[1] 1 2 3 9 1 3 2 NA
Labels:
value label
1 faible
3 fort
9 ne sait pas
v |> is.na()
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE
183
v |> is_user_na()
[1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
v |> is_regular_na()
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE
13.2.3 Conversion
Comme dit précédemment, pour la plupart des fonctions de R,

les users NAs sont toujours des valeurs valides.
x <- c(1:5, 11:15)

na_range(x) <- c(10, Inf)
x
<labelled_spss<integer>[10]>
[1] 1 2 3 4 5 11 12 13 14 15
mean(x)
[1] 8
On aura alors recours à labelled::user_na_to_regular_na()

pour convertir les users NAs en véritables valeurs manquantes
avant de procéder à un calcul statistique.
x |>
user_na_to_na()
<labelled<integer>[10]>
[1] 1 2 3 4 5 NA NA NA NA NA
184
x |>
user_na_to_na() |>
mean(na.rm = TRUE)
[1] 3
Une alternative consiste à transformer les user NAs en tagged

NAs avec labelled::user_na_to_tagged_na().
x |>
user_na_to_tagged_na() |>
print_tagged_na()
'x' has been converted into a double vector.
[1] 1 2 3 4 5 NA(a) NA(b) NA(c) NA(d) NA(e)
x |>
user_na_to_tagged_na() |>
mean(na.rm = TRUE)
'x' has been converted into a double vector.
[1] 3
Pour supprimer les métadonnées relatives aux user NAs

sans les convertir en valeurs manquantes, on aura recours à
labelled::remove_user_na().
x |>
remove_user_na()
<labelled<integer>[10]>
[1] 1 2 3 4 5 11 12 13 14 15
185
x |>
remove_user_na() |>
mean()
[1] 8
Enfin, lorsque l’on convertit un vecteur labellisé en facteur

avec labelled::to_factor(), on pourra utiliser l’argument
user_na_to_na pour indiquer si les users NAs doivent être
convertis ou non en valeurs manquantes classiques (NA).
x <- c(1, 2, 9, 2)
val_labels(x) <- c(oui = 1, non = 2, refus = 9)
na_values(x) <- 9
x |>
to_factor(user_na_to_na = TRUE)
[1] oui non <NA> non

Levels: oui non
x |>
to_factor(user_na_to_na = FALSE)
[1] oui non refus non

Levels: oui non refus
186
14 Import & Export de
données
14.1 Importer un fichier texte
Les fichiers texte constituent un des formats les plus largement

supportés par la majorité des logiciels statistiques. Presque tous
permettent d’exporter des données dans un format texte, y com-
pris les tableurs comme Libre Office, Open Office ou Ex-
cel.
Cependant, il existe une grande variétés de format texte, qui
peuvent prendre différents noms selon les outils, tels que texte
tabulé ou texte (séparateur : tabulation), CSV (pour comma-
separated value, sachant que suivant les logiciels le séparateur
peut être une virgule ou un point-virgule).
14.1.1 Structure d’un fichier texte
Dès lors, avant d’importer un fichier texte dans R, il est in-

dispensable de regarder comment ce dernier est structuré. Il
importe de prendre note des éléments suivants :
• La première ligne contient-elle le nom des variables ?

• Quel est le caractère séparateur entre les différentes va-
riables (encore appelé séparateur de champs) ? Dans le
cadre d’un fichier CSV, il aurait pu s’agir d’une virgule
ou d’un point-virgule.
• Quel est le caractère utilisé pour indiquer les décimales
(le séparateur décimal) ? Il s’agit en général d’un point (à
l’anglo-saxonne) ou d’une virgule (à la française).
• Les valeurs textuelles sont-elles encadrées par des guille-
mets et, si oui, s’agit-il de guillemets simple (') ou de
guillemets doubles (") ?
187
• Pour les variables textuelles, y a-t-il des valeurs man-
quantes et si oui comment sont-elles indiquées ? Par
exemple, le texte NA est parfois utilisé.
Il ne faut pas hésitez à ouvrir le fichier avec un éditeur de texte

pour le regarder de plus près.
14.1.2 Interface graphique avec RStudio
RStudio fournit une interface graphique pour faciliter l’import

d’un fichier texte. Pour cela, il suffit d’aller dans le menu File
> Import Dataset et de choisir l’option From CSV 20 . Cette 20
L’option CSV fonctionne pour
option est également disponible via l’onglet Environment dans tous les fichiers de type texte, même
si votre fichier a une autre extension,
le quadrant haut-droite.
.txt par exemple
Pour la suite, nous allons utiliser ce fichier texte à titre
d’exemple.
Figure 14.1: Importer un fichier texte avec RStudio
L’interface de RStudio vous présente sous Import Options

les différentes options d’import disponible. La section Data
Preview vous permet de voir en temps réel comment les don-
nées sont importées. La section Code Preview vous indique le
code R correspondant à vos choix. Il n’y a plus qu’à le co-
pier/coller dans un de vos scripts ou à cliquer sur Import pour
l’exécuter.
188
Vous pourrez remarquer que RStudio fait appel à l’extension
{readr} du tidyverse pour l’import des données via la fonction
readr::read_csv().
{readr} essaie de deviner le type de chacune des colonnes, en
se basant sur les premières observations. En cliquant sur le nom
d’une colonne, il est possible de modifier le type de la variable
importée. Il est également possible d’exclure une colonne de
l’import (skip).
14.1.3 Dans un script
L’interface graphique de RStudio fournit le code d’import.

On peut également l’adapter à ces besoins en consultant la
page d’aide de readr::read_csv() pour plus de détails. Par
exemple :
library(readr)
d <- read_delim(
"http://larmarange.github.io/analyse-R/data/exemple_texte_tabule.txt",
delim = "\t",
quote = "'"
)
On peut indiquer le chemin local vers un fichier (le plus courant)

ou bien directement l’URL d’un fichier sur Internet.
{readr} propose plusieurs fonctions proches : readr::read_delim(),
readr::read_csv(), readr::read_csv2() et readr::read_tsv().
Elles fonctionnent toutes de manière identique et ont les mêmes
arguments. Seule différence, les valeurs par défaut de certains
paramètres.
Ď Fichiers de très grande taille
Si vous travaillez sur des données de grandes dimensions,

les formats texte peuvent être lents à exporter et impor-
ter. Dans ce cas là, on pourra jeter un œil au package
{vroom} et/ou aux fonctions data.table::fread() et
data.table::fwrite().
189
Dans des manuels ou des exemples en ligne, vous trou-
verez parfois mention des fonctions utils::read.table(),
utils::read.csv(), utils::read.csv2(), utils::read.delim()
ou encore utils::read.delim2(). Il s’agit des fonctions na-
tives et historiques de R (extension {utils}) dédiées à
l’import de fichiers textes. Elles sont similaires à celles de
{readr} dans l’idée générale mais diffèrent dans leurs détails
et les traitements effectués sur les données (pas de détection
des dates par exemple). Pour plus d’information, vous pouvez
vous référer à la page d’aide de ces fonctions.
14.2 Importer un fichier Excel
Une première approche pour importer des données Excel

dans R consiste à les exporter depuis Excel dans un fichier
texte (texte tabulé ou CSV) puis de suivre la procédure
d’importation d’un fichier texte.
Une feuille Excel peut également être importée directement
avec l’extension {readxl} du tidyverse.
La fonction readxl::read_excel() permet d’importer à la fois
des fichiers .xls (Excel 2003 et précédents) et .xlsx (Excel
2007 et suivants).
library(readxl)
donnees <- read_excel("data/fichier.xlsx")
Une seule feuille de calculs peut être importée à la fois. On

pourra préciser la feuille désirée avec sheet en indiquant soit
le nom de la feuille, soit sa position (première, seconde, …).
donnees <- read_excel("data/fichier.xlsx", sheet = 3)

donnees <- read_excel("data/fichier.xlsx", sheet = "mes_donnees")
On pourra préciser avec col_names si la première ligne contient

le nom des variables.
Par défaut, readxl::read_excel() va essayer de deviner le
type (numérique, textuelle, date) de chaque colonne. Au besoin,
190
on pourra indiquer le type souhaité de chaque colonne avec
col_types.
RStudio propose également pour les fichiers Excel un assis-
tant d’importation, similaire à celui pour les fichiers texte, per-
mettant de faciliter l’import.
14.3 Importer depuis des logiciels de

statistique
Le package {haven} du tidyverse a été développé spécifique-

ment pour permettre l’importation de données depuis les for-
mats des logiciels Stata, SAS et SPSS.
Il vise à offrir une importation unifiée depuis ces trois logi-
ciels (là où le package {foreign} distribué en standard avec R
adopte des conventions différentes selon le logiciel source).
Afin de ne pas perdre d’information lors de l’import, {haven}
a introduit la notion d’étiquettes de variables (cf. Chapitre 11),
une classe de vecteurs pour la gestion des étiquettes de valeurs
(cf. Chapitre 12), des mécanismes pour reproduire la gestion des
valeurs manquantes de ces trois logiciels (cf. Chapitre 13), mais
également une gestion et un import correct des dates, dates-
heures et des variables horaires (cf. le package {hms}).
À noter que RStudio intègre également une interface
graphique pour l’import des fichiers Stata, SAS et SPSS.
14.3.1 SPSS
Les fichiers générés par SPSS sont de deux types : les fichiers
SPSS natifs (extension .sav) et les fichiers au format SPSS
export (extension .por).
Dans les deux cas, on aura recours à la fonction haven::read_spss() :
library(haven)
donnees <- read_spss("data/fichier.sav", user_na = TRUE)
191
Ď Valeurs manquantes
Dans SPSS, il est possible de définir des valeurs à consi-

dérées comme manquantes ou user NAs, voir Chapitre 13.
Par défaut, haven::read_spss() convertir toutes ces va-
leurs en NA lors de l’import.
Or, il est parfois important de garder les diffé-
rentes valeurs originelles. Dans ce cas, on appellera
haven::read_spss() avec l’option user_na = TRUE.
14.3.2 SAS
Les fichiers SAS se présentent en général sous deux format :

format SAS export (extension .xport ou .xpt) ou format
SAS natif (extension .sas7bdat).
Les fichiers SAS natifs peuvent être importées directement
avec haven::read_sas() de l’extension {haven} :
library(haven)
donnees <- read_sas("data/fichier.sas7bdat")
Au besoin, on pourra préciser en deuxième argument le nom

d’un fichier SAS catalogue (extension .sas7bcat) contenant
les métadonnées du fichier de données.
library(haven)
donnees <- read_sas(
"data/fichier.sas7bdat",
catalog_file = "data/fichier.sas7bcat"
)
Ĺ Note
Les fichiers au format SAS export peuvent être impor-

tés via la fonction foreign::read.xport() de l’extension
{foreign}. Celle-ci s’utilise très simplement, en lui pas-
sant le nom du fichier en argument :
192
library(foreign)
donnees <- read.xport("data/fichier.xpt")
14.3.3 Stata
Pour les fichiers Stata (extension .dta), on aura recours aux

fonctions haven::read_dta() et haven::read_stata() de
l’extension {haven}. Ces deux fonctions sont identiques.
library(haven)
donnees <- read_dta("data/fichier.dta")
ĺ Important
Gestion des valeurs manquantes

Dans Stata, il est possible de définir plusieurs types de
valeurs manquantes, qui sont notées sous la forme .a à .z.
Elles sont importées par {haven} sous formes de tagged
NAs, cf. Chapitre 13.
14.3.4 dBase
L’Insee et d’autres producteur de données diffusent leurs fi-

chiers au format dBase (extension .dbf). Ceux-ci sont direc-
tement lisibles dans R avec la fonction foreign::read.dbf()
de l’extension {foreign}.
library(foreign)
donnees <- read.dbf("data/fichier.dbf")
14.4 Sauver ses données
R dispose également de son propre format pour sauvegarder

et échanger des données. On peut sauver n’importe quel objet
créé avec R et il est possible de sauver plusieurs objets dans
193
un même fichier. L’usage est d’utiliser l’extension .RData pour
les fichiers de données R. La fonction à utiliser s’appelle tout
simplement save().
Par exemple, si l’on souhaite sauvegarder son tableau de don-
nées d ainsi que les objets tailles et poids dans un fichier
export.RData :
save(d, tailles, poids, file = "export.RData")
À tout moment, il sera toujours possible de recharger ces don-

nées en mémoire à l’aide de la fonction load() :
load("export.RData")
¾ Mise en garde
Si entre temps vous aviez modifié votre tableau d, vos mo-

difications seront perdues. En effet, si lors du chargement
de données, un objet du même nom existe en mémoire, ce
dernier sera remplacé par l’objet importé.
La fonction save.image() est un raccourci pour sauvegarder

tous les objets de la session de travail dans le fichier .RData (un
fichier un peu étrange car il n’a pas de nom mais juste une exten-
sion). Lors de la fermeture de RStudio, il vous sera demandé si
vous souhaitez enregistrer votre session. Si vous répondez Oui,
c’est cette fonction save.image() qui sera appliquée.
save.image()
Un autre mécanisme possible est le format RDS de R. La fonc-

tion saveRDS() permet de sauvegarder un et un seul objet R
dans un fichier.
saveRDS(d, file = "mes_donnees.rds")
Cet objet pourra ensuite être lu avec la fonction readRDS().

Mais au lieu d’être directement chargé dans la mémoire de
l’environnement de travail, l’objet lu sera retourné par la fonc-
tion readRDS() et ce sera à l’utilisateur de le sauvegarder.
194
donnees <- readRDS("mes_donnees.rds")
14.5 Export de tableaux de données
On peut avoir besoin d’exporter un tableau de données R vers

différents formats. La plupart des fonctions d’import disposent
d’un équivalent permettant l’export de données. On citera no-
tamment :
• readr::write_csv() et readr::write_tsv() per-

mettent d’exporter au format CSV et texte tabulé
respectivement, readr::write_delim() offrant de
multiples options pour l'export au format texte ;
• haven::write_sas() permet d’exporter au format
SAS ;
• haven::write_sav() au format SPSS ;
• haven::write_dta() au format Stata ;
• foreign::write.dbf() au format dBase.
L’extension readxl ne fournit pas de fonction pour exporter

au format Excel. Par contre, on pourra passer par la fonction
openxlsx::write.xlsx() du package {openxlsx} ou la fonc-
tion xlsx::write.xlsx() de l’extension {xlsx}. L’intérêt de
{openxlsx} est de ne pas dépendre de Java à la différence de
{xlsx}.
195
15 Mettre en forme des
nombres
Dans les chapitres suivants, nous aurons régulièrement besoin,

pour produire des tableaux ou des figures propres, de fonctions
de formatage qui permettent de transformer des valeurs nu-
mériques en chaînes de texte.
La fonction R de base est format() mais de nombreux autres
packages proposent des variations pour faciliter cette opération.
Le plus complet est probablement {scales} et, notamment, ses
fonctions scales::label_number() et scales::number().
Elles ont l’air très similaires et partagent un grand
nombre de paramètres en commun. La différence est
que scales::number() a besoin d’un vecteur numérique
en entrée qu’elle va mettre en forme, tandis que que
scales::label_number() renvoie une fonction que l’on
pourra ensuite appliquer à un vecteur numérique.
library(scales)
x <- c(0.0023, .123, 4.567, 874.44, 8957845)
number(x)
[1] "0.00" "0.12" "4.57" "874.44" "8 957 845.00"
f <- label_number()
f(x)
[1] "0.00" "0.12" "4.57" "874.44" "8 957 845.00"
label_number()(x)
196
[1] "0.00" "0.12" "4.57" "874.44" "8 957 845.00"
Dans de nombreux cas de figure (par exemple pour un

graphique {ggplot2} ou un tableau {gtsummary}), il sera
demandé de fournir une fonction de formatage, auquel cas
on aura recours aux fonctions de {scales} préfixées par
label_*() qui permettent donc de générer une fonction
personnalisée.
15.1 label_number()
scales::label_number() est la fonction de base de mise en

forme de nombres dans {scales}, une majorité des autres fonc-
tions faisant appel à scales::label_number() et partageant
les mêmes arguments.
Le paramètre accurary permets de définir le niveau d’arrondi
à utiliser. Par exemple, .1 pour afficher une seule décimale.
Il est aussi possible d’indiquer un nombre qui n’est pas une
puissance de 10 (par exemple .25). Si on n’indique rien (NULL),
alors scales::label_number() essaiera de deviner un nombre
de décimales pertinent en fonction des valeurs du vecteur de
nombres à mettre en forme.
label_number(accuracy = NULL)(x)
[1] "0.00" "0.12" "4.57" "874.44" "8 957 845.00"
label_number(accuracy = .1)(x)
[1] "0.0" "0.1" "4.6" "874.4" "8 957 845.0"
label_number(accuracy = .25)(x)
[1] "0.0" "0.0" "4.5" "874.5" "8 957 845.0"
197
label_number(accuracy = 10)(x)
[1] "0" "0" "0" "870" "8 957 840"
L’option scale permets d’indiquer un facteur multiplicatif à

appliquer avant de mettre en forme. On utilisera le plus souvent
les options prefix et suffix en même temps pour indiquer les
unités.
label_number(scale = 100, suffix = "%")(x) # pour cent
[1] "0%" "12%" "457%" "87 444%" "895 784 500%"
label_number(scale = 1000, suffix = "\u2030")(x) # pour mille
[1] "2‰" "123‰" "4 567‰" "874 440‰"

[5] "8 957 845 000‰"
label_number(scale = .001, suffix = " milliers", accuracy = .1)(x)
[1] "0.0 milliers" "0.0 milliers" "0.0 milliers" "0.9 milliers"

[5] "8 957.8 milliers"
Les arguments decimal.mark et big.mark permettent de défi-

nir, respectivement, le séparateur de décimale et le séparateur
de milliers. Ainsi, pour afficher des nombres à la française (vir-
gule pour les décimales, espace pour les milliers) :
label_number(decimal.mark = ",", big.mark = " ")(x)
[1] "0,00" "0,12" "4,57" "874,44" "8 957 845,00"
Note : il est possible d’utiliser small.interval et small.mark

pour ajouter des séparateurs parmi les décimales.
198
label_number(accuracy = 10^-9, small.mark = "|", small.interval = 3)(x)
[1] "0.002|300|000" "0.123|000|000" "4.567|000|000"

[4] "874.440|000|000" "8 957 845.000|000|000"
Les options style_positive et style_negative permettent

de personnaliser la manière dont les valeurs positives et néga-
tives sont mises en forme.
y <- c(-1.2, -0.3, 0, 2.4, 7.2)

label_number(style_positive = "plus")(y)
[1] "-1.2" "-0.3" "0.0" "+2.4" "+7.2"
label_number(style_negative = "parens")(y)
[1] "(1.2)" "(0.3)" "0.0" "2.4" "7.2"
L’option scale_cut permet d’utiliser, entre autres, les préfixes

du Système international d’unités les plus proches et arrondi
chaque valeur en fonction, en ajoutant la précision correspon-
dante. Par exemple, pour des données en grammes :
y <- c(.000004536, .01245, 2.3456, 47589.14, 789456244)

label_number(scale_cut = cut_si("g"), accuracy = .1)(y)
[1] "4.5 µg" "12.4 mg" "2.3 g" "47.6 kg" "789.5 Mg"
15.2 Les autres fonctions de {scales}
15.2.1 label_comma()
scales::label_comma() (et scales::comma()) est une

variante de scales::label_number() qui, par défaut, affiche
les nombres à l’américaine, avec une virgule comme séparateur
de milliers.
199
label_comma()(x)
[1] "0.00" "0.12" "4.57" "874.44" "8,957,845.00"
15.2.2 label_percent()
scales::label_percent() (et scales::percent()) est une

variante de scales::label_number() qui affiche les nombres
sous formes de pourcentages (les options par défaut sont scale
= 100, suffix = "%").
label_percent()(x)
[1] "0%" "12%" "457%" "87 444%" "895 784 500%"
On peut utiliser cette fonction pour afficher des résultats en

pour mille (le code Unicode du symbole ‰ étant u2030) :
label_percent(scale = 1000, suffix = "\u2030")(x)
[1] "2‰" "123‰" "4 567‰" "874 440‰"

[5] "8 957 845 000‰"
15.2.3 label_dollar()
scales::label_dollar() est adapté à l’affichage des valeurs

monétaires.
label_dollar()(x)
[1] "$0" "$0" "$5" "$874" "$8,957,845"
label_dollar(prefix = "", suffix = " €", accuracy = .01, big.mark = " ")(x)
200
[1] "0.00 €" "0.12 €" "4.57 €" "874.44 €"
[5] "8 957 845.00 €"
L’option style_negative permet d’afficher les valeurs néga-

tives avec des parenthèses, convention utilisée dans certaines
disciplines.
label_dollar()(c(12.5, -4, 21, -56.36))
[1] "$12.50" "-$4.00" "$21.00" "-$56.36"
label_dollar(style_negative = "parens")(c(12.5, -4, 21, -56.36))
[1] "$12.50" "($4.00)" "$21.00" "($56.36)"
15.2.4 label_pvalue()
scales::label_pvalue() est adapté pour la mise en forme de

p-valeurs.
label_pvalue()(c(0.000001, 0.023, 0.098, 0.60, 0.9998))
[1] "<0.001" "0.023" "0.098" "0.600" ">0.999"
label_pvalue(accuracy = .01, add_p = TRUE)(c(0.000001, 0.023, 0.098, 0.60))
[1] "p<0.01" "p=0.02" "p=0.10" "p=0.60"
15.2.5 label_scientific()
scales::label_scientific() affiche les nombres dans un for-

mat scientifique (avec des puissances de 10).
label_scientific(unit = "g")(c(.00000145, .0034, 5, 12478, 14569787))
[1] "1.45e-06" "3.40e-03" "5.00e+00" "1.25e+04" "1.46e+07"
201
15.2.6 label_bytes()
scales::label_bytes() mets en forme des tailles exprimées

en octets, utilisant au besoin des multiples de 1024.
b <- c(478, 1235468, 546578944897)

label_bytes()(b)
[1] "478 B" "1 MB" "547 GB"
label_bytes(units = "auto_binary")(b)
[1] "478 iB" "1 MiB" "509 GiB"
15.2.7 label_ordinal()
scales::label_ordinal() permets d’afficher des rangs ou

nombres ordinaux. Plusieurs langues sont disponibles.
label_ordinal()(1:5)
[1] "1st" "2nd" "3rd" "4th" "5th"
label_ordinal(rules = ordinal_french())(1:5)
[1] "1er" "2e" "3e" "4e" "5e"
label_ordinal(rules = ordinal_french(gender = "f", plural = TRUE))(1:5)
[1] "1res" "2es" "3es" "4es" "5es"
202
15.2.8 label_date(), label_date_short() &
label_time()
scales::label_date(), scales::label_date_short() et
scales::label_time() peuvent être utilisées pour la mise en
forme de dates.
label_date()(as.Date("2020-02-14"))
[1] "2020-02-14"
label_date(format = "%d/%m/%Y")(as.Date("2020-02-14"))
[1] "14/02/2020"
label_date_short()(as.Date("2020-02-14"))
[1] "14\nfévr.\n2020"
La mise en forme des dates est un peu complexe. Ne pas hésiter

à consulter le fichier d’aide de la fonction base::strptime()
pour plus d’informations.
15.2.9 label_wrap()
La fonction scales::label_wrap() est un peu différente. Elle

permets d’insérer des retours à la ligne (\n) dans des chaines
de caractères. Elle tient compte des espaces pour identifier les
mots et éviter ainsi des coupures au milieu d’un mot.
x <- "Ceci est un texte assez long et que l'on souhaiterait afficher sur plusieurs lignes. C
label_wrap(80)(x)
[1] "Ceci est un texte assez long et que l'on souhaiterait afficher sur plusieurs\nlignes. Cepe
203
label_wrap(80)(x) |> message()
Ceci est un texte assez long et que l'on souhaiterait afficher sur plusieurs
lignes. Cependant, on souhaite éviter que des coupures apparaissent au milieu
d'un mot.
label_wrap(40)(x) |> message()
Ceci est un texte assez long et que

l'on souhaiterait afficher sur
plusieurs lignes. Cependant, on
souhaite éviter que des coupures
apparaissent au milieu d'un mot.
15.3 Les fonctions de formatage de

{gtsummary}
Véritable couteau-suisse du statisticien, le package {gtsummary}

sera largement utilisé dans les prochains chapitres pour pro-
duire des tableaux statistiques prêts à être publiés.
Ce package utilise par défaut ses propres fonctions de formatage
mais, au besoin, il sera toujours possible de lui transmettre des
fonctions de formatage créées avec {scales}.
15.3.1 style_number()
Fonction de base, gtsummary::style_number() accepte les pa-

ramètres big.mark (séparateur de milliers), decimal.mark (sé-
parateur de décimales) et scale (facteur d’échelle). Le nombre
de décimales se précisera quant à lui avec digits où l’on indi-
quera le nombre de décimales souhaité.
library(gtsummary)
x <- c(0.123, 0.9, 1.1234, 12.345, -0.123, -0.9, -1.1234, -132.345)
style_number(x, digits = 1)
204
[1] "0.1" "0.9" "1.1" "12.3" "-0.1" "-0.9" "-1.1" "-132.3"
Ď Astuce
Nous verrons dans le chapitre sur les statis-

tiques univariées (cf. Section 18.2.1) la fonction
gtsummary::theme_gtsummary_language() qui per-
met de fixer globalement le séparateur de milliers et celui
des décimales, afin de changer les valeurs par défaut de
l’ensemble des fonctions de formatage de {gtsummary}.
Il est important de noter que cela n’a aucun effet sur les
fonctions de formatage de {scales}.
¾ Mise en garde
gtsummary::style_number() est directement une fonc-

tion de formatage (comme scales::number()) et non une
fonction qui génère une fonction de formatage (comme
scales::label::number()).
Pour créer une fonction de formatage personnalisée, on
pourra avoir recours à purrr::partial() qui permet
d’appeler partiellement une fonction et qui renvoie une
nouvelle fonction avec des paramètres par défaut person-
nalisés.
fr <- style_number |>

purrr::partial(decimal.mark = ",", digits = 1)
fr(x)
[1] "0,1" "0,9" "1,1" "12,3" "-0,1" "-0,9" "-1,1" "-132,3"
15.3.2 style_sigfig()
Variante de gtsummary::style_number(), gstummary::style_sigfig()

arrondi les valeurs transmises pour n’afficher qu’un nombre
choisi de chiffres significatifs. Le nombre de décimales peut
ainsi varier.
205
style_sigfig(x)
[1] "0.12" "0.90" "1.1" "12" "-0.12" "-0.90" "-1.1" "-132"
style_sigfig(x, digits = 3)
[1] "0.123" "0.900" "1.12" "12.3" "-0.123" "-0.900" "-1.12" "-132"
15.3.3 style_percent()
La fonction gtsummary::style_percent() a un fonctionne-

ment un peu différent de celui de scales::label_percent().
Par défaut, le symbole % n’est pas affiché (mais paramétrable
avec symbol = TRUE. Par défaut, une décimale est affichée pour
les valeurs inférieures à 10% et aucune pour celles supérieures
à 10%. Un symbole < est ajouté devant les valeurs strictement
positives inférieures à 0,1%.
v <- c(0, 0.0001, 0.005, 0.01, 0.10, 0.45356, 0.99, 1.45)

label_percent(accuracy = .1)(v)
[1] "0.0%" "0.0%" "0.5%" "1.0%" "10.0%" "45.4%" "99.0%" "145.0%"
style_percent(v)
[1] "0" "<0.1" "0.5" "1.0" "10" "45" "99" "145"
style_percent(v, symbol = TRUE)
[1] "0%" "<0.1%" "0.5%" "1.0%" "10%" "45%" "99%" "145%"
style_percent(v, digits = 1)
[1] "0" "0.01" "0.50" "1.00" "10.0" "45.4" "99.0" "145.0"
206
15.3.4 style_pvalue()
La fonction gtsummary::style_pvalue() est similaire à

scales::label_pvalue() mais adapte le nombre de déci-
males affichées,
p <- c(0.000001, 0.023, 0.098, 0.60, 0.9998)

label_pvalue()(p)
[1] "<0.001" "0.023" "0.098" "0.600" ">0.999"
style_pvalue(p)
[1] "<0.001" "0.023" "0.10" "0.6" ">0.9"
style_pvalue(p, prepend_p = TRUE)
[1] "p<0.001" "p=0.023" "p=0.10" "p=0.6" "p>0.9"
15.3.5 style_ratio()
Enfin, gtsummary::style_ratio() est adaptée à l’affichage de

ratios.
r <- c(0.123, 0.9, 1.1234, 12.345, 101.234, -0.123, -0.9, -1.1234, -12.345, -101.234)
style_ratio(r)
[1] "0.12" "0.90" "1.12" "12.3" "101" "-0.12" "-0.90" "-1.12" "-12.3"
[10] "-101"
207
15.4 Bonus : signif_stars() de {ggstats}
La fonction ggstats::signif_stars() de {ggstats} permet

d’afficher des p-valeurs sous forme d’étoiles de significativité.
Par défaut, trois astérisques si p < 0,001, deux si p < 0,01, une
si p < 0,05 et un point si p < 0,10. Les valeurs sont bien sur
paramétrables.
p <- c(0.5, 0.1, 0.05, 0.01, 0.001)

ggstats::signif_stars(p)
[1] "" "." "*" "**" "***"
ggstats::signif_stars(p, one = .15, point = NULL)
[1] "" "*" "*" "**" "***"
15.5
208
16 Couleurs & Palettes
Dans les prochains chapitres, notamment lorsque nous ferons

des graphiques, nous aurons besoin de spécifier à R les couleurs
souhaitées.
Le choix d’une palette de couleurs adaptée à sa représentation
graphique est également un élément essentiel avec quelques
règles de base : un dégradé est adapté pour représentée une
variable continue tandis que pour une variable catégorielle non
ordonnée on aura recours à une palette contrastée.
16.1 Noms de couleur
Lorsque l’on doit indiquer à R une couleur, notamment dans

les fonctions graphiques, on peut mentionner certaines couleurs
en toutes lettres (en anglais) comme "red" ou "blue". La liste
des couleurs reconnues par R est disponible sur http://www.st
at.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf.
library(tidyverse)
ggplot(iris) +
aes(x = Petal.Length) +
geom_histogram(colour = "red", fill = "blue")
209
20
count
10
0
2 4 6
Petal.Length
16.2 Couleurs RVB et code hexadécimal
En informatique, les couleurs sont usuellement codées en

Rouge/Vert/Bleu (voir https://fr.wikipedia.org/wiki/Roug
e_vert_bleu) et représentées par un code hexadécimal à 6
caractères (chiffres 0 à 9 et/ou lettres A à F), précédés du
symbole #. Ce code est reconnu par R. On pourra par exemple
indiquer "#FF0000" pour la couleur rouge ou "#666666" pour
un gris foncé. Le code hexadécimal des différentes couleurs
peut s’obtenir aisément sur internet, de nombreux sites étant
consacrés aux palettes de couleurs.
ggplot(iris) +
geom_histogram(colour = "#666666", fill = "#FF0000")
210
20
count
10
0
2 4 6
Petal.Length
Parfois, au lieu du code hexadécimal, les couleurs RVB

sont indiquées avec trois chiffres entiers compris entre 0 et
255. La conversion en hexadécimal se fait avec la fonction
grDevices::rgb().
rgb(255, 0, 0, maxColorValue = 255)
[1] "#FF0000"
16.3 Palettes de couleurs
16.3.1 Color Brewer
Le projet Color Brewer a développé des palettes cartogra-

phiques, à la fois séquentielles, divergentes et catégorielles, pré-
sentées en détail sur http://colorbrewer2.org/. Pour chaque
type de palette, et en fonction du nombre de classes, est indi-
qué sur ce site si la palette est adaptée aux personnes souffrant
de daltonisme, si elle est rendra correctement sur écran, en cas
d’impression couleur et en cas d’impression en noir et blanc.
Voici un aperçu des différentes palettes disponibles :
211
YlOrRd
YlOrBr
YlGnBu
YlGn
Reds
RdPu
Purples
PuRd
PuBuGn
PuBu
OrRd
Oranges
Greys
Greens
GnBu
BuPu
BuGn
Blues
Set3
Set2
Set1
Pastel2
Pastel1
Paired
Dark2
Accent
Spectral
RdYlGn
RdYlBu
RdGy
RdBu
PuOr
PRGn
PiYG
BrBG
L’extension {RColorBrewer} permets d’accéder à ces palettes

sous R.
Si on utilise {ggplot2}, les palettes Color Brewer sont directe-
ment disponibles via les fonctions ggplot2::scale_fill_brewer()
et ggplot2::scale_colour_brewer().
¾ Mise en garde
Les palettes Color Brewer sont seulement implémentées

pour des variables catégorielles. Il est cependant pos-
sible de les utiliser avec des variables continues en les
combinant avec ggplot2::scale_fill_gradientn() ou
ggplot2::scale_coulour_gradientn() (en remplaçant
"Set1" par le nom de la palette désirée) :
scale_fill_gradientn(values = RColorBrewer::brewer.pal(6, "Set1"))
212
16.3.2 Palettes de Paul Tol
Le physicien Paul Tol a développé plusieurs palettes de couleurs

adaptées aux personnes souffrant de déficit de perception des
couleurs (daltonisme). À titre personnel, il s’agit des palettes
de couleurs que j’utilise le plus fréquemment.
Le détail de ses travaux est présenté sur https://personal.sron.
nl/~pault/.
Le package {khroma} implémente ces palettes de couleurs pro-
posées par Paul Tol afin de pouvoir les utilisées directement
dans R et avec {ggplot}.
library(khroma)
plot_scheme(colour("bright")(7), colours = TRUE)
#4477AA #228833 #66CCEE #BBBBBB
#EE6677 #CCBB44 #AA3377
ggplot(mpg) +
aes(x = displ, y = hwy, colour = class) +
geom_point() +
khroma::scale_colour_bright()
213
40
class
2seater
compact
30 midsize
hwy
minivan
pickup
subcompact
20
suv
2 3 4 5 6 7
displ
plot_scheme(colour("muted")(9), colours = TRUE)
#CC6677 #DDCC77 #88CCEE #44AA99 #AA4499

#332288 #117733 #882255 #999933 #DDDDDD
plot_scheme(colour("PRGn")(9), colours = TRUE, size = 0.9)
214
#762A83 #C2A5CF #F7F7F7 #ACD39E #1B7837
#9970AB #E7D4E8 #D9F0D3 #5AAE61 #FFEE99
Pour la liste complète des palettes disponibles, voir https://pa

ckages.tesselle.org/khroma/articles/tol.html.
16.3.3 Interface unifiée avec {paletteer}
L’extension {paletteer} vise à proposer une interface unifiée

pour l’utilisation de palettes de couleurs fournies par d’autres
packages (dont {khroma}, mais aussi par exemple {ggsci} qui
fournit les palettes utilisées par certaines revues scientifiques).
Plus de 2 500 palettes sont ainsi disponibles.
On peut afficher un aperçu des principales palettes disponibles
dans {paletteer} avec la commande suivante :
gt::info_paletteer()
Pour afficher la liste complète des palettes discrètes et continues,

on utilisera les commandes suivantes :
palettes_d_names |> View()

palettes_c_names |> View()
La fonction paletteer::paletteer_d() permet d’obtenir

les codes hexadécimaux d’une palette discrète en pré-
cisant le nombre de couleurs attendues. Les fonctions
215
paletteer::scale_color_paletteer_d() et paletteer::scale_fill_paletteer_d()
permettront d’utiliser une palette donnée avec {ggplot2}.
library(paletteer)
paletteer_d("khroma::bright", n = 5)
<colors>
#4477AAFF #EE6677FF #228833FF #CCBB44FF #66CCEEFF
ggplot(mpg) +
aes(x = displ, y = hwy, colour = class) +
geom_point() +
scale_color_paletteer_d("khroma::bright")
40
class
2seater
compact
30 midsize
hwy
minivan
pickup
subcompact
20
suv
2 3 4 5 6 7
displ
L’équivalent existe pour les palettes continues, avec

paletteer::paletteer_c(), paletteer::scale_color_paletteer_c()
et paletteer::scale_fill_paletteer_c() .
paletteer_c("viridis::viridis", n = 6)
<colors>
#440154FF #414487FF #2A788EFF #22A884FF #7AD151FF #FDE725FF
216
ggplot(iris) +
aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, colour = Petal.Length) +
geom_point() +
scale_colour_paletteer_c("viridis::viridis", direction = -1)
4.5
4.0
Petal.Length
Sepal.Width
3.5 6
5
4
3.0
3
2
1
2.5
2.0
5 6 7 8
Sepal.Length
217
partie III
Analyses
218
17 Graphiques avec ggplot2
Le package {ggplot2} fait partie intégrante du tidyverse. Déve-

loppé par Hadley Wickham, ce package met en œuvre la gram-
maire graphique théorisée par Leland Wilkinson. Il devient vite
indispensable lorsque l’on souhaite réaliser des graphiques un
peu complexe.
17.1 Ressources
Il existe de très nombreuses ressources traitant de {ggplot2}.

Pour une introduction en français, on pourra se référer au cha-
pitre Visualiser avec ggplot2 de l’Introduction à R et au tidy-
verse de Julien Barnier, au chapitre Introduction à ggplot2, la
grammaire des graphiques du site analyse-R et adapté d’une
séance de cours de François Briatte, ou encore au chapitre Gra-
phiques du cours Logiciel R et programmation d’Ewen Gallic.
Pour les anglophones, la référence reste encore l’ouvrage gg-
plot2: Elegant Graphics for Data Analysis d’Hadley Wickham
lui-même, dont la troisième édition est librement accessible en
ligne (https://ggplot2-book.org/). D’un point de vue pra-
tique, l’ouvrage R Graphics Cookbook: practical recipes for vi-
sualizing data de Winston Chang est une mine d’informations,
ouvrage là encore librement accessible en ligne (https://r-
graphics.org/).
17.2 Les bases de ggplot2
{ggplot2} nécessite que les données du graphique soient sous la

forme d’un tableau de données (data.frame ou tibble) au format
219
tidy, c’est-à-dire avec une ligne par observation et les différentes
valeurs à représenter sous forme de variables du tableau.
Figure 17.1: La grammaire des graphiques
Tous les graphiques avec {ggplot2} suivent une même logique.

En premier lieu, on appellera la fonction ggplot2::ggplot()
en lui passant en paramètre le fichier de données.
{ggplot2} nomme esthétiques les différentes propriétés vi-
suelles d’un graphique, à savoir l’axe des x (x), celui des y
(y), la couleur des lignes (colour), celle de remplissage des
polygones (fill), le type de lignes (linetype), la forme des
points (shape), etc. Une représentation graphique consiste
donc à représenter chacune de nos variables d’intérêt selon
une esthétique donnée. En second lieu, on appellera donc
la fonction ggplot2::aes() pour indiquer la correspondance
entre les variables de notre fichier de données et les esthétiques
du graphique.
A minima, il est nécessaire d’indiquer en troisième lieu
une géométrie, autrement dit la manière dont les élé-
ments seront représentés visuellement. À chaque géomé-
trie corresponds une fonction commençant par geom_,
par exemple ggplot2::geom_point() pour dessiner
220
des points, ggplot2::geom_line() pour des lignes,
ggplot2::geom_bar() pour des barres ou encore ggplot2::geom_area()
pour des aires. Il existe de nombreuses géométries différentes21 , 21
On trouvera une liste dans la cheat
chacune prenant en compte certaines esthétiques, certaines sheet de {ggplot2}, voir Section 17.3.
étant requises pour cette géométrie et d’autres optionnelles.
La liste des esthétiques prises en compte par chaque géométrie
est indiquée dans l’aide en ligne de cette dernière.
Voici un exemple minimal de graphique avec {ggplot2} :
library(ggplot2)
p <-
ggplot(iris) +
aes(
x = Petal.Length,
y = Petal.Width,
colour = Species
) +
geom_point()
p
2.5
2.0
Species
Petal.Width
1.5
setosa
versicolor
1.0 virginica
0.5
0.0
2 4 6
Petal.Length
Figure 17.2: Un exemple simple de nuage de points avec

ggplot2
221
ĺ Syntaxe additive
Le développement de {ggplot2} a débuté avant celui du

tidyverse et la généralisation du pipe. Dès lors, on ne
sera pas étonné que la syntaxe de {ggplot2} n’ait pas
recours à ce dernier mais repose sur une approche addi-
tive. Un graphique est dès lors initialisé avec la fonction
ggplot2::ggplot() et l’on ajoutera successivement des
éléments au graphique en appelant différentes fonctions
et en utilisant l’opérateur +.
Il est ensuite possible de personnaliser de nombreux éléments

d’un graphique et notamment :
• les étiquettes ou labs (titre, axes, légendes) avec

ggplot2::ggtitle(), ggplot2::xlab(), ggplot2::ylab()
ou encore la fonction plus générique ggplot2::labs() ;
• les échelles (scales) des différentes esthétiques avec les
fonctions commençant par scale_ ;
• le système de coordonnées avec les fonctions commençant
par coord_ ;
• les facettes (facets) avec les fonctions commençant par
facet_ ;
• la légende (guides) avec les fonctions commençant par
guide_ ;
• le thème du graphiques (mise en forme des différents élé-
ments) avec ggplot2::theme().
p +
labs(
x = "Longueur du pétale",
y = "Largeur du pétale",
colour = "Espèce"
) +
ggtitle(
"Relation entre longueur et largeur des pétales",
subtitle = "Jeu de données Iris"
) +
scale_x_continuous(breaks = 1:7) +
scale_y_continuous(
222
labels = scales::label_number(decimal.mark = ",")
) +
coord_equal() +
facet_grid(cols = vars(Species)) +
guides(
color = guide_legend(nrow = 2)
) +
theme_light() +
theme(
legend.position = "bottom",
axis.title = element_text(face = "bold")
)
Relation entre longueur et largeur des pétales

Jeu de données Iris
Largeur du pétale
setosa versicolor virginica

2,5
2,0
1,5
1,0
0,5
0,0
1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7
Longueur du pétale
setosa virginica
Espèce
versicolor
Figure 17.3: Un exemple avancé de nuage de points avec

ggplot2

R/analyses/ressources/flipbook-ggplot2.html
223
Figure 17.4: Cheatsheet ggplot2
17.3 Cheatsheet
17.4 Exploration visuelle avec esquisse
Le package {esquisse} propose un addin offrant une interface

visuelle pour la création de graphiques {ggplot2}. Après ins-
tallation du package, on pourra lancer {esquisse} directement
à partir du menu addins de RStudio.
Figure 17.5: Lancement d’esquisse à partir du menu Addins

de RStudio
Au lancement de l’addin, une interface permettra de choisir le

tableau de données à partir duquel générer le graphique. Le plus
simple est de choisir un tableau présent dans l’environnement.
Mais {esquisse} offre aussi la possibilité d’importer des fi-
chiers externes, voir de procéder à quelques modifications des
données.
Le principe général d’{esquisse} consiste à associer des va-
riables à des esthétiques par glisser/déposer22 . L’outil détermi- 22
Si une esthétique n’est pas visible
nera automatiquement une géométrie adaptée en fonction de la à l’écran, on pourra cliquer en haut
à droite sur l’icône en forme de roue
nature des variables (continues ou catégorielles). Un clic sur le
dentée afin de choisir d’afficher plus
nom de la géométrie en haut à gauche permet de sélectionner d’esthétiques.
une autre géométrie.
Les menus situés en bas de l’écran permettent d’ajouter/modifier
des étiquettes, de modifier certaines options du graphiques, de
224
Figure 17.6: Import de données au lancement d’esquisse
Figure 17.7: Choix d’une géométrie dans esquisse
225
modifier les échelles de couleurs et l’apparence du graphique,
et de filtrer les observations inclues dans le graphique.
Le menu Code permet de récupérer le code correspondant au
graphique afin de pouvoir le copier/coller dans un script.
Figure 17.8: Obtenir le code du graphique obtenu avec

esquisse
{esquisse} offre également la possibilité d’exporter le

graphique obtenu dans différents formats.
17.5 webin-R
L’utilisation d’{esquisse} est présentée dans le webin-R #03

(statistiques descriptives avec gtsummary et esquisse) sur You-
Tube.
https://youtu.be/oEF_8GXyP5c
{ggplot2} est abordé plus en détails dans le webin-R #08 (gg-
plot2 et la grammaire des graphiques) sur YouTube.
https://youtu.be/msnwENny_cg
226
17.6 Combiner plusieurs graphiques
Plusieurs packages proposent des fonctions pour combiner

ensemble des graphiques {ggplot2}, comme {patchwork},
{ggpubr}, {egg} ou {cowplot}. Ici, nous privilégierons le
package {patchwork} car, bien qu’il ne fasse pas partie du
tidyverse, est développé et maintenant par les mêmes auteurs
que {ggplot2}.
Commençons par créer quelques graphiques avec {ggplot2}.
p1 <- ggplot(mtcars) +
aes(x = wt, y = mpg) +
geom_point()
aes(x = factor(cyl)) +
geom_bar()
aes(x = factor(cyl), y = mpg) +
geom_violin() +
theme(axis.title = element_text(size = 20))
aes(x = factor(cyl), y = mpg) +
geom_boxplot() +
ylab(NULL)
Le symbole + permet de combiner des graphiques entre eux.

Le package {patchwork} déterminera le nombre de lignes et de
colonnes en fonction du nombre de graphiques. On pourra noter
que les axes des graphiques sont alignés les uns par rapports
aux autres.
library(patchwork)
p1 + p2 + p3 + p4
227
35
30
10
count
25
mpg
20 5
15
10 0
2 3 4 5 4 6 8
wt factor(cyl)
35 35
30 30
mpg
25 25
20 20
15 15
10 10
4 6 8 4 6 8
factor(cyl) factor(cyl)
Les symboles | et / permettent d’indiquer une disposition côte

à côte ou les uns au-dessus des autres.
p1 | p2 | p3
35 35
30 30
10
25 25
mpg
count
mpg
20 20
5
15 15
10 0 10
2 3 4 5 4 6 8 4 6 8
wt factor(cyl) factor(cyl)
p1 / p2
228
35
30
25
mpg
20
15
10
2 3 4 5
wt
10
count
0
4 6 8
factor(cyl)
On peut utiliser les parenthèses pour indiquer des arrangements

plus complexes.
(p1 + p2) / p3
35
30
10
count
25
mpg
20 5
15
10 0
2 3 4 5 4 6 8
wt factor(cyl)
35
30
mpg
25
20
15
10
4 6 8
factor(cyl)
(p1 + p2) | p3
229
35 35
30 30
10
25 25
mpg
count
mpg
20 20
5
15 15
10 0 10
2 3 4 5 4 6 8 4 6 8
wt factor(cyl) factor(cyl)
Si l’on a une liste de graphiques, on pourra appeler

patchwork::wrap_plots().
list(p1, p2, p3, p4) |>

wrap_plots()
35
30
10
count
25
mpg
20 5
15
10 0
2 3 4 5 4 6 8
wt factor(cyl)
35 35
30 30
mpg
25 25
20 20
15 15
10 10
4 6 8 4 6 8
La fonction patchwork::plot_layout() permet de contrôler

les hauteurs / largeurs relatives des lignes / colonnes.
230
p1 + p2 + p3 + p4 + plot_layout(widths = c(2, 1))
35
30
10
count
25
mpg
20 5
15
10 0
2 3 4 5 4 6 8
wt factor(cyl)
35 35
30 30
mpg
25 25
20 20
15 15
10 10
4 6 8 4 6 8
On peut également ajouter un titre ou des étiquettes avec

patchwork::plot_annotation().
p1 + p2 + p3 + p4 +
plot_annotation(
title = "Titre du graphique",
subtitle = "sous-titre",
caption = "notes additionelles",
tag_levels = "a",
tag_suffix = "."
)
231
Titre du graphique
sous−titre
a. 35
b.
30
count
10
mpg
25
20 5
15
10 0
2 3 4 5 4 6 8
wt factor(cyl)
c. 35
d. 35
mpg
30 30
25 25
20 20
15 15
10 10
4 6 8 4 6 8
notes additionelles
232
18 Statistique univariée &
Intervalles de confiance
On entend par statistique univariée l’étude d’une seule variable,

que celle-ci soit continue (quantitative) ou catégorielle (quali-
tative). La statistique univariée fait partie de la statistique des-
criptive.
18.1 Exploration graphique
Une première approche consiste à explorer visuelle la variable

d’intérêt, notamment à l’aide de l’interface proposée par
{esquisse} (cf Section 17.4).
Nous indiquons ci-après le code correspond aux graphiques
{ggplot2} les plus courants.
library(ggplot2)
18.1.1 Variable continue
Un histogramme est la représentation graphique la plus

commune pour représenter la distribution d’une variable, par
exemple ici la longueur des pétales (variable Petal.Length)
du fichier de données datasets::iris. Il s’obtient avec la
géométrie ggplot2::geom_histogram().
ggplot(iris) +
geom_histogram()
233
`stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
20
count
10
0
2 4 6
Petal.Length
Figure 18.1: un histogramme simple
Ď Astuce
Il faut noter qu’il nous a suffit d’associer simplement la va-

riable Petal.Length à l’esthétique x, sans avoir eu besoin
d’indiquer une variable pour l’esthétique y.
En fait, {ggplot2} associe par défaut à toute géo-
métrie une certaine statistique. Dans le cas de
ggplot2::geom_histogram(), il s’agit de la statistique
ggplot2::stat_bin() qui divise la variable continue
en classes de même largeur et compte le nombre
d’observation dans chacune. ggplot2::stat_bin() ren-
voie un certain nombre de variables calculées (la liste
complète est indiquée dans la documentation dans la sec-
tion Compute variables), dont la variable count qui cor-
respond au nombre d’observations la classe. On peut as-
socier cette variable calculée à une esthétique grâce à la
fonction ggplot2::after_stat(), par exemple aes(y =
after_stat(count)). Dans le cas présent, ce n’est pas
nécessaire car {ggplot2} fait cette association automa-
tiquement si l’on n’a pas déjà attribué une variable à
l’esthétique y.
234
On peut personnaliser la couleur de remplissage des rectangles
en indiquant une valeur fixe pour l’esthétique fill dans
l’appel de ggplot2::geom_histogram() (et non via la fonc-
tion ggplot2::aes() puisqu’il ne s’agit pas d’une variable du
tableau de données). L’esthétique colour permet de spécifier la
couleur du trait des rectangles. Enfin, le paramètre binwidth
permet de spécifier la largeur des barres.
ggplot(iris) +
geom_histogram(
fill ="lightblue",
colour = "black",
binwidth = 1
) +
xlab("Longeur du pétale") +
ylab("Effectifs")
30
Effectifs
20
10
0
2 4 6
Longeur du pétale
Figure 18.2: un histogramme personnalisé
On peut alternativement indiquer un nombre de classes avec

bins.
235
ggplot(iris) +
geom_histogram(bins = 10, colour = "black")
40
30
count
20
10
0
2 4 6
Petal.Length
Figure 18.3: un histogramme en 10 classes
Une représentation alternative de la distribution d’une variable

peut être obtenue avec une courbe de densité, dont la particu-
larité est d’avoir une surface sous la courbe égale à 1. Une
telle courbe s’obtient avec ggplot2::geom_density(). Le pa-
ramètre adjust permet d’ajuster le niveau de lissage de la
courbe.
ggplot(iris) +
geom_density(adjust = .5)
236
0.4
0.3
density
0.2
0.1
0.0
2 4 6
Petal.Length
Figure 18.4: une courbe de densité
18.1.2 Variable catégorielle
Pour représenter la répartition des effectifs parmi les modalités

d’une variable catégorielle, on a souvent tendance à utiliser des
diagrammes en secteurs (camemberts). Or, ce type de représen-
tation graphique est très rarement appropriée : l’œil humain
préfère comparer des longueurs plutôt que des surfaces23 . 23
Voir en particulier https://www.
data- to- viz.com/caveat/pie.html
Dans certains contextes ou pour certaines présentations, on pour un exemple concret.
pourra éventuellement considérer un diagramme en donut,
mais le plus souvent, rien ne vaut un bon vieux diagramme
en barres avec ggplot2::geom_bar(). Prenons pour l’exemple
la variable occup du jeu de données hdv2003 du package
{questionr}.

ggplot(hdv2003) +
aes(x = occup) +
geom_bar()
237
1000
750
count
500
250
0
ChomeurEtudiant, eleve RetraiteRetire des affairesAu foyer Autre inactif
occup
Figure 18.5: un diagramme en barres simple
Ď Astuce
Là encore, {ggplot2} a calculé de lui-même le nombre

d’observations de chaque modalité, en utilisant cette fois
la statistique ggplot2::stat_count().
Si l’on souhaite représenter des pourcentages plutôt que des

effectifs, le plus simple est d’avoir recours à la statistique
ggstats::stat_prop() du package {ggstats}24 . Pour appe- 24
Cette statistique est également dis-
ler cette statistique, on utilisera simplement stat = "prop" ponible via le package {GGally}.
dans les géométries concernées.
Cette statistique, qui sera également bien utile pour des gra-
phiques plus complexes, nécessite qu’on lui indique une esthé-
tique by pour dans quels sous-groupes calculés des proportions.
Ici, nous avons un seul groupe considéré et nous souhaitons des
pourcentages du total. On indiquera simplement by = 1.
Pour formater l’axe vertical avec des pourcentages, on pourra
avoir recours à la fonction scales::label_percent() que l’on
appellera via ggplot2::scale_y_continuous().
library(ggstats)
ggplot(hdv2003) +
238
aes(x = occup, y = after_stat(prop), by = 1) +
geom_bar(stat = "prop") +
scale_y_continuous(labels = scales::label_percent())
50%
40%
30%
prop
20%
10%
0%
ChomeurEtudiant, eleve RetraiteRetire des affairesAu foyer Autre inactif
occup
Figure 18.6: un diagramme en barres épuré
Pour une publication ou une communication, il ne faut

surtout pas hésiter à épurer vos graphiques (less is bet-
ter!), voire à trier les modalités en fonction de leur fré-
quence pour faciliter la lecture (ce qui se fait aisément avec
forcats::fct_infreq()).
ggplot(hdv2003) +
aes(x = forcats::fct_infreq(occup),
y = after_stat(prop), by = 1) +
geom_bar(stat = "prop",
fill = "#4477AA", colour = "black") +
geom_text(
aes(label = after_stat(prop) |>
scales::percent(accuracy = .1)),
stat = "prop",
nudge_y = .02
) +
theme_minimal() +
239
theme(
panel.grid = element_blank(),
axis.text.y = element_blank()
) +
xlab(NULL) + ylab(NULL) +
ggtitle("Occupation des personnes enquêtées")
Occupation des personnes enquêtées

52.4%
19.6%
8.6%
6.7%
4.7% 4.2% 3.8%

Retraite Au foyer Chomeur Etudiant, eleveAutre inactif
Retire des affaires
Figure 18.7: un diagramme en barres épuré

R/analyses/ressources/flipbook-geom_bar-univarie.html
18.2 Tableaux et tris à plat
Le package {gtsummary} constitue l’une des boites à ou-

tils de l’analyste quantitativiste, car il permet de réaliser
très facilement des tableaux quasiment publiables en l’état.
En matière de statistique univariées, la fonction clé est
gtsummary::tbl_summary().
Commençons avec un premier exemple rapide. On part d’un
tableau de données et on indique, avec l’argument include,
les variables à afficher dans le tableau statistique (si on
240
n’indique rien, toutes les variables du tableau de données
sont considérées). Il faut noter que l’argument include de
gtsummary::tbl_summary() utilise la même syntaxe dite
tidy select que dplyr::select() (cf. Section 8.2.1). On
peut indiquer tout autant des variables catégorielles que des
variables continues.
library(gtsummary)
#Uighur
hdv2003 |>
tbl_summary(include = c(age, occup))

Table 18.1: un tableau simple
Characteristic N = 2,000
age 48 (35, 60)
occup
Exerce une profession 1,049 (52%)
Chomeur 134 (6.7%)
Etudiant, eleve 94 (4.7%)
Retraite 392 (20%)
Retire des affaires 77 (3.9%)
Au foyer 171 (8.6%)
Autre inactif 83 (4.2%)
ĺ Remarque sur les types de variables et les sélecteurs

associés
{gtsummary} permets de réaliser des tableaux statistiques

combinant plusieurs variables, l’affichage des résultats
pouvant dépendre du type de variables.
241
Par défaut, {gtsummary} considère qu’une variable est ca-
tégorielle s’il s’agit d’un facteur, d’une variable textuelle
ou d’une variable numérique ayant moins de 10 valeurs
différentes.
Une variable sera considérée comme dichotomique (va-
riable catégorielle à seulement deux modalités) s’il s’agit
d’un vecteur logique (TRUE/FALSE), d’une variable tex-
tuelle codée yes/no ou d’une variable numérique codée
0/1.
Dans les autres cas, une variable numérique sera considé-
rée comme continue.
Si vous utilisez des vecteurs labellisés (cf. Cha-
pitre 12), vous devez les convertir, en amont, en
facteurs ou en variables numériques. Voir l’extension
{labelled} et les fonctions labelled::to_factor(),
labelled::unlabelled() et unclass().
Au besoin, il est possible de forcer le type d’une variable
avec l’argument type de gtsummary::tbl_summary().
{gtsummary} fournit des sélecteurs qui peuvent être utili-
sés dans les options des différentes fonctions, en particulier
gtsummary::all_continuous() pour les variables conti-
nues, gtsummary::all_dichotolous() pour les variables
dichotomiques et gtsummary::all_categorical() pour
les variables catégorielles. Cela inclue les variables dicho-
tomiques. Il faut utiliser all_categorical(dichotomous
= FALSE) pour sélectionner les variables catégorielles en
excluant les variables dichotomiques.
18.2.1 Thème du tableau
{gtsummary} fournit plusieurs fonctions préfixées theme_gtsummary_*()

permettant de modifier l’affichage par défaut des tableaux.
Vous aurez notez que, par défaut, {gtsummary} est anglo-
phone.
La fonction gtsummary::theme_gtsummary_journal() per-
mets d’adopter les standards de certaines grandes revues
scientifiques telles que JAMA (Journal of the American
Medical Association), The Lancet ou encore le NEJM (New
England Journal of Medicine).
242
La fonction gtsummary::theme_gtsummary_language() per-
met de modifier la langue utilisée par défaut dans les tableaux.
Les options decimal.mark et big.mark permettent de définir
respectivement le séparateur de décimales et le séparateur des
milliers. Ainsi, pour présenter un tableau en français, on appli-
quera en début de script :
theme_gtsummary_language(
language = "fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = " "
)
Setting theme `language: fr`
Ce thème sera appliqué à tous les tableaux ultérieurs.
hdv2003 |>
tbl_summary(include = c(age, occup))

Table 18.2: un tableau simple en français
Caractéristique N = 2 000
age 48 (35 – 60)
occup
Exerce une profession 1 049 (52%)
Chomeur 134 (6,7%)
Etudiant, eleve 94 (4,7%)
Retraite 392 (20%)
Retire des affaires 77 (3,9%)
Au foyer 171 (8,6%)
Autre inactif 83 (4,2%)
243
18.2.2 Étiquettes des variables
gtsummary, par défaut, prends en compte les étiquettes de

variables (cf. Chapitre 11), si elles existent, et sinon utilisera
le nom de chaque variable dans le tableau. Pour rappel, les éti-
quettes de variables peuvent être manipulées avec l’extension
{labelled} et les fonctions labelled::var_label() et
labelled::set_variable_labels().
Il est aussi possible d’utiliser l’option label de gtsummary::tbl_summary()
pour indiquer des étiquettes personnalisées.
hdv2003 |>
labelled::set_variable_labels(
occup = "Occupation actuelle"
) |>
tbl_summary(
include = c(age, occup, heures.tv),
label = list(age ~ "Âge médian")
)

Table 18.3: un tableau étiquetté
Âge médian 48 (35 – 60)
Occupation actuelle
Chomeur 134 (6,7%)
Retraite 392 (20%)
Au foyer 171 (8,6%)
heures.tv 2,00 (1,00 – 3,00)
Manquant 5
244
Pour modifier les modalités d’une variable catégorielle, il faut
modifier en amont les niveaux du facteur correspondant.
ĺ Remarque sur la syntaxe des options
De nombreuses options des fonctions de {gtsummary}

peuvent s’appliquer seulement à une ou certaines va-
riables. Pour ces options-là, {gtsummary} attends une for-
mule de la forme variables concernées ~ valeur de
l'option ou bien une liste de formules ayant cette forme.
Par exemple, pour modifier l’étiquette associée à une
certaine variable, on peut utiliser l’option label de
trial |>
tbl_summary(label = age ~ "Âge")
Lorsque l’on souhaite passer plusieurs options pour plu-

sieurs variables différentes, on utilisera une list().
trial |>
tbl_summary(label = list(age ~ "Âge", trt ~ "Traitement"))
{gtsummary} est très flexible sur la manière d’indiquer

la ou les variables concernées. Il peut s’agir du nom de
la variable, d’une chaîne de caractères contenant le nom
de la variable, ou d’un vecteur contenant le nom de la
variable. Les syntaxes ci-dessous sont ainsi équivalentes.
trial |>
tbl_summary(label = age ~ "Âge")
trial |>
tbl_summary(label = "age" ~ "Âge")
v <- "age"
trial |>
tbl_summary(label = v ~ "Âge")
Pour appliquer le même changement à plusieurs variables,

plusieurs syntaxes sont acceptées pour lister plusieurs va-
riables.
245
trial |>
tbl_summary(label = c("age", "trt") ~ "Une même étiquette")
trial |>
tbl_summary(label = c(age, trt) ~ "Une même étiquette")
Il est également possible d’utiliser la syn-

taxe {tidyselect} et les sélecteurs de
{tidyselect} comme tidyselect::everything(),
tidyselect::starts_with(),
tidyselect::contains() ou tidyselect::all_of().
Ces différents sélecteurs peuvent être combinés au sein
d’un c().
trial |>
tbl_summary(
label = everything() ~ "Une même étiquette"
)
trial |>
tbl_summary(
label = starts_with("a") ~ "Une même étiquette"
)
trial |>
tbl_summary(
label = c(everything(), -age, -trt) ~ "Une même étiquette"
)
trial |>
tbl_summary(
label = age:trt ~ "Une même étiquette"
)
Bien sûr, il est possible d’utiliser les sélecteurs propres à

{gtsummary}.
246
trial |>
tbl_summary(
label = all_continuous() ~ "Une même étiquette"
)
trial |>
tbl_summary(
label = list(
all_continuous() ~ "Variable continue",
all_dichotomous() ~ "Variable dichotomique",
all_categorical(dichotomous = FALSE) ~ "Variable catégorielle"
)
)
Enfin, si l’on ne précise rien à gauche du ~, ce sera consi-

déré comme équivalent à everything(). Les deux syn-
taxes ci-dessous sont donc équivalentes.
trial |>
tbl_summary(label = ~ "Une même étiquette")
trial |>
tbl_summary(
label = everything() ~ "Une même étiquette"
)
18.2.3 Statistiques affichées
Le paramètre statistic permets de sélectionner les statis-

tiques à afficher pour chaque variable. On indiquera une chaîne
de caractères dont les différentes statistiques seront indiquées
entre accolades ({}).
Pour une variable continue, on pourra utiliser {median} pour
la médiane, {mean} pour la moyenne, {sd} pour l’écart type,
{var} pour la variance, {min} pour le minimum, {max} pour le
maximum, ou encore {p##} (en remplaçant ## par un nombre
entier entre 00 et 100) pour le percentile correspondant (par
exemple p25 et p75 pour le premier et le troisième quartile). Uti-
lisez gtsummary::all_continous() pour sélectionner toutes
les variables continues.
247
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = c(age, heures.tv),
statistic =
all_continuous() ~ "Moy. : {mean} [min-max : {min} - {max}]"
)

Table 18.4: statistiques personnalisées pour une variable conti-

nue
age Moy. : 48 [min-max : 18 - 97]
heures.tv Moy. : 2,25 [min-max : 0,00 - 12,00]
Manquant 5
Il est possible d’afficher des statistiques différentes pour chaque

variable.
hdv2003 |>
tbl_summary(
statistic = list(
age ~ "Méd. : {median} [{p25} - {p75}]",
heures.tv ~ "Moy. : {mean} ({sd})"
)
)

248
Table 18.5: statistiques personnalisées pour une variable conti-
nue (2)
age Méd. : 48 [35 - 60]
heures.tv Moy. : 2,25 (1,78)
Manquant 5
Pour les variables continues, il est également possible d’indiquer

le nom d’une fonction personnalisée qui prends un vecteur
et renvoie une valeur résumée. Par exemple, pour afficher la
moyenne des carrés :
moy_carres <- function(x) {

mean(x^2, na.rm = TRUE)
}
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = heures.tv,
statistic = ~ "MC : {moy_carres}"
)

Table 18.6: statiques personnalisées pour une variable continue

(3)
heures.tv MC : 8,20
Manquant 5
Pour une variable catégorielle, les statistiques possibles

sont {n} le nombre d’observations, {N} le nombre total
d’observations, et {p} le pourcentage correspondant. Utilisez
gtsummary::all_categorical() pour sélectionner toutes les
variables catégorielles.
249
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = occup,
statistic = all_categorical() ~ "{p} % ({n}/{N})"
)

Table 18.7: statiques personnalisées pour une variable catégo-

rielle
occup
Exerce une profession 52 % (1 049/2 000)
Chomeur 6,7 % (134/2 000)
Etudiant, eleve 4,7 % (94/2 000)
Retraite 20 % (392/2 000)
Retire des affaires 3,9 % (77/2 000)
Au foyer 8,6 % (171/2 000)
Autre inactif 4,2 % (83/2 000)
Il est possible, pour une variable catégorielle, de trier les moda-

lités de la plus fréquente à la moins fréquente avec le paramètre
sort.
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = occup,
sort = all_categorical() ~ "frequency"
)

250
Table 18.8: variable catégorielle triée par fréquence
occup
Retraite 392 (20%)
Au foyer 171 (8,6%)
Chomeur 134 (6,7%)
Pour toutes les variables (catégorielles et continues), les statis-

tiques suivantes sont également disponibles :
• {N_obs} le nombre total d’observations,

• {N_miss} le nombre d’observations manquantes (NA),
• {N_nonmiss} le nombre d’observations non manquantes,
• {p_miss} le pourcentage d’observations manquantes
(i.e. N_miss / N_obs) et
• {p_nonmiss} le pourcentage d’observations non man-
quantes (i.e. N_nonmiss / N_obs).
18.2.4 Affichage du nom des statistiques
Lorsque l’on affiche de multiples statistiques, la liste des sta-

tistiques est regroupée dans une note de tableau qui peut vite
devenir un peu confuse.
tbl <- hdv2003 |>

tbl_summary(
include = c(age, heures.tv, occup),
statistic = list(
age ~ "{mean} ({sd})",
heures.tv ~ "{median} [{p25} - {p75}]"
)
)
tbl
251
Table 18.9: tableau par défaut
age 48 (17)
heures.tv 2,00 [1,00 - 3,00]
Manquant 5
occup
Chomeur 134 (6,7%)
Retraite 392 (20%)
Au foyer 171 (8,6%)
La fonction gtsummary::add_stat_label() permets

d’indiquer le type de statistique à côté du nom des va-
riables ou bien dans une colonne dédiée, plutôt qu’en note de
tableau.
tbl |>
add_stat_label()

Table 18.10: ajout du nom des statistiques
age, Moyenne (ET) 48 (17)
heures.tv, Médiane [EI] 2,00 [1,00 - 3,00]
Manquant 5
252
occup, n (%)
Chomeur 134 (6,7%)
Retraite 392 (20%)
Au foyer 171 (8,6%)
tbl |>
add_stat_label(location = "column")

Table 18.11: ajout du nom des statistiques dans une colonne

séparée
Caractéristique Statistique N = 2 000

age Moyenne (ET) 48 (17)
heures.tv Médiane [EI] 2,00 [1,00 - 3,00]
Manquant n 5
occup
Exerce une profession n (%) 1 049 (52%)
Chomeur n (%) 134 (6,7%)
Etudiant, eleve n (%) 94 (4,7%)
Retraite n (%) 392 (20%)
Retire des affaires n (%) 77 (3,9%)
Au foyer n (%) 171 (8,6%)
Autre inactif n (%) 83 (4,2%)
18.2.5 Forcer le type de variable
Comme évoqué plus haut, {gtsummary} détermine automati-

quement le type de chaque variable. Par défaut, la variable age
253
du tableau de données trial est traitée comme variable conti-
nue, death comme dichotomique (seule la valeur 1 est affichée)
et grade comme variable catégorielle.
trial |>
tbl_summary(
include = c(grade, age, death)
)

Table 18.12: types de variable par défaut
Caractéristique N = 200
Grade
I 68 (34%)
II 68 (34%)
III 64 (32%)
Age 47 (38 – 57)
Manquant 11
Patient Died 112 (56%)
Il est cependant possible de forcer un certain type avec

l’argument type. Précision : lorsque l’on force une variable en
dichotomique, il faut indiquer avec value la valeur à afficher
(les autres sont alors masquées).
trial |>
tbl_summary(
include = c(grade, death),
type = list(
grade ~ "dichotomous",
death ~ "categorical"
),
value = grade ~ "III",
label = grade ~ "Grade III"
254
)

Table 18.13: types de variable personnalisés
Grade III 64 (32%)
Patient Died
0 88 (44%)
1 112 (56%)
Il ne faut pas oublier que, par défaut, {gtsummary} traite les

variables quantitatives avec moins de 10 valeurs comme des
variables catégorielles. Prenons un exemple :
trial$alea <- sample(1:4, size = nrow(trial), replace = TRUE)

#| label: tbl-types-defaut-alea
#| tbl-cap: traitement par défaut d'une variable numérique à 4 valeurs uniques
trial |>
tbl_summary(
include = alea
)

alea
1 50 (25%)
2 45 (23%)
3 42 (21%)
255
4 63 (32%)
On pourra forcer le traitement de cette variable comme conti-

nue.
trial |>
tbl_summary(
include = alea,
type = alea ~ "continuous"
)

Table 18.15: forcer le traitement continu d’une variable numé-

rique à 4 valeurs uniques
alea 3 (2 – 4)
18.2.6 Afficher des statistiques sur plusieurs lignes

(variables continues)
Pour les variables continues, {gtsummary} a introduit un

type de variable "continuous2", qui doit être attribué
manuellement via type, et qui permets d’afficher plusieurs
lignes de statistiques (en indiquant plusieurs chaînes de
caractères dans statistic). À noter le sélecteur dédié
gtsummary::all_continuous2().
hdv2003 |>
tbl_summary(
type = age ~ "continuous2",
256
statistic =
all_continuous2() ~ c(
"{median} ({p25} - {p75})",
"{mean} ({sd})",
"{min} - {max}"
)
)

Table 18.16: des statistiques sur plusieurs lignes (variables

continues)
age
Médiane (EI) 48 (35 - 60)
Moyenne (ET) 48 (17)
Étendue 18 - 97
heures.tv 2,00 (1,00 – 3,00)
Manquant 5
18.2.7 Mise en forme des statistiques
L’argument digits permet de spécifier comment mettre en

forme les différentes statistiques. Le plus simple est d’indiquer
le nombre de décimales à afficher. Il est important de tenir
compte que plusieurs statistiques peuvent être affichées pour
une même variable. On peut alors indiquer une valeur diffé-
rente pour chaque statistique.
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = c(age, occup),
digits = list(
all_continuous() ~ 1,
257
all_categorical() ~ c(0, 1)
)
)

Table 18.17: personnalisation du nombre de décimales
age 48,0 (35,0 – 60,0)
occup
Exerce une profession 1 049 (52,5%)
Chomeur 134 (6,7%)
Retraite 392 (19,6%)
Au foyer 171 (8,6%)
Au lieu d’un nombre de décimales, on peut indiquer plu-

tôt une fonction à appliquer pour mettre en forme le
résultat. Par exemple, {gtsummary} fournit les fonctions
suivantes : gtsummary::style_number() pour les nombres
de manière générale, gtsummary::style_percent() pour les
pourcentages (les valeurs sont multipliées par 100, mais le sym-
bole % n’est pas ajouté), gtsummary::style_pvalue()
pour les p-valeurs, gtsummary::style_sigfig() qui
n’affiche, par défaut, que deux chiffres significatifs, ou en-
core gtsummary::style_ratio() qui est une variante de
gtsummary::``style_sigfig() pour les ratios (comme les
odds ratios) que l’on compare à 1.
Il faut bien noter que ce qui est attendu par digits, c’est une
fonction et non le résultat d’une fonction. On indiquera donc
le nom de la fonction sans parenthèse, comme dans l’exemple
ci-dessous (même si pas forcément pertinent ;-)).
258
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = age,
digits =
all_continuous() ~ c(style_percent, style_sigfig, style_ratio)
)

Table 18.18: personnalisation de la mise en forme des nombres
age 4 800 (35 – 60,0)
Comme digits s’attend à recevoir une fonction (et non le ré-

sultat) d’une fonction, on ne peut pas passer directement des
arguments aux fonctions style_*() de {gtsummary}. Pour cela
il faut créer une fonction à la levée :
trial |>
tbl_summary(
include = marker,
statistic = ~ "{mean} pour 100",
digits = ~ function(x){style_percent(x, digits = 1)}
)

259
Table 18.19: passer une fonction personnalisée à digits (syntaxe
1)
Marker Level (ng/mL) 91,6 pour 100
Manquant 10
Depuis R 4.1, il existe une syntaxe raccourcie équivalente, avec

le symbole \ à la place de function.
trial |>
tbl_summary(
include = marker,
digits = ~ \(x){style_percent(x, digits = 1)}
)


2)
Manquant 10
Une syntaxe alternative consiste à avoir recours à la fonction

purrr::partial() qui permet d’appeler partiellement une
fonction et de renvoyer une nouvelle fonction.
trial |>
tbl_summary(
include = marker,
digits = ~ purrr::partial(style_percent, digits = 1)
260
)


3)
Manquant 10
À noter dans l’exemple précédent que les fonctions style_*()

de {gtsummary} tiennent compte du thème défini (ici la virgule
comme séparateur de décimale).
Pour une mise en forme plus avancée des nombres, il faut
se tourner vers l’extension {scales} et ses diverses fonc-
tions de mise en forme comme scales::label_number() ou
scales::label_percent().
ATTENTION : les fonctions de {scales} n’héritent pas des
paramètres du thème {gtsummary} actif. Il faut donc person-
naliser le séparateur de décimal dans l’appel à la fonction.
trial |>
tbl_summary(
include = marker,
statistic = ~ "{mean}",
digits = ~ scales::label_number(
accuracy = .01,
suffix = " ng/mL",
decimal.mark = ","
)
)
261

4)
Marker Level (ng/mL) 0,92 ng/mL
Manquant 10
18.2.8 Données manquantes
Le paramètre missing permets d’indiquer s’il faut afficher le

nombre d’observations manquantes (c’est-à-dire égales à NA) :
"ifany" (valeur par défaut) affiche ce nombre seulement s’il y
en a, "no" masque ce nombre et "always" force l’affichage de ce
nombre même s’il n’y pas de valeur manquante. Le paramètre
missing_text permets de personnaliser le texte affiché.
hdv2003 |>
tbl_summary(
missing = "always",
missing_text = "Nbre observations manquantes"
)

Table 18.23: forcer l’affichage des valeurs manquantes
age 48 (35 – 60)
Nbre observations manquantes 0
heures.tv 2,00 (1,00 – 3,00)
Nbre observations manquantes 5
262
Il est à noter, pour les variables catégorielles, que les va-

leurs manquantes ne sont jamais pris en compte pour le
calcul des pourcentages. Pour les inclure dans le calcul, il
faut les transformer en valeurs explicites, par exemple avec
forcats::fct_na_value_to_level() de {forcats}.
hdv2003 |>
dplyr::mutate(
trav.imp.explicit = trav.imp |>
forcats::fct_na_value_to_level("(non renseigné)")
) |>
tbl_summary(
include = c(trav.imp, trav.imp.explicit)
)

Table 18.24: valeurs manquantes explicites (variable catégo-

rielle)
trav.imp
Le plus important 29 (2,8%)
Aussi important que le reste 259 (25%)
Moins important que le reste 708 (68%)
Peu important 52 (5,0%)
Manquant 952
trav.imp.explicit
(non renseigné) 952 (48%)
263
18.2.9 Ajouter les effectifs observés
Lorsque l’on masque les manquants, il peut être pertinent

d’ajouter une colonne avec les effectifs observés pour chaque
variable à l’aide de la fonction gtsummary::add_n().
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = c(heures.tv, trav.imp),
missing = "no"
) |>
add_n()

Table 18.25: ajouter une colonne avec les effectifs observés
Caractéristique N N = 2 000
heures.tv 1 995 2,00 (1,00 – 3,00)
trav.imp 1 048
18.3 Calcul manuel
18.3.1 Variable continue
R fournit de base toutes les fonctions nécessaires pour le calcul

des différentes statistiques descriptives :
• mean() pour la moyenne

• sd() pour l’écart-type
• min() et max() pour le minimum et le maximum
264
• range() pour l’étendue
• median() pour la médiane
Si la variable contient des valeurs manquantes (NA), ces fonc-

tions renverront une valeur manquante, sauf si on leur précise
na.rm = TRUE.
hdv2003$heures.tv |> mean()
[1] NA
hdv2003$heures.tv |> mean(na.rm = TRUE)
[1] 2.246566
hdv2003$heures.tv |> sd(na.rm = TRUE)
[1] 1.775853
hdv2003$heures.tv |> min(na.rm = TRUE)
[1] 0
hdv2003$heures.tv |> max(na.rm = TRUE)
[1] 12
hdv2003$heures.tv |> range(na.rm = TRUE)
[1] 0 12
hdv2003$heures.tv |> median(na.rm = TRUE)
[1] 2
La fonction quantile() permets de calculer tous types de quan-

tiles.
265
hdv2003$heures.tv |> quantile(na.rm = TRUE)
0% 25% 50% 75% 100%

0 1 2 3 12
hdv2003$heures.tv |>
quantile(
probs = c(.2, .4, .6, .8),
na.rm = TRUE
)
20% 40% 60% 80%

1 2 2 3
La fonction summary() renvoie la plupart de ces indicateurs en

une seule fois, ainsi que le nombre de valeurs manquantes.
hdv2003$heures.tv |> summary()
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. NA's

0.000 1.000 2.000 2.247 3.000 12.000 5
18.3.2 Variable catégorielle
Les fonctions de base pour le calcul d’un tri à plat sont les
fonctions table() et xtabs(). Leur syntaxe est quelque peu
différente. On passe un vecteur entier à table() alors que la
syntaxe de xtabs() se rapproche de celle d’un modèle linéaire :
on décrit le tableau attendu à l’aide d’une formule et on indique
le tableau de données. Les deux fonctions renvoient le même
résultat.
tbl <- hdv2003$trav.imp |> table()

tbl <- xtabs(~ trav.imp, data = hdv2003)
tbl <- hdv2003 |> xtabs(~ trav.imp, data = _)
tbl
266
trav.imp
Le plus important Aussi important que le reste
29 259
Moins important que le reste Peu important
708 52
Comme on le voit, il s’agit du tableau brut des effectifs, sans

les valeurs manquantes, et pas vraiment lisible dans la console
de R.
Pour calculer les proportions, on appliquera prop.table() sur
la table des effectifs bruts.
prop.table(tbl)
trav.imp
Le plus important Aussi important que le reste
0.02767176 0.24713740
Moins important que le reste Peu important
0.67557252 0.04961832
Pour la réalisation rapide d’un tri à plat, on pourra donc pré-

férer la fonction questionr::freq() qui affiche également le
nombre de valeurs manquantes et les pourcentages, en un seul
appel.
hdv2003$trav.imp |>
questionr::freq(total = TRUE)
n % val%
Le plus important 29 1.5 2.8
Aussi important que le reste 259 13.0 24.7
Moins important que le reste 708 35.4 67.6
Peu important 52 2.6 5.0
NA 952 47.6 NA
Total 2000 100.0 100.0
267
18.4 Intervalles de confiance
18.4.1 Avec gtsummary
La fonction gtsummary::add_ci() permet d’ajouter

des intervalles de confiance à un tableau créé avec
Á Avertissement
Par défaut, pour les variables continues,

gtsummary::tbl_summary() affiche la médiane tan-
dis que gtsummary::add_ci() calcule l’intervalle de
confiance d’une moyenne !
Il faut donc :
• soit afficher la moyenne dans

gtsummary::tbl_summary() à l’aide du para-
mètre statistic ;
• soit calculer les intervalles de confiance d’une mé-
diane (méthode "wilcox.text") via le paramètre
method de gtsummary::add_ci().
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = c(age, heures.tv, trav.imp),
statistic = age ~ "{mean} ({sd})"
) |>
add_ci(
method = heures.tv ~ "wilcox.test"
)

268
Table 18.26: ajouter les intervalles de confiance
Caractéristique N = 2 000 95% CI

age 48 (17) 47, 49
heures.tv 2,00 (1,00 – 3,00) 2,5, 2,5
Manquant 5
trav.imp
Le plus important 29 (2,8%) 1,9%, 4,0%
Aussi important que le reste 259 (25%) 22%, 27%
Moins important que le reste 708 (68%) 65%, 70%
Peu important 52 (5,0%) 3,8%, 6,5%
Manquant 952
L’argument statistic permet de personnaliser la présentation

de l’intervalle ; conf.level de changer le niveau de confiance
et style_fun de modifier la mise en forme des nombres de
l’intervalle.
hdv2003 |>
tbl_summary(
statistic = ~ "{mean}"
) |>
add_ci(
statistic = ~ "entre {conf.low} et {conf.high}",
conf.level = .9,
style_fun = ~ purrr::partial(style_number, digits = 1)
)

Table 18.27: des intervalles de confiance personnalisés

age 48 entre 47,5 et 48,8
heures.tv 2,25 entre 2,2 et 2,3
269
Manquant 5
18.4.2 Calcul manuel
Le calcul de l’intervalle de confiance d’une moyenne s’effectue

avec la fonction t.test().
hdv2003$age |> t.test()
One Sample t-test
data: hdv2003$age
t = 127.12, df = 1999, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true mean is not equal to 0
95 percent confidence interval:
47.41406 48.89994
sample estimates:
mean of x
48.157
Le résultat renvoyé est une liste contenant de multiples infor-

mations.
hdv2003$age |> t.test() |> str()
List of 10
$ statistic : Named num 127
..- attr(*, "names")= chr "t"
$ parameter : Named num 1999
..- attr(*, "names")= chr "df"
$ p.value : num 0
$ conf.int : num [1:2] 47.4 48.9
..- attr(*, "conf.level")= num 0.95
$ estimate : Named num 48.2
..- attr(*, "names")= chr "mean of x"
270
$ null.value : Named num 0
..- attr(*, "names")= chr "mean"
$ stderr : num 0.379
$ alternative: chr "two.sided"
$ method : chr "One Sample t-test"
$ data.name : chr "hdv2003$age"
- attr(*, "class")= chr "htest"
Si l’on a besoin d’accéder spécifiquement à l’intervalle de

confiance calculé :
hdv2003$age |> t.test() |> purrr::pluck("conf.int")
[1] 47.41406 48.89994

attr(,"conf.level")
[1] 0.95
Pour celui d’une médiane, on utilisera wilcox.test() en pré-

cisant conf.int = TRUE.
hdv2003$age |> wilcox.test(conf.int = TRUE)
Wilcoxon signed rank test with continuity correction
data: hdv2003$age
V = 2001000, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true location is not equal to 0
47.00001 48.50007
sample estimates:
(pseudo)median
47.99996
hdv2003$age |>
wilcox.test(conf.int = TRUE) |>
purrr::pluck("conf.int")
271
[1] 47.00001 48.50007
attr(,"conf.level")
[1] 0.95
Pour une proportion, on utilisera prop.test() en lui trans-

mettant le nombre de succès et le nombre d’observations, qu’il
faudra donc avoir calculé au préalable. On peut également pas-
ser une table à deux entrées avec le nombre de succès puis le
nombre d’échecs.
Ainsi, pour obtenir l’intervalle de confiance de la proportion
des enquêtés qui considèrent leur travail comme peu important,
en tenant compte des valeurs manquantes, le plus simple est
d’effectuer le code suivant25 : 25
Notez l’utilisation de rev() pour
inverser le tableau créé avec xtabs()
xtabs(~ I(hdv2003$trav.imp == "Peu important"), data =afinhdv2003)
que le nombre de succès (TRUE)
|>
soit indiqués avant le nombre d’échecs
rev() |> (FALSE).
prop.test()
1-sample proportions test with continuity correction
data: rev(xtabs(~I(hdv2003$trav.imp == "Peu important"), data = hdv2003)), null probability 0.

X-squared = 848.52, df = 1, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true p is not equal to 0.5
0.03762112 0.06502346
sample estimates:
p
0.04961832
Par défaut, prop.test() produit un intervalle de confiance bi-

latéral en utilisant la méthode de Wilson avec correction de
continuité. Pour plus d’information sur les différentes manières
de calculer l’intervalle de confiance d’une proportion, on pourra
se référer à ce billet de blog.
272
Ď Astuce
Comme on le voit, il n’est pas aisé, avec les fonctions de R

base de calculer les intervalles de confiance pour toutes
les modalités d’une variable catégorielle.
On pourra éventuellement avoir recours à la petite fonc-
tion suivante qui réalise le tri à plat d’une variable ca-
tégorielle, calcule les proportions et leurs intervalles de
confiance.
prop_ci <- function(x, conf.level = .95, correct = TRUE) {

tbl <- as.data.frame(table(x), responseName = "n")
tbl$N <- sum(tbl$n)
tbl$prop <- tbl$n / tbl$N
tbl$conf.low <- NA_real_
tbl$conf.high <- NA_real_
for (i in 1:nrow(tbl)) {
test <- prop.test(
x = tbl$n[i],
n = tbl$N[i],
conf.level = conf.level,
correct = correct
)
tbl$conf.low[i] <- test$conf.int[1]
tbl$conf.high[i] <- test$conf.int[2]
}
tbl
}
prop_ci(hdv2003$trav.imp)
x n N prop conf.low conf.high

1 Le plus important 29 1048 0.02767176 0.01894147 0.04001505
2 Aussi important que le reste 259 1048 0.24713740 0.22151849 0.27463695
3 Moins important que le reste 708 1048 0.67557252 0.64614566 0.70369541
4 Peu important 52 1048 0.04961832 0.03762112 0.06502346
273
18.5 webin-R
La statistique univariée est présentée dans le webin-R #03

Tube.
274
19 Statistique bivariée & Tests
de comparaison
19.1 Deux variables catégorielles
19.1.1 Tableau croisé avec gtsummary
Pour regarder le lien entre deux variables catégorielles,

l’approche la plus fréquente consiste à réaliser un tableau
croisé, ce qui s’obtient très facilement avec l’argument by
de la fonction gtsummary::tbl_summary() que nous avons
déjà abordée dans le chapitre sur la statistique univariée (cf.
Section 18.2).
Prenons pour exemple le jeu de données gtsummary::trial et
croisons les variables stage et grade. On indique à by la variable
à représenter en colonnes et à include celle à représenter en
lignes.
library(gtsummary)
theme_gtsummary_language("fr", decimal.mark = ',')
trial |>
tbl_summary(
include = stage,
by = grade
)
275
Table 19.1: un tableau croisé avec des pourcentages en colonne
Caractéristique I, N = 68 II, N = 68 III, N = 64

T Stage
T1 17 (25%) 23 (34%) 13 (20%)
T2 18 (26%) 17 (25%) 19 (30%)
T3 18 (26%) 11 (16%) 14 (22%)
T4 15 (22%) 17 (25%) 18 (28%)
Par défaut, les pourcentages affichés correspondent à des pour-

centages en colonne. On peut demander des pourcentages en
ligne avec percent = "row" ou des pourcentages du total avec
percent = "cell".
Il est possible de passer plusieurs variables à include mais
une seule variable peut être transmise à by. La fonction
gtsummary::add_overall() permet d’ajouter une colonne
totale. Comme pour un tri à plat, on peut personnaliser les
statistiques affichées avec statistic.
library(gtsummary)
trial |>
tbl_summary(
include = c(stage, trt),
by = grade,
statistic = ~ "{p}% ({n}/{N})",
percent = "row"
) |>
add_overall(last = TRUE)

276
Table 19.2: un tableau croisé avec des pourcentages en ligne
I, N = II, N = III, N = Total, N

Caractéristique 68 68 64 = 200
T Stage
T1 32% 43% 25% 100%
(17/53) (23/53) (13/53) (53/53)
T2 33% 31% 35% 100%
(18/54) (17/54) (19/54) (54/54)
T3 42% 26% 33% 100%
(18/43) (11/43) (14/43) (43/43)
T4 30% 34% 36% 100%
(15/50) (17/50) (18/50) (50/50)
Chemotherapy
Treatment
Drug A 36% 33% 32% 100%
(35/98) (32/98) (31/98) (98/98)
Drug B 32% 35% 32% 100%
(33/102) (36/102) (33/102) (102/102)
ĺ Important
Choisissez bien votre type de pourcentages (en lignes ou

en colonnes). Si d’un point de vue purement statistique, ils
permettent tous deux de décrire la relation entre les deux
variables, ils ne correspondent au même story telling. Tout
dépend donc du message que vous souhaitez faire passer,
de l’histoire que vous souhaitez raconter.
gtsummary::tbl_summary() est bien adaptée dans le cadre

d’une analyse de facteurs afin de représenter un outcome donné
avec by et une liste de facteurs avec include.
Lorsque l’on ne croise que deux variables et que l’on souhaite
un affichage un peu plus traditionnel d’un tableau croisé, on
peut utiliser gtsummary::tbl_cross() à laquelle on transmet-
tra une et une seule variable à row et une et une seule variable
à col. Pour afficher des pourcentages, il faudra indiquer le type
de pourcentages voulus avec percent.
277
trial |>
tbl_cross(
row = stage,
col = grade,
percent = "row"
)

Table 19.3: un tableau croisé avec tbl_cross()
I II III Total
T Stage
T1 17 (32%) 23 (43%) 13 (25%) 53 (100%)
T2 18 (33%) 17 (31%) 19 (35%) 54 (100%)
T3 18 (42%) 11 (26%) 14 (33%) 43 (100%)
T4 15 (30%) 17 (34%) 18 (36%) 50 (100%)
Total 68 (34%) 68 (34%) 64 (32%) 200 (100%)
19.1.2 Représentations graphiques
La représentation graphique la plus commune pour le croise-

ment de deux variables catégorielles est le diagramme en barres,
que l’on réalise avec la géométrie ggplot2::geom_bar() et en
utilisant les esthétiques x et fill pour représenter les deux va-
riables.
library(ggplot2)
ggplot(trial) +
aes(x = stage, fill = grade) +
geom_bar() +
labs(x = "T Stage", fill = "Grade", y = "Effectifs")
278
40
Grade
Effectifs
I
II
20 III
0
T1 T2 T3 T4
T Stage
Figure 19.1: un graphique en barres croisant deux variables
On peut modifier la position des barres avec le paramètre

position.
library(ggplot2)
ggplot(trial) +
geom_bar(position = "dodge") +
labs(x = "T Stage", fill = "Grade", y = "Effectifs")
279
20
15 Grade
Effectifs
I
II
10
III
0
T1 T2 T3 T4
T Stage
Figure 19.2: un graphique avec des barres côte à côte
Pour des barres cumulées, on aura recours à position =

"fill". Pour que les étiquettes de l’axe des y soient repré-
sentées sous forme de pourcentages (i.e. 25% au lieu de 0.25),
on aura recours à la fonction scales::percent() qui sera
transmise à ggplot2::scale_y_continuous().
library(ggplot2)
ggplot(trial) +
geom_bar(position = "fill") +
labs(x = "T Stage", fill = "Grade", y = "Proportion") +
scale_y_continuous(labels = scales::percent)
280
100%
75%
Grade
Proportion
I
50%
II
III
25%
0%
T1 T2 T3 T4
T Stage
Figure 19.3: un graphique en barres cumulées
Ď Ajouter des étiquettes sur un diagramme en barres
Il est facile d’ajouter des étiquettes en ayant recours à

ggplot2::geom_text(), à condition de lui passer les bons
paramètres.
Tout d’abord, il faudra préciser stat = "count"
pour indiquer que l’on souhaite utiliser la statistique
ggplot2::stat_count() qui est celle utilisé par défaut
par ggplot2::geom_bar(). C’est elle qui permets de
compter le nombre d’observations.
Il faut ensuite utiliser l’esthétique label pour indiquer ce
que l’on souhaite afficher comme étiquettes. La fonction
after_stat(count) permet d’accéder à la variable count
calculée par ggplot2::stat_count().
Enfin, il faut indiquer la position verticale avec
ggplot2::position_stack(). En précisant un ajuste-
ment de vertical de 0.5, on indique que l’on souhaite po-
sitionner l’étiquette au milieu.
281
ggplot(trial) +
aes(
x = stage, fill = grade,
label = after_stat(count)
) +
geom_bar() +
geom_text(
stat = "count",
position = position_stack(.5)
)
17 18
15
40
18 grade
count
I
17 17
23 II
20 11 III
19 18
13 14
0
T1 T2 T3 T4
stage
Pour un graphique en barres cumulées, on peut uti-

liser de manière similaire ggplot2::position_fill().
On ne peut afficher directement les proportions avec
ggplot2::stat_count(). Cependant, nous pouvons avoir
recours à ggstats::stat_prop(), déjà évoquée dans le
chapitre sur la statistique univariée (cf. Section 18.1.2) et
dont le dénominateur doit être précisé via l’esthétique by.
282
library(ggstats)
ggplot(trial) +
aes(
x = stage,
fill = grade,
by = stage,
label = scales::percent(after_stat(prop), accuracy = .1)
) +
geom_bar(position = "fill") +
geom_text(
stat = "prop",
position = position_fill(.5)
) +
100%
32.1% 33.3% 30.0%

41.9%
75%
grade
count
34.0% I
50% 31.5%
43.4% 25.6% II
III
25%
35.2% 32.6% 36.0%
24.5%
0%
T1 T2 T3 T4
stage
On peut aussi comparer facilement deux distributions, ici

la proportion de chaque niveau de qualification au sein
chaque sexe.
283
p <- ggplot(trial) +
aes(
x = stage,
y = after_stat(prop),
fill = grade,
by = grade,
label = scales::percent(after_stat(prop), accuracy = 1)
) +
geom_bar(
stat = "prop",
position = position_dodge(.9)
) +
geom_text(
aes(y = after_stat(prop) - 0.01),
stat = "prop",
position = position_dodge(.9),
vjust = "top"
) +
p
34%
30%
30%
28%
26% 26%
25% 25% 25%
grade
20% 22% 22%
20% I
prop
II
16%
III
10%
0%
T1 T2 T3 T4
stage
Il est possible d’alléger le graphique en retirant des élé-

ments superflus.
284
p +
theme_light() +
xlab("") +
ylab("") +
labs(fill = "") +
ggtitle("Distribution selon le niveau, par grade") +
theme(
panel.grid = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
axis.text.y = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
legend.position = "top"
) +
scale_fill_brewer()
Distribution selon le niveau, par grade

I II III
34%
30%
28%
26% 26%
25% 25% 25%
22% 22%
20%
16%
T1 T2 T3 T4

R/analyses/ressources/flipbook-geom_bar-dodge.html
Les deux fonctions de base permettant le calcul d’un tri à plat

sont table() et xtabs() (cf. Section 18.3.2). Ces mêmes fonc-
tions permettent le calcul du tri croisé de deux variables (ou
285
plus). Pour table(), on passera les deux vecteurs à croisés,
tandis que pour xtabs() on décrira le tableau attendu à l’aide
d’une formule.
table(trial$stage, trial$grade)
I II III
T1 17 23 13
T2 18 17 19
T3 18 11 14
T4 15 17 18
tab <- xtabs(~ stage + grade, data = trial)

tab
grade
stage I II III
T1 17 23 13
T2 18 17 19
T3 18 11 14
T4 15 17 18
Le tableau obtenu est basique et ne contient que les effectifs. La

fonction addmargins() permet d’ajouter les totaux par ligne et
par colonne.
tab |> addmargins()
grade
stage I II III Sum
T1 17 23 13 53
T2 18 17 19 54
T3 18 11 14 43
T4 15 17 18 50
Sum 68 68 64 200
286
Pour le calcul des pourcentages, le plus simple est d’avoir
recours au package {questionr} qui fournit les fonc-
tions questionr::cprop(), questionr::rprop() et
questionr::prop() qui permettent de calculer, respecti-
vement, les pourcentages en colonne, en ligne et totaux.
questionr::cprop(tab)
grade
stage I II III Ensemble
T1 25.0 33.8 20.3 26.5
T2 26.5 25.0 29.7 27.0
T3 26.5 16.2 21.9 21.5
T4 22.1 25.0 28.1 25.0
Total 100.0 100.0 100.0 100.0
questionr::rprop(tab)
grade
stage I II III Total
T1 32.1 43.4 24.5 100.0
T2 33.3 31.5 35.2 100.0
T3 41.9 25.6 32.6 100.0
T4 30.0 34.0 36.0 100.0
Ensemble 34.0 34.0 32.0 100.0
questionr::prop(tab)
grade
stage I II III Total
T1 8.5 11.5 6.5 26.5
T2 9.0 8.5 9.5 27.0
T3 9.0 5.5 7.0 21.5
T4 7.5 8.5 9.0 25.0
Total 34.0 34.0 32.0 100.0
287
19.1.4 Test du Chi² et dérivés
Dans le cadre d’un tableau croisé, on peut tester l’existence

d’un lien entre les modalités de deux variables, avec le très
classique test du Chi² (parfois écrit �² ou Chi²). Pour une pré-
sentation plus détaillée du test, on pourra se référer à ce cours
de Julien Barnier.
Le test du Chi² peut se calculer très facilement avec la fonction
chisq.test() appliquée au tableau obtenu avec table() ou
xtabs().

tab
grade
stage I II III
T1 17 23 13
T2 18 17 19
T3 18 11 14
T4 15 17 18
chisq.test(tab)
Pearson's Chi-squared test
data: tab
X-squared = 4.8049, df = 6, p-value = 0.5691
Si l’on est adepte de {gtsummary}, il suffit d’appliquer

gtsummary::add_p() au tableau produit avec gtsummary::tbl_summary().
trial |>
tbl_summary(
include = stage,
by = grade
) |>
add_p()
288
Table 19.4: un tableau croisé avec test du khi²
II, N = III, N = p-
Caractéristique
I, N = 68 68 64 valeur
T Stage 0,6
T1 17 (25%) 23 (34%) 13 (20%)
T2 18 (26%) 17 (25%) 19 (30%)
T3 18 (26%) 11 (16%) 14 (22%)
T4 15 (22%) 17 (25%) 18 (28%)
Dans notre exemple, les deux variables stage et grade ne sont

clairement pas corrélées.
Un test alternatif est le test exact de Fisher. Il s’obtient
aisément avec fisher.test() ou bien en le spécifiant via
l’argument test de gtsummary::add_p().

fisher.test(tab)
Fisher's Exact Test for Count Data
data: tab
p-value = 0.5801
alternative hypothesis: two.sided
trial |>
tbl_summary(
include = stage,
by = grade
) |>
add_p(test = all_categorical() ~ "fisher.test")
289
Table 19.5: un tableau croisé avec test exact de Fisher
II, N = III, N = p-
Caractéristique
I, N = 68 68 64 valeur
T Stage 0,6
T1 17 (25%) 23 (34%) 13 (20%)
T2 18 (26%) 17 (25%) 19 (30%)
T3 18 (26%) 11 (16%) 14 (22%)
T4 15 (22%) 17 (25%) 18 (28%)
Ĺ Note
Formellement, le test de Fisher suppose que les marges du

tableau (totaux lignes et colonnes) sont fixées, puisqu’il
repose sur une loi hypergéométrique, et donc celui-ci se
prête plus au cas des situations expérimentales (plans
d’expérience, essais cliniques) qu’au cas des données tirées
d’études observationnelles.
En pratique, le test du Chi² étant assez robuste quant aux
déviations par rapport aux hypothèses d’applications du
test (effectifs théoriques supérieurs ou égaux à 5), le test
de Fisher présente en général peu d’intérêt dans le cas de
l’analyse des tableaux de contingence.
19.1.5 Comparaison de deux proportions
Pour comparer deux proportions, la fonction de base est

prop.test() à laquelle on passera un tableau à 2×2 dimen-
sions.
tab <- xtabs(~ I(stage == "T1") + trt, data = trial)

tab |> questionr::cprop()
290
trt
I(stage == "T1") Drug A Drug B Ensemble
FALSE 71.4 75.5 73.5
TRUE 28.6 24.5 26.5
Total 100.0 100.0 100.0
tab |> prop.test()
2-sample test for equality of proportions with continuity correction
data: tab
X-squared = 0.24047, df = 1, p-value = 0.6239
alternative hypothesis: two.sided
-0.2217278 0.1175050
sample estimates:
prop 1 prop 2
0.4761905 0.5283019
Il est également envisageable d’avoir recours à un test exact de

Fisher. Dans le cas d’un tableau à 2×2 dimensions, le test exact
de Fisher ne teste pas si les deux proportions sont différents,
mais plutôt si leur odds ratio (qui est d’ailleurs renvoyé par la
fonction) est différent de 1.
fisher.test(tab)
Fisher's Exact Test for Count Data
data: tab
p-value = 0.5263
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
0.4115109 1.5973635
sample estimates:
odds ratio
0.8125409
291
Mais le plus simple reste encore d’avoir recours à {gtsummary}
et à sa fonction gtsummary::add_difference() que l’on peut
appliquer à un tableau où le paramètre by n’a que deux moda-
lités. Pour la différence de proportions, il faut que les variables
transmises à include soit dichotomiques.
trial |>
tbl_summary(
by = trt,
include = response
) |>
add_difference()

Table 19.6: différence entre deux proportions
Drug A, Drug B, 95% p-

Caractéristique
N = 98 N = 102 Difference IC valeur
Tumor 28 (29%) 33 (34%) -4,2% -18% 0,6
Response – 9,9%
Manquant 3 4
Attention : si l’on passe une variable catégorielle à trois mo-

dalités ou plus, c’est la différence des moyennes standardisées
(globale pour la variable) qui sera calculée et non la différence
des proportions dans chaque groupe.
trial |>
tbl_summary(
by = trt,
include = grade
) |>
add_difference()
292
Table 19.7: différence moyenne standardisée
Drug A, Drug B, N 95%

Caractéristique
N = 98 = 102 Difference IC
Grade 0,07 -0,20 –
0,35
I 35 (36%) 33 (32%)
II 32 (33%) 36 (35%)
III 31 (32%) 33 (32%)
Pour calculer la différence des proportions pour chaque mo-

dalité de grade, il est nécessaire de transformer, en amont, la
variable catégorielle grade en trois variables dichotomiques (de
type oui/non, une par modalité), ce qui peut se faire facilement
avec la fonction fastDummies::dummy_cols() de l’extension
{fastDummies}.
trial |>
fastDummies::dummy_cols("grade") |>
tbl_summary(
by = trt,
include = starts_with("grade_"),
digits = ~ c(0, 1)
) |>
add_difference()

293
Table 19.8: différence entre proportions avec création de va-
riables dichotomiques

Caractéristique
grade_I 35 33 3,4% -11% 0,7
(35,7%) (32,4%) – 17%
grade_II 32 36 -2,6% -17% 0,8
(32,7%) (35,3%) – 11%
grade_III 31 33 -0,72% -14% >0,9
(31,6%) (32,4%) – 13%
19.2 Une variable continue selon une

variable catégorielle
19.2.1 Tableau comparatif avec gtsummary
Dans le chapitre sur la statistique univariée (cf. Section 18.2),

nous avons abordé comment afficher les statistiques descrip-
tives d’une variable continue avec gtsummary::tbl_summary().
Pour comparer une variable continue selon plusieurs groupes dé-
finis par une variable catégorielle, il suffit d’utiliser le paramètre
by :
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = grade
)

294
Table 19.9: âge médian et intervalle interquartile selon le grade
Caractéristique I, N = 68 II, N = 68 III, N = 64

Age 47 (37 – 56) 49 (37 – 57) 47 (38 – 58)
Manquant 2 6 3
La fonction gtsummary::add_overall() permet d’ajouter

une colonne total et gtsummary::modify_spanning_header()
peut-être utilisé pour ajouter un en-tête de colonne.
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = grade
) |>
add_overall(last = TRUE) |>
modify_spanning_header(
all_stat_cols(stat_0 = FALSE) ~ "**Grade**"
)

Table 19.10: âge médian et intervalle interquartile selon le

grade
I, N = II, N = III, N = Total, N =

Caractéristique 68 68 64 200
Age 47 (37 – 49 (37 – 47 (38 – 47 (38 – 57)
56) 57) 58)
Manquant 2 6 3 11
Comme pour un tri à plat, on peut personnaliser les statistiques

à afficher avec statistic.
295
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = grade,
statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
digits = all_continuous() ~ c(1, 1)
) |>

Table 19.11: âge moyen et écart-type selon le grade
I, N = II, N = III, N = Total, N =

Age 46,2 47,5 48,1 47,2 (14,3)
(15,2) (13,7) (14,1)
Manquant 2 6 3 11
La moyenne ou la médiane sont des indicateurs centraux et ne

suffisent pas à rendre compte des différences de distribution
d’une variable continue entre plusieurs sous-groupes.
Une représentation usuelle pour comparer deux distributions
consiste à avoir recours à des boîtes à moustaches que l’on ob-
tient avec ggplot2::geom_boxplot().
ggplot(trial) +
aes(x = grade, y = age) +
geom_boxplot(fill = "lightblue") +
theme_light()
296
80
60
age
40
20
I II III
grade
Figure 19.4: boîtes à moustache
Ď Astuce
Le trait central représente la médiane, le rectangle est dé-

limité par le premier et le troisième quartiles (i.e. le 25e
et le 75e percentiles). Les traits verticaux vont jusqu’aux
extrêmes (minimum et maximum) ou jusqu’à 1,5 fois
l’intervalle interquartile. Si des points sont situés à plus
d’1,5 fois l’intervalle interquartile au-dessus du 3e quartile
ou en-dessous du 1er quartile, ils sont considérés comme
des valeurs atypiques et représentés par un point. Dans
l’exemple précédent, c’est le cas des deux plus petites va-
leurs observées pour le grade I.
Alternativement, on peut utiliser un graphique en violons qui

représentent des courbes de densité dessinées en miroir.
ggplot(trial) +
geom_violin(fill = "lightblue") +
theme_light()
297
80
60
age
40
20
I II III
grade
Figure 19.5: graphique en violons
Il est toujours possible de représenter les observations indivi-

duelles sous la forme d’un nuage de points. Le paramètre alpha
permet de rendre les points transparents afin de mieux visuali-
ser les superpositions de points.
ggplot(trial) +
geom_point(alpha = .25, colour = "blue") +
theme_light()
298
80
60
age
40
20
I II III
grade
Figure 19.6: un nuage de points avec une variable continue et

une variable catégorielle
Comme la variable grade est catégorielle, tous les points

d’une même modalité sont représentées sur une même ligne.
La représentation peut être améliorée en ajoutant un dé-
calage aléatoire sur l’axe horizontal. Cela s’obtient avec
ggplot2::position_jitter() en précisant height = 0 pour
ne pas ajouter de décalage vertical et width = .2 pour décaler
horizontalement les points entre -20% et +20%.
ggplot(trial) +
geom_point(
alpha = .25,
colour = "blue",
position = position_jitter(height = 0, width = .2)
) +
theme_light()
299
80
60
age
40
20
I II III
grade
Figure 19.7: un nuage de points avec une variable continue et

une variable catégorielle et avec un décalage hori-
zontal aléatoire
La statistique ggstats::stat_weighted_mean() de
{ggstats} permets de calculer à la volée la moyenne du
nuage de points.
ggplot(trial) +
geom_point(stat = "weighted_mean", colour = "blue") +
theme_light()
300
48.0
47.5
age
47.0
46.5
I II III
grade
Figure 19.8: âge moyen selon le grade
Cela peut être utile pour effectuer des comparaisons mul-

tiples.
ggplot(trial) +
aes(x = grade, y = age, colour = stage, group = stage) +
geom_line(stat = "weighted_mean") +
geom_point(stat = "weighted_mean") +
facet_grid(cols = vars(trt)) +
theme_light()
301
Drug A Drug B
55
stage
T1
50
age
T2
T3
T4
45
I II III I II III
grade
Figure 19.9: âge moyen selon le grade, par traitement et état

d’avancement de la maladie
Le plus simple pour calculer des indicateurs par sous-

groupe est d’avoir recours à dplyr::summarise() avec
dplyr::group_by().
library(dplyr)
trial |>
group_by(grade) |>
summarise(
age_moy = mean(age, na.rm = TRUE),
age_med = median(age, na.rm = TRUE)
)
# A tibble: 3 x 3
grade age_moy age_med
<fct> <dbl> <dbl>
1 I 46.2 47
2 II 47.5 48.5
3 III 48.1 47
302
En base R, on peut avoir recours à tapply(). On lui indique
d’abord le vecteur sur lequel on souhaite réaliser le calcul, puis
un facteur qui indiquera les sous-groupes, puis une fonction
qui sera appliquée à chaque sous-groupe et enfin, optionnelle-
ment, des arguments additionnels qui seront transmis à cette
fonction.
tapply(trial$age, trial$grade, mean, na.rm = TRUE)
I II III
46.15152 47.53226 48.11475
19.2.4 Tests de comparaison
Pour comparer des moyennes ou des médianes, le plus facile

est encore d’avoir recours à {gtsummary} et sa fonction
gtsummary::add_p().
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = grade
) |>
add_p()

Table 19.12: test de comparaison sur la somme des rangs
II, N = III, N = p-
Caractéristique
I, N = 68 68 64 valeur
Age 47 (37 – 49 (37 – 47 (38 – 0,8
56) 57) 58)
Manquant 2 6 3
303
Par défaut, pour les variables continues, un test de Kruskal-
Wallis calculé avec la fonction stats::kruskal.test() est uti-
lisé lorsqu’il y a trois groupes ou plus, et un test de Wilcoxon-
Mann-Whitney calculé avec stats::wilcox.test() (test de
comparaison des rangs) lorsqu’il n’y a que deux groupes. Au
sens strict, il ne s’agit pas de tests de comparaison des mé-
dianes mais de tests sur la somme des rangs26 . En pratique, ces 26
Si l’on a besoin spécifique-
tests sont appropriés lorsque l’on présente les médianes et les ment d’un test de comparaison
des médianes, il existe le test
intervalles inter-quartiles.
de Brown-Mood disponible dans
Si l’on affiche des moyennes, il serait plus juste d’utiliser un le package {coin} avec la fonc-
tion coin::median_test(). Atten-
test t de Student (test de comparaison des moyennes) calculé tion, il ne faut pas confondre ce
avec stats::t.test(), valable seulement si l’on compare deux test avec le test de dispersion de
moyennes. Pour tester si trois moyennes ou plus sont égales, on Mood implémenté dans la fonction
aura plutôt recours à stats::oneway.test(). stats::mood.test().
On peut indiquer à gtsummary::add_p() le test à utiliser avec

le paramètre test.
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = grade,
statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({sd})"
) |>
add_p(
test = all_continuous() ~ "oneway.test"
)
Multiple parameters; naming those columns num.df, den.df

304
Table 19.13: test de comparaison des moyennes
II, N = III, N = p-
Caractéristique
I, N = 68 68 64 valeur
Age 46 (15) 48 (14) 48 (14) 0,7
Manquant 2 6 3
ĺ Précision statistique
Classiquement, le test t de Student présuppose l’égalité

des variances entre les deux sous-groupes, ce qui permet
de former une estimation commune de la variance des deux
échantillons (on parle de pooled variance), qui revient à
une moyenne pondérée des variances estimées à partir des
deux échantillons. Pour tester l’égalité des variances de
deux échantillons, on peut utiliser stats::var.test().
Dans le cas où l’on souhaite relaxer cette hypothèse
d’égalité des variances, le test de Welch ou la correction de
Satterthwaite reposent sur l’idée que l’on utilise les deux
estimations de variance séparément, suivie d’une approxi-
mation des degrés de liberté pour la somme de ces deux
variances.
Par défaut, la fonction stats::t.test() réalise un test
de Welch. Pour un test classique de Student, il faut lui
préciser var.equal = TRUE.
De manière similaire, stats::oneway.test() ne présup-
pose pas, par défaut, l’égalité des variances et généra-
lise donc le test de Welch au cas à trois modalités ou
plus. Cependant, on peut là encore indiquer var.equal
= TRUE, auquel cas une analyse de variance (ANOVA)
classique sera réalisée, que l’on peut aussi obtenir avec
stats::aov().
Il est possible d’indiquer à gtsummary::add_p() des ar-
guments additionnels à passer à la fonction utilisée pour
réaliser le test :
305
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = trt,
) |>
add_p(
test = all_continuous() ~ "t.test",
test.args = all_continuous() ~ list(var.equal = TRUE)
)

Drug A, N Drug B, N p-
Caractéristique = 98 = 102 valeur
Age 47 (15) 47 (14) 0,8
Manquant 7 4
19.2.5 Différence de deux moyennes
La fonctions gtsummary::add_difference() permet, pour

une variable continue et si la variable catégorielle spécifiée via
by n’a que deux modalités, de calculer la différence des deux
moyennes, l’intervalle de confiance de cette différence et test
si cette différence est significativement différente de 0 avec
stats::t.test().
trial |>
tbl_summary(
include = age,
by = trt,
) |>
add_difference()
306
Table 19.15: différence de deux moyennes

Caractéristique
Age 47 (15) 47 (14) -0,44 -4,6 – 0,8
3,7
Manquant 7 4
19.3 Deux variables continues
La comparaison de deux variables continues se fait en pre-

mier lieu graphique, en représentant, via un nuage de points,
l’ensemble des couples de valeurs. Notez ici l’application d’un
niveau de transparence (alpha) afin de faciliter la lecture des
points superposés.
ggplot(iris) +
aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width) +
geom_point(colour = "blue", alpha = .25) +
theme_light()
307
2.5
2.0
Petal.Width
1.5
1.0
0.5
0.0
2 4 6
Petal.Length
Figure 19.10: nuage de points
La géométrie ggplot2::geom_smooth() permets d’ajouter

une courbe de tendance au graphique, avec son intervalle de
confiance. Par défaut, il s’agit d’une régression polynomiale
locale obtenue avec stats::loess().
ggplot(iris) +
geom_smooth() +
theme_light()
308
2.5
2.0
Petal.Width
1.5
1.0
0.5
0.0
2 4 6
Petal.Length
Figure 19.11: nuage de points avec une courbe de tendance
Pour afficher plutôt la droite de régression linéaire entre les

deux variables, on précisera method = "lm".
ggplot(iris) +
geom_smooth(method = "lm") +
theme_light()
309
2
Petal.Width
2 4 6
Petal.Length
Figure 19.12: nuage de points avec droite de régression linéaire
Ď Astuce pour afficher l’intercept
Supposons que nous souhaitions montrer l’endroit où la

droite de régression coupe l’axe des ordonnées (soit le
point sur l’axe y pour x = 0).
Nous pouvons étendre la surface du graphique avec
ggplot2::expand_limits(). Cependant, cela n’étend
pas pour autant la droite de régression.
ggplot(iris) +
theme_light() +
expand_limits(x = 0, y = -0.5)
`geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'
310
2
Petal.Width
0 2 4 6
Petal.Length
Une solution simple consiste à utiliser l’option fullrange

= TRUE dans ggplot2::geom_smooth() pour étendre la
droite de régression à l’ensemble du graphique.
ggplot(iris) +
geom_smooth(method = "lm", fullrange = TRUE) +
theme_light() +
311
2
Petal.Width
0 2 4 6
Petal.Length
On peut contrôler plus finement la partie de droite à affi-

cher avec l’argument xseq (liste des valeurs pour lesquelles
on prédit et affiche le lissage). On peut coupler deux ap-
pels à ggplot2::geom_smooth() pour afficher l’extension
de la droite vers la gauche en pointillés. L’option se =
FALSE permet de ne pas calculer d’intervalles de confiance
pour ce second appel.
ggplot(iris) +
geom_smooth(
method = "lm",
xseq = seq(0, 1, by = .1),
linetype = "dotted",
se = FALSE
) +
theme_light() +

312
2
Petal.Width
0 2 4 6
Petal.Length
La géométrie ggplot2::geom_rug() permet d’afficher une re-

présentation synthétique de la densité de chaque variable sur
les deux axes.
ggplot(iris) +
geom_rug() +
theme_light()
313
2
Petal.Width
2 4 6
Petal.Length
Figure 19.13: nuage de points avec représentation synthétique

des densités marginales
19.3.2 Tester la relation entre les deux variables
Si l’on a besoin de calculer le coefficient de corrélation de Pear-

son entre deux variables, on aura recours à stats::cor().
cor(iris$Petal.Length, iris$Petal.Width)
[1] 0.9628654
Pour aller plus loin, on peut calculer une régression linéaire

entre les deux variables avec stats::lm().
m <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width, data = iris)

summary(m)
Call:
lm(formula = Petal.Length ~ Petal.Width, data = iris)
Residuals:
314
Min 1Q Median 3Q Max
-1.33542 -0.30347 -0.02955 0.25776 1.39453
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.08356 0.07297 14.85 <2e-16 ***
Petal.Width 2.22994 0.05140 43.39 <2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
Residual standard error: 0.4782 on 148 degrees of freedom

Multiple R-squared: 0.9271, Adjusted R-squared: 0.9266
F-statistic: 1882 on 1 and 148 DF, p-value: < 2.2e-16
Les résultats montrent une corrélation positive et significative

entre les deux variables.
Pour une présentation propre des résultats de la régression
linéaire, on utilisera gtsummary::tbl_regression(). La
fonction gtsummary::add_glance_source_note() permet
d’ajouter différentes statistiques en notes du tableau de
résultats.
m |>
tbl_regression() |>
add_glance_source_note()

Caractéristique Beta 95% IC p-valeur

Petal.Width 2,2 2,1 – 2,3 <0,001
19.4 Matrice de corrélations
Le package {GGally} et sa fonction GGally::ggpairs() per-

mettent de représenter facilement une matrice de corrélation
315
entre plusieurs variables, tant quantitatives que qualitatives.
library(GGally)
ggpairs(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
Sepal.Length
0.4
0.3 Corr: Corr: Corr:
0.2
0.1 −0.118 0.872*** 0.818***
0.0
Sepal.Width
4.5
4.0 Corr: Corr:
3.5
3.0
2.5 −0.428*** −0.366***
2.0
Petal.Length
6
Corr:
4
2 0.963***
Petal.Width Species
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
7.5
5.0
2.5
0.0
7.5
5.0
2.5
0.0
7.5
5.0
2.5
0.0
5 6 7 8 2.02.53.03.54.04.5 2 4 6 0.00.51.01.52.02.5 setosa
versicolor
virginica
Figure 19.14: une matrice de corrélation avec ggpairs()
GGally::ggpairs() et sa petite sœur GGally::ggduo()

offrent de nombreuses options de personnalisation qui sont
détaillées sur le site dédié du package.
ggpairs(trial, mapping = aes(colour = trt))
316
trt age marker stage grade response death ttdeath
100
75
trt
50
25
80
Corr: −0.003 Corr: 0.124. Corr: 0.076 Corr: −0.051
60
Drug A: 0.054 Drug A: 0.134 Drug A: 0.146 Drug A: −0.096
age
40
20 Drug B: −0.053 Drug B: 0.115 Drug B: 0.004 Drug B: −0.009
4
Corr: 0.123. Corr: −0.048 Corr: 0.083
3
marker
2 Drug A: 0.106 Drug A: 0.146 Drug A: −0.061
1
Drug B: 0.155 Drug B: −0.230* Drug B: 0.191.
0
30
20
10
0
30
20
10
stage
0
30
20
10
0
30
20
10
0
30
20
10
0
30
grade
20
10
0
30
20
10
0
1.00
Corr: −0.220** Corr: 0.204**
0.75
response
0.50
Drug A: −0.113 Drug A: 0.086
0.25
Drug B: −0.331*** Drug B: 0.317**
0.00
1.00
Corr: −0.737***
0.75
death
0.50
Drug A: −0.714***
0.25
Drug B: −0.759***
0.00
25
20
ttdeath
15
10
0 10 20 30 40 500 10 20 30 40 50 20 40 60 80 0 1 2 3 4 0 1020300 1020300 1020300 102030 0 102030 0 102030 0 102030 0.00 0.25 0.50 0.75 1.000.00 0.25 0.50 0.75 1.00 5 10 15 20 25
Figure 19.15: un second example de matrice de corrélation
19.5 webin-R
La statistique univariée est présentée dans le webin-R #03

Tube.
317
20 Échelles de Likert
Les échelles de Likert tirent leur nom du psychologue américain

Rensis Likert qui les a développées. Elles sont le plus souvent
utilisées pour des variables d’opinion. Elles sont codées sous
forme de variable catégorielle et chaque item est codé selon
une graduation comprenant en général cinq ou sept choix de
réponse, par exemple : Tout à fait d’accord, D’accord, Ni en
désaccord ni d’accord, Pas d’accord, Pas du tout d’accord.
Pour les échelles à nombre impair de choix, le niveau central
permet d’exprimer une absence d’avis, ce qui rend inutile une
modalité « Ne sait pas ». Les échelles à nombre pair de moda-
lités voient l’omission de la modalité neutre et sont dites « à
choix forcé ».
20.1 Exemple de données
Générons un jeu de données qui nous servira pour les différents

exemples.
library(tidyverse)

v purrr 1.0.1
318
library(labelled)
niveaux <- c(
"Pas du tout d'accord",
"Plutôt pas d'accord",
"Ni d'accord, ni pas d'accord",
"Plutôt d'accord",
"Tout à fait d'accord"
)
set.seed(42)
df <-
tibble(
groupe = sample(c("A", "B"), 150, replace = TRUE),
q1 = sample(niveaux, 150, replace = TRUE),
q2 = sample(niveaux, 150, replace = TRUE, prob = 5:1),
q5 = sample(c(niveaux, NA), 150, replace = TRUE),
q6 = sample(niveaux, 150, replace = TRUE, prob = c(1, 0, 1, 1, 0))
) |>
mutate(across(q1:q6, ~ factor(.x, levels = niveaux))) |>
q1 = "Première question",
q2 = "Seconde question",
q3 = "Troisième question",
q4 = "Quatrième question",
q5 = "Cinquième question",
q6 = "Sixième question"
)
20.2 Tableau de fréquence
On peut tout à fait réaliser un tableau de fréquence classique

avec gtsummary::tbl_summary().
library(gtsummary)
df |>
tbl_summary(include = q1:q6)
319
Characteristic N = 150
Première question
Pas du tout d’accord 39 (26%)
Plutôt pas d’accord 32 (21%)
Ni d’accord, ni pas d’accord 25 (17%)
Plutôt d’accord 30 (20%)
Tout à fait d’accord 24 (16%)
Seconde question
Tout à fait d’accord 5 (3.3%)
Troisième question
Pas du tout d’accord 8 (5.3%)
Quatrième question
Pas du tout d’accord 11 (7.3%)
Cinquième question
Unknown 23
Sixième question
320
Characteristic N = 150
Cependant, cela produit un tableau inutilement long, d’autant

plus que les variables q1 à q6 ont les mêmes modalités de
réponse. Le package {bstfun} propose une fonction expéri-
mentale bstfun::tbl_likert() offrant un affichage plus com-
pact.
ĺ Important
Ce package n’est pas disponible sur CRAN :

il est donc nécessaire de l’installer de-
puis GitHub avec la commande suivante :
remotes::install_github("MSKCC-Epi-Bio/bstfun").
Si vous êtes sous Windows, il vous faudra pro-
bablement installer au préalable RTools qui
peut être téléchargé à l’adresse h t t p s : / / c r a n .r -
project.org/bin/windows/Rtools/.
library(bstfun)
Attachement du package : 'bstfun'
L'objet suivant est masqué depuis 'package:gtsummary':
trial
df |>
tbl_likert(
include = q1:q6
)
321
Ni
Pas du Plutôt d’accord, Tout à
tout pas ni pas Plutôt fait
Characteristic
d’accord d’accord d’accord d’accordd’accord
Première 39 32 25 (17%) 30 24
ques- (26%) (21%) (20%) (16%)
tion
Seconde 56 44 19 (13%) 26 5 (3.3%)
ques- (37%) (29%) (17%)
tion
Troisième8 (5.3%) 17 29 (19%) 43 53
ques- (11%) (29%) (35%)
tion
Quatrième 11 19 31 (21%) 40 49
ques- (7.3%) (13%) (27%) (33%)
tion
Cinquième 33 25 28 (22%) 25 16
ques- (26%) (20%) (20%) (13%)
tion
Sixième 50 0 (0%) 50 (33%) 50 0 (0%)
ques- (33%) (33%)
tion
On peut utiliser add_n() pour ajouter les effectifs totaux et

add_continuous_stat() pour ajouter une statistique continue
en traitant la variable comme un score (ici nous allons attribuer
les valeurs -2, -1, 0, +1 et +2).
df |>
tbl_likert(
include = q1:q6,
statistic = ~ "{p}%"
) |>
add_n() |>
add_continuous_stat(score_values = -2:2)
322
Pas Ni
du Plutôt d’accord, Tout
tout pas ni pas Plutôt à fait
Characteristic
N d’accordd’accordd’accord d’accordd’accordMean
Première
150 26% 21% 17% 20% 16% -
ques- 0.21
tion
Seconde150 37% 29% 13% 17% 3.3% -
ques- 0.80
tion
Troisième
150 5.3% 11% 19% 29% 35% 0.77
ques-
tion
Quatrième
150 7.3% 13% 21% 27% 33% 0.65
ques-
tion
127 26%
Cinquième 20% 22% 20% 13% -
ques- 0.27
tion
Sixième150 33% 0% 33% 33% 0% -
ques- 0.33
tion
20.3 Représentations graphiques
À partir de sa version 0.3.0, le package {ggstats} propose une

fonction ggstats::gglikert() pour représenter des données
de Likert sous forme d’un diagramme en barre centré sur la
modalité centrale.
library(ggstats)
gglikert(df, include = q1:q6)
323
Première question 47% 26% 21% 17% 20% 16% 36%
Seconde question 67% 37% 29% 13% 17% 21%
Troisième question 17% 5%11% 19% 29% 35% 64%
Quatrième question 20% 7%13% 21% 27% 33% 59%
Cinquième question 46% 26% 20% 22% 20% 13% 32%
Sixième question 33% 33% 33% 33% 33%
50% 0% 50%
Pas du tout d'accord Plutôt pas d'accord Ni d'accord, ni pas d'accord Plutôt d'accord Tout à fait d'accord
Par défaut, les pourcentages totaux ne prennent pas en

compte la modalité centrale (lorsque le nombre de moda-
lité est impair). On peut inclure la modalité centrale avec
totals_include_center = TRUE, auquel cas la modalité
centrale seront comptabilisée pour moitié de chaque côté. Le
paramètre sort permet de trier les modalités (voir l’aide de
ggstats::gglikert() pour plus de détails sur les différentes
méthodes de tri).
df |>
gglikert(
include = q1:q6,
totals_include_center = TRUE,
sort = "ascending"
) +
guides(
fill = guide_legend(nrow = 2)
)
324
Seconde question 73% 37% 29% 13% 17% 27%
Cinquième question 57% 26% 20% 22% 20% 13% 43%
Première question 56% 26% 21% 17% 20% 16% 44%
Sixième question 50% 33% 33% 33% 50%
Quatrième question 30% 7%13% 21% 27% 33% 70%
Troisième question 26% 5%11% 19% 29% 35% 74%
50% 0% 50%
Pas du tout d'accord Ni d'accord, ni pas d'accord Tout à fait d'accord

Plutôt pas d'accord Plutôt d'accord
Il est possible de séparer les résultats par sous-groupe avec des

facettes.
df |>
gglikert(
include = q1:q6,
facet_cols = vars(groupe)
)
A B
Première question 51% 30%20%20%

16%
13% 29%44% 22%22%
14%
23%19% 42%
Seconde question 65%29% 36%14%

19% 20%68% 44% 23%
11%
16% 21%
Troisième question 10% 6%

17%28% 45% 72%22% 6%
16%
21%30% 27% 57%
Quatrième question 22% 7%

14%
22% 33% 23% 57%19% 7%
11%
20%21% 41% 62%
Cinquième question 41% 21%21%25%19%

14% 33%50% 31%19%
19%20%
11% 31%
Sixième question 28% 28% 29% 43% 43%38% 38% 37% 25% 25%
50% 0% 50% 50% 0% 50%
325
df |>
gglikert(
include = q1:q6,
y = "groupe",
facet_rows = vars(.question),
facet_label_wrap = 15
)
PremièreSeconde
questionquestionquestionquestionquestionquestion
A 51% 30% 20% 20% 16% 13% 29%
B 44% 22% 22% 14% 23% 19% 42%
A 65% 29% 36% 14% 19% 20%
B 68% 44% 23% 11% 16% 21%
Troisième
A 10% 6% 17% 28% 45% 72%
B 22% 6% 16% 21% 30% 27% 57%
Quatrième
A 22% 7% 14% 22% 33% 23% 57%
B 19% 7%11% 20% 21% 41% 62%
Cinquième
A 41% 21% 21% 25% 19% 14% 33%
B 50% 31% 19% 19% 20% 11% 31%
Sixième
A 28% 28% 29% 43% 43%
B 38% 38% 37% 25% 25%
50% 0% 50%
Une représentation alternative consiste à réaliser un graphique

en barres classiques, ce que l’on peut aisément obtenir avec
ggstats::gglikert_stacked().
df |>
gglikert_stacked(
include = q1:q6,
sort = "ascending",
add_median_line = TRUE
)
326
Seconde question 37% 29% 13% 17%
Cinquième question 26% 20% 22% 20% 13%
Sixième question 33% 33% 33%
Première question 26% 21% 17% 20% 16%
Quatrième question 7% 13% 21% 27% 33%
Troisième question 5% 11% 19% 29% 35%
0% 25% 50% 75% 100%
327
21 Régression linéaire
Un modèle de régression linéaire est un modèle de régression

qui cherche à établir une relation linéaire entre une variable
continue, dite expliquée, et une ou plusieurs variables, dites
explicatives.
21.1 Modèle à une seule variable explicative

continue
Nous avons déjà abordé très rapidement la régression linéaire

dans le chapitre sur la statistique bivariée (cf. Section 19.3).
Reprenons le même exemple à partir du jeu de données iris
qui comporte les caractéristiques de 150 fleurs de trois espèces
différentes d’iris. Nous cherchons dans un premier temps à ex-
plorer la relation entre la largeur (Petal.Width) et la longueur
des pétales (Petal.Length). Représentons cette relation sous la
forme d’un nuage de points.
library(tidyverse)
ggplot(iris) +
labs(x = "Longueur", y = "Largeur") +
theme_light()
328
2.5
2.0
1.5
Largeur
1.0
0.5
0.0
2 4 6
Longueur
Figure 21.1: Relation entre la largeur et la longueur des pétales

(nuage de points)
Il semble bien qu’il y a une relation linéaire entre ces deux

variables, c’est-à-dire que la relation entre ces deux variables
peut être représentée sous la forme d’une droite. Pour cela, on
va rechercher la droite telle que la distance entre les points ob-
servés et la droite soit la plus petite possible. Cette droite peut
être représentée graphique avec ggplot2::geom_smooth() et
l’option method = "lm" :
ggplot(iris) +
theme_light()
329
2
Largeur
2 4 6
Longueur
Figure 21.2: Relation linéaire entre la largeur et la longueur des

pétales
La fonction de base pour calculer une régression linéaire est la

fonction stats::m(). On doit en premier lieu spécifier le mo-
dèle à l’aide d’une formule : on indique la variable à expliquer
dans la partie gauche de la formule et la variable explicative
dans la partie droite, les deux parties étant séparées par un
tilde27 (~). 27
Avec un clavier français, sous Win-
dows, le caractère tilde s’obtient en
Dans le cas présent, la variable Petal.Width fait office de va- pressant simultanément les touches
riable à expliquer et Petal.Length de variable explicative. Le Alt Gr et 7.
modèle s’écrit donc Petal.Width ~ Petal.Length.
mod <- lm(Petal.Width ~ Petal.Length, data = iris)

mod
Call:
lm(formula = Petal.Width ~ Petal.Length, data = iris)
Coefficients:
(Intercept) Petal.Length
-0.3631 0.4158
330
Le résultat comporte deux coefficients. Le premier, d’une valeur
de 0, 4158, est associé à la variable Petal.Length et indique la
pente de la courbe (on parle de slope en anglais). Le second,
d’une valeur de −0, 3631, représente l’ordonnée à l’origine (in-
tercept en anglais), c’est-à-dire la valeur estimée de Petal.Width
lorsque Petal.Length vaut 0. Nous pouvons rendre cela plus vi-
sible en élargissant notre graphique.
ggplot(iris) +
geom_abline(
intercept = mod$coefficients[1],
slope = mod$coefficients[2],
linewidth = 1,
colour = "red"
) +
geom_vline(xintercept = 0, linewidth = 1, linetype = "dotted") +
expand_limits(x = 0, y = -1) +
theme_light()
2
Largeur
−1
0 2 4 6
Longueur
Figure 21.3: Relation linéaire entre la largeur et la longueur des

pétales (représentation graphique de l’intercept)
331
Le modèle linéaire calculé estime donc que le relation entre nos
deux variables peut s’écrire sous la forme suivante :
𝑃 𝑒𝑡𝑎𝑙.𝑊 𝑖𝑑𝑡ℎ = 0, 4158 ⋅ 𝑃 𝑒𝑡𝑎𝑙.𝐿𝑒𝑛𝑔𝑡ℎ − 0, 3631
Le package {gtsummary} fournit gtsummary::tbl_regression(),

une fonction bien pratique pour produire un tableau propre
avec les coefficients du modèle, leur intervalle de confiance à
95% et leur p-valeurs28 . On précisera intercept = TRUE pour 28
Si l’on a besoin de ces informations
forcer l’affichage de l’intercept qui est masqué par défaut. sous la forme d’un tableau de don-
nées classique, on pourra se référer à
broom.helpers::tidy_plus_plus(),
library(gtsummary) utilisée de manière sous-jacente
mod %>% par gtsummary::tbl_regression(),
tbl_regression(intercept = TRUE) ainsi qu’à la méthode broom::tidy().
Ces fonctions sont génériques et peut
être utilisées avec une très grande
variété de modèles.
Table 21.1: un tableau mis en forme des coefficients du modèle
Characteristic Beta 95% CI p-value

(Intercept) -0.36 -0.44, -0.28 <0.001
Petal.Length 0.42 0.40, 0.43 <0.001
Les p-valeurs calculées nous indique si le coefficient est statis-

tiquement différent de 0. En effet, pour la variable explicative,
cela nous indique si la relation est statistiquement significative.
Le signe du coefficient (positif ou négatif) nous indique le sens
de la relation.
Ď Astuce
Dans certains cas, si l’on suppose que la relation entre

les deux variables est proportionnelle, on peut souhaiter
calculer un modèle sans intercept. Par défaut, R ajoute un
intercept à ses modèles. Pour forcer le calcul d’un modèle
sans intercept, on ajoutera - 1 à la formule définissant le
332
modèle.
lm(Petal.Width ~ Petal.Length - 1, data = iris)
Call:
lm(formula = Petal.Width ~ Petal.Length - 1, data = iris)
Coefficients:
Petal.Length
0.3365
21.2 Modèle à une seule variable explicative

catégorielle
Si dans un modèle linéaire la variable à expliquer est nécessaire-

ment continue, il est possible de définir une variable explicative
catégorielle. Prenons la variable Species.
library(labelled)
iris %>% look_for("Species")

versicolor
virginica
Il s’agit d’un facteur à trois modalités. Par défaut, la première

valeur du facteur (ici setosa) va servir de modalité de réfé-
rence.
mod <- lm(Petal.Width ~ Species, data = iris)

mod
Call:
333
lm(formula = Petal.Width ~ Species, data = iris)
Coefficients:
(Intercept) Speciesversicolor Speciesvirginica
0.246 1.080 1.780
mod %>%
tbl_regression(intercept = TRUE)

Table 21.2: régression linaire avec une variable explicative caté-

gorielle

(Intercept) 0.25 0.19, 0.30 <0.001
Species
setosa — —
versicolor 1.1 1.0, 1.2 <0.001
virginica 1.8 1.7, 1.9 <0.001
Dans ce cas de figure, l’intercept représente la situation à la

référence, donc pour l’espèce setosa.
Calculons les moyennes par espèce :
iris %>%
group_by(Species) %>%
summarise(mean(Petal.Width))
# A tibble: 3 x 2
Species `mean(Petal.Width)`
<fct> <dbl>
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.33
3 virginica 2.03
334
Comme on le voit, l’intercept nous indique donc la moyenne
observée pour l’espèce de référence (0, 246).
Le coefficient associé à versicolor correspond à la différence
par rapport à la référence (ici +1, 080). Comme vous pouvez le
constater, il s’agit de la différence entre la moyenne observée
pour versicolor (1, 326) et celle de la référence setosa (0, 246) :
1, 326 − 0, 246 = 1, 080.
Ce coefficient est significativement différent de 0 (p<0,001), in-
diquant que la largeur des pétales diffère significativement entre
les deux espèces.
Ď Astuce
Lorsque l’on calcule le même modèle sans intercept, les

coefficients s’interprètent un différemment :
lm(Petal.Width ~ Species - 1, data = iris)
Call:
lm(formula = Petal.Width ~ Species - 1, data = iris)
Coefficients:
Speciessetosa Speciesversicolor Speciesvirginica
0.246 1.326 2.026
En l’absence d’intercept, trois coefficients sont calculés et

il n’y a plus ici de modalité de référence. Chaque coeffi-
cient représente donc la moyenne observée pour chaque
modalité.
On appelle contrastes les différents manières de coder
des variables catégorielles dans un modèle. Nous y re-
viendrons plus en détail dans un chapitre dédié (cf. Cha-
pitre 25).
335
21.3 Modèle à plusieurs variables explicatives
Un des intérêts de la régression linéaire est de pouvoir estimer

un modèle multivarié, c’est-à-dire avec plusieurs variables expli-
catives. Pour cela, on listera les différentes variables explicatives
dans la partie droite de la formule, séparées par le symbole +.
mod <- lm(

Petal.Width ~ Petal.Length + Sepal.Width + Sepal.Length + Species,
data = iris
)
mod
Call:
lm(formula = Petal.Width ~ Petal.Length + Sepal.Width + Sepal.Length +
Species, data = iris)
Coefficients:
(Intercept) Petal.Length Sepal.Width Sepal.Length
-0.47314 0.24220 0.24220 -0.09293
Speciesversicolor Speciesvirginica
0.64811 1.04637
mod %>%
tbl_regression(intercept = TRUE)

Table 21.3: régression linaire avec plusieurs variables explica-

tives

(Intercept) -0.47 -0.82, -0.12 0.008
Petal.Length 0.24 0.15, 0.34 <0.001
336
Sepal.Width 0.24 0.15, 0.34 <0.001
Sepal.Length -0.09 -0.18, 0.00 0.039
Species
setosa — —
versicolor 0.65 0.40, 0.89 <0.001
virginica 1.0 0.72, 1.4 <0.001
Ce type de modèle permet d’estimer l’effet de chaque variable

explicative, toutes choses égales par ailleurs. Dans le cas présent,
on s’aperçoit que la largeur des pétales diffère significativement
selon les espèces, est fortement corrélée positivement à la lon-
gueur du pétale et la largeur du sépale et qu’il y a, lorsque l’on
ajuste sur l’ensemble des autres variables, une relation négative
(faiblement significative) avec la longueur du sépale.
Lorsque le nombre de coefficients est élevé, une représentation
graphique est souvent plus facile à lire qu’un tableau. On parle
alors de graphique en forêt ou forest plot en anglais. Rien de plus
facile ! Il suffit d’avoir recours à ggstats::ggcoef_model().
library(ggstats)
ggcoef_model(mod)
Petal.Length
(p<0.001***)
Sepal.Width
(p<0.001***)
Sepal.Length
(p=0.039*)
Species
setosa
versicolor (p<0.001***)
virginica (p<0.001***)
0.0 0.5 1.0

Beta
p = 0.05 p > 0.05
Figure 21.4: un graphique en forêt des coefficients du modèle
337
22 Régression logistique
binaire
Dans le chapitre précédent (Chapitre 21), nous avons abordé

la régression linéaire pour les variables continues. Pour analy-
ser une variable catégorielle, il est nécessaire d’avoir recours à
d’autres types de modèles. Les modèles linéaires généralisés (ge-
neralized linear models ou GLM en anglais) sont une généralisa-
tion de la régression linéaire grâce à l’utilisation d’une fonction
de lien utilisée pour transformer la variable à expliquer et pou-
voir ainsi retomber sur un modèle linéaire classique. Il existe
de multiples fonctions de lien correspondant à tout autant de
modèles. Par exemple, on pourra utiliser un modèle de Poisson
pour une variable entière positive ou un modèle d’incidence.
Pour une variable binaire (c’est-à-dire du type oui / non ou
vrai / faux), les modèles les plus courants utilisent les fonctions
de lien probit ou logit, cette dernière fonction correspondent
à la régression logistique binaire (modèle logit). Comme
pour la régression linéaire, les variables explicatives peuvent
être continues et/ou catégorielles.
22.1 Préparation des données
Dans ce chapitre, nous allons encore une fois utiliser les

données de l’enquête Histoire de vie, fournies avec l’extension
{questionr}.
data(hdv2003, package = "questionr")

d <- hdv2003
À titre d’exemple, nous allons étudier l’effet de l’âge, du sexe,

du niveau d’étude, de la pratique religieuse et du nombre moyen
338
d’heures passées à regarder la télévision par jour sur la proba-
bilité de pratiquer un sport.
En premier lieu, il importe de vérifier, par exemple avec
labelled::look_for(), que notre variable d’intérêt (ici
sport) est correctement codée, c’est-à-dire que la première
modalité correspondent à la référence (soit ne pas avoir vécu
l’évènement d’intérêt) et que la seconde modalité corresponde
au fait d’avoir vécu l’évènement.
library(labelled)
d |> look_for("sport")

19 sport — fct 0 Non
Oui
Dans notre exemple, la modalité Non est déjà la première mo-

dalité. Il n’y a donc pas besoin de modifier notre variable.
Il faut également la présence éventuelle de données manquantes
(NA)29 . Les observations concernées seront tout simplement ex- 29
Pour visualiser le nombre
clues du modèle lors de son calcul. Ce n’est pas notre cas ici. de données manquantes (NA) de
l’ensemble des variables d’un ta-
bleau, on pourra avoir recours à
Ď Astuce questionr::freq.na().
Alternativement, on pourra aussi coder notre variable à

expliquer sous forme booléenne (FALSE / TRUE) ou numé-
riquement en 0/1.
Il est possible d’indiquer un facteur à plus de deux mo-
dalités. Dans une telle situation, R considérera que tous
les modalités, sauf la modalité de référence, est une réa-
lisation de la variable d’intérêt. Cela serait correct, par
exemple, si notre variable sport était codée ainsi : Non,
Oui, de temps en temps, Oui, régulièrement. Cependant,
afin d’éviter tout risque d’erreur ou de mauvaise interpré-
tation, il est vivement conseillé de recoder au préalable sa
variable d’intérêt en un facteur à deux modalités.
La notion de modalité de référence s’applique également aux

variables explicatives catégorielles. En effet, dans un modèle,
339
tous les coefficients sont calculés par rapport à la modalité de
référence (cf. Section 21.2). Il importe donc de choisir une mo-
dalité de référence qui fasse sens afin de faciliter l’interprétation.
Par ailleurs, ce choix doit dépendre de la manière dont on sou-
haite présenter les résultats (le data storytelling est essentiel).
De manière générale on évitera de choisir comme référence une
modalité peu représentée dans l’échantillon ou bien une moda-
lité correspondant à une situation atypique.
Prenons l’exemple de la variable sexe. Souhaite-t-on connaitre
l’effet d’être une femme par rapport au fait d’être un homme
ou bien l’effet d’être un homme par rapport au fait d’être une
femme ? Si l’on opte pour le second, alors notre modalité de ré-
férence sera le sexe féminin. Comme est codée cette variable ?
d |> look_for("sexe")

3 sexe — fct 0 Homme
Femme
La modalité Femme s’avère ne pas être la première modalité.

Nous devons appliquer la fonction forcats::fct_relevel()
ou la fonction stats::relevel() :
library(tidyverse)
d <- d |>
mutate(sexe = sexe |> fct_relevel("Femme"))
d$sexe |> questionr::freq()
n % val%
Femme 1101 55 55
Homme 899 45 45
Données labellisées
Si l’on utilise des données labellisées (voir Chapitre 12), nos
variables catégorielles seront stockées sous la forme d’un
340
vecteur numérique avec des étiquettes. Il sera donc nécessaire
de convertir ces variables en facteurs, tout simplement avec
labelled::to_factor() ou labelled::unlabelled().
Les variables age et heures.tv sont des variables quantitatives.
Il importe de vérifier qu’elles sont bien enregistrées en tant que
variables numériques. En effet, il arrive parfois que dans le fi-
chier source les variables quantitatives soient renseignées sous
forme de valeur textuelle et non sous forme numérique.
d |> look_for("age", "heures")

2 age — int 0
20 heures.tv — dbl 5
Nos deux variables sont bien renseignées sous forme numérique

(respectivement des entiers et des nombres décimaux).
Cependant, l’effet de l’âge est rarement linéaire. Un exemple
trivial est par exemple le fait d’occuper un emploi qui sera
moins fréquent aux jeunes âges et aux âges élevés. Dès lors, on
pourra transformer la variable age en groupe d’âges (et donc en
variable catégorielle) avec la fonction cut() (cf. Section 9.4) :
d <- d |>
mutate(
groupe_ages = age |>
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
"45-64 ans", "65 ans et plus")
)
)
d$groupe_ages |> questionr::freq()
n % val%
18-24 ans 169 8.5 8.5
341
25-44 ans 706 35.3 35.3
45-64 ans 745 37.2 37.2
65 ans et plus 380 19.0 19.0
Jetons maintenant un œil à la variable nivetud :
d$nivetud |> questionr::freq()
n % val%
N'a jamais fait d'etudes 39 2.0 2.1
A arrete ses etudes, avant la derniere annee d'etudes primaires 86 4.3 4.6
Derniere annee d'etudes primaires 341 17.0 18.1
1er cycle 204 10.2 10.8
2eme cycle 183 9.2 9.7
Enseignement technique ou professionnel court 463 23.2 24.5
Enseignement technique ou professionnel long 131 6.6 6.9
Enseignement superieur y compris technique superieur 441 22.0 23.4
NA 112 5.6 NA
En premier lieu, cette variable est détaillée en pas moins de

huit modalités dont certaines sont peu représentées (seulement
39 individus soit 2 % n’ont jamais fait d’études par exemple).
Afin d’améliorer notre modèle logistique, il peut être pertinent
de regrouper certaines modalités (cf. Section 9.3) :
d <- d |>
mutate(
etudes = nivetud |>
fct_recode(
"Primaire" = "N'a jamais fait d'etudes",
"Primaire" = "A arrete ses etudes, avant la derniere annee d'etudes primaires",
"Primaire" = "Derniere annee d'etudes primaires",
"Secondaire" = "1er cycle",
"Secondaire" = "2eme cycle",
"Technique / Professionnel" = "Enseignement technique ou professionnel court",
"Technique / Professionnel" = "Enseignement technique ou professionnel long",
"Supérieur" = "Enseignement superieur y compris technique superieur"
)
)
342
d$etudes |> questionr::freq()
n % val%
Primaire 466 23.3 24.7
Secondaire 387 19.4 20.5
Technique / Professionnel 594 29.7 31.5
Supérieur 441 22.0 23.4
NA 112 5.6 NA
Notre variable comporte également 112 individus avec une va-

leur manquante. Si nous conservons cette valeur manquante,
ces 112 individus seront, par défaut, exclus de l’analyse. Ces va-
leurs manquantes n’étant pas négligeable (5,6 %), nous pouvons
également faire le choix de considérer ces valeurs manquantes
comme une modalité supplémentaire. Auquel cas, nous utilise-
rons la fonction forcats::fct_na_value_to_level() :
d$etudes <- d$etudes |>

fct_na_value_to_level("Non documenté")
Enfin, pour améliorer les différentes sorties (tableaux et figures),

nous allons ajouter des étiquettes de variables (cf. Chapitre 11)
avec labelled::set_variable_labels().
d <- d |>
sport = "Pratique un sport ?",
sexe = "Sexe",
groupe_ages = "Groupe d'âges",
etudes = "Niveau d'études",
relig = "Rapport à la religion",
heures.tv = "Heures de télévision / jour"
)
343
Ĺ Code récapitulatif (préparation des données)

d <-
hdv2003 |>
mutate(
sexe = sexe |> fct_relevel("Femme"),
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
)
344
22.2 Statistiques descriptives
Avant toute analyse multivariée, il est toujours bon de procéder

à une analyse descriptive bivariée simple, tout simplement
avec gtsummary::tbl_summary(). Ajoutons quelques tests
de comparaison avec gtsummary::add_p(). Petite astuce :
gtsummary::modify_spanning_header() permet de rajouter
un en-tête sur plusieurs colonnes.
library(gtsummary)
theme_gtsummary_language("fr", decimal.mark = ",", big.mark = " ")
d |>
tbl_summary(
by = sport,
include = c(sexe, groupe_ages, etudes, relig, heures.tv)
) |>
add_p() |>
bold_labels() |>
modify_spanning_header(
update = all_stat_cols() ~ "**Pratique un sport ?**"
)

Table 22.1: Pratique d’un sport selon différentes variables ex-

plicatives (analyse bivariée)
Non, N Oui, N Total, N p-

Caractéristique = 1 277 = 723 = 2 000 valeur
Sexe <0,001
Femme 747 354 1 101
(58%) (49%) (55%)
Homme 530 369 899 (45%)
(42%) (51%)
345
Non, N Oui, N Total, N p-
Caractéristique = 1 277 = 723 = 2 000 valeur
Groupe <0,001
d’âges
18-24 ans 58 (4,5%) 111 169
(15%) (8,5%)
25-44 ans 359 347 706 (35%)
(28%) (48%)
45-64 ans 541 204 745 (37%)
(42%) (28%)
65 ans et plus 319 61 (8,4%) 380 (19%)
(25%)
Niveau <0,001
d’études
Primaire 416 50 (6,9%) 466 (23%)
(33%)
Secondaire 270 117 387 (19%)
(21%) (16%)
Technique / 378 216 594 (30%)
Professionnel (30%) (30%)
Supérieur 186 255 441 (22%)
(15%) (35%)
Non 27 (2,1%) 85 (12%) 112
documenté (5,6%)
Rapport à la 0,14
religion
Pratiquant 182 84 (12%) 266 (13%)
regulier (14%)
Pratiquant 295 147 442 (22%)
occasionnel (23%) (20%)
Appartenance 473 287 760 (38%)
sans pratique (37%) (40%)
Ni croyance ni 239 160 399 (20%)
appartenance (19%) (22%)
Rejet 60 (4,7%) 33 (4,6%) 93 (4,7%)
NSP ou NVPR 28 (2,2%) 12 (1,7%) 40 (2,0%)
Heures de 2,00 (1,00 2,00 (1,00 2,00 (1,00 <0,001
télévision / – 3,00) – 3,00) – 3,00)
jour
Manquant 2 3 5
346
22.3 Calcul de la régression logistique binaire
La spécification d’une régression logistique se fait avec

stats::glm() et est très similaire à celle d’une régression
linéaire simple (cf. Section 21.3) : on indique la variable à
expliquer suivie d’un tilde (~) puis des variables explicatives
séparées par un plus (+)30 . Il faut indiquer à glm() la famille 30
Il est possible de spécifier des
du modèle souhaité : on indiquera simplement family = modèles plus complexes, notamment
avec des effets d’interaction, qui se-
binomial pour un modèle logit 31 .
ront aborder plus loin (cf. Cha-
pitre 26).
mod <- glm( 31
Pour un modèle pro-
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + heures.tv,
bit, on indiquera family =
family = binomial, binomial("probit").
data = d
)
Pour afficher les résultats du modèle, le plus simple est d’avoir

recours à gtsummary::tbl_regression().
mod |>
tbl_regression(intercept = TRUE) |>
bold_labels()

Table 22.2: Facteurs associés à la pratique d’un sport (régres-

sion logistique binaire)
Caractéristique log(OR) 95% IC p-valeur

(Intercept) -0,80 -1,4 – -0,17 0,014
Sexe
Femme — —
Homme 0,44 0,23 – 0,65 <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans -0,42 -0,87 – 0,065
0,03
347
Caractéristique log(OR) 95% IC p-valeur
45-64 ans -1,1 -1,6 – -0,62 <0,001
65 ans et plus -1,4 -1,9 – -0,85 <0,001
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 0,95 0,57 – 1,3 <0,001
Technique / 1,0 0,68 – 1,4 <0,001
Professionnel
Supérieur 1,9 1,5 – 2,3 <0,001
Non documenté 2,2 1,5 – 2,8 <0,001
Rapport à la
religion
Pratiquant regulier — —
Pratiquant occasionnel -0,02 -0,39 – >0,9
0,35
Appartenance sans -0,01 -0,35 – >0,9
pratique 0,34
Ni croyance ni -0,22 -0,59 – 0,3
appartenance 0,16
Rejet -0,38 -0,95 – 0,2
0,17
NSP ou NVPR -0,08 -0,92 – 0,8
0,70
Heures de télévision -0,12 -0,19 – <0,001
/ jour -0,06
22.4 Interpréter les coefficients
L’intercept traduit la situation à la référence (i.e. toutes les va-

riables catégorielles à leur modalité de référence et les variables
continues à 0), après transformation selon la fonction de lien
(i.e. après la transformation logit).
Illustrons cela. Supposons donc une personne de sexe féminin,
âgée entre 18 et 24 ans, de niveau d’étude primaire, pratiquante
régulière et ne regardant pas la télévision (situation de réfé-
rence). Seul l’intercept s’applique dans le modèle, et donc le
modèle prédit que sa probabilité de faire du sport est de −0, 80
348
selon l’échelle logit. Retraduisons cela en probabilité classique
avec la fonction logit inverse.
logit_inverse <- binomial("logit") |> purrr::pluck("linkinv")

logit_inverse(-0.80)
[1] 0.3100255
Selon le modèle, la probabilité que cette personne fasse du sport

est donc de 31%.
Prenons maintenant une personne identique mais de sexe mas-
culin. Nous devons donc considérer, en plus de l’intercept, le
coefficient associé à la modalité Homme. Sa probabilité de faire
du sport est donc :
logit_inverse(-0.80 + 0.44)
[1] 0.4109596
Le coefficient associé à Homme est donc un modificateur par

rapport à la situation de référence.
Enfin, considérons que cette dernière personne regarde égale-
ment la télévision 2 heures en moyenne par jour. Nous devons
alors considérer le coefficient associé à la variable heures.tv et,
comme il s’agit d’une variable continue, multiplier ce coefficient
par 2, car le coefficient représente le changement pour un incré-
ment de 1 unité.
logit_inverse(-0.80 + 0.44 + 2 * -0.12)
[1] 0.3543437
Il est crucial de bien comprendre comment dans quels cas et

comment chaque coefficient est utilisé par le modèle.
Le package {breakdown} permet de mieux visualiser notre der-
nier exemple.
349
individu3 <- d[1, ]
individu3$sexe[1] <- "Homme"
individu3$groupe_ages[1] <- "18-24 ans"
individu3$etudes[1] <- "Primaire"
individu3$relig[1] <- "Pratiquant regulier"
individu3$heures.tv[1] <- 2
library(breakDown)
logit <- function(x) exp(x) / (1 + exp(x))
plot(
broken(mod, individu3, predict.function = betas),
trans = logit
) +
scale_y_continuous(
labels = scales::label_percent(),
breaks = 0:5/5,
limits = c(0, 1)
)
final_prognosis −0.146
relig = Pratiquant regulier 0
etudes = Primaire 0
groupe_ages = 18−24 ans 0
heures.tv = 2 −0.057
sexe = Homme 0.101
(Intercept) −0.19
0% 20% 40% 60% 80% 100%

pmax(cummulative, prev)
Figure 22.1: Décomposition de la probabilité de faire du sport

de l’individu 3
350
22.5 La notion d’odds ratio
L’un des intérêts de la régression logistique logit réside dans

le fait que l’exponentiel des coefficients correspond à des odds
ratio ou rapport des côtes en français.
Ď Astuce
Pour comprendre la notion de côte (odd en anglais), on

peut se référer aux paris sportifs. Par exemple, lorsque
les trois quarts des parieurs parient que le cheval A va
remporter la course, on dit alors que ce cheval à une côte
de trois contre un (trois personnes parient qu’il va gagner
contre une personne qu’il va perdre). Prenons un autre
cheval : si les deux tiers pensent que le cheval B va perdre
(donc un tiers pense qu’il va gagner), on dira alors que sa
côte est de un contre deux (une personne pense qu’il va
gagner contre deux qu’il va perdre).
Si l’on connait la proportion ou probabilité p d’avoir
vécu ou de vivre un évènement donné (ici gagner la
course), la côte (l’odd) s’obtient avec la formule suivante :
𝑝/(1 − 𝑝). La côte du cheval A est bien 0, 75/(1 − 0, 75) =
0, 75/0, 25 = 3 est celle du cheval B (1/3)/(2/3) = 1/2 =
0, 5.
Pour comparer deux côtes (par exemple pour savoir si le
cheval A a une probabilité plus élevée de remporter la
course que le cheval B, selon les parieurs), on calculera
tout simplement le rapport des côtes ou odds ratio (OR) :
𝑂𝑅𝐴/𝐵 = 𝑂𝑑𝑑𝑠𝐴 /𝑂𝑑𝑑𝑠𝐵 = 3/0, 5 = 6.
Ce calcul peut se faire facilement dans R avec la fonction
questionr::odds.ratio().
questionr::odds.ratio(.75, 1/3)
[1] 6
L’odds ratio est donc égal à 1 si les deux côtes sont iden-
tiques, est supérieur à 1 si le cheval A une probabilité
supérieure à celle du cheval B, et inférieur à 1 si c’est
probabilité est inférieure.
351
On le voit, par construction, l’odds ratio de B par rapport
à A est l’inverse de celui de A par rapport à B : 𝑂𝑅𝐵/𝐴 =
1/𝑂𝑅𝐴/𝐵 .
Pour afficher les odds ratio il suffit d’indiquer exponentiate =

TRUE à gtsummary::tbl_regression().
mod |>
tbl_regression(exponentiate = TRUE) |>
bold_labels()

Table 22.3: Facteurs associés à la pratique d’un sport (odds ra-

tios)
Caractéristique OR 95% IC p-valeur

Sexe
Femme — —
Homme 1,55 1,26 – 1,91 <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans 0,66 0,42 – 1,03 0,065
45-64 ans 0,34 0,21 – 0,54 <0,001
65 ans et plus 0,25 0,15 – 0,43 <0,001
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 2,59 1,77 – 3,83 <0,001
Technique / Professionnel 2,86 1,98 – 4,17 <0,001
Supérieur 6,63 4,55 – 9,80 <0,001
Non documenté 8,59 4,53 – 16,6 <0,001
Rapport à la religion
Pratiquant occasionnel 0,98 0,68 – 1,42 >0,9
Appartenance sans pratique 0,99 0,71 – 1,40 >0,9
Ni croyance ni appartenance 0,81 0,55 – 1,18 0,3
352
Rejet 0,68 0,39 – 1,19 0,2
NSP ou NVPR 0,92 0,40 – 2,02 0,8
Heures de télévision / jour 0,89 0,83 – 0,95 <0,001
Pour une représentation visuelle, graphique en forêt ou

forest plot en anglais, on aura tout simplement recours à
ggstats::ggcoef_model().
mod |>
ggstats::ggcoef_model(exponentiate = TRUE)
Sexe Femme
Homme (p<0.001***)
Groupe d'âges 18−24 ans
25−44 ans (p=0.065)
45−64 ans (p<0.001***)
65 ans et plus (p<0.001***)
Niveau d'études Primaire
Secondaire (p<0.001***)
Technique / Professionnel (p<0.001***)
Supérieur (p<0.001***)
Non documenté (p<0.001***)
Rapport à la religion Pratiquant regulier
Pratiquant occasionnel (p=0.908)
Appartenance sans pratique (p=0.969)
Ni croyance ni appartenance (p=0.265)
Rejet (p=0.180)
NSP ou NVPR (p=0.838)
Heures de télévision / jour (p<0.001***)
0.3 1.0 3.0 10.0
OR
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 22.2: Facteurs associés à la pratique d’un sport (forest

plot)
On pourra alternativement préférer ggstats::ggcoef_table()32 32

ggstats::ggcoef_table() est dis-
qui affiche un tableau des coefficients à la droite du forest ponible à partir de la version 0.4.0 de
{ggstats}.
plot.
mod |>
ggstats::ggcoef_table(exponentiate = TRUE)
353
OR
95% CIp
Sexe Femme 1.0
Homme 1.6
1.3,<0.001
1.9
Groupe d'âges 18−24 ans 1.0
25−44 ans 0.7
0.4, 0.065
1.0
45−64 ans 0.3
0.2,<0.001
0.5
65 ans et plus 0.3
0.1,<0.001
0.4
Niveau d'études Primaire 1.0
Secondaire 2.6
1.8,<0.001
3.8
Technique / Professionnel 2.9
2.0,<0.001
4.2
Supérieur 6.6
4.6,<0.001
9.8
Non documenté 8.6
4.5, <0.001
16.6
Rapport à la religion Pratiquant regulier 1.0
Pratiquant occasionnel 1.0
0.7, 0.908
1.4
Appartenance sans pratique 1.0
0.7, 0.969
1.4
Ni croyance ni appartenance 0.8
0.6, 0.265
1.2
Rejet 0.7
0.4, 0.180
1.2
NSP ou NVPR 0.9
0.4, 0.838
2.0
Heures de télévision / jour 0.9
0.8,<0.001
0.9
0.3 1.03.010.0
OR
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 22.3: Facteurs associés à la pratique d’un sport (forest

plot avec table des coefficients)
Ĺ Note
Lorsque l’on réalise un forest plot de coefficients expo-

nentialisés tels que des odds ratios, une bonne pratique
consiste à utiliser une échelle logarithmique. En effet,
l’inverse d’un odds ratio de 2 est 0,5. Avec une échelle
logarithmique, la distance entre 0,5 et 1 est égale à celle
entre 1 et 2. Sur la figure précédente, vous pourrez no-
ter que ggstats::ggcoef_model() applique automati-
quement une échelle logarithmique lorsque exponentiate
= TRUE.
Quelques références : Forest Plots: Linear or Logarithmic
Scale? ou encore Graphing Ratio Measures on Forest Plot.
¾ Mise en garde
En rédigeant les résultats de la régression, il faudra être

vigilant à ne pas confondre les odds ratios avec des pre-
valence ratios. Avec un odds ratio de 1,55, il serait ten-
tant d’écrire que les hommes ont une probabilité 55%
supérieure de pratique un sport que les femmes (toutes
354
choses égales par ailleurs). Une telle formulation corres-
pond à un prevalence ratio (rapport des prévalences en
français) ou risk ratio (rapport des risques), à savoir divi-
ser la probabilité de faire du sport des hommes par celle
des femmes, 𝑝ℎ𝑜𝑚𝑚𝑒𝑠 /𝑝𝑓𝑒𝑚𝑚𝑒𝑠 . Or, cela ne correspond
pas à la formule de l’odds ratio, à savoir (𝑝ℎ𝑜𝑚𝑚𝑒𝑠 /(1 −
𝑝ℎ𝑜𝑚𝑚𝑒𝑠 ))/(𝑝𝑓𝑒𝑚𝑚𝑒𝑠 /(1 − 𝑝𝑓𝑒𝑚𝑚𝑒𝑠 )).
Lorsque le phénomène étudié est rare et donc que les pro-
babilités sont faibles (inférieures à quelques pour-cents),
alors il est vrai que les odds ratio sont approximativement
égaux aux prevalence ratios. Mais ceci n’est plus du tout
vrai pour des phénomènes plus fréquents.
22.6 Afficher les écarts-types plutôt que les

intervalles de confiance
La manière de présenter les résultats d’un modèle de régression

varie selon les disciplines, les champs thématiques et les revues.
Si en sociologie et épidémiologie on aurait plutôt tendance à
afficher les odds ratio avec leur intervalle de confiance, il est fré-
quent en économétrie de présenter plutôt les coefficients bruts
et leurs écarts-types (standard deviation ou sd en anglais). De
même, plutôt que d’ajouter une colonne avec les p valeurs, un
usage consiste à afficher des étoiles de significativité à la droite
des coefficients significatifs.
Pour cela, on pourra personnaliser le tableau produit
avec gtsummary::tbl_regression(), notamment avec
gtsummary::add_significance_stars() pour l’ajout des
étoiles de significativité, ainsi que gtsummary::modify_column_hide()
et gtsummary::modify_column_unhide() pour afficher / mas-
quer les colonnes du tableau produit33 . 33
La liste des colonnes dispo-
nibles peut être obtenues avec
mod |> tbl_regression() |>
mod |>
purrr::pluck("table_body") |>
tbl_regression() |> colnames().
add_significance_stars() |>
modify_column_hide(c("ci", "p.value")) |>
modify_column_unhide("std.error") |>
355
bold_labels()

Table 22.4: Présentation économétrique des facteurs associés à

la pratique d’un sport
Caractéristique log(OR) ET
Sexe
Femme — —
Homme 0,44*** 0,106
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans -0,42 0,228
45-64 ans -1,1*** 0,238
65 ans et plus -1,4*** 0,274
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 0,95*** 0,197
Technique / Professionnel 1,0*** 0,190
Supérieur 1,9*** 0,195
Non documenté 2,2*** 0,330
Rapport à la religion
Pratiquant occasionnel -0,02 0,189
Appartenance sans pratique -0,01 0,175
Ni croyance ni appartenance -0,22 0,193
Rejet -0,38 0,286
NSP ou NVPR -0,08 0,411
Heures de télévision / jour -0,12*** 0,034
Les économistes pourraient préférer le package {modelsummary}

à {gtsummary}. Ces deux packages ont un objectif similaire
(la production de tableaux statistiques) mais abordent cet
objectif avec des approches différentes. Il faut noter que
356
modelsummary::modelsummary() n’affiche pas les modalités
de référence, ni les étiquettes de variable.
mod |> modelsummary::modelsummary(stars = TRUE)
La fonction modelsummary::modelplot() permet d’afficher un

graphique des coefficients.
mod |> modelsummary::modelplot()
heures.tv
religNSP ou NVPR
religRejet
religNi croyance ni appartenance
religAppartenance sans pratique
religPratiquant occasionnel
etudesNon documenté
etudesSupérieur
etudesTechnique / Professionnel
etudesSecondaire
groupe_ages65 ans et plus
groupe_ages45−64 ans
sexeHomme
(Intercept)
−2 −1 0 1 2 3
Coefficient estimates and 95% confidence intervals
Figure 22.4: Facteurs associés à la pratique d’un sport avec mo-

delplot()
ATTENTION : si l’on affiche les odds ratio avec

exponentiate = TRUE, modelsummary::modelplot()
conserve par défaut une échelle linéaire. On sera donc vi-
gilant à appliquer ggplot2::scale_x_log10() manuellement
pour utiliser une échelle logarithmique.
mod |>
modelsummary::modelplot(exponentiate = TRUE) +
ggplot2::scale_x_log10()
357
Table 22.5: Présentation des facteurs associés à la pratique d’un
sport avec modelsummary()
(1)
(Intercept) −0.798*
(0.324)
sexeHomme 0.440***
(0.106)
groupe_ages25-44 ans −0.420+
(0.228)
groupe_ages45-64 ans −1.085***
(0.238)
groupe_ages65 ans et plus −1.381***
(0.274)
etudesSecondaire 0.951***
(0.197)
etudesTechnique / Professionnel 1.049***
(0.190)
etudesSupérieur 1.892***
(0.195)
etudesNon documenté 2.150***
(0.330)
religPratiquant occasionnel −0.022
(0.189)
religAppartenance sans pratique −0.007
(0.175)
religNi croyance ni appartenance −0.215
(0.193)
religRejet −0.384
(0.286)
religNSP ou NVPR −0.084
(0.411)
heures.tv −0.121***
(0.034)
Num.Obs. 1995
AIC 2236.2
BIC 2320.1
Log.Lik. −1103.086
F 21.691
RMSE 0.43
+ p < 0.1, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001
358
heures.tv
religNSP ou NVPR
religRejet
religNi croyance ni appartenance
religAppartenance sans pratique
religPratiquant occasionnel
etudesSupérieur
etudesTechnique / Professionnel
etudesSecondaire
groupe_ages65 ans et plus
sexeHomme
(Intercept)
0.3 1.0 3.0 10.0
Coefficient estimates and 95% confidence intervals
Figure 22.5: Odds Ratios associés à la pratique d’un sport avec

modelplot()
22.7 Afficher toutes les comparaisons

(pairwise contrasts)
Dans le tableau des résultats (Table 22.3), pour les variables

catégorielles, il importe de bien garder en mémoire que chaque
odds ratio doit se comparer à la valeur de référence. Ainsi, les
odds ratios affichés pour chaque classe d’âges correspondent à
une comparaison avec la classe d’âges de références, les 18-24
ans. La p-valeur associée nous indique quant à elle si cet odds
ratio est significativement de 1, donc si cette classe d’âges don-
nées se comporte différemment de celle de référence.
Mais cela ne nous dit nullement si les 65 ans et plus diffèrent
des 45-64 ans. Il est tout à fait possible de recalculer l’odds
ratio correspondant en rapport les odds ratio à la référence :
𝑂𝑅65+/45−64 = 𝑂𝑅65+/18−24 /𝑂𝑅45−64/18−24 .
Le package {emmeans} et sa fonction emmeans::emmeans() per-
mettent de recalculer toutes les combinaisons d’odds ratio (on
parle alors de pairwise contrasts) ainsi que leur intervalle de
confiance et la p-valeur correspondante.
On peut ajouter facilement34 cela au tableau produit 34
Cela nécessite néanmoins au mi-
nimum la version 1.11.0 du package
{broom.helpers} et la version 1.6.3
de {gtsummary}.
359
avec gtsummary::tbl_regression() en ajoutant l’option
add_pairwise_contrasts = TRUE.
mod |>
tbl_regression(
exponentiate = TRUE,
add_pairwise_contrasts = TRUE
) |>
bold_labels()

De même, on peur visualiser les coefficients avec la

même option dans ggstats::ggcoef_model()35 . On peut 35
Cela nécessite néanmoins au mi-
d’ailleurs choisir les variables concernées avec l’argument nimum la version 1.11.0 du package
{broom.helpers} et la version 0.2.0
pairwise_variables.
de {ggstats}.
mod |>
ggstats::ggcoef_model(
add_pairwise_contrasts = TRUE,
pairwise_variables = c("groupe_ages", "etudes")
)
360
Table 22.6: Facteurs associés à la pratique d’un sport (pairwise
contrasts)
**Caractéristique** **OR** **95% IC** **p-valeur**

__Sexe__
Homme / Femme 1,55 1,26 – 1,91 <0,001
__Groupe d’âges__
(25-44 ans) / (18-24 ans) 0,66 0,37 – 1,18 0,3
(45-64 ans) / (18-24 ans) 0,34 0,18 – 0,62 <0,001
(45-64 ans) / (25-44 ans) 0,51 0,38 – 0,70 <0,001
65 ans et plus / (18-24 ans) 0,25 0,12 – 0,51 <0,001
65 ans et plus / (25-44 ans) 0,38 0,24 – 0,61 <0,001
65 ans et plus / (45-64 ans) 0,74 0,47 – 1,17 0,3
__Niveau d’études__
Secondaire / Primaire 2,59 1,51 – 4,43 <0,001
(Technique / Professionnel) / Primaire 2,86 1,70 – 4,79 <0,001
(Technique / Professionnel) / Secondaire 1,10 0,74 – 1,64 >0,9
Supérieur / Primaire 6,63 3,89 – 11,3 <0,001
Supérieur / Secondaire 2,56 1,69 – 3,88 <0,001
Supérieur / (Technique / Professionnel) 2,32 1,61 – 3,36 <0,001
Non documenté / Primaire 8,59 3,49 – 21,1 <0,001
Non documenté / Secondaire 3,32 1,46 – 7,53 <0,001
Non documenté / (Technique / Professionnel) 3,01 1,38 – 6,56 0,001
Non documenté / Supérieur 1,30 0,58 – 2,90 >0,9
__Rapport à la religion__
Pratiquant occasionnel / Pratiquant regulier 0,98 0,57 – 1,68 >0,9
Appartenance sans pratique / Pratiquant regulier 0,99 0,60 – 1,63 >0,9
Appartenance sans pratique / Pratiquant occasionnel 1,02 0,68 – 1,52 >0,9
Ni croyance ni appartenance / Pratiquant regulier 0,81 0,47 – 1,40 0,9
Ni croyance ni appartenance / Pratiquant occasionnel 0,82 0,52 – 1,31 0,8
Ni croyance ni appartenance / Appartenance sans pratique 0,81 0,54 – 1,21 0,7
Rejet / Pratiquant regulier 0,68 0,30 – 1,54 0,8
Rejet / Pratiquant occasionnel 0,70 0,33 – 1,49 0,8
Rejet / Appartenance sans pratique 0,69 0,33 – 1,41 0,7
Rejet / Ni croyance ni appartenance 0,85 0,40 – 1,79 >0,9
NSP ou NVPR / Pratiquant regulier 0,92 0,29 – 2,97 >0,9
NSP ou NVPR / Pratiquant occasionnel 0,94 0,30 – 2,92 >0,9
NSP ou NVPR / Appartenance sans pratique 0,93 0,30 – 2,82 >0,9
NSP ou NVPR / Ni croyance ni appartenance 1,14 0,37 – 3,55 >0,9
NSP ou NVPR / Rejet 1,35 0,37 – 4,88 >0,9
__Heures de télévision / jour__ 0,89 0,83 – 0,95 <0,001
361
Femme
Sexe Homme (p<0.001***)
(25−44 ans) / (18−24 ans) (p=0.253)
Groupe d'âges (45−64 ans) / (18−24 ans) (p<0.001***)
(45−64 ans) / (25−44 ans) (p<0.001***)
65 ans et plus / (18−24 ans) (p<0.001***)
65 ans et plus / (25−44 ans) (p<0.001***)
65 ans et plus / (45−64 ans) (p=0.335)
Secondaire / Primaire (p<0.001***)
Niveau d'études (Technique / Professionnel) / Primaire (p<0.001***)
(Technique / Professionnel) / Secondaire (p=0.961)
Supérieur / Primaire (p<0.001***)
Supérieur / Secondaire (p<0.001***)
Supérieur / (Technique / Professionnel) (p<0.001***)
Non documenté / Primaire (p<0.001***)
Non documenté / Secondaire (p<0.001***)
Non documenté / (Technique / Professionnel) (p=0.001**)
Non documenté / Supérieur (p=0.905)
Pratiquant regulier
Rapport à la religion Pratiquant occasionnel (p=0.908)
Appartenance sans pratique (p=0.969)
Ni croyance ni appartenance (p=0.265)
Rejet (p=0.180)
NSP ou NVPR (p=0.838)
0.1
1.0
10.0
OR
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 22.6: Facteurs associés à la pratique d’un sport (pairwise

contrasts)
22.8 Identifier les variables ayant un effet

significatif
Pour les variables catégorielles à trois modalités ou plus, les p-

valeurs associées aux odds ratios nous indique si un odd ratio est
significativement différent de 1, par rapport à la modalité de ré-
férence. Mais cela n’indique pas si globalement une variable a un
effet significatif sur le modèle. Pour tester l’effet global d’une va-
riable, on peut avoir recours à la fonction car::Anova(). Cette
dernière va tour à tour supprimer chaque variable du modèle
et réaliser une analyse de variance (ANOVA) pour voir si la
variance change significativement.
car::Anova(mod)
Analysis of Deviance Table (Type II tests)
Response: sport
LR Chisq Df Pr(>Chisq)
sexe 17.309 1 3.176e-05 ***
362
groupe_ages 52.803 3 2.020e-11 ***
etudes 123.826 4 < 2.2e-16 ***
relig 4.232 5 0.5165401
heures.tv 13.438 1 0.0002465 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
Ainsi, dans le cas présent, la suppression de la variable relig

ne modifie significativement pas le modèle, indiquant l’absence
d’effet de cette variable.
Si l’on a recours à gtsummary::tbl_regression(),
on peut facilement ajouter les p-valeurs globales avec
gtsummary::add_global_p()36 . 36
Si l’on veut conserver les p-valeurs
individuelles associées à chaque odds
ratio, on ajoutera l’option keep =
mod |>
TRUE.
bold_labels() |>
add_global_p()

Ĺ Note
Concernant le test réalisé dans le cadre d’une Anova, il

existe trois tests différents que l’on présente comme le
type 1, le type 2 et le type 3 (ou I, II et III). Pour
une explication sur ces différents types, on pourra se ré-
férer (en anglais) à https://mcfromnz.wordpress.com
/2011/03/02/anova-type-iiiiii-ss-explained/ ou encore
http://md.psych.bio.uni-goettingen.de/mv/unit/lm_cat
/lm_cat_unbal_ss_explained.html.
Le type I n’est pas recommandé dans le cas présent car il
dépend de l’ordre dans lequel les différentes variables sont
testées.
Lorsqu’il n’y a pas d’interaction dans un modèle, le type II
serait à privilégier car plus puissant (nous aborderons les
363
Table 22.7: Ajout des p-valeurs globales
**Caractéristique** **OR** **95% IC** **p-valeur**

__Sexe__ <0,001
Femme — —
Homme 1,55 1,26 – 1,91
__Groupe d’âges__ <0,001
18-24 ans — —
25-44 ans 0,66 0,42 – 1,03
45-64 ans 0,34 0,21 – 0,54
65 ans et plus 0,25 0,15 – 0,43
__Niveau d’études__ <0,001
Primaire — —
Secondaire 2,59 1,77 – 3,83
Technique / Professionnel 2,86 1,98 – 4,17
Supérieur 6,63 4,55 – 9,80
Non documenté 8,59 4,53 – 16,6
__Rapport à la religion__ 0,5
Pratiquant occasionnel 0,98 0,68 – 1,42
Appartenance sans pratique 0,99 0,71 – 1,40
Ni croyance ni appartenance 0,81 0,55 – 1,18
Rejet 0,68 0,39 – 1,19
NSP ou NVPR 0,92 0,40 – 2,02
__Heures de télévision / jour__ 0,89 0,83 – 0,95 <0,001
364
interactions dans un prochain chapitre, cf. Chapitre 26).
En présence d’interactions, il est conseillé d’avoir plutôt
recours au type III. Cependant, en toute rigueur, pour
utiliser le type III, il faut que les variables catégorielles
soient codées en utilisant un contrastes dont la somme est
nulle (un contraste de type somme ou polynomial). Or,
par défaut, les variables catégorielles sont codées avec un
contraste de type traitement (nous aborderons les diffé-
rents types de contrastes plus tard, cf. Chapitre 25).
Par défaut, car::Anova() utilise le type II et
gtsummary::add_global_p() le type III. Dans les deux
cas, il est possible de préciser le type de test avec type =
"II" ou type = "III".
Dans le cas de notre exemple, un modèle simple sans in-
teraction, le type de test ne change pas les résultats.
22.9 Régressions logistiques univariées
Les usages varient selon les disciplines et les revues scienti-

fiques, mais il n’est pas rare de présenter, avant le modèle logis-
tique multivarié, une succession de modèles logistiques univariés
(i.e. avec une seule variable explicative à la fois) afin de présen-
ter les odds ratios et leur intervalle de confiance et p-valeur
associés avant l’ajustement multiniveau.
Afin d’éviter le code fastidieux consistant à réaliser chaque mo-
dèle un par un (par exemple glm(sport ~ sexe, family =
binomial, data = d)) puis à en fusionner les résultats, on
pourra tirer partie de gtsummary::tbl_uvregression() qui
permet de réaliser toutes ces régressions individuelles en une
fois et de les présenter dans un tableau synthétique.
d |>
tbl_uvregression(
y = sport,
include = c(sexe, groupe_ages, etudes, relig, heures.tv),
method = glm,
method.args = list(family = binomial),
365
Table 22.8: Régressions logistiques univariées
**Caractéristique** **N** **OR** **95% IC** **p-valeur**

__Sexe__ 2 000
Femme — —
Homme 1,47 1,22 – 1,77 <0,001
__Rapport à la religion__ 2 000
Pratiquant occasionnel 1,08 0,78 – 1,50 0,6
Appartenance sans pratique 1,31 0,98 – 1,78 0,071
Ni croyance ni appartenance 1,45 1,05 – 2,02 0,026
Rejet 1,19 0,72 – 1,95 0,5
NSP ou NVPR 0,93 0,44 – 1,88 0,8
__Heures de télévision / jour__ 1 995 0,79 0,74 – 0,84 <0,001
__Groupe d’âges__ 2 000
18-24 ans — —
25-44 ans 0,51 0,35 – 0,71 <0,001
45-64 ans 0,20 0,14 – 0,28 <0,001
65 ans et plus 0,10 0,07 – 0,15 <0,001
__Niveau d’études__ 2 000
Primaire — —
Secondaire 3,61 2,52 – 5,23 <0,001
Supérieur 11,4 8,11 – 16,3 <0,001
Non documenté 26,2 15,7 – 44,9 <0,001
exponentiate = TRUE
) |>
bold_labels()

366
22.10 Présenter l’ensemble des résultats
dans un même tableau
La fonction gtsummary::tbl_merge() permet de fusionner plu-

sieurs tableaux (en tenant compte du nom des variables) et donc
de présenter les différents résultats de l’analyse descriptive, uni-
variée et multivariée dans un seul et même tableau.
tbl_desc <-
d |>
tbl_summary(
by = sport,
statistic = all_categorical() ~ "{p}% ({n}/{N})",
percent = "row",
digits = all_categorical() ~ c(1, 0, 0)
) |>
modify_column_hide("stat_1") |>
modify_header("stat_2" ~ "**Pratique d'un sport**")
tbl_uni <-
d |>
tbl_uvregression(
y = sport,
method = glm,
method.args = list(family = binomial),
exponentiate = TRUE
) |>
modify_column_hide("stat_n")
tbl_multi <-
mod |>
tbl_regression(exponentiate = TRUE)
list(tbl_desc, tbl_uni, tbl_multi) |>

tbl_merge(
tab_spanner = c(
NA,
367
Table 22.9: tableau synthétique de l’analyse
**Caractéristique** **Pratique d’un sport** **OR** **95% IC** **p-valeur** **OR**

__Sexe__
Femme 32,2% (354/1 101) — — —
Homme 41,0% (369/899) 1,47 1,22 – 1,77 <0,001 1,55
__Groupe d’âges__
18-24 ans 65,7% (111/169) — — —
25-44 ans 49,2% (347/706) 0,51 0,35 – 0,71 <0,001 0,66
45-64 ans 27,4% (204/745) 0,20 0,14 – 0,28 <0,001 0,34
65 ans et plus 16,1% (61/380) 0,10 0,07 – 0,15 <0,001 0,25
__Niveau d’études__
Primaire 10,7% (50/466) — — —
Secondaire 30,2% (117/387) 3,61 2,52 – 5,23 <0,001 2,59
Technique / Professionnel 36,4% (216/594) 4,75 3,42 – 6,72 <0,001 2,86
Supérieur 57,8% (255/441) 11,4 8,11 – 16,3 <0,001 6,63
Non documenté 75,9% (85/112) 26,2 15,7 – 44,9 <0,001 8,59
__Rapport à la religion__
Pratiquant regulier 31,6% (84/266) — — —
Pratiquant occasionnel 33,3% (147/442) 1,08 0,78 – 1,50 0,6 0,98
Appartenance sans pratique 37,8% (287/760) 1,31 0,98 – 1,78 0,071 0,99
Ni croyance ni appartenance 40,1% (160/399) 1,45 1,05 – 2,02 0,026 0,81
Rejet 35,5% (33/93) 1,19 0,72 – 1,95 0,5 0,68
NSP ou NVPR 30,0% (12/40) 0,93 0,44 – 1,88 0,8 0,92
__Heures de télévision / jour__ 2,00 (1,00 – 3,00) 0,79 0,74 – 0,84 <0,001 0,89
Manquant 3
"**Régressions univariées**",
"**Régression multivariée**"
)
) |>
bold_labels()


368
R/analyses/ressources/flipbook-regression-logistique.html
22.11 webin-R
La régression logistique est présentée sur YouTube dans le

webin-R #06 (régression logistique (partie 1)) et le le webin-R
#07 (régression logistique (partie 2)).
https://youtu.be/-bdMv2aAqUY
https://youtu.be/BUo9i7XTLYQ
369
23 Sélection pas à pas d’un
modèle
Il est toujours tentant lorsque l’on recherche les facteurs as-

sociés à un phénomène d’inclure un nombre important de va-
riables explicatives potentielles dans son modèle de régression.
Cependant, un tel modèle n’est pas forcément le plus efficace
et certaines variables n’auront probablement pas d’effet signifi-
catif sur la variable d’intérêt.
Un autre problème potentiel est celui dur sur-ajustement ou sur-
appentissage. Un modèle sur-ajusté est un modèle statistique
qui contient plus de paramètres que ne peuvent le justifier les
données. Dès lors, il va être trop ajusté aux données observées
mais perdre en capacité de généralisation.
Pour une présentation didactique du cadre théorique de la sé-
lection de modèle, vous pouvez consulter en ligne le cours de L.
Rouvière sur la sélection/validation de modèles.
Les techniques de sélection pas à pas sont des approches visant à
améliorerun modèle explicatif. On part d’un modèle initial puis
on regarde s’il est possible d’améliorer le modèle en ajoutant
ou en supprimant une des variables du modèle pour obtenir
un nouveau modèle. Le processus est répété jusqu’à obtenir un
modèle final que l’on ne peut plus améliorer.
23.1 Données d’illustration
Pour illustrer ce chapitre, nous allons prendre un modèle logis-

tique inspiré de celui utilisé dans le chapitre sur la régression
logistique binaire (cf. Chapitre 22).
370
library(tidyverse)
library(labelled)
library(gtsummary)
"fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = " "
)
d <-
hdv2003 |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
371
lecture.bd = "Lit des bandes dessinées ?"
)
mod <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + lecture.bd,
family = binomial,
data = d
)
23.2 Présentation de l’AIC
Il faut définir un critère pour déterminer la qualité d’un modèle.

L’un des plus utilisés est le Akaike Information Criterion ou
AIC. Il s’agit d’un compromis entre le nombre de degrés de
liberté (e.g. le nombre de coefficients dans le modèle) que l’on
cherche à minimiser et la variance expliquée que l’on cherche à
maximiser (la vraisemblance).
Plus précisément 𝐴𝐼𝐶 = 2𝑘 − 2𝑙𝑛(𝐿) où 𝐿 est le maximum de
la fonction de vraisemblance du modèle et 𝑘 le nombre de pa-
ramètres (i.e. de coefficients) du modèle. Plus l’AIC sera faible,
meilleur sera le modèle.
L’AIC d’un modèle s’obtient aisément avec AIC().
AIC(mod)
[1] 2257.101
23.3 Sélection pas à pas descendante
La fonction step() permet de sélectionner le meilleur modèle

par une procédure pas à pas descendante basée sur la minimisa-
tion de l’AIC. La fonction affiche à l’écran les différentes étapes
de la sélection et renvoie le modèle final.
372
mod2 <- step(mod)
Start: AIC=2257.1
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + lecture.bd
Df Deviance AIC
- relig 5 2231.9 2251.9
- lecture.bd 1 2227.9 2255.9
<none> 2227.1 2257.1
- sexe 1 2245.6 2273.6
- groupe_ages 3 2280.1 2304.1
- etudes 4 2375.5 2397.5
Step: AIC=2251.95
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + lecture.bd
Df Deviance AIC
- lecture.bd 1 2232.6 2250.6
<none> 2231.9 2251.9
- sexe 1 2248.8 2266.8
- groupe_ages 3 2282.1 2296.1
- etudes 4 2380.5 2392.5
Step: AIC=2250.56
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes
Df Deviance AIC
<none> 2232.6 2250.6
- sexe 1 2249.2 2265.2
- groupe_ages 3 2282.5 2294.5
- etudes 4 2385.2 2395.2
Le modèle initial a un AIC de 2257,1.

À la première étape, il apparaît que la suppression de la variable
relig permettrait diminuer l’AIC à 2251,9 et la suppression de
la variable lecture.bd de le diminuer à 2255,9. Le gain maxi-
mal est obtenu en supprimant relig et donc cette variable est
supprimée à ce stade. On peut noter que la suppression de la va-
riable entraîne de facto une augmentation des résidus (colonne
373
Deviance) et donc une baisse de la vraisemblance du modèle,
mais cela est compensé par la réduction du nombre de degrés
de liberté.
Le processus est maintenant répété. À la seconde étape, suppri-
mer lecture.bd permettrait de diminuer encore l’AIC à 2250,6
et cette variable est supprimée.
À la troisième étape, tout retrait d’une variable additionnelle
reviendrait à augmenter l’AIC.
Lors de la seconde étape, toute suppression d’une autre variable
ferait augmenter l’AIC. La procédure s’arrête donc.
L’objet mod2 renvoyé par step() est le modèle final.
mod2
Call: glm(formula = sport ~ sexe + groupe_ages + etudes, family = binomial,

data = d)
Coefficients:
(Intercept) sexeHomme
-1.2815 0.4234
groupe_ages25-44 ans groupe_ages45-64 ans
-0.3012 -0.9261
groupe_ages65 ans et plus etudesSecondaire
-1.2696 0.9670
etudesTechnique / Professionnel etudesSupérieur
1.0678 1.9955
2.3192
Degrees of Freedom: 1999 Total (i.e. Null); 1991 Residual

Null Deviance: 2617
Residual Deviance: 2233 AIC: 2251
On peut effectuer une analyse de variance ou ANOVA pour

comparer les deux modèles avec la fonction anova().
anova(mod, mod2, test = "Chisq")
374
Analysis of Deviance Table
Model 1: sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + lecture.bd

Model 2: sport ~ sexe + groupe_ages + etudes
Resid. Df Resid. Dev Df Deviance Pr(>Chi)
1 1985 2227.1
2 1991 2232.6 -6 -5.4597 0.4863
Il n’y a pas de différences significatives entre nos deux modèles

(p=0,55). Autrement dit, notre second modèle explique tout
autant de variance que notre premier modèle, tout en étant
plus parcimonieux.
Ď Astuce
Une alternative à la fonction step() est la fonction

MASS::stepAIC() du package {MASS} qui fonctionne de
la même manière. Si cela ne change rien aux régressions
logistiques classiques, il arrive que pour certains types de
modèle la méthode step() ne soit pas disponible, mais
que MASS::stepAIC() puisse être utilisée à la place.
library(MASS)
Attachement du package : 'MASS'
L'objet suivant est masqué depuis 'package:gtsummary':
select
L'objet suivant est masqué depuis 'package:dplyr':
select
mod2bis <- stepAIC(mod)
Start: AIC=2257.1
375
Df Deviance AIC
- relig 5 2231.9 2251.9
- lecture.bd 1 2227.9 2255.9
<none> 2227.1 2257.1
- sexe 1 2245.6 2273.6
- groupe_ages 3 2280.1 2304.1
- etudes 4 2375.5 2397.5
Step: AIC=2251.95
Df Deviance AIC
- lecture.bd 1 2232.6 2250.6
<none> 2231.9 2251.9
- sexe 1 2248.8 2266.8
- groupe_ages 3 2282.1 2296.1
- etudes 4 2380.5 2392.5
Step: AIC=2250.56
Df Deviance AIC
<none> 2232.6 2250.6
- sexe 1 2249.2 2265.2
- groupe_ages 3 2282.5 2294.5
- etudes 4 2385.2 2395.2
On peut facilement comparer visuellement deux modèles avec

ggstats::ggcoef_compare() de {ggstats}.
library(ggstats)
ggcoef_compare(
list("modèle complet" = mod, "modèle réduit" = mod2),
exponentiate = TRUE
)
376
Femme
Sexe Homme
18−24 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Primaire
Niveau d'études Secondaire
Technique / Professionnel
Supérieur
Non documenté
Pratiquant regulier
Rapport à la religion Pratiquant occasionnel
Rejet
NSP ou NVPR
Non
Lit des bandes dessinées ? Oui
0.3 1.0 3.0 10.0
OR
modèle complet modèle réduit
p = 0.05 p > 0.05
Figure 23.1: Comparaison visuelle des deux modèles (dodge)
ggcoef_compare(
list("modèle complet" = mod, "modèle réduit" = mod2),
type = "faceted",
exponentiate = TRUE
)
modèle complet modèle réduit

Sexe Femme
Homme
25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Secondaire
Supérieur
Non documenté
Rapport à la religion Pratiquant regulier
Pratiquant occasionnel
Rejet
NSP ou NVPR
Lit des bandes dessinées ? Non
Oui
0.31.03.010.0 0.31.03.010.0
OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 23.2: Comparaison visuelle des deux modèles (faceted)
377
23.4 Sélection pas à pas ascendante
Pour une approche ascendante, nous allons partir d’un modèle

vide, c’est-à-dire d’un modèle sans variable explicative avec sim-
plement un intercept.
mod_vide <- glm(

sport ~ 1,
family = binomial,
data = d
)
Nous allons ensuite passer ce modèle vide à step() et préciser,

via un élément nommé upper dans une liste passée à l’argument
scope, la formule du modèle maximum à considérer. Nous pré-
cisons direction = "forward" pour indiquer que nous souhai-
tons une procédure ascendante.
mod3 <- step(

mod_vide,
direction = "forward",
scope = list(
upper = ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + lecture.bd
)
)
Start: AIC=2619.11
sport ~ 1
Df Deviance AIC
+ etudes 4 2294.9 2304.9
+ groupe_ages 3 2405.4 2413.4
+ sexe 1 2600.2 2604.2
+ lecture.bd 1 2612.7 2616.7
<none> 2617.1 2619.1
+ relig 5 2608.8 2620.8
Step: AIC=2304.92
sport ~ etudes
378
Df Deviance AIC
+ groupe_ages 3 2249.2 2265.2
+ sexe 1 2282.5 2294.5
<none> 2294.9 2304.9
+ lecture.bd 1 2294.7 2306.7
+ relig 5 2293.0 2313.0
Step: AIC=2265.17
sport ~ etudes + groupe_ages
Df Deviance AIC
+ sexe 1 2232.6 2250.6
<none> 2249.2 2265.2
+ lecture.bd 1 2248.8 2266.8
+ relig 5 2246.0 2272.0
Step: AIC=2250.56
sport ~ etudes + groupe_ages + sexe
Df Deviance AIC
<none> 2232.6 2250.6
+ lecture.bd 1 2231.9 2251.9
+ relig 5 2227.9 2255.9
Cette fois-ci, à chaque étape, la fonction step() évalue le gain

à ajouter chaque variable dans le modèle, ajoute la variable la
plus pertinente, pour recommence le processus jusqu’à ce qu’il
n’y ait plus de gain à ajouter une variable au modèle. Notons
que nous aboutissons ici au même résultat.
Ď Astuce
Nous aurions pu nous passer de préciser direction =

"forward". Dans cette situation, step() regarde simul-
tanément les gains à ajouter une variable additionnelle
au modèle et à supprimer une variable déjà inclue pour .
Lorsque l’on part d’un modèle vide, cela ne change rien
au résultat.
379
mod3 <- step(
mod_vide,
scope = list(
upper = ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + lecture.bd
)
)
Start: AIC=2619.11
sport ~ 1
Df Deviance AIC
+ etudes 4 2294.9 2304.9
+ groupe_ages 3 2405.4 2413.4
+ sexe 1 2600.2 2604.2
+ lecture.bd 1 2612.7 2616.7
<none> 2617.1 2619.1
+ relig 5 2608.8 2620.8
Step: AIC=2304.92
sport ~ etudes
Df Deviance AIC
+ groupe_ages 3 2249.2 2265.2
+ sexe 1 2282.5 2294.5
<none> 2294.9 2304.9
+ lecture.bd 1 2294.7 2306.7
+ relig 5 2293.0 2313.0
- etudes 4 2617.1 2619.1
Step: AIC=2265.17
sport ~ etudes + groupe_ages
Df Deviance AIC
+ sexe 1 2232.6 2250.6
<none> 2249.2 2265.2
+ lecture.bd 1 2248.8 2266.8
+ relig 5 2246.0 2272.0
- groupe_ages 3 2294.9 2304.9
- etudes 4 2405.4 2413.4
380
Step: AIC=2250.56
sport ~ etudes + groupe_ages + sexe
Df Deviance AIC
<none> 2232.6 2250.6
+ lecture.bd 1 2231.9 2251.9
+ relig 5 2227.9 2255.9
- sexe 1 2249.2 2265.2
- groupe_ages 3 2282.5 2294.5
- etudes 4 2385.2 2395.2
23.5 Forcer certaines variables dans le

modèle réduit
Même si l’on a recourt à step(), on peut vouloir forcer la

présence de certaines variables dans le modèle, même si leur
suppression minimiserait l’AIC. Par exemple, si l’on a des hy-
pothèses spécifiques pour ces variables et que l’on a intérêt à
montrer qu’elles n’ont pas d’effet dans le modèle multivarié.
Supposons que nous avons une hypothèse sur le lien entre la
pratique d’un sport et la lecture de bandes dessinées. Nous
souhaitons donc forcer la présence de la variable lecture.bd dans
le modèle final. Cette fois-ci, nous allons indiquer, via la liste
passée à scope, un élément lower indiquant le modèle minimum
souhaité. Toutes les variables de ce modèle minimum seront
donc conserver dans le modèle final.
mod4 <- step(

mod,
scope = list(
lower = ~ lecture.bd
)
)
Start: AIC=2257.1
381
Df Deviance AIC
- relig 5 2231.9 2251.9
<none> 2227.1 2257.1
- sexe 1 2245.6 2273.6
- groupe_ages 3 2280.1 2304.1
- etudes 4 2375.5 2397.5
Step: AIC=2251.95
Df Deviance AIC
<none> 2231.9 2251.9
- sexe 1 2248.8 2266.8
- groupe_ages 3 2282.1 2296.1
- etudes 4 2380.5 2392.5
Cette fois-ci, nous constatons que la fonction step() n’a pas

considéré la suppression éventuelle de la variable lecture.bd qui
est donc conservée.
mod4$formula
23.6 Minimisation du BIC
Un critère similaire à l’AIC est le critère BIC (Bayesian In-

formation Criterion) appelé aussi SBC (Schwarz information
criterion).
Sa formule est proche de celle de l’AIC : 𝐵𝐼𝐶 = 𝑙𝑛(𝑛)𝑘−2𝑙𝑛(𝐿)
où 𝑛 correspond au nombre d’observations dans l’échantillon.
Par rapport à l’AIC, il pénalise donc plus le nombre de degrés
de liberté du modèle.
Pour réaliser une sélection pas à pas par optimisation du BIC,
on appellera step() en ajoutant l’argument k = log(n) où n
est le nombre d’observations inclues dans le modèle. Par dé-
faut, un modèle est calculé en retirant les observations pour
382
lesquelles des données sont manquantes. Dès lors, pour obte-
nir le nombre exact d’observations incluses dans le modèle, on
peut utiliser la syntaxe mod |> model.matrix() |> nrow(),
model.matrix() renvoyant la matrice de données ayant servi
au calcul du modèle et nrow() le nombre de lignes.
mod5 <- mod |>

step(
k = mod |> model.matrix() |> nrow() |> log()
)
Start: AIC=2341.11
Df Deviance AIC
- relig 5 2231.9 2308.0
- lecture.bd 1 2227.9 2334.3
<none> 2227.1 2341.1
- sexe 1 2245.6 2352.0
- groupe_ages 3 2280.1 2371.3
- etudes 4 2375.5 2459.1
Step: AIC=2307.96
Df Deviance AIC
- lecture.bd 1 2232.6 2301.0
<none> 2231.9 2308.0
- sexe 1 2248.8 2317.2
- groupe_ages 3 2282.1 2335.3
- etudes 4 2380.5 2426.1
Step: AIC=2300.97
Df Deviance AIC
<none> 2232.6 2301.0
- sexe 1 2249.2 2310.0
- groupe_ages 3 2282.5 2328.1
- etudes 4 2385.2 2423.2
383
23.7 Afficher les indicateurs de performance
Il existe plusieurs indicateurs de performance ou qualité d’un

modèle. Pour les calculer/afficher (dont l’AIC et le BIC),
on pourra avoir recours à broom::glance() ou encore à
performance::model_performance().
mod |> broom::glance()
# A tibble: 1 x 8
null.deviance df.null logLik AIC BIC deviance df.residual nobs
<dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> <int>
1 2617. 1999 -1114. 2257. 2341. 2227. 1985 2000
mod |> performance::model_performance()
# Indices of model performance
AIC | AICc | BIC | Tjur's R2 | RMSE | Sigma | Log_loss | Score_log | Score_spher

-----------------------------------------------------------------------------------------------
2257.101 | 2257.343 | 2341.115 | 0.183 | 0.434 | 1.000 | 0.557 | -Inf | 0
Le fonction performance::compare_performance() permet

de comparer rapidement plusieurs modèles.
performance::compare_performance(mod, mod2, mod4)
# Comparison of Model Performance Indices
Name | Model | AIC (weights) | AICc (weights) | BIC (weights) | Tjur's R2 | RMSE | Sigma | L
-----------------------------------------------------------------------------------------------
mod | glm | 2257.1 (0.025) | 2257.3 (0.023) | 2341.1 (<.001) | 0.183 | 0.434 | 1.000 |
mod2 | glm | 2250.6 (0.651) | 2250.7 (0.654) | 2301.0 (0.971) | 0.181 | 0.435 | 1.000 |
mod4 | glm | 2252.0 (0.325) | 2252.1 (0.323) | 2308.0 (0.029) | 0.181 | 0.435 | 1.000 |
Si l’on souhaite afficher l’AIC (ainsi que d’autres statistiques

globales du modèle) en note du tableau des coefficients, on
pourra utiliser gtsummary::add_glance_source_note().
384
mod2 |>
bold_labels() |>
add_glance_source_note()

Table 23.1: Modèle obtenu après réduction du nombre de va-

riables

Sexe
Femme — —
Homme 1,53 1,25 – 1,87 <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans 0,74 0,48 – 1,15 0,2
45-64 ans 0,40 0,25 – 0,62 <0,001
65 ans et plus 0,28 0,17 – 0,47 <0,001
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 2,63 1,80 – 3,88 <0,001
Supérieur 7,36 5,10 – 10,8 <0,001
Non documenté 10,2 5,43 – 19,4 <0,001
23.8 Sélection pas à pas et valeurs

manquantes
Si certaines de nos variables explications contiennent des va-

leurs manquantes (NA), cela peut entraîner des erreurs au mo-
ment d’avoir recours à step(), car le nombre d’observations
dans le modèle va changer si on retire du modèle une variable
explicative avec des valeurs manquantes.
385
Prenons un exemple, en ajoutant des valeurs manquantes à la
variable relig (pour cela nous allons recoder les refus et les ne
sait pas en NA).
d$relig_na <-
d$relig |>
fct_recode(
NULL = "Rejet",
NULL = "NSP ou NVPR"
)
mod_na <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig_na + lecture.bd,
family = binomial,
data = d
)
Au moment d’exécuter step() nous obtenons l’erreur mention-

née précédemment.
step(mod_na)
Start: AIC=2096.64
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig_na + lecture.bd
Df Deviance AIC
- relig_na 3 2073.2 2093.2
- lecture.bd 1 2072.2 2096.2
<none> 2070.6 2096.6
- sexe 1 2088.6 2112.6
- groupe_ages 3 2118.0 2138.0
- etudes 4 2218.1 2236.1
Error in step(mod_na): le nombre de lignes utilisées a changé : supprimer les valeurs manquante
Pas d’inquiétude ! Il y a moyen de s’en sortir en adoptant la

stratégie suivante :
1. créer une copie du jeu de données avec uniquement des

observations sans valeur manquante pour nos variables
explicatives ;
386
2. calculer notre modèle complet à partir de ce jeu de don-
nées ;
3. appliquer step() ;
4. recalculer le modèle réduit en repartant du jeu de données
complet.
Première étape, ne garder que les observations complètes à

l’aide de tidyr::drop_na(), en lui indiquant la liste des va-
riables dans lesquelles vérifier la présence ou non de NA.
d_complet <- d |>

drop_na(sexe, groupe_ages, etudes, relig_na, lecture.bd)
Deuxième étape, calculons le modèle complet avec ce jeu don-

nées.
mod_na_alt <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig_na +lecture.bd,
family = binomial,
data = d_complet
)
Le modèle mod_na_alt est tout à fait identique au modèle

mod_na, car glm() supprime de lui-même les valeurs man-
quantes quand elles existent. Nous pouvons maintenant utiliser
step().
mod_na_reduit <- step(mod_na_alt)
Start: AIC=2096.64
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig_na + lecture.bd
Df Deviance AIC
- relig_na 3 2073.2 2093.2
- lecture.bd 1 2072.2 2096.2
<none> 2070.6 2096.6
- sexe 1 2088.6 2112.6
- groupe_ages 3 2118.0 2138.0
- etudes 4 2218.1 2236.1
387
Step: AIC=2093.19
Df Deviance AIC
- lecture.bd 1 2074.6 2092.6
<none> 2073.2 2093.2
- sexe 1 2090.2 2108.2
- groupe_ages 3 2118.5 2132.5
- etudes 4 2221.4 2233.4
Step: AIC=2092.59
Df Deviance AIC
<none> 2074.6 2092.6
- sexe 1 2091.1 2107.1
- groupe_ages 3 2119.6 2131.6
- etudes 4 2227.2 2237.2
Cela s’exécute sans problème car tous les sous-modèles sont cal-
culés à partir de d_complet et donc ont bien le même nombre
d’observations. Cependant, dans notre modèle réduit, on a re-
tiré 137 observations en raison d’une valeur manquante sur la
variable relig_na, variable qui n’est plus présente dans notre
modèle réduit. Il serait donc pertinent de réintégrer ces obser-
vations.
Nous allons donc recalculer le modèle réduit mais à partir
de d. Inutile de recopier à la main la formule du mo-
dèle réduit, car nous pouvons l’obtenir directement avec
mod_na_reduit$formula.
mod_na_reduit2 <- glm(

mod_na_reduit$formula,
family = binomial,
data = d
)
Attention : mod_na_reduit et mod_na_reduit2 ne sont pas

identiques puisque le second a été calculé sur un plus grand
388
nombre d’observations, ce qui change très légèrement les valeurs
des coefficients.
Ď Astuce
Pour automatiser l’ensemble de ce processus, on peut co-

pier/coller le code de la fonction générique suivante :
step_with_na <- function(model, ...) {

# refit the model without NAs
model_no_na <- update(model, data = model.frame(model))
# apply step()
model_simplified <- step(model_no_na, ...)
# recompute simplified model using full data
update(model, formula = terms(model_simplified))
}
Elle réalise l’ensemble des opérations décrites plus haut en

profitant de la flexibilité offerte par la fonction update().
La fonction model.frame() permet de récupérer le jeu
de données utilisé par un modèle (et dans lequel les lignes
incomplètes ont été supprimées). La fonction terms() per-
met de récupérer l’équation du modèle.
Attention : il s’agit d’une fonction expérimentale et elle
n’est peut-être pas compatible avec tous les types de mo-
dèles. Elle a été testée avec les modèles lm(), glm() et
nnet::multinom().
mod_na_reduit_direct <- step_with_na(mod_na, trace = 0)
Le résultat obtenu est strictement identique.
anova(mod_na_reduit2, mod_na_reduit_direct)

Resid. Df Resid. Dev Df Deviance
1 1991 2232.6
2 1991 2232.6 0 0
389
24 Prédictions marginales,
contrastes marginaux &
effets marginaux
Á Avertissement
Ce chapitre nécessite une version récente de

{broom.helpers} (version � 1.12.0), de {gtsummary}
(version � 1.6.3), de {ggstats} (version � 0.2.1) et de
{marginaleffects} (version � 0.10.0).
Les coefficients d’une régression multivariée ne sont pas tou-

jours facile à interpréter car ils ne sont pas forcément exprimés
dans la même dimension que la variable d’intérêt. C’est no-
tamment le cas pour une régression logistique binaire (cf. Cha-
pitre 22). Comment traduire la valeur d’un odds ratio en écart
de probabilité ?
Dans certaines disciplines, notamment en économétrie, on pré-
fère souvent présenter les effets marginaux qui tentent de tra-
duire les résultats du modèle dans la dimension de la variable
d’intérêt. Plusieurs approches existent et l’on trouve dans la lit-
térature des expressions telles que effets marginaux, effets sta-
tistiques, moyennes marginales, pentes marginales, effets mar-
ginaux à la moyenne, et autres expressions similaires.
Différents auteurs peuvent utiliser la même expression pour
désigner des indicateurs différents, ou bien des manières dif-
férentes de les calculer.
390
Ĺ Note
Si vous n’êtes pas familier des estimations marginales

et souhaitez aller à l’essentiel, vous pouvez, en première
lecture, vous concentrer sur les prédications marginales
moyennes et les contrastes marginaux moyens, avant
d’explorer les autres variantes.
24.1 Terminologie
Dans ce guide, nous avons décidé d’adopter une terminologie

consistante avec celle du package {broom.helpers}, elle même
basée sur celle du package {marginaleffects}, dont la pre-
mière version a été publié en septembre 2021, et avec le billet
d’Andrew Heiss intitulé Marginalia et publié en mai 2022.
Lorsque l’on utilise un modèle ajusté pour prédire l’outcome
selon certaines combinaisons de valeurs des régresseurs / va-
riables explicatives, par exemple leurs valeurs observées ou leur
moyenne, on obtient des prédictions ajustées. Lorsque ces
dernières sont moyennées selon un régresseur spécifique, nous
parlerons alors de prédictions marginales.
Les contrastes marginaux correspondent au calcul d’une dif-
férence entre des prédictions marginales, que ce soit pour une
variable catégorielle (e.g. différence entre deux modalités) ou
pour une variable continue (différence observée au niveau de
l’outcome pour un certain changement du prédicteur).
Les pentes marginales ou effets marginaux sont définis,
pour des variables continues, comme la dérivée partielle (slope)
de l’équation de régression pour certains valeurs de la variable
explicative. Dit autrement, un effet marginal correspond à la
pente locale de la fonction de régression pour certaines valeurs
choisies d’un prédicteur continue. De manière pratique, les ef-
fets marginaux sont similaires aux contrastes marginaux.
L’ensemble de ces indicateurs marginaux se calculent pour cer-
taines valeurs typiques des variables explicatives, avec plusieurs
approches possibles pour définir des valeurs typiques : moyenne
/ mode, valeurs observées, valeurs personnalisées…
391
Nous présenterons ces différents concepts plus en détail dans la
suite de ce chapitre.
Plusieurs packages proposent des fonctions pour le calcul
d’estimations marginales, {marginaleffects}, {emmeans},
{margins}, {effects}, ou encore {ggeffects}, chacun avec
des approches et un vocabulaire légèrement différent.
Le package {broom.helpers} fournit plusieurs tidiers qui
permettent d’appeler les fonctions de ces autres packages
et de renvoyer un tableau de données compatible avec
la fonction broom.helpers::tidy_plus_plus() et dès
lors de pouvoir générer un tableau mis en forme avec
gtsummary::tbl_regression() ou un graphique avec
Pour illustrer ce chapitre, nous allons prendre un modèle logis-

tique issu du chapitre sur la régression logistique binaire (cf.
Chapitre 22).
library(tidyverse)
library(labelled)
library(gtsummary)
"fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = " "
)
d <-
hdv2003 |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
392
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
)
mod <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv,
family = binomial,
data = d
)
mod |>
bold_labels()

393
Table 24.1: Odds Ratios du modèle logistique

Sexe
Femme — —
Homme 1,52 1,24 – 1,87 <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans 0,68 0,43 – 1,06 0,084
45-64 ans 0,36 0,23 – 0,57 <0,001
65 ans et plus 0,27 0,16 – 0,46 <0,001
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 2,54 1,73 – 3,75 <0,001
Supérieur 6,55 4,50 – 9,66 <0,001
Non documenté 8,54 4,51 – 16,5 <0,001
Il faut se rappeler que pour calculer le modèle, les observa-

tions ayant au moins une valeur manquante ont été exclues.
Le modèle n’a donc pas été calculé sur 2000 observations
(nombre de lignes de hdv2003) mais sur 1995. On peut obtenir
le tableau de données du modèle (model frame), qui ne
contient que les variables et les observations utilisées, avec
broom.helpers::model_get_model_frame().
mf <- mod %>%

broom.helpers::model_get_model_frame()
nrow(mf)
[1] 1995
colnames(mf)
[1] "sport" "sexe" "groupe_ages" "etudes" "heures.tv"
394
24.3 Prédictions marginales
24.3.1 Prédictions marginales moyennes
Pour illustrer et mieux comprendre ce que représente la dif-

férence entre les femmes et les hommes, nous allons effectuer
des prédictions avec notre modèle en ne faisant varier que la
variable sexe.
Une première approche consiste à dupliquer nos données obser-
vées et à supposer que tous les individus sont des femmes, puis
à supposer que tous les individus sont des hommes.
mf_femmes <- mf |> mutate(sexe = "Femme")

mf_hommes <- mf |> mutate(sexe = "Homme")
Nos deux jeux de données sont donc identiques pour toutes les
autres variables et ne varient que pour le sexe. Nous pouvons
maintenant prédire, à partir de notre modèle ajusté, la proba-
bilité de faire du sport de chacun des individus de ces deux
nouveaux jeux de données, puis à en calculer la moyenne.
mod |> predict(type = "response", newdata = mf_femmes) |> mean()
[1] 0.324814
mod |> predict(type = "response", newdata = mf_hommes) |> mean()
[1] 0.4036624
Nous obtenons ainsi des prédictions marginales moyennes,

average marginal predictions en anglais, de respectivement 32%
et 40% pour les femmes et pour les hommes.
Le même résultat, avec en plus un intervalle de confiance, peut
s’obtenir avec marginaleffects::predictions().
395
library(marginaleffects)
mod |>
predictions(variables = "sexe", by = "sexe", type = "response")
sexe Estimate Std. Error z Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %

Femme 0.325 0.0130 25.0 <0.001 456.7 0.299 0.350
Homme 0.404 0.0147 27.5 <0.001 549.0 0.375 0.432
Columns: sexe, estimate, std.error, statistic, p.value, s.value, conf.low, conf.high

Type: response
Pour une variable continue, on peut procéder de la même ma-

nière en générant des prédictions marginales pour certaines va-
leurs de la variable. Par défaut, marginaleffects::predictions()
réalise des prédictions selon les 5 nombres de Tukey (Tukey’s
five numbers, à savoir minimum, premier quartile, médiane,
troisième quartile et maximum).
mod |>
predictions(variables = "heures.tv", by = "heures.tv", type = "response")
heures.tv Estimate Std. Error z Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %

0 0.410 0.01711 23.96 <0.001 419.0 0.3764 0.443
1 0.386 0.01220 31.64 <0.001 727.2 0.3621 0.410
2 0.363 0.00991 36.58 <0.001 970.7 0.3432 0.382
3 0.340 0.01145 29.66 <0.001 639.9 0.3173 0.362
12 0.168 0.04220 3.99 <0.001 13.9 0.0855 0.251
Columns: heures.tv, estimate, std.error, statistic, p.value, s.value, conf.low, conf.high

Type: response
Le package {broom.helpers} fournit la fonction broom.helpers::tidy_marginal_predictions()

qui génèrent les prédictions marginales de chaque va-
riable37 avec marginaleffects::predictions() et renvoie 37
La fonction
les résultat dans un format directement utilisable avec broom.helpers::tidy_marginal_predictions()
peut également gérer des combinai-
gtsummary::tbl_regression().
sons de variables ou interactions,
voir Chapitre 26).
396
Ĺ Note
Il est à noter que broom.helpers::tidy_marginal_predictions()

renvoie des p-valeurs qui, par défaut, teste si les valeurs
prédites sont différentes de 0 (sur l’échelle de la fonc-
tion de lien, donc différentes de 50% dans le cas
d’une régression logistique). Ce type de tests n’est
pas vraiment pertinent dans le cas présent. On peut
facilement masquer la colonne des p-valeurs avec
modify_column_hide("p.value").
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_marginal_predictions,
type = "response",
estimate_fun = scales::label_percent(accuracy = 0.1)
) |>
bold_labels() |>
modify_column_hide("p.value")

Table 24.2: Prédictions marginales moyennes
Prédictions
Caractéristique Marginales Moyennes 95% IC
Sexe
Femme 32.5% 29.9% –
35.0%
Homme 40.4% 37.5% –
43.2%
Groupe d’âges
25-44 ans 42.7% 39.3% –
46.2%
18-24 ans 51.2% 42.2% –
60.1%
397
Prédictions
Caractéristique Marginales Moyennes 95% IC
45-64 ans 29.9% 26.6% –
33.2%
65 ans et plus 24.9% 19.7% –
30.0%
Niveau d’études
Supérieur 53.2% 48.4% –
57.9%
Non documenté 59.2% 47.0% –
71.5%
Primaire 16.1% 11.9% –
20.4%
Technique / 34.0% 30.3% –
Professionnel 37.7%
Secondaire 31.8% 27.2% –
36.4%
Heures de
télévision / jour
0 41.0% 37.6% –
44.3%
1 38.6% 36.2% –
41.0%
2 36.3% 34.3% –
38.2%
3 34.0% 31.7% –
36.2%
12 16.8% 8.6% –
25.1%
La fonction broom.helpers::plot_marginal_predictions()
permet de visualiser les prédictions marginales à la moyenne en
réalisant une liste de graphiques, un par variable, que nous pou-
vons combiner avec patchwork::wrap_plots(). L’opérateur &
permet d’appliquer une fonction de {ggplot2} à chaque sous-
graphique. Ici, nous allons uniformiser l’axe des y.
p <- mod |>

broom.helpers::plot_marginal_predictions(type = "response") |>
398
patchwork::wrap_plots() &
scale_y_continuous(
limits = c(0, .8),
labels = scales::label_percent()
)
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
Femme Homme 18−24 ans
25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Sexe Groupe d'âges
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
Primaire
Secondaire
Supérieur
Non documenté 0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
Niveau d'études Heures de télévision / jour
Figure 24.1: Prédictions marginales moyennes
Il est ici difficile de lire les étiquettes de la variable etudes. Nous

pouvons éventuellement inverser l’axe des x et celui des y avec
ggplot2::coord_flip().
p & coord_flip()
399
65 ans et plus
Groupe d'âges
Homme
45−64 ans
Sexe
25−44 ans
Femme
18−24 ans
0% 20% 40% 60% 80% 0% 20% 40% 60% 80%
Heures de télévision / jour

12.5
Non documenté
Niveau d'études
10.0
Supérieur
7.5
5.0
Secondaire
2.5
Primaire
0.0
0% 20% 40% 60% 80% 0% 20% 40% 60% 80%
Une alternative possible avec d’avoir recours à ggtstats::ggcoef_model().
mod |>
tidy_args = list(type = "response"),
show_p_values = FALSE,
signif_stars = FALSE,
significance = NULL,
vline = FALSE
) +
scale_x_continuous(labels = scales::label_percent())
400
Sexe Femme
Homme

18−24 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Niveau d'études Supérieur

Non documenté
Primaire
Secondaire
Heures de télévision / jour 0

1
2
3
12
20% 40% 60%
Average Marginal Predictions
ĺ Importance de l’argument type pour les modèles glm
Lorsque l’on a recours à des modèles calculés avec glm(), il

est possible de réaliser des prédictions selon deux échelles :
l’échelle de notre outcome ou variable à expliquer (type
= "response"), ici exprimée en probabilités ou propor-
tions puisqu’il s’agit d’une régression logistique, ou bien
selon l’échelle de la fonction de lien (type = "link") du
modèle, ici la fonction logit (voir Section 22.4).
Avec l’option type = "reponse", on indique à
{marginaleffects} de calculer pour chaque indi-
vidu une prédiction selon l’échelle de l’outcome puis de
procéder à la moyenne, ce que nous avons fait dans les
exemples précédents.
Si nous avions indiqué type = "link", les prédictions au-
raient été faites selon l’échelle de la fonction de lien avant
d’être moyennée.
mod |> predict(type = "link", newdata = mf_femmes) |> mean()
[1] -0.910525
401
mod |> predict(type = "link", newdata = mf_hommes) |> mean()
[1] -0.4928844
mod |>
predictions(variables = "sexe", by = "sexe", type = "link")

Femme -0.911 0.0751 -12.13 <0.001 110.0 -1.058 -0.763
Homme -0.493 0.0779 -6.33 <0.001 31.9 -0.646 -0.340

Type: link
Depuis la version 0.10.0 de {marginaleffects}, si l’on

ne précise pas le paramètre type (i.e. si type = NULL),
la fonction marginaleffects::predictions() réalise les
prédictions selon l’échelle de la fonction de lien, calcule les
moyennes puis re-transforme ce résultat selon l’échelle de
la variable à expliquer.
logit_inverse <- binomial("logit") |> purrr::pluck("linkinv")

mod |> predict(type = "link", newdata = mf_femmes) |> mean() |> logit_inverse()
[1] 0.2868924
mod |> predict(type = "link", newdata = mf_hommes) |> mean() |> logit_inverse()
[1] 0.3792143
mod |>
predictions(variables = "sexe", by = "sexe")
sexe Estimate Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %

Femme 0.287 <0.001 110.0 0.258 0.318
402
Homme 0.379 <0.001 31.9 0.344 0.416
Columns: sexe, estimate, p.value, s.value, conf.low, conf.high

Type: invlink(link)
Or, la plupart du temps, le logit inverse de la moyenne des

prédictions est différent de la moyenne des logit inverse des
prédictions !
Les résultats seront similaires et du même ordre de gran-
deur, mais pas identiques.
24.3.2 Prédictions marginales à la moyenne
Pour les prédictions marginales moyennes, nous avons réalisé

des prédictions pour chaque observations du tableau d’origine,
en faisant varier juste une variable à la fois, avant de calculer
la moyenne des prédictions.
Une alternative consiste à générer une sorte d’individu moyen
/ typique puis à réaliser des prédictions pour cette unique in-
dividu, en faisant juste varier la variable explicative d’intérêt.
On parle alors de prédictions marginales à la moyenne,
marginal predictions at the mean en anglais.
24.3.2.1 avec {marginaleffects}
On peut réaliser cela avec {marginaleffects} en précisant

newdata = "mean". Prenons un exemple pour la variable
sexe :
mod |> predictions(variables = "sexe", newdata = "mean")
groupe_ages etudes heures.tv sexe Estimate Pr(>|z|) S

45-64 ans Technique / Professionnel 2.25 Femme 0.239 <0.001 59.5
45-64 ans Technique / Professionnel 2.25 Homme 0.323 <0.001 29.5
2.5 % 97.5 %
0.196 0.289
403
0.273 0.378
Columns: rowid, rowidcf, estimate, p.value, s.value, conf.low, conf.high, sport, groupe_ages, e
Type: invlink(link)
Dans ce cas de figure, {marginaleffects} considère pour

chaque variable continue sa moyenne (ici 2.246 pour heures.tv)
et pour chaque variable catégorielle son mode (la valeur
observée la plus fréquente, ici "Technique / Professionnel"
pour la variable etudes). On fait juste varier les modalités de
sexe puis on calculer la probabilité de faire du sport de ces
individus moyens.
On peut également passer le paramètre newdata = "mean" à
broom.helpers::tidy_marginal_predictions() ou même à
gtsummary::tbl_regression()38 . 38
Les paramètres ad-
ditionnels indiqués à
gtsummary::tbl_regression()
mod |>
sont transmis en cascade à
tbl_regression( broom.helpers::tidy_plus_plus()
puis à
newdata = "mean", broom.helpers::tidy_marginal_predictions()
et
estimate_fun = scales::label_percent(accuracy = 0.1) enfin à
marginaleffects::predictions().
) |>
bold_labels() |>
modify_column_hide("p.value")

Table 24.3: Prédictions marginales à la moyenne
Prédictions Marginales
Caractéristique à la Moyenne 95% IC
Sexe
Femme 23.9% 19.6% –
28.9%
Homme 32.3% 27.3% –
37.8%
404
Groupe d’âges
25-44 ans 37.3% 32.1% –
42.8%
18-24 ans 46.8% 36.1% –
57.8%
45-64 ans 23.9% 19.6% –
28.9%
65 ans et plus 19.2% 14.0% –
25.6%
Niveau d’études
Supérieur 42.3% 36.0% –
48.9%
63.2%
Primaire 10.1% 7.3% –
13.7%
Technique / 23.9% 19.6% –
Professionnel 28.9%
27.2%
Heures de
télévision / jour
0 29.2% 23.6% –
35.5%
1 26.8% 21.9% –
32.3%
2 24.5% 20.1% –
29.5%
3 22.3% 18.1% –
27.2%
12 8.8% 4.6% –
16.4%
De même, on peut générer une représentation graphique :
p <- mod |>

broom.helpers::plot_marginal_predictions(newdata = "mean") |>
405
scale_y_continuous(
limits = c(0, .8),
) &
coord_flip()
65 ans et plus
Groupe d'âges
Homme
45−64 ans
Sexe
25−44 ans
Femme
18−24 ans
0% 20% 40% 60% 80% 0% 20% 40% 60% 80%

12.5
Non documenté
Niveau d'études
10.0
Supérieur
7.5
5.0
Secondaire
2.5
Primaire
0.0
0% 20% 40% 60% 80% 0% 20% 40% 60% 80%
Figure 24.4: Prédictions marginales à la moyenne
Si l’on souhaite utiliser ggstats::ggcoef_model(), on peut di-

rectement indiquer newdata = "mean". Il faudra passer cette
option via tidy_args qui prend une liste d’arguments à trans-
mettre à tidy_fun.
mod |>
tidy_args = list(newdata = "mean"),
show_p_values = FALSE,
signif_stars = FALSE,
vline = FALSE
406
) +
Sexe Femme
Homme

18−24 ans
45−64 ans
65 ans et plus

Non documenté
Primaire
Secondaire

1
2
3
12
20% 40% 60%
Marginal Predictions at the Mean
Figure 24.5: Prédictions marginales à la moyenne
24.3.2.2 avec {effects}
Le package {effects}39 adopte une approche un peu différente 39

Malgré son nom, le package
pour définir un individu moyen. {effects} ne calcule pas des effets
marginaux mais des prédictions mar-
Calculons les prédictions marginales à la moyenne avec la fonc- ginales, selon la terminologie retenue
tion effects::Effect(). au début de ce document.
e <- effects::Effect("sexe", mod)

e
sexe effect
sexe
Femme Homme
0.2868924 0.3792143
On le voit, les résultats sont là encore assez proches mais dif-

férents. Regardons de plus près les données utilisées pour les
prédictions.
407
e$model.matrix
(Intercept) sexeHomme groupe_ages25-44 ans groupe_ages45-64 ans

1 1 0 0.3533835 0.3719298
2 1 1 0.3533835 0.3719298
groupe_ages65 ans et plus etudesSecondaire etudesTechnique / Professionnel
1 0.1904762 0.193985 0.2962406
2 0.1904762 0.193985 0.2962406
etudesSupérieur etudesNon documenté heures.tv
1 0.2205514 0.05614035 2.246566
2 0.2205514 0.05614035 2.246566
attr(,"assign")
[1] 0 1 2 2 2 3 3 3 3 4
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$sexe
[1] "contr.treatment"
attr(,"contrasts")$groupe_ages
attr(,"contrasts")$etudes
Pour les variables continues, {effects} utilise la moyenne

observée de la variable, comme précédemment avec
{marginaleffects}. Par contre, pour les variables caté-
gorielles, ce n’est pas le mode qui est utilisé, mais l’ensemble
des modalités, pondérées selon leur proportion observée dans
l’échantillon. Cette approche a l’avantage de moyenniser
également les variables catégorielles, même si les individus
pour lesquels une prédiction est réalisée sont complètement
fictifs.
On peut utiliser broom.helpers::tidy_all_effects()
pour générer un tableau de prédictions marginales avec
{effects}.
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_all_effects,
408
) |>
bold_labels()

Table 24.4: Prédictions marginales à la moyenne avec le pa-

ckage effects
Sexe
Femme 28.7% 25.8% –
31.8%
Homme 37.9% 34.4% –
41.6%
Groupe d’âges
18-24 ans 51.2% 41.0% –
61.3%
25-44 ans 41.5% 37.4% –
45.7%
45-64 ans 27.3% 23.9% –
30.9%
65 ans et plus 22.0% 17.4% –
27.5%
Niveau d’études
Primaire 14.9% 11.3% –
19.3%
35.7%
Technique / 32.9% 29.1% –
Professionnel 37.0%
Supérieur 53.4% 48.3% –
58.4%
71.8%
409
Heures de
télévision / jour
0 38.9% 34.8% –
43.2%
3 30.7% 28.1% –
33.4%
6 23.6% 18.9% –
28.9%
9 17.7% 11.9% –
25.4%
10 16.0% 10.1% –
24.4%
Pour une représentation graphique, nous pouvons utiliser les

fonctions internes d’{effects} en appliquant plot() aux ré-
sultats de effects::allEffects() qui calcule les prédictions
marginales de chaque variable.
mod |>
effects::allEffects() |>
plot()
410
sexe effect plot groupe_ages effect plot
0.6
sport
sport
0.40 0.5
0.35 0.4
0.3
0.30 0.2
Femme Homme 18−2425−44
ans 45−64
ans65 ans
ans et plus
sexe groupe_ages
etudes effect plot heures.tv effect plot
0.7 0.40
sport
sport
0.6
0.5
0.4 0.35
0.30
0.25
0.3
0.2 0.20
0.15
0.10
Primaire
Technique
Secondaire
/ Professionnel
Supérieur
Non documenté 0 2 4 6 8 10
etudes heures.tv
Figure 24.6: Prédictions marginales à la moyenne avec le pa-

ckage effects
On peut aussi utiliser ggstats::ggcoef_model()40 . 40

De manière générale,
ggstats::ggcoef_model() est
compatible avec les mêmes tidy_fun
mod |>
que gtsummary::tbl_regression(),
ggstats::ggcoef_model( les deux fonctions utilisant en interne
tidy_fun = broom.helpers::tidy_all_effects, broom.helpers::tidy_plus_plus().
vline = FALSE
) +
411
Sexe Femme
Homme

25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus

Secondaire
Supérieur
Non documenté

3
6
9
10
20% 40% 60%
Marginal Predictions at the Mean
Figure 24.7: Prédictions marginales à la moyenne avec le pa-

ckage effects
24.3.3 Variantes
Le package {ggeffects} propose une fonction ggeffects::ggpredict()

qui calcule des prédictions marginales à la moyenne des va-
riables continues et à la première modalité (utilisée comme
référence) des variables catégorielles. On ne peut donc
plus, au sens strict, parler de prédictions à la moyenne.
{broom.helpers} fournit une fonction tidy_ggpredict().
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_ggpredict,
) |>
bold_labels()
Data were 'prettified'. Consider using `terms="heures.tv [all]"` to get

smooth plots.

412
Table 24.5: Prédictions marginales avec ggpredict()
Prédictions
Caractéristique Marginales 95% IC
Sexe
Femme 23.8% 15.3% –
35.1%
Homme 32.2% 21.4% –
45.4%
Groupe d’âges
18-24 ans 23.8% 15.3% –
35.1%
25-44 ans 17.5% 12.7% –
23.5%
45-64 ans 10.1% 7.3% –
13.7%
65 ans et plus 7.8% 5.5% –
10.9%
Niveau d’études
Primaire 23.8% 15.3% –
35.1%
56.1%
Technique / 46.8% 36.1% –
Professionnel 57.8%
Supérieur 67.2% 56.2% –
76.6%
80.9%
Heures de télévision
/ jour
0 29.1% 18.7% –
42.3%
1 26.7% 17.2% –
38.9%
2 24.4% 15.7% –
35.8%
3 22.2% 14.2% –
33.0%
4 20.2% 12.8% –
30.4%
413
Prédictions
Caractéristique Marginales 95% IC
5 18.3% 11.4% –
28.2%
6 16.6% 10.0% –
26.1%
7 15.0% 8.8% –
24.3%
8 13.5% 7.7% –
22.7%
9 12.1% 6.6% –
21.2%
10 10.9% 5.7% –
19.9%
11 9.8% 4.9% –
18.7%
12 8.8% 4.2% –
17.6%
Pour une représentation graphique, on peut utiliser les fonc-

tionnalités natives inclues dans le package {ggeffects}.
mod |>
ggeffects::ggpredict() |>
lapply(plot) |>
patchwork::wrap_plots()
414
Predicted probabilities of PratiquePredicted
un sport ?probabilities of Pratique un sport ?
Pratique un sport ?
Pratique un sport ?
40% 30%
30% 20%
20% 10%
Femme Homme 18−24 ans25−44 ans45−64 ans

65 ans et plus
Sexe Groupe d'âges
Predicted probabilities of PratiquePredicted

un sport ?probabilities of Pratique un sport ?
Pratique un sport ?
Pratique un sport ?
80% 40%
60% 30%
40% 20%
10%
20%
Primaire
Secondaire
Supérieur
Non documenté 0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
Figure 24.8: Prédictions marginales avec ggpredict()
24.4 Contrastes marginaux
Maintenant que nous savons estimer des prédictions marginales,

nous pouvons facilement calculer des contrastes marginaux,
à savoir des différences entre prédictions marginales.
24.4.1 Contrastes marginaux moyens
Considérons tout d’abord la variable catégorielle sexe

et calculons les prédictions marginales moyennes avec
marginaleffects::predictions().
pred <- predictions(mod, variables = "sexe", by = "sexe", type = "response")

pred

Femme 0.325 0.0130 25.0 <0.001 456.7 0.299 0.350
Homme 0.404 0.0147 27.5 <0.001 549.0 0.375 0.432
415
Type: response
Le contraste entre les hommes et les femmes est tout simple-

ment la différence et les deux prédictions marginales.
pred$estimate[2] - pred$estimate[1]
[1] 0.07884839
La fonction marginaleffects::avg_comparisons() permet

de réaliser directement ce calcul.
avg_comparisons(mod, variables = "sexe")
Term Contrast Estimate Std. Error z Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %

sexe Homme - Femme 0.0788 0.0197 4 <0.001 14.0 0.0402 0.117
Columns: term, contrast, estimate, std.error, statistic, p.value, s.value, conf.low, conf.high
Type: response
Ď Astuce
Dans les faits, marginaleffects::avg_comparisons() a

calculé la différence entre les hommes et les femmes pour
chaque observation d’origine puis a réalisé la moyenne
des différences. Mathématiquement, la moyenne des dif-
férences est équivalente à la différence des moyennes.
Les contrastes calculés ici ont été moyennés sur l’ensemble des
valeurs observées. On parle donc de contrastes marginaux
moyens (average marginal contrasts).
Par défaut, chaque modalité est contrastée avec la première
modalité prise comme référence (voir exemple ci-dessous avec
la variable groupe_ages.
Regardons maintenant une variable continue.
416
avg_comparisons(mod, variables = "heures.tv")
Term Contrast Estimate Std. Error z Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %

heures.tv +1 -0.0227 0.0062 -3.66 <0.001 11.9 -0.0348 -0.0105
Type: response
Par défaut, marginaleffects::avg_comparisons() calcule,

pour chaque valeur observée de heures.tv, l’effet sur la probabi-
lité de pratiquer un sport d’augmenter de 1 le nombre d’heures
quotidiennes de télévision (plus précisément la différence des
valeurs prédites pour la valeur observée plus 0,5 et la valeur
observée moins 0,5).
On peut facilement obtenir la liste des contrastes marginaux
pour l’ensemble des variables.
avg_comparisons(mod)
Term Contrast Estimate Std. Error z

etudes Non documenté - Primaire 0.4309 0.0691 6.23
etudes Secondaire - Primaire 0.1568 0.0314 4.99
etudes Supérieur - Primaire 0.3701 0.0337 10.98
etudes Technique / Professionnel - Primaire 0.1781 0.0295 6.04
groupe_ages 25-44 ans - 18-24 ans -0.0844 0.0492 -1.71
groupe_ages 65 ans et plus - 18-24 ans -0.2631 0.0556 -4.73
heures.tv +1 -0.0227 0.0062 -3.66
sexe Homme - Femme 0.0788 0.0197 4.00
Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %
<0.001 31.0 0.2954 0.5665
<0.001 20.6 0.0952 0.2184
<0.001 90.8 0.3040 0.4361
<0.001 29.3 0.1203 0.2359
0.0865 3.5 -0.1808 0.0121
<0.001 15.2 -0.3121 -0.1133
417
<0.001 18.8 -0.3720 -0.1541
<0.001 11.9 -0.0348 -0.0105
<0.001 14.0 0.0402 0.1175
Type: response
Il est important de noter que le nom des colonnes n’est

pas compatible avec les fonctions de {broom.helpers}
et par extension avec gtsummary::tbl_regression() et
41 41
ggstats::ggcoef_model(). On utilisera donc broom.helpers::tidy_marginal_contrasts()
Il existe également une fonction
qui remets en forme le tableau de résultats dans un format broom.helpers::tidy_avg_comparisons()
mais on lui préférera
compatible. On pourra ainsi produire un tableau propre des
42 broom.helpers::tidy_marginal_contrasts().
résultats . Pour un modèle sans interaction,
les résultats sont identiques. Mais
mod |> broom.helpers::tidy_marginal_contrasts()
tbl_regression( peut gérer des termes d’interactions,
ce qui sera utile dans un prochain
tidy_fun = broom.helpers::tidy_marginal_contrasts,chapitre (cf. Chapitre 26).
estimate_fun = scales::label_percent( 42
Notez l’utilisation de
accuracy = 0.1, style_positive = "plus" dans
style_positive = "plus" l’appel de scales::label_percent()
) pour ajouter un signe + devant les va-
) |> leurs positives, afin de bien indiquer
que l’on représente le résultat d’une
bold_labels()
différence.

Table 24.6: Contrastes marginaux moyens
Contrastes
Marginaux p-
Caractéristique Moyens 95% IC valeur
Sexe
Homme - Femme +7.9% +4.0% – <0,001
+11.7%
Groupe d’âges
418
Contrastes
Marginaux p-
25-44 ans - 18-24 -8.4% -18.1% – 0,086
ans +1.2%
45-64 ans - 18-24 -21.3% -31.2% – <0,001
ans -11.3%
65 ans et plus - -26.3% -37.2% – <0,001
18-24 ans -15.4%
Niveau d’études
Non documenté - +43.1% +29.5% <0,001
Primaire – +56.6%
Secondaire - +15.7% +9.5% – <0,001
Primaire +21.8%
Supérieur - +37.0% +30.4% <0,001
Primaire – +43.6%
Technique / +17.8% +12.0% <0,001
Professionnel - – +23.6%
Primaire
Heures de
télévision / jour
+1 -2.3% -3.5% – <0,001
-1.1%
De même, on peut représenter les contrastes marginaux moyens

avec ggstats::ggcoef_model().
mod,
tidy_fun = broom.helpers::tidy_marginal_contrasts
) +
ggplot2::scale_x_continuous(
labels = scales::label_percent(style_positive = "plus")
)
419
Sexe Homme − Femme (p<0.001***)
Groupe d'âges 25−44 ans − 18−24 ans (p=0.086)

45−64 ans − 18−24 ans (p<0.001***)
65 ans et plus − 18−24 ans (p<0.001***)
Niveau d'études Non documenté − Primaire (p<0.001***)

Secondaire − Primaire (p<0.001***)
Supérieur − Primaire (p<0.001***)
Technique / Professionnel − Primaire (p<0.001***)
Heures de télévision / jour +1 (p<0.001***)

−40%
−20%
0%
+20%
+40%
+60%
Average Marginal Contrasts
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 24.9: Contrastes marginaux moyens
Ď Astuce
Il est possible de personnaliser le type de contrastes calcu-

lés, variable par variable, avec l’option variables_list
de broom.helpers::tidy_marginal_contrasts(). La
syntaxe est un peu particulière : il faut transmettre une
liste de listes.
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_marginal_contrasts,
variables_list = list(
list(heures.tv = 2),
list(groupe_ages = "pairwise"),
list(etudes = "sequential")
),
estimate_fun = scales::label_percent(
accuracy = 0.1,
style_positive = "plus"
)
) |>
bold_labels()
420
Contrastes
Marginaux 95% p-
Caractéristique Moyens IC valeur
Heures de
télévision / jour
+2 -4.5% -7.0% – <0,001
-2.1%
Groupe d’âges
25-44 ans - 18-24 -8.4% -18.1% 0,086
ans – +1.2%
45-64 ans - 18-24 -21.3% -31.2% <0,001
ans – -11.3%
45-64 ans - 25-44 -12.8% -17.6% <0,001
ans – -8.1%
65 ans et plus - -26.3% -37.2% <0,001
18-24 ans – -15.4%
65 ans et plus - -17.9% -24.3% <0,001
25-44 ans – -11.4%
65 ans et plus - -5.0% -11.0% 0,10
45-64 ans – +0.9%
Niveau d’études
Non documenté - +6.1% -7.0% – 0,4
Supérieur +19.2%
Secondaire - +15.7% +9.5% – <0,001
Primaire +21.8%
Supérieur - +19.2% +13.3% <0,001
Technique / –
Professionnel +25.1%
Technique / +2.1% -3.8% – 0,5
Professionnel - +8.0%
Secondaire
421
On peut obtenir le même résultat avec
broom.helpers::tidy_avg_comparison() avec une
syntaxe un peu plus simple (en passant une liste
via variables au lieu d’une liste de listes via
variables_list).
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_avg_comparisons,
variables = list(
heures.tv = 2,
groupe_ages = "pairwise",
etudes = "sequential"
),
accuracy = 0.1,
)
) |>
bold_labels()

Contrastes
Marginaux 95% p-
Caractéristique Moyens IC valeur
Niveau d’études
Non documenté - +6.1% -7.0% – 0,4
Supérieur +19.2%
Secondaire - +15.7% +9.5% – <0,001
Primaire +21.8%
Supérieur - +19.2% +13.3% <0,001
Technique / –
Technique / +2.1% -3.8% – 0,5
Secondaire
422
Groupe d’âges
25-44 ans - 18-24 -8.4% -18.1% 0,086
ans – +1.2%
45-64 ans - 18-24 -21.3% -31.2% <0,001
ans – -11.3%
45-64 ans - 25-44 -12.8% -17.6% <0,001
ans – -8.1%
65 ans et plus - -26.3% -37.2% <0,001
18-24 ans – -15.4%
65 ans et plus - -17.9% -24.3% <0,001
25-44 ans – -11.4%
65 ans et plus - -5.0% -11.0% 0,10
45-64 ans – +0.9%
Heures de
télévision / jour
+2 -4.5% -7.0% – <0,001
-2.1%
24.4.2 Contrastes marginaux à la moyenne
Comme précédemment, plutôt que de calculer les contrastes

marginaux pour chaque individu observé avant de faire la
moyenne des résultats, une approche alternative consiste
à considérer un individu moyen / typique et à calculer les
contrastes marginaux pour cet individu. On parle alors de
contrastes marginaux à la moyenne (marginal contrasts
at the mean).
Avec {marginaleffects}, il suffit de spécifier newdata =
"mean". Les variables continues seront fixées à leur moyenne
et les variables catégorielles à leur mode (modalité la plus
fréquente dans l’échantillon).
mod |>
tbl_regression(
newdata = "mean",
423
accuracy = 0.1,
)
) |>
bold_labels()

Table 24.9: Contrastes marginaux à la moyenne
Contrastes
Marginaux à la p-
Caractéristique Moyenne 95% IC valeur
Sexe
Homme - Femme +8.4% +4.3% – <0,001
+12.5%
Groupe d’âges
25-44 ans - 18-24 -9.5% -20.5% – 0,090
ans +1.5%
45-64 ans - 18-24 -22.9% -33.8% – <0,001
ans -11.9%
65 ans et plus - -27.6% -39.2% – <0,001
18-24 ans -16.1%
Niveau d’études
Non documenté - +38.8% +24.1% <0,001
Primaire –
+53.5%
Secondaire - +12.0% +7.0% – <0,001
Primaire +17.1%
Supérieur - +32.2% +25.7% <0,001
Primaire –
+38.7%
Technique / +13.9% +9.0% – <0,001
Primaire
Heures de
télévision / jour
424
Contrastes
Marginaux à la p-
Caractéristique Moyenne 95% IC valeur
+1 -2.2% -3.4% – <0,001
-1.0%
Pour la fonction ggstats::ggcoef_model(), on utilisera

l’argument tidy_args pour transmettre l’option newdata =
"mean".
mod,
tidy_args = list(newdata = "mean")
) +
)

45−64 ans − 18−24 ans (p<0.001***)
65 ans et plus − 18−24 ans (p<0.001***)

Heures de télévision / jour +1 (p<0.001***)

−40%
−20%
0%
+20%
+40%
Marginal Contrasts at the Mean
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 24.10: Contrastes marginaux à la moyenne
425
24.5 Pentes marginales / Effets marginaux
Les effets marginaux, ou plus précisément les pentes marginales,

sont similaires aux contrastes marginaux, avec un différence
subtile. Pour une variable continue, les contrastes marginaux
sont une différence entre deux prédictions tandis que les effets
marginaux (marginal effects) ou pentes marginales (mar-
ginal slopes). Dis autrement, l’effet marginal d’un régresseur
continu 𝑥 est la pente / dérivée 𝜕𝑦/𝜕𝑥 la fonction de prédiction
𝑦, mesurée à des valeurs spécifiques de 𝑥.
Les effets marginaux sont le plus souvent calculés selon
l’échelle de l’outcome et représentent le changement attendu de
l’outcome pour une augmentation du régresseur d’une unité.
Par définition, les effets marginaux ne sont pas définis pour
les variables catégorielles. La plupart des fonctions rapportent,
à la place, les contrastes marginaux pour ces variables catégo-
rielles.
Comme pour les prédictions marginales et les contrastes margi-
naux, plusieurs approches existent (voir par exemple la vignette
dédiée du package {marginaleffects}).
24.5.1 Pentes marginales moyennes / Effets

marginaux moyens
Les effets marginaux moyens (average marginal effects) sont

calculés en deux temps : (1) un effet marginal est calculé pour
chaque individu observé dans le modèle ; (ii) puis la moyenne
de ces effets individuels est calculée.
On aura tout simplement recours à la fonction marginaleffects::avg_slopes().
avg_slopes(mod)
Term Contrast Estimate Std. Error z

etudes Non documenté - Primaire 0.4309 0.0691 6.23
etudes Secondaire - Primaire 0.1568 0.0314 4.99
etudes Supérieur - Primaire 0.3701 0.0337 10.98
426
etudes Technique / Professionnel - Primaire 0.1781 0.0295 6.04
groupe_ages 65 ans et plus - 18-24 ans -0.2631 0.0556 -4.73
heures.tv dY/dX -0.0227 0.0062 -3.66
sexe Homme - Femme 0.0788 0.0197 4.00
Pr(>|z|) S 2.5 % 97.5 %
<0.001 31.0 0.2954 0.5665
<0.001 20.6 0.0952 0.2184
<0.001 90.8 0.3040 0.4361
<0.001 29.3 0.1203 0.2359
0.0865 3.5 -0.1808 0.0121
<0.001 15.2 -0.3121 -0.1133
<0.001 18.8 -0.3720 -0.1541
<0.001 11.9 -0.0348 -0.0105
<0.001 14.0 0.0402 0.1175
Type: response
Pour un usage avec broom.helpers::tidy_plus_plus(),

gtsummary::tbl_regression() ou ggstats::ggcoef_model(),
on utilisera broom.helpers::tidy_avg_slopes().
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_avg_slopes,
accuracy = 0.1,
)
) |>
bold_labels()

427
Table 24.10: Effets marginaux moyens
Effets
Marginaux p-
Niveau d’études
Non documenté - +43.1% +29.5% – <0,001
Primaire +56.6%
Secondaire - +15.7% +9.5% – <0,001
Primaire +21.8%
Supérieur - Primaire +37.0% +30.4% – <0,001
+43.6%
Technique / +17.8% +12.0% – <0,001
Primaire
Groupe d’âges
25-44 ans - 18-24 ans -8.4% -18.1% – 0,086
+1.2%
45-64 ans - 18-24 ans -21.3% -31.2% – <0,001
-11.3%
65 ans et plus - -26.3% -37.2% – <0,001
18-24 ans -15.4%
Heures de
télévision / jour
dY/dX -2.3% -3.5% – <0,001
-1.1%
Sexe
Homme - Femme +7.9% +4.0% – <0,001
+11.7%
mod,
tidy_fun = broom.helpers::tidy_avg_slopes
) +
)
428

45−64 ans − 18−24 ans (p<0.001***)
65 ans et plus − 18−24 ans (p<0.001***)
Heures de télévision / jour dY/dX (p<0.001***)

−40%
−20%
0%
+20%
+40%
+60%
Average Marginal Effects
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 24.11: Effets marginaux moyens
Un résultat similaire peut être obtenu avec margins::margins(),

le package {margins} s’inspirant de la commande Stata
margins.
margins::margins(mod) %>% tidy()
# A tibble: 9 x 5
term estimate std.error statistic p.value
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 etudesNon documenté 0.431 0.0691 6.23 4.60e-10
2 etudesSecondaire 0.157 0.0314 4.99 6.10e- 7
3 etudesSupérieur 0.370 0.0337 11.0 4.69e-28
4 etudesTechnique / Professionnel 0.178 0.0295 6.04 1.53e- 9
5 groupe_ages25-44 ans -0.0844 0.0492 -1.71 8.65e- 2
6 groupe_ages45-64 ans -0.213 0.0507 -4.20 2.73e- 5
7 groupe_ages65 ans et plus -0.263 0.0556 -4.73 2.21e- 6
8 heures.tv -0.0227 0.00620 -3.66 2.56e- 4
9 sexeHomme 0.0788 0.0197 4.00 6.26e- 5
For {broom.helpers}, {gtsummary} or {ggstats}, use

broom.helpers::tidy_margins().
429
mod |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_margins,
accuracy = 0.1,
)
) |>
bold_labels()

Table 24.11: Effets marginaux moyens avec margins
Effets
Marginaux p-
Niveau d’études
Primaire — —
Non documenté +43.1% +29.5% – <0,001
+56.6%
Secondaire +15.7% +9.5% – <0,001
+21.8%
Supérieur +37.0% +30.4% – <0,001
+43.6%
Technique / +17.8% +12.0% – <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans -8.4% -18.1% – 0,086
+1.2%
45-64 ans -21.3% -31.2% – <0,001
-11.3%
65 ans et plus -26.3% -37.2% – <0,001
-15.4%
Heures de -2.3% -3.5% – <0,001
télévision / jour -1.1%
430
Effets
Marginaux p-
Sexe
Femme — —
Homme +7.9% +4.0% – <0,001
+11.7%
mod,
tidy_fun = broom.helpers::tidy_margins
) +
)


25−44 ans (p=0.086)
45−64 ans (p<0.001***)
65 ans et plus (p<0.001***)
Sexe Femme
Homme (p<0.001***)
−40%
−20%0%+20%
+40%
+60%
Average Marginal Effects
p <= 0.05 p > 0.05
Figure 24.12: Effets marginaux moyens avec margins
24.5.2 Pentes marginales à la moyenne / Effets

marginaux à la moyenne
Pour les effets marginaux à la moyenne (marginal effect

at the mean), simplement indiquer newdata = "mean" à
broom.helpers::tidy_marginaleffects().
431
24.6 Lectures complémentaires (en anglais)
• Documentation of the marginaleffects package par

Vincent Arel-Bundock
• Marginalia: A guide to figuring out what the heck margi-
nal effects, marginal slopes, average marginal effects, mar-
ginal effects at the mean, and all these other marginal
things are par Andrew Heiss
• Introduction to Adjusted Predictions and Marginal Ef-
fects in R par Daniel Lüdecke
• An Introduction to margins
• Marginal effects / slopes, contrasts, means and predic-
tions with broom.helpers
• The Marginal Effects Zoo par Vincent Arel-Bundock
24.7 webin-R
La régression logistique est présentée sur YouTube dans le

webin-R #24 (Prédictions, contrastes & effets marginaux).
https://youtu.be/rAAh8rNLAOA
432
25 Contrastes (variables
catégorielles)
Dans les modèles de régression (comme les modèles linéaires, cf.

Chapitre 21, ou les modèles linéaires généralisés comme la ré-
gression logistique binaire, cf. Chapitre 22), une transformation
des variables catégorielles est nécessaire pour qu’elles puissent
être prises en compte dans le modèle. On va dès lors définir des
contrastes.
De manière générale, une variable catégorielle à n modalités
va être transformée en n-1 variables quantitatives. Il existe
cependant plusieurs manières de faire (i.e. plusieurs types de
contrastes). Et, selon les contrastes choisis, les coefficients du
modèles ne s’interpréteront pas de la même manière.
25.1 Contrastes de type traitement
Par défaut, R applique des contrastes de type traitement pour

un facteur non ordonné. Il s’agit notamment des contrastes uti-
lisés par défaut dans les chapitres précédents.

Commençons avec un premier exemple que nous allons calcu-

ler avec le jeu de données trial chargé en mémoire lorsque l’on
appelle l’extension {gtsummary}. Ce jeu de données contient
les observations de 200 patients. Nous nous intéressons à deux
variables en particulier : marker une variable numérique corres-
pondant à un marqueur biologique et grade un facteur à trois
modalités correspondant à différent groupes de patients.
433
Regardons la moyenne de marker pour chaque valeur de
grade.
library(tidyverse)
library(gtsummary)
trial |>
select(marker, grade) |>
tbl_summary(
by = grade,
statistic = marker ~ "{mean}",
digits = marker ~ 4
) |>
I, N = II, N = III, N = Overall, N

Characteristic 68 68 64 = 200
Marker 1.0669 0.6805 0.9958 0.9160
Level
(ng/mL)
Unknown 2 5 3 10
Utilisons maintenant une régression linaire pour modéliser la

valeur de marker en fonction de grade.
mod1_trt <- lm(marker ~ grade, data = trial)

mod1_trt
Call:
lm(formula = marker ~ grade, data = trial)
Coefficients:
(Intercept) gradeII gradeIII
1.0669 -0.3864 -0.0711
Le modèle obtenu contient trois coefficients ou termes : un in-

tercept et deux termes associés à la variable grade.
434
Pour bien interpréter ces coefficients, il faut comprendre
comment la variable grade a été transformée avant d’être
inclue dans le modèle. Nous pouvons voir cela avec la fonction
contrasts().
contrasts(trial$grade)
II III
I 0 0
II 1 0
III 0 1
Ce que nous montre cette matrice, c’est que la variable caté-

gorielle grade à 3 modalités a été transformée en 2 variables
binaires que l’on retrouve sous les noms de gradeII et gradeIII
dans le modèle : gradeII vaut 1 si grade est égal à II et 0 sinon;
gradeIII vaut 1 si grade est égal à III et 0 sinon. Si grade est
égal à I, alors gradeII et gradeIII valent 0.
Il s’agit ici d’un contraste dit de traitement ou la première
modalité joue ici le rôle de modalité de référence.
Dans ce modèle linéaire, la valeur de l’intercept correspond à la
moyenne de marker lorsque nous nous trouvons à la référence,
donc quand grade est égal à I dans cet exemple. Et nous pou-
vons le constater dans notre tableau précédent des moyennes,
1.0669 correspond bien à la moyenne de marker pour la moda-
lité I.
La valeur du coefficient associé à markerII correspond à l’écart
par rapport à la référence lorsque marker est égal à II. Autre-
ment dit, la moyenne de marker pour la modalité II corres-
pond à la somme de l’intercept et du coefficient markerII. Et
nous retrouvons bien la relation suivante : 0.6805 = 1.0669 +
-0.3864. De même, la moyenne de marker lorsque grade vaut
III est égale à la somme de l’intercept et du terme markerIII.
Lorsqu’on utilise des contrastes de type traitement, chaque
terme du modèle peut être associé à une et une seule modalité
d’origine de la variable catégorielle. Dès lors, il est possible
de rajouter la modalité de référence lorsque l’on présente les
résultats et on peut même lui associer la valeurs 0, ce qui peut
435
être fait avec gtsummary::tbl_regression() avec l’option
add_estimate_to_reference_rows = TRUE.
mod1_trt |>
tbl_regression(
intercept = TRUE,
add_estimate_to_reference_rows = TRUE
)


(Intercept) 1.1 0.86, 1.3 <0.001
Grade
I 0.00 —
II -0.39 -0.68, -0.09 0.010
III -0.07 -0.37, 0.23 0.6

deux variables catégorielles
Pour ce deuxième exemple, nous allons utiliser le jeu de don-

nées hdv2003 fourni par l’extension {questionr} et recoder la
variable age en groupes d’âges à 4 modalités.
library(questionr)
data("hdv2003")
library(tidyverse)
hdv2003 <- hdv2003 |>

mutate(
groupe_ages = cut(
age,
c(16, 25, 45, 65, 99),
436
right = FALSE,
include.lowest = TRUE
) |>
fct_recode(
"16-24" = "[16,25)",
"25-44" = "[25,45)",
"45-64" = "[45,65)",
"65+" = "[65,99]"
)
) |>
sexe = "Sexe"
)
Nous allons faire une régression logistique binaire pour investi-

guer l’effet du sexe (variable à 2 modalités) et du groupe d’âges
(variable à 4 modalités) sur la pratique du sport.
mod2_trt <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages,
family = binomial,
data = hdv2003
)
mod2_trt
Call: glm(formula = sport ~ sexe + groupe_ages, family = binomial,

data = hdv2003)
Coefficients:
(Intercept) sexeFemme groupe_ages25-44 groupe_ages45-64
0.9021 -0.4455 -0.6845 -1.6535
groupe_ages65+
-2.3198
Degrees of Freedom: 1999 Total (i.e. Null); 1995 Residual

Null Deviance: 2617
Residual Deviance: 2385 AIC: 2395
437
Le modèle contient 5 termes : 1 intercept, 1 coefficient pour
la variable sexe et 3 coefficients pour la variable groupe_ages.
Comme précédemment, nous pouvons constater que les va-
riables à n modalités sont remplacées par défaut (contrastes
de type traitement) par n-1 variables binaires, la première
modalité jouant à chaque fois le rôle de modalité de référence.
contrasts(hdv2003$sexe)
Femme
Homme 0
Femme 1
contrasts(hdv2003$groupe_ages)
25-44 45-64 65+

16-24 0 0 0
25-44 1 0 0
45-64 0 1 0
65+ 0 0 1
L’intercept correspond donc à la situation à la référence, c’est-

à-dire à la prédiction du modèle pour les hommes (référence de
sexe) âgés de 16 à 24 ans (référence de groupe_ages).
Il est possible d’exprimer cela en termes de probabilité en uti-
lisant l’inverse de la fonction logit (puisque nous avons utilisé
un modèle logit).
inv_logit <- binomial("logit")$linkinv

inv_logit(0.9021)
[1] 0.7113809
Selon le modèle, les hommes âgés de 16 à 24 ans ont donc 71%

de chance de pratiquer du sport.
Regardons maintenant le coefficient associé à sexeFemme (-
0.4455) : il représente (pour la modalité de référence des autres
438
variables, soit pour les 16-24 ans ici) la correction à appliquer à
l’intercept pour obtenir la probabilité de faire du sport. Il s’agit
donc de la différence entre les femmes et les hommes pour le
groupe des 16-24 ans.
inv_logit(0.9021 - 0.4455)
[1] 0.6122073
Autrement dit, selon le modèle, la probabilité de faire du sport

pour une femme âgée de 16 à 24 ans est de 61%. On peut
représenter cela avec la fonction ggeffects::ggpredict()
de {ggeffects}, qui représente les prédictions d’une variable
toutes les autres variables étant à la référence.
library(ggeffects)
ggpredict(mod2_trt, "sexe") |> plot()
Predicted probabilities of sport
70%
sport
60%
Homme Femme
Sexe
Bien souvent, pour une régression logistique, on préfère repré-

senter les exponentielles des coefficients qui correspondent à des
odds ratios.
439
mod2_trt |>
tbl_regression(
intercept = TRUE,
) |>
bold_labels()

Characteristic OR 95% CI p-value

(Intercept) 2.46 1.76, 3.48 <0.001
Sexe
Homme 1.00 —
Femme 0.64 0.53, 0.78 <0.001
Groupe d’âges
16-24 1.00 —
25-44 0.50 0.35, 0.71 <0.001
45-64 0.19 0.13, 0.27 <0.001
65+ 0.10 0.06, 0.15 <0.001
Or, 0,64 correspond bien à l’odds ratio entre 61% et 71% (que
l’on peut calculer avec questionr::odds.ratio()).
questionr::odds.ratio(0.6122, 0.7114)
[1] 0.6404246
De la même manière, les différents coefficients associés à

groupe_ages correspondent à la différence entre chaque groupe
d’âges et sa modalité de référence (ici 16-24 ans), quand
les autres variables (ici le sexe) sont à leur référence (ici les
hommes).
440
Pour prédire la probabilité de faire du sport pour un profil
particulier, il faut prendre en compte toutes les termes qui
s’appliquent et qui s’ajoutent à l’intercept. Par exemple, pour
une femme de 50 ans il faut considérer l’intercept (0.9021), le
coefficient sexeFemme (-0.4455) et le coefficient groupe_ages45-
64 (-1.6535). Sa probabilité de faire du sport est donc de 23%.
inv_logit(0.9021 - 0.4455 - 1.6535)
[1] 0.2320271
25.1.3 Changer la modalité de référence
Il est possible de personnaliser les contrastes à utiliser et avoir

un recours à un contraste de type traitement mais en utilisant
une autre modalité que la première comme référence, avec la
fonction contr.treatment(). Le premier argument de la fonc-
tion corresponds au nombre de modalités de la variable et le
paramètre base permets de spécifier la modalité de référence
(1 par défaut).
contr.treatment(4, base = 2)
1 3 4
1 1 0 0
2 0 0 0
3 0 1 0
4 0 0 1
contr.SAS() permets de spécifier un contraste de type traite-

ment dont la modalité de référence est la dernière.
contr.SAS(4)
1 2 3
1 1 0 0
2 0 1 0
3 0 0 1
4 0 0 0
441
Les contrastes peuvent être modifiés de deux manières : au mo-
ment de la construction du modèle (via l’option contrasts) ou
comme attribut des variables (via la fonction contrasts()).
contrasts(hdv2003$sexe) <- contr.SAS(2)

mod2_trt_bis <- glm(
family = binomial,
data = hdv2003,
contrasts = list(groupe_ages = contr.treatment(4, 3))
)
mod2_trt_bis |>
tbl_regression(exponentiate = TRUE, intercept = TRUE) |>
bold_labels()


(Intercept) 0.30 0.25, 0.36 <0.001
Sexe
Homme 1.56 1.29, 1.90 <0.001
Femme — —
Groupe d’âges
16-24 5.23 3.67, 7.52 <0.001
25-44 2.64 2.12, 3.29 <0.001
45-64 — —
65+ 0.51 0.37, 0.70 <0.001
Comme les modalités de référence ont changé, l’intercept et les

différents termes ont également changé (puisque l’on ne com-
pare plus à la même référence).
ggstats::ggcoef_compare(
list(mod2_trt, mod2_trt_bis),
type = "faceted"
442
)
1 2
Sexe
Homme
Femme
Groupe d'âges
16−24
25−44
45−64
65+
0.1 0.3 1.0 3.0 0.1 0.3 1.0 3.0

OR
p = 0.05 p > 0.05
Cependant, du point de vue explicatif et prédictif, les deux

modèles sont rigoureusement identiques.
anova(mod2_trt, mod2_trt_bis, test = "Chisq")
Model 1: sport ~ sexe + groupe_ages

1 1995 2385.2
2 1995 2385.2 0 0
De même, leurs prédictions marginales (cf. Chapitre 24) sont

identiques.
list(mod2_trt, mod2_trt_bis),
type = "dodge",
vline = FALSE
443
)
Sexe Femme
Homme
Groupe d'âges 25−44
16−24
45−64
65+
0.2 0.4 0.6

1 2
p = 0.05 p > 0.05
25.2 Contrastes de type somme
Nous l’avons vu, les contrastes de type traitement nécessitent de

définir une modalité de référence et toutes les autres modalités
seront comparées à cette modalité de référence. Une alternative
consiste à comparer toutes les modalités à la grande moyenne,
ce qui s’obtient avec un contraste de type somme que l’on ob-
tient avec contr.sum().

Reprenons notre premier exemple de tout à l’heure et modifions

seulement le contraste.
contrasts(trial$grade) <- contr.sum

mod1_sum <- lm(
marker ~ grade,
data = trial
)
444
mod1_sum
Call:
lm(formula = marker ~ grade, data = trial)
Coefficients:
(Intercept) grade1 grade2
0.9144 0.1525 -0.2339
L’intercept correspond à ce qu’on appelle parfois la grande

moyenne (ou great average en anglais). Il ne s’agit pas de la
moyenne observée de marker mais de la moyenne des moyennes
de chaque sous-groupe. Cela va constituer la situation de réfé-
rence de notre modèle, en quelque sorte indépendante des effets
de la variable grade.
mean(trial$marker, na.rm = TRUE)
[1] 0.9159895
moy_groupe <-
trial |>
dplyr::group_by(grade) |>
dplyr::summarise(moyenne_marker = mean(marker, na.rm = TRUE))
moy_groupe
# A tibble: 3 x 2
grade moyenne_marker
<fct> <dbl>
1 I 1.07
2 II 0.681
3 III 0.996
mean(moy_groupe$moyenne_marker)
445
[1] 0.9144384
Le terme grade1 correspond quant à lui au modificateur associé

à la première modalité de la variable grade à savoir I. C’est
l’écart, pour cette modalité, à la grande moyenne : 1.0669 -
0.9144 = 0.1525.
De même, le terme grade2 correspond à l’écart pour la moda-
lité II par rapport à la grande moyenne : 0.6805 - 0.9144 =
-0.2339.
Qu’en est-il de l’écart à la grande moyenne pour la modalité
III ? Pour cela, voyons tout d’abord comment la variable grade
a été codée :
contrasts(trial$grade)
[,1] [,2]
I 1 0
II 0 1
III -1 -1
Comme précédemment, cette variable à trois modalités a été co-

dée avec deux termes. Les deux premiers termes correspondent
aux écarts à la grande moyenne des deux premières modalités.
La troisième modalité est, quant à elle, codée systématiquement
-1. C’est ce qui assure que la somme des contributions soit nulle
et donc que l’intercept capture la grande moyenne.
L’écart à la grande moyenne pour la troisième modalité
s’obtient donc en faisant la somme des autres termes et en
l’inversant : (0.1525 - 0.2339) * -1 = 0.0814 = 0.9958
- 0.9144.
On peut calculer / afficher la valeur associée à la dernière moda-
lité en précisant add_estimate_to_reference_rows = TRUE
lorsque l’on appelle gtsummary::tbl_regression().
mod1_sum |>
tbl_regression(
intercept = TRUE,
446
) |>
bold_labels()


(Intercept) 0.91 0.79, 1.0 <0.001
Grade
I 0.15 -0.02, 0.32 0.078
II -0.23 -0.41, -0.06 0.008
III 0.08 -0.13, 0.29 0.4
De même, cette valeur est correctement affichée par

ggstats::ggcoef_model(mod1_sum)
Grade
I (p=0.078)
II (p=0.008**)
III (p=0.355)
−0.4 −0.2 0.0 0.2

Beta
p = 0.05 p > 0.05
Le fait d’utiliser des contrastes de type traitement ou somme n’a

aucun impact sur la valeur prédictive du modèle. La quantité
447
de variance expliquée, la somme des résidus ou encore l’AIC
sont identiques. En un sens, il s’agit du même modèle. C’est
seulement la manière d’interpréter les coefficients du modèle
qui change.
anova(mod1_trt, mod1_sum, test = "Chisq")
Analysis of Variance Table
Model 1: marker ~ grade

Model 2: marker ~ grade
Res.Df RSS Df Sum of Sq Pr(>Chi)
1 187 134.17
2 187 134.17 0 0

Reprenons notre second exemple et codons les variables catégo-

rielles avec un traitement de type somme.
mod2_sum <- glm(

family = binomial,
data = hdv2003,
contrasts = list(sexe = contr.sum, groupe_ages = contr.sum)
)
mod2_sum |>
tbl_regression(
intercept = TRUE,
) |>
bold_labels()

448
(Intercept) 0.62 0.55, 0.69 <0.001
Sexe
Homme 1.25 1.13, 1.38 <0.001
Femme 0.80 0.72, 0.89 <0.001
Groupe d’âges
16-24 3.20 2.49, 4.15 <0.001
25-44 1.62 1.38, 1.89 <0.001
45-64 0.61 0.52, 0.72 <0.001
65+ 0.31 0.24, 0.42 <0.001
ggstats::ggcoef_model(mod2_sum, exponentiate = TRUE)
Sexe
Homme (p<0.001***)
Femme (p<0.001***)
Groupe d'âges
16−24 (p<0.001***)
25−44 (p<0.001***)
45−64 (p<0.001***)
65+ (p<0.001***)
0.3 1.0 3.0

OR
p = 0.05 p > 0.05
Cette fois-ci, l’intercept capture la situation à la grande

moyenne à la fois du sexe et du groupe d’âges, et les coef-
ficients s’interprètent donc comme modificateurs de chaque
modalité par rapport à cette grande moyenne. En ce sens, les
contrastes de type somme permettent donc de capturer l’effet
de chaque modalité.
Du point de vue explicatif et prédictif, le fait d’avoir recours à
des contrastes de type somme ou traitement n’a aucun impact :
les deux modèles sont rigoureusement identiques. Il n’y a que
la manière d’interpréter les coefficients qui change.
449
anova(mod2_trt, mod2_sum, test = "Chisq")

1 1995 2385.2
2 1995 2385.2 0 0
Les prédictions marginales (cf. Chapitre 24) sont identiques.
list(mod2_trt, mod2_sum),
type = "dodge",
vline = FALSE
)
Sexe Femme
Homme
Groupe d'âges 25−44
16−24
45−64
65+
0.2 0.4 0.6

1 2
p = 0.05 p > 0.05
25.3 Contrastes par différences successives
Les contrastes par différences successives consistent à compa-

rer la deuxième modalité à la première, puis la troisième mo-
450
dalité à la seconde, etc. Ils sont disponibles avec la fonction
MASS::contr.sdif().
Illustrons cela avec un exemple.

mod1_sdif <- lm(

marker ~ grade,
data = trial,
contrasts = list(grade = MASS::contr.sdif)
)
mod1_sdif |>
tbl_regression(intercept = TRUE) |>
bold_labels()


(Intercept) 0.91 0.79, 1.0 <0.001
Grade
II - I -0.39 -0.68, -0.09 0.010
III - II 0.32 0.02, 0.62 0.040
En premier lieu, on notera que l’intercept, comme avec

les contrastes de type somme, correspond ici à la grande
moyenne.
mean(moy_groupe$moyenne_marker)
[1] 0.9144384
Cela est lié au fait que la somme des coefficients dans ce type
de contrastes est égale à 0.
451
MASS::contr.sdif(3)
2-1 3-2
1 -0.6666667 -0.3333333
2 0.3333333 -0.3333333
3 0.3333333 0.6666667
De plus, la matrice de contrastes est calculée de telle manière

que l’écart entre les deux premières modalités vaut 1 pour le
premier terme, et l’écart entre la seconde et la troisième moda-
lité vaut également 1 pour le deuxième terme.
Ainsi, le terme gradeII-I correspond à la différence entre la
moyenne du grade de niveau II et celle du niveau I43 . 43
On peut remarquer que la même
valeur était obtenue avec un contraste
de type traitement où toutes les mo-
moy_groupe$moyenne_marker[2] - moy_groupe$moyenne_marker[1]
dalités étaient comparées à la moda-
lité de référence I.
[1] -0.3863997
Et le coefficient gradeIII-II à l’écart entre la moyenne du

niveau III et celle du niveau II.
moy_groupe$moyenne_marker[3] - moy_groupe$moyenne_marker[2]
[1] 0.3152964

La même approche peut être appliquée à une régression logis-

tique.
mod2_sdif <- glm(

family = binomial,
data = hdv2003,
contrasts = list(
452
sexe = MASS::contr.sdif,
groupe_ages = MASS::contr.sdif
)
)
mod2_sdif |>
tbl_regression(
intercept = TRUE
) |>
bold_labels()


(Intercept) 0.62 0.55, 0.69 <0.001
Sexe
Femme / Homme 0.64 0.53, 0.78 <0.001
Groupe d’âges
25-44 / 16-24 0.50 0.35, 0.71 <0.001
45-64 / 25-44 0.38 0.30, 0.47 <0.001
65+ / 45-64 0.51 0.37, 0.70 <0.001
On pourra noter que les odds ratios “femme/homme” et “25-

44/16-24” obtenus ici sont équivalents à ceux que l’on avait ob-
tenus précédemment avec des contrastes de types de traitement.
Pour la modalité “45-64 ans” par contre, elle est ici comparée
aux 25-44 ans, alors qu’avec un contraste de type traitement,
toutes les comparaisons auraient eu lieu avec la même modalité
de référence, à savoir les 16-24 ans.
Les contrastes par différences successives font donc plutôt sens
lorsque les modalités sont ordonnées (d’où l’intérêt de comparer
avec la modalité précédente), ce qui n’est pas forcément le cas
lorsque les modalités ne sont pas ordonnées.
453
Ď Astuce
De manière générale, et quels que soient les contrastes

utilisés pour le calcul du modèle, il est toujours pos-
sible de recalculer a posteriori les différences entre
chaque combinaison de modalités deux à deux avec
emmeans::emmeans(). Cela peut même se faire directe-
ment en passant l’argument add_pairwise_contrasts =
TRUE à tbl_regression().
mod2_trt |>
tbl_regression(
add_pairwise_contrasts = TRUE
) |>
bold_labels()


Sexe
Femme / Homme 0.64 0.53, 0.78 <0.001
Groupe d’âges
(25-44) / (16-24) 0.50 0.32, 0.80 <0.001
(45-64) / (16-24) 0.19 0.12, 0.31 <0.001
(45-64) / (25-44) 0.38 0.28, 0.51 <0.001
(65+) / (16-24) 0.10 0.06, 0.17 <0.001
(65+) / (25-44) 0.19 0.13, 0.29 <0.001
(65+) / (45-64) 0.51 0.34, 0.78 <0.001
454
25.4 Autres types de contrastes
25.4.1 Contrastes de type Helmert
Les contrastes de Helmert sont un peu plus complexes : ils

visent à comparer la seconde modalité à la première, la troisième
à la moyenne des deux premières, la quatrième à la moyenne
des trois premières, etc.
Prenons un exemple avec une variable catégorielle à quatre mo-
dalités.
contrasts(trial$stage) <- contr.helmert

contrasts(trial$stage)
[,1] [,2] [,3]

T1 -1 -1 -1
T2 1 -1 -1
T3 0 2 -1
T4 0 0 3
mod_helmert <- lm(

marker ~ stage,
data = trial
)
mod_helmert
Call:
lm(formula = marker ~ stage, data = trial)
Coefficients:
(Intercept) stage1 stage2 stage3
0.91661 0.19956 0.03294 -0.02085
Pour bien comprendre comment interpréter ces coefficients, cal-

culons déjà la grande moyenne.
455
m <- trial |>
dplyr::group_by(stage) |>
dplyr::summarise(moy = mean(marker, na.rm = TRUE))
mean(m$moy)
[1] 0.9166073
On le voit, l’intercept (0.9166) capture ici cette grande

moyenne, à savoir la moyenne des moyennes de chaque
sous-groupe.
Maintenant, pour interpréter les coefficients, regardons com-
ment évolue la moyenne à chaque fois que l’on ajoute une moda-
lité. La fonction dplyr::cummean() nous permet de calculer la
moyenne cumulée, c’est-à-dire la moyenne de la valeur actuelle
et des valeurs des lignes précédentes. Avec dplyr::lag() nous
pouvons obtenir la moyenne cumulée de la ligne précédente.
Il nous est alors possible de calculer l’écart entre les deux, et
donc de voir comment la moyenne a changé avec l’ajout d’une
modalité.
m <- m |>
dplyr::mutate(
moy_cum = dplyr::cummean(moy),
moy_cum_prec = dplyr::lag(moy_cum),
ecart = moy_cum - moy_cum_prec
)
m
# A tibble: 4 x 5
stage moy moy_cum moy_cum_prec ecart
<fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 T1 0.705 0.705 NA NA
2 T2 1.10 0.905 0.705 0.200
3 T3 1.00 0.937 0.905 0.0329
4 T4 0.854 0.917 0.937 -0.0208
On le voit, les valeurs de la colonne ecart correspondent aux

coefficients du modèle.
456
Le premier terme stage1 compare la deuxième modalité (T2)
à la première (T1) et indique l’écart entre la moyenne des
moyennes de T1 et T2 et la moyenne de T1.
Le second terme stage2 compare la troisième modalité (T3) aux
deux premières (T1 et T2) et indique l’écart entre la moyenne
des moyennes de T1, T2 et T3 par rapport à la moyenne des
moyennes de T1 et T2.
Le troisième terme stage3 compare la quatrième modalité (T4)
aux trois premières (T1, T2 et T3) et indique l’écart entre la
moyenne des moyennes de T1, T2, T3 et T4 par rapport à la
moyenne des moyennes de T1, T2 et T3.
Les contrastes de Helmert sont ainsi un peu plus complexes à
interpréter et à réserver à des cas particuliers où ils prennent
tout leur sens.
25.4.2 Contrastes polynomiaux
Les contrastes polynomiaux, définis avec contr.poly(), sont

utilisés par défaut pour les variables catégorielles ordonnées.
Ils permettent de décomposer les effets selon une composante
linéaire, une composante quadratique, une composante cubique,
voire des composantes de degrés supérieurs.
contrasts(trial$stage) <- contr.poly

contrasts(trial$stage)
.L .Q .C
T1 -0.6708204 0.5 -0.2236068
T2 -0.2236068 -0.5 0.6708204
T3 0.2236068 -0.5 -0.6708204
T4 0.6708204 0.5 0.2236068
mod_poly <- lm(

marker ~ stage,
data = trial
)
mod_poly
457
Call:
lm(formula = marker ~ stage, data = trial)
Coefficients:
(Intercept) stage.L stage.Q stage.C
0.91661 0.07749 -0.27419 0.10092
Ici aussi, l’intercept correspond à la grande moyenne des

moyennes. Il est par contre plus difficile de donner un sens
interprétatif / sociologique aux différents coefficients.
25.5 Lectures additionnelles
• A (sort of) Complete Guide to Contrasts in R par Rose

Maier
• An introductory explanation of contrast coding in R linear
models par Athanassios Protopapas
• Understanding Sum Contrasts for Regression Models: A
Demonstration par Mona Zhu
458
26 Interactions
Dans un modèle statistique classique, on fait l’hypothèse impli-

cite que chaque variable explicative est indépendante des autres.
Cependant, cela ne se vérifie pas toujours. Par exemple, l’effet
de l’âge peut varier en fonction du sexe.
Nous pourrons dès lors ajouter à notre modèle des interac-
tions entre variables.
Reprenons le modèle que nous avons utilisé dans le chapitre sur

la régression logistique binaire (cf. Chapitre 22).
library(tidyverse)
library(labelled)
d <-
hdv2003 |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
459
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
)
26.2 Modèle sans interaction
Nous avions alors exploré les facteurs associés au fait de prati-

quer du sport.
mod <- glm(

family = binomial,
data = d
)
library(gtsummary)
"fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = " "
)
460
mod |>
bold_labels()

Table 26.1: Odds Ratios du modèle logistique simple

Sexe
Femme — —
Homme 1,52 1,24 – 1,87 <0,001
Groupe d’âges
18-24 ans — —
25-44 ans 0,68 0,43 – 1,06 0,084
45-64 ans 0,36 0,23 – 0,57 <0,001
65 ans et plus 0,27 0,16 – 0,46 <0,001
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 2,54 1,73 – 3,75 <0,001
Supérieur 6,55 4,50 – 9,66 <0,001
Non documenté 8,54 4,51 – 16,5 <0,001
Selon les résultats de notre modèle, les hommes pratiquent plus

un sport que les femmes et la pratique du sport diminue avec
l’âge.
Dans le chapitre sur les estimations marginales, cf. Chapitre 24,
nous avons présenté la fonction broom.helpers::plot_marginal_predictions()
qui permet de représenter les prédictions marginales moyennes
du modèle.
mod |>
461
scale_y_continuous(
limits = c(0, .8),
)
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Sexe Groupe d'âges
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
Primaire
Secondaire
Supérieur
Non documenté 0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
Figure 26.1: Prédictions marginales moyennes du modèle

simple
26.3 Définition d’une interaction
Cependant, l’effet de l’âge est-il le même selon le sexe ?

Nous allons donc introduire une interaction entre l’âge et le
sexe dans notre modèle, ce qui sera représenté par sexe *
groupe_agesdans l’équation du modèle.
mod2 <- glm(

sport ~ sexe * groupe_ages + etudes + heures.tv,
family = binomial,
data = d
)
Commençons par regarder les prédictions marginales du modèle

avec interaction.
462
mod2 |>
patchwork::wrap_plots(ncol = 1) &
scale_y_continuous(
)
60%
40%
20%
Primaire Secondaire
Technique / ProfessionnelSupérieur Non documenté
Niveau d'études
40%
30%
20%
10%
0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
70%
50%
30%
18−24 ans 25−44 ans 45−64 ans 65 ans et plus

Groupe d'âges
Sexe Femme Homme
Figure 26.2: Prédictions marginales moyennes du modèle avec

interaction
Sur ce graphique, on voit que la pratique d’un sport diminue

fortement avec l’âge chez les hommes, tandis que cette diminu-
tion est bien plus modérée chez les femmes.
463
Ď Astuce
Par défaut, broom.helpers::plot_marginal_predictions()

détecte la présence d’interactions dans le modèle et calcule
les prédictions marginales pour chaque combinaison de
variables incluent dans une interaction. Il reste possible
de calculer des prédictions marginales individuellement
pour chaque variable du modèle. Pour cela, il suffit
d’indiquer variables_list = "no_interaction".
mod2 |>
broom.helpers::plot_marginal_predictions(
variables_list = "no_interaction",
type = "response"
) |>
scale_y_continuous(
)
60%
40% 50%
40%
35%
30%
30% 20%
25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Sexe Groupe d'âges
40%
60%
30%
40%
20%
20%
10%
Primaire
Secondaire
Supérieur
Non documenté 0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
26.4 Significativité de l’interaction
L’ajout d’une interaction au modèle augmente la capacité pré-

dictive du modèle mais, dans le même temps, augmente le
464
nombre de coefficients (et donc de degrés de liberté). La ques-
tion se pose donc de savoir si l’ajout d’un terme d’interaction
améliore notre modèle.
En premier lieu, nous pouvons comparer les AIC des modèles
avec et sans interaction.
AIC(mod)
[1] 2230.404
AIC(mod2)
[1] 2223.382
L’AIC du modèle avec interaction est plus faible que celui sans
interaction, nous indiquant un gain : notre modèle avec inter-
action est donc meilleur.
On peut tester avec car::Anova() si l’interaction est statisti-
quement significative44 . 44
Lorsqu’il y a une interaction, il
est préférable d’utiliser le type III,
cf. Section 22.8. En toute rigueur,
car::Anova(mod2, type = "III")
il serait préférable de coder nos va-
riables catégorielles avec un contraste
de type somme (cf. Chapitre 25). En
Analysis of Deviance Table (Type III tests) pratique, nous pouvons nous en pas-
ser ici.
Response: sport
sexe 19.349 1 1.089e-05 ***
groupe_ages 15.125 3 0.0017131 **
etudes 125.575 4 < 2.2e-16 ***
heures.tv 12.847 1 0.0003381 ***
sexe:groupe_ages 13.023 3 0.0045881 **
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
La p-valeur associée au terme d’interaction (sexe:groupe_ages)

est inférieure à 1% : l’interaction a donc bien un effet significa-
tif.
465
Nous pouvons également utiliser gtsummary::add_global_p().
mod2 |>
add_global_p() |>
bold_labels()

Table 26.2: Odds Ratios du modèle logistique avec interaction

Sexe <0,001
Femme — —
Homme 5,10 2,41 – 11,4
Groupe d’âges 0,002
18-24 ans — —
25-44 ans 1,06 0,61 – 1,85
45-64 ans 0,64 0,36 – 1,15
65 ans et plus 0,49 0,25 – 0,97
Niveau d’études <0,001
Primaire — —
Secondaire 2,55 1,74 – 3,78
Technique / Professionnel 2,84 1,97 – 4,14
Supérieur 6,69 4,60 – 9,89
Sexe * Groupe d’âges 0,005
Homme * 25-44 ans 0,31 0,13 – 0,70
Homme * 45-64 ans 0,24 0,10 – 0,54
Homme * 65 ans et plus 0,23 0,09 – 0,60
26.5 Interprétation des coefficients
Jetons maintenant un œil aux coefficients du modèle. Pour

rendre les choses plus visuelles, nous aurons recours à
466
ggtstats::ggcoef_model().
mod2 |>
Sexe Femme
Homme (p<0.001***)
25−44 ans (p=0.850)
45−64 ans (p=0.132)
65 ans et plus (p=0.039*)
Sexe * Groupe d'âges Homme * 25−44 ans (p=0.006**)
Homme * 45−64 ans (p<0.001***)
Homme * 65 ans et plus (p=0.003**)
0.1 1.0 10.0

OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 26.3: Coefficients (odds ratio) du modèle avec interac-

tion
Concernant les variables sexe et groupe_ages, nous avons trois

séries de coefficients : une série pour le sexe, une pour le groupe
d’âges et enfin des coefficients pour l’interaction entre le sexe
et le groupe d’âges.
Pour bien interpréter ces coefficients, il faut toujours avoir en
tête les modalités choisies comme référence pour chaque va-
riable.
467
Supposons une femme de 60 ans, dont toutes les autres va-
riables correspondent aux modalités de référence (i.e. de ni-
veau primaire, qui ne regarde pas la télévision). Regardons ce
que prédit le modèle quant à sa probabilité de faire du sport
au travers d’une représentation graphique, grâce au package
{breakDown}.
library(breakDown)
logit <- function(x) exp(x)/(1+exp(x))
nouvelle_observation <- d[1, ]
nouvelle_observation$sexe[1] = "Femme"
nouvelle_observation$groupe_ages[1] = "45-64 ans"
nouvelle_observation$etud[1] = "Primaire"
nouvelle_observation$heures.tv[1] = 0
plot(
broken(mod2, nouvelle_observation, predict.function = betas),
trans = logit
) +
ylim(0, 1) +
ylab("Probabilité de faire du sport")
final_prognosis 0.021
sexe:groupe_ages = Femme:45−64 ans 0
heures.tv = 0 0
sexe = Femme 0
groupe_ages = 45−64 ans −0.108
etudes = Supérieur 0.427
(Intercept) −0.298
0.00 0.25 0.50 0.75 1.00

Probabilité de faire du sport
Figure 26.4: Représentation graphique de l’estimation de la pro-

babilité de faire du sport pour une femme de 60
ans
468
En premier lieu, l’intercept s’applique et permet de déterminer
la probabilité de base de faire du sport à la référence. Femme
étant la modalité de référence pour la variable sexe, cela ne
modifie pas le calcul de la probabilité de faire du sport. Par
contre, il y a une modification induite par la modalité 45-64
ans de la variable groupe_ages.
Regardons maintenant la situation d’un homme de 20 ans.
nouvelle_observation$sexe[1] = "Homme"
plot(
trans = logit
) +
ylim(0, 1.2) +
sexe:groupe_ages = Homme:18−24 ans 0
heures.tv = 0 0
groupe_ages = 18−24 ans 0
sexe = Homme 0.267
0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 1.25


babilité de faire du sport pour un homme de 20 ans
Nous sommes à la modalité de référence pour l’âge par contre

il y a un effet important du sexe. Le coefficient associé globale-
ment à la variable sexe correspond donc à l’effet du sexe à la
modalité de référence du groupe d’âges.
469
Regardons enfin la situation d’un homme de 60 ans.

plot(
trans = logit
) +
ylim(0, 1.2) +
heures.tv = 0 0
groupe_ages = 45−64 ans −0.104
sexe:groupe_ages = Homme:45−64 ans −0.225
sexe = Homme 0.267
0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 1.25


Cette fois, plusieurs coefficients s’appliquent : à la fois le coeffi-

cient sexe = Homme (effet du sexe pour les 18-24 ans), le coef-
ficient groupe_ages = 45-64 ans qui est l’effet de l’âge pour les
femmes de 45-64 ans par rapport aux 18-24 ans et le coefficient
sexe:groupe_ages = Homme:45-64 ans qui indique l’effet spéci-
fique qui s’applique aux hommes de 45-64 ans, d’une part par
rapport aux femmes du même âge et d’autre part par rapport
aux hommes de 18-24 ans. L’effet des coefficients d’interaction
doivent donc être interprétés par rapport aux autres coefficients
du modèle qui s’appliquent, en tenant compte des modalités de
référence.
470
26.6 Définition alternative de l’interaction
Il est cependant possible d’écrire le même modèle différem-

ment. En effet, sexe * groupe_ages dans la formule du
modèle est équivalent à l’écriture sexe + groupe_ages +
sexe:groupe_ages, c’est-à-dire que l’on demande des coeffi-
cients pour la variable sexe à la référence de groupe_ages, des
coefficients pour groupe_ages à la référence de sexe et enfin
des coefficients pour tenir compte de l’interaction.
On peut se contenter d’une série de coefficients uniques pour
l’interaction en indiquant seulement sexe : groupe_ages.
mod3 <- glm(

sport ~ sexe : groupe_ages + etudes + heures.tv,
family = binomial,
data = d
)
Au sens strict, ce modèle explique tout autant le phénomène

étudié que le modèle précédent. On peut le vérifier facilement
avec stats::anova().
anova(mod2, mod3, test = "Chisq")
Model 1: sport ~ sexe * groupe_ages + etudes + heures.tv

Model 2: sport ~ sexe:groupe_ages + etudes + heures.tv
1 1982 2197.4
2 1982 2197.4 0 0
De même, les prédictions marginales sont les mêmes, comme

nous pouvons le constater avec ggstats::ggcoef_compare().
list("sexe * groupe_ages" = mod2, "sexe : groupe_ages" = mod3),
471
vline = FALSE
) +
Warning: Model matrix is rank deficient. Some variance-covariance parameters are

missing.

missing.

missing.
Non documenté
Primaire
Secondaire
12
Sexe * Groupe d'âges Femme * 25−44 ans
Homme * 25−44 ans
Femme * 18−24 ans
Homme * 18−24 ans
Femme * 45−64 ans
Homme * 45−64 ans
Femme * 65 ans et plus
Homme * 65 ans et plus

20% 40% 60% 80%
sexe * groupe_ages sexe : groupe_ages
Figure 26.7: Comparaison des prédictions marginales moyennes

des deux modèles avec interaction
472
Par contre, regardons d’un peu plus près les coefficients de ce
nouveau modèle. Nous allons voir que leur interprétation est
légèrement différente.
mod3 |>
Niveau d'études
Primaire

(p<0.001***)
Sexe * Groupe d'âges

Femme * 18−24 ans (p=0.108)
Homme * 18−24 ans (p<0.001***)
Femme * 25−44 ans (p=0.011*)
Homme * 25−44 ans (p<0.001***)
Femme * 45−64 ans (p=0.661)
Homme * 45−64 ans (p=0.230)
Femme * 65 ans et plus (p=0.585)
1 3 10
OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 26.8: Coefficients (odds ratio) du modèle avec interac-

tion simple entre le sexe et le groupe d’âges
Cette fois-ci, il n’y a plus de coefficients globaux pour la variable

sexe ni pour groupe_ages mais des coefficients pour chaque com-
binaison de ces deux variables. Reprenons l’exemple de notre
homme de 60 ans.
473
plot(
trans = logit
) +
ylim(0, 1.2) +
heures.tv = 0 0
sexe:groupe_ages = Homme:45−64 ans 0.073
0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 1.25


(interaction simple)
Cette fois-ci, le coefficient d’interaction fournit indique l’effet

combiné du sexe et du groupe d’âges par rapport à la situation
de référence (femme de 18-24 ans).
Que l’on définisse une interaction simple (sexe:groupe_ages)
ou complète (sexe*groupe_ages), les deux modèles cal-
culés sont donc identiques en termes prédictifs et
explicatifs, mais l’interprétation de leurs coefficients
diffèrent.
474
26.7 Identifier les interactions pertinentes
Il peut y avoir de multiples interactions dans un modèle, d’ordre

2 (entre deux variables) ou plus (entre trois variables ou plus).
Il est toujours bon, selon notre connaissance du sujet et de la
littérature, d’explorer manuellement les interactions attendues
/ prévisibles.
Mais, il est tentant de vouloir tester les multiples interactions
possibles de manière itératives afin d’identifier celles à rete-
nir.
Une possibilité45 est d’avoir recours à une sélection de modèle 45
On pourra également regarder
pas à pas ascendante (voir Chapitre 23). Nous allons partir de du côté de glmulti::glmulti() pour
des approches alternatives.
notre modèle sans interaction, indiquer à step() l’ensemble
des interactions possibles et voir si nous pouvons minimiser
l’AIC.
mod4 <- mod |>

step(scope = list(upper = ~ sexe * groupe_ages * etudes * heures.tv))
Start: AIC=2230.4
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv
Df Deviance AIC
+ sexe:groupe_ages 3 2197.4 2223.4
+ sexe:etudes 4 2199.6 2227.6
+ sexe:heures.tv 1 2207.6 2229.6
<none> 2210.4 2230.4
+ groupe_ages:heures.tv 3 2207.0 2233.0
+ etudes:heures.tv 4 2207.4 2235.4
+ groupe_ages:etudes 11 2194.6 2236.6
- heures.tv 1 2224.0 2242.0
- sexe 1 2226.4 2244.4
- groupe_ages 3 2260.6 2274.6
- etudes 4 2334.3 2346.3
Step: AIC=2223.38
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv + sexe:groupe_ages
Df Deviance AIC
475
+ sexe:heures.tv 1 2194.7 2222.7
<none> 2197.4 2223.4
+ sexe:etudes 4 2192.1 2226.1
- sexe:groupe_ages 3 2210.4 2230.4
- heures.tv 1 2210.2 2234.2
- etudes 4 2323.0 2341.0
Step: AIC=2222.67
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv + sexe:groupe_ages +
sexe:heures.tv
Df Deviance AIC
<none> 2194.7 2222.7
- sexe:heures.tv 1 2197.4 2223.4
+ sexe:etudes 4 2189.0 2225.0
- sexe:groupe_ages 3 2207.6 2229.6
- etudes 4 2319.9 2339.9
mod4$formula
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv + sexe:groupe_ages +

sexe:heures.tv
Le modèle final suggéré comprends une interaction entre le

sexe et le groupe d’âges et une interaction entre le sexe et le
nombre quotidien d’heures de télévision. Nous pouvons utiliser
broom.helpers::plot_marginal_predictions() pour visua-
liser l’effet de ces deux interactions.
mod4 |>
scale_y_continuous(
476
)
60%
40%
20%
Primaire Secondaire
Technique / ProfessionnelSupérieur Non documenté
Niveau d'études
70%
50%
30%
18−24 ans 25−44 ans 45−64 ans 65 ans et plus

Groupe d'âges
Sexe Femme Homme
40%
30%
20%
10%
0%
0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
Sexe Femme Homme
Figure 26.10: Prédictions marginales moyennes du modèle avec

deux interactions
26.8 Pour aller plus loin
Il y a d’autres extensions dédiées à l’analyse des interactions

d’un modèle, de même que de nombreux supports de cours en
ligne dédiés à cette question.
• Les effets d’interaction par Jean-François Bickel
477
• Analysing interactions of fitted models par Helios De Ro-
sario Martínez
26.9 webin-R
Les interactions sont abordées dans le webin-R #07 (régression

logistique partie 2) sur YouTube.
478
27 Multicolinéarité
Dans une régression, la multicolinéarité est un problème qui

survient lorsque certaines variables de prévision du modèle me-
surent le même phénomène. Une multicolinéarité prononcée
s’avère problématique, car elle peut augmenter la variance des
coefficients de régression et les rendre instables et difficiles à
interpréter. Les conséquences de coefficients instables peuvent
être les suivantes :
• les coefficients peuvent sembler non significatifs, même

lorsqu’une relation significative existe entre le prédicteur
et la réponse ;
• les coefficients de prédicteurs fortement corrélés varieront
considérablement d’un échantillon à un autre ;
• lorsque des termes d’un modèle sont fortement corrélés,
la suppression de l’un de ces termes aura une incidence
considérable sur les coefficients estimés des autres. Les
coefficients des termes fortement corrélés peuvent même
présenter le mauvais signe.
La multicolinéarité n’a aucune incidence sur l’adéquation de

l’ajustement, ni sur la qualité de la prévision. Cependant, les
coefficients individuels associés à chaque variable explicative ne
peuvent pas être interprétés de façon fiable.
27.1 Définition
Au sens strict, on parle de multicolinéarité parfaite lorsqu’une

des variables explicatives d’un modèle est une combinaison li-
néaire d’une ou plusieurs autres variables explicatives intro-
duites dans le même modèle. L’absence de multicolinéarité par-
faite est une des conditions requises pour pouvoir estimer un
479
modèle linéaire et, par extension, un modèle linéaire généralisé
(dont les modèles de régression logistique).
Dans les faits, une multicolinéarité parfaite n’est quasiment
jamais observée. Mais une forte multicolinéarité entre plu-
sieurs variables peut poser problème dans l’estimation et
l’interprétation d’un modèle.
Une erreur fréquente est de confondre multicolinéarité et cor-
rélation. Si des variables colinéaires sont de facto fortement
corrélées entre elles, deux variables corrélées ne sont pas forcé-
ment colinéaires. En termes non statistiques, il y a colinéarité
lorsque deux ou plusieurs variables mesurent la même chose.
Prenons un exemple. Nous étudions les complications après
l’accouchement dans différentes maternités d’un pays en déve-
loppement. On souhaite mettre dans le modèle, à la fois le mi-
lieu de résidence (urbain ou rural) et le fait qu’il y ait ou non
un médecin dans la clinique. Or, dans la zone d’enquête, les
maternités rurales sont dirigées seulement par des sage-femmes
tandis que l’on trouve un médecin dans toutes les maternités
urbaines sauf une. Dès lors, dans ce contexte précis, le milieu de
résidence prédit presque totalement la présence d’un médecin et
on se retrouve face à une multicolinéarité (qui serait même par-
faite s’il n’y avait pas une clinique urbaine sans médecin). On
ne peut donc distinguer l’effet de la présence d’un médecin de
celui du milieu de résidence et il ne faut mettre qu’une seule de
ces deux variables dans le modèle, sachant que du point de vue
de l’interprétation elle capturera à la fois l’effet de la présence
d’un médecin et celui du milieu de résidence.
Par contre, si dans notre région d’étude, seule la moitié des
maternités urbaines disposait d’un médecin, alors le milieu de
résidence n’aurait pas été suffisant pour prédire la présence d’un
médecin. Certes, les deux variables seraient corrélées mais pas
colinéaires. Un autre exemple de corrélation sans colinéarité,
c’est la relation entre milieu de résidence et niveau d’instruction.
Il y a une corrélation entre ces deux variables, les personnes
résidant en ville étant généralement plus instruites. Cependant,
il existe également des personnes non instruites en ville et des
personnes instruites en milieu rural. Le milieu de résidence n’est
donc pas suffisant pour prédire le niveau d’instruction.
480
27.2 Mesure de la colinéarité
Il existe différentes mesures de la multicolinéarité. L’extension

{mctest} en fournie plusieurs, mais elle n’est utilisable que si
l’ensemble des variables explicatives sont de type numérique.
L’approche la plus classique consiste à examiner les facteurs
d’inflation de la variance (FIV) ou variance inflation factor
(VIF) en anglais. Les FIV estiment de combien la variance d’un
coefficient est augmentée en raison d’une relation linéaire avec
d’autres prédicteurs. Ainsi, un FIV de 1,8 nous dit que la va-
riance de ce coefficient particulier est supérieure de 80 % à la
variance que l’on aurait dû observer si ce facteur n’est absolu-
ment pas corrélé aux autres prédicteurs.
Si tous les FIV sont égaux à 1, il n’existe pas de multicolinéa-
rité, mais si certains FIV sont supérieurs à 1, les prédicteurs
sont corrélés. Il n’y a pas de consensus sur la valeur au-delà
de laquelle on doit considérer qu’il y a multicolinéarité. Cer-
tains auteurs, comme Paul Allison46 , disent de regarder plus 46
When Can You Safely Ignore Mul-
en détail les variables avec un FIV supérieur à 2,5. D’autres ne ticollinearity?
s’inquiètent qu’à partir de 5. Il n’existe pas de test statistique
qui permettrait de dire s’il y a colinéarité ou non47 . 47
Pour plus de détails, voir ce post
de Davig Giles, Can You Actually
L’extension {car} fournit une fonction car::vif() permettant TEST for Multicollinearity?, qui ex-
de calculer les FIV à partir d’un modèle. Elle implémente même plique pourquoi ce n’est pas possible.
une version généralisée permettant de considérer des facteurs
catégoriels et des modèles linéaires généralisés comme la régres-
sion logistique.
Reprenons, pour exemple, un modèle logistique que nous avons
déjà abordé dans d’autres chapitres.
library(tidyverse)
library(labelled)
d <-
hdv2003 |>
mutate(
481
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
)
mod <- glm(

family = binomial,
data = d
)
Le calcul des FIV se fait simplement en passant le modèle à la

fonction car::vif().
mod |> car::vif()
482
GVIF Df GVIF^(1/(2*Df))
sexe 1.024640 1 1.012245
groupe_ages 1.745492 3 1.097285
etudes 1.811370 4 1.077087
heures.tv 1.057819 1 1.028503
Dans notre exemple, tous les FIV sont proches de 1. Il n’y a

donc pas de problème potentiel de colinéarité à explorer.
Pour un tableau propre, nous pouvons aussi utiliser
gtsummary::add_vif().
library(gtsummary)
"fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = " "
)
mod |>
bold_labels() |>
add_vif()

Table 27.1: Résumé du modèle logistique simple avec affichage

des VIF généralisés
95% p- Adjusted
Caractéristique OR IC valeur GVIF GVIF
Sexe 1,0 1,0
Femme — —
Homme 1,52 1,24 – <0,001
1,87
Groupe d’âges 1,7 1,1
18-24 ans — —
483
95% p- Adjusted
25-44 ans 0,68 0,43 – 0,084
1,06
45-64 ans 0,36 0,23 – <0,001
0,57
65 ans et plus 0,27 0,16 – <0,001
0,46
Niveau 1,8 1,1
d’études
Primaire — —
Secondaire 2,54 1,73 – <0,001
3,75
Technique / 2,81 1,95 – <0,001
Professionnel 4,10
Supérieur 6,55 4,50 – <0,001
9,66
Non documenté 8,54 4,51 – <0,001
16,5
Heures de 0,89 0,83 – <0,001 1,1 1,0
télévision / 0,95
jour
Le package {performance} propose quant à lui une fonction

performance::check_collinearity() pour le calcul des FIV
et de leur intervalle de confiance.
mod |> performance::check_collinearity()
# Check for Multicollinearity
Low Correlation
Term VIF VIF 95% CI Increased SE Tolerance Tolerance 95% CI

sexe 1.02 [1.00, 1.16] 1.01 0.98 [0.86, 1.00]
groupe_ages 1.75 [1.64, 1.86] 1.32 0.57 [0.54, 0.61]
etudes 1.81 [1.70, 1.93] 1.35 0.55 [0.52, 0.59]
heures.tv 1.06 [1.02, 1.13] 1.03 0.95 [0.88, 0.98]
484
Les variables avec un FIV entre 5 et 10 sont présentées comme
ayant une corrélation moyenne et celles avec un FIV de 10 ou
plus une corrélation forte. Prenons un autre exemple.
mod2 <- lm(mpg ~ wt + am + gear + vs * cyl, data = mtcars)

mc <- mod2 |> performance::check_collinearity()
Model has interaction terms. VIFs might be inflated.

You may check multicollinearity among predictors of a model without
interaction terms.
mc
# Check for Multicollinearity
Low Correlation

wt 3.64 [ 2.46, 5.77] 1.91 0.27 [0.17, 0.41]
am 4.32 [ 2.88, 6.89] 2.08 0.23 [0.15, 0.35]
gear 3.06 [ 2.11, 4.82] 1.75 0.33 [0.21, 0.47]
Moderate Correlation

cyl 7.87 [ 5.03, 12.70] 2.80 0.13 [0.08, 0.20]
High Correlation

vs 38.55 [23.69, 63.15] 6.21 0.03 [0.02, 0.04]
vs:cyl 25.79 [15.93, 42.16] 5.08 0.04 [0.02, 0.06]
Une représentation graphique des FIV peut être obtenue avec

plot() appliquée au résultat de performance::check_collinearity().
plot(mc)
485
Variable `Component` is not in your data frame :/
Collinearity
High collinearity (VIF) may inflate parameter uncertainty
Variance Inflation Factor (VIF, log−scaled)
30
10
1
am cyl gear vs vs:cyl wt
Low (< 5) Moderate (< 10) High (= 10)
Figure 27.1: Représentation graphique des FIV d’un modèle
La fonction performance::print_md() peut être utilisée quant

à elle pour une sortie des résultats dans un rapport mark-
down.
mc |> performance::print_md()
Table 27.2: Table des FIV d’un modèle
Term VIF VIF_CI_low

VIF_CI_high
SE_factor
Tolerance
Tolerance_CI_low
Tolerance_CI_high
wt 3.64 2.46 5.77 1.91 0.27 0.17 0.41
am 4.32 2.88 6.89 2.08 0.23 0.15 0.35
gear 3.06 2.11 4.82 1.75 0.33 0.21 0.47
vs 38.55 23.69 63.15 6.21 0.03 0.02 0.04
cyl 7.87 5.03 12.70 2.80 0.13 0.08 0.20
vs:cyl 25.79 15.93 42.16 5.08 0.04 0.02 0.06
486
27.3 La multicolinéarité est-elle toujours un
problème ?
Là encore, il n’y a pas de consensus sur cette question. Cer-

tains analystes considèrent que tout modèle où certains prédic-
teurs seraient colinéaires n’est pas valable. Dans le billet When
Can You Safely Ignore Multicollinearity?, Paul Allison évoque
quant à lui des situations où la multicolinéarité peut être igno-
rée en toute sécurité. Le texte ci-dessous est une traduction de
ce billet.
1. Les variables avec des FIV élevés sont des variables
de contrôle, et les variables d’intérêt n’ont pas de FIV
élevés.
Voici le problème de la multicolinéarité : ce n’est un problème
que pour les variables qui sont colinéaires. Il augmente les
erreurs-types de leurs coefficients et peut rendre ces coefficients
instables de plusieurs façons. Mais tant que les variables coli-
néaires ne sont utilisées que comme variables de contrôle, et
qu’elles ne sont pas colinéaires avec vos variables d’intérêt, il
n’y a pas de problème. Les coefficients des variables d’intérêt
ne sont pas affectés et la performance des variables de contrôle
n’est pas altérée.
Voici un exemple tiré de ces propres travaux : l’échantillon est
constitué de collèges américains, la variable dépendante est le
taux d’obtention de diplôme et la variable d’intérêt est un indi-
cateur (factice) pour les secteurs public et privé. Deux variables
de contrôle sont les scores moyens au SAT et les scores moyens
à l’ACT pour l’entrée en première année. Ces deux variables
ont une corrélation supérieure à ,9, ce qui correspond à des
FIV d’au moins 5,26 pour chacune d’entre elles. Mais le FIV
pour l’indicateur public/privé n’est que de 1,04. Il n’y a donc
pas de problème à se préoccuper et il n’est pas nécessaire de
supprimer l’un ou l’autre des deux contrôles, à condition que
l’on ne cherche pas à interpréter ou comparer l’un par rapport
à l’autre les coefficients de ces deux variables de contrôle.
2. Les FIV élevés sont causés par l’inclusion de puis-
sances ou de produits d’autres variables.
487
Si vous spécifiez un modèle de régression avec x et x2 , il y a de
bonnes chances que ces deux variables soient fortement corré-
lées. De même, si votre modèle a x, z et xz, x et z sont suscep-
tibles d’être fortement corrélés avec leur produit. Il n’y a pas
de quoi s’inquiéter, car la valeur p de xz n’est pas affectée par
la multicolinéarité. Ceci est facile à démontrer : vous pouvez ré-
duire considérablement les corrélations en centrant les variables
(c’est-à-dire en soustrayant leurs moyennes) avant de créer les
puissances ou les produits. Mais la valeur p pour x2 ou pour xz
sera exactement la même, que l’on centre ou non. Et tous les
résultats pour les autres variables (y compris le R2 mais sans
les termes d’ordre inférieur) seront les mêmes dans les deux cas.
La multicolinéarité n’a donc pas de conséquences négatives.
3. Les variables avec des FIV élevés sont des variables
indicatrices (factices) qui représentent une variable ca-
tégorielle avec trois catégories ou plus.
Si la proportion de cas dans la catégorie de référence est faible,
les variables indicatrices auront nécessairement des FIV élevés,
même si la variable catégorielle n’est pas associée à d’autres
variables dans le modèle de régression.
Supposons, par exemple, qu’une variable de l’état matrimonial
comporte trois catégories : actuellement marié, jamais marié
et anciennement marié. Vous choisissez anciennement marié
comme catégorie de référence, avec des variables d’indicateur
pour les deux autres. Ce qui se passe, c’est que la corrélation
entre ces deux indicateurs devient plus négative à mesure que
la fraction de personnes dans la catégorie de référence diminue.
Par exemple, si 45 % des personnes ne sont jamais mariées, 45 %
sont mariées et 10 % sont anciennement mariées, les valeurs du
FIV pour les personnes mariées et les personnes jamais mariées
seront d’au moins 3,0.
Est-ce un problème ? Eh bien, cela signifie que les valeurs p
des variables indicatrices peuvent être élevées. Mais le test glo-
bal selon lequel tous les indicateurs ont des coefficients de zéro
n’est pas affecté par des FIV élevés. Et rien d’autre dans la
régression n’est affecté. Si vous voulez vraiment éviter des FIV
élevés, il suffit de choisir une catégorie de référence avec une
plus grande fraction des cas. Cela peut être souhaitable pour
éviter les situations où aucun des indicateurs individuels n’est
488
statistiquement significatif, même si l’ensemble des indicateurs
est significatif.
27.4 webin-R
La multicolinéarité est abordée dans le webin-R #07 (régression

logistique partie 2) sur YouTube.
489
partie IV
Données pondérées avec

survey
490
28 Définir un plan
d’échantillonnage
Lorsque l’on travaille avec des données d’enquêtes, il est fré-

quent que les données soient pondérées. Cette pondération est
nécessaire pour assurer la représentativité des données lorsque
les participants ont été sélectionnés avec des probabilités va-
riables. C’est par exemple le cas lorsqu’on réalise une enquête
en grappes et/ou stratifiée.
De nombreuses fonctions acceptent une variable de pondéra-
tion. Cependant, la simple prise en compte de la pondération
est souvent insuffisante si l’on ne tient pas compte du plan
d’échantillonnage de l’enquête. Le plan d’échantillonnage ne
joue pas seulement sur la pondération des données, mais in-
fluence le calcul des variances et par ricochet tous les tests sta-
tistiques. Deux échantillons identiques avec la même variable de
pondération mais des designs différents produiront les mêmes
moyennes et proportions mais des intervalles de confiance dif-
férents.
Diverses fonctions de R peuvent prendre en compte une va-
riable de pondération. Mais, en règle générale, elles sont inca-
pables de tenir compte du plan d’échantillonnage. Il est donc
préférable de privilégier le package {survey} qui est spécia-
lement dédié au traitement d’enquêtes ayant des techniques
d’échantillonnage et de pondération potentiellement très com-
plexes. {survey} peut également être utilisée pour des pondé-
rations simples.
28.1 Différents types d’échantillonnage
L’échantillonnage aléatoire simple ou échantillonnage

équiprobable est une méthode pour laquelle tous les échan-
491
tillons possibles (de même taille) ont la même probabilité d’être
choisis et tous les éléments de la population ont une chance
égale de faire partie de l’échantillon. C’est l’échantillonnage le
plus simple : chaque individu à la même probabilité d’être sé-
lectionné.
L’échantillonnage stratifié est une méthode qui consiste
d’abord à subdiviser la population en groupes homogènes
(strates) pour ensuite extraire un échantillon aléatoire de
chaque strate. Cette méthode suppose une connaissance de la
structure de la population. Pour estimer les paramètres, les
résultats doivent être pondérés par l’importance relative de
chaque strate dans la population.
L’échantillonnage par grappes est une méthode qui consiste à
choisir un échantillon aléatoire d’unités qui sont elles-mêmes
des sous-ensembles de la population (grappes ou clusters en an-
glais). Cette méthode suppose que les unités de chaque grappe
sont représentatives. Elle possède l’avantage d’être souvent plus
économique.
Il est possible de combiner plusieurs de ces approches. Par
exemple, les Enquêtes Démographiques et de Santé 48 (EDS) 48
Vaste programme d’enquêtes réa-
sont des enquêtes stratifiées en grappes à deux degrés. Dans un lisées à intervalles réguliers dans les
pays à faible et moyen revenu, dispo-
premier temps, la population est divisée en strates par région et
nibles sur https://dhsprogram.com/.
milieu de résidence. Dans chaque strate, des zones d’enquêtes,
correspondant à des unités de recensement, sont tirées au sort
avec une probabilité proportionnelle au nombre de ménages de
chaque zone au dernier recensement de population. Enfin, au
sein de chaque zone d’enquête sélectionnée, un recensement de
l’ensemble des ménages est effectué puis un nombre identique
de ménages par zone d’enquête est tiré au sort de manière aléa-
toire simple.
28.2 Avec survey::svydesign()
La fonction survey::svydesign() accepte plusieurs argu-

ments décrits en détail sur sa page d’aide (obtenue avec la
commande ?svydesign).
492
L'argument data permet de spécifier le tableau de données
contenant les observations.
L’argument ids est obligatoire et spécifie sous la forme d’une
formule les identifiants des différents niveaux d’un tirage en
grappe. S’il s’agit d’un échantillon aléatoire simple, on entrera
ids = ~ 1. Autre situation : supposons une étude portant sur
la population française. Dans un premier temps, on a tiré au
sort un certain nombre de départements français. Dans un se-
cond temps, on tire au sort dans chaque département des com-
munes. Dans chaque commune sélectionnée, on tire au sort
des quartiers. Enfin, on interroge de manière exhaustive toutes
les personnes habitant les quartiers enquêtés. Notre fichier de
données devra donc comporter pour chaque observation les va-
riables id_departement, id_commune et id_quartier. On écrira
alors pour l’argument ids la valeur suivante :
ids = ~ id_departement + id_commune + id_quartier.
Si l’échantillon est stratifié, on spécifiera les strates à
l’aide de l’argument strata en spécifiant la variable conte-
nant l’identifiant des strates. Par exemple : strata = ~
id_strate.
Il faut encore spécifier les probabilités de tirage de chaque clus-
ter /grappe ou bien la pondération des individus. Si l’on dis-
pose de la probabilité de chaque observation d’être sélection-
née, on utilisera l’argument probs. Si, par contre, on connaît
la pondération de chaque observation (qui doit être proportion-
nelle à l’inverse de cette probabilité), on utilisera l’argument
weights.
Si l’échantillon est stratifié, qu’au sein de chaque strate les in-
dividus ont été tirés au sort de manière aléatoire et que l’on
connaît la taille de chaque strate, il est possible de ne pas avoir
à spécifier la probabilité de tirage ou la pondération de chaque
observation. Il est préférable de fournir une variable contenant
la taille de chaque strate à l’argument fpc. De plus, dans ce cas-
là, une petite correction sera appliquée au modèle pour prendre
en compte la taille finie de chaque strate.
On peut tout à fait définir un échantillonnage aléatoire
simple (on considère donc que toutes les observations ont
493
le même poids, égal à 1). Pour rappel, en l’absence de clus-
ters/grappes, il faut préciser ids = ~ 1, ce paramètre n’ayant
pas de valeur par défaut.
p_iris <- survey::svydesign(

ids = ~ 1,
data = iris
)
Warning in svydesign.default(ids = ~1, data = iris): No weights or

probabilities supplied, assuming equal probability
p_iris
Independent Sampling design (with replacement)

survey::svydesign(ids = ~1, data = iris)
Pour un jeu de données simplement pondéré (chaque ligne

représente plusieurs observations) :
titanic <- dplyr::as_tibble(Titanic)

titanic |> labelled::look_for()

1 Class — chr 0
2 Sex — chr 0
3 Age — chr 0
4 Survived — chr 0
5 n — dbl 0
p_titanic <- survey::svydesign(

ids = ~ 1,
data = titanic,
weights = ~ n
)
p_titanic
494
survey::svydesign(ids = ~1, data = titanic, weights = ~n)
Pour un échantillon stratifié pour lequel les strates sont in-

diquées dans la variable stype et les poids indiquées dans la
variable pw.
data("api", package = "survey")

p_strates <- survey::svydesign(
id = ~ 1,
strata = ~ stype,
weights = ~ pw,
data = apistrat
)
p_strates
Stratified Independent Sampling design (with replacement)

survey::svydesign(id = ~1, strata = ~stype, weights = ~pw, data = apistrat)
Pour une enquête en grappes à 1 degré, pour laquelle

l’identifiant des grappes (clusters) est indiqué par la variable
dnum.

p_grappes <- survey::svydesign(
id = ~ dnum,
weights = ~ pw,
data = apiclus1
)
p_grappes
1 - level Cluster Sampling design (with replacement)

With (15) clusters.
survey::svydesign(id = ~dnum, weights = ~pw, data = apiclus1)
Voici un exemple un peu plus complexe d’une enquête en

grappes à deux degrés (les deux niveaux étant donnés par
les variables dnum et snum). Les poids ne sont pas fournis mais
495
la taille des grappes est connue et renseignée dans les variables
fpc1 et fpc2 que nous pourrons donc transmettre via l’argument
fpc.

p_grappes2 <- survey::svydesign(
id = ~ dnum + snum,
fpc = ~ fpc1 + fpc2,
data = apiclus2
)
p_grappes2
2 - level Cluster Sampling design

With (40, 126) clusters.
survey::svydesign(id = ~dnum + snum, fpc = ~fpc1 + fpc2, data = apiclus2)
Dans le cas présent, {survey} a calculé les poids s’appliquant

à chaque individu. On peut les obtenir avec la fonc-
tion weights(), en l’occurrence avec p_grappes2 |>
weights().
Enfin, prenons l’exemple d’une Enquête Démographique et de
Santé. Le nom des différentes variables est standardisé et com-
mun quelle que soit l’enquête. Nous supposerons que vous avez
importé le fichier individus dans un tableau de données nommés
eds. Le poids statistique de chaque individu est fourni par la
variable V005 qui doit au préalable être divisée par un million.
Les grappes d’échantillonnage au premier degré sont fournies
par la variable V021 (primary sample unit). Si elle n’est pas
renseignée, on pourra utiliser le numéro de grappe V001. Enfin,
le milieu de résidence (urbain / rural) est fourni par V025 et la
région par V024. Pour rappel, l’échantillon a été stratifié à la
fois par région et par milieu de résidence. Certaines enquêtes
fournissent directement un numéro de strate via V022. Si tel
est le cas, on pourra préciser le plan d’échantillonnage ainsi :
eds$poids <- eds$V005/1000000

p_eds <- survey::svydesign(
ids = ~ V021,
data = eds,
496
strata = ~ V022,
weights = ~ poids
)
28.3 Avec srvyr::as_survey_design()
Dans le prochain chapitre (cf. Chapitre 29), nous aborderons le

package {srvyr} qui est aux objets {survey} ce que {dplyr}
est aux tableaux de données : plus précisément, ce package
étend les verbes de {dplyr} aux plans d’échantillonnage com-
plexe.
La fonction srvyr::as_survey_design() est équivalente à
survey::svydesign() mais avec quelques différences :
• le paramètre ids dispose d’une valeur par défaut et on

peut l’ignorer en l’absence de grappes ;
• les variables ne sont pas spécifiées avec une formule mais
avec les mêmes sélecteurs que dplyr::select() ;
• l’objet renvoyé est à la fois du type "survey.design" et
du type "tbl_svy", une sorte de tibble pour les objets
{survey}.
Reprenons nos exemples précédents en commençant par un

échantillonnage aléatoire simple.
t_iris <- iris |>

srvyr::as_survey_design()
t_iris

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
Data variables: Sepal.Length (dbl), Sepal.Width (dbl), Petal.Length (dbl),
Petal.Width (dbl), Species (fct)
class(t_iris)
497
[1] "tbl_svy" "survey.design2" "survey.design"
Pour un jeu de données simplement pondéré (chaque ligne

représente plusieurs observations) :

t_titanic <- titanic |>
srvyr::as_survey_design(weights = n)
t_titanic

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: n
Data variables: Class (chr), Sex (chr), Age (chr), Survived (chr), n (dbl)
Pour un échantillon stratifié pour lequel les strates sont in-

diquées dans la variable stype et les poids indiquées dans la
variable pw.

t_strates <- apistrat |>
srvyr::as_survey_design(strata = stype, weights = pw)
t_strates
Stratified Independent Sampling design (with replacement)

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- strata: stype
- weights: pw
Data variables: cds (chr), stype (fct), name (chr), sname (chr), snum (dbl),
dname (chr), dnum (int), cname (chr), cnum (int), flag (int), pcttest (int),
api00 (int), api99 (int), target (int), growth (int), sch.wide (fct),
comp.imp (fct), both (fct), awards (fct), meals (int), ell (int), yr.rnd
(fct), mobility (int), acs.k3 (int), acs.46 (int), acs.core (int), pct.resp
(int), not.hsg (int), hsg (int), some.col (int), col.grad (int), grad.sch
(int), avg.ed (dbl), full (int), emer (int), enroll (int), api.stu (int), pw
(dbl), fpc (dbl)
498
Pour une enquête en grappes à 1 degré, pour laquelle
l’identifiant des grappes (clusters) est indiqué par la variable
dnum.

t_grappes <- apiclus1 |>
srvyr::as_survey_design(id = dnum, weights = pw)
t_grappes
1 - level Cluster Sampling design (with replacement)

With (15) clusters.
Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: dnum
- weights: pw
(int), avg.ed (dbl), full (int), emer (int), enroll (int), api.stu (int), fpc
(dbl), pw (dbl)
Voici un exemple un peu plus complexe d’une enquête en

grappes à deux degrés (les deux niveaux étant donnés par
les variables dnum et snum). Les poids ne sont pas fournis mais
la taille des grappes est connue et renseignée dans les variables
fpc1 et fpc2 que nous pourrons donc transmettre via l’argument
fpc.

t_grappes2 <- apiclus2 |>
srvyr::as_survey_design(id = c(dnum, snum), fpc = c(fpc1, fpc2))
t_grappes2
2 - level Cluster Sampling design

With (40, 126) clusters.
499
Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `dnum + snum`
- fpc: `fpc1 + fpc2`
(int), avg.ed (dbl), full (int), emer (int), enroll (int), api.stu (int), pw
(dbl), fpc1 (dbl), fpc2 (int[1d])
Enfin, prenons l’exemple d’une Enquête Démographique et de

Santé. Le nom des différentes variables est standardisé et com-
mun quelle que soit l’enquête. Nous supposerons que vous avez
importé le fichier individus dans un tableau de données nommés
eds. Le poids statistique de chaque individu est fourni par la
variable V005 qui doit au préalable être divisée par un million.
Les grappes d’échantillonnage au premier degré sont fournies
par la variable V021 (primary sample unit). Si elle n’est pas
renseignée, on pourra utiliser le numéro de grappe V001. Enfin,
le milieu de résidence (urbain / rural) est fourni par V025 et la
région par V024. Pour rappel, l’échantillon a été stratifié à la
fois par région et par milieu de résidence. Certaines enquêtes
fournissent directement un numéro de strate via V022. Si tel
est le cas, on pourra préciser le plan d’échantillonnage ainsi :
eds$poids <- eds$V005/1000000

t_eds <- eds |>
srvyr::as_survey_design(
ids = V021,
strata = V022,
weights = poids
)
500
28.4 webin-R
La statistique univariée est présentée dans le webin-R #10 (don-

nées pondérées, plan d’échantillonnage complexe & survey) sur
YouTube.
https://youtu.be/aXCn9SyhcTE
501
29 Manipulation de données
pondérées
L’objet créé avec survey::svydesign() ou srvyr::as_survey_design()

n’est plus un tableau de données, mais plutôt un tableau de
données auquel est attaché un plan d’échantillonnage. Les
colonnes du tableau d’origine ne sont plus directement acces-
sibles avec l’opérateur $. En fait, elles sont stockées dans un
sous-objet $variables.

t_titanic$variables |> dplyr::glimpse()
Rows: 32
Columns: 5
$ Class <chr> "1st", "2nd", "3rd", "Crew", "1st", "2nd", "3rd", "Crew", "1s~
$ Sex <chr> "Male", "Male", "Male", "Male", "Female", "Female", "Female",~
$ Age <chr> "Child", "Child", "Child", "Child", "Child", "Child", "Child"~
$ Survived <chr> "No", "No", "No", "No", "No", "No", "No", "No", "No", "No", "~
$ n <dbl> 0, 0, 35, 0, 0, 0, 17, 0, 118, 154, 387, 670, 4, 13, 89, 3, 5~
Il n’est pas aisé de modifier des variables dans un objet de

ce type. Il est donc préférable de procéder à l’ensemble des
nettoyages, recodages de variables (et au besoin transforma-
tion des vecteurs labellisés en facteur), avant de définir le plan
d’échantillonnage et de procéder aux analyses.
Si l’on souhaite manipuler les données, le plus simple est d’avoir
recours au package {srvyr} qui étend les verbes de {dplyr}
(cf. Chapitre 8) aux objets {survey}.
502
29.1 Utilisation de {srvyr}
{srvyr} fournit les verbes srvyr::select() et srvyr::filter()

pour sélectionner respectivement des colonnes et des lignes.
library(srvyr)
Attachement du package : 'srvyr'
L'objet suivant est masqué depuis 'package:stats':
filter
t_titanic |> select(Sex, Age)

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: n
Data variables: Sex (chr), Age (chr)
t_titanic |> filter(Sex == "Female")

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: n
Data variables: Class (chr), Sex (chr), Age (chr), Survived (chr), n (dbl)
On peut aussi utiliser srvyr::pull() pour extraire le contenu

d’une colonne ou srvyr::drop_na() pour supprimer les obser-
vations contenant des valeurs manquantes.
503
Á Avertissement
Par contre, le verbe arrange() (tri du tableau) ou encore

les fonctions de jointures (telles que left_join()) ne sont
pas implémentées car ce type d’opération entraînerait des
modifications du plan d’échantillonnage. Il est donc préfé-
rable de réaliser ce type d’opérations avant la déclaration
du plan d’échantillonnage (quand les données sont donc
encore stockées dans un tableau de données classiques).
srvyr fournit également le verbe srvyr::summarize()

permettant de calculer des statistiques sur l’ensemble du
fichier ou par sous-groupe (en combinant summarize() avec
group_by()). Afin de prendre en compte correctement la
pondération et le plan d’échantillonnage, srvyr fournit des
fonctions adaptées pour un usage au sein de summarize() :
srvyr::survey_mean(), srvyr::survey_total(), srvyr::survey_prop(),
srvyr::survey_ratio(), srvyr::survey_quantile() ou
encore srvyr::survey_median().
t_titanic |>
group_by(Sex, Class, Survived) |>
summarise(taux_survie = survey_prop()) |>
filter(Survived == "Yes")
When `proportion` is unspecified, `survey_prop()` now defaults to `proportion = TRUE`.

i This should improve confidence interval coverage.
This message is displayed once per session.
Warning: There were 24 warnings in `dplyr::summarise()`.

The first warning was:
i In argument: `taux_survie = survey_prop()`.
i In group 1: `Sex = "Female"`, `Class = "1st"`, `Survived = "No"`.
Caused by warning in `summary.glm()`:
! les observations de poids nul n'ont pas été utilisées pour le calcul de la dispersion
i Run `dplyr::last_dplyr_warnings()` to see the 23 remaining warnings.
# A tibble: 8 x 5
# Groups: Sex, Class [8]
504
Sex Class Survived taux_survie taux_survie_se
<chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl>
1 Female 1st Yes 0.972 0.0384
2 Female 2nd Yes 0.877 0.145
3 Female 3rd Yes 0.459 0.306
4 Female Crew Yes 0.870 0.163
5 Male 1st Yes 0.344 0.312
6 Male 2nd Yes 0.140 0.150
7 Male 3rd Yes 0.173 0.183
8 Male Crew Yes 0.223 0.249
29.2 Lister / Rechercher des variables
La fonction labelled::look_for(), que nous avons déjà abor-

dée (cf. Section 4.3), est compatible avec les objets {survey} et
peut donc être utilisée pour lister ou rechercher des variables.

Class = "Class du passager",
Sex = "Sexe du passager",
Age = "Enfant ou adulte ?",
Survived = "A survécu au naufrage ?",
n = "Nombre d'observations"
) |>
t_titanic |> labelled::look_for()

1 Class Class du passager chr 0
2 Sex Sexe du passager chr 0
3 Age Enfant ou adulte ? chr 0
4 Survived A survécu au naufrage ? chr 0
5 n Nombre d'observations dbl 0
t_titanic |> labelled::look_for("nau")
505
29.3 Extraire un sous-échantillon
Si l’on souhaite travailler sur un sous-échantillon de l’enquête,

il importe de définir le plan d’échantillonnage sur l’ensemble
du jeu de données avant de procéder à la sélection des obser-
vations.
La fonction classique pour sélectionner des lignes est subset().
Cependant, elle a un inconvénient lorsque nos données com-
portent des étiquettes de variables (cf. Chapitre 11) ou de va-
leurs ( Chapitre 12), car les étiquettes ne sont pas conservées
après l’opération.
On préférera donc avoir recours à srvyr::filter() qui
conservent les attributs associés aux colonnes du tableau de
données.
t_subset <- t_titanic |> subset(Sex == "Female")

t_subset |> labelled::look_for()

1 Class — chr 0
2 Sex — chr 0
3 Age — chr 0
4 Survived — chr 0
5 n — dbl 0
t_filter <- t_titanic |> filter(Sex == "Female")

t_filter |> labelled::look_for()

1 Class Class du passager chr 0
2 Sex Sexe du passager chr 0
3 Age Enfant ou adulte ? chr 0
5 n Nombre d'observations dbl 0
506
30 Analyses uni- et bivariées
pondérées
30.1 La fonction tbl_svysummary()
Dans les chapitres sur la statistique univariée (cf. Chapitre 18)

et la statistique bivariée (cf. Chapitre 19), nous avons abordé
la fonction gtsummary::tbl_summary() qui permet de générer
des tris à plats et des tableaux croisés prêts à être publiés.
Son équivalent pour les objets {survey} existe : il s’agit de
la fonction gtsummary::tbl_svysummary() qui fonctionne de
manière similaire.
Pour illustrer son fonctionnement, nous allons utiliser le jeu de
données fecondite fournit dans le package {questionr}. Ce jeu
de données fournit un tableau de données femmes comportant
une variable poids de pondération que nous allons utiliser. Les
données catégorielles étant stockées sous forme de vecteurs
numériques avec étiquettes de valeurs (cf. Chapitre 12), nous
allons les convertir en facteurs avec labelled::unlabelled().
De même, certaines valeurs manquantes sont indiquées sous
formes de user NAs (cf. Section 13.2) : nous allons les
convertir en valeurs manquantes classiques (regular NAs) avec
labelled::user_na_to_na().
data("fecondite", package = "questionr")

library(srvyr)
507
filter
dp <- femmes |>

labelled::user_na_to_na() |>
labelled::unlabelled() |>
as_survey_design(weights = poids)
dp

Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: poids
Data variables: id_femme (dbl), id_menage (dbl), poids (dbl), date_entretien
(date), date_naissance (date), age (dbl), milieu (fct), region (fct), educ
(fct), travail (fct), matri (fct), religion (fct), journal (fct), radio
(fct), tv (fct), nb_enf_ideal (dbl), test (fct)
Chargeons {gtsummary} et définissons le français comme

langue de rendu des tableaux.
library(gtsummary)
#Uighur
language = "fr",
decimal.mark = ",",
big.mark = ""
)
Pour réaliser un tableau croisé, il nous suffit d’appeler

gtsummary::tbl_svysummary() de la même manière que
l’on aurait procédé avec gtsummary::tbl_summary(). En
508
arrière plan, gtsummary::tbl_svysummary() appellera les
différentes fonctions statistiques de {survey} : la pondération
ainsi que les spécificités du plan d’échantillonnage seront donc
correctement prises en compte.
dp |>
tbl_svysummary(
by = milieu,
include = c(age, educ, travail)
) |>
bold_labels()
Warning: There were 5 warnings in `mutate()`.

i In argument: `df_stats = pmap(...)`.
Caused by warning in `svymean.survey.design2()`:
! Sample size greater than population size: are weights correctly scaled?

Table 30.1: Tableau croisé sur des données pondérées
urbain, Total,
N= rural, N N=
Caractéristique 1026 = 1002 2027
Âge révolu (en années) 26 (20 – 28 (22 – 27 (21 –
à la date de passation 33) 36) 35)
du questionnaire
Niveau d’éducation
aucun 414 681 1095
(40%) (68%) (54%)
primaire 251 257 507
(24%) (26%) (25%)
secondaire 303 61 364
(30%) (6,1%) (18%)
509
urbain, Total,
N= rural, N N=
Caractéristique 1026 = 1002 2027
supérieur 58 3 (0,3%) 61
(5,7%) (3,0%)
A un emploi ?
non 401 269 670
(39%) (27%) (33%)
oui 621 731 1351
(61%) (73%) (67%)
Manquant 5 1 6
ĺ Important
Par défaut, les effectifs (ainsi que les pourcentages et

autres statistiques) affichés sont pondérés. Il est impor-
tant de bien comprendre ce que représentent ces effectifs
pondérés pour les interpréter correctement. Pour cela, il
faut savoir comment les poids de l’enquête ont été calcu-
lés.
Dans certains cas, lorsque la population totale est connue,
la somme des poids est égale à cette population totale
dans laquelle l’échantillon a été tiré au sort. Les effectifs
pondérés représentent donc une estimation des effectifs
dans la population totale et ne représentent en rien le
nombre d’observations dans l’enquête.
Dans d’autres enquêtes, les poids sont générés de telle
manière que la somme des poids correspondent au nombre
total de personnes enquêtées. Dans ce genre de situation,
on a souvent tendance, à tort, à interpréter les effectifs
pondérés comme un nombre d’observations. Or, il peut y
avoir un écart important entre le nombre d’observations
dans l’enquête et les effectifs pondérés.
On pourra éventuellement présenter séparé-
ment le nombre d’observations (i.e. les effec-
tifs non pondérés) et les proportions pondérées.
gtsummary::tbl_svysummary() fournit justement à
la fois ces données pondérées et non pondérées. Il
est vrai que cela nécessite quand même quelques ma-
510
nipulations. Pour les cellules, on précisera le type
d’effectifs à afficher avec l’argument statistic. Pour
personnaliser l’affiche du nombre de valeurs man-
quantes, cela doit se faire à un niveau plus global via
gtsummary::set_gtsummary_theme(). Enfin, on passera
par gtsummary::modify_header() pour personnaliser
les en-têtes de colonne.
set_gtsummary_theme(
list("tbl_summary-str:missing_stat" = "{N_miss_unweighted} obs.")
)
dp |>
tbl_svysummary(
by = milieu,
include = c(educ, travail),
statistic = all_categorical() ~ "{p}% ({n_unweighted} obs.)",
digits = all_categorical() ~ c(1, 0)
) |>
modify_header(
all_stat_cols() ~ "**{level}** ({n_unweighted} obs.)"
) |>
bold_labels()


urbain (912
Caractéristique obs.) rural (1088 obs.)
Niveau
d’éducation
511
aucun 40,3% (375 obs.) 68,0% (763 obs.)
primaire 24,4% (213 obs.) 25,6% (247 obs.)
secondaire 29,5% (275 obs.) 6,1% (73 obs.)
supérieur 5,7% (49 obs.) 0,3% (5 obs.)
A un emploi ?
non 39,2% (370 obs.) 26,9% (296 obs.)
oui 60,8% (537 obs.) 73,1% (790 obs.)
Manquant 5 obs. 2 obs.
Il faut noter qu’une modification du thème impactera

tous les tableaux suivants, jusqu’à ce que le thème
soit à nouveau modifié ou bien que l’on fasse appel à
gtsummary::reset_gtsummary_theme().
30.2 Calcul manuel avec {survey}
Lorsque l’on travail avec un plan d’échantillonnage, on ne peut

utiliser les fonctions statistiques classiques de R. On aura re-
cours à leurs équivalents fournis par {survey} :
• survey::svymean(), survey::svyvar(), survey::svytotal(),

survey::svyquantile() : moyenne, variance, total,
quantiles
• survey::svytable() : tri à plat et tableau croisé
• survey::svychisq() : test du �²
• survey::svyby() : statistiques selon un facteur
• survey::svyttest() : test t de Student de comparaison
de moyennes
• survey::svyciprop() : intervalle de confiance d’une pro-
portion
• survey::svyratio() : ratio de deux variables continues
Ces fonctions prennent leurs arguments sous forme de formules

pour spécifier les variables d’intérêt.
512
survey::svymean(~ age, dp)
mean SE
age 28.468 0.2697
survey::svymean(~ age, dp) |> confint()
2.5 % 97.5 %
age 27.93931 28.99653
survey::svyquantile(~age, dp, quantile = c(0.25, 0.5, 0.75), ci = TRUE)
$age
quantile ci.2.5 ci.97.5 se
0.25 21 21 22 0.2549523
0.5 27 27 28 0.2549523
0.75 35 35 37 0.5099045
attr(,"hasci")
[1] TRUE
attr(,"class")
[1] "newsvyquantile"
Les tris à plat se déclarent en passant comme argument le nom

de la variable précédé d’un tilde (~), tandis que les tableaux
croisés utilisent les noms des deux variables séparés par un signe
plus (+) et précédés par un tilde (~)49 . 49
Cette syntaxe est similaire à celle
de xtabs().
survey::svytable(~region, dp)
region
Nord Est Sud Ouest
611.0924 175.7404 329.2220 911.2197
513
survey::svytable(~milieu + educ, dp)
educ
milieu aucun primaire secondaire supérieur
urbain 413.608780 250.665214 303.058978 58.412688
rural 681.131096 256.694363 61.023980 2.679392
La fonction questionr::freq() peut être utilisée si on lui

passe en argument non pas la variable elle-même, mais son tri
à plat obtenu avec survey::svytable() :
survey::svytable(~region, dp) |>

questionr::freq(total = TRUE)
n % val%
Nord 611.1 30.1 30.1
Est 175.7 8.7 8.7
Sud 329.2 16.2 16.2
Ouest 911.2 44.9 44.9
Total 2027.3 100.0 100.0
Les fonctions questionr::rprop() et questionr::cprop()

peuvent être utilisées pour calculer les pourcentages en ligne
ou en colonne.
survey::svytable(~milieu + educ, dp) |>

questionr::cprop()
educ
milieu aucun primaire secondaire supérieur Ensemble
urbain 37.8 49.4 83.2 95.6 50.6
rural 62.2 50.6 16.8 4.4 49.4
Total 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0
Le principe de la fonction survey::svyby() est similaire à ce-

lui de tapply() (cf. Section 19.2.3). Elle permet de calculer
des statistiques selon plusieurs sous-groupes définis par un fac-
teur.
514
survey::svyby(~age, ~region, dp, survey::svymean)
region age se
Nord Nord 29.03299 0.4753268
Est Est 27.54455 0.5261669
Sud Sud 28.96830 0.6148223
Ouest Ouest 28.08626 0.4458201
30.3 Intervalles de confiance et tests

statistiques
La fonction gtsummary::add_ci() peut être appliquée à des

tableaux produits avec gtsummary::tbl_svysummary()50 . Les 50
Cela requiert une version récente
méthodes utilisées sont adaptées à la prise en compte d’un (�1.7.0) de {gtsummary}.
plan d’échantillonnage. On se référera à la document de la fonc-
tion pour plus de détails sur les méthodes statistiques utilisées.
Rappel : pour les variables continues, on sera vigilant à ce
que la statistique affichée (médiane par défaut) corresponde au
type d’intervalle de confiance calculé (moyenne par défaut).
dp |>
tbl_svysummary(
include = c(age, region),
) |>
add_ci() |>
bold_labels()

515
Table 30.3: Intervalles de confiance avec prise en compte du
plan d’échantillonnage
N= 95%
Caractéristique 2027 CI
Âge révolu (en années) à la date de 28 (9) 28, 29
passation du questionnaire
Région de résidence
Nord 611 28%,
(30%) 33%
Est 176 7,7%,
(8,7%) 9,8%
Sud 329 14%,
(16%) 18%
Ouest 911 42%,
(45%) 48%
De même, on peut aisément effectuer des tests de comparaison

avec gtsummary::add_p(). Là aussi, les tests utilisés sont des
adaptations des tests classiques avec différentes corrections
pour tenir compte à la fois de la pondération et du plan
d’échantillonnage.
dp |>
tbl_svysummary(
include = c(age, region),
by = milieu
) |>
add_p() |>
bold_labels()

516
Table 30.4: Tests de comparaison avec prise en compte du plan

urbain, rural, N p-
Caractéristique N = 1026 = 1002 valeur
Âge révolu (en années) à 26 (20 – 28 (22 – <0,001
la date de passation du 33) 36)
questionnaire
Région de résidence <0,001
Nord 265 346
(26%) (35%)
Est 48 (4,7%) 128
(13%)
Sud 79 (7,7%) 250
(25%)
Ouest 633 278
(62%) (28%)
30.4 Calcul manuel avec {srvyr}
On peut avoir besoin de calculer des moyennes et/ou des pro-

portions par sous-groupe, avec leurs intervalles de confiance, de
manière manuelle, par exemple en amont d’un graphique à re-
présenter avec {ggplot2}. Dans ce cas de figure, les fonctions
natives de {survey} ne sont pas toujours très facile d’emploi
et l’on pourra avantageusement recourir à {srvyr} pour béné-
ficier d’une syntaxe à la {dplyr}.
Par exemple, pour calculer l’âge moyen des femmes
par région, on combinera srvyr::survey_mean() avec
srvyr::group_by() et srvyr::summarise() :
dp |>
group_by(region) |>
summarise(moy = survey_mean())
517
# A tibble: 4 x 3
region moy moy_se
<fct> <dbl> <dbl>
1 Nord 0.301 0.0127
2 Est 0.0867 0.00544
3 Sud 0.162 0.0102
4 Ouest 0.449 0.0147
Par défaut, cela renvoie les moyennes et les erreurs standards.

Pour les intervalles de confiance, on précisera simplement
vartype = "ci".
dp |>
group_by(region) |>
summarise(moy = survey_mean(vartype = "ci"))
# A tibble: 4 x 4
region moy moy_low moy_upp
<fct> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Nord 0.301 0.277 0.326
2 Est 0.0867 0.0760 0.0974
3 Sud 0.162 0.142 0.182
4 Ouest 0.449 0.421 0.478
Pour des proportions, on aura recours à srvyr::survey_prop().

Par exemple, pour un tri à plat du niveau d’éducation :
dp |>
group_by(educ) |>
summarise(prop = survey_prop())
When `proportion` is unspecified, `survey_prop()` now defaults to `proportion = TRUE`.

i This should improve confidence interval coverage.
This message is displayed once per session.
# A tibble: 4 x 3
educ prop prop_se
<fct> <dbl> <dbl>
518
1 aucun 0.540 0.0144
2 primaire 0.250 0.0127
3 secondaire 0.180 0.0110
4 supérieur 0.0301 0.00487
Là encore, on peut passer l’option vartpe = "ci" pour obtenir

les intervalles de confiance51 . 51
Par défaut, les intervalles
de confiance sont calculés avec
Si l’on passe plusieurs variables dans le group_by(), les pro- survey::svymean() et peuvent
portions sont calculées pour la dernière variable pour chaque générer des valeurs inférieures à
combinaison des autres variables. Par exemple, pour la distri- 0 ou supérieures à 1. Pour un
calcul plus précis reposant sur
bution du niveau d’éducation par milieu de résidence (i.e. la survey::svyciprop(), on précisera
somme des proportions est de 100% pour le milieu urbain et de proportion = TRUE. Plusieurs mé-
100% pour celles du milieu rural, soit 200% au total) : thodes existent pour ce calcul, voir
l’aide de survey::svyciprop().
dp |>
group_by(milieu, educ) |>
summarise(prop = survey_prop(vartype = "ci", proportion = TRUE))
# A tibble: 8 x 5
# Groups: milieu [2]
milieu educ prop prop_low prop_upp
<fct> <fct> <dbl> <dbl> <dbl>
1 urbain aucun 0.403 0.364 0.444
2 urbain primaire 0.244 0.210 0.282
3 urbain secondaire 0.295 0.260 0.334
4 urbain supérieur 0.0569 0.0410 0.0785
5 rural aucun 0.680 0.643 0.715
6 rural primaire 0.256 0.223 0.292
7 rural secondaire 0.0609 0.0454 0.0813
8 rural supérieur 0.00268 0.00108 0.00660
Si l’on souhaite les pourcentages que représentent chaque

combinaison au sein de l’ensemble de l’échantillon (i.e. que
la somme de toutes les proportions soit de 100%), on aura
recours à srvyr::interact().
dp |>
group_by(interact(milieu, educ)) |>
summarise(prop = survey_prop(vartype = "ci", proportion = TRUE))
519
# A tibble: 8 x 5
milieu educ prop prop_low prop_upp
<fct> <fct> <dbl> <dbl> <dbl>
1 urbain aucun 0.204 0.182 0.228
2 urbain primaire 0.124 0.105 0.145
3 urbain secondaire 0.149 0.130 0.171
4 urbain supérieur 0.0288 0.0207 0.0400
5 rural aucun 0.336 0.310 0.363
6 rural primaire 0.127 0.109 0.146
7 rural secondaire 0.0301 0.0224 0.0404
8 rural supérieur 0.00132 0.000535 0.00326
30.5 Impact du plan d’échantillonnage
Lorsque l’on calcul des proportions, moyennes ou médianes pon-

dérées, seuls les poids entrent en ligne de compte. Le plan
d’échantillonnage (strates et/ou grappes) n’a de son côté pas
d’effet. Par contre, le plan d’échantillonnage a un impact impor-
tant sur le calcul des variances et, par extension, sur le calcul
des intervalles de confiance et des tests de comparaison.
Pour illustrer cela, nous allons considérer un même jeu de don-
nées, avec la même variable de poids, mais en faisant varier la
présence de strates et de grappes.
Commençons par regarder le jeu de données apistrat fourni par
{survey}.

nrow(apistrat)
[1] 200
summary(apistrat$pw)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.

15.10 19.05 32.28 30.97 44.21 44.21
520
sum(apistrat$pw)
[1] 6194
Nous avons ici un tableau de données de 200 lignes, avec des

poids variant entre 15 et 44. Nous pouvons définir une pondé-
ration simple et croiser deux variables.
d_ponderation_simple <- apistrat |>

as_survey_design(weights = pw)
tbl <- survey::svytable(~ awards + yr.rnd, design = d_ponderation_simple)
tbl
yr.rnd
awards No Yes
No 2068.34 168.09
Yes 3274.06 683.51
Réalisons un test du Chi² entre ces deux variables. Si nous ap-

pliquions la fonction classique chisq.test() sur ce tableau,
cette fonction considérait que nous avons 6194 observations
(somme des poids) et dès lors nous obtiendrions une p-valeur
très faible.
tbl |> chisq.test()
Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
data: tbl
X-squared = 113.84, df = 1, p-value < 2.2e-16
Le calcul précédent ne tient pas compte que nous n’avons

que 200 observations dans notre échantillon. Refaisons
le calcul survey::svychisq() qui est adaptée aux plans
521
survey::svychisq(~ awards + yr.rnd, design = d_ponderation_simple)
Pearson's X^2: Rao & Scott adjustment
data: NextMethod()
F = 2.9162, ndf = 1, ddf = 199, p-value = 0.08926
Le résultat est ici tout autre et notre test n’est plus significatif
au seuil de 5% ! Ici, les corrections de Rao & Scott permettent
justement de tenir compte que nous avons un échantillon de
seulement 200 observations.
Regardons maintenant si, à poids égal, il y a une différence
entre une enquête stratifiée et une enquête en grappes.
# Pondération simple
survey::svytable(~ awards + yr.rnd, design = d_ponderation_simple)
yr.rnd
awards No Yes
No 2068.34 168.09
Yes 3274.06 683.51
survey::svychisq(~ awards + yr.rnd, design = d_ponderation_simple)
data: NextMethod()
F = 2.9162, ndf = 1, ddf = 199, p-value = 0.08926
# Enquête stratifiée
d_strates <- apistrat |>
as_survey_design(weights = pw, strata = stype)
survey::svytable(~ awards + yr.rnd, design = d_strates)
522
yr.rnd
awards No Yes
No 2068.34 168.09
Yes 3274.06 683.51
survey::svychisq(~ awards + yr.rnd, design = d_strates)
data: NextMethod()
F = 2.9007, ndf = 1, ddf = 197, p-value = 0.09012
# Enquête en grappes
d_grappes <- apistrat |>
as_survey_design(weights = pw, ids = dnum)
survey::svytable(~ awards + yr.rnd, design = d_grappes)
yr.rnd
awards No Yes
No 2068.34 168.09
Yes 3274.06 683.51
survey::svychisq(~ awards + yr.rnd, design = d_grappes)
data: NextMethod()
F = 3.1393, ndf = 1, ddf = 134, p-value = 0.0787
On le constate : dans les trois cas les tableaux croisés sont

identiques, mais pour autant les trois p-valeurs diffèrent.
Dès lors qu’un calcul de variance est impliqué, la
simple prise en compte des poids est insuffisante :
523
il faut appliquer des corrections en fonction du plan
d’échantillonnage !
Pas d’inquiétude, {survey} s’en occupe pour vous, dès lors que
le plan d’échantillonnage a correctement été défini.
524
31 Graphiques pondérés
Le package {ggplot2} n’est compatible directement avec les

objets {survey}. Cependant, il accepte une esthétique weight
qui permet de définir une variable de pondération.
Á Avertissement
ATTENTION : les graphiques obtenus ne sont corrects

qu’à la condition que seuls les poids soient nécessaires pour
les construire, ce qui est le cas d’un nuage de points ou
d’un diagramme en barres.
Par contre, si le calcul du graphique implique le cal-
cul de variances, la représentation sera incorrecte. Par
exemple, avec ggplot2::geom_smooth(), les intervalles
de confiance affichés ne prendront pas correctement en
compte le plan d’échantillonnage.
Reprenons le jeu de données fecondite que nous avons abordé

dans le chapitre sur les analyses bivariées pondérées, cf. Cha-
pitre 30. Les poids d’enquête y sont indiqués dans la colonne
poids. Pour rappel, les données catégorielles étant stockées
sous forme de vecteurs numériques avec étiquettes de valeurs
(cf. Chapitre 12), nous allons les convertir en facteurs avec
labelled::unlabelled().

library(tidyverse)

525
v purrr 1.0.1
d <- labelled::unlabelled(femmes)
Pour réaliser un graphique, nous pouvons reprendre ce que

nous avons vu dans notre chapitre introductif sur {ggplot2},
cf. Chapitre 17, en spécifiant simplement l’esthétique weight.
ggplot(d) +
aes(x = region, fill = test, weight = poids) +
geom_bar(position = "fill")
1.00
0.75
test
count
non
0.50
oui
manquant
0.25
0.00
Nord Est Sud Ouest
region
Figure 31.1: Un graphique en barres pondéré
Si l’on a déjà créé un objet {survey}, on peut obtenir les poids

des observations avec la fonction weights(). Les données sont
quant à elle accessibles via le sous-élément nommé variables.
library(srvyr)
526
filter
dp <- femmes |>

labelled::unlabelled() |>
ggplot(dp$variables) +
aes(x = region, fill = test, weight = weights(dp)) +
1.00
0.75
test
count
non
0.50
oui
manquant
0.25
0.00
Nord Est Sud Ouest
region
Pour se faciliter les choses, on peut avoir directement recours à

la fonction ggstats::ggsurvey(), que l’on utilisera à la place
de ggplot2::ggplot(), et qui fait exactement la même chose
que dans notre exemple précédent : on lui passe un objet de
type {survey} et la fonction en extrait le sous-élément va-
riables pour le passer à ggplot2::ggplot() et les poids qui
sont automatiquement associés à l’esthétique weight.
527
Ainsi, le code de notre graphique précédent s’écrit tout simple-
ment52 : 52
Notez que les poids ont déjà été
associés à la bonne esthétique et qu’il
n’est donc pas nécessaire de le refaire
ggstats::ggsurvey(dp) +
dans l’appel à aes().
aes(x = region, fill = test) +
1.00
0.75
test
count
non
0.50
oui
manquant
0.25
0.00
Nord Est Sud Ouest
region
528
binaire pondérée
Nous avons abordé la régression logistique binaire non pon-

dérée dans un chapitre dédié, cf. Chapitre 22. Elle se réalise
classiquement avec la fonction glm() en spécifiant family =
binomial.
Lorsque l’on utilise des données d’enquêtes, l’approche est simi-
laire sauf que l’on aura recours à la fonction survey::svyglm()
qui sait gérer des objets {survey} : non seulement la pon-
dération sera prise en compte, mais le calcul des intervalles
de confiance et des p-valeurs sera ajusté en fonction du plan
32.1 Données des exemples
Nous allons reprendre les même données issues de l’enquête

Histoire de vie 2003, mais en tenant compte cette fois-ci des
poids de pondération fourni dans la variable poids.
library(tidyverse)
library(labelled)
d <-
hdv2003 |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
529
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
sexe = "Sexe",
heures.tv = "Heures de télévision / jour",
poids = "Pondération de l'enquête"
)
Il ne nous reste qu’à définir notre objet {survey} en spéci-

fiant la pondération fournie avec l’enquête. La documentation
ne mentionne ni strates ni grappes.
library(srvyr)
library(survey)
dp <- d |>
32.2 Calcul de la régression logistique binaire
La syntaxe de survey::svyglm() est similaire à celle de glm()

sauf qu’elle a un argument design au lieu de data.
530
La plupart du temps, les poids de pondération ne sont pas des
nombres entiers, mais des nombres décimaux. Or, la famille de
modèles binomiaux repose sur des nombres entiers de succès
et d’échecs. Avec une version récente53 de R, cela n’est pas 53
Si vous utilisez une version an-
problématique. Nous aurons simplement un avertissement. cienne de R, cela n’était tout simple-
ment pas possible. Vous obteniez un
message d’erreur et le modèle n’était
mod_binomial <- svyglm( pas calculé. Si c’est votre cas, op-
tez pour un modèle quasi-binomial ou
family = binomial, bien mettez à jour R.
design = dp
)
Warning in eval(family$initialize): nombre de succès non entier dans un glm

binomial !
Une alternative consiste à avoir recours à la famille quasi-

binomiale, que l’on spécifie avec family = quasibinomial et
qui constitue une extension de la famille binomiale pouvant
gérer des poids non entiers. La distribution quasi-binomiale,
bien que similaire à la distribution binomiale, possède un
paramètre supplémentaire � qui tente de décrire une variance
supplémentaire dans les données qui ne peut être expliquée
par une distribution binomiale seule (on parle alors de sur-
dispersion). Les coefficients obtenus sont les mêmes, mais les
intervalles de confiance peuvent être un peu plus large.
mod_quasi <- svyglm(

family = quasibinomial,
design = dp
)
Simple, non ?
32.3 Sélection de modèle
Comme précédemment (cf. Chapitre 23), il est possible de pro-

céder à une sélection de modèle pas à pas, par minimisation de
l’AIC, avec step().
531
mod_quasi2 <- step(mod_quasi)
Start: AIC=2309.89
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + relig + heures.tv
Df Deviance AIC
- relig 5 2266.3 2302.2
<none> 2263.9 2309.9
- heures.tv 1 2276.2 2320.2
- sexe 1 2276.4 2320.4
- groupe_ages 3 2313.9 2353.8
- etudes 4 2383.5 2421.2
Step: AIC=2296.28
sport ~ sexe + groupe_ages + etudes + heures.tv
Df Deviance AIC
<none> 2266.3 2296.3
- heures.tv 1 2278.4 2306.4
- sexe 1 2279.0 2307.0
- groupe_ages 3 2318.3 2342.1
- etudes 4 2387.2 2408.8
Á Sélection pas à pas et valeurs manquantes
Nous avons abordé dans le chapitre sur la sélection de mo-

dèle pas à pas la problématique des valeurs manquantes
lors d’une sélection pas à pas descendante par minimisa-
tion de l’AIC (cf. Section 23.8). La même approche peut
être appliquée avec des données pondérées. Cependant,
la fonction step_with_na() que nous avons présenté
n’est pas compatible avec les modèles survey::svyglm()
puisqu’ils prennent en entrée un argument design et non
data.
On pourra essayer la variante step_with_na_survey()
ci-dessous qui nécessite qu’on lui passe également l’objet
{survey} ayant servi au calcul du modèle.
532
step_with_na_survey <- function(model, design, ...) {
# list of variables
variables <- broom.helpers::model_list_variables(
model,
only_variable = TRUE
)
# design with no na
design_no_na <- design |>
srvyr::drop_na(dplyr::any_of(variables))
# refit the model without NAs
model_no_na <- update(model, data = design_no_na)
# apply step()
model_simplified <- step(model_no_na, ...)
# recompute simplified model using full data
update(model, formula = terms(model_simplified))
}
mod2_binomial <- step_with_na_survey(mod_binomial, dp)
32.4 Affichage des résultats
Nous pouvons tout à fait utiliser gtsumarry::tbl_regression()

avec ce type de modèles. De même, on peut utiliser
gtsummary::add_global_p() pour calculer les p-valeurs
globales des variables ou encore gtsummary::add_vif() pour
vérifier la multicolinéarité (cf. Chapitre 27).
library(gtsummary)
mod_quasi2 |>
add_global_p(keep = TRUE) |>
add_vif() |>
bold_labels()
533
Warning in printHypothesis(L, rhs, names(b)): one or more coefficients in the hypothesis includ
arithmetic operators in their names;
the printed representation of the hypothesis will be omitted
Warning in printHypothesis(L, rhs, names(b)): one or more coefficients in the hypothesis includ
arithmetic operators in their names;
the printed representation of the hypothesis will be omitted

Table 32.1: Facteurs associés à la pratique d’un sport (régres-

sion logistique pondérée)
95% p- Adjusted
Sexe 0,005 1,0 1,0
Femme — —
Homme 1,44 1,12 – 0,005
1,87
Groupe d’âges <0,001 2,1 1,1
18-24 ans — —
25-44 ans 0,85 0,48 – 0,6
1,51
45-64 ans 0,40 0,22 – 0,003
0,73
65 ans et plus 0,37 0,19 – 0,004
0,72
Niveau <0,001 2,2 1,1
d’études
Primaire — —
Secondaire 2,66 1,62 – <0,001
4,38
Technique / 3,09 1,90 – <0,001
Professionnel 5,00
Supérieur 6,54 3,99 – <0,001
10,7
534
95% p- Adjusted
Non documenté 10,3 4,60 – <0,001
23,0
Heures de 0,89 0,82 – 0,006 1,1 1,0
télévision / 0,97
jour
Pour un graphique des coefficients, nous pouvons utiliser

mod_quasi2 |>
Sexe Femme
Homme (p=0.005**)

25−44 ans (p=0.580)
45−64 ans (p=0.003**)
65 ans et plus (p=0.004**)

Heures de télévision / jour (p=0.006**)

0.3 1.0 3.0 10.0
OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 32.1: Facteurs associés à la pratique d’un sport (régres-

sion logistique pondérée)
32.5 Prédictions marginales
Pour visualiser les prédictions marginales moyennes

du modèle (cf. Section 24.3), nous pouvons utiliser
broom.helpers::plot_marginal_predictions().
535
mod_quasi2 |>
scale_y_continuous(
limits = c(0, .8),
)
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
25−44 ans
45−64 ans
65 ans et plus
Sexe Groupe d'âges
80% 80%
60% 60%
40% 40%
20% 20%
0% 0%
Primaire
Secondaire
Supérieur
Non documenté 0.0 2.5 5.0 7.5 10.0 12.5
Figure 32.2: Prédictions marginales moyennes du modèle pon-

déré
536
partie V
Manipulation avancée
537
33 Fusion de tables
Il est fréquent d’avoir à gérer des données réparties dans plu-

sieurs tables de données, notamment lorsque l’on a une enquêtes
réalisée à différents niveaux (par exemple, un questionnaire mé-
nage et un questionnaire individu) ou des données longitudi-
nales.
On peut distinguer deux types d’actions :
• l’ajout de variables (jointure entre tables)

• l’ajout d’observations (concaténation de tables)
33.1 Jointures avec dplyr
Le jeu de données {nycflights13} est un exemple de données

réparties en plusieurs tables. Ici on en a trois : les informations
sur les vols, celles sur les aéroports et celles sur les compagnies
aériennes sont dans trois tables distinctes.
{dplyr} propose différentes fonctions permettant de travailler
avec des données structurées de cette manière.
library(tidyverse)
data(flights)
data(airports)
data(airlines)
33.1.1 Clés implicites
Lorsque les données sont réparties dans plusieurs tables diffé-

rentes, il est essentiel de repérer les identifiants permettant de
naviguer d’une table à l’autre. Dans notre exemple, on peut voir
538
que la table flights contient le code de la compagnie aérienne
du vol dans la variable carrier :
flights |> labelled::look_for()

1 year — int 0
2 month — int 0
3 day — int 0
4 dep_time — int 8255
5 sched_dep_time — int 0
6 dep_delay — dbl 8255
7 arr_time — int 8713
8 sched_arr_time — int 0
9 arr_delay — dbl 9430
10 carrier — chr 0
11 flight — int 0
12 tailnum — chr 2512
13 origin — chr 0
14 dest — chr 0
15 air_time — dbl 9430
16 distance — dbl 0
17 hour — dbl 0
18 minute — dbl 0
19 time_hour — dttm 0
Et que par ailleurs la table airlines contient une information

supplémentaire relative à ces compagnies, à savoir le nom com-
plet.
airlines |> labelled::look_for()

1 carrier — chr 0
2 name — chr 0
Il est donc naturel de vouloir associer les deux, en l’occurrence

pour ajouter les noms complets des compagnies à la table
flights. Dans ce cas on va faire une jointure : les lignes d’une
539
table seront associées à une autre en se basant non pas sur leur
position, mais sur les valeurs d’une ou plusieurs colonnes. Ces
colonnes sont appelées des clés.
Pour faire une jointure de ce type, on va utiliser la fonction
dplyr::left_join() :
fusion <- flights |> left_join(airlines)
Joining with `by = join_by(carrier)`
Pour faciliter la lecture, on va afficher seulement certaines co-

lonnes du résultat et les premières lignes de la table :
fusion |>
select(month, day, carrier, name) |>
head(10)
# A tibble: 10 x 4
month day carrier name
<int> <int> <chr> <chr>
1 1 1 UA United Air Lines Inc.
3 1 1 AA American Airlines Inc.
4 1 1 B6 JetBlue Airways
5 1 1 DL Delta Air Lines Inc.
8 1 1 EV ExpressJet Airlines Inc.
10 1 1 AA American Airlines Inc.
On voit que la table obtenue est bien la fusion des deux tables
d’origine selon les valeurs des deux colonnes clés carrier. On est
parti de la table flights, et pour chaque ligne on a ajouté les
colonnes de airlines pour lesquelles la valeur de carrier est la
même. On a donc bien une nouvelle colonne name dans notre
table résultat, avec le nom complet de la compagnie aérienne.
540
Ĺ Note
Nous sommes ici dans le cas le plus simple concernant

les clés de jointure : les deux clés sont uniques et portent
le même nom dans les deux tables. Par défaut, si on ne
lui spécifie pas explicitement les clés, {dplyr} fusionne
en utilisant l’ensemble des colonnes communes aux deux
tables. On peut d’ailleurs voir dans cet exemple qu’un
message a été affiché précisant que la jointure s’est faite
sur la variable carrier.
33.1.2 Clés explicites
La table airports, elle, contient des informations supplémen-

taires sur les aéroports : nom complet, altitude, position géogra-
phique, etc. Chaque aéroport est identifié par un code contenu
dans la colonne faa.
Si on regarde la table flights, on voit que le code
d’identification des aéroports apparaît à deux endroits
différents : pour l’aéroport de départ dans la colonne origin,
et pour celui d’arrivée dans la colonne dest. On a donc deux
clés de jointures possibles, et qui portent un nom différent de
la clé de airports.
On va commencer par fusionner les données concernant
l’aéroport de départ. Pour simplifier l’affichage des résultats,
on va se contenter d’un sous-ensemble des deux tables :
flights_ex <- flights |> select(month, day, origin, dest)

airports_ex <- airports |> select(faa, alt, name)
Si on se contente d’un dplyr::left_join() comme à l’étape

précédente, on obtient un message d’erreur car aucune colonne
commune ne peut être identifiée comme clé de jointure :
flights_ex |> left_join(airports_ex)
Error in `left_join()`:
! `by` must be supplied when `x` and `y` have no common variables.
541
i Use `cross_join()` to perform a cross-join.
On doit donc spécifier explicitement les clés avec l’argument by

de dplyr::left_join(). Ici la clé est nommée origin dans la
première table, et faa dans la seconde. La syntaxe est donc la
suivante :
flights_ex |>
left_join(airports_ex, by = c("origin" = "faa")) |>
head(10)
# A tibble: 10 x 6
month day origin dest alt name
<int> <int> <chr> <chr> <dbl> <chr>
1 1 1 EWR IAH 18 Newark Liberty Intl
2 1 1 LGA IAH 22 La Guardia
3 1 1 JFK MIA 13 John F Kennedy Intl
4 1 1 JFK BQN 13 John F Kennedy Intl
5 1 1 LGA ATL 22 La Guardia
6 1 1 EWR ORD 18 Newark Liberty Intl
7 1 1 EWR FLL 18 Newark Liberty Intl
8 1 1 LGA IAD 22 La Guardia
9 1 1 JFK MCO 13 John F Kennedy Intl
10 1 1 LGA ORD 22 La Guardia
On constate que les deux nouvelles colonnes name et alt

contiennent bien les données correspondant à l’aéroport de
départ.
On va stocker le résultat de cette jointure dans flights_ex :
flights_ex <- flights_ex |>

left_join(airports_ex, by = c("origin" = "faa"))
Supposons qu’on souhaite maintenant fusionner à nouveau les

informations de la table airports, mais cette fois pour les aé-
roports d’arrivée de notre nouvelle table flights_ex. Les deux
clés sont donc désormais dest dans la première table, et faa
dans la deuxième. La syntaxe est donc la suivante :
542
flights_ex |>
left_join(airports_ex, by=c("dest" = "faa")) |>
head(10)
# A tibble: 10 x 8
month day origin dest alt.x name.x alt.y name.y
<int> <int> <chr> <chr> <dbl> <chr> <dbl> <chr>
1 1 1 EWR IAH 18 Newark Liberty Intl 97 George Bush Interco~
2 1 1 LGA IAH 22 La Guardia 97 George Bush Interco~
3 1 1 JFK MIA 13 John F Kennedy Intl 8 Miami Intl
4 1 1 JFK BQN 13 John F Kennedy Intl NA <NA>
5 1 1 LGA ATL 22 La Guardia 1026 Hartsfield Jackson ~
6 1 1 EWR ORD 18 Newark Liberty Intl 668 Chicago Ohare Intl
7 1 1 EWR FLL 18 Newark Liberty Intl 9 Fort Lauderdale Hol~
8 1 1 LGA IAD 22 La Guardia 313 Washington Dulles I~
9 1 1 JFK MCO 13 John F Kennedy Intl 96 Orlando Intl
10 1 1 LGA ORD 22 La Guardia 668 Chicago Ohare Intl
Cela fonctionne, les informations de l’aéroport d’arrivée ont

bien été ajoutées, mais on constate que les colonnes ont été
renommées. En effet, ici les deux tables fusionnées contenaient
toutes les deux des colonnes name et alt. Comme on ne peut
pas avoir deux colonnes avec le même nom dans un tableau,
{dplyr} a renommé les colonnes de la première table en name.x
et alt.x, et celles de la deuxième en name.y et alt.y.
C’est pratique, mais pas forcément très parlant. On pourrait
renommer manuellement les colonnes pour avoir des intitulés
plus explicites avec dplyr::rename(), mais on peut aussi uti-
liser l’argument suffix de dplyr::left_join(), qui permet
d’indiquer les suffixes à ajouter aux colonnes. Ainsi, on peut
faire :
flights_ex |>
left_join(
airports_ex,
by = c("dest" = "faa"),
suffix = c("_depart", "_arrivee")
) |>
head(10)
543
# A tibble: 10 x 8
month day origin dest alt_depart name_depart alt_arrivee name_arrivee
<int> <int> <chr> <chr> <dbl> <chr> <dbl> <chr>
1 1 1 EWR IAH 18 Newark Liberty ~ 97 George Bush~
2 1 1 LGA IAH 22 La Guardia 97 George Bush~
3 1 1 JFK MIA 13 John F Kennedy ~ 8 Miami Intl
4 1 1 JFK BQN 13 John F Kennedy ~ NA <NA>
5 1 1 LGA ATL 22 La Guardia 1026 Hartsfield ~
6 1 1 EWR ORD 18 Newark Liberty ~ 668 Chicago Oha~
7 1 1 EWR FLL 18 Newark Liberty ~ 9 Fort Lauder~
8 1 1 LGA IAD 22 La Guardia 313 Washington ~
9 1 1 JFK MCO 13 John F Kennedy ~ 96 Orlando Intl
10 1 1 LGA ORD 22 La Guardia 668 Chicago Oha~
On obtient ainsi directement des noms de colonnes nettement

plus clairs.
33.1.3 Types de jointures
Jusqu’à présent nous avons utilisé la fonction dplyr::left_join(),

mais il existe plusieurs types de jointures.
Partons de deux tables d’exemple, personnes et voitures :
personnes <- tibble(

nom = c("Sylvie", "Sylvie", "Monique", "Gunter", "Rayan", "Rayan"),
voiture = c("Twingo", "Ferrari", "Scenic", "Lada", "Twingo", "Clio")
)
personnes
# A tibble: 6 x 2
nom voiture
<chr> <chr>
1 Sylvie Twingo
2 Sylvie Ferrari
3 Monique Scenic
4 Gunter Lada
5 Rayan Twingo
6 Rayan Clio
544
voitures <- tibble(
voiture = c("Twingo", "Ferrari", "Clio", "Lada", "208"),
vitesse = c("140", "280", "160", "85", "160")
)
voitures
# A tibble: 5 x 2
voiture vitesse
<chr> <chr>
1 Twingo 140
2 Ferrari 280
3 Clio 160
4 Lada 85
5 208 160
33.1.3.1 left_join()
Si on fait un dplyr::left_join() de voitures sur

personnes :
personnes |> left_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 6 x 3
nom voiture vitesse
<chr> <chr> <chr>
1 Sylvie Twingo 140
2 Sylvie Ferrari 280
3 Monique Scenic <NA>
4 Gunter Lada 85
5 Rayan Twingo 140
6 Rayan Clio 160
On voit que chaque ligne de personnes est bien présente, et

qu’on lui a ajouté une ligne de voitures correspondante si elle
existe. Dans le cas du Scenic, il n’y a avait pas de ligne dans
voitures, donc vitesse a été peuplée avec la valeur manquante
NA. Dans le cas de la 208, présente dans voitures mais pas
dans personnes, la ligne n’apparaît pas.
545
La clé de fusion étant unique dans la table de droite, le nombre
de lignes de la table de gauche est donc bien préservée.
personnes |> nrow()
[1] 6
personnes |> left_join(voitures, by = "voiture") |> nrow()
[1] 6
Si on fait un dplyr::left_join() cette fois de personnes sur

voitures, c’est l’inverse :
voitures |> left_join(personnes, by = "voiture")
# A tibble: 6 x 3
voiture vitesse nom
<chr> <chr> <chr>
1 Twingo 140 Sylvie
2 Twingo 140 Rayan
3 Ferrari 280 Sylvie
4 Clio 160 Rayan
5 Lada 85 Gunter
6 208 160 <NA>
La ligne 208 est bien là avec la variable nom remplie avec une
valeur manquante NA. Par contre Monique est absente.
ĺ Important
On remarquera que la ligne Twingo, présente deux fois

dans personnes, a été dupliquée pour être associée aux
deux lignes de données de Sylvie et Rayan. Autrement
dit, si la clé de fusion n’est pas unique dans la table de
droite, certaines de lignes de la table de gauche seront
dupliquées.
546
En résumé, quand on fait un left_join(x, y),
toutes les lignes de x sont présentes, et dupliquées
si nécessaire quand elles apparaissent plusieurs fois
dans y. Les lignes de y non présentes dans x dis-
paraissent. Les lignes de x non présentes dans y se
voient attribuer des valeurs manquantes NA pour
les nouvelles colonnes.
Intuitivement, on pourrait considérer que left_join(x, y) si-

gnifie ramener l’information de la table y sur la table x.
En général, dplyr::left_join() sera le type de jointures le
plus fréquemment utilisé.
33.1.3.2 right_join()
La jointure dplyr::right_join() est l’exacte symétrique de

dplyr::left_join(), c’est-à dire que x |> right_join(y)
est équivalent54 à y |> left_join(x) : 54
À l’exception de l’ordre des va-
riables dans le tableau final.
personnes |> right_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 6 x 3
nom voiture vitesse
<chr> <chr> <chr>
1 Sylvie Twingo 140
3 Gunter Lada 85
4 Rayan Twingo 140
5 Rayan Clio 160
6 <NA> 208 160
voitures |> left_join(personnes, by = "voiture")
# A tibble: 6 x 3
voiture vitesse nom
<chr> <chr> <chr>
1 Twingo 140 Sylvie
547
2 Twingo 140 Rayan
3 Ferrari 280 Sylvie
4 Clio 160 Rayan
5 Lada 85 Gunter
6 208 160 <NA>
33.1.3.3 inner_join()
Dans le cas de dplyr::inner_join(), seules les lignes pré-

sentes à la fois dans x et y sont présentes (et si nécessaire
dupliquées) dans la table résultat :
personnes |> inner_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 5 x 3
nom voiture vitesse
<chr> <chr> <chr>
1 Sylvie Twingo 140
3 Gunter Lada 85
4 Rayan Twingo 140
5 Rayan Clio 160
Ici la ligne 208 est absente, ainsi que la ligne Monique, qui dans
le cas d’un dplyr::left_join() avait été conservée et s’était
vue attribuer NA à vitesse.
33.1.3.4 full_join()
Dans le cas de dplyr::full_join(), toutes les lignes de x et

toutes les lignes de y sont conservées (avec des NA ajoutés si
nécessaire) même si elles sont absentes de l’autre table :
personnes |> full_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 7 x 3
nom voiture vitesse
548
<chr> <chr> <chr>
1 Sylvie Twingo 140
4 Gunter Lada 85
5 Rayan Twingo 140
6 Rayan Clio 160
7 <NA> 208 160
33.1.3.5 semi_join() et anti_join()
dplyr::semi_join() et dplyr::anti_join() sont des join-

tures filtrantes, c’est-à-dire qu’elles sélectionnent les lignes de x
sans ajouter les colonnes de y.
Ainsi, dplyr::semi_join() ne conservera que les lignes de x
pour lesquelles une ligne de y existe également, et supprimera
les autres. Dans notre exemple, la ligne Monique est donc sup-
primée :
personnes |> semi_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 5 x 2
nom voiture
<chr> <chr>
1 Sylvie Twingo
2 Sylvie Ferrari
3 Gunter Lada
4 Rayan Twingo
5 Rayan Clio
Un dplyr::anti_join() fait l’inverse, il ne conserve que les

lignes de x absentes de y. Dans notre exemple, on ne garde
donc que la ligne Monique :
personnes |> anti_join(voitures, by = "voiture")
# A tibble: 1 x 2
nom voiture
549
<chr> <chr>
1 Monique Scenic
33.2 Jointures avec merge()
La fonction merge() est la fonction de R base pour fusionner

des tables entre elles.
Par défaut, elle réalise un inner join, c’est-à-dire qu’elle ne
garde que les observations dont la clé est retrouvée dans les
deux tableaux fusionnés
merge(personnes, voitures, by = "voiture")
voiture nom vitesse

1 Clio Rayan 160
2 Ferrari Sylvie 280
3 Lada Gunter 85
4 Twingo Sylvie 140
5 Twingo Rayan 140
Les paramètres all.x et all.y permettent de réaliser

fusions à gauche, à droite ou complète. L’équivalent de
dplyr::left_join() sera obtenu avec all.x = TRUE, celui
de dplyr::right_join() avec all.y = TRUE et celui de
dplyr::full_join() avec all.x = TRUE, all.y = TRUE.
merge(personnes, voitures, by = "voiture", all.x = TRUE)
voiture nom vitesse

1 Clio Rayan 160
2 Ferrari Sylvie 280
3 Lada Gunter 85
4 Scenic Monique <NA>
5 Twingo Sylvie 140
6 Twingo Rayan 140
550
personnes |> left_join(voitures)
Joining with `by = join_by(voiture)`
# A tibble: 6 x 3
nom voiture vitesse
<chr> <chr> <chr>
1 Sylvie Twingo 140
4 Gunter Lada 85
5 Rayan Twingo 140
6 Rayan Clio 160
33.3 Ajouter des observations avec

bind_rows()
La fonction base::rbind(), fournie nativement avec R pour

ajouter des observations à un tableau, doit être évitée car elle
générera des résultats non pertinents si les tableaux que l’on
concatènent n’ont pas exactement les mêmes colonnes dans le
même ordre.
La fonction dplyr::bind_rows() de {dplyr} permet
d’ajouter des lignes à une table à partir d’une ou plusieurs
autres tables.
L’exemple suivant (certes très artificiel) montre l’utilisation de
dplyr::bind_rows(). On commence par créer trois tableaux
t1, t2 et t3 :
t1 <- airports |>

select(faa, name, lat, lon) |>
slice(1:2)
t1
# A tibble: 2 x 4
faa name lat lon
551
<chr> <chr> <dbl> <dbl>
1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6
2 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7
t2 <- airports |>

select(name, faa, lon, lat) |>
slice(5:6)
t2
# A tibble: 2 x 4
name faa lon lat
1 Jekyll Island Airport 09J -81.4 31.1
2 Elizabethton Municipal Airport 0A9 -82.2 36.4
t3 <- airports |>

select(faa, name) |>
slice(100:101)
t3
# A tibble: 2 x 2
faa name
<chr> <chr>
1 ADW Andrews Afb
2 AET Allakaket Airport
On concatène ensuite les trois tables avec dplyr::bind_rows() :
bind_rows(t1, t2, t3)
# A tibble: 6 x 4
faa name lat lon
1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6
2 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7
3 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4
552
4 0A9 Elizabethton Municipal Airport 36.4 -82.2
5 ADW Andrews Afb NA NA
6 AET Allakaket Airport NA NA
On remarquera que si des colonnes sont manquantes pour cer-

taines tables, comme les colonnes lat et lon de t3, des valeurs
manquantes NA sont automatiquement insérées.
De plus, peu importe l’ordre des variables entre les différentes
tables, dplyr::bind_rows() les ré-associera en considérant
que deux colonnes ayant le même nom dans deux tableaux
correspondent à la même variable.
Il peut être utile, quand on concatène des lignes, de garder
une trace du tableau d’origine de chacune des lignes dans
le tableau final. C’est possible grâce à l’argument .id de
dplyr::bind_rows(). On passe à cet argument le nom d’une
colonne qui contiendra l’indicateur d’origine des lignes :
bind_rows(t1, t2, t3, .id = "source")
# A tibble: 6 x 5
source faa name lat lon
1 1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6
2 1 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7
3 2 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4
4 2 0A9 Elizabethton Municipal Airport 36.4 -82.2
5 3 ADW Andrews Afb NA NA
6 3 AET Allakaket Airport NA NA
Par défaut la colonne .id ne contient qu’un nombre, différent

pour chaque tableau. On peut lui spécifier des valeurs plus ex-
plicites en “nommant” les tables dans dplyr::bind_rows() de
la manière suivante :
bind_rows(table1 = t1, table2 = t2, table3 = t3, .id = "source")
# A tibble: 6 x 5
source faa name lat lon
553
1 table1 04G Lansdowne Airport 41.1 -80.6
2 table1 06A Moton Field Municipal Airport 32.5 -85.7
3 table2 09J Jekyll Island Airport 31.1 -81.4
4 table2 0A9 Elizabethton Municipal Airport 36.4 -82.2
5 table3 ADW Andrews Afb NA NA
6 table3 AET Allakaket Airport NA NA
Une alternative à dplyr::bind_rows() est la fonction

plyr::rbind.fill() de l’extension {plyr} qui fonctionne de
manière similaire.
554
34 Dates avec lubridate
Dans cette section, nous aborderons la gestion des dates des

heures dans R. Si ce type de données peut paraître simple à
première vue, la situation se complique dès lors que l’on sou-
haite effectuer des calculs entre dates. En effet, le nombre de
jours varie d’un mois à un autre, voir d’une année à l’autre si
l’on tient compte des années bissextiles. Quand on manipule
des heures, il faut aussi pouvoir prendre en compte les diffé-
rents fuseaux horaires ainsi que les changements liés à l’heure
d’été.
Heureusement, le package {lubridate} permet de résoudre la
plupart des problèmes posés par la manipulation de date. Il
est chargé par défaut avec la commande library(tidyverse).
Nous allons également charger en mémoire le package
{nycflights13} qui nous fournira les données utilisées dans
nos exemples.
library(tidyverse)
34.1 Création de dates / de dates-heures
Il existe trois types de variables pour représenter des dates et

des heures :
• une date, de la classe Date et représentée dans un tibble

avec <date>
• une heure, de la classe hms et représentée dans un tibble
avec <time>
• une date-heure, de la classe POSIXct et représentée dans
un tibble avec <dttm>
555
Les classes Date et POSIXct sont gérées nativement par R
tandis que la classe hms est fournies par le package homonyme
{hms}. Cette dernière classe est d’un usage plus spécifique.
Dans cette section, nous allons nous concentrer sur les dates
et les dates-heures.
Il est toujours préférable d’utiliser la classe la plus simple. Si
vous gérez uniquement des dates, privilégiez la classe Date. La
classe POSIXct, plus complexe, permet d’ajouter une heure as-
sociée à un fuseau horaire.
Pour obtenir la date ou la date-heure courante, vous pouvez
appeler today() ou now() :
today()
[1] "2023-11-06"
now()
[1] "2023-11-06 08:57:00 CET"
34.1.1 lors de l’import d’un fichier CSV
Si le fichier CSV contient des dates ou des dates-heures au

format ISO8601, readr::read_csv() saura les reconnaître au-
tomatiquement :
csv <- "

date,datetime
2022-01-02,2022-01-02 05:12
"
read_csv(csv)
# A tibble: 1 x 2
date datetime
<date> <dttm>
1 2022-01-02 2022-01-02 05:12:00
556
Ď Astuce
Le format ISO8601 est un standard international pour

l’écriture de dates1 sous la forme AAAA-MM-JJ afin d’éviter
la confusion entre les habitudes de différents pays, par
exemple JJ/MM/AAAA en France ou MM/JJ/AA dans les pays
anglo-saxons.
Pour les autres formats, non standards, il sera nécessaire

d’utiliser col_types avec col_date() pour spécifier comme
lire et interpréter les chaînes de caractères. {readr} comprend
la spécification POSIX qui permet de décrire une format de
date55 . Il s’agit de codes commençant par le symbole % et 55
La spécification complète est
indiquant un composant d’une date. Par exemple, %Y-%m-%d décrite dans l’aide de la fonction
strptime().
correspond au format ISO8601, par exemple 2023-10-03 pour
le 3 octobre 2023. Le tableau Table 34.1 liste les principales
options.
Table 34.1: Les formats de dates compris par readr
Type Code Signification Exemple

Année %Y année sur 4 chiffres 2021
%y année sur 2 chiffres 21
Mois %m numéro du mois 2
%b nom abrégé Feb
%B nom complet February
Jour %d jour sur 2 chiffres 02
%e jour sur 1 ou 2 chiffres 2
Heure %H heure sur 24 heures 13
%I heure sur 12 heures 1
%p AM ou PM pm
Minute %M minutes 35
Seconde %S secondes 45
%OS secondes avec une 45.35
composante décimale
Fuseau %Z nom du fuseau America/Chicago
horaire
1
https://xkcd.com/1179/
557
Type Code Signification Exemple
%z décalage du fuseau par +0800
rapport au temps universel
UTC
Autre %. sauter un caractère (autre :
qu’un chiffre)
%* sauter un nombre
quelconque de caractères
(autres qu’un chiffre)
Et voici un exemple de code induisant une lecture différente

d’une date ambiguë.
csv <- "

date
01/02/15
"
read_csv(csv, col_types = cols(date = col_date("%m/%d/%y")))
# A tibble: 1 x 1
date
<date>
1 2015-01-02
read_csv(csv, col_types = cols(date = col_date("%d/%m/%y")))
# A tibble: 1 x 1
date
<date>
1 2015-02-01
read_csv(csv, col_types = cols(date = col_date("%y/%m/%d")))
# A tibble: 1 x 1
date
558
<date>
1 2001-02-15
Quel que soit le format original, les dates importées seront tou-
jours affichées par R au format ISO.
Ď Astuce
Si vous utilisez %b ou %B, il est essentiel de spé-

cifier la langue utilisée avec le paramètre local de
col_date(). Pour voir l’ensemble des langues couvertes,
vous pouvez appelez readr::date_names_langs() et
pour voir les chaînes de langues correspondantes
readr::date_names_lang(). Si vos données n’utilise pas
des noms standards, vous pouvez créer votre propre jeu
de correspondance avec readr::date_names().
date_names_langs()
[1] "af" "agq" "ak" "am" "ar" "as" "asa" "az" "bas" "be" "bem" "bez"
[13] "bg" "bm" "bn" "bo" "br" "brx" "bs" "ca" "cgg" "chr" "cs" "cy"
[25] "da" "dav" "de" "dje" "dsb" "dua" "dyo" "dz" "ebu" "ee" "el" "en"
[37] "eo" "es" "et" "eu" "ewo" "fa" "ff" "fi" "fil" "fo" "fr" "fur"
[49] "fy" "ga" "gd" "gl" "gsw" "gu" "guz" "gv" "ha" "haw" "he" "hi"
[61] "hr" "hsb" "hu" "hy" "id" "ig" "ii" "is" "it" "ja" "jgo" "jmc"
[73] "ka" "kab" "kam" "kde" "kea" "khq" "ki" "kk" "kkj" "kl" "kln" "km"
[85] "kn" "ko" "kok" "ks" "ksb" "ksf" "ksh" "kw" "ky" "lag" "lb" "lg"
[97] "lkt" "ln" "lo" "lt" "lu" "luo" "luy" "lv" "mas" "mer" "mfe" "mg"
[109] "mgh" "mgo" "mk" "ml" "mn" "mr" "ms" "mt" "mua" "my" "naq" "nb"
[121] "nd" "ne" "nl" "nmg" "nn" "nnh" "nus" "nyn" "om" "or" "os" "pa"
[133] "pl" "ps" "pt" "qu" "rm" "rn" "ro" "rof" "ru" "rw" "rwk" "sah"
[145] "saq" "sbp" "se" "seh" "ses" "sg" "shi" "si" "sk" "sl" "smn" "sn"
[157] "so" "sq" "sr" "sv" "sw" "ta" "te" "teo" "th" "ti" "to" "tr"
[169] "twq" "tzm" "ug" "uk" "ur" "uz" "vai" "vi" "vun" "wae" "xog" "yav"
[181] "yi" "yo" "zgh" "zh" "zu"
date_names_lang("fr")
<date_names>
Days: dimanche (dim.), lundi (lun.), mardi (mar.), mercredi (mer.), jeudi
559
(jeu.), vendredi (ven.), samedi (sam.)
Months: janvier (janv.), février (févr.), mars (mars), avril (avr.), mai (mai),
juin (juin), juillet (juil.), août (août), septembre (sept.),
octobre (oct.), novembre (nov.), décembre (déc.)
AM/PM: AM/PM
date_names_lang("en")
<date_names>
Days: Sunday (Sun), Monday (Mon), Tuesday (Tue), Wednesday (Wed), Thursday
(Thu), Friday (Fri), Saturday (Sat)
Months: January (Jan), February (Feb), March (Mar), April (Apr), May (May),
June (Jun), July (Jul), August (Aug), September (Sep), October
(Oct), November (Nov), December (Dec)
AM/PM: AM/PM
csv <- "date

3 de febrero de 2001"
read_csv(
csv,
col_types = cols(date = col_date("%d de %B de %Y")),
locale = locale("es")
)
# A tibble: 1 x 1
date
<date>
1 2001-02-03
34.1.2 à partir d’une chaîne de caractères
Le langage de spécification de la date et du temps est puis-

sant, mais il nécessite une analyse minutieuse du format de la
date. Une autre approche consiste à utiliser les fonctions de
{lubridate} qui tentent de déterminer automatiquement le
format une fois que vous avez spécifié l’ordre des composants.
Pour les utiliser, identifiez l’ordre dans lequel l’année, le mois
560
et le jour apparaissent dans vos dates, puis placez “y”, “m” et
“d” dans le même ordre. Cela vous donne le nom de la fonction
{lubridate} qui analysera votre date. Par exemple :
ymd("2017-01-31")
[1] "2017-01-31"
mdy("January 31st, 2017")
[1] "2017-01-31"
dmy("31-Jan-2017")
[1] "2017-01-31"
ymd() et ses sœurs créent des dates. Pour des dates-heures,

ajoutez un tiret bas et les lettres “h”, “m” et/ou “s” :
ymd_hms("2017-01-31 20:11:59")
[1] "2017-01-31 20:11:59 UTC"
mdy_hm("01/31/2017 08:01")
[1] "2017-01-31 08:01:00 UTC"
34.1.3 à partir des composants
Parfois, les différentes composantes d’une date (jour, mois,

année…) sont stockées dans des colonnes séparées. C’est le
cas par exemple dans la table flights issue du package
{nycflights13}.
561
flights |>
select(year, month, day, hour, minute) |>
head()
# A tibble: 6 x 5
year month day hour minute
<int> <int> <int> <dbl> <dbl>
1 2013 1 1 5 15
2 2013 1 1 5 29
3 2013 1 1 5 40
4 2013 1 1 5 45
5 2013 1 1 6 0
6 2013 1 1 5 58
Pour créer une date ou une date-heure à partir de colonnes sépa-

rées, il suffit d’utiliser lubridate::make_date() pour les dates
et lubridate::make_datetime() pour les dates-heures :
flights |>
select(year, month, day, hour, minute) |>
mutate(
departure = make_datetime(year, month, day, hour, minute),
departure_date = make_date(year, month, day)
) |>
head()
# A tibble: 6 x 7
year month day hour minute departure departure_date
<int> <int> <int> <dbl> <dbl> <dttm> <date>
1 2013 1 1 5 15 2013-01-01 05:15:00 2013-01-01
2 2013 1 1 5 29 2013-01-01 05:29:00 2013-01-01
3 2013 1 1 5 40 2013-01-01 05:40:00 2013-01-01
4 2013 1 1 5 45 2013-01-01 05:45:00 2013-01-01
5 2013 1 1 6 0 2013-01-01 06:00:00 2013-01-01
6 2013 1 1 5 58 2013-01-01 05:58:00 2013-01-01
562
34.1.4 conversion
Pour convertir une date en date-heure, ou l’inverse, utilisez

lubridate::as_datetime() ou lubridate::as_date() :
as_datetime(today())
[1] "2023-11-06 UTC"
as_date(now())
[1] "2023-11-06"
34.2 Manipuler les composants d’une

date/date-heure
34.2.1 Extraire un composant
Pour extraire un composant d’une date ou d’une date-heure,

il suffit d’utiliser l’une des fonctions suivantes : year()
(année), month() (mois), mday() (jour du mois), yday() (jours
de l’année), wday() (jour de la semaine), hour() (heure),
minute() (minute), ou second() (seconde).
datetime <- ymd_hms("2026-07-08 12:34:56")
year(datetime)
[1] 2026
month(datetime)
[1] 7
563
mday(datetime)
[1] 8
yday(datetime)
[1] 189
wday(datetime)
[1] 4
Pour month() et wday(), vous pouvez indiquer label = TRUE

pour récupérer le nom abrégé du mois ou du jours de la semaine.
Ajoutez abbr = FALSE pour le nom complet.
month(datetime, label = TRUE)
[1] juil
12 Levels: janv < févr < mars < avr < mai < juin < juil < août < ... < déc
wday(datetime, label = TRUE, abbr = FALSE)
[1] mercredi
7 Levels: dimanche < lundi < mardi < mercredi < jeudi < ... < samedi
Les noms sont affichés dans la langue de votre ordinateur. On

peut utiliser le paramètre locale pour changer la langue. At-
tention : le code peut varier selon votre système d’exploitation.
Vous pouvez essayer déjà de simplement indiquer le code à 2
lettres de la langue visée, par exemple "de" pour l’allemand.
Si cela ne fonctionne pas, essayez "de_DE" (allemand utilisé
en Allemagne), "de_DE.UTF-8" (format utilisé par MacOS
et plusieurs distributions Linux), la variante "de_DE.utf8"
(utilisée par certaines distributions Linux) ou bien encore
"German.UTF-8" (utilisé par Windows).
564
month(datetime, label = TRUE, abbr = FALSE, locale = "en")
[1] July
12 Levels: January < February < March < April < May < June < ... < December
month(datetime, label = TRUE, abbr = FALSE, locale = "es_ES.utf8")
[1] julio
12 Levels: enero < febrero < marzo < abril < mayo < junio < ... < diciembre
month(datetime, label = TRUE, abbr = FALSE, locale = "German.UTF-8")
[1] Juli
12 Levels: Januar < Februar < März < April < Mai < Juni < Juli < ... < Dezember
34.2.2 Arrondis
Les fonctions lubridate::round_date(), lubridate::floor_date()

et lubridate::ceiling_date() permettent d’arrondir une
date à l’unité la plus proche, inférieure ou supérieure. On
devra préciser avec unit l’unité utilisée pour arrondir. Les
valeurs acceptées sont "second", "minute", "hour", "day",
"week", "month", "bimonth" (bimestre, i.e. période de 2 mois),
"quarter" (trimestre), season (saison), halfyear (semestre)
et year, ou un multiple de ces valeurs.
d <- ymd("2022-05-14")
floor_date(d, unit = "week")
[1] "2022-05-08"
floor_date(d, unit = "month")
[1] "2022-05-01"
565
floor_date(d, unit = "3 months")
[1] "2022-04-01"
floor_date(d, unit = "year")
[1] "2022-01-01"
34.2.3 Modifier un composant
Les mêmes fonctions peuvent être utilisées pour modifier un

composant particulier d’une date-heure.
datetime <- ymd_hms("2026-07-08 12:34:56")
year(datetime) <- 2030

datetime
[1] "2030-07-08 12:34:56 UTC"
month(datetime) <- 01
datetime
[1] "2030-01-08 12:34:56 UTC"
hour(datetime) <- hour(datetime) + 1

datetime
[1] "2030-01-08 13:34:56 UTC"
Une alternative, plutôt que de modifier une date-heure, consiste

à créer une copie modifiée avec lubridate::update(). Cela
permet également de modifier plusieurs éléments à la fois :
566
update(datetime, year = 2030, month = 2, mday = 2, hour = 2)
[1] "2030-02-02 02:34:56 UTC"
Si les valeurs sont trop importantes (trop de jours par exemple),

la fonction ajoutera les unités en trop pour générer une date
valide :
update(ymd("2023-02-01"), mday = 30)
[1] "2023-03-02"
update(ymd("2023-02-01"), hour = 400)
[1] "2023-02-17 16:00:00 UTC"
34.3 Durées, périodes, intervalles &

Arithmétique
Il existe plusieurs manières de représenter les intervalles de

temps entre deux dates :
• les durées (Duration), qui représentent un nombre exact

de secondes ;
• les périodes (Periods), qui représentent une durée sous
la forme d’unités de temps telles que des semaines ou des
mois ;
• les intervalles (Intervals), qui sont définis par une date-
heure de début et une date-heure de fin.
34.3.1 Durées (Duration)
Avec R, lorsque l’on soustrait deux dates, on obtient un objet

de la classe difftime.
567
diff <- ymd("2021-06-30") - ymd("1979-10-14")
diff
Time difference of 15235 days
Un objet difftime enregistre une durée sous la forme d’un

nombre de secondes, de minutes, d’heures, de jours ou de se-
maines. Du fait de variations de l’unité d’un objet à l’autre,
ils ne sont pas toujours faciles à manipuler. Pour lever toute
ambiguïté, on préférera les objets de la classe Duration qui
stockent les durées sous la forme d’un nombre de secondes. La
conversion peut se faire avec lubridate::as.duration().
as.duration(diff)
[1] "1316304000s (~41.71 years)"
Il est possible de créer facilement des durées avec une série de

fonctions dédiées dont le nom commence par "d"
dseconds(15)
[1] "15s"
dminutes(10)
[1] "600s (~10 minutes)"
dhours(c(12, 24))
[1] "43200s (~12 hours)" "86400s (~1 days)"
ddays(0:5)
[1] "0s" "86400s (~1 days)" "172800s (~2 days)"

[4] "259200s (~3 days)" "345600s (~4 days)" "432000s (~5 days)"
568
dweeks(3)
[1] "1814400s (~3 weeks)"
dyears(1)
[1] "31557600s (~1 years)"
Les durées sont toujours exprimées en secondes. Des unités plus

grandes sont créées en convertissant les minutes, les heures, les
jours, les semaines et les années en secondes : 60 secondes dans
une minute, 60 minutes dans une heure, 24 heures dans un
jour et 7 jours dans une semaine. Les unités de temps plus
grandes posent davantage de problèmes. Une année utilise le
nombre « moyen » de jours dans une année, c’est-à-dire 365,25.
Il n’existe aucun moyen de convertir un mois en durée, car les
variations sont trop importantes.
Il est possible d’additionner et de multiplier les durées :
2 * dyears(1)
[1] "63115200s (~2 years)"
dyears(1) + dweeks(12) + dhours(15)
[1] "38869200s (~1.23 years)"
On peut ajouter ou soustraire des durées à une date.
demain <- today() + ddays(1)

il_y_a_un_an <- today() - dyears(1)
Cependant, comme les durées représentent un nombre exact de

secondes, vous pouvez parfois obtenir un résultat inattendu :
569
one_am <- ymd_hms("2026-03-08 01:00:00", tz = "America/New_York")
one_am
[1] "2026-03-08 01:00:00 EST"
one_am + ddays(1)
[1] "2026-03-09 02:00:00 EDT"
Pourquoi lorsqu’on ajoute un jour, on passe de 1 heure du matin

à 2 heures du matin ? Si vous regardez attentivement la date,
vous remarquerez que le fuseau a changé. Le 8 mars 2026 n’aura
que 23 heures aux États-Unis en raison du passage à l’heure
d’été. En ajoutant une durée de 1 jour, nous avons ajouté exac-
tement 24 heures. Le même type de phénomène peut s’observer
en ajoutant une durée d’une année, car on considère que cela
représente en moyenne 365.25 jours.
34.3.2 Périodes (Period)
Pour résoudre ce problème, {lubridate} a introduit les pé-

riodes (de classe Period) qui représentent une durée en nombre
de secondes, minutes, heures, jours, mois et années, sans préci-
ser la durée exacte de chaque mois ou année. Cela permet de
faire des calculs plus intuitifs :
one_am
[1] "2026-03-08 01:00:00 EST"
one_am + days(1)
[1] "2026-03-09 01:00:00 EDT"
570
Comme pour les durées, on peut créer facilement des périodes
avec des fonctions dédiées (notez ici le pluriel des noms de fonc-
tion, alors que celles permettant d’extraire un composant d’une
date étaient au singulier) :
hours(c(12, 24))
[1] "12H 0M 0S" "24H 0M 0S"
days(7)
[1] "7d 0H 0M 0S"
months(1:6)
[1] "1m 0d 0H 0M 0S" "2m 0d 0H 0M 0S" "3m 0d 0H 0M 0S" "4m 0d 0H 0M 0S"

[5] "5m 0d 0H 0M 0S" "6m 0d 0H 0M 0S"
On peut ajouter, soustraire et multiplier les périodes entre

elles.
10 * (months(6) + days(1))
[1] "60m 10d 0H 0M 0S"
days(50) + hours(25) + minutes(2)
[1] "50d 25H 2M 0S"
Bien sûr, on peut ajouter ou soustraire une période à une

date :
# Exemple avec une année bissextile

ymd("2024-01-01") + dyears(1)
[1] "2024-12-31 06:00:00 UTC"
571
ymd("2024-01-01") + years(1)
[1] "2025-01-01"
# Exemple avec un passage à l'heure d'été

one_am + ddays(1)
[1] "2026-03-09 02:00:00 EDT"
one_am + days(1)
[1] "2026-03-09 01:00:00 EDT"
Restent malgré tout quelques cas problématiques. Essayons

d’ajouter 1 mois à la date du 31 janvier 2021.
ymd("2021-01-31") + months(1)
[1] NA
Ce calcul a jouté 1 au mois, sans toucher à l’année ni au jour,

produisant la date du 31 février 2021 qui n’existe pas, produi-
sant ainsi NA. Pour du calcul impliquant des dates et des pé-
riodes, il est préférable d’utiliser les opérateurs dédiés %m+%
pour l’addition et %m-% pour la soustraction.
ymd("2021-01-31") %m+% months(1)
[1] "2021-02-28"
Lorsque le résultat produit une date inexistante, cela renvoie la

dernière date correcte, ici le 28 février 2021, ce qui correspond
bien à la fin du mois considéré.
572
34.3.3 Intervalles (Interval)
Quelle est la durée réelle d’une année ? En 2015, il s’agissait

de 365 jours alors qu’en 2016 on en comptait 366. Quand on
s’intéresse aux mois, la situation est encore plus compliquée
car il y a une grande variation du nombre de jours d’un mois à
l’autre.
Pour des calculs précis entre deux dates, les durées et les inter-
valles sont souvent insuffisants. On pourra alors avoir recours
aux intervalles (de la classe Interval) qui sont définis avec une
date de début et une date de fin.
On peut créer un intervalle avec la fonction lubridate::interval() :
interval(ymd("2022-05-13"), ymd("2022-08-15"))
[1] 2022-05-13 UTC--2022-08-15 UTC
On peut également utiliser l’opérateur %--% :
y2023 <- ymd("2023-01-01") %--% ymd("2024-01-01")

y2024 <- ymd("2024-01-01") %--% ymd("2025-01-01")
y2023
[1] 2023-01-01 UTC--2024-01-01 UTC
y2024
[1] 2024-01-01 UTC--2025-01-01 UTC
On peut tester si une date est située dans un intervalle donné

avec l’opérateur %within%.
int <- interval(ymd("2001-01-01"), ymd("2002-01-01"))

ymd("2001-05-03") %within% int
573
[1] TRUE
On peut même tester si un intervalle est situé à l’intérieur d’un

intervalle :
int2 <- interval(ymd("2001-06-01"), ymd("2001-11-11"))

int2 %within% int
[1] TRUE
Cela n’est valable que si l’ensemble du premier intervalle est

situé à l’intérieur du second intervalle.
int3 <- interval(ymd("2001-06-01"), ymd("2002-06-01"))

int3 %within% int
[1] FALSE
Pour tester si deux intervalles ont une partie en commun,

on pourra utiliser lubridate::int_overlaps(). La fonc-
tion intersect() renvoie la partie partagée par les deux
intervalles.
int_overlaps(int3, int)
[1] TRUE
intersect(int3, int)
[1] 2001-06-01 UTC--2002-01-01 UTC
{lubridate} fournie plusieurs fonctions, de la forme int_*(),

pour manipuler les intervalles.
int
[1] 2001-01-01 UTC--2002-01-01 UTC
574
int_start(int)
[1] "2001-01-01 UTC"
int_end(int)
[1] "2002-01-01 UTC"
int_flip(int)
[1] 2002-01-01 UTC--2001-01-01 UTC
On peut calculer facilement la durée d’un intervalle avec la

fonction lubridate::time_length() :
time_length(int) # en seconde par défaut
[1] 31536000
time_length(int, unit = "weeks")
[1] 52.14286
time_length(int, unit = "days")
[1] 365
La fonction time_length() permet notamment de calculer cor-

rectement un âge.
575
34.4 Calcul d’un âge
En tant que démographe, je suis toujours attentif au calcul des

âges. Les démographes distinguent l’âge exact, exprimé en an-
nées avec une partie décimale, et qui correspond à la durée
entre la date considérée et la date de naissance ; l’âge ré-
volu, qui correspond à l’âge au dernier anniversaire et exprimé
avec un nombre entier d’années (c’est l’âge que nous utilisons
dans notre vie quotidienne)·; et l’âge atteint ou âge par dif-
férence de millésimes, qui correspond à la différence entre
l’année en cours et l’année de naissance (c’est l’âge que l’on
aura cette année le jour de son anniversaire).
Pour calculer un âge exact en années, nous ne pouvons pendre
la durée en jours entre les deux dates et diviser par 365 puisqu’il
y a des années bissextiles. Une approche correcte est déjà de
considérer l’âge au dernière anniversaire pour la partie entière,
puis de calculer la partie décimale comme étant le ratio entre
la durée depuis le dernière anniversaire et la durée entre le
dernier et le prochain anniversaire. C’est exactement ce que
fait lubridate::time_length().
naiss <- ymd("1979-11-28")

evt <- ymd("2022-07-14")
age_exact <- time_length(naiss %--% evt, unit = "years")
age_exact
[1] 42.62466
Pour un âge révolu, il suffit de ne garder que la partie entière

de l’âge exact avec trunc().
age_revolu <- trunc(age_exact)

age_revolu
[1] 42
Enfin, pour un âge atteint ou un âge par différence de millé-

simes, nous extrairons les deux années avant d’en faire la sous-
traction.
576
age_atteint <- year(evt) - year(naiss)
age_atteint
[1] 43
Ď Astuce
Le calcul d’un âge moyen s’effectue normalement à partir

d’âges exacts. Il arrive fréquemment que l’on ne dispose
dans les données d’enquêtes que de l’âge révolu. Auquel
cas, il faut bien penser à rajouter 0,5 au résultat obtenu.
En effet, un âge révolu peut être vu comme une classe
d’âges exacts : les individus ayant 20 ans révolus ont entre
20 et 21 ans exacts, soit en moyenne 20,5 ans !
34.5 Fuseaux horaires
Les fuseaux horaires sont un sujet extrêmement complexe en

raison de leur interaction avec les entités géopolitiques. Heureu-
sement, nous n’avons pas besoin d’entrer dans tous les détails,
car ils ne sont pas tous importants pour l’analyse des données,
mais il y a quelques défis que nous devrons relever.
Le premier défi est que les noms courants des fuseaux ho-
raires ont tendance à être ambigus. Par exemple, si vous
êtes américain, vous connaissez probablement l’EST (Eas-
tern Standard Time). Cependant, l’Australie et le Canada
ont également une heure normale de l’Est ! Pour éviter
toute confusion, R utilise les fuseaux horaires standard
internationaux de l’IANA. Ceux-ci utilisent un schéma de
dénomination cohérent {zone}/{lieu}, généralement sous la
forme {continent}/{ville} ou {océan}/{ville}. Parmi les
exemples, citons "America/New_York", “Europe/Paris” et
“Pacific/Auckland”.
On peut se demander pourquoi le fuseau horaire utilise une ville,
alors que l’on pense généralement que les fuseaux horaires sont
associés à un pays ou à une région à l’intérieur d’un pays. La
577
raison en est que la base de données de l’IANA doit enregistrer
des dizaines d’années de règles relatives aux fuseaux horaires.
Au fil des décennies, les pays changent de nom (ou se séparent)
assez fréquemment, mais les noms de villes ont tendance à res-
ter inchangés. Un autre problème réside dans le fait que le nom
doit refléter non seulement le comportement actuel, mais aussi
l’ensemble de l’histoire. Par exemple, il existe des fuseaux ho-
raires pour "America/New_York" et "America/Detroit". Cela
vaut la peine de lire la base de données brute des fuseaux ho-
raires (disponible à l’adresse https://www.iana.org/time-zones)
rien que pour lire certaines de ces histoires !
Vous pouvez découvrir ce que R pense être votre fuseau horaire
actuel avec Sys.timezone() :
Sys.timezone()
[1] "Europe/Paris"
La liste complète des fuseaux horaires est disponible avec

OlsonNames():
length(OlsonNames())
[1] 596
head(OlsonNames())
[1] "Africa/Abidjan" "Africa/Accra" "Africa/Addis_Ababa"

[4] "Africa/Algiers" "Africa/Asmara" "Africa/Asmera"
Dans R, le fuseau horaire est un attribut de la date-heure qui

ne contrôle que l’affichage. Par exemple, ces trois objets repré-
sentent le même instant dans le temps :
x1 <- ymd_hms("2024-06-01 12:00:00", tz = "America/New_York")

x1
[1] "2024-06-01 12:00:00 EDT"
578
x2 <- ymd_hms("2024-06-01 18:00:00", tz = "Europe/Copenhagen")
x2
[1] "2024-06-01 18:00:00 CEST"
x3 <- ymd_hms("2024-06-02 04:00:00", tz = "Pacific/Auckland")

x3
[1] "2024-06-02 04:00:00 NZST"
Sauf indication contraire, {lubridate} utilise toujours l’heure

UTC. UTC (Temps universel coordonné, compromis entre
l’anglais CUT Coordinated universal time et le français
TUC Temps universel coordonné) est le fuseau horaire stan-
dard utilisé par la communauté scientifique et est à peu près
équivalent à GMT (Greenwich Mean Time). Il n’y a pas
d’heure d’été, ce qui en fait une représentation pratique pour
les calculs. Les opérations qui combinent des dates-heure,
comme c(), ne tiennent souvent pas compte du fuseau horaire.
Dans ce cas, les dates-heure s’afficheront dans le fuseau horaire
du premier élément :
x4 <- c(x1, x2, x3)

x4
[1] "2024-06-01 12:00:00 EDT" "2024-06-01 12:00:00 EDT"

[3] "2024-06-01 12:00:00 EDT"
Vous pouvez modifier le fuseau horaire de deux manières :
• Conserver le même instant dans le temps, mais modifier

la façon dont il est affiché. Utilisez cette option lorsque
l’instant est correct, mais que vous souhaitez un affichage
plus naturel.
x4a <- with_tz(x4, tzone = "Australia/Lord_Howe")

x4a
579
[1] "2024-06-02 02:30:00 +1030" "2024-06-02 02:30:00 +1030"
[3] "2024-06-02 02:30:00 +1030"
x4a - x4
Time differences in secs

[1] 0 0 0
• Modifier l’instant sous-jacent dans le temps. Utilisez cette

option lorsqu’un instant a été étiqueté avec un fuseau
horaire incorrect et que vous devez le corriger.
x4b <- force_tz(x4, tzone = "Australia/Lord_Howe")

x4b
[1] "2024-06-01 12:00:00 +1030" "2024-06-01 12:00:00 +1030"

[3] "2024-06-01 12:00:00 +1030"
x4b - x4
Time differences in hours

[1] -14.5 -14.5 -14.5
34.6 Pour aller plus loin
• le chapitre Dates and times de l’ouvrage R for Data

Science (2e édition)
• la documentation du package {lubridate} : https://lu
bridate.tidyverse.org/
580
35 Chaînes de texte avec
stringr
Les fonctions de {forcats} vues précédemment permettent de

modifier des modalités d’une variables qualitative globalement.
Mais parfois on a besoin de manipuler le contenu même du
texte d’une variable de type chaîne de caractères : combiner,
rechercher, remplacer…
On va utiliser ici les fonctions de l’extension {stringr}. Celle-ci
fait partie du cœur du tidyverse, elle est donc automatique-
ment chargée avec :
library(tidyverse)
Ĺ Note
{stringr} est en fait une interface simplifiée aux fonc-

tions d’une autre extension, {stringi}. Si les fonctions
de {stringr} ne sont pas suffisantes ou si on manipule
beaucoup de chaînes de caractères, ne pas hésiter à se re-
porter à la documentation de {stringi}.
Dans ce qui suit on va utiliser le court tableau d’exemple d

suivant :
d <- tibble(
nom = c(
"Mr Félicien Machin", "Mme Raymonde Bidule",
"M. Martial Truc", "Mme Huguette Chose"
),
adresse = c(
"3 rue des Fleurs", "47 ave de la Libération",
"12 rue du 17 octobre 1961", "221 avenue de la Libération"
581
),
ville = c("Nouméa", "Marseille", "Vénissieux", "Marseille")
)
nom adresse ville

Mr Félicien Machin 3 rue des Fleurs Nouméa
Mme Raymonde Bidule 47 ave de la Libération Marseille
M. Martial Truc 12 rue du 17 octobre 1961 Vénissieux
Mme Huguette Chose 221 avenue de la Libération Marseille
35.1 Concaténer des chaînes
La première opération de base consiste à concaténer des

chaînes de caractères entre elles. On peut le faire avec la
fonction paste().
Par exemple, si on veut concaténer l’adresse et la ville :
paste(d$adresse, d$ville)
[1] "3 rue des Fleurs Nouméa"

[2] "47 ave de la Libération Marseille"
[3] "12 rue du 17 octobre 1961 Vénissieux"
[4] "221 avenue de la Libération Marseille"
Par défaut, paste() concatène en ajoutant un espace entre les

différentes chaînes. On peut spécifier un autre séparateur avec
son argument sep :
paste(d$adresse, d$ville, sep = " - ")
[1] "3 rue des Fleurs - Nouméa"

[2] "47 ave de la Libération - Marseille"
[3] "12 rue du 17 octobre 1961 - Vénissieux"
[4] "221 avenue de la Libération - Marseille"
582
Il existe une variante, paste0(), qui concatène sans mettre de
séparateur, et qui est légèrement plus rapide :
paste0(d$adresse, d$ville)
[1] "3 rue des FleursNouméa"

[2] "47 ave de la LibérationMarseille"
[3] "12 rue du 17 octobre 1961Vénissieux"
[4] "221 avenue de la LibérationMarseille"
Ĺ Note
À noter que paste() et paste0() sont des fonctions

R de base. L’équivalent pour {stringr} se nomme
stringr::str_c().
Parfois on cherche à concaténer les différents éléments d’un

vecteur non pas avec ceux d’un autre vecteur, comme on l’a
fait précédemment, mais entre eux. Dans ce cas paste() seule
ne fera rien :
paste(d$ville)
[1] "Nouméa" "Marseille" "Vénissieux" "Marseille"
Il faut lui ajouter un argument collapse, avec comme valeur

la chaîne à utiliser pour concaténer les éléments :
d$ville |> paste(collapse = ", ")
[1] "Nouméa, Marseille, Vénissieux, Marseille"
35.2 Convertir en majuscules / minuscules
Les fonctions stringr::str_to_lower(), stringr::str_to_upper()

et stringr::str_to_title() permettent respectivement de
583
mettre en minuscules, mettre en majuscules, ou de capitaliser
les éléments d’un vecteur de chaînes de caractères :
d$nom |> str_to_lower()
[1] "mr félicien machin" "mme raymonde bidule" "m. martial truc"
[4] "mme huguette chose"
d$nom |> str_to_upper()
[1] "MR FÉLICIEN MACHIN" "MME RAYMONDE BIDULE" "M. MARTIAL TRUC"
[4] "MME HUGUETTE CHOSE"
d$nom |> str_to_title()
[1] "Mr Félicien Machin" "Mme Raymonde Bidule" "M. Martial Truc"
[4] "Mme Huguette Chose"
35.3 Découper des chaînes
La fonction stringr::str_split() permet de “découper” une

chaîne de caractère en fonction d’un délimiteur. On passe la
chaîne en premier argument, et le délimiteur en second :
"un-deux-trois" |>
str_split("-")
[[1]]
[1] "un" "deux" "trois"
On peut appliquer la fonction à un vecteur, dans ce cas le ré-

sultat sera une liste :
str_split(d$nom, " ")
584
[[1]]
[1] "Mr" "Félicien" "Machin"
[[2]]
[1] "Mme" "Raymonde" "Bidule"
[[3]]
[1] "M." "Martial" "Truc"
[[4]]
[1] "Mme" "Huguette" "Chose"
Ou un tableau (plus précisément une matrice) si on ajoute

simplify = TRUE.
d$nom |>
str_split(" ", simplify = TRUE)
[,1] [,2] [,3]

[1,] "Mr" "Félicien" "Machin"
[2,] "Mme" "Raymonde" "Bidule"
[3,] "M." "Martial" "Truc"
[4,] "Mme" "Huguette" "Chose"
Si on souhaite créer de nouvelles colonnes dans un tableau de

données en découpant une colonne de type texte, on pourra
utiliser la fonction tidyr::separate() de l’extension {tidyr}
(cf. Section 36.5).
Voici juste un exemple de son utilisation :
d |>
tidyr::separate(
col = nom,
into = c("genre", "prenom", "nom")
)
Warning: Expected 3 pieces. Additional pieces discarded in 1 rows [1].
585
# A tibble: 4 x 5
genre prenom nom adresse ville
<chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
1 Mr F licien 3 rue des Fleurs Nouméa
2 Mme Raymonde Bidule 47 ave de la Libération Marseille
3 M Martial Truc 12 rue du 17 octobre 1961 Vénissieux
4 Mme Huguette Chose 221 avenue de la Libération Marseille
35.4 Extraire des sous-chaînes par position
La fonction stringr::str_sub() permet d’extraire des sous-

chaînes par position, en indiquant simplement les positions des
premier et dernier caractères :
d$ville |> str_sub(1, 3)
[1] "Nou" "Mar" "Vén" "Mar"
35.5 Détecter des motifs
stringr::str_detect() permet de détecter la présence d’un

motif parmi les éléments d’un vecteur. Par exemple, si on sou-
haite identifier toutes les adresses contenant Libération :
d$adresse |> str_detect("Libération")
[1] FALSE TRUE FALSE TRUE
stringr::str_detect() renvoi un vecteur de valeurs lo-

giques et peut donc être utilisée, par exemple, avec le verbe
dplyr::filter() pour extraire des sous-populations.
d |>
filter(adresse |> str_detect("Libération"))
586
# A tibble: 2 x 3
nom adresse ville
<chr> <chr> <chr>
1 Mme Raymonde Bidule 47 ave de la Libération Marseille
2 Mme Huguette Chose 221 avenue de la Libération Marseille
Une variante, stringr::str_count(), compte le nombre

d’occurrences d’une chaîne pour chaque élément d’un vec-
teur :
d$ville
[1] "Nouméa" "Marseille" "Vénissieux" "Marseille"
d$ville |> str_count("s")
[1] 0 1 2 1
ĺ Important
Attention, les fonctions de {stringr} étant prévues pour

fonctionner avec des expressions régulières, certains carac-
tères n’auront pas le sens habituel dans la chaîne indi-
quant le motif à rechercher. Par exemple, le . ne sera pas
un point mais le symbole représentant n’importe quel ca-
ractère.
La section sur les modificateurs de motifs explique com-
ment utiliser des chaîne classiques au lieu d’expressions
régulières.
On peut aussi utiliser stringr::str_subset() pour ne garder

d’un vecteur que les éléments correspondant au motif :
d$adresse |> str_subset("Libération")
[1] "47 ave de la Libération" "221 avenue de la Libération"
587
35.6 Expressions régulières
Les fonctions présentées ici sont pour la plupart prévues pour

fonctionner avec des expressions régulières. Celles-ci constituent
un mini-langage, qui peut paraître assez cryptique, mais qui
est très puissant pour spécifier des motifs de chaînes de carac-
tères.
Elles permettent par exemple de sélectionner le dernier mot
avant la fin d’une chaîne, l’ensemble des suites alphanumé-
riques commençant par une majuscule, des nombres de 3 ou
4 chiffres situés en début de chaîne, et beaucoup beaucoup
d’autres choses encore bien plus complexes.
Pour donner un exemple concret, l’expression régulière suivante
permet de détecter une adresse de courrier électronique56 : 56
Il s’agit en fait d’une version très
simplifiée, la véritable expression per-
[\w\d+.-_]+@[\w\d.-]+\.[a-zA-Z]{2,} mettant de tester si une adresse mail
est valide fait plus de 80 lignes…
Les exemples donnés dans ce chapitre ont utilisés autant que
possible de simples chaînes de texte, sans expression régulière.
Mais si vous pensez manipuler des données textuelles, il peut
être très utile de s’intéresser à cette syntaxe.
35.7 Extraire des motifs
stringr::str_extract() permet d’extraire les valeurs corres-

pondant à un motif. Si on lui passe comme motif une chaîne de
caractère, cela aura peu d’intérêt :
d$adresse |>
str_extract("Libération")
[1] NA "Libération" NA "Libération"
C’est tout de suite plus intéressant si on utilise des expressions

régulières. Par exemple la commande suivante permet d’isoler
les numéros de rue.
d$adresse |> str_extract("^\\d+")
588
[1] "3" "47" "12" "221"
stringr::str_extract() ne récupère que la première occur-

rence du motif. Si on veut toutes les extraire on peut utili-
ser stringr::str_extract_all(). Ainsi, si on veut extraire
l’ensemble des nombres présents dans les adresses :
d$adresse |> str_extract_all("\\d+")
[[1]]
[1] "3"
[[2]]
[1] "47"
[[3]]
[1] "12" "17" "1961"
[[4]]
[1] "221"
Si on veut faire de l’extraction de groupes dans des expressions

régulières (identifiés avec des parenthèses), on pourra utiliser
str_match.
À noter que si on souhaite extraire des valeurs d’une colonne
texte d’un tableau de données pour créer de nouvelles variables,
on pourra plutôt utiliser la fonction tidyr::extract() de
l’extension {tidyr} (cf. Section 36.8).
Par exemple :
d |>
tidyr::extract(
col = adresse,
into = "type_rue",
regex = "^\\d+ (.*?) ",
remove = FALSE
)
589
# A tibble: 4 x 4
nom adresse type_rue ville
1 Mr Félicien Machin 3 rue des Fleurs rue Nouméa
2 Mme Raymonde Bidule 47 ave de la Libération ave Marseille
3 M. Martial Truc 12 rue du 17 octobre 1961 rue Vénissieux
4 Mme Huguette Chose 221 avenue de la Libération avenue Marseille
35.8 Remplacer des motifs
La fonction stringr::str_replace() permet de remplacer

une chaîne ou un motif par une autre.
Par exemple, on peut remplace les occurrence de “Mr” par “M.”
dans les noms de notre tableau :
d$nom |>
str_replace("Mr", "M.")
[1] "M. Félicien Machin" "Mme Raymonde Bidule" "M. Martial Truc"
[4] "Mme Huguette Chose"
La variante stringr::str_replace_all() permet de spécifier

plusieurs remplacements d’un coup :
d$adresse |>
str_replace_all(
c(
"avenue"="Avenue",
"ave"="Avenue",
"rue"="Rue"
)
)
[1] "3 Rue des Fleurs" "47 Avenue de la Libération"

[3] "12 Rue du 17 octobre 1961" "221 Avenue de la Libération"
590
35.9 Modificateurs de motifs
Par défaut, les motifs passés aux fonctions comme stringr::str_detect(),

stringr::str_extract() ou stringr::str_replace() sont
des expressions régulières classiques.
On peut spécifier qu’un motif n’est pas une expression régu-
lière mais une chaîne de caractères normale en lui appliquant la
fonction stringr::fixed(). Par exemple, si on veut compter
le nombre de points dans les noms de notre tableau, le paramé-
trage par défaut ne fonctionnera pas car dans une expression
régulière le . est un symbole signifiant n’importe quel carac-
tère :
d$nom |> str_count(".")
[1] 18 19 15 18
Il faut donc spécifier que notre point est bien un point avec
stringr::fixed() :
d$nom |> str_count(fixed("."))
[1] 0 0 1 0
On peut aussi modifier le comportement des expressions régu-

lières à l’aide de la fonction stringr::regex(). On peut ainsi
rendre les motifs insensibles à la casse avec ignore_case :
d$nom |> str_detect("mme")
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE
d$nom |>
str_detect(regex("mme", ignore_case = TRUE))
591
On peut également permettre aux expressions régulières d’être
multilignes avec l’option multiline = TRUE, etc.
35.10 Insérer une variable dans une chaîne

de caractères
La fonction stringr::str_glue() repose sur l’extension

{glue}. Elle permet, à l’aide d’une syntaxe un peu spé-
cifique, de pouvoir insérer facilement les valeurs d’une ou
plusieurs variables dans une chaîne de caractères. Prenons un
exemple :
prenom <- "Fred"

age <- 28
anniversaire <- as.Date("1991-10-12")
str_glue(
"Je m'appelle {prenom}. ",
"L'année prochaine j'aurai {age + 1} ans, ",
"car je suis né le {format(anniversaire, '%A %d %B %Y')}."
)
Je m'appelle Fred. L'année prochaine j'aurai 29 ans, car je suis né le samedi 12 octobre 1991.
Sa variante stringr::str_glue_data() est adaptée lorsque

l’on travaille sur un tableau de données.
d |> str_glue_data("{nom} habite à {ville}.")
Mr Félicien Machin habite à Nouméa.

Mme Raymonde Bidule habite à Marseille.
M. Martial Truc habite à Vénissieux.
Mme Huguette Chose habite à Marseille.
592
35.11 Ressources
L’ouvrage R for Data Science, accessible en ligne, contient un

chapitre entier sur les chaînes de caractères et les expressions
régulières (en anglais).
Le site officiel de stringr contient une liste des fonctions et les
pages d’aide associées, ainsi qu’un article dédié aux expressions
régulières.
Pour des besoins plus pointus, on pourra aussi utiliser le pa-
ckage stringi sur lequel est basé {stringr}.
593
36 Réorganisation avec tidyr
36.1 Tidy data
Comme indiqué dans le chapitre sur les tibbles (cf. Chapitre 5),
les extensions du tidyverse comme {dplyr} ou {ggplot2}
partent du principe que les données sont “bien rangées” sous
forme de tidy data.
Prenons un exemple avec les données suivantes, qui indique la
population de trois pays pour quatre années différentes :
country 1992 1997 2002 2007

Belgium 10045622 10199787 10311970 10392226
France 57374179 58623428 59925035 61083916
Germany 80597764 82011073 82350671 82400996
Imaginons qu’on souhaite représenter avec {ggplot2}

l’évolution de la population pour chaque pays sous forme de
lignes : c’est impossible avec les données sous ce format. On a
besoin d’arranger le tableau de la manière suivante :
country year population

Belgium 1992 10045622
Belgium 1997 10199787
Belgium 2002 10311970
Belgium 2007 10392226
France 1992 57374179
France 1997 58623428
France 2002 59925035
France 2007 61083916
Germany 1992 80597764
Germany 1997 82011073
594
country year population
Germany 2002 82350671
Germany 2007 82400996
C’est seulement avec les données dans ce format qu’on peut

réaliser le graphique :
library(tidyverse)
ggplot(d) +
aes(x = year, y = population, color = country) +
geom_line() +
scale_x_continuous(breaks = unique(d$year)) +
scale_y_continuous(
labels = scales::label_number(
scale = 10^-6,
suffix = " millions"
)
)
80 millions
60 millions
country
population
Belgium
France
40 millions
Germany
20 millions
1992 1997 2002 2007

year
C’est la même chose pour {dplyr}, par exemple si on vou-

lait calculer la population minimale pour chaque pays avec
dplyr::summarise() :
595
d |>
group_by(country) |>
summarise(pop_min = min(population))
# A tibble: 3 x 2
country pop_min
<fct> <int>
1 Belgium 10045622
2 France 57374179
3 Germany 80597764
36.2 Trois règles pour des données bien

rangées
Le concept de tidy data repose sur trois règles interdépendantes.

Des données sont considérées comme tidy si :
1. chaque ligne correspond à une observation

2. chaque colonne correspond à une variable
3. chaque valeur est présente dans une unique case de
la table ou, de manière équivalente, si des unités
d’observations différentes sont présentes dans des tables
différentes
Ces règles ne sont pas forcément très intuitives. De plus, il y a

une infinité de manières pour un tableau de données de ne pas
être tidy.
Prenons par exemple les règles 1 et 2 et le tableau de notre
premier exemple :
country 1992 1997 2002 2007

Belgium 10045622 10199787 10311970 10392226
France 57374179 58623428 59925035 61083916
Germany 80597764 82011073 82350671 82400996
Pourquoi ce tableau n’est pas tidy ? Parce que si l’on essaie

d’identifier les variables mesurées dans le tableau, il y en a trois :
596
le pays, l’année et la population. Or elles ne correspondent pas
aux colonnes de la table. C’est le cas par contre pour la table
transformée :
country annee population

Belgium 1992 10045622
France 1992 57374179
Germany 1992 80597764
Belgium 1997 10199787
France 1997 58623428
Germany 1997 82011073
Belgium 2002 10311970
France 2002 59925035
Germany 2002 82350671
Belgium 2007 10392226
France 2007 61083916
Germany 2007 82400996
On peut remarquer qu’en modifiant notre table pour satisfaire

à la deuxième règle, on a aussi réglé la première : chaque
ligne correspond désormais à une observation, en l’occurrence
l’observation de trois pays à plusieurs moments dans le temps.
Dans notre table d’origine, chaque ligne comportait en réalité
quatre observations différentes.
Ce point permet d’illustrer le fait que les règles sont interdé-
pendantes.
Autre exemple, généré depuis le jeu de données {nycflights13},
permettant cette fois d’illustrer la troisième règle :
year monthday dep_time

carrier name flights_per_year
2013 1 1 517 UA United Air 58665
Lines Inc.
2013 1 1 533 UA United Air 58665
Lines Inc.
2013 1 1 542 AA American 32729
Airlines Inc.
2013 1 1 554 UA United Air 58665
Lines Inc.
597
year monthday dep_time
2013 1 1 558 AA American 32729
Airlines Inc.
2013 1 1 558 UA United Air 58665
Lines Inc.
2013 1 1 558 UA United Air 58665
Lines Inc.
2013 1 1 559 AA American 32729
Airlines Inc.
Dans ce tableau on a bien une observation par ligne (un vol),

et une variable par colonne. Mais on a une “infraction” à la
troisième règle, qui est que chaque valeur doit être présente
dans une unique case : si on regarde la colonne name, on a en
effet une duplication de l’information concernant le nom des
compagnies aériennes. Notre tableau mêle en fait deux types
d’observations différents : des observations sur les vols, et des
observations sur les compagnies aériennes.
Pour “arranger” ce tableau, il faut séparer les deux types
d’observations en deux tables différentes :
year month day dep_time carrier

2013 1 1 517 UA
2013 1 1 533 UA
2013 1 1 542 AA
2013 1 1 554 UA
2013 1 1 558 AA
2013 1 1 558 UA
2013 1 1 558 UA
2013 1 1 559 AA

UA United Air Lines Inc. 58665
AA American Airlines Inc. 32729
On a désormais deux tables distinctes, l’information n’est pas
598
dupliquée, et on peut facilement faire une jointure si on a besoin
de récupérer l’information d’une table dans une autre.
L’objectif de {tidyr} est de fournir des fonctions pour arran-
ger ses données et les convertir dans un format tidy. Ces fonc-
tions prennent la forme de verbes qui viennent compléter ceux
de {dplyr} et s’intègrent parfaitement dans les séries de pipes
(|>, cf. Chapitre 7), les pipelines, permettant d’enchaîner les
opérations.
36.3 pivot_longer() : rassembler des

colonnes
Prenons le tableau d suivant, qui liste la population de 4 pays

en 2002 et 2007 :
country 2002 2007

Belgium 10311970 10392226
France 59925035 61083916
Germany 82350671 82400996
Spain 40152517 40448191
Dans ce tableau, une même variable (la population) est répartie

sur plusieurs colonnes, chacune représentant une observation à
un moment différent. On souhaite que la variable ne représente
plus qu’une seule colonne, et que les observations soient répar-
ties sur plusieurs lignes.
Pour cela on va utiliser la fonction tidyr::pivot_longer() :
d |>
pivot_longer(
cols = c(`2002`,`2007`),
names_to = "annee",
values_to = "population"
)
599
# A tibble: 8 x 3
<fct> <chr> <int>
1 Belgium 2002 10311970
2 Belgium 2007 10392226
3 France 2002 59925035
4 France 2007 61083916
5 Germany 2002 82350671
6 Germany 2007 82400996
7 Spain 2002 40152517
8 Spain 2007 40448191
La fonction tidyr::pivot_longer() prend comme arguments

la liste des colonnes à rassembler (on peut également y utili-
ser les différentes fonctions de sélection de variables utilisables
avec dplyr::select()), ainsi que deux arguments names_to
et values_to :
• names_to est le nom de la colonne qui va contenir

les “noms” des colonnes originelles, c’est-à-dire les
identifiants des différentes observations
• values_to est le nom de la colonne qui va contenir la
valeur des observations
Parfois il est plus rapide d’indiquer à tidyr::pivot_longer()

les colonnes qu’on ne souhaite pas rassembler. On peut le faire
avec la syntaxe suivante :
d |>
pivot_longer(
-country,
names_to = "annee",
values_to = "population"
)
# A tibble: 8 x 3
<fct> <chr> <int>
1 Belgium 2002 10311970
2 Belgium 2007 10392226
600
3 France 2002 59925035
4 France 2007 61083916
5 Germany 2002 82350671
6 Germany 2007 82400996
7 Spain 2002 40152517
8 Spain 2007 40448191
36.4 pivot_wider() : disperser des lignes
La fonction tidyr::pivot_wider() est l’inverse de

tidyr::pivot_longer().
Soit le tableau d suivant :
country continent year variable value

Belgium Europe 2002 lifeExp 78.320
France Europe 2002 lifeExp 79.590
Germany Europe 2002 lifeExp 78.670
Belgium Europe 2002 pop 10311970.000
France Europe 2002 pop 59925035.000
Germany Europe 2002 pop 82350671.000
Ce tableau a le problème inverse du précédent : on a deux

variables, lifeExp et pop qui, plutôt que d’être réparties en
deux colonnes, sont réparties entre plusieurs lignes.
On va donc utiliser tidyr::pivot_wider() pour disperser ces
lignes dans deux colonnes différentes :
d |>
pivot_wider(
names_from = variable,
values_from = value
601
)
# A tibble: 6 x 5
country continent year lifeExp pop
<fct> <fct> <int> <dbl> <dbl>
1 Belgium Europe 2002 78.3 10311970
2 Belgium Europe 2007 79.4 10392226
3 France Europe 2002 79.6 59925035
4 France Europe 2007 80.7 61083916
5 Germany Europe 2002 78.7 82350671
6 Germany Europe 2007 79.4 82400996
tidyr::pivot_wider() prend deux arguments principaux :
• names_from indique la colonne contenant les noms des

nouvelles variables à créer
• values_from indique la colonne contenant les valeurs de
ces variables
Il peut arriver que certaines variables soient absentes pour cer-

taines observations. Dans ce cas l’argument values_fill per-
met de spécifier la valeur à utiliser pour ces données man-
quantes (par défaut, les valeurs manquantes sont indiquées avec
NA).
Exemple avec le tableau d suivant :

602
France Europe 2002 density 94.000
d |>
pivot_wider(
values_from = value
)
# A tibble: 6 x 6
country continent year lifeExp pop density
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Belgium Europe 2002 78.3 10311970 NA
2 Belgium Europe 2007 79.4 10392226 NA
3 France Europe 2002 79.6 59925035 94
4 France Europe 2007 80.7 61083916 NA
5 Germany Europe 2002 78.7 82350671 NA
6 Germany Europe 2007 79.4 82400996 NA
d |>
pivot_wider(
values_from = value,
values_fill = list(value = 0)
)
# A tibble: 6 x 6
country continent year lifeExp pop density
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Belgium Europe 2002 78.3 10311970 0
2 Belgium Europe 2007 79.4 10392226 0
3 France Europe 2002 79.6 59925035 94
4 France Europe 2007 80.7 61083916 0
5 Germany Europe 2002 78.7 82350671 0
6 Germany Europe 2007 79.4 82400996 0
603
36.5 separate() : séparer une colonne en
plusieurs colonnes
Parfois on a plusieurs informations réunies en une seule colonne

et on souhaite les séparer. Soit le tableau d’exemple caricatural
suivant, nommé df :
df <- tibble(
eleve = c("Alex Petit", "Bertrand Dupont", "Corinne Durand"),
note = c("5/20", "6/10", "87/100")
)
df
# A tibble: 3 x 2
eleve note
<chr> <chr>
1 Alex Petit 5/20
2 Bertrand Dupont 6/10
3 Corinne Durand 87/100
tidyr::separate() permet de séparer la colonne note en deux

nouvelles colonnes note et note_sur :
df |>
separate(note, c("note", "note_sur"))
# A tibble: 3 x 3
eleve note note_sur
<chr> <chr> <chr>
1 Alex Petit 5 20
2 Bertrand Dupont 6 10
3 Corinne Durand 87 100
tidyr::separate() prend deux arguments principaux, le nom

de la colonne à séparer et un vecteur indiquant les noms des nou-
velles variables à créer. Par défaut tidyr::separate() sépare
au niveau des caractères non-alphanumérique (espace, symbole,
etc.). On peut lui indiquer explicitement le caractère sur lequel
séparer avec l’argument sep :
604
df |>
tidyr::separate(
eleve,
c("prenom", "nom"),
sep = " "
)
# A tibble: 3 x 3
prenom nom note
<chr> <chr> <chr>
1 Alex Petit 5/20
36.6 separate_rows() : séparer une colonne

en plusieurs lignes
La fonction tidyr::separate_rows() est utile lorsque plu-

sieurs valeurs sont contenues dans la même variable. Mais, alors
que tidyr::separate() permet de répartir ces différentes
valeurs dans plusieurs colonnes, tidyr::separate_rows() va
créé une ligne pour chaque valeur. Prenons cet exemple trivial
où les différentes notes de chaque élève sont contenues dans la
colonne notes.
df <- tibble(
eleve = c("Alex Petit", "Bertrand Dupont", "Corinne Durand"),
notes = c("10,15,16", "18,12,14", "16,17")
)
df
# A tibble: 3 x 2
eleve notes
<chr> <chr>
1 Alex Petit 10,15,16
2 Bertrand Dupont 18,12,14
3 Corinne Durand 16,17
605
Appliquons tidyr::separate_rows().
df |>
separate_rows(notes) |>
rename(note = notes)
# A tibble: 8 x 2
eleve note
<chr> <chr>
1 Alex Petit 10
2 Alex Petit 15
3 Alex Petit 16
4 Bertrand Dupont 18
7 Corinne Durand 16
8 Corinne Durand 17
Par défaut tidyr::separate_rows() sépare les valeurs dès

qu’elle trouve un caractère qui ne soit ni un chiffre ni une lettre,
mais on peut spécifier le séparateur à l’aide de l’argument sep
(qui accepte une chaîne de caractère ou même une expression
régulière) :
df |>
separate_rows(notes, sep = ",") |>
rename(note = notes)
# A tibble: 8 x 2
eleve note
<chr> <chr>
1 Alex Petit 10
2 Alex Petit 15
3 Alex Petit 16
7 Corinne Durand 16
8 Corinne Durand 17
606
36.7 unite() : regrouper plusieurs colonnes
en une seule
tidyr::unite() est l’opération inverse de tidyr::separate().

Elle permet de regrouper plusieurs colonnes en une seule. Ima-
ginons qu’on obtient le tableau d suivant :
code_departement code_commune commune pop_tot

01 004 Ambérieu-en-Bugey 14233
01 007 Ambronay 2437
01 014 Arbent 3440
01 024 Attignat 3110
01 025 Bâgé-la-Ville 3130
01 027 Balan 2785
On souhaite reconstruire une colonne code_insee qui indique le

code INSEE de la commune, et qui s’obtient en concaténant le
code du département et celui de la commune. On peut utiliser
tidyr::unite() pour cela on indique d’abord le nom de la
nouvelle variable puis la liste des variables à concaténer :
d |>
unite(code_insee, code_departement, code_commune)
# A tibble: 6 x 3
code_insee commune pop_tot
<chr> <chr> <int>
1 01_004 Ambérieu-en-Bugey 14233
2 01_007 Ambronay 2437
3 01_014 Arbent 3440
4 01_024 Attignat 3110
5 01_025 Bâgé-la-Ville 3130
6 01_027 Balan 2785
Le résultat n’est pas idéal : par défaut tidyr::unite() ajoute

un caractère _ entre les deux valeurs concaténées, alors qu’on
ne veut aucun séparateur. De plus, on souhaite conserver nos
deux colonnes d’origine, qui peuvent nous être utiles. On peut
607
résoudre ces deux problèmes à l’aide des arguments sep et
remove :
d |>
unite(
code_insee,
code_departement,
code_commune,
sep = "",
remove = FALSE
)
# A tibble: 6 x 5
code_insee code_departement code_commune commune pop_tot
<chr> <chr> <chr> <chr> <int>
1 01004 01 004 Ambérieu-en-Bugey 14233
2 01007 01 007 Ambronay 2437
3 01014 01 014 Arbent 3440
4 01024 01 024 Attignat 3110
5 01025 01 025 Bâgé-la-Ville 3130
6 01027 01 027 Balan 2785
36.8 extract() : créer de nouvelles colonnes

à partir d’une colonne de texte
tidyr::extract() permet de créer de nouvelles colonnes à par-

tir de sous-chaînes d’une colonne de texte existante, identifiées
par des groupes dans une expression régulière.
Par exemple, à partir du tableau suivant :
eleve note
Alex Petit 5/20
Bertrand Dupont 6/10
Corinne Durand 87/100
On peut extraire les noms et prénoms dans deux nouvelles co-

lonnes avec :
608
df |>
extract(
eleve,
c("prenom", "nom"),
"^(.*) (.*)$"
)
# A tibble: 3 x 3
prenom nom note
<chr> <chr> <chr>
1 Alex Petit 5/20
On passe donc à tidyr::extract() trois arguments :
• la colonne d’où on doit extraire les valeurs,

• un vecteur avec les noms des nouvelles colonnes à créer,
• et une expression régulière comportant autant de groupes
(identifiés par des parenthèses) que de nouvelles colonnes.
Par défaut la colonne d’origine n’est pas conservée dans la table

résultat. On peut modifier ce comportement avec l’argument
remove = FALSE. Ainsi, le code suivant extrait les initiales du
prénom et du nom mais conserve la colonne d’origine :
df |>
tidyr::extract(
eleve,
c("initiale_prenom", "initiale_nom"),
"^(.).* (.).*$",
remove = FALSE
)
# A tibble: 3 x 4
eleve initiale_prenom initiale_nom note
1 Alex Petit A P 5/20
2 Bertrand Dupont B D 6/10
3 Corinne Durand C D 87/100
609
36.9 complete() : compléter des
combinaisons de variables manquantes
Imaginons qu’on ait le tableau de résultats suivants :
eleve matiere note

Alain Maths 16
Alain Français 9
Barnabé Maths 17
Chantal Français 11
Les élèves Barnabé et Chantal n’ont pas de notes dans toutes

les matières. Supposons que c’est parce qu’ils étaient absents et
que leur note est en fait un 0. Si on veut calculer les moyennes
des élèves, on doit compléter ces notes manquantes.
La fonction tidyr::complete() est prévue pour ce cas de fi-
gure : elle permet de compléter des combinaisons manquantes
de valeurs de plusieurs colonnes.
On peut l’utiliser de cette manière :
df |>
complete(eleve, matiere)
# A tibble: 6 x 3
eleve matiere note
<chr> <chr> <dbl>
1 Alain Français 9
2 Alain Maths 16
3 Barnabé Français NA
4 Barnabé Maths 17
5 Chantal Français 11
6 Chantal Maths NA
On voit que les combinaisons manquante “Barnabé - Fran-

çais” et “Chantal - Maths” ont bien été ajoutées par
tidyr::complete().
610
Par défaut les lignes insérées récupèrent des valeurs manquantes
NA pour les colonnes restantes. On peut néanmoins choisir une
autre valeur avec l’argument fill, qui prend la forme d’une
liste nommée :
df |>
complete(
eleve,
matiere,
fill = list(note = 0)
)
# A tibble: 6 x 3
eleve matiere note
<chr> <chr> <dbl>
1 Alain Français 9
2 Alain Maths 16
3 Barnabé Français 0
4 Barnabé Maths 17
6 Chantal Maths 0
Parfois on ne souhaite pas inclure toutes les colonnes dans le cal-

cul des combinaisons de valeurs. Par exemple, supposons qu’on
rajoute dans notre tableau une colonne avec les identifiants de
chaque élève :
id eleve matiere note

1001001 Alain Maths 16
1001001 Alain Français 9
1001002 Barnabé Maths 17
Si on applique tidyr::complete() comme précédemment, le

résultat n’est pas bon car il génère des valeurs manquantes pour
id.
611
df |>
complete(eleve, matiere)
# A tibble: 6 x 4
eleve matiere id note
1 Alain Français 1001001 9
2 Alain Maths 1001001 16
3 Barnabé Français NA NA
4 Barnabé Maths 1001002 17
5 Chantal Français 1001003 11
6 Chantal Maths NA NA
Et si nous ajoutons id dans l’appel de la fonction, nous obte-

nons toutes les combinaisons de id, eleve et matiere.
df |>
complete(id, eleve, matiere)
# A tibble: 18 x 4
<dbl> <chr> <chr> <dbl>
1 1001001 Alain Français 9
2 1001001 Alain Maths 16
3 1001001 Barnabé Français NA
4 1001001 Barnabé Maths NA
5 1001001 Chantal Français NA
6 1001001 Chantal Maths NA
7 1001002 Alain Français NA
8 1001002 Alain Maths NA
10 1001002 Barnabé Maths 17
11 1001002 Chantal Français NA
13 1001003 Alain Français NA
14 1001003 Alain Maths NA
16 1001003 Barnabé Maths NA
17 1001003 Chantal Français 11
612
Dans ce cas, pour signifier à tidyr::complete() que id et

eleve sont deux attributs d’un même individu et ne doivent pas
être combinés entre eux, on doit les placer dans une fonction
tidyr::nesting() :
df |>
complete(
nesting(id, eleve),
matiere
)
# A tibble: 6 x 4
<dbl> <chr> <chr> <dbl>
1 1001001 Alain Français 9
2 1001001 Alain Maths 16
4 1001002 Barnabé Maths 17
5 1001003 Chantal Français 11
36.10 Ressources
Chaque jeu de données est différent, et le travail de remise en

forme est souvent long et plus ou moins compliqué. On n’a
donné ici que les exemples les plus simples, et c’est souvent
en combinant différentes opérations qu’on finit par obtenir le
résultat souhaité.
Le livre R for data science, librement accessible en ligne,
contient un chapitre complet sur la remise en forme des
données.
L’article Tidy data, publié en 2014 dans le Journal of Statis-
tical Software (doi: 10.18637/jss.v059.i10), présente de manière
détaillée le concept éponyme (mais il utilise des extensions dé-
sormais obsolètes qui ont depuis été remplacées par {dplyr}
et{tidyr}).
613
Le site de l’extension est accessible à l’adresse : http://tidyr.
tidyverse.org/ et contient une liste des fonctions et les pages
d’aide associées.
En particulier, on pourra se référer à la vignette dédiée à
tidyr::pivot_wider() et tidyr::pivot_longer() pour des
exemples avancés de réorganisation des données.
Pour des usages avancés, il est possible avec {tidyr} de gérer
des données nichées (nested data), c’est-à-dire des tableaux de
données dans des tableaux de données. Ces fonctionnalités, ré-
servées aux utilisateurs avancés, sont décrites dans une vignette
spécifique.
36.11 Fichiers volumineux
Si l’on a des tableaux de données particulièrement volumineux

(plusieurs Go), les fonctions de {tidyr} ne sont pas les plus
performantes.
On aura alors intérêt à regarder du côté des fonctions
data.table::melt() et data.table::dcast() de l’extension
{data.table} développées pour optimiser la performance sur
les grands tableaux de données.
Pour plus de détails, voir la vignette dédiée : https://rdatatab
le.gitlab.io/data.table/articles/datatable-reshape.html
36.12 webin-R
Le package {tidyr} est évoqué sur YouTube dans le webin-

R #13 (exemples de graphiques avancés) et le le webin-R #17
(trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales).
https://youtu.be/5sD4Z8bTlMM
https://youtu.be/JV1Srrg09oI
614
37 Conditions logiques
Dans ce chapitre, nous allons aborder les conditions et vecteurs

logiques qui sont composés de trois valeurs possibles : TRUE
(vrai), FALSE (faux) et NA (manquant). Les vecteurs logiques
sont notamment utiliser pour sélectionner des observations, par
exemple avec dplyr::filter().
Nous avons également déjà aborder les conditions pour combi-
ner ensemble plusieurs variables (cf. Chapitre 10), notamment
avec dplyr::if_else() ou dplyr::case_when().
37.1 Opérateurs de comparaison
Une manière commune de créer un vecteur logique consiste à

utiliser l’un des opérateurs de comparaison suivants : < (stricte-
ment inférieur), <= (inférieur ou égal), > (strictement supérieur),
>= (supérieur ou égal), == (est égal à), != (est différent de).
On peut comparer un vecteur de plusieurs valeurs avec une
valeur unique.
x <- c(1, 5, 2, 8)
x < 3
[1] TRUE FALSE TRUE FALSE
Si l’on prend deux vecteurs de même longueur, la comparaison

se fera ligne à ligne.
y <- c(3, 5, 1, 7)
y >= x
615
[1] TRUE TRUE FALSE FALSE
y == x
[1] FALSE TRUE FALSE FALSE
y != x
[1] TRUE FALSE TRUE TRUE
On peut ainsi facilement sélectionner des lignes d’un tableau

de données à partir d’une condition sur certaines variables.
library(tidyverse)

v purrr 1.0.2

hdv2003 |> nrow()
[1] 2000
hdv2003 |>
filter(sexe == "Femme") |>
nrow()
[1] 1101
616
hdv2003 |>
filter(age < 25) |>
nrow()
[1] 169
Ď Tester l’égalité d’une valeur décimale
Lorsque l’on effectue un test d’égalité avec des valeurs

décimales, le test échouera si les deux valeurs ne sont pas
parfaitement identique.
Prenons un exemple :
x <- 1 / 49 * 49
x
[1] 1
x == 1
[1] FALSE
Pourquoi ce test échoue-t-il ? Le nombre de décimales sto-

ckées par l’ordinateur est limité et, de ce fait, il peut y
avoir quelques écarts d’arrondis. Ainsi, x n’est pas tout à
fait égal à 1, ce qui devient visible si on l’affiche avec un
nombre élevé de décimales.
print(x, digits = 16)
[1] 0.9999999999999999
Dans ce cas là, on pourra avoir recours à dplyr::near()

qui prendra en compte la précision de l’ordinateur dans la
comparaison.
near(x, 1)
[1] TRUE
617
On peut aussi utiliser cette fonction en personnalisant le
niveau de tolérance pour la comparaison.
near(c(2.1, 3.4), 2, tol = 1)
[1] TRUE FALSE
37.2 Comparaison et valeurs manquantes
Les valeurs manquantes (NA) peuvent être parfois probléma-

tiques lors d’une comparaison car elles renvoient systématique
une valeur manquante.
2 < NA
[1] NA
NA == 6
[1] NA
Lorsque l’on sélectionne des observations avec la syntaxe des

crochets ([], voir Chapitre 4), cela va générer des lignes vides
/ manquantes.
d <- tibble(
a = c(1, NA, 3, 4),
b = c("x", "y", "x", "y")
)
d[d$a > 2, ]
# A tibble: 3 x 2
a b
<dbl> <chr>
1 NA <NA>
2 3 x
3 4 y
618
Le recours à dplyr::filter() est plus sûr car les lignes pour
lesquelles la condition renvoie NA ne sont pas sélectionnées.
d |> filter(a > 2)
# A tibble: 2 x 2
a b
<dbl> <chr>
1 3 x
2 4 y
L’opérateur == ne peut pas être utilisé pour tester si une valeur

est manquante. On utilisera à la place la fonction is.na().
d$a == NA
[1] NA NA NA NA
is.na(d$a)
[1] FALSE TRUE FALSE FALSE
Ď Astuce
Voici deux petites fonctions permettant de tester si deux

valeurs sont identiques ou différentes, en tenant compte
des NA comme l’un des valeurs possibles (deux NA seront
alors considérés comme égaux).
619
is_different <- function(x, y) {
(x != y & !is.na(x) & !is.na(y)) | xor(is.na(x), is.na(y))
}
is_equal <- function(x, y) {

(x == y & !is.na(x) & !is.na(y)) | (is.na(x) & is.na(y))
}
v <- c(1, NA, NA, 2)

w <- c(1, 2, NA, 3)
v == w
[1] TRUE NA NA FALSE
is_equal(v, w)
[1] TRUE FALSE TRUE FALSE
v != w
[1] FALSE NA NA TRUE
is_different(v, w)
37.3 Opérateurs logiques (algèbre

booléenne)
Les opérateurs logiques permettent de combiner ensemble plu-

sieurs vecteurs logiques :
• & : opérateur et (x & y est vrai si à la fois x et y sont

vrais) ;
620
• | : opérateur ou (x | y est vrai si x ou y ou les deux sont
vrais) ;
• xor() : opérateur ou exclusif (xor(x, y) est vrai si seule-
ment x ou seulement y est vrai, mais pas les deux) ;
• ! : opérateur non (!x est vrai si x est faux).
Figure 37.1: Représentation graphique de l’ensemble des opéra-

tions logiques. Le cercle de gauche représente x et
celui de droite y. La région colorée représente le
résultat de l’opération.
Ils permettent de combiner plusieurs conditions entre elles.
hdv2003 |>
filter(sexe == "Femme" & age < 25) |>
nrow()
[1] 93
hdv2003 |>
filter(sexe == "Femme" | age < 25) |>
nrow()
[1] 1177
Pour des conditions complexes, on utilisera des parenthèses

pour indiquer dans quel ordre effectuer les opérations.
621
# sélectionne les jeunes femmes et les hommes âgés
hdv2003 |>
filter(
(sexe == "Femme" & age < 25) |
(sexe == "Homme" & age > 60)) |>
nrow()
[1] 315
37.3.1 Opérations logiques et Valeurs manquantes
On sera vigilant·e avec les valeurs manquantes. Cela peut pa-

raître un peu obscur au premier abord, mais est en fait parfai-
tement logique.
df <- tibble(x = c(TRUE, FALSE, NA))
df |>
mutate(
et_na = x & NA,
ou_na = x | NA
)
# A tibble: 3 x 3
x et_na ou_na
<lgl> <lgl> <lgl>
1 TRUE NA TRUE
2 FALSE FALSE NA
3 NA NA NA
TRUE | NA vaut TRUE car la condition reste vrai quelle que soit
la valeur du deuxième paramètre, tandis que FALSE | NA ren-
voie NA car le résultat est indéterminé (il dépend du deuxième
paramètre).
622
37.3.2 L’opérateur %in%
Il est fréquent de vouloir tester simultanément plusieurs égalités.

Par exemple :
x <- c("a", "b", "c", "d")

x == "a" | x == "b"
On aura alors avantageusement recours à l’opérateur %in% que

l’on peut traduire par appartient à et qui teste si les éléments
appartiennent à un certain ensemble.
x %in% c("a", "b")
37.4 Aggrégation
Pour résumer un ensemble de valeurs logiques en une seule,

on utilisera les fonction all() et any() qui teste si toutes les
valeurs / au moins une valeur est vrai. Ces deux fonctions ac-
ceptent un argument na.rm permettant de ne pas tenir compte
des valeurs manquantes.
x <- c(TRUE, NA, FALSE, FALSE)

any(x)
[1] TRUE
all(x)
[1] FALSE
623
Un vecteur logique peut-être vu comme un vecteur de valeur
binaire (0 si FALSE, 1 si TRUE). On peut dès lors effectuer des
opérations comme la somme ou la moyenne.
sum(x, na.rm = TRUE)
[1] 1
mean(x, na.rm = TRUE)
[1] 0.3333333
37.5 Programmation
Lorsque l’on programme avec R, notamment avec des struc-

tures conditionnelles telles que if ... else ..., on a besoin
d’écrire des conditions qui ne renvoient qu’une et une seule va-
leur logique.
Les opérateurs & et | s’appliquent sur des vecteurs et donc ren-
voient potentiellement plusieurs valeurs. On privilégiera alors
les variantes && et || qui ne renvoient qu’une seule valeur et
produise une erreur sinon.
De même, pour vérifier qu’un objet est bien égal à TRUE ou à
FALSE, n’est pas nul, n’est pas manquant et est de longueur 1,
on utilisera isTRUE() et isFALSE().
isTRUE(TRUE)
[1] TRUE
isTRUE(NA)
[1] FALSE
624
isTRUE(NULL)
[1] FALSE
isTRUE(c(TRUE, TRUE))
[1] FALSE
625
38 Transformations multiples
38.1 Transformations multiples sur les

colonnes
Il est souvent utile d’effectuer la même opération sur plusieurs

colonnes, mais le copier-coller est à la fois fastidieux et source
d’erreurs :
df %>%
group_by(g1, g2) %>%
summarise(
a = mean(a),
b = mean(b),
c = mean(c),
d = mean(d)
)
Dans cette section, nous allons introduire dplyr::across()

qui permets de réécrire la même commande de manière plus
succincte.
df %>%
group_by(g1, g2) %>%
summarise(across(a:d, mean))
38.1.1 Usage de base
dplyr::across() a deux arguments principaux :
• le premier, .cols, permet de sélectionner les colonnes sur

lesquelles on souhaite agir et accepte la même syntaxe de
dplyr::select() ;
626
• le second, .fns, est une fonction (ou une liste de fonc-
tions) à appliquer à chaque colonne sélectionnée.
Voici quelques exemples avec dplyr::summarise().

Dans ce premier exemple, nous utilisons tidyselect::where()
qui permet de sélectionner les colonnes en fonction de leur
type (ici les colonnes textuelles car where() est utilisé en
conjonction avec la fonction is.character()). Notez que l’on
passe is.character() sans ajouter de parenthèse. En effet,
is.character renvoie la fonction du même nom, tandis
que is.character() appelle la fonction pour l’exécuter.
La fonction dplyr::n_distinct(), quant à elle, compte le
nombre de valeurs uniques. Le tableau ci-dessous renvoie donc,
pour chaque variable textuelle, le nombre de valeurs uniques
observées dans les données.
library(tidyverse)
starwars |>
summarise(across(where(is.character), n_distinct))
# A tibble: 1 x 8
name hair_color skin_color eye_color sex gender homeworld species
<int> <int> <int> <int> <int> <int> <int> <int>
1 87 13 31 15 5 3 49 38
Dans ce second exemple, nous indiquons simplement la liste de

nos variables d’intérêt.
starwars |>
group_by(species) |>
filter(n() > 1) |>
summarise(across(c(sex, gender, homeworld), n_distinct))
# A tibble: 9 x 4
species sex gender homeworld
<chr> <int> <int> <int>
1 Droid 1 2 3
2 Gungan 1 1 1
3 Human 2 2 16
627
4 Kaminoan 2 2 1
5 Mirialan 1 1 1
6 Twi'lek 2 2 1
7 Wookiee 1 1 1
8 Zabrak 1 1 2
9 <NA> 1 1 3
Dans ce troisième exemple, nous allons calculer la moyenne

pour chaque variable numérique.
starwars %>%
group_by(homeworld) |>
filter(n() > 1) |>
summarise(across(where(is.numeric), mean))
# A tibble: 10 x 4
homeworld height mass birth_year
<chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Alderaan 176. NA NA
2 Corellia 175 78.5 25
3 Coruscant 174. NA NA
4 Kamino 208. NA NA
5 Kashyyyk 231 124 NA
6 Mirial 168 53.1 49
7 Naboo 175. NA NA
8 Ryloth 179 NA NA
9 Tatooine 170. NA NA
10 <NA> NA NA NA
Il y a beaucoup de valeurs manquantes. Nous devons donc pas-

ser na.rm = TRUE à mean(). Différentes approches sont pos-
sibles :
• écrire notre propre fonction ma_fonction() ;

• utiliser purrr::partial() qui permet de renvoyer une
fonction avec des valeurs par défaut différentes ;
• la syntaxe native de R pour déclarer des fonctions ano-
nymes avec le raccourci \(arg) expr ;
628
• une formule définissant une fonction dans le style du pa-
ckage purrr, c’est-à-dire une formule commençant par ~
et dont le premier argument sera noté .x57 . 57
Cette syntaxe particulière n’est
compatible que dans certaines fonc-
tions du {tidyverse}. Ce n’est pas
ma_fonction <- function(x) {mean(x, na.rm = TRUE)} une syntaxe standard de R.
starwars %>%
filter(n() > 1) |>
summarise(across(where(is.numeric), ma_fonction))
# A tibble: 10 x 4
1 Alderaan 176. 64 43
2 Corellia 175 78.5 25
3 Coruscant 174. 50 91
4 Kamino 208. 83.1 31.5
5 Kashyyyk 231 124 200
6 Mirial 168 53.1 49
7 Naboo 175. 64.2 55
8 Ryloth 179 55 48
9 Tatooine 170. 85.4 54.6
10 <NA> 139. 82 334.
starwars %>%
filter(n() > 1) |>
summarise(across(where(is.numeric), purrr::partial(mean, na.rm = TRUE)))
# A tibble: 10 x 4
1 Alderaan 176. 64 43
2 Corellia 175 78.5 25
4 Kamino 208. 83.1 31.5
5 Kashyyyk 231 124 200
6 Mirial 168 53.1 49
7 Naboo 175. 64.2 55
629
8 Ryloth 179 55 48
9 Tatooine 170. 85.4 54.6
10 <NA> 139. 82 334.
starwars %>%
filter(n() > 1) |>
summarise(across(where(is.numeric), \(x) {mean(x, na.rm = TRUE)}))
# A tibble: 10 x 4
1 Alderaan 176. 64 43
2 Corellia 175 78.5 25
4 Kamino 208. 83.1 31.5
5 Kashyyyk 231 124 200
6 Mirial 168 53.1 49
7 Naboo 175. 64.2 55
8 Ryloth 179 55 48
9 Tatooine 170. 85.4 54.6
10 <NA> 139. 82 334.
starwars %>%
filter(n() > 1) |>
summarise(across(where(is.numeric), ~ mean(.x, na.rm = TRUE)))
# A tibble: 10 x 4
1 Alderaan 176. 64 43
2 Corellia 175 78.5 25
4 Kamino 208. 83.1 31.5
5 Kashyyyk 231 124 200
6 Mirial 168 53.1 49
7 Naboo 175. 64.2 55
630
8 Ryloth 179 55 48
9 Tatooine 170. 85.4 54.6
10 <NA> 139. 82 334.
Comme dplyr::across() est souvent utilisée au sein de

dplyr::mutate() ou de dplyr::summarise(), les variables de
groupement ne sont jamais sélectionnée par dplyr::across()
pour éviter tout accident.
df <- data.frame(
g = c(1, 1, 2),
x = c(-1, 1, 3),
y = c(-1, -4, -9)
)
df %>%
group_by(g) %>%
summarise(across(where(is.numeric), sum))
# A tibble: 2 x 3
g x y
<dbl> <dbl> <dbl>
1 1 0 -5
2 2 3 -9
38.1.2 Fonctions multiples
Vous pouvez transformer chaque variable avec plus d’une

fonction en fournissant une liste nommée de fonctions dans le
deuxième argument :
min_max <- list(

min = \(x) min(x, na.rm = TRUE),
max = \(x) max(x, na.rm = TRUE)
)
starwars |>
summarise(across(where(is.numeric), min_max))
# A tibble: 1 x 6
631
height_min height_max mass_min mass_max birth_year_min birth_year_max
<int> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 66 264 15 1358 8 896
On peut contrôler le nom des variables produites avec l’option

.names qui prend une chaîne de caractère au format du package
glue.
starwars |>
summarise(
across(
where(is.numeric),
min_max,
.names = "{.fn}.{.col}"
)
)
# A tibble: 1 x 6
min.height max.height min.mass max.mass min.birth_year max.birth_year
<int> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 66 264 15 1358 8 896
38.1.3 Accéder à la colonne courante
Si vous en avez besoin, vous pouvez accéder au nom de la

colonne courante à l’intérieur d’une fonction en appelant
dplyr::cur_column(). Cela peut être utile si vous voulez
effectuer une sorte de transformation dépendante du contexte
qui est déjà encodée dans un vecteur :
df <- tibble(x = 1:3, y = 3:5, z = 5:7)

mult <- list(x = 1, y = 10, z = 100)
df |>
mutate(
across(
all_of(names(mult)),
~ .x * mult[[cur_column()]]
)
632
)
# A tibble: 3 x 3
x y z
<dbl> <dbl> <dbl>
1 1 30 500
2 2 40 600
3 3 50 700
Jusqu’à présent, nous nous sommes concentrés sur l’utilisation

de across() avec summarise(), mais cela fonctionne avec
n’importe quel autre verbe {dplyr} qui utilise le masquage de
données.
Par exemple, nous pouvons rééchelonner toutes les variables
numériques pour se situer entre 0 et 1.
rescale01 <- function(x) {

rng <- range(x, na.rm = TRUE)
(x - rng[1]) / (rng[2] - rng[1])
}
df <- tibble(x = 1:4, y = rnorm(4))
df |>
mutate(across(where(is.numeric), rescale01))
# A tibble: 4 x 2
x y
<dbl> <dbl>
1 0 0
2 0.333 0.956
3 0.667 1
4 1 0.326
38.1.4 pick()
Pour certains verbes, comme dplyr::group_by(), dplyr::count()

et dplyr::distinct(), il n’est pas nécessaire de fournir une
fonction de résumé, mais il peut être utile de pouvoir
sélectionner dynamiquement un ensemble de colonnes.
633
Dans ce cas, nous recommandons d’utiliser le complément
de dplyr::across(), dplyr::pick(), qui fonctionne comme
across() mais n’applique aucune fonction et renvoie à la place
un cadre de données contenant les colonnes sélectionnées.
starwars |>
distinct(pick(contains("color")))
# A tibble: 67 x 3
hair_color skin_color eye_color
<chr> <chr> <chr>
1 blond fair blue
2 <NA> gold yellow
3 <NA> white, blue red
4 none white yellow
5 brown light brown
6 brown, grey light blue
7 brown light blue
8 <NA> white, red red
9 black light brown
10 auburn, white fair blue-gray
# i 57 more rows
starwars |>
count(pick(contains("color")), sort = TRUE)
# A tibble: 67 x 4
hair_color skin_color eye_color n
<chr> <chr> <chr> <int>
1 brown light brown 6
2 brown fair blue 4
3 none grey black 4
4 black dark brown 3
5 blond fair blue 3
6 black fair brown 2
7 black tan brown 2
8 black yellow blue 2
9 brown fair brown 2
10 none white yellow 2
634
# i 57 more rows
dplyr::across() ne fonctionne pas avec dplyr::select()

ou dplyr::rename() parce qu’ils utilisent déjà une syn-
taxe de sélection dynamique. Si vous voulez transformer les
noms de colonnes avec une fonction, vous pouvez utiliser
dplyr::rename_with().
38.2 Sélection de lignes à partir d’une

sélection de colonnes
Nous ne pouvons pas utiliser directement across() dans

dplyr::filter() car nous avons besoin d’une étape supplé-
mentaire pour combiner les résultats. À cette fin, filter()
dispose de deux fonctions complémentaires spéciales :
dplyr::if_any() conserve les lignes pour lesquelles le prédicat
est vrai pour au moins une colonne sélectionnée :
starwars |>
filter(if_any(everything(), ~ !is.na(.x)))
# A tibble: 87 x 14
name height mass hair_color skin_color eye_color birth_year sex gender
<chr> <int> <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <chr>
1 Luke Sk~ 172 77 blond fair blue 19 male mascu~
2 C-3PO 167 75 <NA> gold yellow 112 none mascu~
3 R2-D2 96 32 <NA> white, bl~ red 33 none mascu~
4 Darth V~ 202 136 none white yellow 41.9 male mascu~
5 Leia Or~ 150 49 brown light brown 19 fema~ femin~
6 Owen La~ 178 120 brown, gr~ light blue 52 male mascu~
7 Beru Wh~ 165 75 brown light blue 47 fema~ femin~
8 R5-D4 97 32 <NA> white, red red NA none mascu~
9 Biggs D~ 183 84 black light brown 24 male mascu~
10 Obi-Wan~ 182 77 auburn, w~ fair blue-gray 57 male mascu~
# i 77 more rows
# i 5 more variables: homeworld <chr>, species <chr>, films <list>,
# vehicles <list>, starships <list>
635
dplyr::if_all() sélectionne les lignes pour lesquelles le pré-
dicat est vrai pour toutes les colonnes sélectionnées :
starwars |>
filter(if_all(everything(), ~ !is.na(.x)))
# A tibble: 29 x 14
name height mass hair_color skin_color eye_color birth_year sex gender
<chr> <int> <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <chr>
1 Luke Sk~ 172 77 blond fair blue 19 male mascu~
2 Darth V~ 202 136 none white yellow 41.9 male mascu~
3 Leia Or~ 150 49 brown light brown 19 fema~ femin~
4 Owen La~ 178 120 brown, gr~ light blue 52 male mascu~
5 Beru Wh~ 165 75 brown light blue 47 fema~ femin~
6 Biggs D~ 183 84 black light brown 24 male mascu~
7 Obi-Wan~ 182 77 auburn, w~ fair blue-gray 57 male mascu~
8 Anakin ~ 188 84 blond fair blue 41.9 male mascu~
9 Chewbac~ 228 112 brown unknown blue 200 male mascu~
10 Han Solo 180 80 brown fair brown 29 male mascu~
# i 19 more rows
# i 5 more variables: homeworld <chr>, species <chr>, films <list>,
# vehicles <list>, starships <list>
38.3 Transformations multiples sur les lignes
{dplyr}, et R de manière générale, sont particulièrement bien

adaptés à l’exécution d’opérations sur les colonnes, alors que
l’exécution d’opérations sur les lignes est beaucoup plus difficile.
Ici, nous verrons comment réaliser des calculs ligne par ligne
avec dplyr::rowwise().
38.3.1 Création
Les opérations par ligne requièrent un type spécial de regrou-

pement où chaque groupe est constitué d’une seule ligne. Vous
créez ce type de groupe avec dplyr::rowwise() :
636
df <- tibble(x = 1:2, y = 3:4, z = 5:6)
df |> rowwise()
# A tibble: 2 x 3
# Rowwise:
x y z
<int> <int> <int>
1 1 3 5
2 2 4 6
Comme group_by(), rowwise() ne fait rien en soi ; elle modifie

simplement le fonctionnement des autres verbes. Par exemple,
comparez les résultats de mutate() dans le code suivant :
df |>
mutate(m = mean(c(x, y, z)))
# A tibble: 2 x 4
x y z m
<int> <int> <int> <dbl>
1 1 3 5 3.5
2 2 4 6 3.5
df |>
rowwise() |>
mutate(m = mean(c(x, y, z)))
# A tibble: 2 x 4
# Rowwise:
x y z m
<int> <int> <int> <dbl>
1 1 3 5 3
2 2 4 6 4
Si vous utilisez mutate() avec un tableau de données classique,

il calcule la moyenne de x, y et z sur toutes les lignes. Si
637
vous l’appliquez à un tableau de données row-wise, il calcule
la moyenne séparément pour chaque ligne.
Vous pouvez optionnellement fournir des variables identifiantes
dans votre appel à rowwise(). Ces variables sont conservées
lorsque vous appelez summarise(), de sorte qu’elles se com-
portent de manière similaire aux variables de regroupement
passées à group_by():
df <- tibble(
name = c("Mara", "Hadley"),
x = 1:2,
y = 3:4,
z = 5:6
)
df |>
rowwise() |>
summarise(m = mean(c(x, y, z)))
# A tibble: 2 x 1
m
<dbl>
1 3
2 4
df |>
rowwise(name) |>
summarise(m = mean(c(x, y, z)))
`summarise()` has grouped output by 'name'. You can override using the
`.groups` argument.
# A tibble: 2 x 2
# Groups: name [2]
name m
<chr> <dbl>
1 Mara 3
2 Hadley 4
638
rowwise() n’est qu’une forme spéciale de regroupement :
donc si vous voulez enlever sa déclaration, appelez simplement
ungroup().
38.3.2 Statistiques ligne par ligne
dplyr::summarise() permet de résumer facilement les valeurs

d’une ligne à l’autre à l’intérieur d’une colonne. Combinée à
rowwise(), elle permet également de résumer les valeurs de
plusieurs colonnes à l’intérieur d’une même ligne. Pour voir
comment, commençons par créer un petit jeu de données :
df <- tibble(
id = 1:6,
w = 10:15,
x = 20:25,
y = 30:35,
z = 40:45
)
df
# A tibble: 6 x 5
id w x y z
<int> <int> <int> <int> <int>
1 1 10 20 30 40
2 2 11 21 31 41
3 3 12 22 32 42
4 4 13 23 33 43
5 5 14 24 34 44
6 6 15 25 35 45
Supposons que nous voulions calculer la somme de w, x, y et z

pour chaque ligne. Nous pouvons utiliser mutate() pour ajouter
une nouvelle colonne ou summarise() pour renvoyer ce seul
résumé :
df |>
rowwise(id) |>
mutate(total = sum(c(w, x, y, z)))
639
# A tibble: 6 x 6
# Rowwise: id
id w x y z total
<int> <int> <int> <int> <int> <int>
1 1 10 20 30 40 100
2 2 11 21 31 41 104
3 3 12 22 32 42 108
4 4 13 23 33 43 112
5 5 14 24 34 44 116
6 6 15 25 35 45 120
df |>
rowwise(id) |>
summarise(total = sum(c(w, x, y, z)))
`summarise()` has grouped output by 'id'. You can override using the `.groups`
argument.
# A tibble: 6 x 2
# Groups: id [6]
id total
<int> <int>
1 1 100
2 2 104
3 3 108
4 4 112
5 5 116
6 6 120
Bien sûr, si vous avez beaucoup de variables, il sera fastidieux de

taper chaque nom de variable. Au lieu de cela, vous pouvez uti-
liser dplyr::c_across() qui utilise une syntaxe tidy selection
afin de sélectionner succinctement de nombreuses variables :
df |>
rowwise(id) |>
mutate(total = sum(c_across(w:z)))
640
# A tibble: 6 x 6
# Rowwise: id
id w x y z total
1 1 10 20 30 40 100
2 2 11 21 31 41 104
3 3 12 22 32 42 108
4 4 13 23 33 43 112
5 5 14 24 34 44 116
6 6 15 25 35 45 120
df |>
rowwise(id) |>
mutate(total = sum(c_across(where(is.numeric))))
# A tibble: 6 x 6
# Rowwise: id
id w x y z total
1 1 10 20 30 40 100
2 2 11 21 31 41 104
3 3 12 22 32 42 108
4 4 13 23 33 43 112
5 5 14 24 34 44 116
6 6 15 25 35 45 120
Vous pouvez combiner cela avec des opérations par colonne

(voir la section précédente) pour calculer la proportion du total
pour chaque colonne :
df |>
rowwise(id) |>
mutate(total = sum(c_across(w:z))) |>
ungroup() |>
mutate(across(w:z, ~ . / total))
# A tibble: 6 x 6
id w x y z total
641
<int> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int>
1 1 0.1 0.2 0.3 0.4 100
2 2 0.106 0.202 0.298 0.394 104
3 3 0.111 0.204 0.296 0.389 108
4 4 0.116 0.205 0.295 0.384 112
5 5 0.121 0.207 0.293 0.379 116
6 6 0.125 0.208 0.292 0.375 120
ĺ Important
L’approche rowwise() fonctionne pour n’importe quelle

fonction de résumé. Mais si vous avez besoin d’une plus
grande rapidité, il est préférable de rechercher une va-
riante intégrée de votre fonction de résumé. Celles-ci sont
plus efficaces car elles opèrent sur l’ensemble du cadre de
données ; elles ne le divisent pas en lignes, ne calculent
pas le résumé et ne joignent pas à nouveau les résultats.
Par exemple, R fournit nativement les fonctions
rowSums() et rowMeans() pour calculer des sommes et
des moyennes par ligne. Elles sont de fait bien plus effi-
caces.
df |>
mutate(total = rowSums(pick(where(is.numeric), -id)))
# A tibble: 6 x 6
id w x y z total
<int> <int> <int> <int> <int> <dbl>
1 1 10 20 30 40 100
2 2 11 21 31 41 104
3 3 12 22 32 42 108
4 4 13 23 33 43 112
5 5 14 24 34 44 116
6 6 15 25 35 45 120
df |>
mutate(mean = rowMeans(pick(where(is.numeric), -id)))
# A tibble: 6 x 6
id w x y z mean
642
<int> <int> <int> <int> <int> <dbl>
1 1 10 20 30 40 25
2 2 11 21 31 41 26
3 3 12 22 32 42 27
4 4 13 23 33 43 28
5 5 14 24 34 44 29
6 6 15 25 35 45 30
643
partie VI
Analyses avancées
644
39 Analyse factorielle
Il existe plusieurs techniques d’analyse factorielle dont les plus

courantes sont l’analyse en composante principale (ACP) por-
tant sur des variables quantitatives, l’analyse factorielle des cor-
respondances (AFC) portant sur deux variables qualitatives et
l’analyse des correspondances multiples (ACM) portant sur plu-
sieurs variables qualitatives (il s’agit d’une extension de l’AFC).
Pour combiner des variables à la fois quantitatives et qualita-
tives, on pourra avoir recours à l’analyse factorielle avec don-
nées mixtes.
Bien que ces techniques soient disponibles dans les extensions
standards de R, il est souvent préférable d’avoir recours à deux
autres packages plus complets, {ade4} et {FactoMineR}, cha-
cun ayant ses avantages et des possibilités différentes58 . Voici 58
Ces deux packages sont très
les fonctions à retenir : complets et il est difficile de pri-
vilégier l’un par rapport à l’autre.
Fonction Tous deux sont activement mainte-
nus et bénéficient d’une documen-
stan- Fonction Fonctions tation complète. À titre personnel,
Analyse Variables dard {ade4} {FactoMineR} j’aurai peut être une petite préférence
pour {ade4}. En effet, {FactoMineR}
ACP plusieurs variables stats::princomp()
ade4::dudi.pca()
FactoMineR::PCA()
a une tendance à réaliser toutes les
quantitatives étapes de l’analyse en un seul ap-
AFC deux variables MASS::corresp()
ade4::dudi.coa()
FactoMineR::CA()
pel de fonction, là où {ade4} nécessi-
qualitatives tera quelques étapes supplémentaires.
Or, ce qui pourrait être vu comme
ACM plusieurs variables MASS::mca()
ade4::dudi.acm()
FactoMineR::MCA()
un inconvénient permet à l’inverse
qualitatives d’avoir une meilleure conscience
Analyse plusieurs variables — ade4::dudi.mix()
FactoMineR::FAMD()
de ce que l’on fait. À l’inverse,
mixte quantitatives et/ou les options graphiques offertes par
{factoextra} sont plus nombreuses
qualitatives
quand l’analyse factorielle a été réa-
lisée avec {FactoMineR}. Enfin, nous
le verrons plus loin, la gestion de va-
Notons que l’extension {GDATools} propose une variation riables additionnelles est bien plus fa-
de l’ACM permettant de neutraliser tout en conservant les cile avec {FactoMineR}.
645
valeurs manquantes : on parle alors d’Analyse des corres-
pondances multiples spécifique qui se calcule avec la fonction
GDAtools::speMCA().
Le package {FactoMineR} propose également deux variantes
avancées : l’analyse factorielle multiple permettant d’organiser
les variables en groupes (fonction FactoMineR::MFA())
et l’analyse factorielle multiple hiérarchique (fonction
FactoMineR::MFA()).
Deux autres packages nous seront particulièrement utiles dans
ce chapitre : {explor} pour une exploration visuelle interactive
des résultats et {factoextra} pour diverses représentations
graphiques.
39.1 Principe général
L’analyse des correspondances multiples est une technique des-

criptive visant à résumer l’information contenu dans un grand
nombre de variables afin de faciliter l’interprétation des corré-
lations existantes entre ces différentes variables. On cherche à
savoir quelles sont les modalités corrélées entre elles.
L’idée générale est la suivante. L’ensemble des individus peut
être représenté dans un espace à plusieurs dimensions où chaque
axe représente les différentes variables utilisées pour décrire
chaque individu. Plus précisément, pour chaque variable quali-
tative, il y a autant d’axes que de modalités moins un. Ainsi il
faut trois axes pour décrire une variable à quatre modalités. Un
tel nuage de points est aussi difficile à interpréter que de lire di-
rectement le fichier de données. On ne voit pas les corrélations
qu’il peut y avoir entre modalités, par exemple qu’aller au ci-
néma est plus fréquent chez les personnes habitant en milieu ur-
bain. Afin de mieux représenter ce nuage de points, on va procé-
der à un changement de systèmes de coordonnées. Les individus
seront dès lors projetés et représentés sur un nouveau système
d’axe. Ce nouveau système d’axes est choisis de telle manière
que la majorité des variations soit concentrées sur les premiers
axes. Les deux-trois premiers axes permettront d’expliquer la
majorité des différences observées dans l’échantillon, les autres
axes n’apportant qu’une faible part additionnelle d’information.
646
Dès lors, l’analyse pourra se concentrer sur ses premiers axes qui
constitueront un bon résumé des variations observables dans
l’échantillon.
ĺ Important
Avant toute analyse factorielle, il est indispensable de réa-

liser une analyse préliminaire de chaque variable, afin de
voir si toutes les classes sont aussi bien représentées ou
s’il existe un déséquilibre. L’analyse factorielle est sensible
aux petits effectifs. Aussi il peut être préférable de regrou-
per les classes peu représentées le cas échéant.
De même, il peut être tentant de mettre toutes les va-
riables disponibles dans son jeu de données directement
dans une analyse factorielle pour voir ce que ça donne.
Il est préférable de réfléchir en amont aux questions que
l’on veut poser et de choisir ensuite un jeu de variables en
fonction.
39.2 Première illustration : ACM sur les

loisirs
Pour ce premier exemple, nous allons considérer le jeu de don-

nées hdv2003 fourni dans le package {questionr} et corres-
pondant à un extrait de l’enquête Histoire de Vie réalisée par
l’Insee en 2003.
Nous allons considérer 7 variables binaires (oui/non) portant
sur la pratique de différents loisirs (écouter du hard rock, lire
des bandes dessinées, pratiquer la pêche ou la chasse, cuisiner,
bricoler ou pratiquer un sport). Pour le moment, nous n’allons
pas intégrer à l’analyse de variable socio-démographique, car
nous souhaitons explorer comment ces activités se corrèlent
entre elles, indépendamment de toute autre considération.
Notons, avec questionr::freq.na() ou avec labelled::look_for(),
qu’il n’y a pas de valeurs manquantes dans nos données.
647
library(tidyverse)
d <- hdv2003 |>
select(hard.rock:sport)
d |> questionr::freq.na()
missing %
hard.rock 0 0
lecture.bd 0 0
peche.chasse 0 0
cuisine 0 0
bricol 0 0
cinema 0 0
sport 0 0
d |> labelled::look_for()

1 hard.rock — fct 0 Non
Oui
2 lecture.bd — fct 0 Non
Oui
3 peche.chasse — fct 0 Non
Oui
4 cuisine — fct 0 Non
Oui
5 bricol — fct 0 Non
Oui
6 cinema — fct 0 Non
Oui
7 sport — fct 0 Non
Oui
Comme l’ensemble de nos variables sont catégorielles nous

allons réaliser une analyse des correspondances multiples
(ACM).
648
39.2.1 Calcul de l’ACM
Avec {ade4}, l’ACM s’obtient à l’aide la fonction ade4::dudi.acm().

Par défaut, si l’on exécute seulement ade4::dudi.acm(d),
la fonction va afficher un graphique indiquant la variance
expliquée par chaque axe et une invite dans la console va
demander le nombre d’axes à conserver pour l’analyse. Une
invite de commande n’est pas vraiment adaptée dans le
cadre d’un script que l’on souhaite pouvoir exécuter car cela
implique une intervention manuelle. On pourra désactiver
cette invitation avec scannf = FALSE et indiquer le nombre
d’axes à conserver avec l’argument nf (nf = Inf permet de
conserver l’ensemble des axes).
acm1_ad <- d |>

ade4::dudi.acm(scannf = FALSE, nf = Inf)
Avec {FactoMineR}, l’ACM s’obtient avec FactoMineR::MCA().

Par défaut, seuls les 5 premiers axes sont conservés, ce qui est
modifiable avec l’argument ncp. De plus, la fonction affiche par
défaut un graphique des résultats avant de renvoyer les résul-
tats de l’ACM. Ce graphique peut être désactivé avec graph =
FALSE.
acm1_fm <- d |>

FactoMineR::MCA(ncp = Inf, graph = FALSE)
Les deux ACM sont ici identiques. Par contre, les deux objets
renvoyés ne sont pas structurés de la même manière.
39.2.2 Exploration graphique interactive
Le package {explor} permets d’explorer les résultats de ma-

nière interactive. Il fonctionne à la fois avec les analyses fac-
torielles produites avec {FactoMineR} et celles réalisées avec
{ade4}.
Pour lancer l’exploration interactive, il suffit de passer les ré-
sultats de l’ACM à la fonction explor::explor().
649
acm1_ad |> explor::explor()
Les graphiques réalisés avec explor::explor() peuvent être

exportés en fichier image SVG (via le bouton dédié en bas à
gauche dans l’interface). De même, il est possible d’obtenir un
code R que l’on pourra copier dans un script pour reproduire le
graphique (ATTENTION : le graphique produit est interactif
et donc utilisable uniquement dans document web).
res <- explor::prepare_results(acm1_ad)

p <- explor::MCA_var_plot(
res,
xax = 1,
yax = 2,
var_sup = FALSE,
var_sup_choice = ,
var_lab_min_contrib = 0,
col_var = "Variable",
symbol_var = "Variable",
size_var = "Contrib",
size_range = c(52.5, 700),
labels_size = 12,
point_size = 56,
transitions = FALSE,
labels_positions = "auto",
labels_prepend_var = TRUE,
xlim = c(-2.58, 1.69),
ylim = c(-1.33, 2.94)
)
À la fois {ade4} et {FactoMineR} disposent de leurs propres

fonctions graphiques dédiées. Elles sont cependant spécifiques à
chaque package. Les fonctions graphiques de {ade4} ne peuvent
pas être utilisées avec un objet {FactoMineR} et inversement.
Le package {factoextra} permet de palier à ce problème. Ces
fonctions graphiques sont en effet compatibles avec les deux
650
Figure 39.1: Exemple de figure exportée à partir de explor
packages et reposent sur {ggplot2}, ce qui permet facilement

de personnaliser les graphiques obtenus.
39.2.4 Variance expliquée et valeurs propres
Les valeurs propres (eigen values en anglais) correspondent à

la quantité de variance capturée par chaque axe (on parle éga-
lement d’inertie). On peut les obtenir aisément avec la fonction
factoextra::get_eigenvalue().
acm1_ad |>
factoextra::get_eigenvalue()
eigenvalue variance.percent cumulative.variance.percent

Dim.1 0.2121854 21.21854 21.21854
Dim.2 0.1542803 15.42803 36.64657
Dim.3 0.1468192 14.68192 51.32849
Dim.4 0.1387719 13.87719 65.20568
Dim.5 0.1349671 13.49671 78.70239
651
Dim.6 0.1192865 11.92865 90.63104
Dim.7 0.0936896 9.36896 100.00000
On notera que les axes sont ordonnées en fonction de la quantité

de variation qu’ils capturent. Le premier axe est toujours celui
qui capture le plus de variance, suivi du deuxième, etc.
La somme totale des valeurs propres indique la variation to-
tale des données. Souvent, les valeurs propres sont exprimées
en pourcentage du total. Dans notre exemple, l’axe 1 capture
21,2 % de la variance et l’axe 2 en capture 15,4 %. Ainsi, le plan
factoriel composé des deux premiers axes permet de capturer à
lui seul plus du tiers (36,6 %) de la variance totale.
Une représentation graphique des valeurs propres s’obtient avec
factoextra::fviz_screeplot().
acm1_ad |>
factoextra::fviz_screeplot()
Scree plot
Percentage of explained variances
20
15
10
0
1 2 3 4 5 6 7
Dimensions
Figure 39.2: Représentation graphique de la variance expliquée

par les différents axes de l’ACM
Il n’y a pas de règle absolue concernant le nombre d’axes à ex-

plorer pour l’analyse et l’interprétation des résultats. L’objectif
d’une analyse factorielle étant justement de réduire le nombre
652
de dimension considérée pour ce concentrer sur les principales
associations entre modalités, il est fréquent de se limiter aux
deux premiers ou aux trois premiers axes.
Une approche fréquente consiste à regarder s’il y a un coude,
un saut plus marqué qu’un autre dans le graphique des va-
leurs propres. Dans notre exemple, qui ne comporte qu’un petit
nombre de variable, on voit un saut marqué entre le premier
axe et les autres, suggérant de se focaliser en particulier sur ce
premier axe.
39.2.5 Contribution aux axes
La fonction factoextra::fviz_contrib() permet de visuali-

ser la contribution des différentes modalités à un axe donnée.
Regardons le premier axe.
acm1_ad |>
factoextra::fviz_contrib(choice = "var", axes = 1)
Contribution of variables to Dim−1
20
Contributions (%)
15
10
0
ui
ui
on
on
ui
on
ui
on
ui
ui
ui
on
on
on
t.O
.O
.O
.O
.O
N
t.N
.N
.N
.N
.N
a.
e.
se
a.
ol
e.
bd
ck
se
ol
bd
ck
or
in
m
or
ic
in
m
.ro
as
ic
e.
sp
.ro
is
as
ne
e.
sp
br
is
ne
br
ur
cu
ch
rd
ur
cu
ch
rd
ci
ci
ct
ha
ct
e.
ha
e.
le
le
ch
ch
pe
pe
Figure 39.3: Contribution des modalités au premier axe
La ligne en pointillés rouges indique la contribution attendue de

chaque modalité si la répartition était uniforme. Nous consta-
653
tons ici que le premier axe est surtout déterminé par la pratique
d’une activité sportive et le fait d’aller au cinéma.
acm1_ad |>
factoextra::fviz_contrib(choice = "var", axes = 2)
Contribution of variables to Dim−2

Contributions (%)
40
20
0
on
ui
ui
on
ui
on
ui
ui
ui
on
on
ui
on
on
O
.O
t.O
.O
.N
.N
t.N
.N
e.
a.
d.
e.
ol
e.
a.
ck
d.
ne
ol
ck
or
ss
in
m
or
ic
ss
b
ro
ic
e.
sp
.ro
is
si
ne
e.
sp
br
a
ne
br
ha
d.
ur
cu
i
ch
ur
cu
rd
ci
r
ci
ct
c
ha
ct
e.
ha
e.
le
le
ch
ch
pe
pe
Figure 39.4: Contribution des modalités au deuxième axe
Le deuxième axe, quant à lui, est surtout marqué par la pratique

de la pêche ou de la chasse et, dans une moindre mesure, par
le fait de bricoler.
39.2.6 Représentation des modalités dans le plan

factoriel
Pour représenter les modalités dans le plan factoriel, on aura re-

cours à factoextra::fviz_mca_var(). En termes de visualisa-
tion, c’est moins ergonomique que ce que propose {explor}. On
aura donc tout intérêt à profiter de ce dernier. Si l’on a réalisé
un autre type d’analyse factorielle, il faudra choisir la fonction
correspondante, par exemple factoextra::fviz_famd_var()
pour une analyse sur données mixtes. La liste complète est vi-
sible sur le site de documentation du package.
654
acm1_ad |>
factoextra::fviz_mca_var()
Variable categories − MCA

peche.chasse.Oui
2
Dim2 (15.4%)
1
bricol.Oui
cinema.Non
cuisine.Oui sport.Non
lecture.bd.Non
hard.rock.Non
0 sport.Oui cuisine.Non
hard.rock.Oui peche.chasse.Non
cinema.Oui bricol.Non
lecture.bd.Oui
−1.5 −1.0 −0.5 0.0 0.5

Dim1 (21.2%)
Figure 39.5: Projection des modalités dans le plan factoriel
Ĺ Note
Si l’on réalise le même graphique à partir de l’ACM réa-

lisée avec {FactoMineR}, nous aurons à première vue un
résultat différent.
acm1_fm |>
factoextra::fviz_mca_var()
655
peche.chasse_Oui
2
Dim2 (15.4%)
1
bricol_Oui
cinema_Non
sport_Non cuisine_Oui
lecture.bd_Non
hard.rock_Non
0 cuisine_Non sport_Oui
peche.chasse_Non hard.rock_Oui
bricol_Non cinema_Oui
lecture.bd_Oui
−0.5 0.0 0.5 1.0 1.5

Dim1 (21.2%)
Si l’on regarde plus attentivement, les valeurs sont inver-

sées sur l’axe 1 : les valeurs positives sont devenues néga-
tives et inversement. Ceci est du à de légères différences
dans les algorithmes de calcul des deux packages. Pour
autant, les résultats sont bien strictement équivalents, le
sens des axes n’ayant pas de signification en soi.
39.2.7 Représentation des individus dans le plan

factoriel
Pour projeter les individus (i.e. les observations) dans le plan

factoriel, nous aurons recours à factoextra::fviz_mca_ind().
acm1_ad |>
factoextra::fviz_mca_ind()
656
Individuals − MCA
1067
1066
1114
1147
1146
1215
1489
1604
1745
1779
1806
1836
1841
1901
1904
1997
160
267
353
487
597
708
800
830
853
911
966
8
1987
1003
1503
1810
1866
323
326
393
420
479
784 1076
1159
1169
1176
1420
1479
1513
1543
1711
1732
1918
120
228
290
343
366
406
423
532
548
563
571
697
777
801
33
68
88
281 1893
1400 1909
1032
1273
1510
139
600
628
659
713
832
894
924
934
998
1.0 1250
1272
1447
1641
1645
1678
1780
1782
1871
282
335
359
436
650
739
808
30 1033
1882
1957
1967
158
199
470
605
818
97
1027 1009
1362
1463
1486
1488
1684
1785
116
118
192
234
521
524
731
730
914
47
7
1121 1171
1266
1576
1758
258
261
327
349
362
786
916
69
98 1071
1283
1448
1832
1913
405
510
819
938 1144
1228
1334
1437
1468
1477
1493
1553
1715
1929
1941
127
164
206
218
241
355
390
446
481
609
734
811
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740
754
764
763
768
767
776
787
790
798
797
796
804
803
812
827
834
836
839
854
857
860
864
870
873
879
878
877
881
890
893
896
901
926
925
932
935
937
942
944
950
952
955
959
972
971
970
974
981
980
979
986
990
992
995
997
19
22
24
39
42
45
50
49
54
53
57
65
78
83
96
5
1225 1563 1897
1896 1834 1665
1023
1031
1030
1081
1133
1160
1195
1223
1241
1245
1253
1285
1308
1312
1321
1324
1335
1365
1390
1421
1434
1464
1526
1532
1565
1593
1598
1619
1625
1640
1653
1681
1740
1743
1759
1775
1839
1850
1862
1878
1956
1972
107
136
162
166
245
293
301
300
365
399
411
430
495
505
545
556
558
658
714
723
728
745
759
762
780
845
884
921
957
961
989
44
3
923 969
1216
1648
1695
1986
1994 383
80 15 1847
1004
1015
1046
1064
1078
1082
1093
1111
1172
1189
1207
1234
1251
1278
1284
1319
1349
1353
1375
1401
1424
1426
1454
1603
1650
1709
1748
1772
1790
1828
1843
1885
1889
1908
1912
1927
1971
128
161
230
259
287
299
321
354
357
361
375
382
387
425
441
460
476
520
579
583
633
637
642
665
667
710
733
752
758
781
791
849
885
904
962
973
71
70
86
1182
1830
1876
1890
2000
34
1136
1528
1751
1771 1012
1039
1103
1105
1116
1134
1156
1163
1203
1235
1240
1249
1274
1305
1342
1377
1379
1413
1429
1443
1533
1536
1540
1544
1559
1570
1616
1634
1642
1689
1738
1747
1765
1770
1792
1805
1822
1867
1887
1921
1923
1931
1954
1978
1983
125
171
180
205
204
215
307
332
376
384
395
394
401
451
466
477
553
607
618
638
660
699
769
809
846
852
861
906
922
947
983
23
25
66
94
1381 1010
1036
1038
1050
1161
1175
1211
1213
1232
1238
1275
1298
1314
1322
1341
1356
1366
1388
1394
1403
1425
1441
1446
1449
1466
1470
1482
1484
1511
1542
1573
1578
1584
1602
1601
1611
1628
1631
1669
1706
1714
1749
1752
1764
1763
1808
1813
1819
1821
1825
1833
1865
1907
1925
1962
1984
1999
111
113
123
122
137
151
196
213
231
257
262
278
289
302
309
346
345
344
397
413
434
444
447
452
478
490
522
543
630
639
663
685
688
712
719
744
772
771
788
794
821
835
847
859
876
891
928
939
988
987
16
36
59
74
91
9
1960
135
333
147
880 1007
1019
1058
1057
1079
1088
1100
1108
1126
1128
1162
1168
1180
1201
1222
1255
1262
1261
1310
1357
1367
1373
1376
1384
1430
1439
1457
1465
1467
1492
1524
1550
1554
1596
1595
1600
1607
1618
1627
1638
1660
1701
1721
1768
1774
1787
1812
1831
1875
1874
1911
1946
1988
81 1005
1869 115
132
145
197
209
243
264
273
292
294
337
341
358
360
380
379
378
377
404
415
427
445
453
465
473
539
612
616
670
679
681
707
726
747
766
810
840
927
963
967
10
20
38
55
92
2
6
1119
1710
−0.5
1777
109
330
488 933
1150
1673
1856
1932
−1.5 −1.0 −0.5 0.0 0.5

Dim1 (21.2%)
Figure 39.6: Projection des individus dans le plan factoriel
Le graphique sera un peu plus lisible en n’affichant que les

points avec un effet de transparence (pour les points superpo-
sés).
acm1_ad |>
factoextra::fviz_mca_ind(
geom.ind = "point",
alpha.ind = 0.1
)
657
Individuals − MCA
1.0
Dim2 (15.4%)
0.5
0.0
−0.5
−1.5 −1.0 −0.5 0.0 0.5

Dim1 (21.2%)
Figure 39.7: Projection des individus dans le plan factoriel
Il est souvent intéressant de colorier les individus selon une va-

riable catégorielle tierce, que ce soit une des variables ayant
contribué ou non à l’ACM. Par exemple, nous allons regarder
la répartition des individus dans le plan factoriel selon leur pra-
tique d’un sport, puisque cette variable contribuait fortement
au premier axe.
Nous indiquerons la variable considérée à factoextra::fviz_mca_in()
via l’argument habillage. L’option addEllipses = TRUE
permet de dessiner des ellipses autour des observations.
acm1_ad |>
habillage = d$sport,
addEllipses = TRUE,
geom.ind = "point",
alpha.ind = 0.1
)
658
Individuals − MCA
1.0
0.5
Dim2 (15.4%)
Groups
Non
0.0
Oui
−0.5
−1.0
−1.5 −1.0 −0.5 0.0 0.5 1.0

Dim1 (21.2%)
Figure 39.8: Projection des individus dans le plan factoriel se-

lon la pratique d’un sport
Ď Astuce
Si l’on a réalisé l’ACM avec {ade4}, nous pouvons utili-

ser la fonction ade4::scatter() pour réaliser ce même
type de graphique avec l’ensemble des variables inclues
dans l’ACM. Afin de rendre le graphique plus lisible, nous
passons à la fonction une palette de couleur obtenue avec
khroma::colour() (cf. Section 16.3.2).
acm1_ad |>
ade4::scatter(col = khroma::colour("bright")(2))
659
hard.rock lecture.bd peche.chasse
Oui
Non Non
Oui Non
Oui
cuisine bricol cinema
Oui Non
OuiNon
Non Oui
sport
Non
Oui
39.2.8 Récupérer les coordonnées des individus / des

variables
Dans certaines situations (par exemple pour créer un score à

partir de la position sur le premier axe), on peut avoir besoin
de récupérer les données brutes de l’analyse factorielle.
On pourra utiliser les fonctions get_*() de {factoextra}. Par
exemple, pour les individus dans le cadre d’une ACM, on utili-
sera factoextra::get_mca_ind().
res <- acm1_ad |>

factoextra::get_mca_ind()
print(res)
Multiple Correspondence Analysis Results for individuals

===================================================
Name Description
1 "$coord" "Coordinates for the individuals"
2 "$cos2" "Cos2 for the individuals"
3 "$contrib" "contributions of the individuals"
Le résultat obtenu est une liste avec trois tableaux de don-

nées. Pour accéder aux coordonnées des individus, il suffit donc
d’exécuter la commande ci-dessous.
660
as_tibble(res$coord)
# A tibble: 2,000 x 7
Dim.1 Dim.2 Dim.3 Dim.4 Dim.5 Dim.6 Dim.7
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 0.380 -0.0481 -0.130 -0.0757 -0.554 -0.118 -0.0382
2 -0.301 -0.512 0.0125 0.221 0.421 -0.340 -0.0402
3 0.146 -0.261 0.0784 0.152 0.279 -0.252 -0.578
4 -0.842 -0.0612 0.00886 0.247 -0.232 0.149 -0.0297
5 0.614 -0.149 0.0190 -0.0259 0.139 -0.0253 -0.0474
6 -0.301 -0.512 0.0125 0.221 0.421 -0.340 -0.0402
7 0.270 0.905 -0.214 -0.198 -0.267 -0.732 0.144
8 -0.0369 1.26 -0.0688 -0.122 -0.227 -0.150 0.146
9 0.167 -0.400 -0.0469 0.0425 0.282 -0.114 0.490
10 -0.301 -0.512 0.0125 0.221 0.421 -0.340 -0.0402
# i 1,990 more rows
39.3 Ajout de variables / d’observations

additionnelles
Dans le cadre d’une analyse factorielle, on peut souhaiter ajou-

ter des variables ou des observations additionnelles, qui ne par-
ticiperont donc pas au calcul de l’analyse factorielle (et seront
donc sans effet sur les axes de l’analyse). Ces variables / ob-
servations additionnelles seront simplement projetées dans le
nouvel espace factoriel.
Reprenons notre exemple et calculons des groupes d’âges.
hdv2003 <- hdv2003 |>

mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
661
)
)
Ajoutons maintenant le sexe, le groupe d’âges et le niveau

d’étude comme variables additionnelles.
Avec {FactoMineR}, cela se fait directement au moment du cal-
cul de l’ACM, en indiquant l’index (ordre de la colonne dans
le tableau) des variables supplémentaires à quali.sup pour
les variables catégorielles et à quanti.sup pour les variables
continues. De même, ind.sup peut-être utilisé pour indiquer
les observations additionnelles.
d2 <- hdv2003 |>

select(sexe, groupe_ages, nivetud, hard.rock:sport)
acm2_fm <- d2 |>
FactoMineR::MCA(
ncp = Inf,
graph = FALSE,
quali.sup = 1:3
)
Avec {ade4}, la manipulation est légèrement différente. Le

calcul de l’ACM se fait comme précédemment, uniquement
avec les variables et les observations inclues dans l’analyse,
puis on pourra projeter dans l’espace factoriel les variables
/ observations additionnelles à l’aide de ade4::supcol() et
ade4::suprow(). Si pour ajouter des observations addition-
nelles il suffit de passer l’ACM de base et un tableau de
données des observations additionnelles à ade4::suprow(),
c’est un peu plus compliqué pour des variables additionnelles.
Il faut déjà réaliser une ACM sur ces variables addition-
nelles, en extraire le sous objet $tab et passer ce dernier à
ade4::supcol().
acm_add <- hdv2003 |>

select(sexe, groupe_ages, nivetud) |>
acm_supp <- ade4::supcol(
662
acm1_ad,
acm_add$tab
)
Si l’on veut pouvoir utiliser explor::explor() avec ces

variables additionnelles, il faudra enregistrer le résultat
de ade4::supcol() dans un sous-objet $supv de l’ACM
principale.
acm2_ad <- acm1_ad

acm2_ad$supv <- acm_supp
Pour des représentations graphiques avec {factoextra}, on

privilégiera ici le calcul avec {FactoMineR} (les variables
additionnelles calculées avec {ade4} n’étant pas gérées par
{factoextra}). En effet, si l’ACM a été calculée avec {Fac-
toMineR}, factoextra::fviz_mca_var() affiche par défaut les
variables ad
acm2_fm |>
factoextra::fviz_mca_var(repel = TRUE, labelsize = 2)

peche.chasse_Oui
2
Dim2 (15.4%)
cinema_Non Homme bricol_Oui

Derniere annee d'etudes primaires 1er cycle
Enseignement technique ou professionnel court
lecture.bd_Non
sport_Non 45−64 ans cuisine_Oui Enseignement technique ou professionnel long
0 cuisine_Non sport_Oui
65 ans
A arrete seset etudes,
plus avant la derniere annee hard.rock_Non
d'etudes primaires 25−44 Enseignement
ans superieur y compris technique superieur
N'a jamais fait d'etudes Femme 2eme cycle 18−24 ans cinema_Oui
peche.chasse_Non hard.rock_Oui
bricol_Non
lecture.bd_Oui
nivetud.NA
−1.0 −0.5 0.0 0.5 1.0 1.5

Dim1 (21.2%)
Figure 39.9: Projection des modalités dans le plan factoriel (in-

cluant les variables additionnelles)
663
39.4 Gestion des valeurs manquantes
Pour ce troisième exemple, nous allons maintenant inclure les

variables sexe, groupe d’âges et niveau d’étude dans l’ACM,
non pas comme variables additionnelles mais comme variables
de l’ACM (qui vont donc contribuer au calcul des axes).
d3 <- hdv2003 |>

select(sexe, groupe_ages, nivetud, hard.rock:sport)
Calculons maintenant l’ACM avec {ade4} et {FactoMineR}.
acm3_ad <- d3 |>

acm3_fm <- d3 |>
FactoMineR::MCA(ncp = Inf, graph = FALSE)
Regardons les valeurs propres et l’inertie expliquée et position-

nons les deux graphiques côte à côte (cf. Section 17.6 sur la
combinaison de graphiques).
p_ad <- acm3_ad |>

factoextra::fviz_screeplot(choice = "eigenvalue") +
ggplot2::ggtitle("ACM3 avec ade4")
p_fm<- acm3_fm |>
factoextra::fviz_screeplot(choice = "eigenvalue") +
ggplot2::ggtitle("ACM3 avec FactoMineR")
patchwork::wrap_plots(p_ad, p_fm) &
ggplot2::ylim(0, .3)
664
ACM3 avec ade4 ACM3 avec FactoMineR
0.3 0.3
0.2 0.2
Eigenvalue
Eigenvalue
0.1 0.1
0.0 0.0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Dimensions Dimensions
Figure 39.10: Inertie expliquée par axe (comparaison des ACM

réalisées avec ade4 et FactoMineR)
Comme nous pouvons le voir, cette fois-ci, l’inertie expliquée

par axe diffère entre les deux ACM. Cela est du à la présence
de valeurs manquantes pour la variable nivetud.
d3 |> questionr::freq.na()
missing %
nivetud 112 6
sexe 0 0
groupe_ages 0 0
hard.rock 0 0
lecture.bd 0 0
peche.chasse 0 0
cuisine 0 0
bricol 0 0
cinema 0 0
sport 0 0
Or, les deux packages ne traitent pas les valeurs manquantes

de la même manière : {ade4} exclue les valeurs manquantes
tandis que {FactoMineR} les considère comme une modalité
additionnelle.
665
Pour éviter toute ambiguïté, il est préférable de traiter soi-
même les valeurs manquantes (NA) en amont des deux fonc-
tions.
Pour convertir les valeurs manquantes d’un facteur en une mo-
dalité en soi, on utilisera forcats::fct_na_value_to_level().
Il est possible d’appliquer cette fonction à tous les facteurs d’un
tableau de données avec dplyr::across() (cf. Chapitre 38).
d3_modalite_manquant <- d3 |>

mutate(
across(
where(is.factor),
fct_na_value_to_level,
level = "(manquant)"
)
)
Warning: There was 1 warning in `mutate()`.

i In argument: àcross(where(is.factor), fct_na_value_to_level, level =
"(manquant)")`.
Caused by warning:
! The `...` argument of àcross()` is deprecated as of dplyr 1.1.0.
Supply arguments directly to `.fns` through an anonymous function instead.
# Previously
across(a:b, mean, na.rm = TRUE)
# Now
across(a:b, \(x) mean(x, na.rm = TRUE))
d3_modalite_manquant |> nrow()
[1] 2000
d3_modalite_manquant |> questionr::freq.na()
666
missing %
sexe 0 0
groupe_ages 0 0
nivetud 0 0
hard.rock 0 0
lecture.bd 0 0
peche.chasse 0 0
cuisine 0 0
bricol 0 0
cinema 0 0
sport 0 0
Pour ne conserver que l’ensemble des observations com-

plètes (i.e. sans valeur manquante), on pourra avoir recours
tidyr::drop_na().
d3_obs_completes <- d3 |>

tidyr::drop_na()
d3_obs_completes |> nrow()
[1] 1888
d3_obs_completes |> questionr::freq.na()
missing %
sexe 0 0
groupe_ages 0 0
nivetud 0 0
hard.rock 0 0
lecture.bd 0 0
peche.chasse 0 0
cuisine 0 0
bricol 0 0
cinema 0 0
sport 0 0
Une alternative est offerte par le package {GDAtools} qui im-

plémente une ACM spécifique permettant de neutraliser cer-
taines modalités dans la construction de l’espace factoriel, tout
667
en conservant l’ensemble des individus. Les valeurs manquantes
sont automatiquement considérées comme des modalités à ne
pas tenir compte. Mais il est également possible d’indiquer
d’autres modalités à ignorer (voir le tutoriel du package).
acm3_spe <- GDAtools::speMCA(d3)
Si les fonctions de {factorextra} ne sont pas compatibles avec

{GDAtools}, on peut tout à fait utiliser {explor}. De plus,
{GDAtools} fournit directement plusieurs outils de visualisa-
tion avancée et d’aide à l’interprétation des résultats.
39.5 webin-R
L’analyse factorielle est présentée sur YouTube dans le webin-R

#11 (Analyse des Correspondances Multiples (ACM)).
https://youtu.be/fIZblrfenz0
39.6 Lectures additionnelles
• Visualiser une analyse géométrique des données avec gg-

plot2 (R/RStudio) par Anton Perdoncin
• Exploration interactive de résultats d’ACP/ACM avec
explor par Julien Barnier
• Analyse des correspondances multiples (ACM ou AFCM)
avec FactoMineR (Vidéo YouTube) par François Husson
(l’un des auteurs de FactoMineR)
• L’analyse géométrique des données avec GDAtools par Ni-
colas Robette
• Tuto@Mate #32 : Les Analyses Factorielles Multiples
(AFM) par Maelle Amand
668
40 Classification ascendante
hiérarchique
Il existe de nombreuses techniques statistiques visant à parti-

nionner une population en différentes classes ou sous-groupes.
La classification ascendante hiérarchique (CAH) est l’une
d’entre elles. On cherche à ce que les individus regroupés au
sein d’une même classe (homogénéité intra-classe) soient le
plus semblables possibles tandis que les classes soient le plus
dissemblables (hétérogénéité inter-classe).
Le principe de la CAH est de rassembler des individus selon un
critère de ressemblance défini au préalable qui s’exprimera sous
la forme d’une matrice de distances, exprimant la distance exis-
tant entre chaque individu pris deux à deux. Deux observations
identiques auront une distance nulle. Plus les deux observa-
tions seront dissemblables, plus la distance sera importante. La
CAH va ensuite rassembler les individus de manière itérative
afin de produire un dendrogramme ou arbre de classification.
La classification est ascendante car elle part des observations
individuelles ; elle est hiérarchique car elle produit des classes
ou groupes de plus en plus vastes, incluant des sous-groupes en
leur sein. En découpant cet arbre à une certaine hauteur choisie,
on produira la partition désirée.
40.1 Calculer une matrice des distances
La notion de ressemblance entre observations est évaluée

par une distance entre individus. Plusieurs type de distances
existent selon les données utilisées.
Il existe de nombreuses distances mathématiques pour les
variables quantitatives (euclidiennes, Manhattan…) que nous
n’aborderons pas ici59 . La plupart peuvent être calculées avec 59
Pour une présentation des proprié-
tés mathématiques des distances et
des distances les lus courantes, on
pourra se référer à la page Wikipedia
correspondance.
669
la fonction stats::dist().
Usuellement, pour un ensemble de variables qualitatives, on
aura recours à la distance du Φ² qui est celle utilisée pour
l’analyse des correspondances multiples (cf. Chapitre 39). Avec
l’extension {ade4}, la distance du Φ² s’obtient avec la fonc-
tion ade4::dist.dudi()60 . Le cas particulier de la CAH avec 60
Cette même fonction peut aussi
l’extension {FactoMineR} sera abordée un peu plus loin. être utilisée pour calculer une dis-
tance après une analyse en compo-
Nous évoquerons également la distance de Gower qui peut santes principales ou une analyse
s’appliquer à un ensemble de variables à la fois qualita- mixte de Hill et Smith.
tives et quantitatives et qui se calcule avec la fonction
cluster::daisy() de l’extension {cluster}.
Il existe bien entendu d’autres types de distance. Par exemple,
dans le chapitre sur l’analyse de séquences, nous verrons com-
ment calculer une distance entre séquences, permettant ainsi
de réaliser une classification ascendante hiérarchique.
40.1.1 Distance de Gower
En 1971, Gower a proposé un indice de similarité qui porte son

nom61 . L’objectif de cet indice consiste à mesurer dans quelle 61
Voir Gower, J. (1971). A General
mesure deux individus sont semblables. L’indice de Gower varie Coefficient of Similarity and Some of
Its Properties. Biometrics, 27(4), 857-
entre 0 et 1. Si l’indice vaut 1, les deux individus sont identiques.
871. doi:10.2307/2528823 (http://ww
À l’opposé, s’il vaut 0, les deux individus considérés n’ont pas de w.jstor.org/stable/2528823).
point commun. Si l’on note 𝑆𝑔 l’indice de similarité de Gower,
la distance de Gower 𝐷𝑔 s’obtient simplement de la manière
suivante : 𝐷𝑔 = 1 − 𝑆𝑔 . Ainsi, la distance sera nulle entre deux
individus identiques et elle sera égale à 1 entre deux individus
totalement différents. Cette distance s’obtient sous R avec la
fonction cluster::daisy() du package {cluster}.
L’indice de similarité de Gower entre deux individus x1 et x2 se
calcule de la manière suivante :
𝑝
1
𝑆𝑔 (𝑥1 , 𝑥2 ) = ∑ 𝑠12𝑗
𝑝 𝑗=1
𝑝 représente le nombre total de caractères (ou de variables) des-

criptifs utilisés pour comparer les deux individus62 . 𝑠12𝑗 repré- 62
Pour une description mathéma-
tique plus détaillée de cette fonction,
notamment en cas de valeur man-
quante, se référer à l’article original
de Gower précédemment cité.
670
sente la similarité partielle entre les individus 1 et 2 concernant
le descripteur 𝑗. Cette similarité partielle se calcule différem-
ment s’il s’agit d’une variable qualitative ou quantitative :
• variable qualitative : 𝑠12𝑗 vaut 1 si la variable 𝑗 prend

la même valeur pour les individus 1 et 2, et vaut 0 sinon.
Par exemple, si 1 et 2 sont tous les deux « grand », alors
𝑠12𝑗 vaudra 1. Si 1 est « grand » et 2 « petit », 𝑠12𝑗 vaudra
0.
• variable quantitative : la différence absolue entre les
valeurs des deux variables est tout d’abord calculée, soit
|𝑦1𝑗 − 𝑦2𝑗 |. Puis l’écart maximum observé sur l’ensemble
du fichier est déterminé et noté 𝑅𝑗 . Dès lors, la similarité
partielle vaut 𝑠12𝑗 = 1 − |𝑦1𝑗 − 𝑦2𝑗 |/𝑅𝑗 .
Dans le cas où l’on n’a que des variables qualitatives, la valeur

de l’indice de Gower correspond à la proportion de caractères
en commun. Supposons des individus 1 et 2 décris ainsi :
1. homme / grand / blond / étudiant / urbain

2. femme / grande / brune / étudiante / rurale
Sur les 5 variables utilisées pour les décrire, 1 et 2 ont deux ca-
ractéristiques communes : ils sont grand(e)s et étudiant(e)s. Dès
lors, l’indice de similarité de Gower entre 1 et 2 vaut 2/5 = 0,4
(soit une distance de 1 − 0,4 = 0,6).
Plusieurs approches peuvent être retenues pour traiter les va-
leurs manquantes :
• supprimer tout individu n’étant pas renseigné pour toutes

les variables de l’analyse ;
• considérer les valeurs manquantes comme une modalité
en tant que telle ;
• garder les valeurs manquantes en tant que valeurs man-
quantes.
Le choix retenu modifiera les distances de Gower calculées. Sup-

posons que l’on ait :

2. femme / grande / brune / étudiante / manquant
671
Si l’on supprime les individus ayant des valeurs manquantes,
2 est retirée du fichier d’observations et aucune distance n’est
calculée.
Si l’on traite les valeurs manquantes comme une modalité
particulière, 1 et 2 partagent alors 2 caractères sur les
5 analysés, la distance de Gower entre eux est alors de
1 − 2/5 =1 − 0,4 = 0,6.
Si on garde les valeurs manquantes, l’indice de Gower est
dès lors calculé sur les seuls descripteurs renseignés à la fois
pour 1 et 2. La distance de Gower sera calculée dans le cas
présent uniquement sur les 4 caractères renseignés et vaudra
1 − 2/4 = 0,5.
40.1.2 Distance du Φ²
Il s’agit de la distance utilisée dans les analyses de correspon-

dance multiples (ACM). C’est une variante de la distance du
�². Nous considérons ici que nous avons Q questions (soit Q
variables initiales de type facteur). À chaque individu est asso-
cié un patron c’est-à-dire une certaine combinaison de réponses
aux Q questions. La distance entre deux individus correspond
à la distance entre leurs deux patrons. Si les deux individus pré-
sentent le même patron, leur distance sera nulle. La distance
du Φ² peut s’exprimer ainsi :
2 1 (𝛿𝑖𝑘 − 𝛿𝑗𝑘 )2
𝑑Φ 2 (𝐿𝑖 , 𝐿𝑗 ) = ∑
𝑄 𝑘 𝑓𝑘
où 𝐿𝑖 et 𝐿𝑗 sont deux patrons, 𝑄 le nombre total de questions.

𝛿𝑖𝑘 vaut 1 si la modalité 𝑘 est présente dans le patron 𝐿𝑖 , 0
sinon. 𝑓𝑘 est la fréquence de la modalité 𝑘 dans l’ensemble de la
population.
Exprimé plus simplement, on fait la somme de l’inverse des
fréquences des modalités non communes aux deux patrons, puis
on divise par le nombre total de question. Si nous reprenons
notre exemple précédent :
672
2. femme / grande / brune / étudiante / rurale
Pour calculer la distance entre 1 et 2, il nous faut connaître

la proportion des différentes modalités dans l’ensemble de la
population étudiée. En l’occurrence :
• hommes : 52 % / femmes : 48 %
• grand : 30 % / moyen : 45 % / petit : 25 %
• blond : 15 % / châtain : 45 % / brun : 30 % / blanc :
10 %
• étudiant : 20 % / salariés : 65 % / retraités : 15 %
• urbain : 80 % / rural : 20 %
Les modalités non communes entre les profils de 1 et 2 sont :

homme, femme, blond, brun, urbain et rural. La distance du
Φ² entre 1 et 2 est donc la suivante :
2 1 1 1 1 1 1 1
𝑑Φ 2 (𝐿1 , 𝐿2 ) = ( + + + + + ) = 4, 05
5 0, 52 0, 48 0, 15 0, 30 0, 80 0, 20
Cette distance, bien que moins intuitive que la distance de Go-

wer évoquée précédemment, est la plus employée pour l’analyse
d’enquêtes en sciences sociales. Il faut retenir que la distance
entre deux profils est dépendante de la distribution globale de
chaque modalité dans la population étudiée. Ainsi, si l’on recal-
cule les distances entre individus à partir d’un sous-échantillon,
le résultat obtenu sera différent. De manière générale, les indi-
vidus présentant des caractéristiques rares dans la population
vont se retrouver éloignés des individus présentant des caracté-
ristiques fortement représentées.
40.1.3 Illustration
Nous allons reprendre l’exemple utilisé au chapitre précédent

sur l’analyse factorielle (cf. Chapitre 39) et portant sur les loi-
sirs pratiqués par les répondants à l’enquête histoire de vie de
2003.
library(tidyverse)
673
d <- hdv2003 |>
select(hard.rock:sport)
Calculons maintenant une matrice de distances. Il s’agit d’une

grande matrice carrée, avec autant de lignes et de colonnes que
d’observations et indiquant la distance entre chaque individus
pris deux à deux.
La distance de Gower se calcule avec cluster::daisy().
md_gower <- d |>

cluster::daisy(metric = "gower")
Pour la distance du Φ², nous allons d’abord réaliser une ACM

avec ade4::dudi.cm() puis appeler ade4::dist.dudi().
acm_ad <- d |>

ade4::dudi.acm(scannf = FALSE)
md_phi2 <- acm_ad |>
ade4::dist.dudi()
Ď Astuce
La distance du Φ² peut être calculée entre les observations

(ce que nous venons de faire) afin de créer ensuite une ty-
pologie d’individus, mais il est également possible de cal-
culer une distance du Φ² entre les modalités des variables
afin de créer une typologie de variables. Dans ce cas-là, on
appellera ade4::dist.dudi() avec l’option amongrow =
FALSE.
40.2 Calcul du dendrogramme
Il faut ensuite choisir une méthode d’agrégation pour construire

le dendrogramme. De nombreuses solutions existent (saut mini-
mum, distance maximum, moyenne, méthode de Ward…). Cha-
cune d’elle produira un dendrogramme différent. Nous ne dé-
taillerons pas ici ces différentes techniques63 . 63
Les méthodes single, complete, cen-
troid, average et Ward sont présentées
succinctement dans le document Hie-
rarchical Clustering par Fatih Karabi-
ber.
674
Cependant, à l’usage, on privilégiera le plus souvent la méthode
de Ward64 . De manière simplifiée, cette méthode cherche à mini- 64
Ward, J. (1963). Hierarchical
miser l’inertie intra-classe et à maximiser l’inertie inter-classe Grouping to Optimize an Objective
Function. Journal of the American
afin d’obtenir des classes les plus homogènes possibles. Cette
Statistical Association, 58(301), 236-
méthode est souvent incorrectement présentée comme une mé- 244. doi:10.2307/2282967. (h t tp : / /
thode de minimisation de la variance alors qu’au sens strict www.jstor.org/stable/2282967)
Ward vise l’augmentation minimum de la somme des carrés
(“minimum increase of sum-of-squares (of errors)”)65 . 65
Voir par exemple la discussion, en
anglais, sur Wikipedia concernant la
En raison de la variété des distances possibles et de la variété page présentant la méthode Ward : ht
des techniques d’agrégation, on pourra être amené à réaliser tps://en.wikipedia.org/wiki/Talk:
plusieurs dendrogrammes différents sur un même jeu de don- Ward%27s_method
nées jusqu’à obtenir une classification qui fait « sens ».
La fonction de base pour le calcul d’un dendrogramme est
stats::hclust() en précisant le critère d’agrégation avec
method. Dans notre cas, nous allons opter pour la méthode de
Ward appliquée au carré des distances (ce qu’on indique avec
method = "ward.D2"66 ) : 66
L’option method = "ward.D" cor-
respondant à la méthode de Ward
sur la matrice des distances simples
arbre_phi2 <- md_phi2 |>
(i.e. sans la passer au carré). Mais il
hclust(method = "ward.D2") est à noter que la méthode décrite par
Ward dans son article de 1963 corres-
pond bien à method = "ward.D2".
Ď Astuce
Le temps de calcul d’un dendrogramme peut être particu-

lièrement important sur un gros fichier de données. Le pa-
ckage {fastcluster} permet de réduire significativement
ce temps de calcul. Elle propose une version optimisée de
hclust() (les arguments sont identiques).
Il suffira donc de charger {fastcluster} pour surchar-
ger la fonction hclust(), ou bien d’appeler explicitement
fastcluster::hclust().
arbre_gower <- md_gower |>

fastcluster::hclust(method = "ward.D2")
675
Ĺ Note
Le dendrogramme peut également être calculé avec la fonc-

tion cluster::agnes(). Cependant, à l’usage, le temps
de calcul peut être plus long qu’avec hclust().
Les noms des arguments sont légèrement différents. Pour
la méthode de Ward appliquée au carré de la matrice
des distance, on précisera à cluster::agnes() l’option
method = "ward".
Le résultat obtenu n’est pas au même format que celui de
stats::hclust(). Il est possible de transformer un ob-
jet cluster::agnes() au format stats::hclust() avec
cluster::as.hclust().
40.2.1 Représentation graphique du dendrogramme
Pour une représentation graphique rapide du dendrogramme,

on peut directement plot(). Lorsque le nombre d’individus est
important, il peut être utile de ne pas afficher les étiquettes des
individus avec labels = FALSE.
arbre_gower |>
plot(labels = FALSE, main = "Dendrogramme (distance de Gower)")
676
Dendrogramme (distance de Gower)
8
6
Height
4
2
0
md_gower
fastcluster::hclust (*, "ward.D2")
Figure 40.1: Représentation graphique du dendrogramme avec

plot()
Pour une représentation graphique un peu plus propre (et

avec plus d’options que nous verrons plus loin), nous pou-
vons avoir recours à factoextra::fviz_dend() du package
{factoextra}. Le temps de calcul du graphique est par contre
sensible plus long.
arbre_gower |>
factoextra::fviz_dend(show_labels = FALSE) +
ggplot2::ggtitle("Dendrogramme (distance de Gower)")
677
Dendrogramme (distance de Gower)
7.5
5.0
Height
2.5
0.0

fviz_dend()
Il existe d’autres packages offrant des visualisations avancées

pour les dendrogrammes. Citons notamment le package
{ggdendro} et surtout {dendextend} qui est très complet.
40.3 Découper le dendrogramme
Pour obtenir une partition de la population, il suffit de décou-

per le dendrogramme obtenu à une certaine hauteur. Cela aura
pour effet de découper l’échantillon en plusieurs groupes, i.e. en
plusieurs classes.
40.3.1 Classes obtenues avec la distance de Gower
En premier lieu, il est toujours bon de prendre le temps

d’observer de la forme des branches du dendrogramme. Re-
prenons le dendrogramme obtenu avec la distance de Gower
(Figure 40.2). Nous recherchons des branches qui se distinguent
clairement, c’est-à-dire avec un saut marqué sous la branche.
Ici, nous avons tout d’abord deux groupes bien distincts qui
apparaissent. Chacune des deux premières branches se sépare
678
ensuite en deux branches bien visibles, suggérant une possible
classification en 4 groupes.
Nous pouvons l’impact d’un découpage avec factoextra::fviz_dend()
en précisant k = 4 pour lui indiquer de colorer un découpage
en 4 classes. On peut optionnellement ajouter rect = TRUE
pour dessiner des rectangles autour de chaque classe.
arbre_gower |>
factoextra::fviz_dend(
show_labels = FALSE,
k = 4,
rect = TRUE
) +
ggplot2::ggtitle("Dendrogramme découpé en 4 classes (distance de Gowver)")
Dendrogramme découpé en 4 classes (distance de Gowver)
7.5
5.0
Height
2.5
0.0

fviz_dend()
Pour nous aider dans l’analyse du dendrogramme, il est possible

de représenter graphiquement les sauts d’inertie (i.e. de la hau-
teur des branches) au fur-et-à-mesure que l’on découpe l’arbre
en un nombre de classes plus important. Nous pouvons égale-
ment considérer la perte absolue d’inertie (l’écart de hauteur
entre le découpage précédent et le découpage considéré) voire
679
la perte relative (i.e. la perte absolue exprimée en pourcentage
de la hauteur précédente). {FactoMineR} (que nous aborderons
un peu plus loin) suggère par défaut la partition correspondant
à la plus grande perte relative d’inertie (the one with the higher
relative loss of inertia).
Pour faciliter les choses, voici deux petites fonctions
que vous pouvez recopier / adapter dans vos scripts.
get_inertia_from_tree() calcule l’inertie à chaque niveau,
ainsi que les pertes absolues et relatives. plot_inertia_from_tree()
en propose une représentation graphique.
get_inertia_from_tree <- function(tree, k_max = 15) {

if (inherits(tree, "HCPC"))
tree <- tree$call$t$tree
if (!inherits(tree, "hclust"))
tree <- as.hclust(tree)
inertia <- tree$height |>
sort(decreasing = TRUE) |>
head(k_max)
prev_inertia <- dplyr::lag(inertia)
dplyr::tibble(
k = seq_along(inertia),
inertia = inertia,
absolute_loss = inertia - prev_inertia,
relative_loss = (inertia - prev_inertia) / prev_inertia
)
}
plot_inertia_from_tree <- function(tree, k_max = 15) {

d <- get_inertia_from_tree(tree, k_max)
p_inertia <-
ggplot2::ggplot(d) +
ggplot2::aes(x = k, y = inertia) +
ggplot2::geom_step() +
ggplot2::ylab("Inertia")
p_absolute <-
ggplot2::aes(x = k, y = absolute_loss) +
ggplot2::geom_bar(stat = "identity", fill = "#4477AA") +
680
ggplot2::ylab("Absolute loss")
p_relative <-
ggplot2::aes(x = k, y = relative_loss) +
ggplot2::geom_line(color = "#AA3377") +
ggplot2::geom_point(size = 3, color = "#AA3377") +
ggplot2::scale_y_continuous(label = scales::percent) +
ggplot2::ylab("Relative loss")
patchwork::wrap_plots(
p_inertia,
p_absolute,
p_relative,
ncol = 1
) &
ggplot2::theme_light() &
ggplot2::xlab("Number of clusters") &
breaks = d$k,
minor_breaks = NULL,
limits = c(1, k_max)
)
}
Voyons ce qu’on obtient.
arbre_gower |>
plot_inertia_from_tree()
681
7.5
Inertia
5.0
2.5
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
0
Absolute loss
−1
−2
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
0%
Relative loss
−10%
−20%
−30%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
Figure 40.4: Inertie, perte absolue et perte relative d’inertie

pour différents découpages en classes (distance de
Gower)
Dans cet exemple, nous pouvons voir qu’un découpage en deux

classes maximise la perte absolue et la perte relative d’inertie.
Mais, pour les besoins de l’analyse, nous pouvons souhaiter un
nombre de classe un peu plus élevé (plus de classes permet
une analyse plus fine, trop de classes rend l’interprétation des
résultats compliqués). Un découpage en 4 classes apparaît sur
ce graphique comme une bonne alternative, voir un découpage
en 6 classes (une lecture du dendrogramme nous permet de voir
que, dans cet exemple, un découpage en 6 classes reviendrait à
couper en deux les 2 classes les plus larges du découpage en 4
classes).
Pour découper notre dendrogramme et récupérer la classifi-
cation, nous appliquerons la fonction cutree() au dendro-
682
gramme, en indiquant le nombre de classes souhaitées67 . 67
Ici, nous pouvons ajouter le ré-
sultat obtenu directement à notre ta-
bleau de données hdv2003 dans la me-
hdv2003$typo_gower_4classes <- arbre_gower |>
sure où, depuis le début de l’analyse,
cutree(4) l’ordre des lignes n’a jamais changé à
aucune étape de l’analyse.
Nous pouvons rapidement faire un tri à plat avec gtsummary::tbl_summary().
library(gtsummary)
theme_gtsummary_language("fr", decimal.mark = ",")
hdv2003 |>
tbl_summary(include = typo_gower_4classes)

Table 40.1: Distribution de la typologie en 4 classes obtenues à

partir de la distance de Gower
typo_gower_4classes
1 837 (42%)
2 636 (32%)
3 172 (8,6%)
4 355 (18%)
Nous obtenons deux classes principales regroupant chacune

plus du tiers de l’échantillon, une troisième classe regroupant
presque un cinquième et une dernière classe avec un peu moins
de 9 % des individus.
40.3.2 Classes obtenues à partir de l’ACM (distance

du Φ²)
Pour découper l’arbre obtenu à partir de l’ACM, nous allons

procéder de la même manière. D’abord, jetons un œil au den-
drogramme.
683
arbre_phi2 |>
factoextra::fviz_dend(show_labels = FALSE) +
ggplot2::ggtitle("Dendrogramme (distance du Phi²)")
Dendrogramme (distance du Phi²)

25
20
15
Height
10
Figure 40.5: Représentation graphique du dendrogramme issu

de l’ACM
Ĺ Note
Le dendrogramme obtenu est ici bien différent. Cela est

lié au fait que les deux distances traitent différemment les
modalités atypiques. En effet, la distance du Φ² prend en
compte la fréquence de chaque modalité dans l’ensemble
de l’échantillon. De fait, les modalités très peu représen-
tées dans l’échantillon se retrouvent très éloignées des
autres et la CAH aura tendance à isoler les individus aty-
piques. À l’inverse, la distance de Gower est indépendante
de la fréquence de chaque modalité dans l’échantillon. De
fait, plutôt que d’isoler les individus atypiques, une CAH
basée sur la distance de Gower aura plutôt tendance à
les associer aux autres à partir de leurs autres caractéris-
tiques, aboutissant à des classes plus équilibrées.
Il n’y a pas une approche meilleure que l’autre. Tout dé-
pend des questions de recherche que l’on se posent et de
684
ce que l’on souhaite faire émerger.
Comme nous pouvons le voir, dès le début du dendrogramme,

l’arbre se divise rapidement en 5 branches puis il y a un
saut relativement marqué. Nous pouvons confirmer cela avec
plot_inertia_from_tree().
arbre_phi2 |>
25
20
Inertia
15
10
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
−2
Absolute loss
−4
−6
−8
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
0%
Relative loss
−10%
−20%
−30%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters

pour différents découpages en classes (distance de
Phi²)
Cela confirme un découpage optimal en 5 classes. Regardons la

distribution de cette typologie.
685
hdv2003$typo_phi2_5classes <- arbre_phi2 |>
cutree(5)
hdv2003 |>
tbl_summary(include = typo_phi2_5classes)

Table 40.2: Distribution de la typologie en 5 classes obtenues à

partir de la distance du Phi²
typo_phi2_5classes
1 1 010 (51%)
2 713 (36%)
3 216 (11%)
4 14 (0,7%)
5 47 (2,4%)
Sur les 5 classes, deux sont très atypiques puisqu’elles ne

réunissent que 0,7 % et 2,4 % de l’échantillon. À voir si cela est
problématique pour la suite de l’analyse. Au besoin, nous pour-
rions envisager de fusionner les classes 4 et 5 avec la classe 2
avec laquelle elles sont plus proches selon le dendrogramme.
Il est possible de visualiser la répartition de la typologie dans
le plan factoriel avec factoextra::fviz_mca_ind() et en pas-
sant la typologie à habillage.
acm_ad |>
habillage = hdv2003$typo_phi2_5classes,
addEllipses = TRUE,
geom.ind = "point",
alpha.ind = 0.1
)
686
Individuals − MCA
1.5
1.0
Groups
Dim2 (15.4%)
0.5 1
2
0.0 3
4
−0.5
5
−1.0
−2 −1 0 1
Dim1 (21.2%)
Figure 40.7: Projection de la typologie dans le plan factoriel de

l’ACM
Nous voyons que les classes 1, 2 et 3 séparent bien les individus

au niveau du plan factoriel. Les deux classes atypiques 4 et 5,
quant à elles, sont diffuses sur les deux premiers axes, suggérant
qu’elles capturent des différences observables sur des axes de
niveau supérieur.
Ĺ Note
Il existe de multiples autres indicateurs statistiques cher-

chant à mesurer la qualité de chaque partition. Pour
cela, on pourra par exemple avoir recours à la fonc-
tion WeightedCluster::as.clustrange() de l’extension
{WeightedCluster}.
Pour plus d’informations, voir le manuel de la librairie
WeightedCluster, chapitre 7.
WeightedCluster::as.clustrange(arbre_phi2, md_phi2) |> plot()
Registered S3 method overwritten by 'vegan':

method from
rev.hclust dendextend
687
PBC ( 0.27 / 0.51 )
HG ( 0.42 / 0.97 )
0.8
HGSD ( 0.42 / 0.97 )

Indicators
ASW ( 0.25 / 0.89 )

ASWw ( 0.25 / 0.89 )
0.4
R2 ( 0.12 / 0.9 )
R2sq ( 0.15 / 0.94 )
HC ( 0 / 0.29 )
0.0
5 10 15 20
N clusters
On pourra également lire Determining The Optimal Num-

ber Of Clusters: 3 Must Know Methods par Alboukadel
Kassambara, l’un des auteurs du package {factoextra}.
40.4 Calcul de l’ACM et de la CAH avec

FactoMineR
Le package {FactoMineR} permet lui aussi de réaliser une CAH

à partir d’une ACM via la fonction FactoMineR::HCPC() qui
réalise les différentes opérations en une seule fois.
FactoMineR::HCPC() réalise à la fois le calcul de la matrice des
distances, du dendrogramme et le partitionnement de la popu-
lation en classes. Par défaut, FactoMineR::HCPC() calcule le
dendrogramme à partir du carré des distances du Φ² et avec la
méthode de Ward. Si l’on ne précise rien, FactoMineR::HCPC()
détermine une partition optimale selon le critère de la plus
perte relative d’inertie évoqué plus haut68 . La fonction prend 68
Plus précisément si graph =
en entrée une analyse factorielle réalisée avec {FactoMineR}. FALSE ou si nb.clust = -1. Si graph
= TRUE et nb.clust = 0 (valeurs par
Le paramètre min permet d’indiquer un nombre minimum de
défaut), la fonction affichera un den-
classes. drogramme interactif et l’utilisateur
devra cliquer au niveau de la hauteur
acm_fm <- FactoMineR::MCA(d, graph = FALSE) où il souhaite réaliser la découpe.
cah_fm <- FactoMineR::HCPC(acm_fm, graph = FALSE, min = 3)
688
Nous pouvons directement passer le résultat de FactoMineR::HCPC()
à factoextra::fviz_dend() pour visualiser le dendrogramme,
qui sera d’ailleurs automatiquement colorié à partir de la par-
tition recommandée par FactoMineR::HCPC().
cah_fm |>
factoextra::fviz_dend(show_labels = FALSE)
Cluster Dendrogram
0.15
0.10
Height
0.05
0.00

de l’ACM réalisée avec FactoMineR
Nous obtenons ici un découpage en 6 classes qui correspond bien

à la plus grand perte relative d’inertie comme nous pouvons
le vérifier avec plot_inertia_from_tree() qui accepte égale-
ment en entrée un objet produit par FactoMineR::HCPC().
cah_fm |>
689
0.15
0.10
Inertia
0.05
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
0.00
Absolute loss
−0.02
−0.04
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters
0%
Relative loss
−20%
−40%
−60%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Number of clusters

pour différents découpages en classes à partir du
résultat de HCPC()
Par contre, le dendrogramme obtenu diffère de celui que nous

avions eu précédemment avec {ade4} (cf. Figure 40.5). Cela
est dû au fait que FactoMineR::HCPC() procède différemment
pour calculer la matrice des distances en ne prenant en compte
que les axes retenus dans le cadre de l’ACM.
Pour rappel, par défaut, FactoMineR::MCA() ne retient que
les 5 premiers axes de l’espace factoriel. FactoMineR::HCPC()
n’a donc pris en compte que ces 5 premiers axes pour calcu-
ler les distances entre les individus, considérant que les autres
axes n’apportent que du « bruit » rendant la classification in-
stable. Comme le montre summary(acm_fm), nos cinq premiers
axes n’expliquent que 78 % de la variance. On considère usuel-
lement préférable de garder un plus grande nombre d’axes afin
690
de couvrir au moins 80 à 90 % de la variance.
De son côté, ade4::dist.dudi() prends en compte l’ensemble
des axes pour calculer la matrice des distances. On peut repro-
duire cela avec {FactoMineR} en indiquant ncp = Inf lors du
calcul de l’ACM.
acm_fm2 <- FactoMineR::MCA(d, graph = FALSE, ncp = Inf)

cah_fm2 <- FactoMineR::HCPC(acm_fm2, graph = FALSE, min = 3)
cah_fm2 |>
factoextra::fviz_dend(show_labels = FALSE)
Cluster Dendrogram
0.15
0.10
Height
0.05
0.00

de l’ACM réalisée avec FactoMineR avec prise en
compte de l’ensemble des axes
Nous retrouvons alors le même résultat que celui obtenu avec

{ade4} et un découpage en 5 classes.
À noter que {FactoMineR} propose une visualisation en 3 di-
mensions du dendrogramme projeté sur le plan factoriel.
cah_fm2 |>
plot()
691
Hierarchical clustering on the factor map
cluster 1
cluster 2
cluster 3
Dim 2 (15.43%)
0.000.050.100.150.20
cluster 4
cluster 5
height
1.5
1.0
88 1066
1076
1918
1732
1711
1543
1513
1479
1420
1176
1169
1159
801
777
697
571
563
548
532
423
406
366
343
290
228
120
68
33 1997
1904
1901
1841
1836
1806
1779
1745
1604
1489
1215
1147
1146
1114
1067
966
911
853
830
800
708
597
487
353
267
160
81032
1909
1893
1510
1273 1987
1866
1810
1503
1003
9981400
934
924
894
832
713
659
628
600
139 281784 1250
479
420
393
326
323 0.5
28 1009
1941
1929
1715
1553
1493
1477
1468
1437
1334
1228
1144
996
984
919
837
811
734
609
481
446
390
355
241
218
206
164
127
26 1785
1684
1488
1486
1463
1362
914
731
730
524
521
234
192
118
116
47
71330
1609
1590 1967
1957
1882
1033
818
605
470
199
158
1913
1832
1448
1283
1071
9131069
513
2771853
1761
1583
1415
1409
920
842
590
555938
819
510
40597
1027 98 1272
1758
1576
1266
1171
916
786
362
349
327
261
258
120569 1871
1782
1780
1678
1645
1641
1447
808
739
650
436
359
335
282
30 1121
0.0
1657
1461
1164
1087
431
41 905 1099
1877
1560
903
746
461
407
908 1354 1937
492
1979
1966
1950
1944
1938
1936
1935
1933
1924
1905
1879
1872
1844
1842
1840
1837
1826
1823
1801
1798
1789
1769
1756
1750
1746
1731
1730
1725
1723
1719
1718
1716
1702
1697
1664
1658
1655
1644
1633
1622
1614
1612
1591
1589
1582
1581
1575
1569
1558
1549
1531
1518
1509
1499
1498
1497
1490
1487
1456
1445
1438
1432
1423
1411
1408
1402
1399
1378
1358
1355
1350
1343
1338
1332
1331
1329
1277
1271
1269
1263
1258
1230
1206
1193
1187
1186
1152
1143
1135
1132
1125
1122
1084
1075
1068
1060
1055
1051
1040
1034
1024
1018
1016
1013
1011
993
976
958
949
948
945
940
918
869
841
826
822
820
813
806
795
793
775
753
751
749
742
736
732
727
702
668
657
654
643
641
636
615
602
595
594
593
582
557
519
518
514
509
501
491
463
429
410
408
400
396
392
369
328
320
315
303
297
286
285
283
276
275
256
249
238
236
227
226
225
224
223
217
216
212
210
207
193
175
155
152
144
106
13
99
76
60
56
52
48
27
1 90 1035
1996
1970
1965
1958
1952
1894
1881
1868
1864
1863
1851
1848
1816
1804
1788
1786
1773
1744
1739
1735
1726
1724
1722
1705
1687
1668
1646
1621
1606
1546
1541
1537
1535
1519
1500
1491
1481
1474
1462
1436
1433
1416
1396
1372
1340
1323
1311
1306
1303
1293
1276
1267
1247
1227
1209
1192
1170
1151
1141
1129
1123
1110
1106
1097
1086
1061
1045
1014
1006
1000
999
985
978
968
965
960
917
915
910
895
888
874
865
858
850
844
829
824
814
807
805
802
785
782
765
755
750
716
687
686
682
675
662
656
655
631
625
604
603
577
574
573
540
536
530
527
523
508
502
489
458
432
426
403
402
398
386
381
352
340
325
324
312
305
280
255
247
233
222
195
191
184
179
178
146
117
114
87
77
72
63
46
40
31
29 1980
1973
1926
1906
1898
1849
1827
1807
1796
1794
1760
1717
1700
1698
1636
1624
1587
1574
1572
1545
1495
1475
1459
1417
1404
1370
1361
1352
1347
1344
1326
1292
1256
1231
1221
1214
1198
1196
1188
1153
1139
1095
1070
1054
1049
956
953
941
886
883
867
848
825
815
783
779
773
761
735
729
693
684
674
649
634
623
611
561
499
493
483
480
468
454
342
317
311
296
295
253
240
221
189
186
182
173
153
148
141
95
93
89
82
67
64
21
14
1993
1977
1964
1951
1947
1945
1934
1873
1858
1753
1713
1662
1613
1608
1577
1566
1512
1476
1406
1325
1270
1237
1138
1120
1115
1090
1022
871
838
756
724
709
694
689
610
547
541
472
462
428
298
142
112
110
1963
1930
1891
1886
1860
1846
1778
1734
1733
1699
1696
1682
1676
1649
1639
1630
1626
1571
1525
1523
1422
1419
1386
1368
1348
1313
1265
1243
1217
1199
1177
1112
1048
1044
1037
930
929
909
892
833
823
817
816
792
715
698
695
691
669
559
535
516
414
385
372
371
251
242
239
203
202
187
154
143
140
134
104
103
5184
37
12 692
676
671
572
528
512
503
442
435
433
424
419
417
389
351
254
250
229
201
163
100
75
11
851
627731041
1968
1943
1892
1880
1854
1824
1797
1791
1742
1694
1671
1643
1617
1585
1579
1561
1555
1552
1507
1431
1395
1389
1337
1268
1185
1178
1165
1131
1107
975
946
936
931
912
866
718
701
647
644
613
560
546
538
533
517
515
482
437
350
274
102
1991
1982
1903
1835
1811
1809
1757
1674
1629
1594
1520
1505
1502
1483
1478
1458
1451
1444
1397
1387
1333
1281
1279
1254
1248
1167
1157
1154
1149
1104
1102
1028
1002
1001
994
964
943
897
887
875
872
868
863
799
757
743
700
69661
431736
1663
1580
552
440
789
1990
1985
1959
1949
1939
1928
1915
1855
1838
1818
1795
1781
1737
1729
1704
1703
1693
1686
1661
1652
1647
1557
1556
1547
1539
1530
1521
1514
1469
1455
1450
1428
1427
1382
1380
1371
1345
1328
1309
1304
1300
1290
1287
1226
1224
1219
1208
1197
1190
1166
1142
1118
1074
1063
1062
1056
991
982
907
900
899
898
889
862
855
843
831
774
770
748
722
705
704
703
683
673
672
652
648
640
629
598
596
581
576
542
506
504
496
494
484
469
467
455
450
416
409
373
313
291
279
271
263
252
232
211
208
198
183
176
174
169
168
85
79
35
18
17
4 −0.5
1989
1976
1975
1974
1961
1953
1948
1942
1940
1922
1920
1919
1916
1910
1902
1900
1888
1861
1859
1857
1845
1829
1820
1817
1815
1814
1803
1802
1800
1784
1776
1767
1755
1754
1741
1728
1727
1720
1712
1708
1707
1692
1691
1690
1688
1685
1683
1680
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421
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367
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306
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1981
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190
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300
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128
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70
15
2000
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1100
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477
466
451
401
395
394
384
376
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307
215
205
204
180
171
125
94
66
25
23 80
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2
1005
1710
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1751
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1136
880
147 1994
1986
1695
1648
923−1.0
−1.0 −0.5 0.0 933
0.5 1932
1856
1673
11501.0109
488
330 1.5
Dim 1 (21.22%)
Figure 40.11: Représentation en 3 dimensions du dendro-

gramme sur le plan factoriel
Notons également l’option choice = "tree" qui propose

une représentation du dendrogramme, avec des rectangles
indiquant le découpage optimal et une vignette présentant
l’inertie à chaque découpage.
cah_fm2 |>
plot(choice = "tree")
692
Height
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258
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1957
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1732
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1159
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8
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1901
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1066
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800
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160
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1929
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481
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390
355
241
218
206
164
127
26
28
7
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1684
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1486
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1009
914
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730
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521
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118
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431
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590
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1966
1950
1944
1938
1936
1935
1933
1924
1905
1879
1872
1844
1842
1840
1837
1826
1823
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1789
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1702
1697
1664
1658
1655
1644
1633
1622
1614
nommer les classes.

1612
1591
1589
1582
1581
1575
1569
1558
1549
1531
1518
1509
1499
1498
1497
1490
1487
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1411
1408
1402
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1378
1358
1355
1350
1343
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1331
1329
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1271
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1263
1258
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1187
1186
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1122
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1013
1011
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948
945
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760
741
721
690
661
646
621
617
575
569
554
549
531
529
511
474
388
363
347
310
272
268
244
219
194
190
172
121
58
105
2
10
6
1988
1946
1911
1875
1874
1831
1812
1787
1774
1768
1721
1701
1660
1638
1627
1618
1607
1600
1596
1595
1554
1550
1524
1492
1467
1465
1457
1439
1430
1384
1376
1373
1367
1357
1310
1262
1261
1255
1222
1201
1180
1168
1162
1128
1126
1108
1100
1088
1079
1058
1057
1019
1007
967
963
927
840
810
766
747
726
707
681
679
670
616
612
539
473
465
453
445
427
415
404
380
379
378
377
360
358
341
337
294
292
273
264
243
209
197
145
132
115
92
55
20
38
4
1990
1985
1959
1949
1939
1928
1915
1855
1838
1818
1795
1781
1737
1729
1704
1703
1693
1686
1661
1652
1647
1557
1556
1547
1539
1530
1521
1514
1469
1455
1450
1428
1427
1382
1380
1371
1345
1328
1309
1304
1300
1290
1287
1226
1224
1219
1208
1197
1190
1166
1142
1118
1074
1063
1062
1056
991
982
907
900
899
898
889
862
855
843
831
774
770
748
722
705
704
703
683
673
672
652
648
640
629
598
596
581
576
542
506
504
496
494
484
469
467
455
450
416
409
373
313
291
279
271
263
252
232
211
208
198
183
176
174
169
168
85
79
35
17
18
1971
1927
1912
1908
1889
1885
1843
1828
1790
1772
1748
1709
1650
1603
1454
1426
1424
40.5 Caractériser la typologie

1401
1375
1353
1349
1319
1284
1278
1251
1234
1207
1189
1172
1111
1093
1082
1078
1064
1046
1015
1004
973
962
904
885
849
791
781
758
752
733
710
Hierarchical clustering
667
665
642
637
633
583
579
520
476
460
441
425
387
382
375
361
357
354
321
299
287
259
230
161
128
86
71
15
70
1983
1978
1954
1931
1923
1921
1887
1867
1822
1805
1792
1770
1765
1747
1738
1689
1642
1634
1616
1570
1559
1544
1540
1536
1533
1443
1429
1413
1379
1377
1342
1305
1274
1249
1240
1235
1203
1163
1156
1134
1116
1105
1103
1039
1012
983
947
922
906
861
852
846
809
769
699
660
638
618
607
553
477
466
451
401
395
394
384
376
332
307
215
205
204
180
171
125
94
66
23
25
0.00 0.10
objet $call$t$tree puis lui appliquer cutree().

inertia gain
hdv2003$typo_cah_fm2 <- cah_fm2$data.clust$clust

Figure 40.12: Représentation du dendrogramme et de l’inertie
consiste à catégoriser la typologie obtenue et le cas échéant à

Reste le travail le plus important (et parfois le plus difficile) qui
Pour récupérer la classification, on pourra récupérer la colonne
$clust du sous-objet $data.clust du résultat renvoyé par
férentes variables inclues dans l’ACM. Le plus simple est d’avoir

En premier lieu, on peut croiser la typologie obtenue avec les dif-
droit, nous pouvons récupérer le dendrogramme via le sous-
Si l’on a besoin de découper le dendrogramme à un autre en-
recours à gtsummary::tbl_summary(). Par exemple, pour la
typologie obtenue avec la distance de Gower.
hdv2003 |>
tbl_summary(
include = hard.rock:sport,
by = typo_gower_4classes
) |>
bold_labels()

Table 40.3: Description de la typologie en 4 classes à partir de

la distance de Gower
1, N = 2, N = 3, N = 4, N =
hard.rock
Non 837 632 171 346
(100%) (99%) (99%) (97%)
Oui 0 (0%) 4 (0,6%) 1 (0,6%) 9 (2,5%)
lecture.bd
Non 813 613 172 355
(97%) (96%) (100%) (100%)
Oui 24 (2,9%) 23 (3,6%) 0 (0%) 0 (0%)
peche.chasse
Non 806 633 0 (0%) 337
(96%) (100%) (95%)
Oui 31 (3,7%) 3 (0,5%) 172 18 (5,1%)
(100%)
cuisine
Non 532 316 79 (46%) 192
(64%) (50%) (54%)
Oui 305 320 93 (54%) 163
(36%) (50%) (46%)
bricol
694
1, N = 2, N = 3, N = 4, N =
Non 570 317 47 (27%) 213
(68%) (50%) (60%)
Oui 267 319 125 142
(32%) (50%) (73%) (40%)
cinema
Non 831 226 115 2 (0,6%)
(99%) (36%) (67%)
Oui 6 (0,7%) 410 57 (33%) 353
(64%) (99%)
sport
Non 834 2 (0,3%) 86 (50%) 355
(100%) (100%)
Oui 3 (0,4%) 634 86 (50%) 0 (0%)
(100%)
Pour une représentation plus visuelle, on peut également avoir

recours à GGally::ggtable() de {GGally} pour représenter
les résidus du Chi² et mieux repérer les différences. La couleur
bleue indique que la modalité est sur-représentée et la couleur
rouge qu’elle est sous-représentée.
library(GGally)
hdv2003$typo_gower_4classes <- factor(hdv2003$typo_gower_4classes)
ggtable(
hdv2003,
columnsX = "typo_gower_4classes",
columnsY = names(d),
cells = "col.prop",
fill = "std.resid"
) +
labs(fill = "Résidus standardizés du Chi²") +
theme(legend.position = "bottom")
695
typo_gower_4classes
Oui 0.0% 0.6% 0.6% 2.5%
hard.rock
Non 100.0% 99.4% 99.4% 97.5%
Oui 2.9% 3.6% 0.0% 0.0%
lecture.bd
Non 97.1% 96.4% 100.0% 100.0%
peche.chasse
Oui 3.7% 0.5% 100.0% 5.1%
Non 96.3% 99.5% 0.0% 94.9%
Oui 36.4% 50.3% 54.1% 45.9%
cuisine
Non 63.6% 49.7% 45.9% 54.1%
Oui 31.9% 50.2% 72.7% 40.0%
bricol
Non 68.1% 49.8% 27.3% 60.0%
Oui 0.7% 64.5% 33.1% 99.4%

cinema
Non 99.3% 35.5% 66.9% 0.6%
Oui 0.4% 99.7% 50.0% 0.0%

sport
Non 99.6% 0.3% 50.0% 100.0%
1 2 3 4
Figure 40.13: Distribution de la typologie en 4 classes et résidus

du Chi²
Une première lecture nous indique que :
• la première classe rassemble des individus qui n’ont pas

(ou peu) de loisirs ;
• la seconde classe réunit des personnes pratiquant un sport
et ayant souvent une autre activité telle que le cinéma, la
bricolage ou la cuisine ;
696
• la troisième classe réunit spécifiquement les individus pra-
tiquant la chasse ou la pêche ;
• la quatrième classe correspond à des personnes ne prati-
quant pas de sport mais allant au cinéma.
Bien sûr, l’interprétation fine des catégories nécessite un peu

plus d’analyse, de croiser avec la littérature et les hypothèses
des questions de recherche posées, et de croiser la typologie avec
d’autres variables de l’enquête.
Pour la typologie réalisée à partir d’une ACM, nous pourrons
procéder de la même manière. Cependant, si la CAH a été réali-
sée avec FactoMineR::HCPC(), l’objet retourné contient direc-
tement un sous-objet $desc.var donnant une description de la
typologie obtenue.
cah_fm2$desc.var
Link between the cluster variable and the categorical variables (chi-square test)
=================================================================================
p.value df
hard.rock 0.000000e+00 4
lecture.bd 0.000000e+00 4
peche.chasse 0.000000e+00 4
cinema 0.000000e+00 4
sport 1.122743e-38 4
bricol 4.121835e-11 4
cuisine 8.681152e-04 4
Description of each cluster by the categories

=============================================
$`1`
Cla/Mod Mod/Cla Global p.value v.test
cinema=cinema_Non 86.03066 100.00000 58.70 0.000000e+00 Inf
peche.chasse=peche.chasse_Non 56.86937 100.00000 88.80 2.188843e-75 18.372312
sport=sport_Non 61.39389 77.62376 63.85 6.009360e-39 13.054257
lecture.bd=lecture.bd_Non 51.71531 100.00000 97.65 2.518852e-15 7.912690
bricol=bricol_Non 57.10549 64.85149 57.35 6.993497e-12 6.857788
cuisine=cuisine_Non 54.60232 60.49505 55.95 3.566198e-05 4.133925
697
hard.rock=hard.rock_Non 50.85599 100.00000 99.30 5.060286e-05 4.052825
hard.rock=hard.rock_Oui 0.00000 0.00000 0.70 5.060286e-05 -4.052825
cuisine=cuisine_Oui 45.28944 39.50495 44.05 3.566198e-05 -4.133925
bricol=bricol_Oui 41.61782 35.14851 42.65 6.993497e-12 -6.857788
lecture.bd=lecture.bd_Oui 0.00000 0.00000 2.35 2.518852e-15 -7.912690
sport=sport_Oui 31.25864 22.37624 36.15 6.009360e-39 -13.054257
peche.chasse=peche.chasse_Oui 0.00000 0.00000 11.20 2.188843e-75 -18.372312
cinema=cinema_Oui 0.00000 0.00000 41.30 0.000000e+00 -Inf
$`2`
Cla/Mod Mod/Cla Global p.value
peche.chasse=peche.chasse_Oui 96.428571 100.00000 11.20 2.257673e-282
bricol=bricol_Oui 14.536928 57.40741 42.65 4.149911e-06
lecture.bd=lecture.bd_Non 11.059908 100.00000 97.65 4.347616e-03
cinema=cinema_Non 12.265758 66.66667 58.70 1.129267e-02
cinema=cinema_Oui 8.716707 33.33333 41.30 1.129267e-02
lecture.bd=lecture.bd_Oui 0.000000 0.00000 2.35 4.347616e-03
bricol=bricol_Non 8.020924 42.59259 57.35 4.149911e-06
peche.chasse=peche.chasse_Non 0.000000 0.00000 88.80 2.257673e-282
v.test
peche.chasse=peche.chasse_Oui 35.908415
bricol=bricol_Oui 4.603730
lecture.bd=lecture.bd_Non 2.851773
cinema=cinema_Non 2.533509
cinema=cinema_Oui -2.533509
lecture.bd=lecture.bd_Oui -2.851773
bricol=bricol_Non -4.603730
peche.chasse=peche.chasse_Non -35.908415
$`3`
cinema=cinema_Oui 86.31961 100.00000 41.30 0.000000e+00 Inf
peche.chasse=peche.chasse_Non 40.14640 100.00000 88.80 6.154083e-47 14.388011
sport=sport_Oui 52.97372 53.71669 36.15 1.222033e-33 12.088015
lecture.bd=lecture.bd_Non 36.50794 100.00000 97.65 7.397824e-10 6.157337
bricol=bricol_Oui 40.21102 48.10659 42.65 2.493205e-04 3.662957
cuisine=cuisine_Oui 39.38706 48.66760 44.05 2.003812e-03 3.089667
hard.rock=hard.rock_Non 35.90131 100.00000 99.30 2.035491e-03 3.085005
hard.rock=hard.rock_Oui 0.00000 0.00000 0.70 2.035491e-03 -3.085005
cuisine=cuisine_Non 32.70777 51.33240 55.95 2.003812e-03 -3.089667
bricol=bricol_Non 32.25806 51.89341 57.35 2.493205e-04 -3.662957
698
lecture.bd=lecture.bd_Oui 0.00000 0.00000 2.35 7.397824e-10 -6.157337
sport=sport_Non 25.84182 46.28331 63.85 1.222033e-33 -12.088015
peche.chasse=peche.chasse_Oui 0.00000 0.00000 11.20 6.154083e-47 -14.388011
cinema=cinema_Non 0.00000 0.00000 58.70 0.000000e+00 -Inf
$`4`
lecture.bd=lecture.bd_Oui 100.000000 100.00000 2.35 3.168360e-96 20.814956
cinema=cinema_Oui 3.510896 61.70213 41.30 4.803168e-03 2.819946
sport=sport_Oui 3.319502 51.06383 36.15 3.601926e-02 2.096710
sport=sport_Non 1.801096 48.93617 63.85 3.601926e-02 -2.096710
cinema=cinema_Non 1.533220 38.29787 58.70 4.803168e-03 -2.819946
lecture.bd=lecture.bd_Non 0.000000 0.00000 97.65 3.168360e-96 -20.814956
$`5`
hard.rock=hard.rock_Oui 100.0000000 100.00000 0.7 5.569208e-36 12.523271
cinema=cinema_Oui 1.4527845 85.71429 41.3 9.122223e-04 3.316287
cinema=cinema_Non 0.1703578 14.28571 58.7 9.122223e-04 -3.316287
hard.rock=hard.rock_Non 0.0000000 0.00000 99.3 5.569208e-36 -12.523271
Une représentation graphique indiquant les modalités contri-

buant le plus à chaque axe est même directement disponible.
La couleur bleue indique que la modalité est sous-représentée
dans la classe et la couleur rouge qu’elle est sur-représentée69 . 69
Attention à l’interprétation :
ce code couleur est l’inverse de celui
utilisé par GGally::ggtable().
cah_fm2$desc.var |> plot()
699
5
4
3
2
1
cin
em
a=
cin
em
a_
N
on
pe
ch
e.c
ha
ss
e=
pe
ch
40.6 webin-R
e.c
ha
sp ss
or e_
t= N
sp on
or
t_
N
on
le
ctu
re
.b
d=
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N
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buant le plus
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ol_
N
on
cu
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in
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cu
is
in
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N
on
https://youtu.be/Q8adb64NzUI
ha
rd
700
.ro
c k=
ha
rd
.ro
c k_
N
sification Ascendante Hiérarchique).

on
ha
rd
.ro
c k=
ha
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c k_
O
ui
cu
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ch
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ha
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pe
ch
e.c
ha
cin ss
em e_
a= O
cin ui
em
a_
O
ui
La CAH est présentée sur YouTube dans le webin-R #12 (Clas-

Figure 40.14: Représentation graphique des modalités contri-
multinomiale
La régression logistique multinomiale est une extension de la

régression logistique binaire (cf. Chapitre 22) aux variables qua-
litatives à trois modalités ou plus. Dans ce cas de figure, chaque
modalité de la variable d’intérêt sera comparée à une modalité
de référence. Les odds ratio seront donc exprimés par rapport
à cette dernière.
Pour illustrer la régression logistique multinomiale, nous allons

reprendre le jeu de données hdv2003 du package {questionr}
et portant sur l’enquête histoires de vie 2003 de l’Insee.
library(tidyverse)
library(labelled)
d <- hdv2003
Nous allons considérer comme variable d’intérêt la variable

trav.satisf, à savoir la satisfaction ou l’insatisfaction au
travail.
questionr::freq(d$trav.satisf)
n % val%
Satisfaction 480 24.0 45.8
Insatisfaction 117 5.9 11.2
Equilibre 451 22.6 43.0
NA 952 47.6 NA
701
Nous allons choisir comme modalité de référence la position
intermédiaire, à savoir l’« équilibre », que nous allons donc
définir comme la première modalité du facteur.
d$trav.satisf <- d$trav.satisf |> fct_relevel("Equilibre")
Nous allons aussi en profiter pour raccourcir les étiquettes de

la variable trav.imp :
levels(d$trav.imp) <- c("Le plus", "Aussi", "Moins", "Peu")
Enfin, procédons à quelques recodages additionnels :
d <- d |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
"45 et plus")
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
trav.satisf = "Satisfaction dans le travail",
sexe = "Sexe",
702
trav.imp = "Importance accordée au travail"
)
41.2 Calcul du modèle multinomial
Pour calculer un modèle logistique multinomial, nous allons

utiliser la fonction nnet::multinom() de l’extension {nnet}70 . 70
Il existe plusieurs alternatives pos-
La syntaxe de nnet::multinom() est similaire à celle de glm(), sibles : la fonction VGAM::vglm() avec
family = VGAM::multinomial ou en-
le paramètre family en moins.
core mlogit::mlogit(). Ces deux
fonctions sont un peu plus com-
reg <- nnet::multinom( plexes à mettre en œuvre. On
trav.satisf ~ sexe + etudes + groupe_ages + se référera à la documentation de
trav.imp,
data = d chaque package. Le support des
modèles mlogit() et vglm() est
) aussi plus limité dans d’autres pa-
ckages tels que {broom.helpers},
{gtsummary}, {ggstats} ou encore
# weights: 36 (22 variable) {marginaleffects}.
initial value 1151.345679
iter 10 value 977.985279
iter 20 value 971.187398
final value 971.113280
converged
Comme pour la régression logistique binaire, il est possible de

réaliser une sélection pas à pas descendante (cf. Chapitre 23) :
reg2 <- reg |> step()
trying - sexe
trying - etudes
trying - groupe_ages
trying - trav.imp
trying - sexe
trying - etudes
trying - trav.imp
trying - etudes
trying - trav.imp
703
41.3 Affichage des résultats du modèle
Une des particularités de la régression logistique multinomiale

est qu’elle produit une série de coefficients pour chaque moda-
lité de la variable d’intérêt (sauf la modalité de référence). Ici,
nous aurons donc une série de coefficients pour celles et ceux qui
sont satisfaits au travail (comparés à la modalité Équilibre) et
une série de coefficients pour celles et ceux qui sont insatisfaits
(comparés aux aussi à la modalité Équilibre).
La fonction gtsummary::tbl_regression() peut gérer ce type
de modèles, et va afficher les deux séries de coefficients l’une au-
dessus de l’autre. Nous allons indiquer exponentiate = TRUE
car, comme pour la régression logistique binaire, l’exponentielle
des coefficients peut s’interpréter comme des odds ratios.
library(gtsummary)
tbl <- reg2 |>

i Multinomial models have a different underlying structure than the models

gtsummary was designed for. Other gtsummary functions designed to work with
tbl_regression objects may yield unexpected results.
tbl

704
Table 41.1: Tableau des odds ratio de la régression logistique
multinomiale
95% p-
Outcome Caractéristique OR IC valeur
Satisfaction Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 1,05 0,63 – 0,9
1,76
Technique / 1,08 0,67 – 0,7
Professionnel 1,73
Supérieur 2,01 1,24 – 0,005
3,27
1,86
Importance
accordée au travail
Le plus — —
Aussi 1,29 0,56 – 0,5
2,98
Moins 0,84 0,37 – 0,7
1,88
Peu 0,55 0,18 – 0,3
1,64
Insatisfaction
Niveau d’études
Primaire — —
Secondaire 0,91 0,41 – 0,8
1,99
Technique / 1,09 0,54 – 0,8
Professionnel 2,19
Supérieur 1,08 0,51 – 0,8
2,29
Non documenté 0,96 0,18 – >0,9
4,97
Importance
accordée au travail
Le plus — —
Aussi 0,80 0,24 – 0,7
2,69
705
95% p-
Outcome Caractéristique OR IC valeur
Moins 0,59 0,18 – 0,4
1,88
Peu 3,82 1,05 – 0,042
13,9
L’odds ratio du niveau d’étude supérieur pour la modalité satis-

faction est de 2,01, indiquant que les personnes ayant un niveau
d’étude supérieur ont plus de chances d’être satisfait au travail
que d’être à l’équilibre que les personnes de niveau primaire. Par
contre, l’OR est de seulement 1,08 (et non significatif) pour la
modalité Insatisfait indiquant que ces personnes n’ont ni plus
ni moins de chance d’être insatisfaite que d’être à l’équilibre.
On notera au passage un message d’avertissement de
{gtsummary} sur le fait que les modèles multinomiaux n’ont
pas la même structure que d’autres modèles et donc que
certaines fonctionnalités ne sont pas disponibles. C’est le cas
par exemple de gtsummary::add_global_p() pour le calcul
des p-valeurs globales des variables. Pour tester l’effet globale
d’une variable dans le modèle, on aura directement recours à
car::Anova().
reg2 |> car::Anova()
Analysis of Deviance Table (Type II tests)
Response: trav.satisf
etudes 24.211 8 0.002112 **
trav.imp 48.934 6 7.687e-09 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
706
Ď Astuce
La fonction gtsummary::tbl_regression() affiche le ta-

bleau des coefficients dans un format long. Or, il est sou-
vent plus lisible de présenter les coefficients dans un for-
mat large, avec les coefficients pour chaque modalité côte
à côte.
Cela n’est pas possible nativement avec {gtsummary}
mais on pourra éventuellement utiliser la fonction
multinom_pivot_wider() proposée sur GitHub Gist.
Voici son code à recopier dans son script.
multinom_pivot_wider <- function(x) {

# check inputs match expectatations
if (!inherits(x, "tbl_regression") || !inherits(x$model_obj, "multinom")) {
stop("`x=` must be class 'tbl_regression' summary of a `nnet::multinom()` model.")
}
# create tibble of results

df <- tibble::tibble(outcome_level = unique(x$table_body$groupname_col))
df$tbl <-
purrr::map(
df$outcome_level,
function(lvl) {
gtsummary::modify_table_body(
x,
~dplyr::filter(.x, .data$groupname_col %in% lvl) %>%
dplyr::ungroup() %>%
dplyr::select(-.data$groupname_col)
)
}
)
tbl_merge(df$tbl, tab_spanner = paste0("**", df$outcome_level, "**"))

}
Il ne reste plus qu’à l’appliquer au tableau gé-

néré avec gtsummary::tbl_regression(). Attention :
cette fonction n’est compatible qu’avec les modèles
nnet::multinom().
707
tbl |> multinom_pivot_wider()
Warning: Use of .data in tidyselect expressions was deprecated in tidyselect 1.2.0.

i Please use `"groupname_col"` instead of `.data$groupname_col`

708
95% p- 95% p-
Caractéristique
OR IC valeur OR IC valeur
Niveau
d’études
Primaire — — — —
Secondaire 1,05 0,63 0,9 0,91 0,41 0,8
– –
1,76 1,99
Technique / 1,08 0,67 0,7 1,09 0,54 0,8
Profession- – –
nel 1,73 2,19
Supérieur 2,01 1,24 0,005 1,08 0,51 0,8
– –
3,27 2,29
Non 0,58 0,18 0,4 0,96 0,18 >0,9
documenté – –
1,86 4,97
Importance
accordée au
travail
Le plus — — — —
Aussi 1,29 0,56 0,5 0,80 0,24 0,7
– –
2,98 2,69
Moins 0,84 0,37 0,7 0,59 0,18 0,4
– –
1,88 1,88
Peu 0,55 0,18 0,3 3,82 1,05 0,042
– –
1,64 13,9
Pour un graphique des coefficients, on ne peut appeler directe-

ment ggstats::gcoef_model() en raison de la structure diffé-
rente du modèle. Heureusement, {ggstats} propose une fonc-
tion spécifique ggstats::ggcoef_multinom() avec trois types
de visualisation.
709
reg2 |>
ggstats::ggcoef_multinom(
exponentiate = TRUE
)

Secondaire
Supérieur
Non documenté
Importance accordée au travail Le plus

Aussi
Moins
Peu
0.3 1.0 3.0 10.0
OR
Satisfaction Insatisfaction
p = 0.05 p > 0.05
Figure 41.1: Graphique des coefficients du modèle multinomial

(type “dodged”)
reg2 |>
type = "faceted",
exponentiate = TRUE
)
710
Satisfaction Insatisfaction
Secondaire
Supérieur
Non documenté

Aussi
Moins
Peu
0.3 1.03.010.0 0.3 1.03.010.0
OR
p = 0.05 p > 0.05

(type “faceted”)
reg2 |>
type = "table",
exponentiate = TRUE
)
711
Satisfaction
OR 95% CI p
Secondaire 1.1 0.6, 1.80.852
Technique / Professionnel 1.1 0.7, 1.70.746
Supérieur 2.0 1.2, 3.30.005
Non documenté 0.6 0.2, 1.90.362
Importance accordée au travail Le plus 1.0

Aussi 1.3 0.6, 3.00.545
Moins 0.8 0.4, 1.90.670
Peu 0.5 0.2, 1.60.283
0.3 1.0 3.0
OR
p = 0.05 p > 0.05
Insatisfaction
OR 95% CI p
Secondaire 0.9 0.4, 2.00.808
Technique / Professionnel 1.1 0.5, 2.20.815
Supérieur 1.1 0.5, 2.30.840
Non documenté 1.0 0.2, 5.00.959

Aussi 0.8 0.2, 2.70.714
Moins 0.6 0.2, 1.90.370
Peu 3.8 1.1, 13.90.042
0.3 1.0 3.0 10.0
OR
p = 0.05 p > 0.05

(type “table”)
Pour faciliter l’interprétation, on pourra représenter les

prédictions marginales du modèle (cf. Chapitre 24) avec
reg2 |>
broom.helpers::plot_marginal_predictions() |>
scale_y_continuous(labels = scales::percent, limits = c(0, .8)) &
coord_flip()
712
Equilibre Insatisfaction Satisfaction
Non documenté
Supérieur
Niveau d'études
Secondaire
Primaire
0% 20% 40% 60% 80%0% 20% 40% 60% 80%0% 20% 40% 60% 80%
Peu
Importance accordée au travail
Moins
Aussi
Le plus
0% 20% 40% 60% 80%0% 20% 40% 60% 80%0% 20% 40% 60% 80%
Figure 41.4: Prédictions marginales du modèle multinomial
Ď Astuce
Dans certaines situations, il peut être plus simple de réa-

liser plusieurs modèles logistiques binaires séparés plutôt
qu’une régression multinomiale. Si la variable à expliquer
a trois niveaux (A, B et C), on pourra réaliser un modèle
binaire B vs A, et un modèle binaire C vs A. Cette ap-
proche est appelée approximation de Begg et Gray. On
trouvera, en anglais, plus d’explications et des références
bibliographiques sur StackOverflow.
713
41.4 Données pondérées
L’extension {survey} (cf. Chapitre 28) ne fournit pas de fonc-

tion adaptée aux régressions multinomiales. Cependant, il est
possible d’en réaliser une en ayant recours à des poids de répli-
cation, comme suggéré par Thomas Lumley dans son ouvrage
Complex Surveys: A Guide to Analysis Using R. Thomas Lum-
ley est par ailleurs l’auteur de l’extension {survey}.
41.4.1 avec svrepmisc::svymultinom()
L’extension {svrepmisc} disponible sur GitHub fournit

quelques fonctions facilitant l’utilisation des poids de répli-
cation avec {survey}. Pour l’installer, on utilisera le code
ci-dessous :
remotes::install_github("carlganz/svrepmisc")
En premier lieu, il faut définir le design de notre tableau de

données puis calculer des poids de réplication.
library(survey)
library(srvyr)
dw_rep <- d |>
as_survey(weights = poids) |>
as_survey_rep(type = "bootstrap", replicates = 25)
Il faut prévoir un nombre de replicates suffisant pour calcu-

ler ultérieurement les intervalles de confiance des coefficients.
Plus ce nombre est élevé, plus précise sera l’estimation de la
variance et donc des valeurs p et des intervalles de confiance.
Cependant, plus ce nombre est élevé, plus le temps de calcul
sera important. Pour gagner en temps de calcul, nous avons ici
pris une valeur de 25, mais l’usage est de considérer au moins
1000 réplications.
{svrepmisc} fournit une fonction svrepmisc::svymultinom()
pour le calcul d’une régression multinomiale avec des poids de
réplication.
714
library(svrepmisc)
regm <- svymultinom(
trav.satisf ~ sexe + etudes + trav.imp,
design = dw_rep
)
{svrepmisc} fournit également des méthodes svrepmisc::confint()

et svrepmisc::tidy(). Nous pouvons donc calculer et afficher
les odds ratio et leur intervalle de confiance.
regm
Coefficient SE t value
Satisfaction.(Intercept) -0.116149 0.778922 -0.1491
Insatisfaction.(Intercept) -1.547056 1.035410 -1.4941
Satisfaction.sexeHomme -0.041405 0.207281 -0.1998
Insatisfaction.sexeHomme 0.221849 0.225356 0.9844
Satisfaction.etudesSecondaire 0.115722 0.459004 0.2521
Insatisfaction.etudesSecondaire 0.418476 0.638761 0.6551
Satisfaction.etudesTechnique / Professionnel 0.220702 0.441744 0.4996
Insatisfaction.etudesTechnique / Professionnel 0.529317 0.526333 1.0057
Satisfaction.etudesSupérieur 0.905852 0.423886 2.1370
Insatisfaction.etudesSupérieur 0.584499 0.522629 1.1184
Satisfaction.etudesNon documenté -0.323293 1.032348 -0.3132
Insatisfaction.etudesNon documenté 0.646168 10.024786 0.0645
Satisfaction.trav.impAussi -0.027506 0.765243 -0.0359
Insatisfaction.trav.impAussi -0.375642 1.016411 -0.3696
Satisfaction.trav.impMoins -0.220703 0.764098 -0.2888
Insatisfaction.trav.impMoins -0.694337 0.992393 -0.6997
Satisfaction.trav.impPeu -0.069034 0.769459 -0.0897
Insatisfaction.trav.impPeu 1.584747 1.113253 1.4235
Pr(>|t|)
Satisfaction.(Intercept) 0.88567
Insatisfaction.(Intercept) 0.17878
Satisfaction.sexeHomme 0.84735
Insatisfaction.sexeHomme 0.35769
Satisfaction.etudesSecondaire 0.80819
Insatisfaction.etudesSecondaire 0.53331
Satisfaction.etudesTechnique / Professionnel 0.63266
Insatisfaction.etudesTechnique / Professionnel 0.34806
715
Satisfaction.etudesSupérieur 0.06994 .
Insatisfaction.etudesSupérieur 0.30031
Satisfaction.etudesNon documenté 0.76328
Insatisfaction.etudesNon documenté 0.95041
Satisfaction.trav.impAussi 0.97233
Insatisfaction.trav.impAussi 0.72263
Satisfaction.trav.impMoins 0.78107
Insatisfaction.trav.impMoins 0.50672
Satisfaction.trav.impPeu 0.93102
Insatisfaction.trav.impPeu 0.19759
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
regm |> confint()
2.5 % 97.5 %
Satisfaction.(Intercept) -1.9580078 1.7257093
Insatisfaction.(Intercept) -3.9954130 0.9013002
Satisfaction.sexeHomme -0.5315460 0.4487352
Insatisfaction.sexeHomme -0.3110326 0.7547304
Satisfaction.etudesSecondaire -0.9696491 1.2010939
Insatisfaction.etudesSecondaire -1.0919527 1.9289054
Satisfaction.etudesTechnique / Professionnel -0.8238561 1.2652610
Insatisfaction.etudesTechnique / Professionnel -0.7152623 1.7738971
Satisfaction.etudesSupérieur -0.0964784 1.9081825
Insatisfaction.etudesSupérieur -0.6513216 1.8203204
Satisfaction.etudesNon documenté -2.7644096 2.1178228
Insatisfaction.etudesNon documenté -23.0586837 24.3510192
Satisfaction.trav.impAussi -1.8370193 1.7820070
Insatisfaction.trav.impAussi -2.7790729 2.0277893
Satisfaction.trav.impMoins -2.0275093 1.5861024
Insatisfaction.trav.impMoins -3.0409735 1.6522996
Satisfaction.trav.impPeu -1.8885147 1.7504460
Insatisfaction.trav.impPeu -1.0476781 4.2171725
regm |>
broom::tidy(exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE)
716
term estimate std.error
1 Insatisfaction.(Intercept) 0.2128737 1.0354104
2 Insatisfaction.etudesNon documenté 1.9082140 10.0247857
3 Insatisfaction.etudesSecondaire 1.5196444 0.6387607
4 Insatisfaction.etudesSupérieur 1.7940926 0.5226289
5 Insatisfaction.etudesTechnique / Professionnel 1.6977731 0.5263330
6 Insatisfaction.sexeHomme 1.2483828 0.2253557
7 Insatisfaction.trav.impAussi 0.6868483 1.0164114
8 Insatisfaction.trav.impMoins 0.4994055 0.9923930
9 Insatisfaction.trav.impPeu 4.8780580 1.1132531
10 Satisfaction.(Intercept) 0.8903423 0.7789223
11 Satisfaction.etudesNon documenté 0.7237615 1.0323485
12 Satisfaction.etudesSecondaire 1.1226842 0.4590038
13 Satisfaction.etudesSupérieur 2.4740390 0.4238857
14 Satisfaction.etudesTechnique / Professionnel 1.2469523 0.4417440
15 Satisfaction.sexeHomme 0.9594401 0.2072805
16 Satisfaction.trav.impAussi 0.9728687 0.7652434
17 Satisfaction.trav.impMoins 0.8019545 0.7640985
18 Satisfaction.trav.impPeu 0.9332946 0.7694586
statistic p.value conf.low conf.high
1 -1.49414799 0.17878189 1.839985e-02 2.462803e+00
2 0.06445701 0.95040844 9.677004e-11 3.762818e+10
3 0.65513792 0.53330874 3.355606e-01 6.881973e+00
4 1.11838317 0.30030942 5.213563e-01 6.173836e+00
5 1.00567031 0.34806462 4.890638e-01 5.893777e+00
6 0.98443901 0.35769483 7.326900e-01 2.127038e+00
7 -0.36957654 0.72262504 6.209605e-02 7.597273e+00
8 -0.69965927 0.50671773 4.778835e-02 5.218967e+00
9 1.42352820 0.19759076 3.507512e-01 6.784139e+01
10 -0.14911532 0.88566773 1.411393e-01 5.616503e+00
11 -0.31316306 0.76328136 6.301329e-02 8.313019e+00
12 0.25211645 0.80819336 3.792161e-01 3.323751e+00
13 2.13701950 0.06994146 9.080295e-01 6.740826e+00
14 0.49961614 0.63266402 4.387366e-01 3.544018e+00
15 -0.19975546 0.84735080 5.876957e-01 1.566330e+00
16 -0.03594428 0.97233033 1.592915e-01 5.941770e+00
17 -0.28884161 0.78106905 1.316631e-01 4.884673e+00
18 -0.08971810 0.93102433 1.512964e-01 5.757170e+00
Par contre, le support de gtsummary::tbl_regression() et

ggstats::ggcoef_model() est plus limité. Vous pourrez affi-
717
cher un tableau basique des résultats et un graphiques des coef-
ficients, mais sans les enrichissements usuels (identification des
variables, étiquettes propres, identification des niveaux, etc.).
41.4.2 avec svyVGAM::svy_glm()
Une alternative possible pour le calcul de la régression

logistique multinomiale avec des données pondérées est
svyVGAM::svy_vglm() avec family = VGAM::multinomial.
Nous allons commencer par définir le plan d’échantillonnage.
library(survey)
library(srvyr)
dw <- d |>
as_survey(weights = poids)
Puis, on appelle svyVGAM::svy_vglm() en précisant family =

VGAM::multinomial. Par défaut, VGAM::multinomial() utilise
la dernière modalité de la variable d’intérêt comme modalité de
référence. Cela est modifiable avec refLevel.
regm2 <- svyVGAM::svy_vglm(

family = VGAM::multinomial(refLevel = "Equilibre"),
design = dw
)
regm2 |> summary()
svy_vglm.survey.design(trav.satisf ~ sexe + etudes + trav.imp,

family = VGAM::multinomial(refLevel = "Equilibre"), design = dw)
Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: poids
Data variables: id (int), age (int), sexe (fct), nivetud (fct), poids (dbl),
occup (fct), qualif (fct), freres.soeurs (int), clso (fct), relig (fct),
trav.imp (fct), trav.satisf (fct), hard.rock (fct), lecture.bd (fct),
peche.chasse (fct), cuisine (fct), bricol (fct), cinema (fct), sport (fct),
718
heures.tv (dbl), groupe_ages (fct), etudes (fct)
Coef SE z p
(Intercept):1 -0.116117 0.553242 -0.2099 0.833757
(Intercept):2 -1.547693 0.876195 -1.7664 0.077332
sexeHomme:1 -0.041412 0.171351 -0.2417 0.809029
sexeHomme:2 0.221930 0.272669 0.8139 0.415693
etudesSecondaire:1 0.115688 0.341830 0.3384 0.735034
etudesSecondaire:2 0.418102 0.563205 0.7424 0.457868
etudesTechnique / Professionnel:1 0.220662 0.310123 0.7115 0.476754
etudesTechnique / Professionnel:2 0.529020 0.501080 1.0558 0.291079
etudesSupérieur:1 0.905798 0.314513 2.8800 0.003977
etudesSupérieur:2 0.584320 0.525633 1.1116 0.266289
etudesNon documenté:1 -0.323271 0.662511 -0.4879 0.625587
etudesNon documenté:2 0.646195 0.939745 0.6876 0.491687
trav.impAussi:1 -0.027517 0.511636 -0.0538 0.957109
trav.impAussi:2 -0.374881 0.825214 -0.4543 0.649625
trav.impMoins:1 -0.220706 0.494951 -0.4459 0.655659
trav.impMoins:2 -0.693571 0.792031 -0.8757 0.381200
trav.impPeu:1 -0.069004 0.706959 -0.0976 0.922244
trav.impPeu:2 1.585521 0.866529 1.8297 0.067289
Là encore, le support de gtsummary::tbl_regression()

et ggstats::ggcoef_model() sera limité (seulement
des résultats bruts). Pour calculer les odds ratios avec
leurs intervalles de confiance, on pourra avoir recours à
broom.helpers::tidy_parameters().
regm2 |> broom.helpers::tidy_parameters(exponentiate = TRUE)
term estimate std.error conf.level conf.low

1 (Intercept):1 0.8903708 0.4925908 0.95 0.30105802
2 (Intercept):2 0.2127382 0.1864002 0.95 0.03819678
3 sexeHomme:1 0.9594340 0.1643997 0.95 0.68574259
4 sexeHomme:2 1.2484837 0.3404228 0.95 0.73162172
5 etudesSecondaire:1 1.1226456 0.3837540 0.95 0.57448201
6 etudesSecondaire:2 1.5190753 0.8555505 0.95 0.50370762
7 etudesTechnique / Professionnel:1 1.2469025 0.3866926 0.95 0.67897791
8 etudesTechnique / Professionnel:2 1.6972676 0.8504673 0.95 0.63566751
9 etudesSupérieur:1 2.4739057 0.7780767 0.95 1.33557655
10 etudesSupérieur:2 1.7937708 0.9428657 0.95 0.64024629
719
11 etudesNon documenté:1 0.7237778 0.4795111 0.95 0.19754885
12 etudesNon documenté:2 1.9082659 1.7932841 0.95 0.30250055
13 trav.impAussi:1 0.9728582 0.4977496 0.95 0.35689786
14 trav.impAussi:2 0.6873710 0.5672279 0.95 0.13638549
15 trav.impMoins:1 0.8019528 0.3969271 0.95 0.30398071
16 trav.impMoins:2 0.4997879 0.3958473 0.95 0.10582985
17 trav.impPeu:1 0.9333229 0.6598208 0.95 0.23348961
18 trav.impPeu:2 4.8818349 4.2302506 0.95 0.89328990
conf.high statistic df.error p.value
1 2.633247 -0.20988509 Inf 0.833757356
2 1.184853 -1.76637893 Inf 0.077332298
3 1.342360 -0.24167835 Inf 0.809029407
4 2.130488 0.81391637 Inf 0.415692863
5 2.193860 0.33843739 Inf 0.735033605
6 4.581209 0.74236198 Inf 0.457868051
7 2.289862 0.71153296 Inf 0.476754032
8 4.531799 1.05575832 Inf 0.291078645
9 4.582448 2.87999791 Inf 0.003976778
10 5.025587 1.11164951 Inf 0.266288875
11 2.651771 -0.48794745 Inf 0.625587062
12 12.037925 0.68762767 Inf 0.491687277
13 2.651888 -0.05378223 Inf 0.957108667
14 3.464290 -0.45428375 Inf 0.649624613
15 2.115688 -0.44591425 Inf 0.655659186
16 2.360279 -0.87568771 Inf 0.381199829
17 3.730751 -0.09760692 Inf 0.922244427
18 26.679258 1.82973852 Inf 0.067289048
41.5 webin-R
La régression logistique multinomiale est abordée dans le webin-

R #20 (trajectoires de soins : un exemple de données longitu-
dinales (4)) sur YouTube.
https://www.youtube.com/watch?v=8l70djhwk2E
720
ordinale
La régression logistique ordinale est une extension de la régres-

sion logistique binaire (cf. Chapitre 22) aux variables qualita-
tives à trois modalités ou plus qui sont ordonnées, par exemple
modéré, moyen et fort.
Pour une variable ordonnée, il est possible de réaliser une ré-
gression logistique multinomiale (cf. Chapitre 41) comme on le
ferait avec une variable non ordonnée. Dans ce cas de figure,
chaque modalité de la variable d’intérêt serait comparée à une
modalité de référence.
Alternativement, on peut réaliser une régression logistique
ordinale aussi appelée modèle cumulatif ou modèle logis-
tique à égalité des pentes. Ce type de modèle est plus simple
que la régression multinomiale car il ne renvoie qu’un seul jeu
de coefficients.
Supposons une variable d’intérêt à trois modalités A, B et C
telles que A < B < C. Les odds ratios qui seront calculés compa-
rerons la probabilité que Y�B par rapport à la probabilité que
Y�A (aspect cumulatif ) et ferons l’hypothèse que ce ratio est le
même quand on compare la probabilité que Y�C par rapport à
la probabilité que Y�B (égalité des pentes).
Pour illustrer la régression logistique multinomiale, nous allons

reprendre le jeu de données hdv2003 du package {questionr}
et portant sur l’enquête histoires de vie 2003 de l’Insee et
l’exemple utilisé dans le chapitre sur la régression logistique
multinomiale (cf. Chapitre 41).
721
library(tidyverse)
library(labelled)
d <- hdv2003
Nous allons considérer comme variable d’intérêt la variable

trav.satisf, à savoir la satisfaction ou l’insatisfaction au
travail.
questionr::freq(d$trav.satisf)
n % val%
Satisfaction 480 24.0 45.8
Insatisfaction 117 5.9 11.2
Equilibre 451 22.6 43.0
NA 952 47.6 NA
Nous allons devoir ordonner les modalités de la plus faible à la

plus forte.
d$trav.satisf <- d$trav.satisf |>

fct_relevel("Insatisfaction", "Equilibre")
Et nous allons indiquer qu’il s’agit d’un facteur ordonné.
d$trav.satisf <- d$trav.satisf |>

as.ordered()
Nous allons aussi en profiter pour raccourcir les étiquettes de

la variable trav.imp :
levels(d$trav.imp) <- c("Le plus", "Aussi", "Moins", "Peu")
Enfin, procédons à quelques recodages additionnels :
d <- d |>
mutate(
722
cut(
c(18, 25, 45, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
"45 et plus")
),
etudes = nivetud |>
fct_recode(
) |>
) |>
trav.satisf = "Satisfaction dans le travail",
sexe = "Sexe",
trav.imp = "Importance accordée au travail"
)
42.2 Calcul du modèle ordinal
42.2.1 avec MASS::polr()
Le plus facile pour le calcul d’un modèle ordinal est d’avoir

recours à la fonction MASS::polr().
rego <- MASS::polr(

trav.satisf ~ sexe + etudes + groupe_ages + trav.imp,
data = d
723
)
Nous pouvons aisément simplifier le modèle avec step() (cf.

Chapitre 23).
rego2 <- rego |> step()
Start: AIC=1978.29
trav.satisf ~ sexe + etudes + groupe_ages + trav.imp
Df AIC
- groupe_ages 2 1977.2
- sexe 1 1978.3
<none> 1978.3
- etudes 4 1991.5
- trav.imp 3 2014.0
Step: AIC=1977.23
trav.satisf ~ sexe + etudes + trav.imp
Df AIC
- sexe 1 1977.0
<none> 1977.2
- etudes 4 1990.6
- trav.imp 3 2013.2
Step: AIC=1976.97
trav.satisf ~ etudes + trav.imp
Df AIC
<none> 1977.0
- etudes 4 1990.6
- trav.imp 3 2011.6
42.2.2 Fonctions alternatives
Un package alternatif pour le calcul de régressions ordinales

est le package dédié {ordinal} et sa fonction ordinal::clm().
Pour les utilisateurs avancés, {ordinal} permet également de
724
traiter certains prédicteurs comme ayant un effet nominal (et
donc avec un coefficient par niveau) via l’argument nominal.
Il existe également une fonction ordinal::clmm() permet de
définir des modèles mixtes avec variables à effet aléatoire.
rego3 <- ordinal::clm(

data = d
)
Les modèles créés avec ordinal::clm() sont plutôt bien traités

par des fonctions comme gtsummary::tbl_regression() ou
Enfin, on peut également citer la fonction VGAM::vgam()
en spécifiant family = VGAM::cumulative(parallel
= TRUE). Cette famille de modèles offre des options
avancées (par exemple il est possible de calculer des
modèles non parallèles, c’est-à-dire avec une série de
coefficients pour chaque changement de niveau). Par
contre, le support de gtsummary::tbl_regression() et
ggstats::ggcoef_model() sera limité (seulement des résul-
tats bruts).
rego4 <- VGAM::vgam(

data = d,
family = VGAM::cumulative(parallel = TRUE)
)
ĺ Important
En toute rigueur, il faudrait tester l’égalité des

pentes. Laurent Rouvière propose un code permettant
d’effectuer ce test sous R à partir d’un modèle réalisé avec
VGAM::vglm(), voir la diapositive 33 sur 35 d’un de ses
cours de janvier 2015 intitulé Quelques modèles logistiques
polytomiques.
725
42.3 Affichage des résultats du modèle
Pour un tableau des coefficients, on peut tout simple-

ment appeler gtsummary::tbl_regression(). Nous allons
indiquer exponentiate = TRUE car, comme pour la régres-
sion logistique binaire, l’exponentielle des coefficients peut
s’interpréter comme des odds ratios. Pour éviter certains
messages d’information, nous allons préciser tidy_fun =
broom.helpers::tidy_parameters (cela implique juste
que le tableau des coefficients sera calculé avec le package
{parameters} plutôt qu’avec le package {broom}). Nous
pouvons calculer à la volée la p-valeur globale de chaque
variable avec gtsummary::add_global_p().
library(gtsummary)
rego2 |>
tbl_regression(
tidy_fun = broom.helpers::tidy_parameters
) |>
bold_labels() |>
add_global_p(keep = TRUE)
Réajustement pour obtenir le Hessien

Table 42.1: Tableau des odds ratio de la régression logistique

ordinale

Niveau d’études <0,001
726
Primaire — —
Secondaire 1,06 0,67 – 0,8
1,67
Technique / Professionnel 1,01 0,67 – >0,9
1,53
Supérieur 1,84 1,20 – 0,006
2,83
1,72
Importance accordée <0,001
au travail
Le plus — —
Aussi 1,39 0,65 – 0,4
2,97
Moins 1,03 0,50 – >0,9
2,14
Peu 0,19 0,08 – <0,001
0,48
La même commande fonctionne avec un modèle créé avec

ordinal::clm().
Pour un graphique des coefficients, on va procéder de même
avec ggstats::gcoef_model() ou ggstats::gcoef_table().
rego2 |>
)
727
Secondaire (p=0.794)
Technique / Professionnel (p=0.948)
Supérieur (p=0.006**)
Non documenté (p=0.393)
Aussi (p=0.389)
Moins (p=0.929)
Peu (p<0.001***)
0.1 0.3 1.0 3.0
OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 42.1: Graphique des coefficients du modèle ordinal
rego2 |>
ggstats::ggcoef_table(
)
OR
95% CI
p
Secondaire 1.1
0.7, 0.794
1.7
Technique / Professionnel 1.0
0.7, 0.948
1.5
Supérieur 1.8
1.2, 0.006
2.8
Non documenté 0.7
0.3, 0.393
1.7

Aussi 1.4
0.7, 0.389
3.0
Moins 1.0
0.5, 0.929
2.1
Peu 0.2
0.1,<0.001
0.5
0.1 0.3 1.0 3.0
OR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 42.2: Graphique et table des coefficients du modèle or-

dinal
728
Pour faciliter l’interprétation, on pourra représenter les
prédictions marginales du modèle (cf. Chapitre 24) avec
rego2 |>
broom.helpers::plot_marginal_predictions() |>
scale_y_continuous(labels = scales::percent, limits = c(0, .6)) &
coord_flip()
Non documenté
Supérieur
Niveau d'études
Secondaire
Primaire
0% 20% 40% 60%0% 20% 40% 60%0% 20% 40% 60%
Peu
Importance accordée au travail
Moins
Aussi
Le plus
0% 20% 40% 60%0% 20% 40% 60%0% 20% 40% 60%
Figure 42.3: Prédictions marginales du modèle ordinal
729
42.4 Données pondérées
42.4.1 avec survey::svyolr()
L’extension {survey} (cf. Chapitre 28) propose une fonction

native survey::svyolr() pour le calcul d’une régression ordi-
nale.
library(survey)
library(srvyr)
dw <- d |>
Calculons le modèle.
rego5 <- svyolr(

design = dw
)
Le résultat peut être visualisé aisément avec gtsummary::tbl_regression()

ou ggstats::ggcoef_model().
42.4.2 avec svrepmisc::svymultinom()
Alternativement, il est possible d’utiliser à ordinal::clm() en

ayant recours à des poids de réplication, comme suggéré par
Thomas Lumley dans son ouvrage Complex Surveys: A Guide
to Analysis Using R.
L’extension {svrepmisc} disponible sur GitHub fournit
quelques fonctions facilitant l’utilisation des poids de répli-
cation avec {survey}. Pour l’installer, on utilisera le code
ci-dessous :
remotes::install_github("carlganz/svrepmisc")
En premier lieu, il faut définir le design de notre tableau de

données puis calculer des poids de réplication.
730
library(survey)
library(srvyr)
dw_rep <- d |>
as_survey(weights = poids) |>
Il faut prévoir un nombre de replicates suffisant pour calcu-

ler ultérieurement les intervalles de confiance des coefficients.
Plus ce nombre est élevé, plus précise sera l’estimation de la
variance et donc des valeurs p et des intervalles de confiance.
Cependant, plus ce nombre est élevé, plus le temps de calcul
sera important. Pour gagner en temps de calcul, nous avons ici
pris une valeur de 25, mais l’usage est de considérer au moins
1000 réplications.
{svrepmisc} fournit une fonction svrepmisc::svyclm() pour
le calcul d’une régression multinomiale avec des poids de répli-
cation.
library(svrepmisc)
rego6 <- svyclm(
design = dw_rep
)
Warning: (-1) Model failed to converge with max|grad| = 3.32248e-05 (tol = 1e-06)
In addition: step factor reduced below minimum
Warning: (-1) Model failed to converge with max|grad| = 0.000185935 (tol = 1e-06)
In addition: step factor reduced below minimum
{svrepmisc} fournit également des méthodes svrepmisc::confint()

et svrepmisc::tidy(). Nous pouvons donc calculer et afficher
les odds ratio et leur intervalle de confiance.
rego6
Coefficient SE t value Pr(>|t|)

Insatisfaction|Equilibre -2.03917466 0.65412925 -3.1174 0.007062 **
731
Equilibre|Satisfaction 0.27271800 0.62106791 0.4391 0.666840
sexeHomme -0.13280477 0.12200420 -1.0885 0.293544
etudesSecondaire -0.04271403 0.32974824 -0.1295 0.898655
etudesTechnique / Professionnel 0.00042809 0.20659834 0.0021 0.998374
etudesSupérieur 0.64247607 0.31224371 2.0576 0.057445 .
etudesNon documenté -0.46945975 0.54448991 -0.8622 0.402151
trav.impAussi 0.12071087 0.57298613 0.2107 0.835980
trav.impMoins 0.05267146 0.56245266 0.0936 0.926630
trav.impPeu -1.53039056 0.84702657 -1.8068 0.090895 .
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
rego6 |> confint()
2.5 % 97.5 %
Insatisfaction|Equilibre -3.43341816 -0.6449312
Equilibre|Satisfaction -1.05105691 1.5964929
sexeHomme -0.39285057 0.1272410
etudesSecondaire -0.74555577 0.6601277
etudesTechnique / Professionnel -0.43992586 0.4407820
etudesSupérieur -0.02305565 1.3080078
etudesNon documenté -1.63001252 0.6910930
trav.impAussi -1.10058016 1.3420019
trav.impMoins -1.14616801 1.2515109
trav.impPeu -3.33578496 0.2750038
rego6 |>
broom::tidy(exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE)
term estimate std.error statistic p.value

1 Equilibre|Satisfaction 1.3135298 0.6210679 0.439111408 0.666840363
2 etudesNon documenté 0.6253400 0.5444899 -0.862201025 0.402151227
3 etudesSecondaire 0.9581854 0.3297482 -0.129535287 0.898655142
4 etudesSupérieur 1.9011825 0.3122437 2.057610908 0.057445193
5 etudesTechnique / Professionnel 1.0004282 0.2065983 0.002072065 0.998374039
6 Insatisfaction|Equilibre 0.1301361 0.6541293 -3.117387958 0.007061842
7 sexeHomme 0.8756360 0.1220042 -1.088526178 0.293543543
8 trav.impAussi 1.1282986 0.5729861 0.210669787 0.835980080
732
9 trav.impMoins 1.0540833 0.5624527 0.093646033 0.926629750
10 trav.impPeu 0.2164511 0.8470266 -1.806779867 0.090895149
conf.low conf.high
1 0.34956809 4.9356921
2 0.19592712 1.9958959
3 0.47447053 1.9350394
4 0.97720810 3.6987976
5 0.64408417 1.5539220
6 0.03227643 0.5246987
7 0.67512962 1.1356907
8 0.33267802 3.8266965
9 0.31785245 3.4956206
10 0.03558664 1.3165357
Par contre, le support de gtsummary::tbl_regression() et

ggstats::ggcoef_model() est plus limité. Vous pourrez affi-
cher un tableau basique des résultats et un graphiques des coef-
ficients, mais sans les enrichissements usuels (identification des
variables, étiquettes propres, identification des niveaux, etc.).
42.4.3 avec svyVGAM::svy_glm()
Une alternative possible pour le calcul de la régression

logistique multinomiale avec des données pondérées est
svyVGAM::svy_vglm() avec family = VGAM::multinomial.
library(survey)
library(srvyr)
dw <- d |>
Puis, on appelle svyVGAM::svy_vglm() en précisant family =

VGAM::cumulative(parallel = TRUE).
rego7 <- svyVGAM::svy_vglm(

family = VGAM::cumulative(parallel = TRUE),
design = dw
733
)
rego7 |> summary()
svy_vglm.survey.design(trav.satisf ~ sexe + etudes + trav.imp,

family = VGAM::cumulative(parallel = TRUE), design = dw)
Called via srvyr
Sampling variables:
- ids: `1`
- weights: poids
Data variables: id (int), age (int), sexe (fct), nivetud (fct), poids (dbl),
occup (fct), qualif (fct), freres.soeurs (int), clso (fct), relig (fct),
trav.imp (fct), trav.satisf (ord), hard.rock (fct), lecture.bd (fct),
peche.chasse (fct), cuisine (fct), bricol (fct), cinema (fct), sport (fct),
heures.tv (dbl), groupe_ages (fct), etudes (fct)
Coef SE z p
(Intercept):1 -2.03917232 0.52467564 -3.8865 0.0001017
(Intercept):2 0.27272042 0.51315926 0.5315 0.5951044
sexeHomme 0.13280416 0.15421876 0.8611 0.3891602
etudesSecondaire 0.04271296 0.28498254 0.1499 0.8808599
etudesTechnique / Professionnel -0.00043004 0.25720348 -0.0017 0.9986659
etudesSupérieur -0.64247750 0.26590126 -2.4162 0.0156823
etudesNon documenté 0.46945812 0.52541495 0.8935 0.3715896
trav.impAussi -0.12071140 0.48525530 -0.2488 0.8035476
trav.impMoins -0.05267211 0.47029563 -0.1120 0.9108251
trav.impPeu 1.53036737 0.65156164 2.3488 0.0188356
Là encore, le support de gtsummary::tbl_regression()

et ggstats::ggcoef_model() sera limité (seulement
des résultats bruts). Pour calculer les odds ratios avec
leurs intervalles de confiance, on pourra avoir recours à
broom.helpers::tidy_parameters().
rego7 |> broom.helpers::tidy_parameters(exponentiate = TRUE)
term estimate std.error conf.level conf.low

1 (Intercept):1 0.1301364 0.06827939 0.95 0.04653653
2 (Intercept):2 1.3135330 0.67405160 0.95 0.48043985
3 sexeHomme 1.1420263 0.17612188 0.95 0.84412131
734
4 etudesSecondaire 1.0436383 0.29741869 0.95 0.59699738
5 etudesTechnique / Professionnel 0.9995700 0.25709290 0.95 0.60378349
6 etudesSupérieur 0.5259877 0.13986079 0.95 0.31234891
7 etudesNon documenté 1.5991274 0.84020546 0.95 0.57101702
8 trav.impAussi 0.8862897 0.43007677 0.95 0.34239361
9 trav.impMoins 0.9486910 0.44616524 0.95 0.37740568
10 trav.impPeu 4.6198737 3.01013253 0.95 1.28830837
conf.high statistic df.error p.value
1 0.3639179 -3.886538948 Inf 0.0001016836
2 3.5912276 0.531453766 Inf 0.5951043720
3 1.5450672 0.861141383 Inf 0.3891601794
4 1.8244316 0.149879202 Inf 0.8808599211
5 1.6547990 -0.001671995 Inf 0.9986659418
6 0.8857499 -2.416225817 Inf 0.0156823321
7 4.4783403 0.893499744 Inf 0.3715896094
8 2.2941709 -0.248758549 Inf 0.8035475563
9 2.3847407 -0.111997880 Inf 0.9108250872
10 16.5668669 2.348768359 Inf 0.0188356206
735
43 Modèles de comptage
(Poisson & apparentés)
Une variable de type comptage correspond à un outcome (va-

riable à expliquer) entier positif. Le plus souvent, il s’agit du
nombre d’occurrences de l’évènement d’intérêt. Pour expliquer
une variable de ce type, les modèles linéaires ou les régressions
logistiques ne sont pas adaptées. On aura alors recours à des
modèles ou régressions de Poisson, c’est-à-dire de manière plus
spécifique à un modèle linéaire généralisé (GLM en anglais),
avec une fonction de lien logarithmique et une distribution sta-
tistique de Poisson.
Les modèles de Poisson font l’hypothèse que la variance est
égale à la moyenne, ce qui ne s’observe pas toujours. Auquel
cas on aura alors un problème de surdispersion. Dans ce cas-
là, nous pourrons avoir recours à des modèles apparentés aux
modèles de Poisson, à savoir les modèles quasi-Poisson, les
modèles binomiaux négatifs.
Les modèles de comptage peuvent aussi être utiliser pour un
outcome binaire, en lieu et place d’une régression logistique, afin
d’estimer des prevalence ratios plutôt que des odds ratios.
Enfin, lorsqu’il y a un nombre important de 0 dans les données
à expliquer, on peut avoir recours à des modèles zero-inflated ou
des modèles hurdle qui, d’une certaine manière, combinent deux
modèles en un (d’une part la probabilité de vivre l’évènement
et d’autre part le nombre d’occurrences de l’évènement).
43.1 Modèle de Poisson
Nous allons nous intéresser à un premier exemple démogra-

phique en nous intéressant à la descendance atteinte par des
736
femmes à l’âge de 30 ans.
43.1.1 Préparation des données du premier exemple
Pour cet exemple, nous allons considérer le jeu de données

fecondite fourni par le package {questionr}. Ce jeu de don-
nées comprends trois tables de données (menages, femmes et
enfants) simulant les résultats d’une enquête démographique
et de santé (EDS). Chargeons les données et jetons y un œil
avec labelled::look_for().
library(tidyverse)
library(labelled)
enfants |> look_for()
pos variable label col_type missing

1 id_enfant Identifiant de l'enfant dbl 0
2 id_femme Identifiant de la mère dbl 0
3 date_naissance Date de naissance date 0
4 sexe Sexe de l'enfant dbl+lbl 0
5 survie L'enfant est-il toujours en vie ? dbl+lbl 0
6 age_deces Age au décès (en mois) dbl 1442

values
[1] masculin
[2] féminin
[0] non
[1] oui
Comme nous pouvons le voir, les variables catégorielles sont

codées sous la forme de vecteurs numériques labellisés (cf. Cha-
pitre 12), comme cela aurait été le cas si nous avions importé
737
un fichier Stata ou SPSS avec {haven}. Première étape, nous
allons convertir à la volée ces variables catégorielles en facteurs
avec labelled::unlabelled().
femmes <-
femmes |>
unlabelled()
enfants <-
enfants |>
unlabelled()
Pour notre analyse, nous allons devoir compter le nombre

d’enfants que chaque femme a eu avant l’âge de 30 ans exacts.
En premier lieu, nous devons calculer l’âge (cf. Section 34.4)
de la mère à la naissance dans le tableau enfants, à l’aide de
la fonction lubridate::time_length().
enfants <-
enfants |>
left_join(
femmes |>
select(id_femme, date_naissance_mere = date_naissance),
by = "id_femme"
) |>
mutate(
age_mere = time_length(
date_naissance_mere %--% date_naissance,
unit = "years"
)
)
Comptons maintenant, par femme, le nombre d’enfants nés

avant l’âge de 30 ans et ajoutons cette valeur à la table femmes.
N’oublions, après la fusion, de recoder les valeurs manquantes
NA en 0 avec tidyr::replace_na().
femmes <-
femmes |>
left_join(
enfants |>
738
filter(age_mere < 30) |>
group_by(id_femme) |>
count(name = "enfants_avt_30"),
by = "id_femme"
) |>
tidyr::replace_na(list(enfants_avt_30 = 0L))
Il nous reste à calculer l’âge des femmes au moment de l’enquête.

Nous allons en profiter pour recoder (cf. Section 9.3) la va-
riable éducation en regroupant les modalités secondaire et su-
périeur.
femmes <-
femmes |>
mutate(
age = time_length(
date_naissance %--% date_entretien,
unit = "years"
),
educ2 = educ |>
fct_recode(
"secondaire/supérieur" = "secondaire",
"secondaire/supérieur" = "supérieur"
)
)
Enfin, pour l’analyse, nous n’allons garder que les femmes âgées
d’au moins 30 ans au moment de l’enquête. En effet, les femmes
plus jeunes n’ayant pas encore atteint 30 ans, nous ne connais-
sons pas leur descendance atteinte à cet âge.
femmes30p <-
femmes |>
filter(age >= 30)
43.1.2 Calcul & Interprétation du modèle de Poisson
Les modèles de Poisson font partie de la famille des modèles

linéaires généralisés (GLM en anglais) et se calculent dont avec
739
la fonction stats::glm() en précisant family = poisson.
mod1_poisson <- glm(

enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu + region,
family = poisson,
data = femmes30p
)
L’ensemble des fonctions et méthodes applicables aux modèles

GLM, que nous avons déjà abordé dans le chapitre sur la
régression logistique (cf. Chapitre 22), peuvent s’appliquer
également aux modèles de Poisson. Nous pouvons par
exemple réduire notre modèle par minimisation de l’AIC avec
stats::step().
mod1_poisson <- step(mod1_poisson)
Start: AIC=1013.81
enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu + region
Df Deviance AIC
- region 3 686.46 1010.6
<none> 683.62 1013.8
- milieu 1 686.84 1015.0
- educ2 2 691.10 1017.3
Step: AIC=1010.65
enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu
Df Deviance AIC
<none> 686.46 1010.6
- milieu 1 691.30 1013.5
- educ2 2 693.94 1014.1
Par défaut, les modèles de Poisson utilisent une fonction de

lien logarithmique (log). Dès lors, il est fréquent de ne pas
présenter directement les coefficients du modèle, mais plutôt
l’exponentielle de leurs valeurs qui peut s’interpréter comme
des risques relatifs (relative risks ou RR)71 . L’exponentielle des 71
À ne pas confondre avec les odds
coefficients peut aussi être appelée incidence rate ratio (IRR) ratio ou OR de la régression logis-
tique.
740
car la régression de Poisson peut également être utilisée pour
des modèles d’incidence, qui seront abordés dans le prochain
chapitre (cf. Chapitre 44).
Pour un tableau mis en forme des coefficients, on aura
tout simplement recours à {gtsummary} et sa fonction
gtsummary::tbl_regression().
library(gtsummary)
mod1_poisson |>
bold_labels()

Table 43.1: Tableau des coefficients du modèle de Poisson
Caractéristique IRR 95% IC p-valeur

aucun — —
primaire 1,25 0,90 – 1,72 0,2
secondaire/supérieur 0,53 0,27 – 0,96 0,052
Milieu de résidence
urbain — —
rural 1,42 1,04 – 1,98 0,032
Pour une représentation graphique, on pourra avoir recours à

ggstats::ggcoef_model() ou ggstats::ggcoef_table().
library(ggstats)
mod1_poisson |>
741
ggcoef_table(exponentiate = TRUE)
IRR95% CI p
Niveau d'éducation
aucun 1.0
primaire 1.30.9, 1.7

0.176
secondaire/supérieur 0.50.3, 1.0

0.052
urbain 1.0
rural 1.41.0, 2.0

0.032
0.3 0.5 1.0

IRR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 43.1: Forest plot des coefficients du modèle de Poisson
Pour interpréter les coefficients, il faut se rappeler que ce qui

est modéliser dans le modèle de Poisson est le nombre moyen
d'évènements. Le RR pour la modalité secondaire/supérieur est
de 0,5 : cela signifie donc que, indépendamment des autres va-
riables du modèle, la descendance atteinte à 30 ans moyenne des
femmes de niveau secondaire ou supérieure est moitié moindre
que cela des femmes sans niveau d’éducation (modalité de réfé-
rence).
Nous pouvons vérifier visuellement ce résultat en réali-
sant un graphique des prédictions marginales moyennes
avec broom.helpers::plot_marginal_predictions() (cf.
Section 24.3).
broom.helpers::plot_marginal_predictions(mod1_poisson) |>
ggplot2::scale_y_continuous(limits = c(0, .4))
742
0.4 0.4
0.3 0.3
0.2 0.2
0.1 0.1
0.0 0.0
aucun primaire
secondaire/supérieur urbain rural
Niveau d'éducation Milieu de résidence
Figure 43.2: Prédictions marginales du modèle de Poisson
43.1.3 Évaluation de la surdispersion
Comme tous les modèles GLM, le modèle de Poisson présuppose

que les observations sont indépendantes les unes des autres72 . 72
Si ce n’était pas le cas, par exemple
Surtout, la distribution de Poisson présuppose que la variance s’il y a plusieurs observations pour un
même individu, il faudrait adopter un
est égale à la moyenne. Or, il arrive fréquemment que la va-
autre type de modèle, par exemple
riance soit supérieure à la moyenne, auquel cas on parle alors un modèle mixte ou un modèle GEE,
de surdispersion. Si c’est le cas, le modèle de Poisson va sous- pour lesquels il est possible d’utiliser
estimer la variance et produire des intervalles de confiance trop une distribution de Poisson.
petit et des p-valeurs trop petites.
En premier lieu, nous pouvons vérifier si la distribution observée
des données correspond peu ou prou à la distribution théorique
de Poisson pour une moyenne correspondant à la moyenne ob-
servée.
La fonction ci-dessous permet justement de comparer la distri-
bution observée avec la distribution théorique d’un modèle.
observed_vs_theoretical <- function(model) {

observed <- model.response(model.frame(model))
theoretical <- simulate(model, nsim = 1)
theoretical <- theoretical[[1]]
743
status = c(
rep.int("observed", length(observed)),
rep.int("theoretical", length(theoretical))
),
values = c(observed, theoretical)
)
if (is.numeric(observed) && any(observed != as.integer(observed))) {
ggplot2::ggplot(df) +
ggplot2::aes(x = values, fill = status) +
ggplot2::geom_density(
alpha = .5,
position = "identity"
) +
ggplot2::theme_light() +
ggplot2::labs(fill = NULL)
} else {
ggplot2::ggplot(df) +
ggplot2::aes(x = values, fill = status) +
ggplot2::geom_bar(
alpha = .5,
position = "identity"
) +
ggplot2::theme_light() +
ggplot2::theme(
panel.grid.major.x = ggplot2::element_blank(),
panel.grid.minor.x = ggplot2::element_blank()
) +
ggplot2::labs(fill = NULL)
}
}
Appliquons cette fonction à notre modèle de Poisson.
mod1_poisson |>
observed_vs_theoretical()
744
600
400
count
observed
theoretical
200
0
0 2 4
values
Figure 43.3: Distribution observée vs distribution théorique de

la descendance atteinte à 30 ans (modèle de Pois-
son)
Les deux distributions restent assez proches même si la distri-

bution observée est légèrement décalée vers la droite.
Ĺ Note
La fonction performance::check_predictions() pro-

pose une visualisation un peu plus avancée.
mod1_poisson |>
performance::check_predictions(type = "discrete_both")
Warning: Maximum value of original data is not included in the

replicated data.
Model may not capture the variation of the data.
745
Posterior Predictive Check
Model−predicted points should be close to observed data points
600
400
Counts
Observed data
Model−predicted data
200
0
0 1 2 3 4 5
enfants_avt_30
Les points verts correspondent au nombre d’individus ob-

servés (sur l’axe vertical) pour chaque valeur de notre va-
riable à expliquer (sur l’axe horizontal). La fonction simule
ensuite une cinquantaine de jeu de données par réplication
et affiche les prédictions du modèle pour ces jeux de don-
nées (points bleus avec effet de transparence), ainsi que
les prédictions médianes (point bleu sans transparence) et
l’intervalle des prédictions (barres verticales).
Dans notre exemple, on voit notamment que le modèle a
du mal à prédire correctement le nombre d’individus avec
0, 1 ou 2 enfants.
Le paramètre � (phi) qui correspond au ratio entre la variance

observée et la variance théorique peut être estimée, en pra-
tique, selon certains auteurs, comme le ratio de la déviance
résiduelle sur le nombre de degrés de libertés du modèle. Il
s’obtient ainsi :
mod1_poisson$deviance / mod1_poisson$df.residual
[1] 0.8580717
Si ce ratio s’écarte de 1, alors il y a un problème de surdisper-

sion. Cependant, en pratique, il n’y a pas de seuil précis à partir
duquel nous pourrions conclure qu’il faut rejeter le modèle.
746
La package {AER} propose un test, AER::dispersiontest(),
pour tester s’il y a un problème de surdispersion. Ce test ne
peut s’appliquer qu’à un modèle de Poisson.
mod1_poisson |> AER::dispersiontest()
Overdispersion test
data: mod1_poisson
z = 3.3367, p-value = 0.0004238
alternative hypothesis: true dispersion is greater than 1
sample estimates:
dispersion
1.361364
Le package {performance} propose, quant à lui, un test plus gé-

nérale de surdispersion via la fonction performance::check_overdispersion().
mod1_poisson |>
performance::check_overdispersion()
# Overdispersion test
dispersion ratio = 1.371

Pearson's Chi-Squared = 1096.575
p-value = < 0.001
Overdispersion detected.
Dans les deux cas, nous obtenons une p-valeur inférieure à 0,001,
indiquant que le modèle de Poisson n’est peut-être pas appro-
prié ici.
43.2 Modèle de quasi-Poisson
Le modèle de quasi-Poisson est similaire au modèle de Pois-

son mais autorise plus de souplesse pour la modélisation de la
747
variance qui est alors modélisée comme une relation linéaire de
la moyenne. Il se calcule également avec stats::glm(), mais
en indiquant family = quasipoisson. Comme avec le modèle
de Poisson, la fonction de lien par défaut est la fonction loga-
rithmique (log).
mod1_quasi <- glm(

enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu,
family = quasipoisson,
data = femmes30p
)
ĺ Important
L’AIC (Akaike information criterion) n’est pas défini pour

ce type de modèle. Il n’est donc pas possible d’utiliser
stats::step() avec un modèle de quasi-Poisson. Si l’on
veut procéder à une sélection pas à pas descendante, on
procédera donc en amont avec un modèle de Poisson clas-
sique.
Regardons les résultats obtenus :
mod1_quasi |>
bold_labels()

Table 43.2: Tableau des coefficients du modèle de quasi-Poisson

aucun — —
primaire 1,25 0,85 – 1,81 0,2
748
urbain — —
rural 1,42 0,99 – 2,10 0,067
Les coefficients sont identiques à ceux obtenus avec le mo-

dèle de Poisson (cf. Table 43.1), mais les intervalles de
confiance sont plus larges et les p-valeurs plus élevées, tra-
duisant la prise en compte d’une variance plus importante.
Cela se voit aisément si l’on compare les coefficients avec
ggstats::ggcoef_compare().
list(Poisson = mod1_poisson, "quasi-Poisson" = mod1_quasi) |>

ggcoef_compare(exponentiate = TRUE)
Niveau d'éducation
aucun
primaire
secondaire/supérieur
urbain
rural
0.3 0.5 1.0

IRR
Poisson quasi−Poisson
p = 0.05 p > 0.05
Figure 43.4: Comparaison des coefficients du modèle de Poisson

et du modèle de quasi-Poisson
Le passage à un modèle de quasi-Poisson aura-t-il été suffi-

sant pour régler notre problème de surdispersion ? La fonction
performance::check_overdispersion() peut être appliquée
à un modèle de quasi-Poisson.
749
mod1_quasi |>

p-value = < 0.001
Il semble que nous ayons toujours une surdispersion, insuffisam-

ment corrigée par le modèle de quasi-Poisson.
43.3 Modèle binomial négatif
Le modèle binomial négatif (negative binomial en anglais) mo-

délise la variance selon une spécification quadratique (i.e. se-
lon le carré de la moyenne). Il est implémenté dans le package
{MASS} via la fonction MASS::glm.nb(). Les autres paramètres
sont identiques à ceux de stats::glm().
mod1_nb <- MASS::glm.nb(

enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu + region,
data = femmes30p
)
L’AIC étant défini pour pour ce type de modèle, nous pouvons

procéder à une sélection pas à pas avec stats::step().
mod1_nb <- mod1_nb |> step()
Start: AIC=979.1
enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu + region
Df Deviance AIC
- region 3 462.89 975.01
750
<none> 460.98 979.10
- milieu 1 463.29 979.41
- educ2 2 466.11 980.22
Step: AIC=975
enfants_avt_30 ~ educ2 + milieu
Df Deviance AIC
<none> 460.14 975.00
- milieu 1 463.37 976.24
- educ2 2 465.54 976.40
La fonction de lien étant toujours logarithmique, nous pou-

vons donc afficher plutôt l’exponentielle des coefficients qui
s’interprètent comme pour un modèle de Poisson.
mod1_nb |>
bold_labels()

Table 43.3: Tableau des coefficients du modèle binomial négatif

aucun — —
primaire 1,23 0,82 – 1,82 0,3
urbain — —
rural 1,41 0,97 – 2,06 0,076
Cette fois-ci, les coefficients sont légèrement différents par rap-

port au modèle de Poisson, ce qui se voit aisément si l’on com-
pare les trois modèles.
751
list(
Poisson = mod1_poisson,
"quasi-Poisson" = mod1_quasi,
"Binomial négatif" = mod1_nb
) |>
ggcoef_compare(exponentiate = TRUE)
Niveau d'éducation
aucun
primaire
secondaire/supérieur
urbain
rural
0.3 0.5 1.0

IRR
p = 0.05 p > 0.05
Poisson quasi−Poisson Binomial négatif
Figure 43.5: Comparaison des coefficients du modèle de Pois-

son, du modèle de quasi-Poisson et du modèle bi-
nomial négatif
Nous pouvons comparer la distribution observée et la distribu-

tion théorique et constater que les prédictions sont plus proches
des données observées.
mod1_nb |>
mod1_nb |>
performance::check_predictions(type = "discrete_both")
752
600
400
count
observed
theoretical
200
0
0 2 4
values

la descendance atteinte à 30 ans (modèle négatif
binomial)

Model−predicted points should be close to observed data points
600
400
Counts
Observed data
200
0
0 5 10
enfants_avt_30

la descendance atteinte à 30 ans (modèle négatif
binomial)
Nous pouvons vérifier la surdispersion.
753
mod1_nb |>

p-value = 0.718
No overdispersion detected.
Ouf ! Nous n’avons plus de problème de surdispersion.

Pour celles et ceux intéressé·es, il est possible de comparer la
performance des modèles avec la fonction performance::compare_performance().
performance::compare_performance(
mod1_poisson,
mod1_nb,
metrics = "common"
)
Name | Model | AIC (weights) | BIC (weights) | Nagelkerke's R2 | RMSE

---------------------------------------------------------------------------------
mod1_poisson | glm | 1010.7 (<.001) | 1029.4 (<.001) | 0.033 | 0.579
mod1_nb | negbin | 977.0 (>.999) | 1000.5 (>.999) | 0.032 | 0.579
43.4 Exemple avec une plus grande

surdispersion
Pour ce second exemple, nous allons considérer le jeu de don-

nées MASS::quine qui contient les données de 146 enfants sco-
larisés en Australie, notamment le nombre de jours d’absence à
l’école au cours de l’année passée, le sexe l’enfant et leur vitesse
d’apprentissage (dans la moyenne ou lentement).
754
Préparons les données en francisant les facteurs et en ajoutant
des étiquettes de variable.
d <- MASS::quine |>

mutate(
jours = Days,
sexe = Sex |>
fct_recode(
"fille" = "F",
"garçon" = "M"
),
apprentissage = Lrn |>
fct_recode(
"dans la moyenne" = "AL",
"lentement" = "SL"
)
) |>
jours = "Nombre de jours d'absence à l'école",
sexe = "Sexe de l'enfant",
apprentissage = "Vitesse d'apprentissage"
)
Calculons notre modèle de Poisson.

jours ~ sexe + apprentissage,
data = d,
family = poisson
)
Comparons les données observées avec les données prédites.
mod2_poisson |>
755
15
count
10 observed
theoretical
0
0 20 40 60 80
values
Figure 43.8: Distribution observée vs distribution théorique du

nombre de jours d’absence (modèle de Poisson)
Nous voyons très clairement un décalage des deux distribu-

tions. Notre modèle de Poisson n’arrive pas à capturer la va-
riabilité des observations. Faisons le test de surdispersion pour
vérifier.
mod2_poisson |>

p-value = < 0.001
Calculons un modèle binomial négatif et voyons si cela améliore

la situation.

jours ~ sexe + apprentissage,
756
data = d
)
mod2_nb |>
15
count
10 observed
theoretical
0
0 25 50 75 100
values
Figure 43.9: Distribution observée vs distribution théorique du

nombre de jours d’absence (modèle binomial néga-
tif)
Les deux distributions sont bien plus proches maintenant. Vé-

rifions la surdispersion.
mod2_nb |>

p-value = 0.581
757
Voilà !
Pour finir, visualisons les coefficients du modèle.
mod2_nb |>
ggcoef_table(exponentiate = TRUE)
IRR95% CI p
Sexe de l'enfant
fille 1.0
garçon 1.20.9, 1.7

0.260
Vitesse d'apprentissage
dans la moyenne 1.0
lentement 1.10.8, 1.6

0.456
0.8 0.91.0
IRR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 43.10: Facteurs associés à l’absentéisme scolaire (modèle

négatif binomial)
43.5 Modèles de comptage avec une variable

binaire
Pour l’analyse d’une variable binaire, les modèles de comptage

représentent une alternative à la régression logistique binaire
(cf. Chapitre 22). L’intérêt est de pouvoir interpréter les coeffi-
cients comme des prevalence ratio plutôt que des odds ratio.
Reprenons un exemple, que nous avons déjà utilisé à plusieurs
reprises, concernant la probabilité de faire du sport, à partir
de l’enquête histoires de vie 2003. Commençons par charger et
recoder les données.
758
d <-
hdv2003 |>
mutate(
cut(
c(18, 25, 45, 65, 99),
right = FALSE,
labels = c("18-24 ans", "25-44 ans",
)
) |>
sexe = "Sexe",
)
Pour la variable sexe, nous allons définir la modalité Femme

comme modalité de référence. Pour cela, nous allons utiliser un
contraste personnalisé (cf. Chapitre 25).
levels(d$sexe)
[1] "Homme" "Femme"
contrasts(d$sexe) <- contr.treatment(2, base = 2)
Calculons le modèle de régression logistique binaire classique.
mod3_binomial <- glm(

sport ~ sexe + groupe_ages + heures.tv,
family = binomial,
data = d
)
759
Nous allons maintenant calculer un modèle de Poisson. Nous
devons déjà ré-exprimer notre variable à expliquer sous la forme
d’une variable numérique égale à 0 si l’on ne pratique pas de
sport et à 1 si l’on pratique un sport.
levels(d$sport)
[1] "Non" "Oui"
d$sport2 <- as.integer(d$sport == "Oui")

sport2 ~ sexe + groupe_ages + heures.tv,
family = poisson,
data = d
)
Vérifions si nous avons un problème de surdispersion.
performance::check_overdispersion(mod3_poisson)

p-value = 1
Regardons maintenant les résultats de nos deux modèles.
mod3_binomial |>
760
OR95% CI p
Sexe Homme 1.61.3, 1.9
<0.001
Femme 1.0
25−44 ans 0.50.3, 0.7

<0.001
45−64 ans 0.20.1, 0.3

<0.001
65 ans et plus 0.10.1, 0.2

<0.001
Heures de télévision / jour 0.80.8, 0.9

<0.001
0.1 0.3 1.0

OR
p = 0.05 p > 0.05

sion logistique)
mod3_poisson |>
IRR95% CI p
<0.001
Femme 1.0
25−44 ans 0.70.6, 0.9

0.006
45−64 ans 0.40.3, 0.5

<0.001
65 ans et plus 0.30.2, 0.4

<0.001

<0.001
0.3 0.5 1.0

IRR
p = 0.05 p > 0.05

sion de Poisson)
Nous pouvons voir ici que les deux modèles fournissent des résul-
761
tats assez proches. Par contre, les coefficients ne s’interprètent
pas de la même manière. Dans le cadre de la régression lo-
gistique, il s’agit d’odds ratios (ou rapports des côtes) définis
𝑝𝐴 𝑝𝐵
comme 𝑂𝑅𝐴/𝐵 = ( 1−𝑝 )/( 1−𝑝 ) où 𝑝𝐴 correspond à la proba-
𝐴 𝐵
bilité de faire du sport pour la modalité 𝐴. Pour la régression
de Poisson, il s’agit de prevalence ratios (rapports des préva-
lences) définis comme 𝑃 𝑅𝐴/𝐵 = 𝑝𝐴 /𝑝𝐵 . Avec un rapport des
prévalences de 1,3, nous pouvons donc dire que, selon le modèle,
les hommes ont 30% de chance en plus de pratiquer un sport.
Pour mieux comparer les deux modèles, nous pouvons présenter
les résultats sous la forme de contrastes marginaux moyens (cf.
Section 24.4) qui, pour rappel, sont exprimés dans l’échelle de
la variable d’intérêt, soit ici sous la forme d’une différence de
probabilité.
list(
"régression logistique" = mod3_binomial,
"régression de Poisson" = mod3_poisson
) |>
ggcoef_compare(tidy_fun = broom.helpers::tidy_marginal_contrasts) +
scale_x_continuous(labels = scales::percent)
Sexe
Femme − Homme
Groupe d'âges
25−44 ans − 18−24 ans
45−64 ans − 18−24 ans
65 ans et plus − 18−24 ans

+1
−60% −40% −20% 0%

Average Marginal Contrasts
régression logistique régression de Poisson
p = 0.05 p > 0.05
Figure 43.13: Comparaison des contrastes marginaux des deux

modèles
762
Les résultats sont ici très proches. Nous pouvons néanmoins
constater que les intervalles de confiance pour la régression
de Poisson sont un peu plus large. Nous pouvons comparer
les deux modèles avec performance::compare_performance()
pour constater que, dans notre exemple, la régression de Pois-
son est un peu moins bien ajustée aux données que la régression
logistique binaire. Cependant, en pratique, cela n’est pas ici pro-
blématique : le choix entre les deux modèles peut donc se faire
en fonction de la manière dont on souhaite présenter et narrer
les résultats.
mod3_binomial,
mod3_poisson,
metrics = "common"
)
Warning: contrasts dropped from factor sexe
Name | Model | AIC (weights) | BIC (weights) | RMSE | Tjur's R2 | Nagelkerke's R2

---------------------------------------------------------------------------------------------
mod3_binomial | glm | 2346.3 (>.999) | 2379.8 (>.999) | 0.447 | 0.132 |
mod3_poisson | glm | 2748.8 (<.001) | 2782.4 (<.001) | 0.447 | | 0.158
Ď Astuce
Lorsque l’on a une variable binaire à expliquer et que l’on

souhaite calculer des risques relatifs (RR) ou prevalence
ratio (PR), une alternative au modèle de Poisson est le
modèle log-binomial. Il s’agit d’un modèle binomial avec
une fonction de lien logarithme.
763
Il faut noter que ce type de modèles a parfois du mal à
converger.
mod3_log <- glm(

family = binomial(link = "log"),
data = d
)
Error: impossible de trouver un jeu de coefficients correct : prière de fournir des valeurs i
C’est le cas ici ! Nous allons donc initier le modèle avec

les coefficients du modèle de Poisson.
mod3_log <- glm(

family = binomial(link = "log"),
start = mod3_poisson$coefficients,
data = d
)
Regardons les résultats.
mod3_log |>
Warning: le pas a été tronqué à cause de la divergence
Warning: glm.fit: l'algorithme n'a pas convergé
764
RR95% CI p
<0.001
Femme 1.0
25−44 ans 0.70.7, 0.8

<0.001
45−64 ans 0.40.4, 0.5

<0.001
65 ans et plus 0.30.2, 0.3

<0.001

<0.001
0.3 0.5 1.0

RR
p = 0.05 p > 0.05
Nous obtenons des résultats assez proches de ceux du mo-

dèle de Poisson. Notons cependant les différents avis affi-
chés qui nous indiquent que le modèle a eu des difficultés
à converger1 .
Le package {logbin} propose, via login::logbin(), une
implémentation de la régression log-binomiale en propo-
sant des algorithmes de convergence plus stables.
mod3_logbin <- logbin::logbin(

data = d
)
Les résultats sont très proches.
mod3_logbin |>
Warning: The `tidy()` method for objects of class `logbin` is not maintained by the broom tea
This warning is displayed once per session.
765
RR95% CI p
<0.001
Femme 1.0
25−44 ans 0.70.7, 0.8

<0.001
45−64 ans 0.40.4, 0.5

<0.001
65 ans et plus 0.30.2, 0.3

<0.001

<0.001
0.3 0.5 1.0

RR
p = 0.05 p > 0.05
43.6 Données pondérées et plan

Lorsque l’on a des données pondérées avec prise en compte d’un

plan d’échantillonnage (cf. Chapitre 28), on ne peut utiliser
directement stats::glm() avec un objet {survey}. On aura
alors recours à survey::svyglm() qui est très similaire.
library(srvyr)
library(survey)
dp <- d |>
mod4_poisson <- svyglm(
family = poisson,
design = dp
)
mod4_quasi <- svyglm(
1
Sur ce sujet, on pourra consulter l’article Log-binomial models: explo-
ring failed convergence par Tyler Williamson, Misha Eliasziw et Gor-
don Hilton Fick, DOI: 10.1186/1742-7622-10-14. On pourra également
consulter cet échange sur StackExchange.
766
family = quasipoisson,
design = dp
)
Il est tout à fait possible d’appliquer stats::step() à ces mo-

dèles73 . 73
Y compris, dans le cas présent, au
modèle de quasi-Poisson.
Concernant la régression binomiale négative, il n’y a pas
d’implémentation fournie directement par {survey}. Cepen-
dant, le package {sjstats} en propose une via la fonction
sjstats::svyglm.nb().
mod4_nb <- sjstats::svyglm.nb(

design = dp
)
Warning in theta.ml(Y, mu, sum(w), w, limit = control$maxit, trace =

control$trace > : nombre limite d'iterations atteint
Warning in theta.ml(Y, mu, sum(w), w, limit = control$maxit, trace =

control$trace > : nombre limite d'iterations atteint
Ĺ Note
Une alternative possible consiste à utiliser des poids

de réplication selon une approche du type boots-
rap. Il faudra déjà définir des poids de réplica-
tion avec srvyr::as_survey_rep() puis avoir re-
cours à survey::withReplicates(). Pour faciliter
cette deuxième étape, on pourra se faciliter la
vie avec le package {svrepmisc} et sa fonction
svrepmisc::svynb(). Ce package n’étant pas dispo-
nible sur CRAN, on devra l’installer avec la commande
remotes::install_github("carlganz/svrepmisc").
Attention : le temps de calcul du modèle avec les poids
de réplication est de plusieurs minutes.
767
dp_rep <- dp |>
mod4_nb_alt <- svrepmisc::svynb(
design = dp_rep
)
43.7 Lectures complémentaires
• Tutoriel : GLM sur données de comptage (régression de

Poisson) avec R par Claire Della Vedova
• Tutorial: Poisson Regression in R (en anglais) par Hafsa
Jabeen
• Quasi-Poisson vs. negative binomial regression: how
should we model overdispersed count data? par Jay
M Ver Hoef et Peter L Boveng, Ecology. 2007 Nov;
88(11):2766-72. doi: 10.1890/07-0043.1. PMID: 18051645
768
44 Modèles d’incidence / de
taux
En épidémiologie, le taux d’incidence rapporte le nombre de

nouveaux cas d’une pathologie observés pendant une période
donnée à la population exposée pendant cette même période.
En démographie, le terme de taux est utilisé pour désigner
la fréquence relative d’un évènement au sein d’une population
pendant une période de temps donnée (par exemple : taux de
natalité).
Si l’ensemble des individus sont observés / exposés pendant une
seule unité de temps (par exemple une année), alors cela revient
à rapporter le nombre moyen d’évènements à 1 : nous pouvons
utiliser un modèle classique de de comptage (cf. Chapitre 43).
Cependant, le plus souvent, la durée d’observation /
d’exposition varie d’un individu à l’autre. Par exemple,
si nous nous intéressons à un taux de divorce, les individus
ne sont exposés au risque de divorcer qu’à partir du moment
où ils sont mariés. De même, une fois divorcés ou veufs, ils ne
sont plus exposés au risque de divorce (sauf s’ils se remarient
ultérieurement). Pour chaque individu, il nous faut donc
connaître le nombre d’évènements vécus (𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 ) et la durée
d’exposition (𝑑𝑒𝑥𝑝 ). Ce que l’on cherche à modéliser est donc
le ratio 𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 /𝑑𝑒𝑥𝑝 .
Une astuce consiste à modéliser ce taux à l’aide d’un modèle
ayant une fonction de lien logarithmique (log) comme le mo-
dèle de Poisson ou le modèle binomial négatif. En effet, dans
ce cas-là, on cherchera donc à modéliser notre variable sous la
forme 𝑙𝑜𝑔(𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 /𝑑𝑒𝑥𝑝 ) = 𝛽𝑖 𝑋𝑖 où 𝑋𝑖 représente les variables ex-
plicatives et 𝛽𝑖 les coefficients du modèle. Or, 𝑙𝑜𝑔(𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 /𝑑𝑒𝑥𝑝 ) =
𝑙𝑜𝑔(𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 ) − 𝑙𝑜𝑔(𝑑𝑒𝑥𝑝 ). Nous pouvons donc réécrire l’équation
du modèle sous la forme 𝑙𝑜𝑔(𝑛𝑒𝑣𝑡𝑠 ) = 𝛽𝑖 𝑋𝑖 + 𝑙𝑜𝑔(𝑑𝑒𝑥𝑝 ). Nous
769
retombons sur un modèle de comptage classique, à condition
d’ajouter à chaque observation ce qu’on appelle un décalage
(offset en anglais) de 𝑙𝑜𝑔(𝑑𝑒𝑥𝑝 ). Ce décalage correspond donc
en quelque sorte à une variable ajoutée au modèle mais pour
laquelle on ne calcule pas de coefficient.
44.1 Premier exemple (données individuelles,

évènement unique)
Prenons un premier exemple à partir du jeux de données

gtsummary::trial qui contient des informations sur 200 pa-
tients atteints d’un cancer. Il contient entre autre les variables
suivantes :
• death : variable binaire (0/1) indiquant si le patient est

décédé
• ttdeath : le nombre de mois d’observation jusqu’au décès
(si décès) ou jusqu’à la fin de l’étude (si survie)
• stage : un facteur indiquant le stade T de la tumeur (plus
la valeur est élevée, plus la tumeur est grosse)
• trt : le traitement reçu par le patient (A ou B)
• response : une variable binaire (0/1) indiquant si le trai-
tement a eu un effet sur la tumeur (diminution)
Nous nous intéressons donc aux facteurs associés au taux

de mortalité (death/ttdeath) : nous allons donc réaliser un
modèle de Poisson sur la variable death en ajoutant un
décalage (offset) correspondant à log(ttdeath). Pour ajouter
un décalage, nous avons deux syntaxes équivalentes : soit en
ajoutant offset(log(ttdeath)) directement à l’équation
du modèle, soit en passant à glm() l’argument offset =
log(ttdeath).

death ~ stage + trt + response + offset(log(ttdeath)),
family = poisson,
data = gtsummary::trial
770
)
mod1_poisson_alt <- glm(
death ~ stage + trt + response,
offset = log(ttdeath),
family = poisson,
data = gtsummary::trial
)
Les deux écritures sont totalement équivalentes.

Vérifions la présence éventuelle de surdispersion.
mod1_poisson |>

p-value = 0.932
Tout est bon. Regardons maintenant les coefficients du mo-

dèle.
mod1_poisson |>
771
IRR 95% CI p
T Stage T1 1.0
T2 1.0 0.6, 1.80.918
T3 1.2 0.6, 2.20.583
T4 2.1 1.3, 3.60.005
Chemotherapy Treatment Drug A 1.0
Drug B 1.3 0.9, 1.90.187
Tumor Response 0.5 0.3, 0.80.008
0.3 1.0 3.0

IRR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 44.1: Facteurs associés à la mortalité des patients at-

teints d’un cancer (modèle de Poisson)
Nous avons affiché ici l’exponentielle des coefficients qui

s’interprètent ici comme des IRR ou incidence rate ratio : le
taux de décès est deux fois moindre pour les patients pour
lesquels le traitement a eu un effet sur la tumeur (variable
Tumor response). Sans surprise, le taux de décès est bien plus
élevé selon la taille de la tumeur : 2,1 fois plus important pour
ceux avec une tumeur au stade T4 par rapport à ceux ayant
une tumeur au stade T1.
44.2 Deuxième exemple (données agrégées)
Pour ce second exemple, nous allons considérer le jeu de

données MASS::Insurance qui provient d’une compagnie
d’assurance américaine et porte sur le troisième trimestre 1973.
Il indique le nombre de demande d’indemnisations (Claims)
parmi les assurés pour leur voiture (Holders) en fonction de
leur groupe d’âges (Age) et de la taille de la cylindrée de
la voiture (Group). Nous cherchons à identifier les facteurs
associés au taux de réclamation. Préparons rapidement les
données et définissons notre modèle.
772
d <- MASS::Insurance
d$Age <- factor(d$Age, ordered = FALSE)
d$Group <- factor(d$Group, ordered = FALSE)
Claims ~ Age + Group + offset(log(Holders)),
family = poisson,
data = d
)
mod2_poisson |>

p-value = 0.218
Regardons les résultats.
mod2_poisson |>
773
IRR 95% CI p
Age <25 1.0
25−29 0.8 0.7, 1.0 0.024
30−35 0.7 0.6, 0.8 <0.001
>35 0.6 0.5, 0.7 <0.001
Group <1l 1.0
1−1.5l 1.2 1.1, 1.3 0.001
1.5−2l 1.5 1.3, 1.7 <0.001
>2l 1.8 1.5, 2.0 <0.001

0.5 1.0 2.0
IRR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 44.2: Facteurs associés au taux de réclamation (modèle

de Poisson)
Le taux de réclamation diminue avec l’âge de l’assuré (il est

40% moindre pour les assurés de plus de 35 ans par rapport
à ceux de moins de 25 ans) et augmente avec la cylindrée de
la voiture (il est 80% plus élevé pour les véhicules avec une
cylindrée de plus de 2 litres par rapport aux véhicules avec une
cylindrée de moins d’1 litre).
44.3 Troisième exemple (données

individuelles, évènement unique)
Pour notre troisième exemple, nous allons reprendre les données

de fécondité présentée au chapitre précédent (cf. Chapitre 43) et
venant d’une enquête transversale rétrospective menée auprès
de femmes âgées de 15 à 49 ans.
Nous allons nous intéresser au taux de fécondité entre 15 et
24 ans révolus (soit entre 15 et 25 ans exacts) et intégrer à
l’analyse les femmes de moins de 25 ans en tenant compte
de leur durée d’exposition (différence entre l’âge à l’enquête
et 15 ans). Nous allons donc calculer la durée d’exposition
comme exposition = if_else(age <= 25, age - 15, 10)
774
puisque, pour les femmes de plus de 25 ans à l’enquête, la
durée d’exposition entre 15 et 25 ans exacts est de 10 ans.
library(tidyverse)
library(labelled)
femmes <-
femmes |>
unlabelled() |>
mutate(
age = time_length(
date_naissance %--% date_entretien,
unit = "years"
),
exposition = if_else(age <= 25, age - 15, 10),
educ2 = educ |>
fct_recode(
"secondaire/supérieur" = "secondaire",
"secondaire/supérieur" = "supérieur"
)
) |>
# exclure celles qui viennent juste d'avoir 15 ans
filter(exposition > 0)
Comptons maintenant le nombre de naissances entre 15 et 25

ans exacts.
enfants <-
enfants |>
unlabelled() |>
left_join(
femmes |>
select(id_femme, date_naissance_mere = date_naissance),
by = "id_femme"
) |>
mutate(
age_mere = time_length(
date_naissance_mere %--% date_naissance,
unit = "years"
)
775
)
femmes <-
femmes |>
left_join(
enfants |>
filter(age_mere >= 15 & age_mere < 25) |>
group_by(id_femme) |>
count(name = "enfants_15_24"),
by = "id_femme"
) |>
tidyr::replace_na(list(enfants_15_24 = 0L))
Calculons maintenant notre modèle.

enfants_15_24 ~ educ2 + milieu + offset(log(exposition)),
family = poisson,
data = femmes
)
Vérifions la surdispersion.
mod3_poisson |>

p-value = < 0.001
Le test indique de la surdispersion. Optons donc pour un mo-

dèle négatif binomial.

enfants_15_24 ~ educ2 + milieu + offset(log(exposition)),
data = femmes
776
)
mod3_nb |>

p-value = 0.765
Nous pouvons maintenant regarder les résultats.
mod3_nb |>
IRR95% CI p
Niveau d'éducation
aucun 1.0
primaire 1.10.9, 1.3

0.612
secondaire/supérieur 0.60.4, 0.7

<0.001
urbain 1.0
rural 1.31.1, 1.6

0.003
0.5 0.7 1.0

IRR
p = 0.05 p > 0.05
Figure 44.3: Facteurs associés au taux de fécondité entre 15 et

25 ans (modèle négatif binomial)
44.4 Lectures complémentaires
• Tutoriel : GLM sur données de comptage (régression de
777
Poisson) avec R par Claire Della Vedova
• Zoom sur la Regression de Poisson et l’Incidence Risque
Ratio (IRR) : exemple du vaccin anti-SarsCov2 d’Oxford
par Ihsane Hmamouchi
778
45 Modèles de comptage
zero-inflated et hurdle
Dans certaines situations, les modèles de comptage (cf. Cha-

pitre 43) ont des difficultés à estimer correctement le nombre
d’individus n’ayant pas vécu l’évènement (i.e. le nombre de
0).
Dans ce chapitre, nous allons utiliser un jeu de données issu

d’un article de Partha Deb etPravin K. Trivedi (Deb et Tri-
vedi 1997). Ce jeu de données est disponible dans le package
Deb, Partha, et Pravin K. Trivedi.
{MixAll} sous le nom de DebTrivedi. Il porte sur 4406 in- 1997. « Demand for Medical Care by
dividus âgés de 66 ans ou plus et couvert par le programme the Elderly: A Finite Mixture Ap-
américain Medicare. proach ». Journal of Applied Econo-
metrics 12 (3): 313‑36. https://doi.or
L’analyse va porter sur la demande de soins, mesurée ici à tra- g/10.1002/(SICI)1099-1255(199705)1
vers le nombre de visites médicales (ofp). Pour les variables 2:3%3C313::AID-JAE440%3E3.0.C
O;2-G.
explicatives, nous allons considérer le genre du patient (gen-
der), le fait de disposer d’une assurance privée (privins), la
santé perçue (health) et le nombre de conditions chroniques de
l’assuré.
Chargeons et préparons rapidement les données. Nous allons
recoder les variables catégorielles en français (Section 9.3) et
ajouter des étiquettes de variables (cf. Chapitre 11).
library(labelled)
library(tidyverse)
data("DebTrivedi", package = "MixAll")
d <- DebTrivedi |>
mutate(
779
gender = gender |>
fct_recode("femme" = "female", "homme" = "male"),
privins = privins |>
fct_recode("non" = "no", "oui" = "yes"),
health = health |>
fct_recode(
"pauvre" = "poor",
"moyenne" = "average",
"excellente" = "excellent"
)
) |>
ofp = "Nombre de visites médicales",
gender = "Genre de l'assuré",
privins = "Dispose d'une assurance privée ?",
health = "Santé perçue",
numchron = "Nombre de conditions chroniques"
)
contrasts(d$health) <- contr.treatment(3, base = 2)
45.2 Modèles de comptage classique
Commençons tout d’abord par une approche classique (Cha-

pitre 43) : calculons un modèle de Poisson et vérifions la surdis-
persion.
mod_poisson <- glm(

ofp ~ gender + privins + health + numchron,
family = poisson,
data = d
)
mod_poisson |>

780
p-value = < 0.001
Une surdispersion étant détectée, basculons sur un modèle né-

gatif binomial.
mod_nb <- MASS::glm.nb(

data = d
)
mod_nb |>

p-value = < 0.001
Le modèle négatif binomial ne règle pas notre problème de sur-

dispersion. Comparons les valeurs observées avec les valeurs
théoriques avec performance::check_predictions()74 . Pour 74
Nous aurions aussi
faciliter la lecture du graphique, nous allons zoomer sur les 20 pu utiliser la fonction
observed_vs_theoretical() présen-
premières valeurs.
tée dans le chapitre sur les modèles
de comptage (cf. Section 43.1.3).
mod_nb |>
performance::check_predictions() |>
plot() +
xlim(0, 20)
781
Model−predicted intervals should include observed data points
600
Counts
400
Observed data
200
0
0 5 10 15 20
ofp
Figure 45.1: Comparaison des valeurs observées et des valeurs

théoriques
Comme nous pouvons le voir sur ce graphique, le nombre de 0

prédit par le modèle est inférieur à celui observé. Cela signifie
que les 0 sont sur-représentés dans nos données par rapport à
une distribution négative binomiale. Ces 0 ont tendance à tirer
la moyenne vers le bas. Dès lors, le nombre de 1 et de 2 prédits
par le modèle sont quant à eux sur-représentés par rapport aux
données observées. On dit alors qu’il y a une inflation de zéros
dans les données (zero-inflated en anglais).
45.3 Modèles zero-inflated
Les modèles zero-inflated ont justement été prévus pour ce cas

de figure. Un modèle de Poisson zero-inflated combine deux
modèles : un modèle logistique binaire et un modèle de Pois-
son. Dans un premier temps, on applique le modèle logistique
binaire. Si la valeur obtenue est 0, le résultat final est 0. Si la
valeur obtenue est 1, alors on applique le modèle de Poisson.
Les modèles de Poisson zero-inflated sont notamment
implémentés dans le package {pscl} via la fonction
pscl::zeroinfl().
782
Calculons un premier modèle de Poisson zero-inflated.
mod_zip <- pscl::zeroinfl(

data = d
)
Regardons les coefficients du modèle (en forçant l’affichage

des intercepts). Comme il s’agit d’un modèle à plusieurs compo-
santes, nous aurons recours à ggstats::ggcoef_multicomponents().
mod_zip |>
ggstats::ggcoef_multicomponents(
type = "table",
intercept = TRUE
)
i <zeroinfl> model detected.
v `tidy_zeroinfl()` used instead.
i Add `tidy_fun = broom.helpers::tidy_zeroinfl` to quiet these messages.
783
conditional
exp(Beta) 95% CI p
(Intercept) 4.8 4.7, 5.0 <0.001
Genre de l'assuré femme 1.0

homme 0.9 0.9, 1.0 <0.001
Dispose d'une assurance privée ? non 1.0

oui 1.2 1.1, 1.2 <0.001
Santé perçue pauvre 1.3 1.3, 1.4 <0.001

moyenne 1.0
excellente 0.7 0.7, 0.8 <0.001
Nombre de conditions chroniques 1.1 1.1, 1.1 <0.001

1 3 5
exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
zero_inflated
exp(Beta) 95% CI p
(Intercept) 0.6 0.5, 0.7 <0.001

homme 1.5 1.3, 1.8 <0.001

oui 0.4 0.3, 0.5 <0.001
Santé perçue pauvre 1.0 0.8, 1.4 0.843

moyenne 1.0
excellente 1.2 0.9, 1.7 0.142

0.5 0.7 1.0
exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
Figure 45.2: Coefficients du modèle de Poisson zero-inflated
Nous obtenons deux séries de coefficients : une série conditional

correspondant au modèle de Poisson et une série zero_inflated
correspondant au modèle logistique binaire. Nous avons repré-
senter les exponentiels des coefficients, qui s’interprètent donc
comme des risk ratio pour le modèle de Poisson et des odds
ratio pour le modèle logistique.
Les variables ayant un effet significatif ne sont pas les mêmes
pour les deux composantes du modèle. Il est d’ailleurs possible
d’utiliser des variables différentes pour chaque composante,
en écrivant d’abord l’équation du modèle de Poisson, puis
celle du modèle logistique et en les séparant avec le symbole
|. D’ailleurs, la syntaxe ofp ~ gender + privins + health
+ numchron est équivalente à ofp ~ gender + privins
+ health + numchron | gender + privins + health +
numchron. Dans la littérature, on trouve fréquemment des
784
modèles de Poisson zero-inflated simplifiés où seul un intercept
est utilisé pour la composante logistique binaire.
mod_zip_simple <- pscl::zeroinfl(

ofp ~ gender + privins + health + numchron | 1,
data = d
)
mod_zip_simple |>
type = "table",
tidy_fun = broom.helpers::tidy_zeroinfl,
intercept = TRUE,
component_label = c(
conditional = "Modèle de Poisson",
zero_inflated = "Modèle logistique binaire"
)
) +
patchwork::plot_layout(heights = c(6, 1))
785
Modèle de Poisson
exp(Beta) 95% CI p
(Intercept) 4.8 4.6, 5.0 <0.001

homme 0.9 0.9, 1.0 <0.001

oui 1.2 1.1, 1.2 <0.001

moyenne 1.0
excellente 0.7 0.7, 0.8 <0.001

1 3 5
exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
Modèle logistique binaire

exp(Beta) 95% CI p
(Intercept)
0.2 0.2, 0.2 <0.001
0.3 0.5 1.0

exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
Figure 45.3: Coefficients du modèle de Poisson zero-inflated

simple
Pour ce jeu de données, cela ne modifie que peu les coefficients

de la composante modèle de comptage.
De même, il est possible de préférer un modèle négatif binomial
plutôt que Poisson pour la composante modèle de comptage. Il
suffit d’ajouter l’argument dist = "negbin".
mod_zinb <- pscl::zeroinfl(

dist = "negbin",
data = d
)
Nous pouvons aisément comparer l’AIC de ces différents mo-

dèles.
mod_poisson,
mod_zip_simple,
mod_zip,
786
mod_nb,
mod_zinb,
metrics = "AIC"
)
Name | Model | AIC (weights)

-------------------------------------------
mod_poisson | glm | 36792.1 (<.001)
mod_zip_simple | zeroinfl | 33308.5 (<.001)
mod_zip | zeroinfl | 33014.2 (<.001)
mod_nb | negbin | 24505.7 (<.001)
mod_zinb | zeroinfl | 24380.9 (>.999)
Comparons les coefficients de la composante comptage du mo-

dèle négatif binomial zero-inflated avec ceux du modèle négatif
binomial classique.
library(gtsummary)
tbl_nb <- mod_nb |>
tbl_zinb <- mod_zinb |>
tbl_regression(
component = "conditional",
exponentiate = TRUE
)
list(tbl_nb, tbl_zinb) |>
tbl_merge(c("**NB**", "**ZI-NB**")) |>
bold_labels()

787
Table 45.1: Coefficients du modèle négatif binomial et de la
composante comptage du modèle négatif binomial
zero-inflated
95% p- 95% p-
Characteristic IRR CI value exp(Beta)
CI value
Genre de
l’assuré
femme — — — —
homme 0.90 0.84, <0.001 0.93 0.88, 0.031
0.95 0.99
Dispose
d’une
assurance
privée ?
non — — — —
oui 1.39 1.29, <0.001 1.23 1.14, <0.001
1.50 1.33
Santé perçue
pauvre 1.39 1.27, <0.001 1.38 1.26, <0.001
1.53 1.51
moyenne — — — —
excellente 0.71 0.63, <0.001 0.71 0.63, <0.001
0.80 0.81
Nombre de 1.21 1.19, <0.001 1.16 1.13, <0.001
conditions 1.25 1.19
chroniques
Comme nous pouvons le voir, les résultats sont relativement

proches.
Si l’interprétation du modèle de comptage reste classique, celle
du modèle logistique binaire est parfois un peu plus complexe.
En effet, il y a deux sources de 0 dans le modèle zero-inflated :
si certains sont générés par la composante logistique binaire
(dont c’est justement le rôle), le modèle de comptage génère lui
aussi des 0. Dès lors, le modèle logistique binaire ne suffit pas à
lui seul à identifier les facteurs associés de vivre au moins une
fois l’évènement.
788
Si l’objectif de l’analyse est avant d’identifier les facteurs asso-
ciés avec le nombre moyen d’évènement, on pourra éventuelle-
ment se contenter d’un modèle zero-inflated simple, c’est-à-dire
avec seulement un intercept pour la composante zero-inflated
afin de corriger la sur-représentation des zéros dans nos don-
nées.
Alternativement, on pourra se tourner vers un modèle avec saut
qui distingue les valeurs nulles des valeurs positives : les modèles
hurdle en anglais.
45.4 Modèles hurdle
Les modèles hurdle se distinguent des modèles zero-inflated

dans le sens où l’on combine un modèle logistique binomial
pour déterminer si les individus ont vécu au moins une fois
l’évènement et un modèle de comptage tronqué (qui n’accepte
que des valeurs strictement positives) qui détermine le nombre
d’évènements vécus uniquement pour ceux l’ayant vécu au
moins une fois.
Les modèles zero-inflated et hurdle diffèrent par leur conceptua-
lisation des zéros et l’interprétation des paramètres du modèle
(C. X. Feng 2021).
Feng, Cindy Xin. 2021. « A compa-
Un modèle zero-inflated suppose que les comptes nuls résultent rison of zero-inflated and hurdle mo-
dels for modeling zero-inflated count
d’un mélange de deux distributions, l’une où les sujets pro- data ». Journal of Statistical Distribu-
duisent toujours des comptes nuls, souvent appelés “zéros struc- tions and Applications 8 (1): 8. https:
turels” ou “zéros excessifs”. Les sujets qui sont exposés au ré- //doi.org/10.1186/s40488-021-00121-
sultat mais qui n’ont pas ou n’ont pas rapporté l’expérience 4.
du résultat au cours de la période d’étude sont appelés “zéros
d’échantillonnage”. La différenciation des zéros en deux groupes
se justifie par le fait que les zéros excessifs sont souvent dus à
l’existence d’une sous-population de sujets qui ne sont pas ex-
posés à certains résultats au cours de la période d’étude. Par
exemple, lors de la modélisation du nombre de comportements
à haut risque, certains participants peuvent obtenir un score
de zéro parce qu’ils ne sont pas exposés à un tel comportement
à risque pour la santé ; il s’agit des zéros structurels puisqu’ils
ne peuvent pas présenter de tels comportements à haut risque.
D’autres participants à risque peuvent obtenir un score de zéro
789
parce qu’ils n’ont pas manifesté de tels comportements à risque
au cours de la période étudiée. La probabilité d’appartenir à
l’une ou l’autre population est estimée à l’aide d’une compo-
sante de probabilité à inflation nulle, tandis que les effectifs
de la seconde population du groupe d’utilisateurs sont modé-
lisés par une distribution de comptage ordinaire, telle qu’une
distribution de Poisson ou binomiale négative.
En revanche, un modèle hurdle suppose que toutes les données
nulles proviennent d’une source “structurelle”, une partie du
modèle étant un modèle binaire pour modéliser si la variable
de réponse est nulle ou positive, et une autre partie utilisant
un modèle tronqué, pour les données positives. Par exemple,
dans les études sur l’utilisation des soins de santé, la partie
zéro implique la décision de rechercher des soins, et la compo-
sante positive détermine la fréquence de l’utilisation au sein du
groupe de l’utilisateur.
Une autre différence importante entre les modèles hurdle et
zero-inflated est leur capacité à gérer la déflation zéro (moins
de zéros que prévu par le processus de génération des données).
Les modèles zero-inflated ne sont pas en mesure de gérer la dé-
flation zéro, quel que soit le niveau d’un facteur, et donneront
des estimations de paramètres de l’ordre de l’infini pour la com-
posante logistique, alors que les modèles hurdle peuvent gérer
la déflation zéro (Min et Agresti 2005).
Min, Yongyi, et Alan Agresti. 2005.
Les modèles hurdle peuvent être calculés avec la fonc- « Random Effect Models for Repea-
ted Measures of Zero-Inflated Count
tion pscl::hurdle() dont la syntaxe est similaire à Data ». Statistical Modelling 5 (1):
pscl::zeroinfl(). 1‑19. https://doi.org/10.1191/1471
082X05st084oa.
mod_hurdle_poisson <- pscl::hurdle(
data = d
)
mod_hurdle_nb <- pscl::hurdle(
dist = "negbin",
data = d
)
Regardons les coefficients obtenus.
790
mod_hurdle_nb |>
type = "table",
component_label = c(
conditional = "Facteurs associés au nombre d'évènements",
zero_inflated = "Facteurs associés au fait d'avoir vécu l'évènement"
)
)
Facteurs associés au nombre d'évènements

exp(Beta) 95% CI p
homme 0.9 0.9, 1.0 0.122
oui 1.2 1.1, 1.3 <0.001
moyenne 1.0
excellente 0.7 0.6, 0.8 <0.001
0.6 0.7 1.0

exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
Facteurs associés au fait d'avoir vécu l'évènement

exp(Beta) 95% CI p
homme 0.7 0.6, 0.8 <0.001
oui 2.5 2.1, 3.0 <0.001
Santé perçue pauvre 1.0 0.7, 1.3 0.895
moyenne 1.0
excellente 0.8 0.6, 1.0 0.063
1 2 3
exp(Beta)
p = 0.05 p > 0.05
Figure 45.4: Coefficients du modèle négatif binomial hurdle
Avec un tel modèle, on cherche à répondre à deux questions :
• Quels sont les facteurs associés au fait d’avoir vécu

l’évènement au moins une fois ?
791
• Si l’on a vécu l’évènement au moins une fois, quels sont
les facteurs associés à la fréquence de l’évènement ?
Dans notre exemple, le fait d’avoir une assurance privée joue à

la fois sur le fait d’aller consulter un médecin et sur le nombre
de consultations. Par contre, la santé perçue n’a pas d’effet sur
le fait d’aller consulter mais, si l’on va consulter, cela va influer
fortement sur le nombre de consultations. À l’inverse, le sexe
de l’assuré a un effet sur le fait d’aller consulter (les hommes
consultent moins que les femmes) mais, si l’on consulte, ne joue
pas sur le nombre de consultations.
45.5 Modèles de taux zero-inflated ou hurdle
Il est tout à fait possible de réaliser un modèle de taux ou

d’incidence (cf. Chapitre 44) zero-inflated ou hurdle. Pour cela,
on rajoutera comme avec un modèle classique un décalage (off-
set) correspondant au logarithme de la durée d’exposition.
Ce décalage s’ajoute a minima à la composante comptage du
modèle zero-inflated ou du modèle hurdle. Toutefois, la probabi-
lité de ne pas vivre l’évènement (donc de zéro) peut elle-même
être influencée par la durée d’exposition, auquel cas il pourrait
être pertinent d’ajouter également l’offset à la composante in-
flation des zéros du modèle. Certains auteurs suggèrent même
d’inclure le logarithme de la durée d’exposition non pas sous
forme d’un offset mais directement comme une variable expli-
cative du modèle (C. Feng 2022).
Feng, Cindy. 2022. « Zero-inflated
models for adjusting varying expo-
sures: a cautionary note on the pit-
45.6 Lectures complémentaires falls of using offset ». Journal of Ap-
plied Statistics 49 (1): 1‑23. https:
//doi.org/10.1080/02664763.2020.
• Regression Models for Count Data in R par Achim Zeileis, 1796943.
Christian Kleiber et Simon Jackman
• Too many zeros and/or highly skewed? A tutorial on mo-
delling health behaviour as count data with Poisson and
negative binomial regression par James A. Green. DOI :
10.1080/21642850.2021.1920416
792
• A comparison of zero-inflated and hurdle models for mo-
deling zero-inflated count data par Cindy Xin Feng. DOI :
10.1186/s40488-021-00121-4
• Zero-inflated models for adjusting varying exposures: a
cautionary note on the pitfalls of using offset by Cindy
Xin Feng. DOI : 10.1080/02664763.2020.1796943
793
46 Quel modèle choisir ?
La tableau synthétique ci-dessous permet d’identifier rapide-

ment quelle fonction utiliser en fonction du type de variable
à expliquer, du type de distribution et de la famille de mo-
dèles (modèle de base, modèle avec prise en compte du plan
d’échantillonnage, modèle mixte ou modèle GEE).
Ce tableau est trop grand pour un rendu au format PDF. Merci
de le consulter en ligne à l’adresse https://larmarange.github.
io/guide-R/analyses_avancees/choix-modele.html.
794
partie VII
Pour aller plus loin
795
47 Ressources documentaires
Dans ce dernier chapitre, nous listons quelques ressources do-

cumentaires, notamment sur des domaines non couverts par
guide-R.
47.1 Ressources génériques
• Introduction à R et au tidyverse de Julien Barnier

• Awesome R : cette liste recense des ressources sur diffé-
rents domaines
• Rzine : un site collaboratif et interdisciplinaire de référen-
cement et de partage de documentation sur la pratique
de R en sciences humaines et sociales
• Rseek : un moteur de recherche restreignant les résultats
à un corpus de sources sur R
• R for data science par Hadley Wickham, Mine Çetinkaya-
Rundel et Garret Grolemund
• UtilitR, une documentation sur R née à l’INSEE
• Notes de cours de R par Ewan Gallic
• Programmer en R, un wikibook collaboratif
• Introduction à la programmation en R par Vincent Goulet
• Happy Git and GitHub for the useR par Jennifer Bryan
• Modern Data Science with R par Benjamin S. Baumer,
Daniel T. Kaplan, and Nicholas J. Horton
• The Epidemiologist R Handbook: R for applied epidemio-
logy and public health porté par un collectif d’auteurs
796
• R for Non-Programmers: A Guide for Social Scientists
par Daniel Dauber
47.2 Analyse de réseaux
• L’analyse de réseau en sciences sociales. Petit guide pra-

tique par Laurent Beauguitte, HAL : hal-04052709
• Network visualization with R par Katherine Ognyanova
• Awesome Network Analysis list portée par François
Briatte
• Cours d’introduction à l’analyse de réseaux avec R par
Hugues Pecout et Laurent Beauguitte
47.3 Analyse spatiale & Cartographie
• Cartographie avec R et Géomatique avec R par Timothée

Giraud et Hugues Pecout
• Données géospatiales et cartographie avec R par Nicolas
Roelandt
• Geocomputation with R par Robin Lovelace, Jakub Nowo-
sad et Jannes Muenchow
• Spatial Modelling for Data Scientists par Francisco Rowe
et Dani Arribas-Bel
• Spatial Data Science with R and “terra” par Robert J.
Hijmans
47.4 Analyse textuelle
• Le Descriptoire : Recueil et analyse de texte avec R par

Lise Vaudor
• Text mining with R par Julia Silge et David Robinson
797

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Guide pour l’analyse de données d’enquêtes avec R

9 Facteurs et forcats 120

10 Combiner plusieurs variables 139

11 Étiquettes de variables 149

12 Étiquettes de valeurs 156

13 Valeurs manquantes 172

14 Import & Export de données 187

15 Mettre en forme des nombres 196

16 Couleurs & Palettes 209

III Analyses 218

17 Graphiques avec ggplot2 219

18 Statistique univariée & Intervalles de confiance 233

20 Échelles de Likert 318

21 Régression linéaire 328

22 Régression logistique binaire 338

23 Sélection pas à pas d’un modèle 370

24 Prédictions marginales, contrastes marginaux & ef-

25 Contrastes (variables catégorielles) 433

IV Données pondérées avec survey 490

28 Définir un plan d’échantillonnage 491

30 Analyses uni- et bivariées pondérées 507

31 Graphiques pondérés 525

32 Régression logistique binaire pondérée 529

V Manipulation avancée 537

33 Fusion de tables 538

34 Dates avec lubridate 555

35 Chaînes de texte avec stringr 581

36 Réorganisation avec tidyr 594

38 Transformations multiples 626

VI Analyses avancées 644

39 Analyse factorielle 645

40 Classification ascendante hiérarchique 669

41 Régression logistique multinomiale 701

42 Régression logistique ordinale 721

44 Modèles d’incidence / de taux 769

45 Modèles de comptage zero-inflated et hurdle 779

46 Quel modèle choisir ? 794

VII Pour aller plus loin 795

47 Ressources documentaires 796

Á Guide en cours d’écriture

Ce guide est encore incomplet. Le plan prévu est visible

Ce guide porte sur l’analyse de données d’enquêtes avec le lo-

Ce document a bénéficié de différents apports provenant notam-

Ce document est mis à disposition selon les termes de la Li-

L’installation par défaut du logiciel R contient le cœur du pro-

L’installation d’une extension se fait par la fonction

Sous RStudio, on pourra également cliquer sur Install dans

Le package {remotes} n’est pas disponible par dé-

Une fois un package installé (c’est-à-dire que ses fichiers ont

Il est important de bien comprendre la différence entre

1.3 Mise à jour

Pour mettre à jour l’ensemble des packages installés, il suﬀit

Sous RStudio, on pourra alternativement cliquer sur Update

Après une mise à jour majeure de R, il est souvent né-

1.4 Installation depuis GitHub

Certains packages ne sont pas disponibles sur CRAN mais

Pour les utilisatrices et utilisateurs sous Windows, il faut

Le code source du package {labelled} est disponible