PLAN

INTRODUCTION
I. Généralité sur les micro-organismes
II. Utilisation des micro-organismes dans le
domaine agro-alimentaire
III. Utilisation des micro-organismes dans le
domaine sanitaire
IV. Utilisation des micro-organismes dans le
domaine agricole
CONCLUSION

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 INTRODUCTION
Les micro-organismes, ces êtres invisibles à l'œil nu, jouent un rôle
essentiel dans notre quotidien, influençant de manière significative
différents domaines de notre vie, de l'agriculture à la médecine en passant
par l'industrie. Leur capacité à se reproduire rapidement, à s'adapter à
divers environnements et à interagir avec d'autres organismes en fait des
acteurs incontournables dans de nombreux processus biologiques. Dans
cet exposé, nous explorerons en détail le vaste domaine d'application des
micro-organismes et les techniques innovantes d'utilisation de ces êtres
minuscules dans chaque domaine, mettant en lumière leur importance
cruciale dans notre société moderne.

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I. Généralité sur les micro-organismes
➢ Définition
Les microorganismes sont étymologiquement des « petits organismes »,
donc des êtres vivants si petits qu’ils ne sont observables qu’au
microscope. Ce terme englobe une variété d’espèces très différentes,
qu’elles soient procaryotes (bactéries) ou eucaryotes (levures, algues).
Certains incluent aussi les virus, bien qu’ils soient à la limite du vivant.
Bref, ces microorganismes se présentent sous plusieurs formes.
➢ Les différentes formes des microorganismes
Les micro-organismes ont été les premières formes de vie à se développer
sur Terre, il y a environ 3,4 à 3,7 milliards d’années. Le transfert horizontal
de gènes, de pair avec un haut taux de mutation et de nombreux autres
moyens de la variation génétique, permet aux micro-organismes d’évoluer
rapidement (par sélection naturelle), de survivre dans des environnements
nouveaux et répondre à des stress environnementaux. Cette évolution
rapide est importante dans la médecine, car elle l’a conduit à l’évolution
récente de « super-microbes » – des bactéries (notamment pathogènes)
rapidement devenues résistantes aux antibiotiques modernes. Certains
microbes dont ceux dits extrêmophiles ont acquis au cours de l’évolution
des moyens de résistance face au système immunitaire de leur hôte ou face
au stress environnemental (acides, pression, température, froid, oxydants,
métaux lourds, radioactivité, etc.), soit en s’adaptant à l’un ou l’autre de
ces « facteurs de stress », soit en entrant en sommeil ou en se protégeant
par « enkystement ».
Un même microbe peut ainsi se présenter sous plusieurs formes,
Toxoplasma gondii offre par exemple – selon le contexte – 3 formes :
• tachyzoïte ; forme active à haut taux de reproduction ;
• mérozoïte ; se reproduisant moins vite, mais protégé dans des
kystes cellulaires ;
• sporozoïte ; forme très protégée logée dans des oocystes.
Les micro-organismes sont présents dans toute la structure de la taxonomique.
Il est possible de distinguer d’une part les micro-organismes procaryotes qui
ne possèdent pas de noyau comme les bactéries et les Archaea, et d’autre part
les micro-organismes eucaryotes possédant un noyau. Les eucaryotes

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 microscopiques comprennent les champignons comme les levures et les deux
types de protistes, algues et protozoaires.

Micro-organismes sous observation microscopique

II. Utilisation des micro-organismes dans le domaine

agro-alimentaire
Les micro-organismes jouent un rôle crucial dans le domaine agroalimentaire,
contribuant à divers aspects de la production, de la transformation et de la
conservation des aliments. Voici quelques-unes des principales façons dont ils
sont utilisés :
❖ La fermentation alimentaire
La fermentation alimentaire est un processus biologique dans lequel des
micro-organismes, tels que les bactéries lactiques, les levures et les
moisissures, métabolisent les glucides et les protéines présents dans les
aliments, produisant ainsi divers composés comme l'acide lactique, l'alcool, le
dioxyde de carbone et les acides organiques. Ces composés contribuent à la
conservation des aliments en inhibant la croissance des micro-organismes
pathogènes.
 Les différents types de fermentation :
Fermentation lactique : Les bactéries lactiques, telles que Lactobacillus
et Streptococcus, sont utilisées pour fermenter les sucres présents dans les
aliments, comme le lait, les légumes et les fruits. Cette fermentation
produit de l'acide lactique, ce qui abaisse le pH de l'aliment, inhibant ainsi
la croissance des bactéries pathogènes et des moisissures.

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 Fermentation alcoolique : Les levures, telles que Saccharomyces
cerevisiae, sont utilisées pour fermenter les sucres en alcool et en dioxyde
de carbone. Cette fermentation est couramment utilisée dans la production
de boissons alcoolisées telles que le vin, la bière et le cidre.
Fermentation acétique : Les bactéries acétiques, telles que Acetobacter,
sont utilisées pour convertir l'alcool en acide acétique, produisant ainsi du
vinaigre. Cette fermentation contribue à la conservation des aliments en
abaissant le pH et en inhibant la croissance des micro-organismes
indésirables.
 Avantages de la fermentation :
Prolongation de la durée de conservation : La fermentation réduit le pH
de l'aliment, créant un environnement acide qui inhibe la croissance des
micro-organismes pathogènes et des détériorateurs.
Amélioration de la digestibilité et de la valeur nutritionnelle : La
fermentation peut augmenter la digestibilité des aliments en dégradant les
composants indigestes et en produisant des enzymes digestives. De plus,
elle peut augmenter la teneur en vitamines et en composés bioactifs.
Développement de saveurs complexes : La fermentation produit une
variété de composés aromatiques et de saveurs complexes qui améliorent
la qualité sensorielle des aliments.
 Exemples de produits fermentés :
Yaourts : Le lait est fermenté par des bactéries lactiques pour produire du
yaourt, un produit laitier populaire riche en probiotiques.
Choucroute : Le chou est fermenté avec du sel et des bactéries lactiques
pour produire de la choucroute, un aliment fermenté traditionnellement
consommé en Europe.
Kimchi : Le kimchi est un plat coréen de légumes fermentés,
principalement du chou chinois, assaisonné avec du piment, de l'ail et du
gingembre. Conservation des aliments
Certains micro-organismes, tels que les bactéries lactiques et les moisissures,
sont utilisés dans la conservation des aliments par fermentation. La fermentation
produit des composés tels que l'acide lactique et l'alcool, qui inhibent la
croissance des micro-organismes pathogènes et prolongent la durée de
conservation des aliments. Par exemple, la choucroute et le kimchi sont des
légumes fermentés qui sont conservés grâce à des micro-organismes lactiques.
❖ Biocontrôle des pathogènes

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Certains micro-organismes, tels que les bactéries du genre Bacillus et les
champignons du genre Trichoderma, sont utilisés comme agents de lutte biologique
pour contrôler les pathogènes des plantes et réduire l'utilisation de pesticides
chimiques. Ces micro-organismes peuvent coloniser la rhizosphère des plantes et
produire des métabolites antimicrobiens qui inhibent la croissance des pathogènes.
 Agents de lutte biologique
Les agents de lutte biologique sont des organismes vivants utilisés pour contrôler les
populations de ravageurs ou de pathogènes sans recourir à des pesticides chimiques.
Les bactéries du genre Bacillus et les champignons du genre Trichoderma sont parmi
les micro-organismes les plus utilisés à cette fin.
 Bacillus
Les bactéries du genre Bacillus, telles que Bacillus thuringiensis (Bt), produisent des
protéines toxiques appelées endotoxines, qui sont spécifiques à certains groupes
d'insectes. Lorsque les insectes ingèrent ces endotoxines, elles interfèrent avec leur
système digestif, entraînant leur mort. Cette propriété est exploitée dans la lutte
biologique contre les insectes ravageurs des cultures.
 Trichoderma
Les champignons du genre Trichoderma sont connus pour leur capacité à coloniser
les racines des plantes et à former des associations bénéfiques avec celles-ci. En
colonisant la rhizosphère, la zone de sol autour des racines, Trichoderma peut
protéger les plantes contre les pathogènes en produisant des métabolites
antimicrobiens qui inhibent leur croissance. De plus, Trichoderma peut stimuler le
système immunitaire des plantes, augmentant ainsi leur résistance aux maladies.
 Avantages de la lutte biologique
▪ Réduction de l'utilisation de pesticides chimiques : En utilisant des
agents de lutte biologique, il est possible de réduire la dépendance aux
pesticides chimiques, ce qui contribue à préserver la biodiversité et à
réduire les risques pour la santé humaine et l'environnement.
▪ Sélectivité : Les agents de lutte biologique sont souvent sélectifs dans leur
action, ciblant spécifiquement les organismes nuisibles tout en préservant
les organismes non cibles tels que les pollinisateurs et les prédateurs
naturels.

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 ▪ Durabilité : La lutte biologique est un élément clé des pratiques agricoles
durables, contribuant à réduire les impacts environnementaux tout en
maintenant la productivité agricole à long terme.

III. Utilisation des micro-organismes dans le domaine

sanitaire
Le secteur de la santé (humaine et vétérinaire) fait un appel croissant aux
biotechnologies, pour découvrir, tester et produire de nouveaux traitements (ex :
vaccins, protéines recombinantes, anticorps monoclonaux, thérapie cellulaire et
génique (non-virale)), mais aussi pour diagnostiquer et comprendre les causes des
maladies. Ceci suppose un effort de recherche très important pour comprendre le
fonctionnement des organismes, et concevoir des médicaments capables d’agir sur
d’éventuelles perturbations, et pour mieux différencier la part de la génétique et de
l’environnemental dans l’étiologie et l’épidémiologie des maladies. Ces
biotechnologies sont encore désignées sous le terme ‘’biotechnologies rouges’’.

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 ❖ Les biotechnologies rouges
Les biotechnologies rouges concernent les domaines de la santé, du médicament, du
diagnostic, de l’ingénierie tissulaire ainsi que le développement de procédés
génétiques ou moléculaires ayant une finalité thérapeutique. C’est dans cette
catégorie que les efforts les plus importants ont été entrepris. Des nouveaux
médicaments seront issus, directement ou indirectement, des biotechnologies
modernes, ce qui explique l’engouement des industriels et des financiers. C’est aussi
dans cette catégorie que les biotechnologies utilisant les cellules souches
embryonnaires, les techniques du clonage et les outils de diagnostic génétique posent
de redoutables questions d’éthique et imposent des limites d’emploi. Grâce aux
outils du génie génétique et à la connaissance du génome humain, on obtient de
nombreuses informations permettant d’identifier des cibles moléculaires nouvelles
qui sont d’une grande importance dans l’approche thérapeutique des pathologies
humaines ou animales. On peut estimer entre 5000 et 10000 le nombre de ces cibles
potentielles, alors que, aujourd’hui, seules moins de 500 d’entre elles sont
exploitées. Repérer dans cette abondance les plus pertinentes représente un véritable
défi. C’est avec la production de molécules complexes, issues du vivant (hormones,
etc.), que les biotechnologies ont acquis leurs lettres de noblesse. L’usine cellulaire,
qu’elle soit bactérienne ou eucaryote, se révèle d’une remarquable efficacité, capable
de fabriquer, de manière plus ou moins fidèle, des molécules ou des substances
qu’aucun chimiste ne pourrait synthétiser. De plus, les produits biotechnologiques
sont, généralement, beaucoup plus sûrs que les extraits d’organes humains ou
animaux qui peuvent être contaminés par des virus ou d’autres éléments. L’histoire
tristement célèbre de l’hormone de croissance nous le rappelle dramatiquement. Ces
biomédicaments représentent, d’ailleurs, une suite logique des recherches visant à
extraire du monde animal, végétal ou microbien des principes actifs connus en
médecine traditionnelle. Les biomédicaments anciens étaient des molécules
chimiques plus ou moins simples (aspirine provenant du saule, colchicine du
colchique, taxol de l’if, pénicilline de moisissure). Aujourd’hui, le regard nouveau
porté sur les médecines traditionnelles chinoises, indiennes, africaines ou autres,
allié aux outils du génie génétique, mobilise de nombreux laboratoires publics ou
privés dans la recherche de nouvelles substances d’intérêt thérapeutique. En plus
d’être un réservoir naturel de molécules médicaments, les plantes peuvent être
utilisées comme des usines de production de médicaments biotechnologiques. Pour
cela, on insère dans leur génome le gène « d’intérêt » qui leur permet de produire la
protéine souhaitée. Ainsi, par exemple, la lipase, intervenant dans le traitement de la

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mucoviscidose, est produite dans du maïs transgénique. De même, le tabac peut
produire, en 48-72 heures, assez de protéines de bonne qualité pour rivaliser avec les
micro-organismes usine. À côté de ces innombrables développements que l’on
regroupe sous l’appellation « biotechnologies rouges moléculaires », des progrès
notables sont accomplis dans les « biotechnologies rouges cellulaires » dus à une
meilleure connaissance de la physiologie cellulaire. Ainsi, on peut en quelques
semaines reproduire in vitro, à partir de quelques cellules souches de l’épiderme,
une peau complète pour traiter un grand brûlé. Cet exemple illustre une nouvelle
dimension de la médecine régénérative ou de reconstruction dans laquelle les
cellules souches, qu’elles soient embryonnaires ou omatiques, sont appelées à jouer
un rôle primordial, notamment dans les maladies neurodégénératives.
❖ La prévention

Dans le domaine de la santé, les microorganismes sont au cœur

des biotechnologies. Environ 80 % des sociétés de biotechnologies se
concentrent sur la santé humaine et animale.

 Les probiotiques
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont
administrés en quantité adéquate, confèrent un bénéfice pour la santé
de l'hôte. Ils sont souvent utilisés pour maintenir ou rétablir l'équilibre
de la flore intestinale, ce qui peut aider à prévenir les infections gastro-
intestinales et à renforcer le système immunitaire.
 Hygiène personnelle
Certains micro-organismes, tels que les bactéries lactiques, sont utilisés
dans la production de produits d'hygiène personnelle tels que les savons
antibactériens et les désinfectants pour les mains. Ces produits aident à
éliminer les micro-organismes pathogènes et à réduire le risque de
transmission d'infections.
 Désinfection et stérilisation
Certains micro-organismes, comme les bactéries probiotiques et les
bactériophages, sont utilisés dans des solutions de nettoyage et de
désinfection pour éliminer les agents pathogènes des surfaces et des
environnements. De plus, des techniques telles que la pasteurisation et

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 la stérilisation par la chaleur sont utilisées pour éliminer ou réduire la
charge microbienne dans les aliments et les dispositifs médicaux.
 Vaccination
Les vaccins sont souvent fabriqués à partir de micro-organismes
atténués ou inactivés, ou de leurs composants, afin de stimuler la
production d'anticorps spécifiques et de conférer une immunité
protectrice contre les maladies infectieuses. Les vaccins jouent un rôle
crucial dans la prévention des maladies transmissibles telles que la
grippe, la rougeole et la polio.
 Contrôle des vecteurs
Certains micro-organismes, tels que les bactéries Bacillus thuringiensis
(Bt), sont utilisés comme agents de lutte biologique pour contrôler les
vecteurs de maladies, tels que les moustiques et les mouches. Ces
micro-organismes produisent des toxines qui sont spécifiques à certains
insectes et peuvent être utilisées de manière ciblée pour réduire les
populations de vecteurs et prévenir la transmission de maladies telles
que le paludisme et la dengue.
En combinant ces approches avec des pratiques d'hygiène et de prévention
appropriées, l'utilisation des micro-organismes dans le domaine sanitaire peut
contribuer de manière significative à la réduction de la propagation des maladies
infectieuses et à la promotion de la santé publique.

Laboratoire de recherche sur les micro-organismes

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IV. Utilisation des micro-organismes dans le domaine
agricole
Dans le domaine agricole, les micro-organismes sont utilisés de diverses manières
pour améliorer les rendements des cultures, préserver la santé des sols et réduire la
dépendance aux intrants chimiques. Voici une expansion sur l'utilisation des micro-
organismes dans le domaine agricole :
▪ Biofertilisation : Les micro-organismes bénéfiques, tels que les bactéries
fixatrices d'azote et les mycorhizes, sont utilisés pour augmenter la
disponibilité des nutriments pour les plantes. Les bactéries fixatrices d'azote,
telles que Rhizobium et Azospirillum, sont capables de convertir l'azote
atmosphérique en une forme assimilable par les plantes, ce qui réduit le besoin
d'engrais azotés synthétiques. Les mycorhizes forment des associations
symbiotiques avec les racines des plantes, augmentant ainsi leur capacité à
absorber les nutriments du sol, en particulier les phosphates.
▪ Biocontrôle des ravageurs : Certains micro-organismes, tels que les
bactéries du genre Bacillus et les champignons entomopathogènes, sont
utilisés comme agents de lutte biologique pour contrôler les ravageurs des
cultures. Par exemple, Bacillus thuringiensis (Bt) produit des toxines
spécifiques aux insectes qui sont efficaces contre les chenilles et les larves de
moustiques, réduisant ainsi la nécessité d'utiliser des insecticides chimiques
nocifs pour l'environnement.
▪ Amélioration de la qualité du sol : Les micro-organismes jouent un rôle
crucial dans le maintien de la santé des sols agricoles. Les bactéries du sol,
les champignons et les actinomycètes participent au recyclage des
nutriments, à la décomposition de la matière organique et à la formation de
la structure du sol. Par exemple, les bactéries du genre Rhizobium
établissent une symbiose avec les légumineuses, fixant l'azote
atmosphérique et enrichissant ainsi le sol en nutriments pour les cultures
suivantes.
▪ Dégradation des polluants : Certains micro-organismes sont utilisés pour
dégrader les polluants organiques présents dans le sol et l'eau, contribuant
ainsi à la dépollution des sites contaminés. Par exemple, les bactéries
dénitrifiantes peuvent décomposer les nitrates et les nitrites, réduisant ainsi
la pollution par les nitrates des eaux souterraines.

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▪ Dégradation des polluants : Certains micro-organismes sont utilisés pour
dégrader les polluants organiques présents dans le sol et l'eau, contribuant
ainsi à la dépollution des sites contaminés. Par exemple, les bactéries
dénitrifiantes peuvent décomposer les nitrates et les nitrites, réduisant ainsi
la pollution par les nitrates des eaux souterraines.

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 CONCLUSION
En conclusion, il est indéniable que les micro-organismes sont au cœur de
nombreux domaines d'activité humaine, apportant des contributions
inestimables à l'agriculture, à la santé, à l'environnement et à l'industrie.
Leur utilisation judicieuse et innovante offre des solutions durables et
efficaces pour relever les défis actuels auxquels notre société est
confrontée, de la sécurité alimentaire à la dépollution environnementale.
À mesure que nous continuons à explorer et à comprendre davantage le
monde microbien, il est certain que les micro-organismes joueront un rôle
encore plus crucial dans la construction d'un avenir plus durable et
résilient pour tous.

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