Cours de Biochimie structurale Dr.RAHIM I.

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Chapitre III : Acides aminés, Peptides et Protéines

III.1.Acides aminés
1. Définition :
Les Acides Aminés sont des molécules chimiques, des monomères des molécules
protéiques, qui possèdent deux fonctions:
- Une fonction carboxylique (-COOH) (Acide);
- Une fonction amine primaire (-NH2) ou secondaire (- NH - ) (Base) ;
Ces deux fonctions sont portés par un même atome de carbone (noté α).

- Le radical R est un résidu variable qu'on appelle la chaîne latérale.

2. Classification des Acides aminés: les Acides aminés sont classés selon la polarité du
Radical R ou selon la nature chimique de ce dernier.
2.1.Classification des Acides aminés selon la polarité du Radical R à pH neutre pHm=6: On
distingue (voir planche): il existe 20 acides aminés constitutifs de toutes les protéines
classés en 2 groupes :
1- AA apolaires ou hydrophobes à pHm=6: Non chargés (non ionisables) : aa à R
hydrocarboné, aliphatique ou aromatique :
Glycolle ou Glycine, alanine, valine, leucine, isoleucine, méthionine, phénylalanine,
tryptophane et proline.
2- AA polaires ou hydrophiles à pHm=6:
- AA polaires neutre à pHm=6 (non ionisables à pH neutre): Sérine, thréonine,
asparagine, glutamine, cystéine et tyrosine.
- AA polaires chargés négativement (acides) à pHm=6 : Acide aspartique (Aspartate),
acide glutamique (Glutamate).
- AA polaires chargés positivement (basiques) à pHm=6 : Lysine, arginine et histidine.

Acides aminés Apolaire (n=9)

Glycine (Gly, G) : Alanine (Ala, A) : Valine (Val, V) :
R est un groupement isopropyle

Leucine (Leu, L) : R est un Isoleucine (Ile, I) : R est Proline (Pro, P) : R est lié au
groupement isobutyle un groupement butyle Cα et à la fonction imine (NH)
secondaire

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Méthionine (Met, M) : Phénylalanine (Phe, F) : Tryptophane (Trp, W) : R

groupement thioéther R est un groupement phényle est un groupement indole

Acides aminés polaire neutre (n=6)

Sérine (Ser, S) : alcool Cystéine (Cys, C) : Thréonine (Thr, T) : alcool
primaire groupement thiol secondaire

Tyrosine (Tyr, Y) : R est un Asparagine (Asn, N) : Glutamine (Gln, Q) : amide de

groupement phénol amide de l'acide aspartique l'acide glutamique

Acides aminés polaire Acide ou chargés négativement (n=2)

Acide aspartique (Asp, D) : groupement β- Acide glutamique (Glu, E) : groupement γ-
carboxyle carboxyle

Acides aminés polaire basique ou chargés positivement (n=3)

Lysine (Lys, K) : groupement Histidine (His, H) : Arginine (Arg, R) :
ε-amino groupement imidazole groupement δ-guanidyle

2.2.Classification des Acides aminés selon la nature chimique du Radical R :

- Acides aminés aliphatiques : la chaîne latérale est une chaîne carbonée aliphatique
linéaire ou ramifiée. Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, et Pro.
- Acides aminés à fonction alcool: La chaîne latérale contient une fonction alcool. Ser,
Tyr et Thr
- Acides aminés à fonction soufre (soufrés) : La chaîne latérale contient un atome de
soufre. Cys et Met
- Acides aminés à fonction amide: La chaîne latérale contient une fonction amide. Asn,
Gln
- Acides aminés à fonction imine ou iminoacide: La fonction amine de l'acide aminé est
un amine secondaire (imine). Pro

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- Acides aminés à fonction acide ou dicarboxyliques: La chaîne latérale contient un

groupement carboxyle libre. Asp et Glu
- Acides aminés dibasiques: La chaîne latérale contient une fonction amine qui porte une
charge positive. Lys, Arg et His
3. Autres Acides aminés: n’entrant pas dans la composition de protéines.
Plus de 150 acides aminés ont été identifiés dans le monde vivant soit sous forme libre, soit
sous forme liée. Le plus souvent, ces acides aminés sous forme libre sont soit des
intermédiaires métaboliques importants soit des médiateurs chimiques. Exemples : Ornithine
et citrulline (cycle de l’urée) ; Acides α et γ aminobutyriques ; β-alanine ; Thyroxine,
hormone thyroïdienne…etc.
Il existe d’autres acides aminés rares ou occasionnels comme l’hydroxyproline,
l’hydroxylysine, …etc.

4. Codes des Acides aminés:

Il existe des codes à trois ou une lettre extrêmement utilisés pour les séquences protéiques
(voir planche).
5. Propriétés physicochimiques des Acides aminés:
1- Propriétés physiques
a) Solubilité :
Les acides aminés sont solubles dans l’eau et les solvants polaires (alcools) et insolubles
dans les solvants apolaires ou organiques (benzène, éther, hexane, ..).
b) Isomère optique (série D et L) et Pouvoir rotatoire:
- Série D et L des acides aminés
Les deux énantiomères sont définis de la même manière que pour les oses en prenant le
glycéraldéhyde comme référence dans la représentation de Fischer :
- Si le groupement amine αNH2 est sur la droite en parle de série D.
- Si le groupement amine αNH2 est sur la gauche en parle de série L.
Ce deux isomères optiques (Stéréoisomères) sont non superposables car l’un est l’image de
l’autre par rapport à un miroir. Leur propriétés physicochimiques sont identiques (sauf le
pouvoir rotatoire).

Il existe deux acides aminés possédant un 2ème carbone asymétrique (Ile et Thr).

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Le composé naturel est appelé L, les 2 autres stéréo-isomères dont les positions relatives
des substituants sont différentes, sont appelés « allo ». Ils ne sont pas présents dans les
protéines.

- Pouvoir rotatoire (PR) des acides aminés

En raison de leur carbone asymétrique, tous les acides aminés (sauf la glycine) dévient le
plan de la lumière polarisée d’un angle de déviation α. On dit qu’ils sont doués d’activité
optique.
- Si le plan de la lumière polarisée est dévié à droite, on dit que la molécule est
Dextrogyre et le PR est (+).
- Si le plan de la lumière polarisée est dévié à gauche, on dit que la molécule est
Lévogyre et le PR est (-).

Remarque :
- L’appartenance à la série D ou L n’a rien avoir avec le PR.
- Les acides aminés constitutifs des protéines sont tous de la série L. Néanmoins, dans
des peptides bactériens notamment ceux qui entrent dans la constitution de la paroi
cellulaire ou encore certains peptides doués d’activité antibiotique on trouve des acides
aminés de la série D.
Le pouvoire rotatoire ou activité optique est donné par la relation suivante :
R : angle de déviation en degré

L : largeur de la cuve en dm

C : concentration de la solution d’AA a déterminé en

g/100ml

c) Propriétés spectrales:
- Absorption :
Les solutions d’acides aminés sont incolores. Aucun des 20 aa trouvés dans les protéines
n’absorbent la lumière dans le visible. Tous les autres acides aminés absorbent dans l’UV
lointain à une longueur d’onde < 220nm.

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Les acides aminés aromatiques absorbent dans l’UV entre 260 (Phe) et 280nm (Tyr et
TRP). Cette propriété nous permet le dosage spectrophotométrique des protéines
Applications au dosage.
- Fluorescence :
Certaines molécules, lorsqu'elles sont excitées par une lumière incidente à une longueur
d'onde où elles absorbent ce rayonnement émettent une lumière de longueur d'onde plus
grande : c'est le phénomène de fluorescence.
Parmi les acides aminés seul le tryptophane, grâce à la structure de son noyau indolique,
est fluorescent. Ainsi soumis à un rayonnement à 278 nm il émet une fluorescence à 348 nm.
Cette propriété permet de doser le tryptophane et de juger de l’influence de son
environnement.
2- Propriétés acido-basiques ou ionisation des acides aminés :
En solution aqueuse (=dans tout système biologique), les acides aminés sont ionisés.
Les aa possèdent au moins 2 groupements ionisables le groupement COOH et NH2
primaire ils sont amphotères (peuvent agir comme des acides et comme des bases) et existent
sous différentes formes ionisées selon le pH du milieu.

- En milieu acide ils acceptent les protons :

- En milieu basique ils donnent les protons :

- En allant d’un pHm très acide à un pHm basique (alcalin) (ionisation)

Les acides aminés peuvent être sous forme d’ion dipolaire: Zwitterion (charge 0) :

Ionisation d’acides aminés apolaires :

En allant d’un pH acide (pH=1) à un pH basique (pH=14), on peut schématiser l’évolution
des charges d’un AA, ayant un radical apolaire dépourvu de groupements chargés comme
suit:

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On détermine les pKs des groupements ionisables:

- pK1=pK COOH: environ 2 à 3
- pK2=pK NH2: environ 8 à 10
- pK3=pK R: dépend du Radical
Le pK est la constante de ½ dissociation de COOH et de NH2 et du Radical (AA polaires).
Un acide aminé est caractérisé par 2 constantes de dissociation (pKs, AA apolaires) voir 3
(AA polaires).
Le pH isoélectrique ou point isoélectrique= pHi
Le point isoélectrique correspond au pH du milieu qui donne la forme zwitterion des acides
aminés. Il se calcule par la moyenne algébrique des pKs des fonctions ionisables de part et
d'autre de la forme de charge nulle (zwitterion).

Ionisation d’acides aminés polaires acides :

Exemple : Glutamate

Dans ce cas le pHi= 1/2(pKCOOH+pK R) car la forme zwitterion est entre le pKCOOH et le
pKR.
Ionisation d’acides aminés polaires basiques :
Exemple : Lysine

Dans ce cas le pHi= ½ (pKNH2+pKR) car la forme zwitterion est entre le pKNH2 et le pKR.
Remarque:
 Le pHi des Acides aminés apolaire est la moyenne des deux PK COOH et PK NH2
 Le pHi des acides aminés polaires chargés est la moyenne des PKs les plus proches en
valeur :
- Le pHi des acides aminés neutres va de pH 4,8 à 6,3.
- Le pHi des acides aminés basiques, le pHi s’étend de 7,8 à 10,8
- Le pHi des acides aminés acides, le pHi va de 2,7 à 3,2.
 A un pH supérieur au point isoélectrique, les acides aminés forment des anions; au
dessous de ce pHi critique, ils fixent des protons et existent à l’état de cations.

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3- Propriétés chimique des acides aminés :

1-Propriétés de la fonction carboxyle (COOH)
1.1-Réaction de Réduction : La fonction COOH peut être réduite en alcool en présence de
borohydrure de sodium (NaBH4) ou de lithium (LiBH4). Cette réaction permet l’identification
de l’acide aminé C terminal des protéines.

1.2-Réaction de Décarboxylation : la décarboxylation d’un acide aminé donne naissance à un

amine. Cette réaction peut se faire par voie chimique ou enzymatique (décarboxylases).

1.3-Réaction d’Amidation et formation d’amide: elle résulte de la réaction avec la fonction

amine d’un acide aminé, d’un amine ou de l’ammoniac.

1.4-Réaction d’estérification: en milieu acide, les acides aminés réagissent avec les alcools
pour former des esters.

2-Propriétés de la fonction amine (NH2)

2.1-Réaction de Désamination (Van slyke): cette réaction peut se faire par voie chimique
(l’acide nitreux (HNO2) ou enzymatique (désaminases). Elle est à la base du dosage des
acides aminés par mesure du volume de N2 libéré (méthode de Van slyke).

2.2-Réaction d’EDMAN ou Réaction au phényl-isothiocyanate ( PITC ) : les thiocyanates et

isothiocyanates vont réagir avec la fonction amine pour donner en milieu alcalin un dérivé N

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phényl thiocarboxylé, en milieux acide ce dernier se cyclise pour donner du

phenythiohydantoine (PTH) facilement détectable dans l’UV et facile à identifier.
Cette réaction est utilisée pour déterminer la séquence des protéines.

2.3-Réaction de Sanger (réaction d’arylation): le 2-4-dinitrofluorobenzène (DNFB) réagit

avec la fonction amine des acides aminés pour former le 2-4-dinitrophenyl-aa (DNP-aa).

2.4-Réaction de de dansylation (réaction d’acylation): le chlorure de dansyl réagit avec la

fonction amine des acides aminés pour former des dérivés sulfamides très fluorescents donc
facilement détectables.

3-Propriétés simultanées de la fonction amine (NH2) et carboxyle (COOH)

3.1-Réaction à la Ninhydrine : la ninhydrine est un agent oxydant puissant, par chauffage les
acides aminés réagissent acides aminés réagissent avec 2 molécules de ninhydrine pour
donner :
- Un produit coloré en violet (amine primaire des 19 aa)
- Un produit coloré en jaune pour la proline (amine secondaire).
L'acide aminé est complètement dégradé par une réaction de désamination et de
décarboxylation.

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4-Propriétés de la chaîne latérale (radical)

4.1-Oxydation de la fonction thiol (SH) de la cystéine en cystine :
Les groupements thiols de la cystéine jouent un rôle fondamental dans la structure et donc
l’activité biologique des protéines. Ce groupement peut s’oxyder en disulfure en présence
d’oxygène atmosphérique, de sels de fer ou d’autres agents d’oxydation douce. La cystine
ainsi obtenue résulte donc d’une liaison covalente entre deux molécules de cystéine. Le résidu
cystine joue un rôle de pont disulfure entre chaînes polypeptidiques intra ou
intermoléculaires; ce pont peut être coupé par des réducteurs comme le ß mercaptoéthanol
avec libération de deux fonctions thiols.

4.2-Fonction alcool : la fonction alcool primaire de la sérine et secondaire de la thréonine des

chaines latérales peut être estérifiée par l’acide phosphorique (H3PO4) pour donner la
phosphoSérine ou la phosphoThréonine.

4- Méthodes de séparation des acides aminés :

L’analyse de la vingtaine d’acides aminés naturellement présents dans les protéines
nécessite d’abord leur séparation puis leur dosage. Les techniques séparatives les plus
utilisées sont soit de type chromatographique soit de type électrophorétique.
4.1- Méthode de séparation basée sur la charge des acides aminés
Electrophorèse sur papier : C’est une méthode de séparation de particules chargées
électriquement par migration différentielle sous l’action d’un champs électrique. Les
molécules se dépalcent vers le pôle de charge opposée à leur charge.

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Remarque : la charge des AA dépend de leur pHi et du pH du milieu (pHm)

- pHm<pHi AA AA+ migre vers la cathode.
- pHm=pHi AA AA0 pas de migration, l’AA reste au point de dépôt.
- pHm>pHi AA AA- migre vers l’anode.
Exemple : on veut séparer un mélange d’acides aminés constitué de : Arg (pHi=10.7) ; Asp
(pHi =3.1) ; Glu (pHi=3.2) ; Ala (pHi=6) ; Tyr (pHi=6.8) à un pHm=6.
- pHi Asp=3.1 < pHm=6Asp- migre vers l’anode.
- pHi Glu=3.2 < pHm=6Glu- migre vers l’anode.
- pHi Ala=6 = pHm=6Asp0 reste au voisinage de point de dépôt .
- pHi Tyr=6.8> pHm=6Tyr+ migre vers la cathode.
- pHi Arg=10.7> pHm=6Arg+ migre vers la cathode.

Chromatographie échangeuse d’ions : Les résines à échange d’ions sont des polymères
insolubles qui fixent des fonctions polaires ionisables.La colone de chromatographie est
constitué de resine. la résine fixe un groupement ionisable qui peut etre chargé négativement
comme le groupement sulfonyl SO3- ou positivement comme l’amonium quaternaire. Ces
groupents échangent les acides aminés contre les inons fixés.
- La résine échangeuse de cations est chargée négativement et fixe les acides aminés
chargés positivement.
- La résine échangeuse d’anions est chargée positivement et fixe les acides aminés
chargés négativements.

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La séparation d’un mélange d’acides aminés se fait en 2 étapes :

1. Etape de fixation : consiste a ionisé les acides aminés en les métant dans un pH adéquat
pour qu’ils soient fixés selon la résine.
2. Etape d’élution : consiste à changé progressivement le pH pour éluer les acides aminés
un par un.
Exemple : on veut séparer un mélange de Arg (pHi=10.7) ; Asp (pHi =3.1) ; Glu (pHi=3.2) ;
Ala (pHi=6) ; Tyr (pHi=6.8) sur résine échangeuse de cations et d’anions.
Chromatographie éhangeuse d’anions :
1.Fixation : Il faut charger les AA négativement pour les fixer pour cela on choisit un pHm
qui est basique et superieur au pHi de l’AA le plus basique qui est dans ce cas >10.7 .
on chisit 11 à ce pHm tout les AA seront chargés- Arg- ; Asp-, Ala-, Glu-,Tyr-. Les AA- sont
tous fixés.
2. Elution : Pour les éluer et les séparer on diminue le pH progressivement un pH
décroissant. Lorsque :
- pHm= pHi 10.7ArgArg0 élution de l’Arg ;
- pHm= pHi Tyr 6.8Tyr0 élution duTyr ;
- pHm= pHi Ala 6 Ala0 élution de l’Ala ;
- pHm= pHi Glu 3.2Glu0 élution de Glu ;
- pHm= pHi Asp 3.1Asp0 élution de l’Asp.
L’ordre d’élution des AA sera : Arg ; Tyr, Ala, Glu, Asp.
Chromatographie éhangeuse de cations:
1.Fixation : Il faut charger les AA positivement pour les fixer pour cela on choisit un pHm
qui est acide et inférieur au pHi de l’AA le plus acide qui est dans ce cas <3.1 .on chisit 2 à
ce pHm tout les AA seront chargés+ Arg+ ; Asp+, Ala+, Glu+,Tyr+. Les AA- sont tous fixés.
2. Elution : Pour les éluer et les séparer on augmente le pH progressivement un pH croissant.
Lorsque :
- pHm= pHi Asp 3.1Asp0 élution de l’Asp.
- pHm= pHi Glu 3.2Glu0 élution de Glu ;
- pHm= pHi Ala 6 Ala0 élution de l’Ala ;
- pHm= pHi Tyr 6.8Tyr0 élution duTyr ;
- pHm= pHi 10.7ArgArg0 élution de l’Arg ;
L’ordre d’élution des AA sera : Asp, Glu, Ala, Tyr, Arg.

4.2- Méthode de séparation basée sur la charge des acides aminés

Chromoatographie de partage :
Elle est basée sur le partage d’une substance entre deux phases non miscibles, une phase
stationnaire polaire (gel de silice ou papier) et une phase mobile apolaire (solvant organique).
Chromatographie sur couche mince de gel de silice CCM ou sur papier

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Dans la chromatographie sur papier, la phase aqueuse est constituée par l’humidité du
papier (Φse stationnaire), le solvant organique (Φse mobile) migre par capillarité sur le parier
, entraînant les AA, ceux qui sont hydrophobes migrent plus rapidement que ceux qui sont
hydrophiles.
Après développement du chromatogramme les AA seront identifiés par la ninhydrine. Les
19 acides aminés apparaissent comme spots bleu violacés (violet) et la proline en spot jaune.
Des acides aminés standards sont utilisés comme référence. L’identification des acides
aminés se fait par comparaison des rapports frontaux entre les spots d’acides aminés inconnus
et acides aminés standards.

III.2. Peptides et protéines

1. Définition :
Un peptide est le produit de polymérisation covalente des acides aminés par une liaison
peptidique (Amide).
Les peptides diffèrent par le nombre, la nature et l’ordre des acides aminés.
Peptide: enchainement d’un nombre de 2 à 50 AA, on distingue:
- Les oligopeptides: 2-10 AA:
2 AA: Dipeptide, 3AA: Tripeptide, 4AA: Tetrapeptide, 5AA: pentapeptide,…..etc
- Les polypeptides: >10
Protéine: enchainement d’un nombre d’AA >50.

2. Liaison peptidique: est une liaison covalente formée par condensation du groupement
α-carboxyle (COOH, acide) d’un acide aminé avec le groupe α-aminé (NH2, base)
d’un autre acide aminé avec élimination d’une molécule d’eau.

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3. Nomenclature des peptides:

- Les acides aminés liés sont dits « résidus d’acides aminés ».
- L’aa portant le groupement NH2 terminal libre est dit ‘N-terminal’,
- L’aa portant le groupement COOH terminal libre est dit ‘C-terminal’,
- Par convention d’écriture, on met le N-terminal à gauche et le C-terminal à droite.
Exemple :

4. Structure des peptides et protéines:

Les peptides sont la base de la structure des protéines, ils se présentent selon le niveau
d’organisation:
1- Structure primaire: les aa sont disposés de manière ordonnée le long de la chaine
polypeptidique.
2- Structure secondaire: repliement des aa en hélices α ou feuillets β.
3- Structure tertiaire: combinaison spatiale stable des hélices α et des feuillets β.
4- Structure quaternaire: agencement des sous-unités entre elles dans le cas où la protéine est
composée de plusieurs sous-unités indépendantes (hémoglobine).

4.1. Détermination de la structure d'un peptide :

La détermination de la structure primaire d'un peptide est conduite en deux étapes :
1) détermination de la composition en aminoacides
2) détermination de l'ordre des enchaînements des résidus
Ces deux étapes ont comme point commun l'hydrolyse de la liaison peptidique.
1) détermination de la composition en aminoacides
Afin de déterminer la composition en acides aminés d’un peptide on suit les étapes
suivantes :
- Hydrolyse des liaisons peptidiques.
- Séparation et identification des acides aminés.
- Dosage des acides aminés.
Hydrolyse de la liaison peptidique
La liaison peptidique est très stable, son hydrolyse spontanée est quasiment nulle. Les
peptides peuvent être hydrolysés par des voies enzymatiques (grâce des enzymes
bactériennes) ou par voies chimiques (hydrolyse acide ou basique).
a) Hydrolyse chimique complète
Hydrolyse acide :
L'action de l'acide chlorhydrique (HCl) 6M sur un peptide, à ébullition pendant au moins
24 heures, aboutit à un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les restrictions
suivantes :
- Le tryptophane (TRP) est entièrement détruit
- Les aa amides (Asn, Gln) sont hydrolysées en ammoniac et acides correspondants (Asp,
Glu).
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- Certains aminoacides (Tyr, Ser, Thr) peuvent être partiellement détruits (un temps
d'hydrolyse plus faible permet de résoudre le problème).

Hydrolyse basique :
L’hydrolyse basique se fait en présence de NaOH 4N pendant 6 heures.
L’avantage de ce type d’hydrolyse est que le TRP n’est pas détruit mais l’inconvénient est
que certains acides aminés sont partiellement détruits tels que : Ser, Cys , Thr et Arg.

b) Hydrolyse chimique spécifique

Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur un des
aminoacides participant à la liaison :
- Le bromure de cyanogène (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la
méthionine (Met) : cette dernière devient alors un résidu C-terminal transformé en résidu
homosérine lactone.
- Le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) hydrolyse la liaison peptidique du côté amine de la
cystéine.
Séparation et identification des acides aminés
Plusieurs techniques peuvent être utilisées pour séparer les acides aminés en se basant sur
leurs polarités ou leurs charges :
- Chromatographie de partage : basée sur la polarité des AA (voir méthodes de
séparations).
- Electrophorèse : basée sur la charge des AA qui s’ionisent en fonction du pHm et leur
pHi (voir méthodes de séparations).
- Chromatographie échangeuse d’ions basée sur la charge des AA qui s’ionisent en
fonction du pHm et leur pHi (voir méthodes de séparations)
L’identification des acides aminés est possible grâce à l’utilisation des acides aminés
standards ou acides aminés témoins ou de références pour la chromatographie de partage et
l’électrophorèse et par élution des acides aminés suivie de leur dosage pour la
chromatographie échangeuse d’ions.
Dosage des acides aminés
Le dosage des acides aminés se fait grâce à des techniques colorimétriques qui permettent
de mesurer l’intensité de coloration résultant d’une réaction entre l’acide aminé et un réactif
chimique comme la ninhydrine (19 AA en bleu violet et la proline en jaune).
La concentration en acide aminés est déterminée par la loi de Beer lambert : Do=εL C.
Où la Do est la densité optique ou l’absorbance des acides aminés ;
ε: coefficient d’extinction molaire de la substance ou d’AA ;
L : Largeur de la cuve =1 cm ;
C : concentration d’AA à doser.

2) Détermination de l'ordre des enchaînements des résidus (séquençage)

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1- Détermination du résidu N-terminal :

a- Les réactifs chimiques:
 Réaction d’Edman (PITC, PhénylIsoThiocianate) : permet de liberer le premier
acide aminé de l’extrémité Nt sans déstruction de la chaine peptidique. Cette réaction
peut être répéter afin de déterminer la séquence complète. C’est une méthode
récurrente. PTH (PhénylThioHydantoine)
Peptide + PITC PTH-AA1 + Nt-AA2-AA3………..AAn-Ct

 Réaction de sanger (DNFB, DinitroFluoroBenzène) : permet de libérer le premier

acide aminé de l’extrémité Nt avec hydrolyse complète de la chaine peptidique.
Seule le premier acide aminé est déterminé. DNP (DiNitroPhényl).

Peptide+ DNFBDNP-AA1+ AA2, AA3, ………AAn

 Réaction de dansylation (chlorure de dansyl): permet de liberer le premier acide

aminé de l’extrimité Nt sans déstruction de la chaine peptidique. Cette réaction peut
être répéter afin de déterminer la séquence complète. C’est une méthode récurrente
car le peptide n’est pas détruit. Le dansyl est fluorescent dosage possible

Peptide+ chlorure de dansyl dansyl-AA1 + Nt-AA2-AA3………..AAn-Ct

b- Les Méthode enzymatique utilisant les aminopeptidases A et N (exopeptidase) qui
sont spécifiques de l’AA N-terminal. Les aminopeptidase libèrent l’AA1 présenant
une fonction amine primaire et sont bloqués lorsque le pepide commence par la
proline (amine secondaire ou imine). Ces dernières agissent en chaine en libérant les
acides aminés de la chaine peptidique de l’extrimité Nt un par un.

2- Détermination du résidu C-terminal

a- Les réactifs chimiques
 L’hydrazinolyse : l’hydrazine anhydre à chaud permet de couper ou hydrolyser toutes
les liaisions peptidiques et se fixe sur le groupement CO formant la laision peptidique
seul le dernier AA en Ct qui est libre.

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 Réaction de Réduction (Borohydrure de Lithium) :

b- Les Méthode enzymatique utilisant les carboxypeptidases qui sont spécifiques de

l’AA C-terminal. Les carboxypeptidases libèrent l’AAn. Ces dernières agissent en
chaine en libérant les acides aminés de la chaine peptidique de l’extrimité Ct un par
un.
3- Coupures intrachaines des peptides :
a- Les réactifs chimiques :
*Le BrCN (bromure de cyanogène) coupe après la Met et la transforme en homosérine.
NH2-Gly-Met-Asp-Tyr-COOH+ BrCN NH2-Gly-HSL-COOH+ NH2-Asp-Tyr-COOH.

Remarque : Si sous l’action du BrCN il n’ y a pas de coupure dans un peptide c’est qu’il n y
a pas de Met dans le peptide ou que la Met est en dernière position AAn.

b- Les Méthode enzymatique : on utilise des endopeptidases spécifiques qui coupe des
liaisons peptidiques à l’intérieur du peptide pour le fragmenter.
1- Chymoptrypsine : coupe les liaisons peptidiques après les AA aromatiques: Phe,
Tyr, Trp.

Exemple : NH2-Gly-Tyr—Glu-Phe—Trp-COOH  NH2-Gly-Tyr-COOH+NH2-Glu-Phe-

COOH+ Trp. 2 dipeptides et 1AA.

2- Trypsine : coupe les liaisons peptidiques après les AA basiques Arg et Lys.

Exemple : NH2-Gly-Asp-Lys—Glu-Arg—Gly-COOH NH2-Gly-Asp-Lys-COOH+ NH2-

Glu-Arg-COOH+ Gly. Un tripeptide+ un dipeptide et 1 AA.
3- Thermolysine : coupe les liaisons peptidiques avant les AA Leu, Ile, Tyr. Ala, Val,
Met.

Exemple : NH2-Gly-Asp—Leu-Arg—Ile-COOH NH2-Gly-Asp-Leu-COOH+ NH2-Arg-

Ile -COOH. Un tripeptide et un dipeptide.

4.2. Structure secondaire (IIaire):

La structure secondaire correspond à un arrangement régulier des acides aminés selon un
axe. Il existe deux types de structure secondaire grâce à l’établissement de liaisons non
covalente, liaisons hydrogènes entre l’hydrogène d’un groupement aminé –NH et l’oxygène
d’un groupement carboxylique –C=O. On distingue deux types de structure secondaire :
l’hélice α et feuillet β.

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 Hélice alpha (état hélicoïdal):

La chaîne peptidique prend la forme d'un tire-bouchon. Les différentes spires sont
stabilisées par des liaisons hydrogènes. Cette forme hélicoïdale résulte de la formation de
ponts hydrogène entre le groupement C=O du nième résidu d’aa et le groupement N-H de
(n+4)ième résidu.
Chaque tour complet de la spirale est constitué d’environ 3.6 résidus d’acide aminé pour
assurer l’alignement des groupements C=O (pointant vers le bas) et N-H (pontant vers le
haut). Les groupements latéraux «R» sont orientés vers l’extérieur, perpendiculairement à
l’axe de la spirale. Les liaisons hydrogènes sont des faibles liaisons mais leur nombre est
important d’où la stabilité de l’hélice. L’hélice α peut être déstabilisée par des aa à R chargés,
volumineux, R ayant des groupements susceptibles d’établir des ponts disulfures et Pro ou
HydroxyPro (qui cassent la chaine).

 Feuillet plissé bêta

C’est une structure de grande stabilité où 2 chaines peptidiques ou 2 parties de la même
chaîne s’unissent par des liaisons hydrogènes (inter caténaires et intra caténaires
respectivement). On parle de feuillets β parallèles quand les chaines vont dans le même sens
et d’antiparallèles quand elles vont dans des directions opposées.
Dans un feuillet β, il se forme des liaisons hydrogène entre certains segments de la chaîne
disposés parallèlement les uns par rapport aux autres. L'ensemble forme comme une
membrane plissée.
Dans un feuillet plissé β, deux chaînes peptidiques sont pliées et alignées l’une à côté de
l’autre. Le repliement β des chaînes peptidiques est favorisé dans le cas d’acides aminés
portant des petits groupements latéraux «R» non-chargés.
Les chaînes peptidiques sont maintenues par des ponts hydrogène. Les groupements
latéraux «R» sont orientés vers l’extérieur, pointant vers le haut et le bas de chaque feuillet.
Cette structure concerne les protéines fibreuses. Les feuillets β sont représentés par des
flèches, l’hélice α est représentée par une spirale.

4.3. Structure tertiaire (IIIaire):

La structure tertiaire d’une protéine consiste en une organisation dans l’espace des
structures secondaires entre elles (Hélice α et Feuillet β). La structure tridimensionnelle (3D)
finale qu'adopte la chaîne d'acides aminés (hélice α et Feuillet β), constitue la structure
tertiaire de la protéine native.

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C’est une combinaison d’hélices et de feuillets reliées par des boucles de longueurs très
variables : de 1 à 12 résidus (voire jusqu’à 22) avec fréquemment 1, 3, 4 ou 7 résidus.
Cette structure est stabilisée par des liaisons hydrogène, ioniques, de forces hydrophobes et
parfois de ponts disulfure.
Une protéine soluble (qui sera au contact de l’eau) va se replier de façon à ce que les
résidus les plus polaires soient au contact avec l’eau ou le solvant tandis que les résidus
apolaires, seront au cœur de la protéine de façon à ne pas interagir avec l’eau.
Néanmoins, une protéine hydrophobe (qui sera insérée dans des lipides) va se replier de
façon à ce que les résidus les plus hydrophobes soient au contact des lipides qui l’entoure. Les
résidus polaires, eux, seront au cœur de la protéine de façon à ne pas interagir avec ces
lipides.
La structure IIIaire est thermodynamiquement stable dans un domaine restreint de
température, pH et force ionique. Au-delà de ce domaine une protéine peut se déplier et
perdre son activité biologique (dénaturation).
La structure IIIaire des protéines a une importance capitale pour l’activité des protéines. En
effet, les résidus d’aa très éloignés dans la séquence peuvent se trouver très proches après les
divers repliements et former ainsi des régions indispensables au fonctionnement de la protéine
(exemple site actif des enzymes).

4.4. Structure quaternaire (IVaire):

C’est l’association de plusieurs chaînes peptidiques pour donner un complexe stable et
actif (sous unité). Les chaînes qui constituent ce complexe sont appelées monomère,
protomères ou sous-unités, chacune ayant une structure tertiaire définie.
Plusieurs sous-unités tridimensionnelles (structures tertiaires) s’assemblent pour former un
oligomère (2-12 sous unités), des unités fonctionnelles beaucoup plus grandes (enzymes, des
protéines globulaires). Cette association est stabilisée par des liaisons faibles (jamais de
liaisons covalentes) via des liaisons hydrogènes, attraction électrostatique. Exemple :
l’hémoglobine :

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5- Méthodes de séparation des peptides et des protéines :

5.1-Techniques de séparation basées sur la charge
- Chromatographie échangeuse d’ions : basée sur la charge globale des peptides ou des
protéines (voir aa).
- Electrophorèse sur papier ou sur gel : basée sur la charge globale des peptides ou des
protéines (voir aa).
5.2-Techniques de séparation basées sur la masse moléculaire (PM)
- Chromatographie d’exclusion moléculaire ou gel filtration : basée sur le poids
moléculaire et la taille des peptides ou des protéines. Il s’agit d’une colonne remplie de gel de
sephadex (grains ou billes poreuses d’une façon à retenir les molécules peptidiques ou
protéiques de petite taille à l’intérieur et retarder leur élution).
Si on veut séparer un mélange peptidique ou protéique on dépose le mélange sur le gel puis
on commence à éluer les protéines ou peptides en utilisant une solution tampon.
Les molécules de grande taille ou de PM élevé sont les premières à être éluer car leur
diamètre est supérieur à celui des pores, donc elles sont exclues (d’où le nom de la technique)
en premier. Elles sont suivit des molécules de taille moyenne ou de PM intermédiaire (elles
essayent d’entrer dans les pores de billes mais avec plus ou moins de succès) et en dernier les
molécules de petite taille car elles sont retardées par les billes de gel (elles peuvent entrer et
sortir dans les pores des billes de gel) donc elles mettent plus de temps puisque leur migration
est freinée. Les molécules sont donc élués dans l’ordre inverse de masses moléculaires.

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Electrophorèse sur gel de polyacrylamide(PAGE) en présence de SDS : SDS-PAGE

(Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis)
Le Sodium dodécylsulfate (SDS), dénature les protéines par coupure de liaison hydrogène
et charge les protéines négativement (polyanion).
Par rapport à l’électrophorèse classique, la séparation dans le PAGE avec SDS est en
fonction de la masse molaire (PM) car toutes les molécules sont chargées de la même façon.
C’est une méthode dénaturante en raison de l’ajout du SDS qui se lie aux protéines, empêche
leur repleiment et leur confèrent une charge nette négative. Cela signifie que la séparation des
protéines est basée sur le poids moléculaire seul.
Le β-Mercaptoéthanol réduit (coupe) les ponts disulfures des protéines.

5. Les protéines :
Les protéines, macromolécules complexes qualifiables de biopolymères, sont les plus
abondantes des molécules organiques des cellules et constituent souvent plus de 50% du poids
sec des êtres vivants. Elles jouent un rôle fondamental dans la structure et les fonctions
cellulaires et c’est par elles que l’information génétique s’exprime. Elles sont intimement liées
à tous les phénomènes physiologiques d’où leur nom substances venant en premier (en grec
protos signifie premier).
5.1. Classification des protéines en fonction de la composition :
Les protéines sont classées selon leur composition en deux groupes principaux :
1- les holoprotéines qui ne sont constituées que d'aminoacides
2- les hétéroprotéines qui contiennent :
- un groupe prosthétique minéral, métalique ou organique.
- une partie glucidique liée de manière covalente : glycoprotéines.
- une partie lipidique liée de manière covalente : lipoprotéines.

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5.2.Classification des protéines en fonction de la forme :

Les protéines sont classées selon leur forme en deux groupes :
- Potéines fibreuses : ou scléroprotéines, elles forment des agrégats ordonnés de protéines qui
sont en général sous une unique conformation principale, soit α-hélice (la kératine a est sous
formes de torsades de dimères en α-hélice) ou feuillets plissés β (les fibroïnes de la soie sont
des empilements de protéines en feuillets plissés β). Elles sont donc constituées de fibres et
sont insolubles. Elles ont un rôle structurale.
Exemple :
- Le collagène: Le derme de la peau est formé d'un dense treillis de fibres de collagène ;
- La kératine : Les ongles, la couche cornée de la peau, la corne des animaux, les cheveux,
les poils et les plumes sont toutes des structures essentiellement constituées de kératine ;
- Le cytosquelette: il forme l'armature de la cellule, il est constitué de trois types de fibres de
protéines: les microtubules, les microfilaments et les filaments intermédiaires.

- Potéines globulaire: ou sphéroprotéines, leurs structures tertiaires sont très dépendantes des
interactions. Elles peuvent comprendre des motifs de structure α-hélice ou feuillets plissés β.
Elles ont une forme sphérique et sont en général soluble tel que le lysozyme, l’albumine, la
globuline et l’hémoglobine.
5.3. Propriétés physico-chimiques des protéines:
 Solubilité:
La plus part des protéines sont solubles en milieu aqueux, la solubilité dépend du pH.
La protéine est moins soluble au voisinage de son pHi.
Les solvants organiques miscibles à l’eau ont un effet précipitant sur les protéines,en
diminuant leur solubilité , ex éthanol).
Les protéines solubles sont les protéines globulaires.Les protéines insolubles dans l’eau,
sont les scléroprotéines (protéines fibreuses).
Le caractère amphotère des radicaux des aa ionisables qui constituent les protéines est très
important pour la structure et les fonctions de ces radicaux dans les domaines de la protéine.
On peut déterminer la charge globale d’une protéine à n’importe quel pHm en calculant la
charge de chaque aa ionisable qui la compose .
 Dosage colorimétrique :
La réaction au Biuret est obtenue par toutes les protéines et peut servir à leur dosage
colorimétrique, la méthode de Lowry est beaucoup plus sensible.
La plus part des protéines absorbent la lumière UV à DO 280nm, Cette absorption est en
relation avec la Tyrosine et le Tryptophane de la protéine. La mesure de la DO à 280 nm peut
servir au dosage des protéines.
 Dénaturation des protéines :
Les liens protéiques peuvent se défaire, aboutissant à une,structure désordonnée : C’est la
dénaturation, elle est due :
- La chaleur: l'agitation thermique peut briser les liaisons hydrogène.
- Un pH extrême: milieu trop acide ou trop alcalin.
- Un milieu très concentré en électrolytes: ions.
- Les solvants organiques.
Certaines substances chimiques peuvent aussi réagir avec la protéine et briser les liaisons
ioniques ou même les ponts disulfures. Exemple : l’urée et la guanidine.
- Les enzymes protéolytiques : peuvent détruire la structure IIIaire et dénatuer les
protéines.

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5.5.Rôles biologiques des protéines:

Les protéines sont des biomolécules de première importance :
- Par leur présence universelle dans le monde vivant, seuls des viroïdes en sont dépourvus.
- Par leur abondance cellulaire : c'est le premier constituant après l'eau (10 fois plus que des
glucides)
- Par leur extrême diversité : elles assurent des fonctions vitales tant structurales que
dynamiques et de plus elles sont le support de la spécificité des "espèces".
Les protéines remplissent des fonctions très diverses dans l'organisme :
- Elles transportent d'autres molécules comme l'hémoglobine qui transporte l'oxygène
des poumons aux organes.
- Elles jouent le rôle d'hormone et transmettent des messages à travers l'organisme,
comme l’insuline.
- Elles donnent une forme aux cellules comme le cytosquelette.
- Elles permettent aux cellules de se mouvoir comme les flagelles.
- Certaines protéines sont des catalyseurs de réactions chimiques, ce sont les enzymes.
- Certaines protéines assurent l’identité d’un organisme et sa défense : les
immunoglobulines qui permettent de reconnaître le soi du non-soi, elles sont appelées
anticorps.
- Elles permettent la régulation de la machinerie métabolique : ce sont les activateurs ou
les répresseurs.
- Les protéines peuvent être nuisibles : comme les toxines.

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