Pemindahan Urutan Intron dari Penyambungan RNA

Sebagian besar gen pada sel eukariot mengandung lebih banyak daerah nonkodon (intron) yang
memisahkan daerah kodon (exons). Tidak banyak gen pada sel prokariot yang mengandung daerah
intron. Proses penyambungan RNA harus dilakukan secara hati-hati. Daerah exon harus bergabung
dengan nukleotida tunggal dan kodon tersebut harus bisa diterjemahkan dengan tepat.

Pada struktur gen mitokondria dan kloroplas, struktur penghubung exon-intron berbeda dengan gen
pada umumnya sehingga proses penyambungan RNA juga berbeda. Hanya ada satu urutan pendek
yang mengandung intron, yang biasa disebut TACTAAC box. Sisa adenin pada urutan ke-6 pada
TACTAAC box mempunyai peranan yang penting dalam proses penyambungan RNA. Ada 3 tipe
pemotongan intron pada proses transkripsi RNA, yaitu:

1. Intron precursor tRNA dipotong tepat pada saat pembelahan inti dan reaksi ligasi
yang dikatalisis oleh enzim endonuklease.

2. Intron pada Tetrahymena precursor rRNA dipindah ke reaksi khusus dan molekul
RNA itu sendiri yang berfungsi sebagai medianya.

3. Intron dari hnRNA digabungkan melalui dua tahap reaksi yang dipengaruhi
kompleks partikel ribonukleoprotein yang disebut spliceosomes.

Penyambungan Precursor tRNA

Proses penyambungan precursor tRNA telah bekerja secara efektif pada jamur ragi (Saccaromyces
sp.). System penyambungan secara in vitro maupun penyambungan mutan telah digunakan pada
proses penyambungan tRNA pada jamur ragi. Proses pemotongan precursor tRNA terjadi dalam dua
tahap. Pertama-tama ikatan membran nuclear menggabungkan endonuklease dan membuat
pemotongan tersebut terjadi tepat pada ujung intron. Kemudian dengan adanya suatu reaksi
kompleks, ligase digabungkan dengan tujuan untuk menggabungkan 2 bagian tRNA sehingga
dihasilkan molekul tRNA yang utuh. Kekhususan dari reaksi ini terletak pada proses
pengkonversian 3 pola struktur precursor tRNA.

Pemotongan precursor menghasilkan ujung 5-OH dan kelompok 2-3 phospat yang siklik pada
ujung 3. Tahap kedua pada proses ligasi melibatkan 4 reaksi yang terpisah, yaitu:
1. Penambahan kelompok phospat pada ujung 5-OH. Reaksi ini membutuhkan
aktifitas enzim kinase dan donor phospat.

2. Kelompok 5 phospat diaktifkan dengan memindahkan AMP ke ujung molekul.

3. ikatan siklik 2-3 phospat terbuka karena aktivitas enzim cyclic

4. Reaksi ligasi yang terakhir adalah proses pemecahan gugus 3-OH dengan
melepaskan AMP.

Hampir seluruh organisme memiliki mekanisme pemotongan intron yang sama. Mekanisme
tersebut juga terjadi pada sel-sel tumbuhan. Akan tetapi mekanisme pemotongan intron pada sel
mamalia sedikit berbeda dengan sel-sel yang lain.

Penyambungan Autokatalisis Pada Precursor Tetrahymena tRNA

Pada ilmu biologi umum dijelaskan bahwa proses metabolisme terjadi karena reaksi katalisis enzim.
Enzim-enzim tersebut merupakan polypeptida tunggal dan ezim tersebut membutuhkan kofaktor
yang mempunyai struktur bukan protein agar enzim tersebut bisa berfungsi dengan baik. Jadi, intron
pada precursor tRNA dari Tetrahymena dipotong tanpa menggunakan protein dan proses
pemotongan ini sangat penting bagi tRNA itu sendiri. Beberapa proses autokatalisis tersebut terjadi
pada precursor rRNA beberapa eukariot dan precursor rRNA, tRNA, dan mRNA mitokondria.

Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam precursor rRNA Tetrahymena tidak
membutuhkan tenaga eksternal dan juga protein. Akan tetapi proses tersebut membutuhkan transfer
phospphodiester untuk memotong intron. Dua bagian intron yang telah dipotong akan dipindah ke
ikatan phosphodiuester yang lain. Aktivitas autokatalisis ini tergantung pada struktur intron atau
struktur sekunder dari precursor tRNA

Penyambungan Pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome

Intron precursor pada inti sel dipotong melalui dua tahap seperti yang terjadi pada jamur ragi. Akan
tetapi pada precursor inti intronnya tidak dipotong oleh enzim nuklease atau ligase. Intron tersebut
dipotong oleh struktur protein yang disebut Spliceosome. Spliceosome mengandung suatu molekul
RNA yang disebut snRNA.
Tahap awal pemotongan terjadi pada ujung 5 intron dan 2-5 phosphodiester dibentuk diantara
posisi 5-G yang ditempatkan dekat ujung3 intron. Pada tahap kedua gen digabungkan oleh ikatan
3-5 phosphodiester dan intron yang telah dibentuk akan dilepaskan. Tahap-tahap ini terjadi pada
Spliceosome dan membutuhkan hidrolisis ATP. Molekul lain yang terkandung pada spliceosome
adalah molekul RNA yang disebut snRNP. Molekul snRNP akan ditambahkan pada proses
pemotongan adar prosesnya berlangsung secara sempurna. Molekul snRNP U2 diikat pada suatu
jaringan yang khusus dan membentuk percabangan. Kemudian snRNP U5 dan U4 atau U6
ditambahkan untuk menghasilkan spliceosome yang sempurna. Pada pembelahan ujung 5 intron,
snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Setelah intron dipotong, dua bagian exon digabungkan
dengan menyambungan 5-3 phosphodiester sehingga mRNA yang sudah dipotong siap dipindah
ke sitoplasma dan melanjutkan proses transkripsi selanjutnya.
 PERTANYAAN

1. Mengapa diperlukan proses ligasi pada rRNA splicing?

Jawab: proses ligasi diperlukan dalam rRNA splicing dengan tujuan untuk menggabungkan 2
bagian tRNA ekson sehingga dihasilkan molekul tRNA yang utuh dan memiliki kode asam amino
untuk ditranslasikan.

2. Bagaimana cara splicing autokatalitik pada Tetrahymena tanpa menggunakan bantuan enzim
ataupun tenaga eksternal?

Jawab: Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam precursor rRNA Tetrahymena tidak
membutuhkan tenaga eksternal dan juga protein. Akan tetapi proses tersebut membutuhkan transfer
phospphodiester untuk memotong intron. Dua bagian intron yang telah dipotong akan dipindah ke
ikatan phosphodiuester yang lain. Aktivitas autokatalisis ini tergantung pada struktur intron atau
struktur sekunder dari precursor tRNA