Andreas Aarflot er en av de mest ruvende skikkelser i norsk kirkeliv i annen halvdel av 1900-tallet. Foruten noen år som soldatprest og menighetsprest var han forsker og lærer i kirkehistorie i 15 år og biskop i 22 år. Han satte sitt preg på det kirkelige reformarbeid og på bispemøtets selvforståelse og utadvendte virksomhet. I tillegg deltok han aktivt i det økumeniske arbeid og ble også internasjonalt en høyt respektert kirkeleder.
Aarflot ble født i Kina, hvor hans foreldre var misjonærer. Av helsemessige grunner drog de tidlig hjem, og han vokste opp på Grefsen i daværende Aker og tok examen artium på Grefsen høyere almenskole 1946. Deretter studerte han teologi ved Menighetsfakultetet og ble cand.theol. 1951. Etter avlagt praktisk-teologisk eksamen året etter begynte han som soldatprest, ansatt av Indremisjonsselskapet. 1956–60 var han hjelpeprest og kallskapellan på industristedet Slemmestad og fikk med seg vesentlige inntrykk fra en folkekirkemenighet og fra et arbeidermiljø.
I 15 år arbeidet Aarflot som kirkehistoriker ved Menighetsfakultetet. Han ble adjunktstipendiat 1960, fakultetslektor 1968, dosent 1970 og professor 1976. Samme år ble han utnevnt til biskop i Borg. Året etter, 1977, ble han utnevnt til biskop i Oslo, hvor han tjenestegjorde til 1998. Etter fylte 70 år var han professor II i kirkerett ved Høgskolen i Volda til 2002.
Aarflot har skrevet en rekke bøker og artikler om kirkehistoriske, kirkerettslige og aktuelle teologisk-kirkelige emner. Han har også levert flere bidrag til den økumeniske samtale. Som vitenskapsmann har han særlig arbeidet med norsk kirkehistorie med tyngdepunkter i reformasjonstiden, pietismen og norsk kirkeliv i annen halvdel av 1900-tallet. 1970 disputerte han for den teologiske doktorgrad ved UiO på en avhandling om Hans Nielsen Hauges kristendomsforståelse. Tre år før hadde han utgitt en omfattende fremstilling av norsk kirkehistorie fra begynnelsen av 1600 til slutten av 1800-tallet. Senere publiserte han en relativt kortfattet gjennomgang av norsk kirkehistorie gjennom 1000 år. Sin egen teologiske forståelse av kirken i samlet form la han frem i boken Let the Church be the Church (1988), som et par år senere kom ut i en utvidet norsk utgave. Her gjør han rede for sitt kirkesyn, bygd opp omkring den lokale menighet som grunnenheten i kirken. Det året Aarflot sluttet som biskop, utgav han en rekke av sine taler ved nasjonale og kirkelige høytidsstunder under tittelen En tro som bærer. 1999 kom boken Trossamfunn og folkekirke, som oppsummerer trådene fra hans mange innspill i det kirkelige reformarbeid.
Som redaktør i Luthersk Kirketidende 1962–76 tok Aarflot et oppgjør med den såkalte ellipsetenkningen i norske kirkeliv, som betraktet den offisielle kirke og legmannsbevegelsen som to brennpunkter, delvis i konkurranse med hverandre. Han slo til lyd for en kirkeforståelse med sentrum i den lokale menighets forvaltning av ord og sakrament. Med lokalmenigheten som kjernestruktur gikk han inn for etablering og utbygging av kirkelige rådsorganer og dermed for en gradvis selvstendiggjøring av Den norske kirke. Fra midten av 1960-årene var Aarflot den drivende kraft i den kirkelige reformbevegelse og eksponerte seg stadig mer kritisk til statskirkeordningen. Han interesserte seg for kirkerettslige spørsmål og hentet impulser fra andre kirker med tanke på rettsgrunnlaget for en ny ordning av Den norske kirke. Gjennom 40–50 år har han vært opptatt av å hevde at Den norske kirke er et eget trossamfunn, og ikke et statens religionsvesen.
Som biskop i Oslo var Aarflot villig til å slå sammen enkelte sentrumsmenigheter og flytte noen stillingshjemler til drabantbyene. På visitaser var han opptatt av menighetenes åndelige liv, av prestenes forkynnelse og av pastoral-teologiske spørsmål. Hans pastorale program kom godt til uttrykk i de årlige hilsningstaler til prestene ved nyttårsmottakelsen i Oslo bispegård, som han utgav samlet i avskjedsåret 1998 under tittelen Arv og ansvar.
Når Aarflot kom til å sette så sterke og tydelige spor etter seg i kirken, skyldes det hans sentrale kirkelige posisjoner, teologiske dyktighet, store arbeidskapasitet og strategiske evner. Han satt i de aller fleste viktige kirkelige kommisjoner, råd og utvalg i Den norske kirke fra 1960-årene og ut århundret og møtte alltid vel forberedt. Med sin solide kunnskap, konstruktive holdning og formuleringsevne fikk han ofte gjennomslag for sine synspunkter. Dette gjaldt også i bispemøtet, hvor han var preses 1979–98. Han skrev mange av møtets uttalelser og vedtak. Særlig klart kom hans innflytelse til syne i gjennomtenkingen av bispeembetets og bispemøtets rolle i kirken i forhold til de kirkelige råd, og i utformingen av nye vigslingsliturgier i kirken. Han var også et aktivt medlem av høringsutvalget for Norsk Salmebok i midten av 1980-årene.
Aarflot var en kirkeleder av internasjonalt format og vant stor respekt i økumeniske fora. Han var et aktivt medlem av eksekutivkomiteen i Det lutherske verdensforbund 1973–90 og hørte med i den norske delegasjonen ved tre av organisasjonens generalforsamlinger. Han er æresdoktor ved St. Olaf College og Augustana College i USA og ble 1979 utnevnt til kommandør med stjerne av St. Olavs Orden.
Også i økumeniske sammenhenger viste Aarflot sin evne til å finne samlende uttrykk som kunne forene synspunkter i sprikende debatter. Dette kom særlig godt med i sluttfasen i prosessen som førte frem til Porvoo-erklæringen, avtalen mellom lutherske kirker i Norden og Baltikum og anglikanske kirker på de britiske øyer. For Aarflot var det et stort øyeblikk å stå ved høyalteret i Westminster Abbey sammen med erkebiskopen av Canterbury i forbindelse med undertegningen av avtaleteksten ved de respektive kirkers ledere. Aarflot betegnet Porvoo-avtalen som en vitamininnsprøyting for Den norske kirke.
Enkelte har oppfattet Andreas Aarflots arbeidsstil som tøff. Han visste hva han ville og var beslutningsorientert. Men bak den arbeidsomme fasaden skjuler det seg et følsomt og omsorgsfullt hjerte og en ydmyk kristen tro. Han var en biskop med dyp forankring i kirkens apostoliske røtter og læretradisjon.