Jens Christian Spidberg forente historiske og naturvitenskapelige interesser med en konservativ geistlig profil. Som lærd embetsmann fikk han et internasjonalt ry som naturforsker.
Spidberg vokste opp i Skiptvet. Han fikk undervisning hjemme, og oppholdene i København var korte før hans teologiske eksamen 1708. Hans interesser gikk i retning av naturvitenskap, musikk og språk. Han fortsatte sine studier i København, men ble 1710 personellkapellan hos faren. Året etter ble han feltprest for de norske troppene under krigen i Bohuslän og tjenestegjorde en tid i Tanum prestegjeld. I denne perioden kopierte og forbedret han militære karter over grenseområdene. Etter sin dimittering tilbrakte Spidberg et par år utenlands og oppholdt seg særlig ved universitetene i Kiel og Groningen.
Tilbake i København ble han skipsprest på marinens flaggskip Elephanten og fikk dermed tilgang til ledende kretser i det militære. Det medvirket til at han 1721 ble utnevnt til stiftsprost i Kristiansand og prost over Mandal prosti. Som geistlig delte han tidens interesse for skole- og fattigstell. Blant annet medvirket han ved opprettelsen og driften av en fattigskole i Kristiansand 1723. I høy alder ble han 1759 utnevnt til biskop over Kristiansand stift. Han døde 1762 etter å ha gjennomført strabasiøse visitasreiser. Teologisk var Spidberg tradisjonelt ortodoks, men under en viss påvirkning av en konservativ pietisme.
I sporene av sin karriere ble Spidberg gjenstand for en rekke utmerkelser. 1722 fikk han magistergraden og 1760 doktorgraden ved Københavns universitet, og 1756 ble han medlem av vitenskapsselskapet i København. Ufortjent var dette ikke. Allerede i sin tid som militærprest viste han evner og innsikt utover teologien. Etter kartografien ble det utforsking av naturen som fanget hans interesse. Han bygde opp et stort bibliotek og en omfattende naturvitenskapelig samling. Alt dette ble borte ved bybrannen i Kristiansand 1734. Spidberg bygde imidlertid opp nye samlinger, som ble auksjonert bort ved hans død.
Som historiker ble Spidberg først kjent som utgiver av Jonas Ramus' posthume norske kongehistorie. 1734 avgav han en vurdering av en runeinnskrift fra Romsdal. Senere samlet han materiale til Kristiansands historie. Hvor langt han kom med dette prosjektet, er ukjent, og ikke noe av det han samlet er bevart.
Flere spor finnes derimot av hans naturvitenskapelige sysler. Allerede mens han studerte i Groningen, publiserte han et arbeid om “vindenes årsak og opprinnelse”. Hans doktorarbeid fra 1760 vendte tilbake til dette temaet, da med oppslag fra Bibelens skapelsesberetning – “Guds ånd som svever over vannene”. I 1720-årene skrev han om nordlyset, og siden hans avhandling ble utgitt på tysk, ble han internasjonalt kjent. I årene som fulgte, ble han stadig oppfordret til å avgi betenkninger om vitenskapelige spørsmål. 1734 skrev han således en avhandling om malstrømmen i Lofoten. Senere var det jordskjelv som fanget Spidbergs interesse; om dette skrev han to avhandlinger.
Ettertiden har særlig merket seg Spidbergs historiske og naturvitenskapelige interesser, mens hans teologiske og kirkelige posisjoner er blitt tillagt mindre betydning. Spidberg ble raskt glemt av senere naturforskere, kanskje nettopp fordi han forsøkte å forene teologi og naturvitenskap.