Klonetroppene utgjør hovedkomponenten i armen til republikken i løpet av klonekrigen. De blir fremstilt som den viktigste delen av de armerte styrkene til den galaktiske republikken i dens siste år før omgjøringen til det galaktiske imperiet. I løpet av dens eksistens utgjorde klonetroppene en av de største armene i galaksen noensinne, bare forbigått av the Separatist Droid Army. Mot slutten av klonekrigen gjennomførte klonekrigerne en skjult ordre, "order 66". Denne ordren gikk ut på å forsøke å utslette jediene. Etter klonekrigen utgjorde klonene kjernen i det galaktiske imperiets styrker og ble de første imperiske stormtropper. Senere utførte skaperne av klonene på Kamino et oppgjør mot det galaktiske imperiet. De lagde nye kloner for å bekjempe de imperiske klonene og systemet de forsvarer. Når opprøret på Kamino ble nedkjempet stoppet Palpatine dyrkingen av nye kloner. Klonene ble fra da av erstattet av frivillige, men klonene som allerede var innrullert i armeen fikk bli.
