フリーウェイ給与 過徴収金（還付金）の原資

フリーウェイ給与を使って年末調整の計算をしました。その結果、源泉所得税が過徴収であることがわかり、その従業員に還付することになりました。 その還付するための原資はどこから得るものであって、そのためにフリーウェイ給与ではどのような操作をすべきなのかを知りたいです。給料から源泉徴収した源泉所得税は当然ながら納付を終えていますので、過徴収していたからといって従業員に還付すべき現金は会社にはありません。 そこで還付金の原資として、次の三つが思い当たりました。 (a) 税務署（e-Tax）などに対して会社が還付請求をする。 (b) 税務署（e-Tax）などに対して従業員に還付請求してもらう。 (c1) 今後の源泉徴収の際に相殺する。（次の給与支払いの際に会社が一括で立て替えて従業員に還付し、会社が納付する際に少しずつ相殺していく） (c2) 今後の源泉徴収の際に相殺する。（今後の給与支払いの際に、毎回発生する源泉徴収の分から少しずつ相殺していく） 一般的に、(a)(b)(c)のどれで対応すべきなのでしょうか。その場合に、フリーウェイ給与計算に対しては何をすべきなのでしょうか？ 例えば(a)や(b)であれば、還付を受けるための何らかの書類がフリーウェイ給与計算から発行できるように思えますし、(c)であれば給与計算時にどのように入力すべきか知りたいです。 なお、(a)~(c)のどれになるかを判断すべきかの材料として、今回のケースは次のような前提があります。 ・会社は今のところ、倒産・廃業する予定はない。 ・当該従業員は今のところ、退職・免職の予定はない。 ・当該従業員の過徴収額分を今後の源泉徴収で相殺するとすると半年分ほどになる計算である。 ※OKWAVEより補足：「フリーウェイジャパンの製品・サービス」についての質問です。