現像ソフトと画像処理ソフトは役割が違います。 現像ソフト（NikonCapture）でRAWデータを可視ファイルに変換して その後に画像処理ソフト（Photoshop）でレタッチをするのが順序です。 ● （１）のご質問では、お望みのような作業はできません。 当然、現像ソフトには画像の一部を選択して処理をする機能はありません。 また、一旦可視ファイルに変換されたものを再度RAWファイルに戻す事も出来ません。 ただ、NikonCaptureには「NEF」形式で保存できる機能がありますから 現像後の保存の際にそのファイル形式を指定すれば RAWデータのまま現像処理の工程だけが書き加えられたファイルになります。 画像を直接変換している訳ではありませんので 再度NikonCaptureで開けば現像処理を戻したり変更する事が可能です。 ● （２）のご質問では、Photoshopの「Camera RAW」を指しているのでしょうか？ 「フォトレ」がどんな意味なのか分かりませんが このプラグインもRAWファイル現像用のプラグインですから、それで一旦RAWを現像して その後にPhotoshopの機能を使って画像処理を施します。 NikonCaptureとの違いは、２つのアプリケーションを使わなく済む事ですが その分、ニコンカメラ特有の機能（輪郭処理など）が反映させられません。 当然ですが、この場合も現像済みのファイルをRAWに戻す事はできません。 ● それと、現像したファイルをその後に画像処理することを前提に保存する場合は JPEGではなく圧縮しない保存方法を選ぶべきです。 JPEGでの保存は画像処理が全て終った時点で、データ量を少なくしたい時に使います。 ＨＤに余裕があればできる限り圧縮はしないほうがいいです。 JPEGは画像圧縮の技術であって、画質保持の目的には反するものです。 なお、NikonCaptureで現像後に「Photoshopで開く」を実行すれば ファイルを保存することなくPhotoshopで展開することができますから JPEG保存などで画像を劣化させることをしなくてすみます。