httpd.conf の場所はちょっと確定できないので、
ご自分で探していただくとして・・・
(多分、/usr/local/etc/httpd.conf, /usr/local/etc/apache2/httpd.conf, /usr/local/etc/apache/httpd.conf, /usr/local/apache/conf/httpd.conf, /usr/local/apache2/conf/httpd.conf)
以下のような部分を適時かえてみてください。
<Directory /home/*/public_html> みたいな所
Options の中に ExecCGI を加える
例)Options MultiViews Indexes FollowSymLinks Includes ExecCGI
#AddHandler cgi-script .cgi
これのコメントアウトをはずす
例)AddHandler cgi-script .cgi
(もしなければ追加して下さい)
ついでに
DirectoryIndex に index.cgi を加えると便利になるかもしれません。
また、webminがインストールされていれば、それを使うと楽に設定できるかも?