プリンターとスキャナーの相性について

現在キャノンのプリンター（ＢＪＳ200）を使用していて、 エプソンのスキャナー（ＧＴ－7300Ｕ）の購入を検討しています。 メーカーを違えて組み合わせると、多少色合いの違いがあるとは聞いているんですが、それはあまり気にしないことにして、 たとえばまったくソフトウェアの連携がとれずに大変！といったようなことは、起こりうるんでしょうか。 メーカー違いで利用している方、よかったら状況を教えていただけますか。 よろしくお願いします。