質問文から状況を推測すると、ハード的にはまったく問題がないと思います。Win 98(以下、98)とWin 2000 Pro(以下、2000)のデュアルブート環境でシステムを構築する際に誤った方法で構築してしまって問題を起こしたのではないかと思います。
Win 9x系のOS（95,98,Me）で使われるFATフォーマットとWin NT系のOS(NT4.0,2000,XP)のNTFSフォーマットではまったく互換性がありません。FAT→NTFSへは雑誌などで紹介されている方法で変換することができますが、逆は下の方が回答されているとおりできません。（マイクロソフトのサポートページで明言しています）
FATフォーマットへ戻すにはNTFSをサポートするOSのセットアッププログラムで全パーティションを削除した上で98かMeのFDISKで領域を再確保し、98かMeのFORMATコマンドでHDを再フォーマットしなおさなければいけません。
－確認ですが、98と2000は別々のパーティションにインストールしていらっしゃってるのですか？違う場合、以下は無視してください－
時間があるなら、再度システムを構築しなおしたほうがいいと思います。その際に以下の手順で構築してみてください。（各種データのバックアップをしたうえで実行してくださいね）
1.2000のCDでパソコンを起動させる
2.2000のセットアッププログラムが起動し、各種ファイルが読み込まれ、セットアップの画面が表示されたら「Enter」キーを押す
3.ライセンス契約の画面が表示されるので、「F8」キーを押す
4.「次の・・・」の画面が表示されるので、「ESC」キーを押す
5.「以下の・・・」の画面が表示されるので、自分が使っているキーボードの種類を選択する
6.選択したキーボードの種類を確認する画面が表示されたら、間違っていないことを確認して「Y」キーを押す
7-1.「次の一覧には・・・」の画面が表示されるので、削除したいパーティションを「↑」キー・「↓」キーで選択し、「D」キーを押す
7-2.「XX（XXは削除するパーティションのサイズ）MB ディスク・・・」という削除確認の画面が表示されるので、間違ってないことを確認し、「L」キーを押す。（システムパーティションの場合は、「Enter」キーを押し、「L」キーを押す）
7-3.7-1と7-2を残っているパーティションすべてに行う。
8.すべてのパーティションを削除し終えたら、「F3」キーを押し、セットアッププログラムを終了させ、98のCDをパソコンにセットし、内容をパソコンに読み込ませる
10.FDISKでWin98関係で必要な領域だけを確保し、FORMATコマンドでフォーマットし、Win98のセットアップをする。
11.Win98のセットアップが完了したら、残りの領域
を2000用に確保し、2000をセットアップする。
※注意点は必ず、古いOS(今回は98)を先にインストールし、後から新しいOSをインストールすることです。そうしないと、新しいOSを起動させるための情報が削除され、古いOSのみしか起動できなくなってしまいます。
※余計な話ですが上記の方法は、今後2000とXPのデュアルブート環境を構築するようなことがある際は、参考URLのページを一読するといいかもしれません。
