イラストレーターのトリミング

今Illustratorが手元にないので確認できませんが、ドキュメント全体ではなく、四角などで余計な部分を切り取ってしまいたい、ということでしょうか。 そういう場合は、クリッピングマスクを使用します。四角でも円でも閉じたオブジェクトなら何でもいいので、それで切り抜きたい大きさのオブジェクトを最前面に作り、切り抜かれるオブジェクトと一緒に選択状態にして、クリッピングマスクを作成すると、枠になるオブジェクトの外側にはみ出した他のオブジェクトは見えなくなります。見えなくなるだけなので、解除すれば再加工も出来ます。 この状態でWeb形式へ落としたらどうでしょう。 自分は、Illustratorで作ったものは大きめにラスタライズしてFireworksで縮小やトリミングしたりしてます。