EPSにした時の透明部分。

RGBモードが綺麗に出力できない理由は、RGBがその名のとおりred,green,blueのデータ（発色が良い）であるのに対し、印刷はcyan,magenta,yello,blackという４色のインクで再現するもの（発色が悪い）なので色がくすんでしまう事が多いのです。その色変換を極力くすまないようにするにはphotoshopなどの機能（詳しく書くと長いので省略）を使うのが一番なのですが、illustratorに埋め込まれたファイルはphotoshopに取り出すのが面倒、とにかく時間の無駄になるから初めからリンクで配置してくださいと言うことでしょう。あと埋め込むとillustrator自体のファイルが重くなるので敬遠されます。 え～と、photoshopの透明部分ですか？透明部分との境界がはっきりした線ならクリッピングパスで切り抜いておく。ぼかした状態にしたいなら下地もphotoshop dataに変換してphotoshop上で合成する。illustrator上で合成する方法ってあったかな～？あんまり９．０を使いこなしてないので他の方のアドバイスがあればそちらにおまかせします。でも９．０って印刷屋に持っていくには怖い機能が沢山あるので僕は5.5か8.0をお勧めします。

印刷用に配置する写真は、基本的にはEPSを使用します。 その際に、透明部分はクリッピングパスを作製することにより、印刷されることはありません。 クリッピングパスの簡単な作成方法は、透明部分を選択しそれを反転させます。透明部分以外が選択されるはずです。 次に選択範囲を残したままで(普通ならレイヤー窓に一緒にあると思いますが)パスを選択して、選択範囲から作業用パスを作製(一番下の右から３番目)をクリックすると選択範囲が作業用パスに変わります。 作業用パスが出来たら、右にある黒三角をクリックして、パスの保存を選びます。 パス名はそのままで(パス１)OKします。 つぎにもう一度右三角をクリックしてクリッピングパスを選択します。ここでパス名に先ほどのパス１を選ぶと平滑度が表示されるので数値を入力します。あまり大きな数値を入力すると曲線がガタガタになるので、細かいところまできちんと出したいときには、数値を出来るだけ小さくします。 そのままOKすればクリッピングパスの完成です。 後は保存ですが、保存時にEPSフォーマットの画面でプレビューはTIFF1bitか8bit(1bitはとりあえず配置されていることが分かる程度の表示)、エンコーディングはバイナリでよいと思います。パスは先ほどのパス１。平滑度も設定値が表示されているはずです。 OKで保存すれば、透明部分が印刷されない画像が完成です。 ただし、レイヤーは統合しておかないとEPS保存できませんから注意して下さい。カラー写真の場合は解像度350dpiにして下さい。RGBをそのままCMYKに変換しても色は初期のようには出ません。参考書などで勉強することをお勧めします。