ＥＸＥがスタートアップから起動したか？、それ以外か？の判断

素人の考えですが・・・ ショートカットを二種類用意してはいかがでしょうか。 １つは、スタートアップ登録起動用、２つめは、デスクトップ起動用と二種類用意します。スタートアップ登録用ショートカットは、デスクトップ以外の場所に隠しておきます。 今回の質問の環境では、 ショートカットのプロパティのリンク先を見ると、ＥＸＥファイル名が設定されますよね。そこで、リンク先の入力域に引数を設定してやります。 （０だったら、スタートアップ起動、１だったらデスクトップ等） ＶＢのＥＸＥ内でコマンドラインのパラメタを取得して、スタートアップ起動か、デスクトップからの起動かをＶＢアプリ側で区別できますので、ＶＢアプリで起動種別を表示させるなり、バージョン情報にこっそり表示するなりしてみて、見た目でも区別できるようにしてはいかがでしょうか。