どう不自然なのかわからないので、答えようがないのですが、私が思うにコピースタンプツールを使うこと自体が、不自然になる原因かと思います。うまくいく時にはいいのですが、コピースタンプツールでは元画像と複製画像が切り離せず調整が効きにくいです。
境界をぼんやりとさせたい程度なら、マスター直径や堅さの指定で何とかなりますが、合成には普通コピースタンプツールは選択しません。ぼんやりとさせたくないなら、堅さは「100」にすればいいのですが、それでは対象物をぴったり境界までコピーしなければならず、現実不可能だと思います。合成写真を自然に簡単にするには元写真の条件が相当整わなければなりません。それをコピースタンプツールでやろうとするところに無理があります。
「普通」合成には、コピースタンプツールではなく、合成したいものを選択しレイヤーマスクを使います。それぞれのレイヤーを色調や境界線を別々に操作します。別レイヤーになっていれば対象物をそれぞれに独立して調整できます。いかにうまく、選択するかが最初の肝となります。次に色調補正もなかなかに難しい。レイヤーマスクは理解してしまえば簡単ですが、理解に至るまでに苦労するかたもおられます。
上記わからない言葉だらけだとは思いますが、初心者だから全て質問して済ますことなく、わからない用語はご自身でお調べください。例えば#1の回答になら「Photoshop 境界線をぼかす」などで検索をしてみる程度の努力は必要です。
#2への補足「コピースタンプツールでコピーしたところの色が映ったのですが、なじませる方法はありますか? 」なら、どう馴染んでないのかを説明しないと……。それにコピースタンプツールではコピーする所の色が映るのが当然で、そこの色調のみを別途に変化させることができません。つまり、コピースタンプツールを使うこと自体が、問題です。色調が馴染まないならコピースタンプツールで自然に合成することは無理ということになります。
自然に見えるように合成するのは、そのテーマだけで本を何冊も書かなければ説明できない奥深い技術です。しかも、photoshopの基本は習得している前提で話を進めなければ、説明できることではありません。状況によりいろいろな調整が必要となります。
takechan626 さんの質問は漠然としすぎていますので、ピンポイントに答えるには質問がしぼられておりません。望んでおられる回答でなく心苦しいのですが、この質問の仕方では求める答えを得るのをあきらめろしか申しあげられません。
補足
境界線をぼかすで境界線は自然になりましたが、コピースタンプツールでコピーした色がそのままペーストされ、ぼかしツールや指先ツール、スポット修復ブラシツールを使用してもうまく周りの色になじみません。 どうやったら周りの色になじみますか?