うちでは6M～11Mくらいだと、よくありますよ、そういう事。 G0→G1　切替よりも、切削送りをF5000→F100とかに切り替える時にでるようです。（確証はありません） パラメータのセッティングで直せるとは思いますが、うちじゃそのまま使っております。アプローチを0.1程度見とけば、G0からの切替でけっこう平気です。（機械のガタにもよるんで、色々やってみてください） 無難にやるならG4P100と入れるとか。

加減速の設定で減速率が低い場合、可能性はあるかもしれませんが 制御装置内部で数値を超えて移動する可能性は低いと思います。 お使いの機械が縦型MCなら、Z軸のバックラッシュと自重によって突っ込んでいるような気もします。 又、サーボモーター自体が追従していない（動かした軸を止め切れない）可能性も考えられると思いますので やはりメーカーで調べてもらうのが一番でしょうね。

FANUC 16i-MAですので若干違うかも知れませんが 切削送り関係のパラメータの中に 「切削送り補間前直線加減速」というパラメータがあります。 これの関係ではないでしょうか？ 詳しくはパラメータマニュアルを参照下さい。