Revisão

- As ligações que unem os NUCLEOTÍDEOS são covalentes

→ pontes fosfodiéster

- As ligações que unem as BASES NITROGENADAS são

pontes de hidrogênio

-A=T

-C=G

- A estrutura primária do DNA é a sequência de nucleotídeos,

a secundária é a dupla hélice e a terciária é a compactação.

• Eventos da síntese proteica:

1. Replicação: síntese de DNA a partir de um

molde de DNA (DNA polimerase)
2. Transcrição: síntese de RNA a partir de um
molde de DNA (RNA polimerase)
3. Tradução: síntese de proteínas a partir de
um molde de RNA (Ribozima → RNA ribossômico da
subunidade maior)
4. Transcrição Reversa: síntese de DNA a
partir de um molde de RNA (Transcriptase reversa)

- Sempre que um novo nucleotídeo é adicionado, isso é

feito no sentido 5’-3’

- Extremidade 5’ → C5 livre

- Extremidade 3’ → -OH livre

- A molécula de DNA é complementar e anti-paralela

- Bases púricas: A e G

- Bases pirimídicas: T,C e U

- A distância entre uma fita e outra é sempre de 3 anéis

- HISTONAS: é um conjunto de proteínas que formam

um núcleo central onde o DNA dá 1,75 voltas →
NUCLEOSSOMO

- Grau máximo de compactação do DNA: cromossomo

- Quanto mais compactado, menos ativo

- Quanto menos compactado, mais ativo

- Cromatina: DNA + proteína

Heterocromatina → + compactada (- ativa)

Eucromatina → - compactada (+ ativa) → transcreve

- Genoma: todo o material genético de um organismo

- Gene: sequência específica de DNA capaz de produzir um RNA estável, pois contém elementos necessários e
suficientes para tal.
Genes
1. Procarioto

• UAS (Upstream Activating Sequence): sempre vem ANTES do promotor, ajuda a transcrição acontecer,
sendo o sítio de ligação para proteínas ativadoras
• PROMOTOR: Sítio de ligação para a RNA polimerase
• Dentro do promotor existem sequências consenso, elas possuem características semelhantes entre os
promotores dos diferentes genes e que são reconhecidos pela maquinaria de transcrição (CAT BOX → rica
em C, A, T e TATA BOX → rica em A e T)
• OPERADOR: sítio de ligação para proteínas repressoras da transcrição
• Maquinaria de transcrição: RNA polimerase + proteínas
• Sentido de CONSTRUÇÃO: 5’ – 3’ (RNA polimerase)
• Sentido de LEITURA: 3’ – 5’ (DNA polimerase)

AUG: códon de iniciação → metionina

UAA/ UGA/ UAG: códon de terminação

• A região codificadora pode

possuir genes diferentes, que
serão transcritos em um único
RNAm, com os cístrons de
seus determinados genes

• Cada cístron dará origem a uma determinada proteína.

• Apenas PROCARIOTOS possuem OPERON → + de um gene na região codificadora, é uma forma de

organização gênica na qual 2 ou mais sequências que coficiam produtos com função relacionada (participam
da mesma via metabólica) ocupam posições adjacentes e são controlados por uma única região reguladora.

• GENE REGULADO INDIVIDUALMENTE → na região codificadora há apenas uma sequência que codifica
apenas uma proteína.

• Fica codificadora: mesmo sentido e sequência do RNAm, só trocando T por U

• Fita molde: invertida e complementar à fita codificadora

 2. Eucarioto

• TODOS os genes eucariotos são regulados INDIVIDUALMENTE (1 seq → 1 proteína)

• Possui ÉXONS e ÍNTRONS
ÉXONS → Sequências codificantes
ÍNTRONS → Sequências não codificantes → Removidos

• Após a transcrição do RNAm é formado o RNAm imaturo ou transcrito primário. Então, ocorre o SPLICING →
éxons são removidos e íntrons são unidos.
• O splicing ocorre através de ribonucleoproteínas, denominadas spliceossomos
• O splicing alternativo tem como produto uma composição de éxons no RNAm diferente da esperada para o
splicing constitutivo, o qual mantém a colinearidade dos éxons como encontrada no gene e exclui todos os
íntrons.
• Na mesma célula SEMPRE será o mesmo tipo de splicing.

MODIFICAÇÕES PÓS- TRANSCRICIONAIS

i. Splicing
ii. Inserção de CAP: protege a extremidade 5’ da degradação através de endonucleases
iii. Inserção de cauda Poli-A: protege a extremidade 3’ da degradação através de endonucleases

• As modificações pós-transcricionais tornam o RNAm maduro, pronto para ir para o citoplasma.

Etapas da Transcrição
- maquinaria de transcrição:
• fator ϭ → procarioto
• RNA polimerase +
• fatores de transcrição → eucarioto

1. achar qual gene vai ser transcrito

2. achar o promotor
- ajudar a se ligar no promotor
- abertura da dupla fita INICIAÇÃO (1)
- início da construção do RNAm

• gerais: TFII (total de 8 → A-H)

- duas classes de fatores de transcrição
• específicos
 1. GERAIS:
- precisa para expressar qualquer gene → não ter é incompatível com a vida

2. ESPECÍFICOS:
- para um ser eucarioto, são necessários fatores específicos da célula A e da célula B (tecido/célula específica).
- para ela ter esses fatores, depende do estímulo que ela recebe.

LINFÓCITO B → sem TCR

LINFÓCITO T → com TCR, portanto pode ativar ou produzir um dos fatores de transcrição responsáveis pela síntese
de IL-2.
• Th1 → IFN- ; mas como ele sabe que tem que sintetizar essa citocina? A APC libera uma citocina, neste
caso a IL-12, que vai ser responsável pela síntese de fatores de transcrição responsáveis pela síntese de
IFN- e inibição das demais.
o o antígeno faz com que tenha NFAT
o a IL-12 faz com que tenha STAT4
o o que faz com que seja IL-12? o antígeno ativa a sinalização intracelular da via da IL-12 e inibe as
demais.
• Tbet → fator de transcrição específico, produzido pela transcrição que ocorre devido à outros fatores
específicos sintetizados a partir de um estímulo.

- O QUE GARANTE A ESPECIFICIDADE? estímulo X → fator de transcrição X

- apenas o linfócito T ativado responde à IL-2, pois ao ser ativado, ele sintetiza fatores de transcrição específicos que
produzem uma parte do receptor de IL-2.

ELONGAÇÃO (2) – RNA polimerase constrói o RNA

TERMINAÇÃO (3) – RNA polimerase interrompe a construção de RNA, na região de término.

• Região de término:
- procariontes: Rho-dependente, Rho-independente
- eucariontes: vários

Rho → proteína que possui ação enzimática → é uma helicase → degrada pontes de H, abrindo a molécula de DNA.

1. Rho-independente: terminador intrínseco → alça em grampo de cabelo + calda de uracila → apenas no RNA
por ter fita simples.
- alça em grampo de cabelo → quando essa estrutura é formada e tem-se calda de uracila (U=A se quebram
→ ligação fraca), a RNA polimerase entende que deve parar e se soltar.

2. Rho-dependente: não forma terminador intrínseco, portanto RNA polimerase não se solta → Rho reconhece
e se liga na região 5’ do RNA, se desliga até onde está a RNA polimerase (híbrido DNA-RNA)

- quando sai a extremidade 5’ do RNA, o ribossomo já começa a fazer o RNAm → PROCARIOTO

- EUCARIOTO: mRNA no núcleo, ribossomo no citoplasma:

- no citoplasma tem enzimas que degradam RNAm
- para o RNAm ir para o citoplasma ele deve ser processado: calda poli-A + CAP

Tradução
- ribossomo + RNAr + RNAm + RNAt + aminoácidos
- RNAs eucariotos: CAP + cauda poli-A
- começar: 5’ – 3’
- a extremidade menor se liga no CAP e desliza até achar o códon de iniciação (AUG - metianina) → subunid maior.
 Subunidade maior:
- sítio A = aminoacil = RNAt carregando um aa
- sítio P = peptidiltRNA = RNAt + peptídeo
- sítio E = RNAt vazio

- o 1° RNAt deve estar no sítio P para que o 2° possa

se ligar ao sítio A e continuar a tradução.
- o fator de liberação entra no sítio P, desestabiliza o
complexo de tradução.

Proteína = Ncódons – 1 (pq o último não é aa)

- mas como o ribossmo vai saber qual o AUG é o códon de inciação? Antes dele existe uma sequência específica
que possuem bases correspondentes ao RNAt da subunidade menor.
- ribozimas: RNAr que possui função enzimática que fica na subunidade maior do ribossomo.

Replicação
- enzima: DNA polimerase
- ciclo celular: G0, G1, S, G2, M

- ponto de início:
Transcrição: promoter
Tradução: AUG
Replicação: origem da replicação → origem é rica em A-T, chama de OriC (bactérias), término 180°C de distância
da origem = TerC (bactéria).
- é bidirecional, e acontece sempre em sentido 5’- 3’ 5) remove a superproteção que acontece
- OriC abre = bolha de replicação antes da forquilha
- a fita nova é semi-conservativa

- RNAse H – remove os primers

- Telomerase

1) Quebrar pontes de H

2) add sequência iniciadora – é

uma RNA polimerase

3) add nucleotídeos

4) liga os fragmentos de Okazaki

 - o telômero permite que o final do DNA seja replicado e protege
as extremidades; determina o envelhecimento da célula (encurta
com o tempo) – por isso é um estímulo para iniciar o ciclo
celular.

- DNA polimerase – pode ser endonuclease (coloca nucleotídeo)

ou exonuclease (tira nucleotídeo).

Proteínas que não são enzimas mas participam do processo:

1. SSBs – proteínas ligadoras ao DNA simples fita
2. Grampo deslizante – prende a DNA polimerase à fita molde a cada fragmento de Okasaki.
3. Carregador dos grampos deslizantes - coloca os grampos deslizantes.

Mutações
Missense Non-Sense Frame-Shift Silenciosa
troca de aminoácido códon de terminação add ou tira nucleotídeos – troca o nucleotídeo mas o
muda leitura aminoácido é o mesmo

• Mecanismos de reparo do DNA:

- REPARO DE MALPAREAMENTO: acontece logo
- REVISÃO: após o novo DNA ter sido feito, e sua função é
- feita pela DNA polimerase: se a polimerase detecta remover e substituir as bases malpareadas (aquelas
que um nucleotídeo errado (incorretamente pareado) que não foram corrigidas durante a revisão).
foi adicionado, ela irá removê-lo e substituí-lo
imediatamente, antes de continuar com a síntese de
DNA

- Reversão direta: Algumas reações químicas danosas ao DNA podem ser diretamente "desfeitas" por enzimas na
célula.

- A célula pode reparar a avaria do DNA pela simples reversão da reação química que a causou. Para compreender
isto, precisamos perceber que "avaria do DNA" frequentemente envolve apenas um grupo extra de átomos ligando-se
ao DNA através de uma reação química → uma base pode parear com outra por causa da inserção do metil (será
removido pela enzima).

- Reparo por excisão de base, apenas a base avariada é removida.

- Uma reação química chamada desaminação pode converter uma base citosina em uracila, uma base normalmente
encontrada apenas no RNA. Durante a replicação do DNA, a uracila irá parear com adenina em vez de citosina,
assim, uma mudança de citosina para uracila pode levar a uma mutação.

- Reparo por excisão de nucleotídeo, é removido um retalho de nucleotídeos.

- É usado para corrigir alguns tipos de danos causados por radiação UV, por exemplo, quando você fica queimado de
sol. A radiação UV pode fazer as bases citosina e timina reagirem com as bases vizinhas que também são Cs ou Ts,
formando ligações que distorcem a dupla hélice e causam erros na replicação do DNA. O tipo mais comum de
ligação, um dímero de timina, consiste de duas bases timinas que reagem uma com a outra e tornam-se unidas
quimicamente.
- Recombinação homóloga: acontece quando o malpareamento é mantido → a informação do cromossomo
homólogo que corresponde ao danificado (ou da cromátide irmã, se o DNA foi copiado) é usada para reparar a
quebra. Nesse processo, os dois cromossomos homólogos se juntam e a região não danificada do homólogo ou da
cromátide é usada como modelo para substituir a região danificada do cromossomo quebradp. A recombinação
homóloga é “mais limpa” que a união das extremidades não homólogas e não costuma causar mutações.

Replicação
- DNA a partir de DNA
- Fase S do ciclo celular
- Bi-direcional
- Semi-conservativa

• Inicia a partir de uma origem de replicação, e termina em um local chamado de término de replicação.
• O DNA eucarioto, diferente do procarioto, possui várias origens de replicação, pois é muito maior que o
procarioto.

Enzimas:
1- Helicase: quebra pontes de H
2- Primase: adiciona a sequência iniciadora (é uma RNApol)
3- RNAse H: remove os nucleotídeos de RNA, primers (é uma DNApol)
4- DNA ligase: une os fragmentos de Okasaki (age para trás da forquilha de replicação)
5- Topoisomerase ou Girase: remove a supertorção que acontece à frente da forquilha de replicação
6- DNA Polimerase III: adiciona os nucleotídeos na fita em construção (atua constantemente, não tem ordem)
7- Telomerase: adiciona sequencias repetidas e não codificantes nas extremidades, as quais permitem que
haja replicação de toda a molécula e protegem as extremidades (é uma transcriptase reversa).
 • Proteínas sem ação enzimática
1- SSBs (single strand bind protein) → se ligam aos DNAs fs, mantendo-os separados
2- Grampo deslizante → prende a DNApol à fita molde
3- Carregador dos grampos deslizantes → coloca os grampos deslizantes

• Mecanismos de reparo do DNA

1. Reversão direta: há uma correção direta do erro (ex: fotoliase que corrige os dímeros de timina)
2. Exisão de bases: retira a base de interesse (ex: se há troca de C por U, tira o U e põe o C)
3. Exisão de nucleotídeos: retira bloco de nucleotídeos
4. Recombinação homóloga: mecanismo semelhante ao crossing-over (usa molécula complementar como molde)
5. Reparo sujeito a erros: se houver quebra do DNA, une eles pelas extremidades (podem não ser homólogas,
então é perigoso)
6. Reparo de malpareamento: reparo simultâneo (conjunto de proteínas quebra a fita nova → não metilado)
Controle da Expressão Gênica
UAS P O R.T
.
- operon Lac → pode ser ativado dependendo da condução
- operon Trf → está ativo porém pode ser inativado

• OPERON LAC
- possui genes que controlam o metabolismo da lactose
- gene Lac Z: produz β-galactosidase
- gene Lac Y: produz permease – deixa a célula mais permeável à lactose
- gene Lac A: produz transacetilase – inibe substâncias tóxicas
* na região UAS: proteínas ativadoras
* na região Operadora: proteínas repressoras

𝐿𝑎𝑐𝑖 UAS P O Z Y A R.T

.

- em um meio com lactose, a bactéria vai consumindo ATP (que não está sendo produzido por causa da ausência de
glicose ou glicose baixa), fazendo com que os níveis de AMPc intracelulares aumente → AMPc se liga ao CAP
(proteína ativadora) que se liga no sítio de ligação exposto (CAP site), aumentando a expressão do gene.

• OPERON TRIPTOFANO

1. Controle por repressão: impede que a proteína seja produzida antes mesmo de iniciar a transcrição dos
genes caso tenha muito triptofano no meio → o trp se liga à proteína repressora ativando-a, fazendo com
que ela se ligue no operador, impedindo a passagem da RNA polimerase.

- trp só se liga na proteína

repressora quando ele
está em excesso!
- caso tenha pouco trp no meio, ele não se ligará à proteína repressora, permitindo a transcrição de genes:

2. Controle por atenuação: em vez de bloquear a iniciação da transcrição, a atenuação impede o término da
transcrição.
Se houver pouco triptofano, o ribossomo fará uma parada nos códons Trp (esperando por um RNAt transportador de
Trp) e se atrasará para terminar a tradução do líder, impedindo que forme o grampo de cabelo com a calda de
uracila, formando apenas um grampo não-terminador → esse grampo evita a formação do terminador e permite que
a transcrição continue.
- sequência líder transcreve RNAm que será traduzido lentamente, sendo que a transcrição pela RNA polimerase é
rápida, permitindo que tenha transcrição dos genes e produção de triptofano.

- quando há triptofano no meio (suficiente ou mais)

- sequência líder transcreve RNAm líder que terá tradução rápida por ter trp disponível no meio (são os primeiros
aa codificados pelo RNAm líder), dando tempo de para formar o grampo de cabelo com calda de uracila no
RNAm (durante a tradução) → isso faz com que tenha término de tradução e da transcrição de genes.
- Se o ribossomo traduzir rapidamente, ele se soltará do RNAm depois de traduzir o peptídeo líder. Isso permite
que se formem um grampo terminador e outro grampo associado, fazendo a RNA polimerase se desvincular e
terminando a transcrição
Quando o triptofano está abundante, o ribossomo se move rapidamente ao longo do líder, forma-se o grampo
terminador e a transcrição do operon trp cessa.

Quando o triptofano está escasso, o ribossomo se move lentamente ao longo do líder, forma-se o grampo não-
terminador e a transcrição do operon trp continua.

RNA polimerase se desprende do DNA quando encontra o grampo de cabelo com a calda de uracila, interrompendo
a transcrição → isso não ocorre quando tem pouco trp no meio!

Controle Epigenético
1. Metilação do DNA
- DNA naturalmente metilado
- se tem muito, a transcrição é mais difícil.
* proteína ligadora se liga à metil-citosina
* promotor hipermetilados → pouca ou nenhuma expressão
* promotor hipometilados → expressão gênica
- DNA metiltransferase (DNMT) = colam e tiram metil

2. Modificação das histonas

HAC: histona acetilase
HDAC: histona desacetilase

HAC

HDAC
heterocromatina eucromatina
- quando o gene está exposto ele passa a ser lido

3. Ação de miRNAs
- produzidos no núcleo a partir de uma forma de grampo → é processado pela DICER no núcleo e depois pela
RISC+argonauta no citoplasma.
- ao se ligar em um RNAm, o miRNA impede a sua tradução, tendo menos proteína.
Ciclo Celular

- Proteínas que controlam o processo:

1. ciclinas: sua [ ] varia ciclicamente
2. CDKs: cinase dependente de ciclinas → é produzida na mesma concentração durante todo o ciclo, mas só é
ativada quando a ciclina está em sua concentração máxima.

- depois de ser utilizada, a ciclina deve ser degradada (por isso sua [ ] varia) pela ubiquitinação → a ubiquitina se liga
à ciclina e a guia até o proteossomo, onde ela será degradada.

• Proto-oncogenes: proteínas que permitem a progressão do ciclo celular sob estado adequado: ciclina e CDK.
- se sofrem mutações → oncogenes → descontrole do ciclo celular → permitem que a célula se divida
mesmo que o DNA não esteja correto.

• Genes supressores de tumor: paralisam o ciclo e a partir disso terá correção do erro ou apoptose.
- correção do erro ativa mecanismos de reparo de DNA
- p53, BRCA1, BRCA2, Rb
- p53: fator de transcrição no gene p21 que é mutado em metade dos tumores malignos.
- p53 faz com que tenha produção de p21 que se liga na CDK, impedindo que a ciclina seja
fosforilada, ao mesmo tempo promove mecanismos de reparo do DNA → se houver correção, a p21 é
degradada e a célula passa para S; se não corrigir, p53 induz apoptose.
- Rb: proteína complexada com E2F (fator de transcrição) → E2F é ativado quando se solta da Rb.
- uma mutação na Rb faz com que ela fique constantemente ativada e E2F livre, tendo constante
replicação do DNA.
Apoptose
- necrose é uma morte “barulhenta”; apoptose é morte silenciosa
- para uma célula viver, ela recebe sinais de sobrevivência.

- núcleo diminui de tamanho, organelas também → formação de corpos apoptóticos que expressam fosfatidilserina,
fazendo com que macrófagos fagocitem esses corpos.

1. Caspases são proteínas que fazem a apoptose acontecer → caspase iniciadora recebe estímulo e ativam as
caspases executoras que irão realizar a apoptose em si.

2. Se o sinal para a apoptose vem de dentro da célula, há ativação da via intrínseca; se vem de fora da célula
há ativação da via extrínseca → ambas as vias ativam proteínas da família BCL-2 que irão ativar genes anti-
apoptóticos ou pró-apoptóticos.

• Via intrínseca: ativadas por problemas na mitocôndria e danificações do DNA → danificação no DNA,
proteínas malformadas.
 • Via extrínseca: mediados por receptores (Fas, FasL) pois o sinal vem de fora → pouco nutriente, radiação,
calor, hormônios.

- apoptose insuficiente → câncer, doença autoimune, infecções virais.

- apoptose excessiva → doenças neurodegenerativas, AIDS, lesões isquêmicas, doenças do fígado.

5’ TTAGTACTCGCGACGTGGCCATGAATCCATTAAATAATATGGCAG 3’
3’ AATCATGAGCGCTGCACCGGTACTTAGGTAATTTATTATACCGTC 5’

RNAm?